Guaiaca a software tool for supporting the use of scientific applications designed for data analysis part I: execution assistant / Guaiaca uma ferramenta de apoio ao uso de aplicativos científicos destinados a análises de dados parte I: assistente de execução

The aim of this work is to develop a software tool that provides a user-friendly graphical interface of generic and configurable design in order to ease the researchers tasks in data manipulation and analysis. Two primary targets have influenced the design: data preparation for analysis in animal breeding programs and usability increase for those applications that perform important analysis methods, but interact with users only through text files and command lines. The Guaiaca tool was designed as a utility belt in the form of two integrated assistants, and it can be combined with multiple analysis applications. This tool offers facilities to: (a) collect, manipulate, and reorganize data; (b) organize, register, and retrieve analyses through descriptors; and (c) prepare and activate analysis processes. Guaiacas Execution Assistant module is described in this paper, where is also emphasized the parameters to configure, the main data structures to maintain, and the form of the relationship between its generic interface and combined analysis applications. The generic interface has been customized and validated for the peculiarities of two applications, WOMBAT (mixed models) and INTERGEN (Bayesian models). Several data analyses were performed with the interface support to prove its generality and ease of installation, configuration and operation. Data sets from 5,726 quails in

O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma ferramenta de software com interface gráfica amigável, genérica e configurável, para facilitar pesquisadores na organização e gerenciamento das atividades de manipulação e análises de dados. A concepção foi baseada nas características de dois focos principais: a preparação de dados para análises em pesquisas de melhoramento genético de animais e o incremento da usabilidade para aplicativos que implementam importantes métodos de análises, mas interagem com o usuário via arquivos de texto e linha de comando. A ferramenta Guaiaca foi modelada como um cinto de utilidades e desenvolvida na forma de dois assistentes integrados. Pode ser combinada com múltiplos aplicativos executores de análises. Oferece facilidades para: coleta, manipulação e reorganização de dados; organização, catalogação e recuperação de análises via descritores; ativação de processos de análise. Apresenta-se uma descrição sobre o Assistente de Execução destacando os parâmetros configuráveis, as estruturas de dados mantidas e a forma de relacionamento entre a interface genérica e os aplicativos de análise combinados. A personalização de sua interface foi testada para peculiaridades dos aplicativos WOMBAT (modelos mistos) e INTERGEN (modelos bayesianos). Foram realizadas diversas análises para comprovar sua generalidade e facilidade de instalação, configuração e opera

Use of sodium cloprostenol and oestradiol benzoate in beef cattle females inseminated in fixed-time with or without estrous retection / Utilização de cloprostenol sódico e benzoato de estradiol em vacas de corte inseminadas em tempo-fixo ou com observação de cio

The aim of this study was to evaluate the use of a prostaglandin F2 analogue (PGF2) and oestradiol benzo-ate (ODB) in estrus synchronization programs. A hundred and eighty five non-lactating females divided in 4 groups were used. G1 (44) and G2 (46) received two applications of PGF2 (D0 and D11) and G3 (26) and G4 (37) received one application after 5 days of estrous detection. G1 and G3 also received a 1 mg ODB application 48 hours after the PGF2. The pregnancy rate at AI was 42,2% for G1, 47,8% for G2, 32,1% for G3 e 57,6% for G4 (p>0,05) and of 38,4% and 51,4% for animals submitted to FTAI and estrous detection, respectively (p>0,05). This results show that pregnancy rates of females fixed time inseminated didnt differ of that inseminated after estrus detection. Key-words: Beef cattle, estrus synchronization, fixed time artificial insemination, prostaglandin.

O objetivo deste estudo foi avaliar o emprego de um análogo da prostaglandina F2 (PGF2) em associação ao benzoato de estradiol (BE) em programas de sincronização de cios. Utilizaram-se 185 fêmeas não-lactantes divididas em quatro grupos. O G1 (44) e o G2 (46) receberam duas aplicações de PGF2 (D0 e D11) e os animais do G3 (26) e G4 (37) uma aplicação de PGF2, após cinco dias de detecção de cio. O G1 e o G3 receberam 1mg de BE 48 horas após a PGF2. A taxa de prenhez na IA foi de 42,2% no G1, 47,8% no G2, 32,1% no G3 e 57,6% no G4 (p>0,05) e de 38,4% e 51,4% para animais submetidos à IATF e à detecção de cio, respectivamente (p>0,05). Notou-se que a taxa de prenhez nas fêmeas inseminadas em tempo-fixo não diferiu daquelas que foram inseminadas após a detecção de cio. Palavras-chaves: Bovinos de corte, inseminação artificial em tempo fixo, prostaglandina, sincronização de cios.

Efeito da condição corporal avaliada no diagnóstico de gestação sobre o momento da concepção e taxa de prenhez em vacas de corte

A subnutrição é o principal fator que afeta o nível de produção em um sistema extensivo de criação de bovinos de corte com conseqüências diretas nos índices reprodutivos. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a influência da condição corporal (CC) quando avaliada no diagnóstico de gestação, sobre a taxa de prenhez e o momento da concepção na estação reprodutiva de vacas de corte, nas diferentes categorias. Foram utilizadas para este trabalho 435 fêmeas, sendo vacas solteiras, vacas com cria ao pé e novilhas. A taxa de prenhez, sem considerar a categoria, nos animais com CC = de 3 foi de 81,8% (304/373), sendo que a taxa de prenhez nos animais com CC 3 foi de 17,7% (11/62) (p

Modelagem do crescimento e do desenvolvimento de frangos de corte: validação

A model was developed in order to simulate the basal metabolism, deposition of protein in carcass and feathers and carcass fat deposition. The model assumes the existence of a pool of readily available nutrients in the animal body, being the simulation of animal metabolism based on the in and out flow of nutrients of this pool. Nutrients come from feed intake or tissue catabolism, and may be used for maintenance, feather and carcass protein deposition and carcass fat deposition. The simulation process is dynamic, with maintenance and tissue turnover occurring simultaneously. Three data sets were used for calibration, sensibility analysis and validation of model. The model is able to simulate deposition of protein and fat in the carcass and protein in the feathers. However, adjustments are required to match different genotypes, mainly for the rate of maturing of the protein in the carcass (B P), rate of maturing of the protein in the feathers (B F), for the mature weight of the protein in the carcass (WmP) and the mature weight of the protein in the feathers (WmF). The model was especially shown sensitive to these parameters in the sensibility analysis, being highlighted the importance of being correctly determined. The protein deposition in the carcass and in the feathers they presented smaller correlation coefficients (r²) among the observed values and simulated in function of the great variation among genotypes, what reinforces the need to determine the parameters that characterize each genotype correctly.

Foi desenvolvido um modelo com o objetivo de simular o metabolismo basal, a deposição de proteína na carcaça e nas penas e a deposição de gordura na carcaça. O modelo assume a existência de um "pool" de nutrientes disponíveis no corpo animal, sendo a simulação do metabolismo animal baseada no fluxo de entrada e saída de nutrientes desse "pool". Os nutrientes vêm da ingestão de alimentos ou do catabolismo tecidual, são removidos do "pool" com os destinos de mantença, deposição de proteína na carcaça, deposição de gordura na carcaça e deposição de proteína nas penas. O processo de simulação é dinâmico, com as exigências de mantença contabilizadas ao mesmo tempo que as deposições de tecidos. Três conjuntos de dados foram utilizados para o processo de calibração, de análise de sensibilidade dos parâmetros e de validação do modelo. O modelo é eficaz para simular a deposição de proteína e de gordura na carcaça, bem como a deposição de proteína nas penas. No entanto, há a necessidade de um ajuste nos parâmetros envolvidos nas deposições de acordo com o genótipo que se pretende simular, principalmente para a taxa de maturação da proteína na carcaça (B P), para a taxa de maturação da proteína nas penas (B F), para o peso maduro da proteína na carcaça (WmP) e para o peso maduro da proteína nas penas (WmF). O modelo mostrou-se especialmente sensível a estes parâmetros na análise de sensibilidade, salientando-se a importância de serem corretamente determinados. As deposições de proteína na carcaça e nas penas apresentaram menores coeficientes de correlação (r²) entre os valores observados e simulados em função da grande variação entre genótipos, o que reforça a necessidade de se determinar corretamente os parâmetros que caracterizam cada genótipo.

Modelagem do crescimento e do desenvolvimento de frangos de corte: validação

A model was developed in order to simulate the basal metabolism, deposition of protein in carcass and feathers and carcass fat deposition. The model assumes the existence of a pool of readily available nutrients in the animal body, being the simulation of animal metabolism based on the in and out flow of nutrients of this pool. Nutrients come from feed intake or tissue catabolism, and may be used for maintenance, feather and carcass protein deposition and carcass fat deposition. The simulation process is dynamic, with maintenance and tissue turnover occurring simultaneously. Three data sets were used for calibration, sensibility analysis and validation of model. The model is able to simulate deposition of protein and fat in the carcass and protein in the feathers. However, adjustments are required to match different genotypes, mainly for the rate of maturing of the protein in the carcass (B P), rate of maturing of the protein in the feathers (B F), for the mature weight of the protein in the carcass (WmP) and the mature weight of the protein in the feathers (WmF). The model was especially shown sensitive to these parameters in the sensibility analysis, being highlighted the importance of being correctly determined. The protein deposition in the carcass and in the feathers they presented smaller correlation coefficients (r²) among the observed values and simulated in function of the great variation among genotypes, what reinforces the need to determine the parameters that characterize each genotype correctly.

Foi desenvolvido um modelo com o objetivo de simular o metabolismo basal, a deposição de proteína na carcaça e nas penas e a deposição de gordura na carcaça. O modelo assume a existência de um "pool" de nutrientes disponíveis no corpo animal, sendo a simulação do metabolismo animal baseada no fluxo de entrada e saída de nutrientes desse "pool". Os nutrientes vêm da ingestão de alimentos ou do catabolismo tecidual, são removidos do "pool" com os destinos de mantença, deposição de proteína na carcaça, deposição de gordura na carcaça e deposição de proteína nas penas. O processo de simulação é dinâmico, com as exigências de mantença contabilizadas ao mesmo tempo que as deposições de tecidos. Três conjuntos de dados foram utilizados para o processo de calibração, de análise de sensibilidade dos parâmetros e de validação do modelo. O modelo é eficaz para simular a deposição de proteína e de gordura na carcaça, bem como a deposição de proteína nas penas. No entanto, há a necessidade de um ajuste nos parâmetros envolvidos nas deposições de acordo com o genótipo que se pretende simular, principalmente para a taxa de maturação da proteína na carcaça (B P), para a taxa de maturação da proteína nas penas (B F), para o peso maduro da proteína na carcaça (WmP) e para o peso maduro da proteína nas penas (WmF). O modelo mostrou-se especialmente sensível a estes parâmetros na análise de sensibilidade, salientando-se a importância de serem corretamente determinados. As deposições de proteína na carcaça e nas penas apresentaram menores coeficientes de correlação (r²) entre os valores observados e simulados em função da grande variação entre genótipos, o que reforça a necessidade de se determinar corretamente os parâmetros que caracterizam cada genótipo.

Modelo de simulação do crescimento e desenvolvimento de frangos de corte: descrição e implementação

A model was developed to simulate the basal metabolism, deposition of protein in carcass and feathers, and carcass fat deposition. The model assumes the existence of a pool of readily available nutrients in the animal, simulating metabolism based on the flow of nutrients to and from this pool. Nutrients are originated from feed intake or tissue catabolism, and may be used for maintenance, feather and carcass protein deposition and carcass fat deposition. The simulation process is dynamic, with maintenance and tissue turnover occurring simultaneously. In case energy is insufficient for maintenance, lean and fat tissues are catabolized, and their energy is added to the pool. Nitrogen (N) is also required for maintenance and lean tissue growth. In case of N deficiency, this nutrient is obtained from muscle catabolism. Feather and lean tissue growth is dependent on genetic background and on the largest nutritional limitation (nitrogen or energy) in the nutrient pool. The amount of fat tissue stored depends on the energy available in the pool, being greater when there is excess energy. The effect of sex and different genotypes is expressed through changes in the parameters. The model is able to simulate deposition of protein and fat in the carcass and protein in the feathers.

O modelo construído tem como objetivos a simulação da manutenção, a deposição de proteína na carcaça e nas penas assim como a deposição de gordura na carcaça, e assume a existência de um pool de nutrientes disponíveis no corpo animal, sendo a simulação do metabolismo animal baseada no fluxo de entrada e saída de nutrientes desse pool. Os nutrientes vindos da ingestão de alimentos ou do catabolismo tecidual são removidos do pool com os destinos de mantença, deposição de proteína na carcaça, deposição de gordura na carcaça e deposição de proteína nas penas. O processo de simulação é dinâmico, com as exigências de mantença contabilizadas ao mesmo tempo das deposições de tecidos. Se não houver energia disponível em quantidade adequada para a mantença, o tecido adiposo e o tecido muscular são catabolizados e a energia é disponibilizada e adicionada ao pool de nutrientes. O nitrogênio (N) também é exigido para mantença e deposição do tecido muscular. Se o pool de nutrientes não contiver nitrogênio suficiente para a mantença, tecido muscular é catabolizado para a disponibilização de N. O tecido muscular é depositado numa quantidade determinada pelo potencial genético do animal e pela maior limitação nutricional (nitrogênio ou energia) no pool de nutrientes, da mesma forma que a deposição de proteína nas penas. A quantidade de tecido adiposo depositada depende das reservas de energia no pool de nutrientes, sendo maior quando houver sobra de energia da deposição de proteína na carcaça e nas penas. O efeito de sexo e de diferentes genótipos é expresso através de uma mudança no valor dos parâmetros do modelo. O modelo é eficaz para simular a deposição de proteína e gordura na carcaça bem como a deposição de proteína nas penas.

Modelo de simulação do crescimento e desenvolvimento de frangos de corte: descrição e implementação

A model was developed to simulate the basal metabolism, deposition of protein in carcass and feathers, and carcass fat deposition. The model assumes the existence of a pool of readily available nutrients in the animal, simulating metabolism based on the flow of nutrients to and from this pool. Nutrients are originated from feed intake or tissue catabolism, and may be used for maintenance, feather and carcass protein deposition and carcass fat deposition. The simulation process is dynamic, with maintenance and tissue turnover occurring simultaneously. In case energy is insufficient for maintenance, lean and fat tissues are catabolized, and their energy is added to the pool. Nitrogen (N) is also required for maintenance and lean tissue growth. In case of N deficiency, this nutrient is obtained from muscle catabolism. Feather and lean tissue growth is dependent on genetic background and on the largest nutritional limitation (nitrogen or energy) in the nutrient pool. The amount of fat tissue stored depends on the energy available in the pool, being greater when there is excess energy. The effect of sex and different genotypes is expressed through changes in the parameters. The model is able to simulate deposition of protein and fat in the carcass and protein in the feathers.

O modelo construído tem como objetivos a simulação da manutenção, a deposição de proteína na carcaça e nas penas assim como a deposição de gordura na carcaça, e assume a existência de um pool de nutrientes disponíveis no corpo animal, sendo a simulação do metabolismo animal baseada no fluxo de entrada e saída de nutrientes desse pool. Os nutrientes vindos da ingestão de alimentos ou do catabolismo tecidual são removidos do pool com os destinos de mantença, deposição de proteína na carcaça, deposição de gordura na carcaça e deposição de proteína nas penas. O processo de simulação é dinâmico, com as exigências de mantença contabilizadas ao mesmo tempo das deposições de tecidos. Se não houver energia disponível em quantidade adequada para a mantença, o tecido adiposo e o tecido muscular são catabolizados e a energia é disponibilizada e adicionada ao pool de nutrientes. O nitrogênio (N) também é exigido para mantença e deposição do tecido muscular. Se o pool de nutrientes não contiver nitrogênio suficiente para a mantença, tecido muscular é catabolizado para a disponibilização de N. O tecido muscular é depositado numa quantidade determinada pelo potencial genético do animal e pela maior limitação nutricional (nitrogênio ou energia) no pool de nutrientes, da mesma forma que a deposição de proteína nas penas. A quantidade de tecido adiposo depositada depende das reservas de energia no pool de nutrientes, sendo maior quando houver sobra de energia da deposição de proteína na carcaça e nas penas. O efeito de sexo e de diferentes genótipos é expresso através de uma mudança no valor dos parâmetros do modelo. O modelo é eficaz para simular a deposição de proteína e gordura na carcaça bem como a deposição de proteína nas penas.

Guaiaca a software tool for supporting the use of scientific applications designed for data analysis part I: execution assistant / Guaiaca uma ferramenta de apoio ao uso de aplicativos científicos destinados a análises de dados parte I: assistente de execução

The aim of this work is to develop a software tool that provides a user-friendly graphical interface of generic and configurable design in order to ease the researchers tasks in data manipulation and analysis. Two primary targets have influenced the design: data preparation for analysis in animal breeding programs and usability increase for those applications that perform important analysis methods, but interact with users only through text files and command lines. The Guaiaca tool was designed as a utility belt in the form of two integrated assistants, and it can be combined with multiple analysis applications. This tool offers facilities to: (a) collect, manipulate, and reorganize data; (b) organize, register, and retrieve analyses through descriptors; and (c) prepare and activate analysis processes. Guaiacas Execution Assistant module is described in this paper, where is also emphasized the parameters to configure, the main data structures to maintain, and the form of the relationship between its generic interface and combined analysis applications. The generic interface has been customized and validated for the peculiarities of two applications, WOMBAT (mixed models) and INTERGEN (Bayesian models). Several data analyses were performed with the interface support to prove its generality and ease of installation, configuration and operation. Data sets from 5,726 quails in

O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma ferramenta de software com interface gráfica amigável, genérica e configurável, para facilitar pesquisadores na organização e gerenciamento das atividades de manipulação e análises de dados. A concepção foi baseada nas características de dois focos principais: a preparação de dados para análises em pesquisas de melhoramento genético de animais e o incremento da usabilidade para aplicativos que implementam importantes métodos de análises, mas interagem com o usuário via arquivos de texto e linha de comando. A ferramenta Guaiaca foi modelada como um cinto de utilidades e desenvolvida na forma de dois assistentes integrados. Pode ser combinada com múltiplos aplicativos executores de análises. Oferece facilidades para: coleta, manipulação e reorganização de dados; organização, catalogação e recuperação de análises via descritores; ativação de processos de análise. Apresenta-se uma descrição sobre o Assistente de Execução destacando os parâmetros configuráveis, as estruturas de dados mantidas e a forma de relacionamento entre a interface genérica e os aplicativos de análise combinados. A personalização de sua interface foi testada para peculiaridades dos aplicativos WOMBAT (modelos mistos) e INTERGEN (modelos bayesianos). Foram realizadas diversas análises para comprovar sua generalidade e facilidade de instalação, configuração e opera

Efeito da condição corporal avaliada no diagnóstico de gestação sobre o momento da concepção e taxa de prenhez em vacas de corte

A subnutrição é o principal fator que afeta o nível de produção em um sistema extensivo de criação de bovinos de corte com conseqüências diretas nos índices reprodutivos. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a influência da condição corporal (CC) quando avaliada no diagnóstico de gestação, sobre a taxa de prenhez e o momento da concepção na estação reprodutiva de vacas de corte, nas diferentes categorias. Foram utilizadas para este trabalho 435 fêmeas, sendo vacas solteiras, vacas com cria ao pé e novilhas. A taxa de prenhez, sem considerar a categoria, nos animais com CC = de 3 foi de 81,8% (304/373), sendo que a taxa de prenhez nos animais com CC 3 foi de 17,7% (11/62) (p

Efeito da condição corporal avaliada no diagnóstico de gestação sobre o momento da concepção e taxa de prenhez em vacas de corte

A subnutrição é o principal fator que afeta o nível de produção em um sistema extensivo de criação de bovinos de corte com conseqüências diretas nos índices reprodutivos. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a influência da condição corporal (CC) quando avaliada no diagnóstico de gestação, sobre a taxa de prenhez e o momento da concepção na estação reprodutiva de vacas de corte, nas diferentes categorias. Foram utilizadas para este trabalho 435 fêmeas, sendo vacas solteiras, vacas com cria ao pé e novilhas. A taxa de prenhez, sem considerar a categoria, nos animais com CC = de 3 foi de 81,8% (304/373), sendo que a taxa de prenhez nos animais com CC 3 foi de 17,7% (11/62) (p

USE OF SODIUM CLOPROSTENOL AND OESTRADIOL BENZOATE IN BEEF CATTLE FEMALES INSEMINATED IN FIXED-TIME WITH OR WITHOUT ESTROUS RETECTION / UTILIZAÇÃO DE CLOPROSTENOL SÓDICO E BENZOATO DE ESTRADIOL EM VACAS DE CORTE INSEMINADAS EM TEMPO-FIXO OU COM OBSERVAÇÃO DE CIO

The aim of this study was to evaluate the use of a prostaglandin F2 analogue (PGF2) and oestradiol benzo-ate (ODB) in estrus synchronization programs. A hundred and eighty five non-lactating females divided in 4 groups were used. G1 (44) and G2 (46) received two applications of PGF2 (D0 and D11) and G3 (26) and G4 (37) received one application after 5 days of estrous detection. G1 and G3 also received a 1 mg ODB application 48 hours after the PGF2. The pregnancy rate at AI was 42,2% for G1, 47,8% for G2, 32,1% for G3 e 57,6% for G4 (p>0,05) and of 38,4% and 51,4% for animals submitted to FTAI and estrous detection, respectively (p>0,05). This results show that pregnancy rates of females fixed time inseminated didnt differ of that inseminated after estrus detection. Key-words: Beef cattle, estrus synchronization, fixed time artificial insemination, prostaglandin.

O objetivo deste estudo foi avaliar o emprego de um análogo da prostaglandina F2 (PGF2) em associação ao benzoato de estradiol (BE) em programas de sincronização de cios. Utilizaram-se 185 fêmeas não-lactantes divididas em quatro grupos. O G1 (44) e o G2 (46) receberam duas aplicações de PGF2 (D0 e D11) e os animais do G3 (26) e G4 (37) uma aplicação de PGF2, após cinco dias de detecção de cio. O G1 e o G3 receberam 1mg de BE 48 horas após a PGF2. A taxa de prenhez na IA foi de 42,2% no G1, 47,8% no G2, 32,1% no G3 e 57,6% no G4 (p>0,05) e de 38,4% e 51,4% para animais submetidos à IATF e à detecção de cio, respectivamente (p>0,05). Notou-se que a taxa de prenhez nas fêmeas inseminadas em tempo-fixo não diferiu daquelas que foram inseminadas após a detecção de cio. Palavras-chaves: Bovinos de corte, inseminação artificial em tempo fixo, prostaglandina, sincronização de cios.