RESUMO
We conducted the genome sequencing and analysis of the first confirmed COVID-19 infections in Brazil. Rapid sequencing coupled with phylogenetic analyses in the context of travel history corroborate multiple independent importations from Italy and local spread during the initial stage of COVID-19 transmission in Brazil. (AU)
Assuntos
Brasil , Vigilância em Saúde Pública , SARS-CoV-2 , COVID-19 , COVID-19/transmissãoRESUMO
In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from 2011 to nowadays. MuV epidemiological surveillance has been improving by using the polymerase chain reaction in real time (rRT-PCR) in addition to the specific IgM antibody (IgM-Ab) detection; in some cases, genome sequencing studies were performed. Increased virus transmission and recent outbreaks have raised interest on MuV genotyping, as a means to understand the transmission pathways and to identify the vaccine-associated cases. From January 2011 to August 2016, MuV infection was analyzed at Institute Adolfo Lutz. A total of 232 (77.33 %) throat wash samples showed positivity to mumps genome, and 68 (22.66 %) were negative when analyzed by rRT-PCR. Among 15 samples for molecular analysis, 10 serum samples from respective patients were also available for detecting anti-MuV IgM-Ab; and from these, four (40%) samples were seropositive. Vaccination status was available only for patients from Cedral and Araraquara. Phylogenetic analysis revealed the circulation of the following mumps virus genotypes in the investigated periods: 2011(M), 2012, and 2013 (K); 2014 (N); 2015 (G, K, and N); 2016 (G). Knowledge on MuV molecular epidemiology in São Paulo-Brazil could contribute to the surveillance and epidemiological program in Brazil, and globally as well.
No estado de São Paulo têm ocorrido surtos de caxumba desde 2011. O diagnóstico laboratorial tem sido realizado no Instituto Adolfo Lutz utilizando-se a técnica de identificação de material genético viral por meio de reação de cadeia de polimerase-em tempo real (rRT-PCR) e pela detecção de anticorpos IgM (Ac-IgM) específicos circulantes. Os recentes surtos de caxumba têm aumentado o interesse em investigar os genótipos dos vírus prevalentes para identificar os casos associadas à vacina. De janeiro de 2011 a agosto de 2016, 300 amostras de lavados da orofaringe coletadas de pacientes suspeitos de infecção foram analisadas. O material genético viral específico foi detectado em 232 (77,33 %) amostras e 68 (22,66 %) foram negativas. Das 10 amostras analisadas pelo teste sorológico, quatro (40 %) demonstraram positividade para Ac-IgM específicos anti-vírus da caxumba e seis foram negativas. Somente os municípios Cedral e Araraquara forneceram os dados referentes à vacinação. Análise filogenética mostrou a circulação dos seguintes genótipos do vírus da caxumba no período investigado: 2011 (M), 2012 e 2013 (K); 2014 (N); 2015 (GKN); 2016 (G). A vigilância virológica é mundialmente imprescindível, para identificar a diversidade e a distribuição dos diferentes genótipos, com vistas à composição de vacinas específicas.
Assuntos
Genótipo , Surtos de Doenças , Vírus da Caxumba/isolamento & purificação , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo RealRESUMO
In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from 2011 to nowadays. MuV epidemiological surveillance has been improving by using the polymerase chain reaction in real time (rRT-PCR) in addition to the specific IgM antibody (IgM-Ab) detection; in some cases,genome sequencing studies were performed. Increased virus transmission and recent outbreakshave raised interest on MuV genotyping, as a means to understand the transmission pathways andto identify the vaccine-associated cases. From January 2011 to August 2016, MuV infection was analyzed at Institute Adolfo Lutz. A total of 232 (77.33 %) throat wash samples showed positivity to mumps genome, and 68 (22.66 %) were negative when analyzed by rRT-PCR. Among 15 samples for molecular analysis, 10 serum samples from respective patients were also available for detecting anti-MuV IgM-Ab; and from these, four (40%) samples were seropositive. Vaccination statuswas available only for patients from Cedral and Araraquara. Phylogenetic analysis revealed the circulation of the following mumps virus genotypes in the investigated periods: 2011(M), 2012, and 2013 (K); 2014 (N); 2015 (G, K, and N); 2016 (G). Knowledge on MuV molecular epidemiology in São Paulo-Brazil could contribute to the surveillance and epidemiological program in Brazil, and globally as well.
No estado de São Paulo têm ocorrido surtos de caxumba desde 2011. O diagnóstico laboratorialtem sido realizado no Instituto Adolfo Lutz utilizando-se a técnica de identificação de material genético viral por meio de reação de cadeia de polimerase-em tempo real (rRT-PCR) e peladetecção de anticorpos IgM (Ac-IgM) específicos circulantes. Os recentes surtos de caxumbatêm aumentado o interesse em investigar os genótipos dos vírus prevalentes para identificaros casos associadas à vacina. De janeiro de 2011 a agosto de 2016, 300 amostras de lavadosda orofaringe coletadas de pacientes suspeitos de infecção foram analisadas. O material genéticoviral específico foi detectado em 232 (77,33 %) amostras e 68 (22,66 %) foram negativas.Das 10 amostras analisadas pelo teste sorológico, quatro (40 %) demonstraram positividadepara Ac-IgM específicos anti-vírus da caxumba e seis foram negativas. Somente os municípios Cedral e Araraquara forneceram os dados referentes à vacinação. Análise filogenética mostroua circulação dos seguintes genótipos do vírus da caxumba no período investigado: 2011 (M),2012 e 2013 (K); 2014 (N); 2015 (GKN); 2016 (G). A vigilância virológica é mundialmente imprescindível, para identificar a diversidade e a distribuição dos diferentes genótipos, com vistasà composição de vacinas específicas.
Assuntos
Epidemiologia Molecular , Genótipo , Saúde Pública , Surtos de Doenças , Vírus da CaxumbaAssuntos
Humanos , Vírus da Influenza A Subtipo H1N1/efeitos dos fármacos , /efeitos dos fármacos , Vírus da Influenza B/efeitos dos fármacos , Influenza Humana/virologia , Vigilância da População , Antivirais/uso terapêutico , Brasil , Farmacorresistência Viral , Influenza Humana/tratamento farmacológico , Estações do AnoRESUMO
In February 2012, an outbreak of respiratory illness occurred on the cruise ship MSC Armonia in Brazil. A 31-year-old female crew member was hospitalized with respiratory failure and subsequently died. To study the etiology of the respiratory illness, tissue taken at necropsy from the deceased woman and respiratory specimens from thirteen passengers and crew members with respiratory symptoms were analyzed. Influenza real-time RT-PCR assays were performed, and the full-length hemagglutinin (HA) gene of influenza-positive samples was sequenced. Influenza B virus was detected in samples from seven of the individuals, suggesting that it was the cause of this respiratory illness outbreak. The sequence analysis of the HA gene indicated that the virus was closely related to the B/Brisbane/60/2008-like virus, Victoria lineage, a virus contained in the 2011-12 influenza vaccine for the Southern Hemisphere. Since the recommended composition of the influenza vaccine for use during the 2013 season changed, an intensive surveillance of viruses circulating worldwide is crucial. Molecular analysis is an important tool to characterize the pathogen responsible for an outbreak such as this. In addition, laboratory disease surveillance contributes to the control measures for vaccine-preventable influenza.
Em fevereiro de 2012, durante a temporada de verão no Brasil, um surto de doença respiratória ocorreu no navio de cruzeiro MSC Armonia. Mulher de 31 anos, membro da tripulação, foi internada com insuficiência respiratória e morreu. Com o objetivo de estudar a etiologia da doença foram investigadas necrópsia de tecido do caso fatal e secreções respiratórias de 13 passageiros e membros da tripulação com sintomas respiratórios. O teste de influenza por RT-PCR em tempo real foi realizado e o gene completo da hemaglutinina (HA) das amostras positivas foi sequenciado. O vírus influenza B foi detectado em sete indivíduos, sugerindo-o como a causa do surto de doença respiratória a bordo do navio. A análise da sequência do gene da HA indicou que os vírus estão fortemente relacionados com o vírus B/Brisbane/60/2008, linhagem Victoria, componente da vacina de influenza para 2011-2012 no hemisfério sul. Uma vez que a composição da vacina foi alterada para uso na temporada de 2012-2013, é essencial a vigilância ativa dos vírus circulantes em todo o mundo. A análise molecular é uma ferramenta importante para caracterização do patógeno responsável pelo surto. Além disso, a vigilância de doenças baseada em dados laboratoriais contribui para as medidas de controle da influenza, uma doença imunoprevinível.
Assuntos
Adulto , Criança , Feminino , Humanos , Masculino , Adulto Jovem , Surtos de Doenças , Vírus da Influenza B/genética , Influenza Humana/epidemiologia , Navios , Brasil/epidemiologia , Influenza Humana/diagnóstico , Filogenia , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase ReversaRESUMO
Os autores apresentam sua experiência no diagnóstico laboratorial de InfluenzaA (H1N1) em 37.240 amostras clínicas obtidas de pacientes com suspeita de gripe, encaminhadas ao Instituto Adolfo Lutz para análise. Eles apresentam os algoritmos de testes moleculares empregados, comparam a eficiência dos mesmos quanto à sensibilidade, especificidade e custo e, finalmente sugerem um novo algoritmo para ser usado em caso de nova epidemia de Influenza A (H1N1) em 2010.
The authors present their experience with the molecular diagnosis of Influenza A (H1N1) with 37.240 clinicalsamples obtained from individuals suspected of flu, sent to Instituto Adolfo Lutz for analysis. They show the used algorithms, compare their efficiency in terms of sensitivity, specificity and cost, and suggest a new algorithm to be employed in case of an outbreak of Influenza A (H1N1) in 2010.