Resumo
This study aimed to investigate the genetic variability of two Brazilian free range (Caipira) chickens lines using microsatellites analysis of ten loci. It was collected a total of 99 blood samples, which 49 were from Paraíso Pedrês (PP) and 50 were from Rubro Negra (RN) lines. The amplification of the DNA fragments was performed by polymerase chain reaction (PCR) and the genotyping was conduct using ABI 3130 sequencer. The allele number variation was among 3 (LEI0254) to 32 (LEI0212) in the PP line, and 4 (LEI0254) to 31 (LEI0212) in the RN line. The allelic average per locus was 13.3 and 13.1 in the PP and RN lines, respectively. The average observed and the expected heterozygosity were 0.650 and 0.820 in the PP line, and 0.671 and 0.804 in the RN line. All of the analyzed loci were informative (PIC>0.5). These results indicate that these free-range animals have a high genetic variability, at least for the majority of the analyzed loci, and this genetic variation is higher than the commercial chickens and similar for the no-commercial birds.(AU)
Este trabalho teve como objetivo investigar a variabilidade genética de duas linhagens de galinhas caipiras brasileiras usando 10 locos de microssatélites. Noventa e nove amostras de sangue total foram coletadas, sendo 49 da linhagem Paraíso Pedrês (PP) e 50 da linhagem Rubro Negra (RN). As amplificações dos fragmentos do DNA foram realizadas pela técnica da reação em cadeia pela polimerase (PCR), e a genotipagem ocorreu em um sequenciador ABI 3130. O número de alelos variou de 3 (LEI0254) a 32 (LEI0212), na linhagem PP, e de 4 (LEI0254) a 31 (LEI0212), na linhagem RN. O número médio de alelos por loco foi de 13,3 e de 13,1 nas linhagens PP e RN, respectivamente. A heterozigosidade observada média e a heterozigosidade esperada média foram 0,650 e 0,820, na linhagem PP, e 0,671 e 0,804, na linhagem RN. Todos os locos analisados foram informativos (PIC>0,5). Estes resultados indicam que estes animais caipiras têm uma grande variabilidade genética, pelo menos para a maioria dos locos analisados, e que esta variação genética é maior do que a das galinhas comerciais e semelhante à de aves não comerciais.(AU)
Assuntos
Animais , Galinhas/genética , Linhagem , Aves Domésticas/crescimento & desenvolvimentoResumo
The purpose of this study was to investigate the genetic polymorphism of fifteen microsatellites loci in Brazilian (blue-egg Caipira) chickens. Samples were collected from 100 blue eggs of Caipira chickens from rural properties in the city of Dois Lajeados, RS. After DNA extraction, the fragments related to molecular markers LEI0248, LEI0221, LEI0214, LEI0192, LEI0217, LEI0254, LEI0194, LEI0212, MCW0371, ADL0278, LEI0234, MCW0183, MCW0216, MCW0330 and MCW0081 were obtained by polymerase chain reaction (PCR). The statistical analysis were carried out with the softwares ARLEQUIN 3.5 version and CERVUS 3.0.3 version. The allelic and genotypic frequencies, deviations from Hardy-Weinberg equilibrium, estimates of observed (HO) and expected (HE) heterozygosity and polymorphic information content (PIC) were obtained for each marker locus. A total of 186 alleles from 15 loci were obtained, with sizes ranging of 83 to 490 base pairs. The medium number of alleles was 12.4, the HE was 0.76±0.14 and HO was 0.49±0.21 and PIC was 0.706. The first conclusion is that the microsatellites used are polymorphic and can be used to genetic studies in chickens. The second is that the "Caipira" chicken (blue eggs) population investigated has a great genic variability, which makes than an important source of genetic resources for future animal breeding programs.(AU)
O objetivo deste trabalho foi investigar a variabilidade genética de quinze loci de microssatélites em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Foram coletadas amostras de sangue de 100 galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis provenientes de propriedades da região rural do município de Dois Lajeados, RS. Após extração do DNA foram utilizados marcadores para quinze loci de microssatélites: LEI0248, LEI0221, LEI0214, LEI0192, LEI0217, LEI0254, LEI0194, LEI0212, MCW0371, ADL0278, LEI0234, MCW0183, MCW0216, MCW0330 e MCW0081 que foram amplificados por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). A análise estatística foi conduzida utilizando o programa ARLEQUIN ver 3.5 e CERVUS ver 3.0.3. Foram determinadas às frequências alélicas, genotípicas e estimativas de heterozigosidade esperada (HE) e observada (HO), desvios do Equilíbrio de Hardy-Weinberg e conteúdo de informação polimórfica (PIC) para cada locus de microssatélite. Os resultados demonstraram um total de 186 alelos (somando os alelos dos 15 loci), com os fragmentos variando entre 83 e 490 pares de base, com número médio de alelos de 12,4, HE de 0,76±0,14 e HO de 0,49±0,21 e PIC de 0,706. Conclui-se que os microssatélites utilizados são polimórficos e que podem, portanto, serem utilizados para investigações genéticas em galinhas. A população de galinhas caipiras de ovos azuis analisada apresenta grande variabilidade gênica, o que as torna uma importante fonte de recursos genéticos, e que poderão, assim, serem utilizadas em futuros programas de melhoramento genético animal.(AU)
Assuntos
Animais , Feminino , Galinhas/genética , Polimorfismo Genético , Variação Genética/genética , Loci Gênicos , Reação em Cadeia da PolimeraseResumo
Este trabalho descreve o estabelecimento de um pro!tocolo de "nested-PCR" para a detecção do vírus da anemia das galinhas (CAV, chicken anemia virus), agente causador da anemia infecciosa das galinhas. Para a extração de DNA a partir de amostras clínicas um método baseado no uso de tiocianato de guanidina mostrou-se mais sensível e prático, do que os demais avaliados. Para a PCR inicial foi selecionado um par de primers que amplifica uma região de 664 pares de bases (pb) do gene VP1. Para a "nested-PCR" propriamente dita, foi selecionado um segundo par que amplifica uma região interna de 520 pb. A especificidade dos primers foi avaliada utilizando amostras de lotes controlados para CAV. Outras trinta amostras vírus e bactérias, causadoras de doenças em aves, não geraram produto de amplificação. A sensibilidade do teste foi determinada a partir de diluições seriadas de uma amostra vacinal de CAV. A "nested-PCR" mostrou ser mais sensível do que a PCR e foi capaz de detectar pelo menos 0,16 TCID50 por cento da cepa vacinal. Além disso, detectou DNA viral em tecidos, soro e cama aviária de lotes com e sem sinais clínicos. Conclui-se que, como técnica para a detecção do CAV, o protocolo de "nested-PCR" aqui descrito, é mais sensível, rápido e menos trabalhoso do que o isolamento viral em cultivo celular. (AU)
This paper reports a nested polymerase chain reaction (nested-PCR) protocol for detection of chicken anemia virus (CAV), the causal agent of infectious chicken anemia. For DNA extraction from clinical samples, a method based on guanidine thiocyanate was found more sensitive and practical than other extraction protocols tested. The pair of primers used in the initial PCR targeted a 664 bp fragment on the VP1 gene. The primers for the internal PCR targeted a fragment of 520 bp. The specificity of the primers was evaluated on samples of CAV controlled flocks. Thirty different viruses and bacteria isolated from chickens did not give rise to any amplification product in the assay. The sensitivity of the nested-PCR was determined on serial dilutions of a CAV vaccine. The nested-PCR was more sensitive than a one step PCR and was able to detect at least 0.16 TCID50 of the vaccine strain. In addition, the protocol employed here detected viral DNA from tissues, sera and litter from flocks with or without clinical signs of disease. It is concluded that the nested-PCR protocol described here is more sensitive, faster and less cumbersome than virus isolation in cell culture as a diagnostic technique for detection of CAV.(AU)