The impact of various seed, accessibility and interaction constraints on sRNA target prediction- a systematic assessment.

Raden, Martin; Müller, Teresa; Mautner, Stefan; Gelhausen, Rick; Backofen, Rolf

Raden, Martin; Müller, Teresa; Mautner, Stefan; Gelhausen, Rick; Backofen, Rolf.

Afiliação

Raden M; Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Georges-Koehler-Allee 106, Freiburg, 79110, Germany. mann@informatik.uni-freiburg.de.
Müller T; Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Georges-Koehler-Allee 106, Freiburg, 79110, Germany.
Mautner S; Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Georges-Koehler-Allee 106, Freiburg, 79110, Germany.
Gelhausen R; Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Georges-Koehler-Allee 106, Freiburg, 79110, Germany.
Backofen R; Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Georges-Koehler-Allee 106, Freiburg, 79110, Germany.

BMC Bioinformatics ; 21(1): 15, 2020 Jan 13.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-31931703

Assuntos

Bactérias/genética; Biologia Computacional/métodos; RNA Bacteriano/genética; Pequeno RNA não Traduzido/genética; Bactérias/química; Bactérias/metabolismo; RNA Bacteriano/química; RNA Bacteriano/metabolismo; Pequeno RNA não Traduzido/química; Pequeno RNA não Traduzido/metabolismo

Palavras-chave

Accessibility; Constraints; RNA-RNA interaction; Seed; Target prediction; sRNA

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Bactérias / RNA Bacteriano / Biologia Computacional / Pequeno RNA não Traduzido Tipo de estudo: Evaluation_studies / Prognostic_studies / Qualitative_research / Risk_factors_studies Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Ano de publicação: 2020 Tipo de documento: Article

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