Profile hidden Markov model sequence analysis can help remove putative pseudogenes from DNA barcoding and metabarcoding datasets.

Porter, T M; Hajibabaei, M

Porter, T M; Hajibabaei, M.

Afiliação

Porter TM; Department of Integrative Biology and Centre for Biodiversity Genomics, University of Guelph, 50 Stone Road East, Guelph, ON, Canada. terrimporter@gmail.com.
Hajibabaei M; Department of Integrative Biology and Centre for Biodiversity Genomics, University of Guelph, 50 Stone Road East, Guelph, ON, Canada.

BMC Bioinformatics ; 22(1): 256, 2021 May 19.

Article em En | MEDLINE | ID: mdl-34011275

Assuntos

Código de Barras de DNA Taxonômico; Pseudogenes; Núcleo Celular; DNA Mitocondrial; Mitocôndrias/genética; Filogenia; Pseudogenes/genética; Análise de Sequência de DNA

Palavras-chave

Bioinformatics; COI mtDNA; DNA barcode; Hidden Markov model; Metabarcode; NuMT; Nuclear encoded mitochondrial sequences; Pseudogene

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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Contexto em Saúde: 1_ASSA2030 Base de dados: MEDLINE Assunto principal: Pseudogenes / Código de Barras de DNA Taxonômico Tipo de estudo: Health_economic_evaluation / Prognostic_studies Idioma: En Revista: BMC Bioinformatics Ano de publicação: 2021 Tipo de documento: Article

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