Resumo
O objetivo deste comunicado é desenvolver um método quantitativo PCR em tempo real, baseado em guia molecular (MB) (MB-qPCR) para detecção de infecção por espécies de Brucella, e avaliar seu potencial de utilização clínica. Os primers e as sondas MB foram desenhados para amplificação específica e determinação de sequência conservada do código do gene para os primeiros 58-aa da proteína de membrana externa OMP-2a, que é compartilhada em cinco espécies de Brucella epidêmicas. A avaliação metodológica foi realizada por análise de sensibilidade, especificidade, coeficiente de variação intra e inter, e a linearidade do qPCR. O potencial diagnóstico foi avaliado comparando-se o método qPCR desenvolvido com ensaios de exames bacteriológicos convencionais, incluindo os testes de soroaglutinação convencionais (SATs) e os testes do Rosa Bengala (RBPTs). O método exibiu alta sensibilidade (tão baixo quanto 50 cópias) e grande faixa de linearidade (102-108 cópias). Nenhuma reação cruzada foi encontrada com bactéria clínica comum. A sensibilidade diagnóstica foi superior ao exame bacteriológico, e a especificidade diagnóstica foi superior ao SAT ou ao RBPT. Um método MB-qPCR altamente sensível e específico para DNA de Brucella foi estabelecido com sucesso, provando ser uma ferramenta útil no diagnóstico molecular de brucelose.(AU)
Assuntos
Brucella/isolamento & purificação , Genoma Bacteriano , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/métodosResumo
O objetivo deste comunicado é desenvolver um método quantitativo PCR em tempo real, baseado em guia molecular (MB) (MB-qPCR) para detecção de infecção por espécies de Brucella, e avaliar seu potencial de utilização clínica. Os primers e as sondas MB foram desenhados para amplificação específica e determinação de sequência conservada do código do gene para os primeiros 58-aa da proteína de membrana externa OMP-2a, que é compartilhada em cinco espécies de Brucella epidêmicas. A avaliação metodológica foi realizada por análise de sensibilidade, especificidade, coeficiente de variação intra e inter, e a linearidade do qPCR. O potencial diagnóstico foi avaliado comparando-se o método qPCR desenvolvido com ensaios de exames bacteriológicos convencionais, incluindo os testes de soroaglutinação convencionais (SATs) e os testes do Rosa Bengala (RBPTs). O método exibiu alta sensibilidade (tão baixo quanto 50 cópias) e grande faixa de linearidade (102-108 cópias). Nenhuma reação cruzada foi encontrada com bactéria clínica comum. A sensibilidade diagnóstica foi superior ao exame bacteriológico, e a especificidade diagnóstica foi superior ao SAT ou ao RBPT. Um método MB-qPCR altamente sensível e específico para DNA de Brucella foi estabelecido com sucesso, provando ser uma ferramenta útil no diagnóstico molecular de brucelose.(AU)
Assuntos
Brucella/isolamento & purificação , Genoma Bacteriano , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/métodosResumo
The purpose of this work was to study the giant strong component (GSC) of B. thuringiensis metabolic network by structural and functional analysis. Based on so-called "bow tie" structure, we extracted and studied GSC with its functional significance. Global structural properties such as degree distribution and average path length were computed and indicated that the GSC is also a small-world and scale-free network. Furthermore, the GSC was decomposed and functional significant for metabolism of these divisions were investigated by comparing to KEGG metabolic pathways.
O objetivo deste trabalho foi realizar uma análise estrutural e funcional do GSC (Giant Strong Component) da rede metabólica de Bacillus thurigiensis. Baseando-se na estrutura bow-tie, o GSC foi extraído e analisado quanto ao sue significado funcional. Propriedades estruturais globais tais como grau de distribuição e tamanho médio da via metabólica foram mensuradas, concluindo-se que o GSC é também uma rede small world e scalefree. Além disso, a rede GSC foi decomposta e as divisões com significância funcional no metabolismo foram comparadas às vias metabólicas KEGG.