Evaluation of protein-ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations.

Okimoto, Noriaki; Suenaga, Atsushi; Taiji, Makoto

Okimoto, Noriaki; Suenaga, Atsushi; Taiji, Makoto.

Afiliação

Okimoto N; a Laboratory for Computational Molecular Design, Computational Biology Research Core , Quantitative Biology Center (QBiC) , RIKEN, QBiC Building B, 6-2-4 Furuedai, Suita , Osaka 565-0874 , Japan.
Suenaga A; b Data Management and Integration Team , Molecular Profiling Research Center for Drug Discovery , AIST, Tokyo Waterfront Bio-IT Research Building, 2-4-7 Aomi, Koto-ku , Tokyo 135-0064 , Japan.
Taiji M; c Department of Biosciences , College of Humanities and Sciences, Nihon University , 3-25-40 Sakurajyosui, Setagaya-ku , Tokyo 156-8550 , Japan.

J Biomol Struct Dyn ; 35(15): 3221-3231, 2017 Nov.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-27771988

Assuntos

Simulação de Dinâmica Molecular; Sítios de Ligação; Domínio Catalítico; Quinase 2 Dependente de Ciclina/química; Ligantes; Ligação Proteica; Conformação Proteica em Folha beta; Proteínas de Ligação a Tacrolimo/química; Termodinâmica; Tripsina/química

Palavras-chave

binding affinity; drug design; lead optimization; proteinligand interaction; steered molecular dynamics simulation

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Simulação de Dinâmica Molecular Tipo de estudo: Prognostic_studies / Risk_factors_studies Idioma: En Revista: J Biomol Struct Dyn Ano de publicação: 2017 Tipo de documento: Article

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