Molecular characterization of bacterial populations of different soils

Until recently, few studies were carried out in Brazil about diversity of bacterial soil communities. Aiming to characterize the bacterial population in the soil through 16S rRNA analysis, two types of soil have been analyzed: one of them characterized by intensive use where tomato, beans and corn were cultivated (CS); the other analyzed soil was under forest (FS), unchanged by man; both located in Guaíra, São Paulo State, Brazil. Using specific primers, 16S rRNA genes from metagenomic DNA in both soils were amplified by PCR, amplicons were cloned and 139 clones from two libraries were partially sequenced. The use of 16S rRNA analysis allowed identification of several bacterial populations in the soil belonging to the following phyla: Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria Verrucomicrobia in addition to the others that were not classified, beyond Archaea domain. Differences between FS and CS libraries were observed in size phyla. A larger number of phyla and, consequently, a greater bacterial diversity were found in the under-forest soil. These data were confirmed by the analyses of genetic diversity that have been carried out. The characterization of bacterial communities of soil has made its contribution by providing facts for further studies on the dynamics of bacterial populations in different soil conditions in Brazil.

Até o momento poucos estudos foram realizados no Brasil a respeito da diversidade de comunidades bacterianas no solo. Com o objetivo de caracterizar as populações bacterianas presentes no solo através da análise do gene 16S rRNA, foram analisados dois solos: um caracterizado pelo uso intensivo, principalmente para a produção de tomate, feijão e milho (CS); e outro sob floresta (FS), não modificado pelo homem, ambos do município de Guaíra, no estado de São Paulo, Brasil. Usando oligonucleotídeos específicos, de genes 16S rRNA do DNA metagenomico de ambos os solos foram amplificados por PCR, amplicons foram clonados e 139 clones de duas bibliotecas foram seqüenciados. O uso da técnica de 16S rRNA, gerou a identificação de diferentes populações de bactérias de solo pertencentes aos filos Acidobacteria Actinobacteria Bacteroidetes Firmicutes Proteobacteria Verrucomicrobia, Archaea, além das não classificadas. Diferenças entre as bibliotecas FS e CS foram observadas no tamanho dos filos. Um grande número de filos e, consequentemente, uma grande diversidade bacteriana foi observada no solo sob floresta. Estes dados foram confirmados pela análise de diversidade genética realizada. A caracterização de comunidades do solo apresentada neste trabalho contribuiu fornecendo dados para estudos posteriores sobre a dinâmica das populações bacterianas em solos de diferentes condições no Brasil.

Caracterização de genótipos de Citrus spp. através de marcadores RAPD

In citrus improvement programs the characterization of the available genetic resources is of great importance, mainly concerning biological characteristics of the culture, as the heterozigosity, nucellar the embriony and long reproductive cycle. Favored by nucellar embriony interespecific and intergeneric hybridizations and genotypes preservation happen easily. RAPDs markers were used to analyze 15 Citrus spp., four sweet orange (C. sinensis Osbeck), (C. medica, C. grandis e C. latifolia), four mandarins (C. reticulata Blanco, C. nobilis Loureiro, C. sunki Loureiro e C. deliciosa Tenore), a sour orange (C. aurantium L.), a grapefruit (C. paradisi Marcf.), a pummelo (C. grandis Osbeck), a cidra (C. medica L.), a lime (C. latifolia) and two hybrids (Citrus clementina T. x (C. tangerina T. x C. paradisi Macf.)). Genetic similarities of 15 Citrus genotypes obtained with twelve random primers, indicated a minimum similarity degree of 0.81 (simple matching) among the mandarins. Lower similarity degrees were obtained among less related Citrus species (C. medica, C. grandis e C. latifolia). The four varieties of sweet oranges (C. sinensis Osbeck) could not be differentiated by RAPD markers, showing maximum similarity.

Em programas de melhoramento de citros, a caracterização adequada dos recursos genéticos disponíveis é de grande importância, principalmente devido às características biológicas da cultura, como a heterozigosidade, a embrionia nucelar e o longo ciclo reprodutivo. A facilidade com que ocorrem hibridações (interespecíficas e intergenéricas) e a embrionia nucelar favoreceram a formação e a preservação de novas combinações, classificadas como espécies. Neste estudo, marcadores RAPDs foram utilizados para analisar 15 acessos de Citrus spp., sendo quatro variedades de laranjeiras doce (C. sinensis Osbeck), quatro tangerineiras (C. reticulata Blanco, C. nobilis Loureiro, C. sunki Loureiro e C. deliciosa Tenore), uma laranjeira azeda (C. aurantium L.), um pomeleiro (C. paradisi Macf.), uma torangeira (C. grandis Osbeck), uma cidreira (C. medica L.), uma limeira ácida (C. latifolia) e dois híbridos (Citrus clementina T. x (C. tangerina T. x C. paradisi Macf.)). Doze sequências iniciadoras aleatórias foram utilizadas para estudar os 15 genótipos, encontrando-se um grau de similaridade mínimio de 0,81 ("Simple Matching") entre as tangerineiras. Os menores graus de similaridade foram encontrados entre as espécies de Citrus menos aparentadas (C. medica, C. grandis e C. latifolia). As quatro cultivares de laranjeiras doces não puderam ser diferenciadas pelos marcadores RAPD utilizados, apresentando similaridade máxima.

Caracterização de genótipos de Citrus spp. através de marcadores RAPD

In citrus improvement programs the characterization of the available genetic resources is of great importance, mainly concerning biological characteristics of the culture, as the heterozigosity, nucellar the embriony and long reproductive cycle. Favored by nucellar embriony interespecific and intergeneric hybridizations and genotypes preservation happen easily. RAPDs markers were used to analyze 15 Citrus spp., four sweet orange (C. sinensis Osbeck), (C. medica, C. grandis e C. latifolia), four mandarins (C. reticulata Blanco, C. nobilis Loureiro, C. sunki Loureiro e C. deliciosa Tenore), a sour orange (C. aurantium L.), a grapefruit (C. paradisi Marcf.), a pummelo (C. grandis Osbeck), a cidra (C. medica L.), a lime (C. latifolia) and two hybrids (Citrus clementina T. x (C. tangerina T. x C. paradisi Macf.)). Genetic similarities of 15 Citrus genotypes obtained with twelve random primers, indicated a minimum similarity degree of 0.81 (simple matching) among the mandarins. Lower similarity degrees were obtained among less related Citrus species (C. medica, C. grandis e C. latifolia). The four varieties of sweet oranges (C. sinensis Osbeck) could not be differentiated by RAPD markers, showing maximum similarity.

Em programas de melhoramento de citros, a caracterização adequada dos recursos genéticos disponíveis é de grande importância, principalmente devido às características biológicas da cultura, como a heterozigosidade, a embrionia nucelar e o longo ciclo reprodutivo. A facilidade com que ocorrem hibridações (interespecíficas e intergenéricas) e a embrionia nucelar favoreceram a formação e a preservação de novas combinações, classificadas como espécies. Neste estudo, marcadores RAPDs foram utilizados para analisar 15 acessos de Citrus spp., sendo quatro variedades de laranjeiras doce (C. sinensis Osbeck), quatro tangerineiras (C. reticulata Blanco, C. nobilis Loureiro, C. sunki Loureiro e C. deliciosa Tenore), uma laranjeira azeda (C. aurantium L.), um pomeleiro (C. paradisi Macf.), uma torangeira (C. grandis Osbeck), uma cidreira (C. medica L.), uma limeira ácida (C. latifolia) e dois híbridos (Citrus clementina T. x (C. tangerina T. x C. paradisi Macf.)). Doze sequências iniciadoras aleatórias foram utilizadas para estudar os 15 genótipos, encontrando-se um grau de similaridade mínimio de 0,81 ("Simple Matching") entre as tangerineiras. Os menores graus de similaridade foram encontrados entre as espécies de Citrus menos aparentadas (C. medica, C. grandis e C. latifolia). As quatro cultivares de laranjeiras doces não puderam ser diferenciadas pelos marcadores RAPD utilizados, apresentando similaridade máxima.

Utilização de SNPs no estudo da diversidade genética, relações filogenéticas e evolutivas de Xylella fastidiosa

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Diversidade genética de Xylella fastidiosa avaliada por polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP)

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