Integration of VarSome API in an existing bioinformatic pipeline for automated ACMG interpretation of clinical variants.

OBJECTIVE: While the bioinformatic workflow, from quality control to annotation, is quite standardized, the interpretation of variants is still a challenge. The decreasing cost of massively parallel NGS has produced hundreds of variants per patient to analyze and interpret. The ACMG "Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants", widely adopted in clinical settings, assume that the clinician has a comprehensive knowledge of the literature and the disease. MATERIALS AND METHODS: To semi-automatize the application of the guidelines, we decided to develop an algorithm that exploits VarSome, a widely used platform that interprets variants on the basis of information from more than 70 genome databases. RESULTS: Here we explain how we integrated VarSome API into our existing clinical diagnostic pipeline for NGS data to obtain validated reproducible results as indicated by accuracy, sensitivity and specificity. CONCLUSIONS: We validated the automated pipeline to be sure that it was doing what we expected. We obtained 100% sensitivity, specificity and accuracy, confirming that it was suitable for use in a diagnostic setting.

Association between personality traits and quality of life in patients treated with conventional mandibular dentures or implant-supported overdentures.

Studies investigating the relationship between personality traits and quality of life related to the types of dental prostheses are scarce. The aim of the present study was to assess personality traits and their impact on quality of life for individuals treated with either conventional mandibular dentures (CMD) or implant-supported overdentures. Fifty patients with CMD and 50 patients with implant-supported mandibular overdentures (IMOD) were recruited. Individuals were examined; clinical and demographic data of interest were collected. All participants agreed to answer two questionnaires: the Oral Health Impact Profile (OHIP-14), which assessed quality of life related to oral health, and the Neuroticism Extraversion Openness Five-Factors Inventory (NEO FFI-R), which evaluated five personality domains. The influence of variables of interest on oral health-related quality of life was tested by univariate analysis and multiple linear regression. Patients with CMD reported higher levels of impact on quality of life (OHIP-14=10·30 ± 5·88) when compared to patients with IMOD (OHIP-14=6·52 ± 5·91; P=0·002). Multivariate predictive regression model for quality of life included neuroticism, conscientiousness and gender for the conventional mandibular denture group (P<0·05; R(2)=36·59%), whereas neuroticism, openness and schooling (P<0·05; R(2)=21·09%) were included in the implant-supported mandibular denture group model. Patients with IMOD had less impact on quality of life than patients with CMD. Personality traits, mainly neuroticism, had a significant influence on oral health-related quality of life linked to a chosen modality of prosthetic therapy.

Preliminary study of the effects of morphine treatment on opioid receptor gene expression in brain structures of the female rat.

Opioid receptors play an important role in female physiology. They modulate directly and indirectly neuroendocrine phenomena that influence pregnancy maintenance, pain threshold, parturition, lactation, maternal behavior, rewarding and addiction. Thus understanding the gene expression levels of the three major opioid receptors, mu, delta and kappa in different brain regions is essential for investigating dynamic mechanisms of opioidergic transmission. Adult virgin female rats were treated acutely with morphine sulfate (3.5 mg/kg or 20 mg/kg s.c.) or chronically for 5 days (3.5 mg/kg). Rats were killed 1 h after the last injection. In the acute treatment, expression levels for the encoded mu-opioid receptor Oprm1, as detected by reverse transcription-polymerase chain reaction, were significantly decreased in the periaqueductal gray. In chronic treatment, both Oprk1 and Oprm1 expression levels, that encoded kappa and mu-opioid receptor respectively, showed significant decreases in the periaqueductal gray and striatum. Regional changes in opioid receptor gene expression levels might reflect highly specialized roles for these receptors with possible functional meaning for the plasticity of the opioidergic transmission.

Distribuiçäo temporal e espacial da raiva bovina em Minas Gerais, 1976 a 1997 / Space and time distribution of bovine rabies in Minas Gerais State, Brazil, from 1976 to 1997

Realizou-se um estudo observacional retrospectivo com o objetivo de avaliar a distribuiçäo espaço-temporal da raiva bovina em Minas Gerais. Foram analisadas 7.526 fichas de diagnósticos de raiva por imunofluorescência direta, de 1976 a 1997. Para distribuiçäo espacial da raiva bovina foi utilizado o aplicativo de mapeamento MAP-INFO Professional 4.5. Foi observada tendência crescente anual näo só de diagnósticos positivos de raiva (Y=23,588X), com predominância nos meses de abril a agosto, como também de municípios positivos (Y=0,0461X), caracterizando intensa expansäo da raiva bovina em Minas Gerais

Uso da terra como determinante da distribuiçäo da raiva bovina em Minas Gerais, Brasil / Use of the land as determinant of the distribution of the bovine rabies in Minas Gerais, Brazil

Realizou-se um estudo observacional retrospectivo com o objetivo de avaliar variáveis do uso da terra como determinante da distribuiçäo da raiva bovina em Minas Gerais. Foram analisadas 7.526 fichas de diagnóstico de raiva por imunofluorescência direta, de 1976 a 1997. Utilizaram-se os dados dos Censos Agropecuários de Minas Gerais-FIBGE, anos de 1970, 1985 e 1995-1996. Empregou-se o método da análise fatorial de componentes principais, com auxílio do programa Minitab versäo 9.0. A raiva bovina apresentou-se mais associada às lavouras permanentes e temporárias, às pastagens naturais e plantadas e ao efetivo bovino, e menos associada às matas naturais e plantadas, às lavouras em descanso e às terras produtivas näo utilizadas. Concluiu-se que as transformaçöes antrópicas no espaço agrário, especialmente no uso da terra, influenciaram de modo determinante a distribuiçäo espacial e temporal da raiva bovina em Minas Gerais

Urbanizaçäo da leishmaniose visceral em Belo Horizonte / Urbanization of visceral leishmaniose in Belo Horizonte, Brazil

O Brasil vivencia na atualidade uma situaçäo na qual velhas edemias, que se pensava esquecidas, ressurgem com grande impacto e muitas vezes com perfis de morbi-mortalidades diferentes daqueles já conhecidos. Este é o caso da leishmaniose visceral, uma doença caracteristicamente rural e associada a condiçöes precárias de vida, que encontra no espaço urbano ambiente favorável para se estabelecer e desenvolver. O município de Belo Horizonte convive, desde 1993, com uma epidemia de calazar humano e canino. Foram feitas a reconstruçäo histórica da enfermidade e a caracterizaçäo de alguns aspectos demográficos dos casos humanos. Aparentemente a doença foi introduzida em Belo Horizonte a partir de focos existentes em municípios vizinhos, como Sabará. Os Distritos Sanitários Leste e Nordeste foram os mais acometidos. A evoluçäo espacial da epidemia mostrou que os casos caninos precederam os humanos, confirmando a importância do cäo como reservatório do calazar em áreas urbanas. O risco de adoecer foi maior em crianças menores de 15 anos. A situaçäo de Belo Horizonte ilustra muito bem o processo de urbanizaçäo de enfermidades tradicionalmente rurais, vivenciado por várias cidades brasileiras

Carnosine-like immunoreactivity in the central nervous system of rats during postnatal development.

In the nervous system of adult rodents, the aminoacylhistidine dipeptides (carnosine and/or homocarnosine) have been shown to be expressed in three main populations of cells: the mature olfactory receptor neurons, a subset of glial cells, and the neuroblasts of the rostral migratory stream. The current study analyzed the distribution of these dipeptides during postnatal development within the rat brain and spinal cord focusing on their pattern of appearance in the glial cells. Double staining methods using antibodies against carnosine and some markers specific for immature (vimentin) and mature (glial fibrillary acidic protein and Rip) glial cell types were used. Glial immunostaining for the aminoacylhistidine dipeptides appears starting from postnatal day 6 and reaches the final distribution in 3-week-old animals. The occurrence of carnosine-like immunoreactivity in astrocytes lags behind that in oligodendrocytes suggesting that, as previously demonstrated by in vitro studies, oligodendrocytes are also able to synthesize carnosine and/or homocarnosine in vivo. Furthermore, the spatiotemporal patterns observed support the hypothesis that the production of these dipeptides coincides with the final stages of glia differentiation. In addition, a strong carnosine-like immunoreactivity is transiently seen in a small population of cells localized in the hypothalamus and in the subfornical organ from birth to postnatal day 21. In these cells, carnosine-like immunoreactivity was not colocalized with any of the glial specific markers used. Moreover, no evidence for colocalization of carnosine and gonadotropin-releasing hormone (GnRH) has been observed.

Carnosine-related dipeptides in neurons and glia.

Carnosine-related dipeptides have been demonstrated to occur in the nervous tissue of many vertebrates, including humans. Although several hypotheses have been formulated, to date their precise physiological role in the nervous system remains unknown. This article will review the studies on the presence and distribution of these dipeptides in the nervous system of different classes of vertebrates. It will focus on the most recent data on their cellular localization and potential functions in mammals. The studies on localization of carnosine-related dipeptides show a complex pattern of expression that involves both neuronal and glial cell types. The glial localization, widely distributed throughout the whole brain and spinal cord, includes a subset of both mature astrocytes and oligodendrocytes, whereas the neuronal localization is restricted to a particular type of neurons (the olfactory receptor neurons), and to restricted populations of putative migrating neurons and neuroblasts. There is no definitive demonstration of the function of these dipeptides in the various cell types. However, a wide array of evidence suggests that carnosine-related dipeptides could act as natural protective agents. Moreover, recent studies have suggested that, as previously postulated for the olfactory receptor neurons, in mature functional glial cells as well, carnosine-related dipeptides could be implicated in a neuromodulatory functional mechanism.

Prevalence of nosocomial infections in general hospitals in Belo Horizonte.

OBJECTIVE: To assess the magnitude of nosocomial infections (NI) in general hospitals of Belo Horizonte. DESIGN: Multicenter point-prevalence study of nosocomial infections. SETTING: All of the 11 general hospitals of Belo Horizonte that have more than 20 beds, from August 27 to October 5, 1992. RESULTS: Of the 2,339 patients surveyed, 267 patients had 328 nosocomial infections. The global prevalence rate of NI was 14.0%, ranging from 4.6% to 27.3% in the hospitals surveyed. The most prevalent infections were found to be pneumonia and surgical-wound infections, representing 19.5% and 19.2%, respectively, of the total infections. The highest prevalence rates of NI were observed in the cardiac surgery (31.9%), pediatric (27.2%), and orthopedic (20.7%) services. The most frequently isolated microorganisms were Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas species, and Klebsiella species. CONCLUSION: The study allowed a thorough evaluation of the NI distribution profile in Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil, and showed it to be a serious public health problem that requires interinstitutional efforts so that effective action can be taken.

Ocorrência de gastroenterite hemorrágica canina em Belo Horizonte / Occurrence of hemorrhagic gastroenteritis in dogs in Belo Horizonte, MG, Brazil

Observaram-se 1025 casos de gastroenterite hemorrágica em 8091 cäes (12,7 por cento de prevalência), atendidos em um hospital veterinário da Regiäo Metropolitana de Belo Horizonte, entre julho de 1987 e junho de 1994. Maior freqüência de ocorrência foi observada em animais de até 12 semanas (44,4 por cento), e 90,8 por cento dos cäes afetados tinham idade inferior a um ano. Verificou-se também maior ocorrência nos machos (57,4 por cento). Os animais sem raça definida responderam por 27,2 por cento do total, e entre os cäes de raça, os mais afetados foram: Pastor Alemäo (14,5 por cento), Dobermann (10,3 por cento), Fila Brasileiro (5,5 por cento) e Pinscher (4,9 por cento). A distribuiçäo das ocorrências foi uniforme ao longo do ano, o que indica a näo influência da umidade relativa e da temperatura do ar

Identification of the glial cell types containing carnosine-related peptides in the rat brain.

The cellular localization of carnosine-like immunoreactivity was investigated in the adult rat forebrain and in glial cell cultures obtained from newborn rat brain. Using double staining methods, we showed that in vivo carnosine-like immunoreactivity was occurring in a large number of both glial fibrillary acidic protein (GFAP)-positive astrocytes and 2'3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP)-positive oligodendrocytes. In vitro, the carnosine-immunoreactive staining was restricted to a subpopulation of completely differentiated oligodendrocytes, whereas no reaction was detected in immature oligodendrocytes and in astrocytes. These observations could have profound physiopathological implications considering the role suggested for carnosine and related peptides as endogenous antioxidants, free radical scavengers and anti-glycating agents of the central nervous system (CNS).

Modalidades epidemiológicas da anemia infecciosa eqüina em Minas Gerais de 1973 a 1991 / Epidemiological modalities of equine infectious anemia in Minas Gerais, Brazil, 1973 a 1991

Foi realizado um estudo retrospectivo do comportamento epidemiológico da anemia infecciosa eqüina em Minas Gerais, no período de 1973 a 1991. A análise de 66.524 resultados de exames de imunodifusäo em gel de ágar e das informaçöes sobre município de origem, raça, finalidade de exploraçäo e data do exame, permitiu identificar, nesse período, dois comportamentos epidemiológicos bem distintos. O primeiro refere-se ao período de 1973 a 1977, nos jóqueis-clubes, sociedades hípicas esportivas e unidades militares, com prevalência de 6,12 por cento nos quais foi erradicada. O segundo ocorreu no período de 1978 a 1991, em fazendas de criaçäo, afetando basicamente eqüídeos de serviço, com prevalência média de 3,90 por cento, sem erradicaçäo da doença

Influência das helmintoses gastrintestinais sobre o quadro hematológico de bovinos mestiços Holandês x Zebu / Influence of nematode infections on hematological parameters of crossbred calves

Avaliou-se a influência das infecçöes naturais por helmintos gastrintestinais sobre o quadro hematológico de bezerros mestiços Holandês x Zebu, em uma propriedade da Zona Metalúrgica do Estado de Minas Gerais. Foram utilizados 14 animais com idade inicial de três a quatro meses, distribuídos igualmente em dois grupos. Um grupo foi tratado com Ivermectin e o outro foi considerado controle. Hemogramas, contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e coprocultura foram realizados mensalmente por um período de 18 meses, totalizando três estaçöes (seca/93, chuva e seca/94). Foram observadas, dentro de cada grupo, diferenças entre médias de contagens de hemácias, concentraçäo de hemoglobina e taxa de hematócrito, entre as estaçöes. Ocorreu aumento dos valores de leucócitos totais, neutrófilos segmentados e eosinófilos e reduçäo de linfócitos, na,s estaçäo chuvosa. Näo foram observadas diferenças entre grupos controle e tratado. Foi observada reduçäo do OPG com o aumento da idade dos animais dentro de cada grupo. Diferenças entre os grupos ocorreram a partir da estaçäo chuvosa. As larvas recuperadas das coproculturas foram Cooperia, Haemonchus, Oesophagostomum, Trichostrongylus e Bunostomum, com predomínio de Cooperia sobre os demais gêneros

Ocupaçäo econômica da terra como determinante da incidência de raiva em bovinos no norte de Minas Gerais / Deforestation as determinant of bovine rabies incidence

Analisou-se a evoluçäo simultânea das formas de ocupaçäo econômica da terra e distribuiçäo da incidência da raiva bovina na regiäo Norte de Minas Gerais de 1982 a 1991. Mediante correlaçäo linear múltipla foi possível demonstrar que densidade bovina e proporçäo de áreas ocupadas por pastagens, lavouras e reflorestamento atuaram como os principais determinantes no aparecimento e manutençäo da raiva nos bovinos na regiäo nesse período. Desta forma, elaborou-se um modelo preditivo para estimar risco de ocorrência de raiva em bovinos nas regiöes de ocupaçäo econômica recente

Definiçäo dos ecossistemas para anemia infecciosa equina em Minas Gerais, Brasil, 1973 a 1991 / Definition of equine infectious anaemia ecosystems in Minas Gerais, Brazil, 1973-1991

Os programas sanitários de combate às enfermidades devem fundamentar-se näo mais exclusivamente em modelos funcionalistas agente-infecçäo-enfermidade-imunidade, mas em estudos regionais cujo enfoque geográfico social, mais integral, possibilita tratamento diferenciado para a enfermidade, em conformidade com suas características concretas específicas. Dentro desta perspectiva, caracterizou-se epidemiologicamente as diferentes áreas da anemia infecciosa equina (AIE) em Minas Gerais, no período de 1973 a 1991. Foram analisados 66.524 resultados de exames de imunodifusäo em gel de ágar. Os 722 municípios e as oito mesorregiöes do Estado foram considerados como unidades primárias de análise e foram construídos os indicadores de: prevalência, efetivo equino e muar, mortalidade equina e muar, densidade equina e muar, tamanho médio da propriedade, efetivo bovino, relaçäo efetivo equino e muar/efetivo bovino. Estes indicadores possibilitaram um avanço inicial na tentativa de associar os sistemas de produçäo e utilizaçäo dos equídeos com a presença de riscos da doença no Estado. Concluiu-se que o Noroeste e o Nordeste Mineiros caracterizaram-se como ecossistemas endêmico primário e epiendêmico, respectivamente, e as outras mesorregiöes do Estado como ecossistemas paraendêmicos. A partir desta definiçäo dos ecossistemas para AIE, sugere-se que o programa de combate deve centrar-se nas áreas endêmica primária e epiendêmica, caracterizados como de maior risco

Características demográficas da populaçäo canina da regiäo metropolitana de Belo Horizonte - MG / Demographic characteristics of canine population of the metropolitan region of Belo Horizonte, Brazil

After a retrospective study of the chronologic series from 1987 to 1993, 707 clinical records were evaluated, concerning to 10 per cent of the dogs attended in a Veterinary Hospital located in the area of the Metropolitan Region of Belo Horizonte, Brazil. Variables such as age and sex were analyzed and a populational pyramid for the species was elaborated. In the demographic structure, it was observed a major concentration of young aninmals; 70.29 per cent of the dogs were aged below 49 months. The canine populational pyramid showed a wide form in the base, represented by young animals, and a marked decrease of the other categories, being similar to that observed in other countries

Tendência histórica dos coeficientes de mortalidade de bezerros em Minas Gerais, de 1960 a 1985 / Historic tendency of the mortality rates of calves in Minas Gerais, Brazil, from 1960 to 1985

Calf mortality in Minas Gerais, Brazil, from 1960 to 1985 was analised. District was used as a primary unit of study, grouped in homogenous micro and mesoregions. Mortality rate tended to be estable in the 25 years studied. It is discussed the determination of the epidemiological profile by the economic conditions, and organization livestock production

Avaliaçäo do sistema de vigilância epidemiológica para a febre aftosa em Goiás no período 1980-1990 / Avaliation of epidemiologic surveillance service to the foot-and-mouth disease in Brazil from 1980 to 1990

Analisou-se o sistema de vigilância em Goiás, de 1980 a 1990, tendo como referência a febre aftosa. Avaliaram-se os aspectos origem das notificaçöes, tipo de diagnóstico, duraçäo dos focos, intervalo entre início e notificaçäo dos focos e primeira visita do veterinário. Verificaram-se tendência decrescente das notificaçöes, predomínio dos registros realizados pelos proprietários, baixo percentual de diagnóstico laboratorial e elevado intervalo entre o início dos focos, sua notificaçäo e assistência. Discutiu-se o modelo avaliado e sugeriu-se a incorporaçäo de outros indicadores (bioprodutivos, econômicos e demográficos) nos sistemas vigentes

Variaçäo hematológica em bovinos experimentalmente infectados com Schistosoma mansoni / Hematological changes in cattle experimentally infected with Schistosoma mansoni

Foram observadas variaçöes hematológicas em cinco bezerros da raça Holandesa e cinco mestiços infectados com suspensäo de 20.000 cercárias de S. mansoni, por via transcutânea. Durante 10 semanas após a infecçäo, amostras de sangue foram colhidas semanalmente, pela punçäo da jugular, e realizado o hemograma. Com exceçäo da contagem de hemácias, näo se observou diferença significativa nos parâmetros hematológicos, nos dois grupos, durante o período estudado. Entretanto, quando se comparam tais grupos, observou-se diferença significativa entre eles, sendo que os bezerros holandeses apresentaram os menores valores para as variáveis estudadas sinalizando maior susceptibilidade para o parasita

Evoluçäo do confinamento de bovinos para abate em Minas Gerais - 1978 a 1985 / The evolution of feedlot in Minas Gerais State, Brazil - 1978 to 1985

Foi analisada a tendência a adotar o sistema do confinamento de bovinos de corte em Minas Gerais no período de 1978 a 1985. Utilizaram-se dados da Empresa de Assistência Técnica e Extensäo Rural de Minas Gerais - EMATER e da Fundaçäo IBGE. As variáveis consideradas foram os quocientes anuais entre o número de animais confinados e os seguintes efetivos bovinos: total sem considerar vacas ordenhadas, total de animais abatidos e total de machos abatidos, durante os anos de 1978 a 1985. Os resultados revelaram tendência significativa do crescimento do confinamento em Minas Gerais. Tal incremento ficou melhor demonstrado pela tendência dos quocientes de bovinos confinados com efetivo bovino total e com total de machos abatidos. A evoluçäo e a tendência positiva do confinamento comprova que essa forma de produzir bovinos para carne näo é simplesmente conjuntural, mas representa mudanças estruturais na bovinocultura de corte