Comparação do sistema de identificação automatizado Vitek 2 e PCR-ITS para caracterização das espécies dos isolados clínicos de Candida spp / Comparison of Vitek-2 automated identification system and PCR-ITS for species characterization of clinical isolates of Candida spp

As infecções graves causadas pelo gênero Candida têm se tornado um desafio na questão diagnóstica, no intuito de se detectar e identificar o agente etiológico de forma ágil, precisa e padronizada nos laboratórios clínicos. A predição da susceptibilidade aos antifúngicos, bem como a necessidade da geração de dados epidemiológicos reforçam a importância da identificação rotineira adequada das espécies de leveduras envolvidas em infecções. Dentre as 200 espécies de Candida já descritas, C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. krusei e C. lusitaniae são mais frequentemente relacionadas a infecções em humanos. Todos os métodos fenotípicos de identificação de Candida apresentam limitações,em especial na caracterização de espécies não C. albicans, porém, a aplicação de métodos moleculares pode refletir no aumento de custo e tempo despendido para a obtenção de resultados laboratoriais. A fim de avaliara aplicação do sistema automatizado Vitek 2-YST ID (bio Merieux) aliado ao uso de agar cromogênico na identificação rotineira de espécies de Candida, foram testados 44 isolados de infecção invasiva por inoculação em agar cromogênico e no painel automatizado e realização de amplificação do DNA relativo às regiões do espaçador interno transcrito 1 e 2 do rRNA (PCR-ITS). Oligo nucleotídeos espécie específicos foram utilizados e o tamanho do produto amplificado foi correlacionado aos demais resultados. O sistema automatizado identificou 95,4% dos isolados quando em associação com as características coloniais observadas no meio cromogênico, porém, o uso de PCR-ITS ou metodologias mais sensíveis seria necessário para solucionar os demais resultados, ambíguos e errôneos.

Serious infections caused by genus Candida have become a challenge in the diagnostic question, in order todetect and identify the etiologic agent of agile, precise and standardized form in manner clinical laboratories. The prediction of susceptibility to antifungal agents, and the need to generate epidemiological data highlight the importance of routine identification of yeast species involved in infections. Among the 200 Candida species already described, C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. krusei and C. lusitaniae are most often related with infections in humans. All of the phenotypic methods of identification of Candida have limitations, especially the characterization of the species not C. albicans, however, the application of molecular methods may reflect the increased cost and spent time for obtain results on laboratory. In order to evaluate the implementation of the automated system Vitek 2 ID - YST(bioMerieux) combined with the use of chromogenic agar in the routine identification of Candida species were tested 44 isolates from invasive infection by inoculation of chromogenic agar and automated panel and realization DNA amplification for the internal transcribed spacer regions of rRNA 1 and 2 (ITS - PCR). Oligonucleotides specific species were used and the size of the amplified product was correlated to other results. The automated system identified 95.4 % of the isolates when in association with colonial features observed in chromogenic medium, however, the use of PCR -ITS or more sensitive methodologies would be needed to solve the other results, ambiguous and erroneous.

Evolução da resistência de Klebsiella pneumoniae no Hospital Universitário de Londrina no período de 2000 a 2011 / Evolution of resistance of Klebsiella pneumoniae in Londrina University Hospital from 2000 to 2011

O presente estudo teve como objetivo avaliar a evolução da resistência a antimicrobianos em isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae, no período de 2000 a 2011, no Hospital Universitário da Universidade Estadual de Londrina (HU-UEL). Foi realizada uma análise retrospectiva de 2.318 testes de sensibilidade aos antimicrobianos de K. pneumoniae, a partir de um banco de dados do setor de Microbiologia do Laboratório Clínico do HU. No período de 2000 a 2009, o principal mecanismo de resistência aos antimicrobianos β-lactâmicos observado foi a produção de β-lactamases do tipo ESBL (β-lactamase de espectro ampliado),que pode ser verificado pelo aumento da resistência de K. pneumoniae às cefalosporinas de 3a. e 4a. geração. No entanto, a partir de 2009 apareceram as primeiras cepas de K. pneumoniae produtoras de carbapenemase, comprometendo a eficácia dos carbapenêmicos. Os índices de resistência ao ertapenem variaram de 16%,em 2005, para 40%, em 2011. Outra classe de antimicrobianos comprometida foi a das fluoroquinolonas; para ciprofloxacina, os índices de resistência variaram de 13% a 62%, em 2001 e 2011, respectivamente.Os aminoglicosídeos tiveram oscilações de resistência durante o período estudado, chegando, em 2011,a valores de 56% e 30% para gentamicina e amicacina, respectivamente. Enquanto isso, sulfametoxazol/trimetoprim e piperacilina/tazobactam alcançaram índices de resistência de 60%, nesse mesmo período. O aumento de resistência em K. pneumoniae neste hospital evidencia a necessidade de adequação do tratamento de infecções por este agente e de adoção o de medidas apropriadas que visem ao controle de infecções, bem como ao uso adequado dessas drogas.

The present study aimed to evaluate the evolution of antibiotic resistance in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae in the period of 2000 to 2011, at the University Hospital of Londrina (HU-UEL). A retrospective analysis of 2,318 antimicrobial susceptibility tests of Klebsiella pneumoniae was performed from a database of the Clinical Laboratory of Microbiology of the University Hospital. In the period of 2000 to 2009, the main mechanism of resistance observed to β-lactam antimicrobials was due to the production of ESBL β-lactamase type (β-lactamase wide spectrum), which can be verified by the increased resistance of Klebsiella pneumoniae to 3rd generation cephalosporins and cefepime. However, the first strains of Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing appeared in 2009, compromising the efficacy of carbapenems. The rates of resistance to ertapenem ranged from 16%, in 2005, to 40% in 2011. Another class of committed antibiotics was the fluoroquinolones; for ciprofloxacin, resistance rates ranged from 13% to 62%, in 2001 and 2011, respectively. Aminoglycosides exhibited oscillations of resistance during the period studied, reaching,in 2011, values of 56% and 30% for gentamicin and amikacin, respectively. Meanwhile, trimethoprim/sulfamethoxazole and piperacillin/tazobactam reached about 60%, in the same period. Therefore, knowing the antimicrobial resistance of Klebsiella pneumoniae strains is essential for proper treatment of patients and adoption of appropriate measures that aims infection control, and proper use of these drugs.

Nosocomial bloodstream Candida infections in a tertiary-care hospital in South Brazil: a 4-year survey.

The aims of this study were to evaluate the epidemiology of nosocomial candidemia in a tertiary hospital in South Brazil and the in vitro antifungal susceptibility of isolates. Blood strains from 108 patients were identified by PCR-based method. Some 30.5 % of candidemia were caused by Candida tropicalis, 28.7 % were due to Candida albicans, 24.1 % with Candida parapsilosis sensu stricto, 8.3 % with Candida glabrata sensu lato, 1.8 % involved Candida krusei and 6.6 % with other species. Candidemia was more common in intensive care unit settings (66 %). In vitro susceptibility to antifungal drugs was determined by a microdilution method; and new species-specific clinical breakpoints for fluconazole and voriconazole were applied. Overall susceptibility rates were 100 % for itraconazole, 91 % for fluconazole, 98 % for voriconazole and 99 % for amphotericin B. Fluconazole resistance was mostly among C. parapsilosis sensu stricto isolates (26.9 %). Most of the findings reported here agreed with epidemiological features common to other tertiary hospitals in Brazil; but also revealed some peculiarities, such as a high frequency of C. tropicalis associated with candidemia. Besides, high rate of fluconazole resistance among C. parapsilosis stricto sensu isolates was obtained when applying the new species-specific clinical breakpoints.

Species distribution and in vitro fluconazole susceptibility of clinical Candida isolates in a Brazilian tertiary-care hospital over a 3-year period.

INTRODUCTION: In this study, we aimed at identifying Candida isolates obtained from blood, urine, tracheal secretion, and nail/skin lesions from cases attended at the Hospital Universitário de Londrina over a 3-year period and at evaluating fluconazole susceptibilities of the isolates. METHODS: Candida isolates were identified by polymerase chain reaction (PCR) using species-specific forward primers. The in vitro fluconazole susceptibility test was performed according to EUCAST-AFST reference procedure. RESULTS: Isolates were obtained from urine (53.4%), blood cultures (19.2%), tracheal secretion (17.8%), and nail/skin lesions (9.6%). When urine samples were considered, prevalence was similar in women (45.5%) and in men (54.5%) and was high in the age group >61 years than that in younger ones. For blood samples, prevalence was high in neonates (35%) and advanced ages (22.5%). For nail and skin samples, prevalence was higher in women (71.4%) than in men (28.6%). Candida albicans was the most frequently isolated in the hospital, but Candida species other than C. albicans accounted for 64% of isolates, including predominantly Candida tropicalis (33.2%) and Candida parapsilosis (19.2%). The trend for non-albicans Candida as the predominant species was noted from all clinical specimens, except from urine samples. All Candida isolates were considered susceptible in vitro to fluconazole with the exception of isolates belonging to the intrinsically less-susceptible species C. glabrata. CONCLUSIONS: Non-albicans Candida species were more frequently isolated in the hospital. Fluconazole resistance was a rare finding in our study.

Species distribution and in vitro fluconazole susceptibility of clinical Candida isolates in a Brazilian tertiary-care hospital over a 3-year period / Distribuição de espécies e suscetibilidade in vitro ao fluconazol de isolados clínicos de Candida em um hospital terciário brasileiro num período de três anos

INTRODUCTION: In this study, we aimed at identifying Candida isolates obtained from blood, urine, tracheal secretion, and nail/skin lesions from cases attended at the Hospital Universitário de Londrina over a 3-year period and at evaluating fluconazole susceptibilities of the isolates. METHODS: Candida isolates were identified by polymerase chain reaction (PCR) using species-specific forward primers. The in vitro fluconazole susceptibility test was performed according to EUCAST-AFST reference procedure. RESULTS: Isolates were obtained from urine (53.4 percent), blood cultures (19.2 percent), tracheal secretion (17.8 percent), and nail/skin lesions (9.6 percent). When urine samples were considered, prevalence was similar in women (45.5 percent) and in men (54.5 percent) and was high in the age group >61 years than that in younger ones. For blood samples, prevalence was high in neonates (35 percent) and advanced ages (22.5 percent). For nail and skin samples, prevalence was higher in women (71.4 percent) than in men (28.6 percent). Candida albicans was the most frequently isolated in the hospital, but Candida species other than C. albicans accounted for 64 percent of isolates, including predominantly Candida tropicalis (33.2 percent) and Candida parapsilosis (19.2 percent). The trend for non-albicans Candida as the predominant species was noted from all clinical specimens, except from urine samples. All Candida isolates were considered susceptible in vitro to fluconazole with the exception of isolates belonging to the intrinsically less-susceptible species C. glabrata. CONCLUSIONS: Non-albicans Candida species were more frequently isolated in the hospital. Fluconazole resistance was a rare finding in our study.

INTRODUÇÃO: Neste estudo objetivamos a identificação de isolados de Candida obtidos de sangue, urina, secreção traqueal e de lesões de unha/pele, de casos atendidos no Hospital Universitário de Londrina num período de três anos. Avaliamos também a suscetibilidade dos isolados ao fluconazol. MÉTODOS: Os isolados de Candida foram identificados pela reação em cadeia da polimerase (RCP) usando oligonucleotídeos iniciadores espécie-específicos. O teste de suscetibilidade in vitro ao fluconazol foi realizado segundo o procedimento de referência EUCAST-AFST. RESULTADOS: Isolados foram obtidos de urina (53,4 por cento), sangue (19,2 por cento), secreção traqueal (17,8 por cento) e lesões de unha/pele (9,6 por cento). Considerando as amostras de urina, a prevalência foi similar em mulheres (45,5 por cento) e em homens (54,5 por cento) e foi alta no grupo de idade > 61 anos do que em grupos mais jovens. Para amostras de sangue a prevalência foi alta em neonatos (35 por cento) e idades avançadas (22,5 por cento). Para amostras de unha e pele a prevalência foi maior em mulheres (71,4 por cento) do que em homens (28,6 por cento). Candida albicans foi a mais frequentemente isolada no hospital, mas outras espécies de Candida corresponderam a 64 por cento dos isolados, incluindo predominantemente Candida tropicalis (33,2 por cento) e Candida parapsilosis (19,2 por cento). A tendência de Candida não-albicans como espécie predominante foi observada para todas as amostras clínicas, exceto para amostras de urina. Todos isolados de Candida foram considerados suscetíveis, in vitro, ao fluconazol com exceção dos isolados pertencentes às espécies intrinsecamente menos suscetíveis C. glabrata. CONCLUSÕES: Espécies de Candida não-albicans foram mais frequentemente isoladas no hospital. Resistência ao fluconazol foi rara no nosso estudo.

[Hemolysis produced by Candida tropicalis isolates from clinical samples]. / Hemólise produzida por Candida tropicalis isoladas de amostras clínicas.

INTRODUCTION: Yeasts belonging to the genus Candida are responsible for the majority of fungal infections in humans. Candida tropicalis has been one of most commonly isolated non-albicans species. To analyze in vitro hemolysis promoted by clinical isolates of C. tropicalis obtained from blood and other clinical samples from hospitalized patients at the University Hospital of Londrina State University, Paraná, Brazil. METHODS: The hemolysis promoted by 28 clinical isolates of C. tropicalis was evaluated, and the isolates were grouped into classes according to the hemolysis levels. RESULTS: The majority of the blood isolates showed weak hemolysis (+), while the classes of strong hemolysis (+++) and very strong hemolysis (++++) predominated among isolates from other clinical samples such as urine, nail lesions and tracheal secretions. However, no statistical differences were detected (p> 0.05). CONCLUSIONS: Isolates of C. tropicalis obtained from different clinical samples showed a capacity to promote in vitro hemolysis.

Hemólise produzida por Candida tropicalis isoladas de amostras clínicas / Hemolysis produced by Candida tropicalis isolates from clinical samples

INTRODUÇÃO: Leveduras do gênero Candida são responsáveis pela maioria das infecções fúngicas em humanos. Candida tropicalis tem sido uma das mais comumente isoladas dentre as espécies não-albicans. O objetivo foi analisar a hemólise in vitro promovida por isolados clínicos de C. tropicalis provenientes de sangue e outras amostras clínicas de pacientes internados no Hospital Universitário da UEL, PR-Brasil. MÉTODOS: Foi avaliada a hemólise promovida por 28 isolados clínicos de C. tropicalis, sendo os isolados agrupados em classes de acordo com os níveis de hemólise. RESULTADOS: A maioria dos isolados de sangue apresentou hemólise fraca (+), enquanto as classes de hemólise forte (+++) e muito forte (++++) foram as predominantes nos isolados de outras amostras clínicas como urina, lesão de unha e secreção traqueal, embora não tenham sido detectadas diferenças estatísticas (p>0,05). CONCLUSÕES: Isolados de C. tropicalis, obtidos de diferentes amostras clínicas, apresentam capacidade de promover hemólise in vitro.

INTRODUCTION: Yeasts belonging to the genus Candida are responsible for the majority of fungal infections in humans. Candida tropicalis has been one of most commonly isolated non-albicans species. To analyze in vitro hemolysis promoted by clinical isolates of C. tropicalis obtained from blood and other clinical samples from hospitalized patients at the University Hospital of Londrina State University, Paraná, Brazil. METHODS: The hemolysis promoted by 28 clinical isolates of C. tropicalis was evaluated, and the isolates were grouped into classes according to the hemolysis levels. RESULTS: The majority of the blood isolates showed weak hemolysis (+), while the classes of strong hemolysis (+++) and very strong hemolysis (++++) predominated among isolates from other clinical samples such as urine, nail lesions and tracheal secretions. However, no statistical differences were detected (p> 0.05). CONCLUSIONS: Isolates of C. tropicalis obtained from different clinical samples showed a capacity to promote in vitro hemolysis.

Análise microbiológica de pontas de cateteres venosos centrais provenientes de pacientes internados no Hospital Universitário da Universidade Estadual de Londrina / Microbiological analysis of the central venous catheter tips from hospitalized patients at Hospital Universitário of Universidade Estadual de Londrina

Cateteres venosos centrais (CVC) são utilizados na terapia intravenosa com a finalidade de facilitar o diagnóstico e o tratamento do paciente, pois permitem a administração de edicamentos, nutrição parenteral, além de serem usados como acesso vascular para hemodiálise. Entretanto, o uso desses cateteres oferece riscos de infecção local e sistêmica, incluindo endocardite e bacteremia. O presente estudo teve por objetivo isolar microrganismos de CVC, utilizando a técnica de cultura semi-quantitativa,e identificar os mesmos, mediante provas bioquímicas convencionais e por sistema automatizado. Neste estudo, 198 pontas de CVC foram avaliadas e 105 (53%) foram consideradas positivas, ou seja, apresentaram crescimento microbiano ³ 15 UFC. Os microrganismos encontrados foram os seguintes:63,8% de bactérias Gram-positivas; 30,5% de bactérias Gram-negativas e 5,7% de leveduras. Os microrganismos predominantes foram: Staphylococci coagulase-negativa (35,2%), Staphylococcus aureus (25,7%), Klebsiella pneumoniae (8,5%), Pseudomonas aeruginosa (7,6%), Acinetobacter baumannii (7,6%) e Candida albicans (4,7%). O aumento da incidência de infecção relacionada a cateter tem sido observado mundialmente, e decorre do aumento de procedimentos médicos invasivos, utilizados para o tratamento de pacientes. Este estudo possibilitou identificar os microrganismos predominantes em pontas de CVC, em um hospital escola da região de Londrina-PR. A identificação destes microrganismos é de extrema importância para otimizar o tratamento da infecção e estabelecer medidas preventivas.

Culturas de pontas de cateteres venosos centrais e perfil de resistência aos antimicrobianos de uso clínico / Central venous catheter tip cultures and resistance pattern of antimicrobial of clinical use

Neste estudo foram avaliadas, retrospectivamente, 604 culturas de pontas de cateteres provenientes de pacientes hospitalizados, para determinar os microrganismos mais freqüentemente isolados e estabelecer o perfil de resistência aos antimicrobianos. Foi utilizada a técnica de cultura semiquantitativa de Maki. A identificação dos isolados e a determinação de susceptibilidade foram realizadas através de provas bioquímicas convencionais e sistema automatizado. Foram positivas 42,7% das culturas avaliadas, com maior freqüencia em pacientes do sexo masculino ( 54,3%) e menores de um ano de idade (38,3%). Os microrganismos mais isolados foram Estafilococos coagulase-negativa-ECN (33,7%), Staphylococcos aureus (20.3%), Acinetobacter baumannii (9.4%), Pseudomonas aeruginosa (8.3%) e Klebsiella pneumoniae (6.7%). Altas taxas de resistência a oxacilina foram verificadas em ECN e S. aureus e todos os isolados Gram-positivos foram susceptíveis a vancomicina. Nos bacilos Gram-negativos, como em K. pneumoniae, verificou-se alta taxa de resistência à cefalosporinas de terceira geração e aminoglicosídeos. A resistência ao imipenem foi 48,3% e 9,7% para P. aeruginosa e A. baumannii, respectivamente. Os isolados de A. baumannii mostraram 55% de resistência à ampicillina-sulbactam e 38% de P. aeruginosa mostraram resistência à piperacillina-tazobactam.

Flora bacteriana nasal: estudo entre médicos residentes dos Hospitais Universitários de Londrina - Brasil / Nasal bacteriological flora: a study among medical residents of Londrina University Hospitals - Parana State - Brazil

As publicações sobre a flora bacteriana nasal em pessoas normais são poucas e a maioria foi realizada em países de clima temperado. O objetivo é identificar esta flora entre os médicos residentes dos hospitais da Universidade Estadual de Londrina. A coleta foi realizada com zaragatoa, e a identificação dos germes utilizou-se do método descrito anteriormente. O material consiste de 88 residentes e os resultados são apresentados em forma de tabelas. Podemos afirmar que a maioria dos médicos residentes dos Hospitais Universitários de Londrina é portador de mais de 2 germes patogênicos na fossa nasal, com alta resistência aos antibióticos testados, como a penicilina (29 por cento), eritromicina (19 por cento), terramicina 12 por cento, cloranfenicol9 por cento. Os germes apresentaram resistência menor aos antibióticos mais novos de 2 por cento para a ciprofloxacina, oxacilina, rifampicina e a cefepime. O estafilococo coagulase negativo, considerado flora normal, também mostrou resistência elevada

Manual de Coletas Microbiológicas procedimentos técnicos, transporte e armazenamento / Manual of microbiological collections procedures technician, transport and storage

Este manual é um instrumento que tem por finalidade fornecer orientação aos acadêmicos, pós-graduandos e profissionais da área de saúde quanto aos procedimentos operacionais padrão (POP’s) para coleta de amostras biológicas, transporte e conservação, uma vez que esta é uma etapa fundamental que assegura a qualidade do exame microbiológico.

Investigaçäo de enfermagem sobre o uso de cateteres venosos em clientes hospitalizados / Nursing research on intravenous catheterisation for hospitalised patients

Através do presente estudo pode-se concluir que a cateterizaçäo intravenosa foi efetuada em 59,4 por cento da amostra por acesso venoso dificultado; em 100 por cento da amostra foi efetuado curativo fechado, sendo que a troca do curativo foi feita a cada 48 horas em 89,8 por cento da amostra; o tempo de permanência do cateter intravenoso foi de até 10 dias em 52 por cento dos casos, sendo que o cateter foi retirado em 34,8 por cento por suspensäo da medicaçäo e problemas técnicos, respectivamente. O microrganismo de maior incidência foi Staphylococcus aureus em 20,3 por cento da amostra analisada.