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Cell Rep ; 30(4): 1246-1259.e6, 2020 01 28.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-31995762

RESUMO

Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of vision loss. To better understand disease pathogenesis and identify causal genes in GWAS loci for AMD risk, we present a comprehensive database of human retina and retinal pigment epithelium (RPE). Our database comprises macular and non-macular RNA sequencing (RNA-seq) profiles from 129 donors, a genome-wide expression quantitative trait loci (eQTL) dataset that includes macula-specific retina and RPE/choroid, and single-nucleus RNA-seq (NucSeq) from human retina and RPE with subtype resolution from more than 100,000 cells. Using NucSeq, we find enriched expression of AMD candidate genes in RPE cells. We identify 15 putative causal genes for AMD on the basis of co-localization of genetic association signals for AMD risk and eye eQTL, including the genes TSPAN10 and TRPM1. These results demonstrate the value of our human eye database for elucidating genetic pathways and potential therapeutic targets for ocular diseases.


Assuntos
Suscetibilidade a Doenças/metabolismo , Regulação da Expressão Gênica/genética , Degeneração Macular/metabolismo , Epitélio Pigmentado da Retina/metabolismo , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Alelos , Corioide/metabolismo , Bases de Dados Genéticas , Feminino , Estudo de Associação Genômica Ampla , Humanos , Degeneração Macular/genética , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Locos de Características Quantitativas , RNA-Seq , Fatores de Risco , Análise de Célula Única , Canais de Cátion TRPM/genética , Canais de Cátion TRPM/metabolismo , Tetraspaninas/genética , Tetraspaninas/metabolismo , Transcriptoma/genética
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