Detection of sapovirus in brazilian pig farms / Detecção de sapovírus em criações de suínos brasileiras

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.

Sapovírus (Caliciviridae) são considerados importantes agentes causadores de gastroenterites em todo o mundo, afetando animais e humanos. Na suinocultura, sua epidemiologia ainda não foi totalmente esclarecida, pois pode afetar todas as fases da produção, com suínos sintomáticos (diarreia) ou assintomáticos. O objetivo do nosso estudo foi investigar a ocorrência de Sapovírus em granjas de suínos brasileiras. Um total de 166 amostras fecais de suínos, com diferentes idades, dos estados de Minas Gerais, São Paulo e Mato Grosso foram submetidas a reações de RT-PCR e confirmadas com sequenciamento de nucleotídeos do gene RdRp do Sapovírus. Seis (3,61%) amostras foram positivas e quatro delas tinham sequenciamento parcial do gene RdRp, supostamente pertencente ao genogrupo GVII.1, previamente relatado em rebanhos suínos no Brasil.

Detection of sapovirus in brazilian pig farms / Detecção de sapovírus em criações de suínos brasileiras

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.(AU)

Sapovírus (Caliciviridae) são considerados importantes agentes causadores de gastroenterites em todo o mundo, afetando animais e humanos. Na suinocultura, sua epidemiologia ainda não foi totalmente esclarecida, pois pode afetar todas as fases da produção, com suínos sintomáticos (diarreia) ou assintomáticos. O objetivo do nosso estudo foi investigar a ocorrência de Sapovírus em granjas de suínos brasileiras. Um total de 166 amostras fecais de suínos, com diferentes idades, dos estados de Minas Gerais, São Paulo e Mato Grosso foram submetidas a reações de RT-PCR e confirmadas com sequenciamento de nucleotídeos do gene RdRp do Sapovírus. Seis (3,61%) amostras foram positivas e quatro delas tinham sequenciamento parcial do gene RdRp, supostamente pertencente ao genogrupo GVII.1, previamente relatado em rebanhos suínos no Brasil.(AU)

Angistrongylus cantonensis and Ancylostoma caninum detection in snails of São Paulo city (2016-2017), Brazil / Detecção de Angistrongylus cantonensis and Ancylostoma caninum em caramujos da cidade de São Paulo (2016-2017), Brasil

Achatina fulica snails cause environmental problems and represent a public health hazard since it is a host in the life cycles of various parasites, among them, Angiostrongylus cantonensis and, less frequently, Ancylostoma caninum. We report the occurrence of Angistrongylus cantonensis, as well as the unexpected finding of Ancylostoma caninum, in a total of 936 specimens of Achatina fulica snails from different regions of São Paulo city, Brazil. Samples were divided into 492 pools which were screened for nematodes. If present, larvae were submitted to DNA extraction and PCR protocol targeting, the ITS-2 gene junction. From the 183 positive pools for larvae presence, 97 showed specific 650 bp band at electrophoresis and 21 presented bands nearly 300 bp. Two amplicons from each size were and sequenced. A BLAST/n of 650 bp sequences presented identity with Angistrongylus cantonensis, while the two of 300 bp, showed identity with Ancylostoma caninum, also supported by phylogenetic analysis. This is the second report of Ancylostoma caninum found in these snails in the world, therefore, this study allows a better understanding about these diseases and highlights the need of continue systematically mapping sites that can be infested with the mollusc.

Os caramujos Achatina fulica causam problemas ambientais e representam um perigo em Saúde Pública uma vez que são hospedeiros de vários parasitas, entre eles o Angiostrongylus cantonensis e menos frequentemente o Ancylostoma caninum. Nós relatamos a ocorrência de Angistrongylus cantonensis, bem como o achado de Ancylostoma caninum, a partir de 936 espécimens de caramujos Achatina fulica de diferentes regiões da cidade de São Paulo, Brasil. Amostras foram divididas em 492 pools os quais foram triados para nematóides. Se presentes, larvas foram submetidas a extração de DNA e um protocolo de PCR tendo como alvo a junção do gene ITS-2. De 183 pools contendo larvas, 97 apresentaram bandas específicas de 650 pb e na eletroforese 21 apresentaram bandas próximas aos 300 pb. Dois amplicons de cada tamanho foram sequenciados. A submissão ao BLAST/n das sequências de 650 pb apresentaram identidade das sequências com Angistrongylus cantonensis, enquanto que as duas de 300 pb apresentaram identidade com Ancylostoma caninum, também corroboradas por análises filogenéticas. Este é o segundo relato do encontro de Ancylostoma caninum nestes caramujos no mundo, sendo assim, este estudo permite um melhor entendimento destas doenças e denota a necessidade de contínuo monitoramento de regiões que estejam infestadas pelo molusco.

Angistrongylus cantonensis and Ancylostoma caninum detection in snails of São Paulo city (2016-2017), Brazil / Detecção de Angistrongylus cantonensis and Ancylostoma caninum em caramujos da cidade de São Paulo (2016-2017), Brasil

Achatina fulica snails cause environmental problems and represent a public health hazard since it is a host in the life cycles of various parasites, among them, Angiostrongylus cantonensis and, less frequently, Ancylostoma caninum. We report the occurrence of Angistrongylus cantonensis, as well as the unexpected finding of Ancylostoma caninum, in a total of 936 specimens of Achatina fulica snails from different regions of São Paulo city, Brazil. Samples were divided into 492 pools which were screened for nematodes. If present, larvae were submitted to DNA extraction and PCR protocol targeting, the ITS-2 gene junction. From the 183 positive pools for larvae presence, 97 showed specific 650 bp band at electrophoresis and 21 presented bands nearly 300 bp. Two amplicons from each size were and sequenced. A BLAST/n of 650 bp sequences presented identity with Angistrongylus cantonensis, while the two of 300 bp, showed identity with Ancylostoma caninum, also supported by phylogenetic analysis. This is the second report of Ancylostoma caninum found in these snails in the world, therefore, this study allows a better understanding about these diseases and highlights the need of continue systematically mapping sites that can be infested with the mollusc.(AU)

Os caramujos Achatina fulica causam problemas ambientais e representam um perigo em Saúde Pública uma vez que são hospedeiros de vários parasitas, entre eles o Angiostrongylus cantonensis e menos frequentemente o Ancylostoma caninum. Nós relatamos a ocorrência de Angistrongylus cantonensis, bem como o achado de Ancylostoma caninum, a partir de 936 espécimens de caramujos Achatina fulica de diferentes regiões da cidade de São Paulo, Brasil. Amostras foram divididas em 492 pools os quais foram triados para nematóides. Se presentes, larvas foram submetidas a extração de DNA e um protocolo de PCR tendo como alvo a junção do gene ITS-2. De 183 pools contendo larvas, 97 apresentaram bandas específicas de 650 pb e na eletroforese 21 apresentaram bandas próximas aos 300 pb. Dois amplicons de cada tamanho foram sequenciados. A submissão ao BLAST/n das sequências de 650 pb apresentaram identidade das sequências com Angistrongylus cantonensis, enquanto que as duas de 300 pb apresentaram identidade com Ancylostoma caninum, também corroboradas por análises filogenéticas. Este é o segundo relato do encontro de Ancylostoma caninum nestes caramujos no mundo, sendo assim, este estudo permite um melhor entendimento destas doenças e denota a necessidade de contínuo monitoramento de regiões que estejam infestadas pelo molusco.(AU)

Molecular analysis of NSP4 coding gene of porcine rotavirus in Brazil / Análise molecular do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos no Brasil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas

A proteína não estrutural 4 (NSP4) desempenha diferentes funções na replicação e na morfogênese dos rotavírus, apresentando, ainda, uma atividade de enterotoxina, causando diarreia do tipo secretória. Um total de 11 sequências parciais de nucleotídeos do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos de criações brasileiras foram definidas como pertencentes ao grupo A. Comparando-se as sequências virais da área do peptídeo toxigênico, que compreende a porção entre os aminoácidos de 114 a 135, constatou-se uma única mutação pontual no aminoácido 135, sendo que duas amostras apresentaram alanina, e as demais, valina. A análise filogenética do gene demonstrou que todas as amostras pertencem ao genotipo E1, e que a identidade nucleotídica das amostras brasileiras variou de 92,4% a 100%, enquanto que a identidade de aminoácidos, de 95,8% a 100%. Apenas um resíduo (aa 138) sofreu seleção positiva enquanto que pelo menos outros 119 apresentam seleção negativa. Assim, esses dados mostram a ocorrência de um genotipo comum da NSP4 já descrito anteriormente em suínos, com uma baixa diversidade entre as amostras encontradas

Molecular analysis of nsp4 coding gene of porcine rotavirus in brazil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas.

Molecular analysis of NSP4 coding gene of porcine rotavirus in Brazil / Análise molecular do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos no Brasil

The non-structural protein 4 (NSP4) has different roles in rotaviral replication, morphogenesis, and enterotoxin-like activity causing secretory diarrhea. A total of 11 partial nucleotide sequences of NSP4 coding gene were defined from group A rotavirus circulating in Brazilian swine herds. On comparing the viral sequences of diarrheagenic peptide area (amino acid 114-135), there was a single point mutation at amino acid 135 presented by two strains with amino acid alanine, and valine in the others. The NSP4 gene phylogeny showed that all strains clustered into E1 genotype, and the nucleotide identity between Brazilian strains ranged from 92.4% and 100%, while the putative amino acid identity, between 95.8% and 100%. Only one site (138aa) was positively selected and at least 119 were negatively selected. As a conclusion, these data demonstrate the occurrence of a common NSP4 genotype described elsewhere in pigs and low diversity between the samples from the surveyed areas(AU)

A proteína não estrutural 4 (NSP4) desempenha diferentes funções na replicação e na morfogênese dos rotavírus, apresentando, ainda, uma atividade de enterotoxina, causando diarreia do tipo secretória. Um total de 11 sequências parciais de nucleotídeos do gene codificador da NSP4 de rotavírus suínos de criações brasileiras foram definidas como pertencentes ao grupo A. Comparando-se as sequências virais da área do peptídeo toxigênico, que compreende a porção entre os aminoácidos de 114 a 135, constatou-se uma única mutação pontual no aminoácido 135, sendo que duas amostras apresentaram alanina, e as demais, valina. A análise filogenética do gene demonstrou que todas as amostras pertencem ao genotipo E1, e que a identidade nucleotídica das amostras brasileiras variou de 92,4% a 100%, enquanto que a identidade de aminoácidos, de 95,8% a 100%. Apenas um resíduo (aa 138) sofreu seleção positiva enquanto que pelo menos outros 119 apresentam seleção negativa. Assim, esses dados mostram a ocorrência de um genotipo comum da NSP4 já descrito anteriormente em suínos, com uma baixa diversidade entre as amostras encontradas(AU)

INTRAGENOTYPIC DIVERSITY OF PORCINE ROTAVIRUS STRAINS CIRCULATING IN SÃO PAULO STATE, BRAZIL / Diversidade intra-genotípica de amostras de rotavírus suínas circulantes no Estado de São Paulo, Brasil

Com o objetivo de se determinar a diversidade intra-genotípica de rotavírus circulantes em criações de suínos de diferentes municípios localizados no Estado de São Paulo, Brasil, um total de 3 amostras de rotavírus pertencentes ao genotipo G[5] foram submetidas ao sequenciamento parcial do gene codificador da proteína VP7. Analogamente, outras 4 amostras P[6], tiveram o gene codificador da proteína VP4 parcialmente definidas. A identidade nucleotídica entre as amostras G[5] variou de 93,1% a 99,4%, e em termos de aminoácidos de 97,5% a 100%. Quanto ao genotipo P[6] as amostras variaram de 93% a 98,7% e 95 a 100% para as identidades de nucleotídeos e aminoácidos, respectivamente. Adicionalmente, inferências filogenéticas feitas a partir de aminoácidos, usando o critério de distância com algoritmo Neighbor-Joining e correção de Poisson como modelo de substituição, demonstraram que as amostras G[5] aqui definidas agruparam-se exclusivamente com amostras homólogas descritas previamente em suínos, enquanto que as P[6] demonstraram relacionamento tanto com amostras humanas e suínas. Em face destes achados

Detecção direta de Actinobacillus pleuropneumoniae em órgãos de suídeos do estado de São Paulo pela técnica de reação em cadeia pela polimerase (nested-PCR) / Direct detection of Actinobacillus pleuropneumoniae in suidae organs in São Paulo state, Brazil, by polymerase chain reaction (nested-PCR)

A pleuropneumonia suína, causada pelo Actinobacillus pleuropneumoniae, é uma importante doença respiratória, responsável por prejuízos e queda de produtividade nas criações. Este trabalho teve como objetivo determinar a ocorrência de A. pleuropneumoniae em amostras de campo, mediante a adaptação e emprego de uma técnica de nested-PCR dirigida ao gene Apx IV. Definiu-se a sensibilidade analítica das técnicas de PCR e nested-PCR utilizando a amostra padrão A. pleuropneumoniae sorotipo III, em concentrações de DNA variando entre 30 µg/mL a 0,01 ng/ mL. Um total de trinta e sete amostras de campo encaminhadas ao Instituto Biológico entre 1995 a 2007 foram analisadas pelas técnicas de PCR e nested-PCR. A avaliação da sensibilidade analítica revelou que a PCR possui capacidade de gerar sinal a partir de 2 ng/mL de DNA extraído e a nested-PCR a partir de 0,4 ng/mL. Uma vez que a nested-PCR apresentou sensibilidade analítica cinco vezes maior se comparada à PCR para detecção de A. pleuropneumoniae em amostra padrão, o seu emprego pode minimizar a ocorrência de resultados tipo "falso-negativo". Dentre as amostras testadas, dez foram positivas à nested-PCR, sendo observada a ocorrência de A. pleuropneumoniae em nove diferentes animais, um deles javali. A presente técnica de nested-PCR pode ser utilizada para detecção direta de A. pleuropneumoniae em amostras de campo, mesmo após congelamento da amostra por longos períodos e sem necessidade de isolamento bacteriano prévio.

Porcine pleuropneumonia, caused by Actinobacillus pleuropneumoniae, is an important respiratory disease, responsible for economic losses and reduced productivity. The aim of this study was to determine occurrence of A. pleuropneumoniae in field samples, using an adapted nested-PCR reaction targeting the Apx IV gene. Different DNA concentrations (from 30 µg/mL to 0.01 ng/mL) of A. pleuropneumoniae serotype III reference strain were used to determine the level of sensitivity of first generation and nested-PCR reactions. Thirty-seven field samples sent to Instituto Biológico from 1995 to 2007 were tested by PCR and nested-PCR. Determination of the level of sensitivity showed that PCR could amplify to 2 ng/mL of extracted DNA and nested-PCR to 0.4 ng/mL. Since the nested reaction exhibited a level of sensitivity 5 times greater than the PCR reaction to detect a reference strain, using nested-PCR could minimize the occurrence of false-negative results. Among tested samples, 10 of them were nested-PCR positive, showing occurrence of A. pleuropneumoniae in 9 different animals (including one wild boar). This nested-PCR reaction can be used for direct detection of A. pleuropneumoniae in field samples, even after frozen storage for long periods, without the need for previous bacterial isolation.

DETECÇÃO DIRETA DE ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE EM ÓRGÃOS DE SUÍDEOS DO ESTADO DE SÃO PAULO PELA TÉCNICA DE REAÇÃO EM CADEIA PELA POLIMERASE (NESTED-PCR)

ABSTRACT Porcine pleuropneumonia, caused by Actinobacillus pleuropneumoniae, is an important respiratory disease, responsible for economic losses and reduced productivity. The aim of this study was to determine occurrence of A. pleuropneumoniae in field samples, using an adapted nested-PCR reaction targeting the Apx IV gene. Different DNA concentrations (from 30 µg/mL to 0.01 ng/mL) of A. pleuropneumoniae serotype III reference strain were used to determine the level of sensitivity of first generation and nested-PCR reactions. Thirty-seven field samples sent to Instituto Biológico from 1995 to 2007 were tested by PCR and nested-PCR. Determination of the level of sensitivity showed that PCR could amplify to 2 ng/mL of extracted DNA and nested-PCR to 0.4 ng/mL. Since the nested reaction exhibited a level of sensitivity 5 times greater than the PCR reaction to detect a reference strain, using nested-PCR could minimize the occurrence of false-negative results. Among tested samples, 10 of them were nested-PCR positive, showing occurrence of A. pleuropneumoniae in 9 different animals (including one wild boar). This nested-PCR reaction can be used for direct detection of A. pleuropneumoniae in field samples, even after frozen storage for long periods, without the need for previous bacterial isolation.

RESUMO A pleuropneumonia suína, causada pelo Actinobacillus pleuropneumoniae, é uma importante doença respiratória, responsável por prejuízos e queda de produtividade nas criações. Este trabalho teve como objetivo determinar a ocorrência de A. pleuropneumoniae em amostras de campo, mediante a adaptação e emprego de uma técnica de nested-PCR dirigida ao gene Apx IV. Definiu-se a sensibilidade analítica das técnicas de PCR e nested-PCR utilizando a amostra padrão A. pleuropneumoniae sorotipo III, em concentrações de DNA variando entre 30 µg/mL a 0,01 ng/ mL. Um total de trinta e sete amostras de campo encaminhadas ao Instituto Biológico entre 1995 a 2007 foram analisadas pelas técnicas de PCR e nested-PCR. A avaliação da sensibilidade analítica revelou que a PCR possui capacidade de gerar sinal a partir de 2 ng/mL de DNA extraído e a nested-PCR a partir de 0,4 ng/mL. Uma vez que a nested-PCR apresentou sensibilidade analítica cinco vezes maior se comparada à PCR para detecção de A. pleuropneumoniae em amostra padrão, o seu emprego pode minimizar a ocorrência de resultados tipo falso-negativo. Dentre as amostras testadas, dez foram positivas à nested-PCR, sendo observada a ocorrência de A. pleuropneumoniae em nove diferentes animais, um deles javali. A presente técnica de nested-PCR pode ser utilizada para detecção direta de A. pleuropneumoniae em amostras de campo, mesmo após congelamento da amostra por longos períodos e sem necessidade de isolamento bacteriano prévio.

Detection of rotavirus from pig livestock wastewater of São Paulo State, Brazil / Detecção de rotavírus em efluentes de criações de suínos no estado de São Paulo, Brasil

Rotavirus is one of the most important viral agents of gastroenteritis among child and animals from different species. It's high environmental resistance and the fecal-oral way of transmission makes this virus likely to be transmitted by wastewater. This study seeks to detect the wastewater elimination and circulation of group A rotavirus in low technified pig farms from São Paulo State, Brazil. A total of 25 samples, including piglet feces with diarrhea and untreated wastewater samples, from 7 different farms, were submitted in a parallel screening scheme of rotavirus infection through polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) and ELISA, which the positive samples were further confirmed by RT-PCR (reverse-transcription polimerase chain reaction). The PAGE revealed only one positive sample (1/25 or 4%) from feces, while by ELISA, 6 (6/25 or 24%) samples were positive, which 4 were from feces and 2 from wastewater. The RT-PCR confirmed all positive PAGE and ELISA results. Therefore, the rotavirus was found in 3 of 7 (42.86%) researched farms, which in 2 of these were detected both in animals and wastewater and one were found virus only in fecal samples. In view of these results, there was rotavirus detection from untreated pig farm wastewater, posing as a risk of spreading for humans and animals, implying the need of assuring microbiological and environmental safety measures with this material.

Os rotavírus são um dos principais agentes virais envolvidos na ocorrência de gastroenterites em crianças e em animais de diferentes espécies. Sua elevada resistência ambiental aliada à via de transmissão fecal-oral torna-o um agente propício de se propagar pela água, principalmente nos efluentes. O objetivo deste estudo foi o de se detectar a circulação e eliminação de rotavírus em criações de suínos de baixa tecnificação do Estado de São Paulo, Brasil. Um total de 25 amostras, incluindo fezes de leitões com diarréia e efluentes não tratados, de 7 diferentes propriedades, foram testadas em paralelo para detecção do rotavírus através da eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e ELISA, sendo as positivas confirmadas por RT-PCR (transcrição reversa - reação em cadeia pela polimerase). A PAGE evidenciou apenas uma amostra positiva (1/25 ou 4%) proveniente de material fecal, enquanto que pela ELISA, 6 (6/25 ou 24%) amostras positivas, das quais 4 de material fecal e 2 de efluentes. A RT-PCR confirmou todos os resultados positivos de PAGE e ELISA. Portanto, os rotavírus foram encontrados em 3 de 7 (42.86%) das criações pesquisadas, das quais em duas destas, o vírus foi detectado tanto no efluente quanto nos animais. Em face destes resultados, houve a detecção de rotavírus nos efluentes não tratados de criações de suínos, constituindo um risco para a disseminação do agente para humanos e animais, implicando na necessidade de assegurarem-se medidas de segurança ambiental e microbiológica deste material.

Identification of Porcine parvovirus from wild boars by partial sequencing of the VP-2 coding gene / Identificação de parvovírus suíno em javalis a partir do sequenciamento parcial do gene VP-2

Este estudo descreve a detecção e a identificação de DNA de parvovírus suíno (PVS) em amostras de órgãos de dois javalis, por PCR e sequenciamento direcionado ao gene VP-2. Pools de órgãos (baço, rins, fígado, linfonodos e tonsila) de três javalis adultos e assintomáticos de Paraguaçu Paulista, SP, criados com propósitos comerciais, foram submetidos à detecção de PVS, resultando em duas amostras positivas após reações de nested-PCR direcionadas aos genes NS-1 e VP-2. Os fragmentos parciais de VP-2 foram sequenciados e comparados a sequências homólogas de cepas NADL-2 e Kresse, demonstrando identidade nucleotídica de 100%. Com relação a 29 cepas de PVS previamente isoladas no Brasil, o grau de identidade nucleotídica variou de 99 a 100% (uma a três substituições de nucleotídeos). Estes resultados demonstram, pela primeira vez, a detecção direta por PCR de parvovírus suíno em javalis, confirmada por análise de sequenciamento genético.(AU)

Isolation of rotavirus from asymptomatic dogs in Brazil / Isolamento de rotavírus de cães assintomáticos no Brasil

Relata-se o isolamento de rotavírus, a partir de material fecal de dois cães assintomáticos, no Brasil. A ocorrência de rotavírus foi pesquisada em amostras fecais de nove cães assintomáticos, provenientes do Centro de Controle de Zoonoses do município de Osasco, SP. Duas das nove amostras analisadas, por eletroforese em gel de poliacrilamida, foram positivas. O isolamento de rotavírus foi realizado em linhagem de células MA-104, com adição de 10,0µg/mL de tripsina ao meio de manutenção, e confirmado pelo eletroferótipo característico de grupo A.(AU)

Winter dysentery in cows associated with Bovine Coronavirus (BCoV) / Disenteria de inverno associada ao coronavírus bovino (BCoV) em vacas

Descreve-se a pesquisa de BCoV e rotavírus em 13 mostras fecais de vacas de surtos de disenteria utilizando uma nested PCR dirigida ao gene RdRp e PAGE, respectivamente. Todas as amostras fecais foram positivas para BCoV e nenhuma delas apresentou-se positiva para rotavírus em PAGE. O encontro de coronavírus bovino em amostras fecais de vacas com disenteria sugere que este vírus possa ser o agente primário envolvido na etiologia dos casos aqui relatados(AU)

On the etiology of an outbreak of winter dysentery in dairy cows in Brazil / Sobre a etiologia de um surto de disenteria de inverno em vacas leiteiras no Brasil

Winter dysentery (WD) is a seasonal infectious disease described worldwide that causes a marked decrease in milk production in dairy cows. In the Northern hemisphere, where the disease is classically recognized, bovine coronavirus (BCoV) has been assigned as a major etiologic agent of the disease. Nonetheless, in the Southern hemisphere, an in-deep etiological survey on WD cases had not been carried out. This study aimed to survey for BCoV by nested-RT-PCR, rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and ELISA, bacteria by classical bacteriological methods and PCR for virulence factors and parasites by sugar flotation test on fecal samples of 21 cows from a farm during an outbreak of WD in São Paulo state, Southeastern Brazil. BCoV was detected in all 21 samples, while rotavirus was detected in two symptomatic cows. Escherichia coli, Yersinia intermedia, Providencia rustigianii Proteus penneri, Klebsiella terrigena and Enterobacter aglomerans were detected in samples from both asymptomatic and healthy cows in different associations. The study of E. coli virulence factors revealed that the strains isolated were all apathogenic. Cysts of Eimeria sp. and eggs of Strongyloidea were detected at low numbers in four of the symptomatic cows, with one co-infestation. These results suggest BCoV as the main etiologic agent of the cases of WD in Brazil, a conclusion that, with the clinical and epidemiological patterns of the disease studied herein, match those already described elsewhere. These findings give basis to the development of preventive measures and contribute to the understanding of the etiology of WD.(AU)

Em vacas leiteiras, a disenteria de inverno (DI) é uma doença infecciosa sazonal mundialmente relatada que ocasiona uma marcada queda na produção de leite; no hemisfério Norte, onde a doença é classicamente reconhecida, o coronavirus bovino (BCoV) tem um importante papel como agente etiológico. Entretanto, no hemisfério Sul, pesquisas etiológicas aprofundadas em casos de DI nunca forma realizadas. Este estudo objetivou a pesquisa de BCoV utilizando nested-RT-PCR, rotavírus utilizando eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e ELISA, bactérias com métodos bacteriológicos clássicos e PCR para fatores de virulência e parasitas pela técnica de flutuação em açúcar em 21 amostras fecais de vacas de uma fazenda durante um surto de DI no estado de São Paulo, Sudeste do Brasil. BCoV foi encontrado em todas as 21 amostras, enquanto que rotavírus foi encontrado em duas vacas sintomáticas. Escherichia coli, Yersinia intermedia, Providencia rustigiani, Proteus penneri, Klebsiella terrigena e Enterobacter aglomerans foram encontradas tanto em amostras de vacas sintomáticas quanto assintomáticas. O estudo de fatores de virulência para E. coli revelou que as amostras isoladas eram todas apatogênicas. Cistos de Eimeria sp. e ovos de Strongyloidea foram encontrados em baixos números em quatro animais sintomáticos, com uma co-infestação. Tais resultados sugerem o BCoV como o principal agente etiológico em casos de DI no Brasil, uma conclusão que, somada aos padrões clínicos e epidemiológicos da doença aqui estudada, concordam com aqueles descritos em outras regiões. Estes achados fornecem base o desenvolvimento de medidas preventivas e também contribuem para o entendimento sobre a etiologia da DI.(AU)

Detection of feline infectious peritonitis virus (fipv) using pcr / Detecção do vírus da peritonite infecciosa felina (fipv) por meio da pcr

A peritonite infecciosa dos felinos (PIF) é uma doença geralmente fatal de felinos selvagens e domésticos. O agente etiológico da PIF (Feline Infectious Peritonitis Virus, FIPV) é um coronavírus; um RNA vírus envelopado de fita simples da família Coronaviridae. O presente artigo relata a padronização e a aplicação de um método de diagnóstico de PIF baseado em PCR do gene codificador da proteína S do FIPV. Amostras de efusão pleural ou peritonial de 11 gatos e 1 leoa e amostras de soro sangüíneo de 10 gatos com efusão cavitária foram enviadas ao Laboratório de Virologia da FMVZ-USP. Das 22 amostras testadas, apenas uma, referente a uma efusão pleural, mostrou-se positiva pela PCR. Hipóteses ligadas ao diagnóstico clínico, à dinâmica da infecção viral e a características intrínsecas das amostras podem ser utilizadas para explicar o número de amostras negativas. A técnica de PCR aqui descrita apresenta-se como uma alternativa para o diagnóstico da peritonite infecciosa dos felinos. Aliada aos diagnósticos sorológico e histopatológico, é uma ferramenta que vem ajudar a esclarecer a etiologia e a epidemiologia da doença em diversas espécies, permitindo um entendimento da cadeia de transmissão e da dinâmica e patogenia virais e da necessidade de vacinas.PALAVRAS-CHAVE: Peritonite. Felina. Diagnóstico. PCR.

INTRAGENOTYPIC DIVERSITY OF PORCINE ROTAVIRUS STRAINS CIRCULATING IN SÃO PAULO STATE, BRAZIL / Diversidade intra-genotípica de amostras de rotavírus suínas circulantes no Estado de São Paulo, Brasil.

Com o objetivo de se determinar a diversidade intra-genotípica de rotavírus circulantes em criações de suínos de diferentes municípios localizados no Estado de São Paulo, Brasil, um total de 3 amostras de rotavírus pertencentes ao genotipo G[5] foram submetidas ao sequenciamento parcial do gene codificador da proteína VP7. Analogamente, outras 4 amostras P[6], tiveram o gene codificador da proteína VP4 parcialmente definidas. A identidade nucleotídica entre as amostras G[5] variou de 93,1% a 99,4%, e em termos de aminoácidos de 97,5% a 100%. Quanto ao genotipo P[6] as amostras variaram de 93% a 98,7% e 95 a 100% para as identidades de nucleotídeos e aminoácidos, respectivamente. Adicionalmente, inferências filogenéticas feitas a partir de aminoácidos, usando o critério de distância com algoritmo Neighbor-Joining e correção de Poisson como modelo de substituição, demonstraram que as amostras G[5] aqui definidas agruparam-se exclusivamente com amostras homólogas descritas previamente em suínos, enquanto que as P[6] demonstraram relacionamento tanto com amostras humanas e suínas. Em face destes achados

DETECÇÃO DE ROTAVÍRUS EM EFLUENTES DE CRIAÇÕES DE SUÍNOS NO ESTADO DE SÃO PAULO, BRASIL.

Os rotavírus são um dos principais agentes virais envolvidos na ocorrência de gastroenterites em crianças e em animais de diferentes espécies. Sua elevada resistência ambiental aliada à via de transmissão fecal-oral, torna-o um agente propício de se propagar pela água, principalmente nos efluentes. O objetivo deste estudo foi o de se detectar a circulação e eliminação de rotavírus em criações de suínos de baixa tecnificação do Estado de São Paulo, Brasil. Um total de 25 amostras, incluindo fezes de leitões com diarréia e efluentes não tratados, de 7 diferentes propriedades, foram testadas em paralelo para detecção do rotavírus através da eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e ELISA, sendo as positivas confirmadas por RT-PCR (transcrição reversa - reação em cadeia pela polimerase). A PAGE evidenciou apenas uma amostra positiva (1/25 ou 4%) proveniente de material fecal, enquanto que pela ELISA, 6 (6/25 ou 24%) amostras positivas, das quais 4 de material fecal e 2 de efluentes. A RT-PCR confirmou todos os resultados positivos de PAGE e ELISA. Portanto, os rotavírus foram encontrados em 3 de 7 (42,86%) das criações pesquisadas, das quais em duas destas, o vírus foi detectado tanto no efluente quanto nos animais. Face a estes resultados, houve a detecção de rotavírus nos efluentes não tratados de criações de suínos, constituindo um risco para a disseminação do agente para h

INTRAGENOTYPIC DIVERSITY OF PORCINE ROTAVIRUS STRAINS CIRCULATING IN SÃO PAULO STATE, BRAZIL / Diversidade intra-genotípica de amostras de rotavírus suínas circulantes no Estado de São Paulo, Brasil.

Com o objetivo de se determinar a diversidade intra-genotípica de rotavírus circulantes em criações de suínos de diferentes municípios localizados no Estado de São Paulo, Brasil, um total de 3 amostras de rotavírus pertencentes ao genotipo G[5] foram submetidas ao sequenciamento parcial do gene codificador da proteína VP7. Analogamente, outras 4 amostras P[6], tiveram o gene codificador da proteína VP4 parcialmente definidas. A identidade nucleotídica entre as amostras G[5] variou de 93,1% a 99,4%, e em termos de aminoácidos de 97,5% a 100%. Quanto ao genotipo P[6] as amostras variaram de 93% a 98,7% e 95 a 100% para as identidades de nucleotídeos e aminoácidos, respectivamente. Adicionalmente, inferências filogenéticas feitas a partir de aminoácidos, usando o critério de distância com algoritmo Neighbor-Joining e correção de Poisson como modelo de substituição, demonstraram que as amostras G[5] aqui definidas agruparam-se exclusivamente com amostras homólogas descritas previamente em suínos, enquanto que as P[6] demonstraram relacionamento tanto com amostras humanas e suínas. Em face destes achados

DETECTION OF SAPOVIRUS IN BRAZILIAN PIG FARMS / DETECTION OF SAPOVIRUS IN BRAZILIAN PIG FARMS

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important agents of gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology is not completely understood because it can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was to investigate Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo, and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. Six (3.61%) samples were positive and four had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also reported in swine herds in Brazil.

Sapoviruses (Caliciviridae) are considered important gastroenteritis worldwide affecting animals and humans. In pig farming, the epidemiology has not completely understood, because can affect all stages of production, with symptomatic (diarrhea) or asymptomatic pigs. The aim of our study was investigated Sapovirus occurrence in Brazilian pig farms. A total of 166 fecal samples of pigs, with different ages, from Minas Gerais, São Paulo and Mato Grosso States were submitted to RT-PCR reactions and confirmed with nucleotide sequencing of Sapovirus RdRp gene. In total, six (3.61%) samples were positive and four of them had partial RdRp gene sequenced, putatively belonging to GVII.1 genogroup, also previously reported in swine herds in Brazil.