A computational approach to distinguish somatic vs. germline origin of genomic alterations from deep sequencing of cancer specimens without a matched normal.

Sun, James X; He, Yuting; Sanford, Eric; Montesion, Meagan; Frampton, Garrett M; Vignot, Stéphane; Soria, Jean-Charles; Ross, Jeffrey S; Miller, Vincent A; Stephens, Phil J; Lipson, Doron; Yelensky, Roman

Sun, James X; He, Yuting; Sanford, Eric; Montesion, Meagan; Frampton, Garrett M; Vignot, Stéphane; Soria, Jean-Charles; Ross, Jeffrey S; Miller, Vincent A; Stephens, Phil J; Lipson, Doron; Yelensky, Roman.

Afiliação

Sun JX; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
He Y; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Sanford E; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Montesion M; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Frampton GM; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Vignot S; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U981, Gustave Roussy, Villejuif Grand, Paris, France.
Soria JC; Oncology and Hematology Department, Hôpitaux de Chartres, Chartres, France.
Ross JS; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) U981, Gustave Roussy, Villejuif Grand, Paris, France.
Miller VA; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Stephens PJ; Albany Medical College, Albany, NY, United States of America.
Lipson D; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.
Yelensky R; Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, United States of America.

PLoS Comput Biol ; 14(2): e1005965, 2018 02.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-29415044

Assuntos

Biologia Computacional; Mutação em Linhagem Germinativa; Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala; Neoplasias/genética; Algoritmos; Alelos; Neoplasias da Mama/genética; Carcinoma Pulmonar de Células não Pequenas/genética; Neoplasias do Colo/genética; Simulação por Computador; Variações do Número de Cópias de DNA; Bases de Dados Genéticas; Exoma; Éxons; Feminino; Frequência do Gene; Genoma Humano; Genômica; Heterozigoto; Homozigoto; Humanos; Neoplasias Pulmonares/genética; Mutação; Ploidias; Polimorfismo de Nucleotídeo Único; Probabilidade; Reprodutibilidade dos Testes; Análise de Sequência de DNA/métodos

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Mutação em Linhagem Germinativa / Biologia Computacional / Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala / Neoplasias Tipo de estudo: Prognostic_studies Limite: Female / Humans Idioma: En Revista: PLoS Comput Biol Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article

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