Identificação laboratorial da coqueluche na região do oeste do Estado de São Paulo / Laboratory identification of pertussis in the western region of São Paulo State, Brazil

O objetivo deste estudo foi de confirmar laboratorialmente os casos suspeitos de coqueluche na região oeste do Estado de São Paulo, ocorridos entre 2010 a 2015. A cultura foi realizada no Centro de Laboratório Regional - Instituto Adolfo Lutz de Presidente Prudente e a PCR em tempo real (qPCR) foi realizada no Centro de Referência Nacional para Pertussis – Instituto Adolfo Lutz em São Paulo, SP. Foram recebidas 189 amostras, sendo 29 (15,3%) confirmadas segundo os critérios laboratoriais (cultura e/ou qPCR). A faixa etária mais acometida foi em crianças menores de seis meses de idade (82,8%), não vacinados ou com o esquema de vacinação incompleto. Provavelmente, estes resultados representam apenas uma fração do número real de casos de coqueluche que ocorrem no Brasil. O contínuo monitoramento da doença e informações da prevalência por faixa etária são importantes ferramentas para melhorar as estratégias de imunização como forma de controlar esta doença reemergente.

The aim of this study was to confirm the suspected cases of pertussis in the Western region of the Sao Paulo State from 2010 to 2015. The samples were cultured in the Instituto Adolfo Lutz - Regional Laboratory of Presidente Prudente-SP, and the qPCR was performed at the National Reference Laboratory for Pertussis – Central Instituto Adolfo Lutz, São Paulo-SP. In this period, 189 samples were received, being 29 (15.3%) confirmed by the laboratory criteria (culture and/or qPCR). The most affected group was the children less than six months old (82.8%), not vaccinated or with the incomplete vaccination. Most likely, these results only represent a fraction of the actual number of pertussis cases occurring in Brazil. The continuous disease monitoring and the prevalence data by age group are fundamental to improve the immunization strategies as a way to control this important re-emerging disease.

Identificação laboratorial da coqueluche na região do oeste do Estado de São Paulo / Laboratory identification of pertussis in the western region of São Paulo State, Brazil

O objetivo deste estudo foi de confirmar laboratorialmente os casos suspeitos de coqueluche na região oeste do Estado de São Paulo, ocorridos entre 2010 a 2015. A cultura foi realizada no Centro de Laboratório Regional - Instituto Adolfo Lutz de Presidente Prudente e a PCR em tempo real (qPCR) foi realizada no Centro de Referência Nacional para Pertussis Instituto Adolfo Lutz em São Paulo, SP. Foram recebidas 189 amostras, sendo 29 (15,3%) confirmadas segundo os critérios laboratoriais (cultura e/ou qPCR). A faixa etária mais acometida foi em crianças menores de seis meses de idade (82,8%), não vacinados ou com o esquema de vacinação incompleto. Provavelmente, estes resultados representam apenas uma fração do número real de casos de coqueluche que ocorrem no Brasil. O contínuo monitoramento da doença e informações da prevalência por faixa etária são importantes ferramentas para melhorar as estratégias de imunização como forma de controlar esta doença reemergente.(AU)

The aim of this study was to confirm the suspected cases of pertussis in the Western region of the Sao Paulo State from 2010 to 2015. The samples were cultured in the Instituto Adolfo Lutz - Regional Laboratory of Presidente Prudente-SP, and the qPCR was performed at the National Reference Laboratory for Pertussis Central Instituto Adolfo Lutz, São Paulo-SP. In this period, 189 samples were received, being 29 (15.3%) confirmed by the laboratory criteria (culture and/or qPCR). The most affected group was the children less than six months old (82.8%), not vaccinated or with the incomplete vaccination. Most likely, these results only represent a fraction of the actual number of pertussis cases occurring in Brazil. The continuous disease monitoring and the prevalence data by age group are fundamental to improve the immunization strategies as a way to control this important re-emerging disease.(AU)

Pertussis characterization in the central-west region of São Paulo state, Brazil / Caracterização da coqueluche na região centro-oeste do Estado de São Paulo, Brasil

Pertussis is a highly contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. This study aimed at characterizing the B. pertussis laboratory positivity and the isolated strains in municipalities of the Central-West Region of São Paulo State, Brazil from 2010 to 2014. A total of 597 nasopharyngeal swabs samples were collected from suspected patients and contacts, and analyzed by in vitro culture and Real-Time PCR (qPCR). Culture-positive B. pertussis strains were characterized by serotyping and pulsed-field gel electrophoresis. Considering culture and/or qPCR, the positivity rate was of 19.6%. Out of 117 samples with B. pertussis, 23 were detected by both methods, 89 by qPCR only and five by culture only. Strains presenting FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) and FIM2 (28%) serotypes were found. Five pulsotypes were detected by PFGE, 48% of which identified as BP.Xba.0039, being the predominant type in this study. Among the positive strains, 50% were isolated from <2 months old-children and 17% were isolated from three to six months old patients. Non-vaccinated children or with incomplete vaccination schedule were at the major risk of complications and death, highlighting the importance of a continuous monitoring of this infection for the future control strategies.

A coqueluche é uma doença respiratória altamente contagiosa causada por Bordetella pertussis. Este estudo caracterizou a positividade de B. pertussis e as cepas isoladas em municípios da Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo de 2010 a 2014. Foram coletados 597 esfregaços nasofaríngeos de pacientes e contatos suspeitos de coqueluche, e analisados por cultura e Real-TimePCR (qPCR). Os isolados de B. pertussis obtidos de cultura foram caracterizados por sorotipagem e eletroforese em gel de campo pulsado. Considerando-se a cultura e/ou qPCR, verificou-se taxa de positividade de 19,6%. Das 117 amostras positivas para B. pertussis, 23 foram detectadas por ambos os métodos, 89 apenas por qPCR e cinco apenas na cultura. Foram detectadas cepas de sorotipos FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) e FIM2 (28%). Cinco pulsotipos foram detectados pela PFGE, e 48% identificados como BP.Xba.0039, o tipo predominante neste estudo. Entre as cepas positivas, 50% foram isoladas de crianças menores de dois meses e 17% isoladas da faixa etária de três a seis meses. Crianças não vacinadas ou com esquema de vacinação incompleta têm maior risco de complicações e óbito, o que ressalta a importância do monitoramento contínuo desta infecção para futuras estratégias de controle.

Pertussis characterization in the central-west region of São Paulo state, Brazil / Caracterização da coqueluche na região centro-oeste do Estado de São Paulo, Brasil

Pertussis is a highly contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. This study aimed at characterizing the B. pertussis laboratory positivity and the isolated strains in municipalities of the Central-West Region of São Paulo State, Brazil from 2010 to 2014. A total of 597 nasopharyngeal swabs samples were collected from suspected patients and contacts, and analyzed by in vitro culture and Real-Time PCR (qPCR). Culture-positive B. pertussis strains were characterized by serotyping and pulsed-field gel electrophoresis. Considering culture and/or qPCR, the positivity rate was of 19.6%. Out of 117 samples with B. pertussis, 23 were detected by both methods, 89 by qPCR only and five by culture only. Strains presenting FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) and FIM2 (28%) serotypes were found. Five pulsotypes were detected by PFGE, 48% of which identified as BP.Xba.0039, being the predominant type in this study. Among the positive strains, 50% were isolated from <2 months old-children and 17% were isolated from three to six months old patients. Non-vaccinated children or with incomplete vaccination schedule were at the major risk of complications and death, highlighting the importance of a continuous monitoring of this infection for the future control strategies.(AU)

A coqueluche é uma doença respiratória altamente contagiosa causada por Bordetella pertussis. Este estudo caracterizou a positividade de B. pertussis e as cepas isoladas em municípios da Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo de 2010 a 2014. Foram coletados 597 esfregaços nasofaríngeos de pacientes e contatos suspeitos de coqueluche, e analisados por cultura e Real-TimePCR (qPCR). Os isolados de B. pertussis obtidos de cultura foram caracterizados por sorotipagem e eletroforese em gel de campo pulsado. Considerando-se a cultura e/ou qPCR, verificou-se taxa de positividade de 19,6%. Das 117 amostras positivas para B. pertussis, 23 foram detectadas por ambos os métodos, 89 apenas por qPCR e cinco apenas na cultura. Foram detectadas cepas de sorotipos FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) e FIM2 (28%). Cinco pulsotipos foram detectados pela PFGE, e 48% identificados como BP.Xba.0039, o tipo predominante neste estudo. Entre as cepas positivas, 50% foram isoladas de crianças menores de dois meses e 17% isoladas da faixa etária de três a seis meses. Crianças não vacinadas ou com esquema de vacinação incompleta têm maior risco de complicações e óbito, o que ressalta a importância do monitoramento contínuo desta infecção para futuras estratégias de controle.(AU)

Marker-assisted selection of maintainer lines within an onion tropical population

The traditional onion (Allium cepa) hybrid production requires the development of maintainer and male sterile lines and also a pollinator line with good specific combination ability. We report the identification of maintainer and male-sterile onion lines within the Brazilian 'Baia Periforme' derived population, 'Alfa São Francisco', associating random field pairing of male-fertile plants with selected male-sterile plants and PCR-based marker system monitoring S, T and N-cytoplasms. Male-sterile plants produced flowers with light green anthers which were easily detected in the field. A frequency of 2.0% of male-sterile plants was estimated in the 'Alfa São Francisco' sampled population. Male-sterile plants produced the 5'cob-marker 180-bp and the orfA501-marker 473-bp fragments, suggesting the T-cytoplasm type, while the maintainer line produced only the 5'cob-marker 180-bp. These identified lines will be important to develop tropical onion hybrids well-adapted to Brazilian low latitudes and to future comparative studies with other onion cytoplasmic genic male sterility systems.

A produção tradicional de híbrido de cebola (Allium cepa) requer o desenvolvimento de linhas mantenedoras e linhas macho estéreis, bem como uma linha polinizadora de boa capacidade específica de combinação. Reporta-se a identificação de linhas de cebola mantenedora e macho-estéreis numa população 'Alfa São Francisco' derivada da brasileira 'Baia Periforme', associando pareamento ao acaso no campo de plantas férteis com plantas macho-estéreis e sistema de PCR para monitoramento dos citoplasmas S, T e N. Plantas macho-estéreis produziram flores com anteras verde-claras, que foram facilmente identificadas no campo. A freqüência de 2,0% de plantas macho-estéreis foi estimada dentro de uma amostra da população 'Alfa São Francisco'. Plantas macho-estéreis produziram o marcador 5´cob de 180-pb e o marcador orfA501 de 473-pb, sugerindo que o citoplasma é do tipo T, enquanto a linha mantenedora da macho-esterilidade produziu apenas o marcador 5'cob de 180-pb. Essas linhas identificadas serão importantes para o desenvolvimento de híbridos de cebola tropical, bem adaptados às áreas de baixa latitude do Brasil e para estudos comparativos no futuro com outros sistemas da macho-esterilidade citoplasmática gênica de cebola.

Marker-assisted selection of maintainer lines within an onion tropical population

The traditional onion (Allium cepa) hybrid production requires the development of maintainer and male sterile lines and also a pollinator line with good specific combination ability. We report the identification of maintainer and male-sterile onion lines within the Brazilian 'Baia Periforme' derived population, 'Alfa São Francisco', associating random field pairing of male-fertile plants with selected male-sterile plants and PCR-based marker system monitoring S, T and N-cytoplasms. Male-sterile plants produced flowers with light green anthers which were easily detected in the field. A frequency of 2.0% of male-sterile plants was estimated in the 'Alfa São Francisco' sampled population. Male-sterile plants produced the 5'cob-marker 180-bp and the orfA501-marker 473-bp fragments, suggesting the T-cytoplasm type, while the maintainer line produced only the 5'cob-marker 180-bp. These identified lines will be important to develop tropical onion hybrids well-adapted to Brazilian low latitudes and to future comparative studies with other onion cytoplasmic genic male sterility systems.

A produção tradicional de híbrido de cebola (Allium cepa) requer o desenvolvimento de linhas mantenedoras e linhas macho estéreis, bem como uma linha polinizadora de boa capacidade específica de combinação. Reporta-se a identificação de linhas de cebola mantenedora e macho-estéreis numa população 'Alfa São Francisco' derivada da brasileira 'Baia Periforme', associando pareamento ao acaso no campo de plantas férteis com plantas macho-estéreis e sistema de PCR para monitoramento dos citoplasmas S, T e N. Plantas macho-estéreis produziram flores com anteras verde-claras, que foram facilmente identificadas no campo. A freqüência de 2,0% de plantas macho-estéreis foi estimada dentro de uma amostra da população 'Alfa São Francisco'. Plantas macho-estéreis produziram o marcador 5´cob de 180-pb e o marcador orfA501 de 473-pb, sugerindo que o citoplasma é do tipo T, enquanto a linha mantenedora da macho-esterilidade produziu apenas o marcador 5'cob de 180-pb. Essas linhas identificadas serão importantes para o desenvolvimento de híbridos de cebola tropical, bem adaptados às áreas de baixa latitude do Brasil e para estudos comparativos no futuro com outros sistemas da macho-esterilidade citoplasmática gênica de cebola.

Divergência genética entre populações de cebola com base em marcadores morfológicos

Bulbs of 16 acessions from Onion Gene Bank of Embrapa Clima Temperado were evaluated for weight, diameter, length, skin color, shape, uniformity, and post harvest conservation in Pelotas, RS, Brazil. The objective of this work was to estimate genetic divergence in onion populations. The obtained data were submitted to principal component and cluster analysis. There was genetic variability for evaluated traits. Acessions were separated in three clusters. One cluster had 13 populations including all landraces and cultivars with brown skin color; the second cluster had the landrace with violet bulbs; and the third cluster had the two cultivars with white bulbs. Skin color, weight and post harvest of bulbs showed the highest contribution to divergence among acessions.

Bulbos de 16 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Cebola (Allium cepa) da Embrapa Clima Temperado foram avaliados quanto a peso, diâmetro, altura, coloração das túnicas externas, formato, uniformidade e conservação pós-colheita nas condições ambientais de Pelotas - RS, com o objetivo de estimar a divergência genética entre populações de cebola. Os dados obtidos foram submetidos a análises de agrupamento e de componentes principais. Foi evidenciada a presença de variabilidade genética para os caracteres considerados. Os acessos foram divididos em três grupos: o primeiro reuniu 13 acessos incluindo todas as variedades locais e as variedades comerciais com bulbos de coloração marrom; o segundo formado por uma variedade local de bulbos roxos; e o terceiro grupo reunindo as duas variedades comerciais de bulbos brancos. Os caracteres que mais contribuíram para a divergência entre os acessos foram a cor, o peso e a conservação pós-colheita.

Divergência genética entre populações de cebola com base em marcadores morfológicos

Bulbs of 16 acessions from Onion Gene Bank of Embrapa Clima Temperado were evaluated for weight, diameter, length, skin color, shape, uniformity, and post harvest conservation in Pelotas, RS, Brazil. The objective of this work was to estimate genetic divergence in onion populations. The obtained data were submitted to principal component and cluster analysis. There was genetic variability for evaluated traits. Acessions were separated in three clusters. One cluster had 13 populations including all landraces and cultivars with brown skin color; the second cluster had the landrace with violet bulbs; and the third cluster had the two cultivars with white bulbs. Skin color, weight and post harvest of bulbs showed the highest contribution to divergence among acessions.

Bulbos de 16 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Cebola (Allium cepa) da Embrapa Clima Temperado foram avaliados quanto a peso, diâmetro, altura, coloração das túnicas externas, formato, uniformidade e conservação pós-colheita nas condições ambientais de Pelotas - RS, com o objetivo de estimar a divergência genética entre populações de cebola. Os dados obtidos foram submetidos a análises de agrupamento e de componentes principais. Foi evidenciada a presença de variabilidade genética para os caracteres considerados. Os acessos foram divididos em três grupos: o primeiro reuniu 13 acessos incluindo todas as variedades locais e as variedades comerciais com bulbos de coloração marrom; o segundo formado por uma variedade local de bulbos roxos; e o terceiro grupo reunindo as duas variedades comerciais de bulbos brancos. Os caracteres que mais contribuíram para a divergência entre os acessos foram a cor, o peso e a conservação pós-colheita.