Comparative evaluation of the identification of rapidly growing non-tuberculous mycobacteria by mass spectrometry (MALDI-TOF MS), GenoType Mycobacterium CM/AS assay and partial sequencing of the rpoBeta gene with phylogenetic analysis as a reference method / Evaluación comparativa de la identificación de micobacterias no tuberculosas de crecimiento rápido mediante espectrometría de masas (MALDI-TOF MS), GenoType(R) Mycobacterium CM/AS assay y la secuenciación parcial del gen rpoBeta con análisis filogenético como método de referencia

ABSTRACT

Introduction: The American Thoracic Society and the Infectious Diseases Society of America recommend that clinically significant non-tuberculous mycobacteria (NTM) should be identified to the species level in order to determine their clinical significance. The aim of this study was to evaluate identification of rapidly growing NTM (RGM) isolated from clinical samples by using MALDI-TOF MS and a commercial molecular system. The results were compared with identification using a reference method. Methods: We included 46 clinical isolates of RGM and identified them using the commercial molecular system GenoType(R) CM/AS (Hain, Lifescience, Germany), MALDI-TOF MS (Bruker) and, as reference method, partial rpoBeta gene sequencing followed by BLAST and phylogenetic analysis with the 1093 sequences available in the GeneBank. Results: The degree of agreement between GenoType(R) and MALDI-TOF MS and the reference method, partial rpoBeta sequencing, was 27/43 (62.8%) and 38/43 cases (88.3%) respectively. For all the samples correctly classified by GenoType(R), we obtained the same result with MALDI-TOF MS (27/27). However, MALDI-TOF MS also correctly identified 68.75% (11/16) of the samples that GenoType(R) had misclassified (p = 0.005). Conclusions: MALDI-TOF MS classified significantly better than GenoType(R). When a MALDI-TOF MS score >1.85 was achieved, MALDI-TOF MS and partial rpoBeta gene sequencing were equivalent. GenoType(R) was not able to distinguish between species belonging to the M. fortuitum complex. MALDI-TOF MS methodology is simple, rapid and associated with lower consumable costs than GenoType(R). The partial rpoBeta sequencing methods with BLAST and phylogenetic analysis were not able to identify some RGM unequivocally. Therefore, sequencing of additional regions would be indicated in these cases

RESUMEN

Introducción: La American Thoracic Society y la Infectious Diseases Society of America recomiendan que las micobacterias no tuberculosas (MNT) clínicamente relevantes sean identificadas a nivel de especie para determinar su significado clínico. El propósito de este estudio fue a partir de MNT de crecimiento rápido (MCR) aisladas en muestras clínicas, evaluar su identificación mediante MALDI-TOF MS y un método molecular comercial, comparando estos resultados con la identificación obtenida usando un método de referencia. Métodos: Se incluyeron 46 aislados clínicos de MCR. Estos aislados se identificaron mediante el método molecular comercial GenoType(R) Mycobacterium CM/AS (Hain, Lifescience, Alemania), MALDI-TOF MS (Bruker) y, como método de referencia, la secuenciación parcial del gen rpoBeta seguido de BLAST y análisis filogenético. Para el análisis filogenético se utilizaron 1.093 secuencias disponibles en el GeneBank. Resultados: Entre GenoType(R) o MALDI-TOF MS, la concordancia respecto al método de referencia, secuenciación parcial de rpoB, fue 27/43 (62,8%) y 38/43 casos (88,3%), respectivamente. En todas las muestras que GenoType(R) clasificó correctamente con MALDI-TOF MS se obtuvo el mismo resultado (27/27). Pero además MALDI-TOF MS identificó bien 68,75% (11/16) de las muestras que GenoType(R) no clasificó correctamente (p = 0,005). Conclusiones: MALDI-TOF MS clasificó significativamente mejor que GenoType(R). Cuando MALDI-TOF MS alcanzó una puntuación >1,85, MALDI-TOF y la secuenciación parcial del gen rpoβ fueron equivalentes. GenoType(R) no distinguió dentro del M. fortuitum complex. La metodología MALDI-TOF MS es simple, rápida y se asocia a un menor coste de consumibles que GenoType(R). La secuenciación parcial del gen rpoBeta con BLAST y análisis filogenético no lograron identificar de manera inequívoca algunas MCR. Para estas MCR estaría indicado la secuenciación de regiones adicionales