Resumo
A broad-range bacterial PCR target to conserved regions of the 23S rDNA was applied to 306 blood culture samples from 295 infants (up to one year of age) admitted to a neonatal intensive care unit. Classic blood culture results were compared to DNA sequencing analysis of the PCR amplification products. Culture results were in agreement to DNA sequencing in 90.5% (277) of 306 samples tested, including 263 PCR and culture negative samples and 29 culture and PCR positive samples. The sensitivity of the PCR method combined with sequencing was 88%, and the specificity was 96.3%, with positive and negative predictive values of 74.3 e 98.5%, respectively. The PCR-based approach directly applied to blood culture samples, correlated well with blood culture results from neonates with presumptive diagnosis of bacterial sepsis. The PCR/sequencing approach is suggested to be a valuable complementary data for diagnosis of neonatal sepsis. This methodology is relatively easy and reliable giving accurate results that can be applied to samples colleted during antimicrobial treatment or by a hospital clinical procedure, especially when routine cultures are negative. It can also be useful for the identification of rare bacterial species and for those isolates not readily identified by microbiological tests.
Primers universais, que amplificam regiões conservadas de rDNA 23S, foram utilizados para analisar 306 amostras de cultivo de sangue obtidas de 295 neonatos com um ano ou menos de idade admitidos em unidades hospitalares de tratamento intensivo. O diagnóstico molecular baseado em seqüenciamento dos produtos de PCR foi comparado com os resultados obtidos do cultivo das amostras de sangue. Os resultados foram concordantes para 277 (90.5%) das 306 amostras testadas, incluindo 263 amostras PCR-negativo e cultura-negativa e 29 amostras cultura-positiva e PCR-positivo. Comparado com o método de cultivo, a técnica de PCR combinada com seqüenciamento, apresentou maior especificidade, 88% e 96,3% respectivamente, com valores preditivos positivos e negativos de 74,3 e 98,5% respectivamente. Concluímos que a técnica baseada em PCR utilizando amostras de cultivo de sangue, obtidas de neonatos com suspeita de sepse bacteriana, apresenta boa correlação com os métodos de cultivo convencionais. A metodologia de PCR/seqüenciamento apresenta aplicabilidade como técnica complementar para o diagnóstico da sepse neonatal. Esta metodologia fácil de ser executada fornece resultados confiáveis podendo ser recomendada para utilização no diagnóstico de amostras obtidas durante o tratamento antimicrobiano especialmente quando o resultado do cultivo permanece negativo. Apresenta, também, potencial de utilização na identificação de espécies bacterianas com problemas de classificação pelos métodos convencionais microbiológicos.
Resumo
Stringent quality control protocols must be used in order to guaranty that a particular medium is able to recover all sort of organism that may be present in clinical samples. Our aim was to evaluate an alternative protocol that would allow us to detect medium failure to yield quantitative growth of selected pathogens, and compare with the document M22-A2 from NCCLS. The detection limit of Haemophilus influenzae was significantly different depending on media source. We conclude that for some fastidious microorganisms, quantitative verification of the growth capacity of the culture medium is advised.
O uso de protocolos de controle de qualidade com padrões rígidos devem ser utilizados para garantir o isolamento dos microrganismos. Nosso objetivo foi o de avaliar um procedimento alternativo que nos permitisse detectar falhas de crescimento bacteriano em termos quantitativos, e comparação com o protocolo estabelecido pelo documento M22-A2 do NCCLS. Haemophilus influenzae apresentou diferença significativa de crescimento entre meio de cultivo de fontes distintas. Nos concluímos que, para alguns microrganismos fastidiosos, seja feita uma verificação quantitativa da capacidade de crescimento de cada meio de cultivo.
Resumo
Stringent quality control protocols must be used in order to guaranty that a particular medium is able to recover all sort of organism that may be present in clinical samples. Our aim was to evaluate an alternative protocol that would allow us to detect medium failure to yield quantitative growth of selected pathogens, and compare with the document M22-A2 from NCCLS. The detection limit of Haemophilus influenzae was significantly different depending on media source. We conclude that for some fastidious microorganisms, quantitative verification of the growth capacity of the culture medium is advised.
O uso de protocolos de controle de qualidade com padrões rígidos devem ser utilizados para garantir o isolamento dos microrganismos. Nosso objetivo foi o de avaliar um procedimento alternativo que nos permitisse detectar falhas de crescimento bacteriano em termos quantitativos, e comparação com o protocolo estabelecido pelo documento M22-A2 do NCCLS. Haemophilus influenzae apresentou diferença significativa de crescimento entre meio de cultivo de fontes distintas. Nos concluímos que, para alguns microrganismos fastidiosos, seja feita uma verificação quantitativa da capacidade de crescimento de cada meio de cultivo.