Ribosomal, mitochondrial and bacterial (Wolbachia) reference sequences for Dipetalonema gracile obtained from a wild pied tamarin (Saguinus bicolor) host in Manaus, Brazil / Sequências ribossômicas, mitocondriais e bacterianas (Wolbachia) de referência para Dipetalonema gracile obtidas de um hospedeiro sauim-de-coleira (Saguinus bicolor) em Manaus, Brasil

The primates that inhabit the rainforest surrounding the city of Manaus (Amazonas, Brazil) have long been recognised as potentially important reservoirs of emerging and re-emerging infectious diseases (ERIDs). PCR amplification of filarial sequences from wild-caught Simulium oyapockense has been used to incriminate potentially important Amazon-region ERID bridge vectors by showing they had previously fed on non-human primates. The broader use of filarial parasite sequences for the incrimination of biting insects as potentially important zoonotic disease vectors is limited by a paucity of primate-derived filarial parasite reference sequences which can be matched to the PCR amplified sequences obtained from insect-vector vectors. Here we have used shotgun sequencing to obtain reference data from an adult Dipetalonema gracile parasite which was found infecting a wild pied tamarin (Saguinus bicolor) in a peripheral region of Manaus. We report the parasite´s complete mitochondrial genome (which is 13,647 base pairs in length), 894,846 base pairs of its Wolbachia genome and 6,426 base pairs of its ribosomal DNA locus (spanning from the start of its 18S subunit to the end of its 28S subunit). Despite being critically endangered, S. bicolor is commonly encountered around the periphery of Manaus and in urban forest fragments. The reported sequences may be a useful reference tool for identifying ERID bridge vectors and potentially provide some insights into the amount and the nature of contact between primate pathogen reservoirs and the residents of Manaus.(AU)

Os primatas que habitam a floresta tropical ao redor da cidade de Manaus (Amazonas, Brasil) há muito são reconhecidos como reservatórios potencialmente importantes de doenças infecciosas emergentes e reemergentes. Sequências de DNA de parasitas filariais detectadas por PCR em amostras de Simulium oyapockense foram usadas para demonstrar que eles haviam se alimentado anteriormente de primatas não humanos e, dessa maneira, incriminar vetores-ponte da região amazônica. O uso mais amplo de detecção de parasitas filariais para a incriminação de vetores-ponte é limitado por uma escassez de sequências referência de parasitas filarias obtidas de hospedeiros. Aqui nós usamos o sequenciamento tipo shotgun para obter dados de referência de um parasita adulto Dipetalonema gracile encontrado infectando um sauim-de-coleira, Saguinus bicolor no entorno de Manaus. Relatamos o genoma mitocondrial completo do parasita (que tem 13.647 pares de bases de comprimento), 894.846 pares de bases de seu genoma de Wolbachia e 6.426 pares de bases de seu locus de DNA ribossômico (desde o início de sua subunidade 18S até o final de sua subunidade 28S). Apesar de criticamente ameaçado, S. bicolor é comumente encontrado no entorno de Manaus e em fragmentos florestais urbanos. As sequências relatadas podem ser uma ferramenta de referência útil para identificar vetores ponte e potencialmente fornecer algumas informações sobre o contato entre reservatórios de patógenos de primatas e os moradores de Manaus.(AU)

Anuran diversity in urban and rural zones of the Itacoatiara municipality, central Amazonia, Brazil / Diversidade de anuros nas zonas urbana e rural de Itacoatiara, Amazônia central, Brasil

Few studies in the Amazon region have evaluated anuran diversity in urban forest fragments or in areas with differing degrees of anthropogenic impact. We determined the composition and abundance of the anurofauna in urban and rural sites within the municipality of Itacoatiara in central Amazonia, Brazil. Specimens were sampled from January 2012 to May 2013 in 10 urban sites and five rural sites. A total of 1,538 anurans (930 in rural sites and 608 in urban sites) were recorded, belonging to 29 species in five families. Species richness was higher in rural sites, with 10 exclusive species. All species found in urban sites were also found in rural sites, however, species abundance varied considerably between the habitats. Sampling- and individual-based rarefaction curves showed a tendency toward stabilization of species richness only in the urban sites. We concluded that the anuran assemblages in the urban sites are depauperate due to the absence of many species associated to pristine terra firme or várzea and igapó forests. Habitat loss and quality degradation in urban landscapes are the main factors threatening amphibian diversity. The anuran assemblages in our study areas were similar to those recorded in other Amazonian habitats. Conservation measures involving anurans in this region should consider the preservation of habitat mosaics, including both pristine terra firme, várzea and igapó forests. (AU)

Poucos estudos avaliaram a diversidade de anuros em fragmentos florestais urbanos ou em áreas com diferentes graus de impacto antrópico na Amazônia. Neste estudo foi determinada a composição e abundância de anuros em áreas urbanas e rurais no município de Itacoatiara, na Amazônia central, Brasil. Anuros foram amostrados entre janeiro de 2012 e maio de 2013 em 10 locais na área urbana e cinco na área rural. Um total de 1.538 indivíduos (930 na área rural e 608 na área urbana) foram registrados, compreendendo 29 espécies e cinco famílias. A área rural apresentou maior riqueza de espécies, com 10 espécies exclusivas. Todas as espécies identificadas na área urbana também foram encontradas na área rural, mas a abundância das espécies entre ambas áreas variou consideravelmente. Curvas de rarefação por amostragem e por número de indivíduos tenderam à estabilização na riqueza de espécies somente na área urbana. Concluímos que a comunidade de anuros na área urbana está empobrecida devido à ausência de muitas espécies associadas à ambientes inalterados de florestas de terra firme, várzea e igapó. A degradação da qualidade e a perda de habitat nas paisagens urbanas são os principais fatores que ameaçam a diversidade de anfíbios. A comunidade de anuros registrada neste estudo foi similar às de outros habitats na Amazônia. Medidas de conservação envolvendo anuros nesta região devem considerar a preservação de um mosaico de habitats que inclua áreas naturais de floresta de terra firme, várzea e igapó.(AU)

Anuran diversity in urban and rural zones of the Itacoatiara municipality, central Amazonia, Brazil / Diversidade de anuros nas zonas urbana e rural de Itacoatiara, Amazônia central, Brasil

Few studies in the Amazon region have evaluated anuran diversity in urban forest fragments or in areas with differing degrees of anthropogenic impact. We determined the composition and abundance of the anurofauna in urban and rural sites within the municipality of Itacoatiara in central Amazonia, Brazil. Specimens were sampled from January 2012 to May 2013 in 10 urban sites and five rural sites. A total of 1,538 anurans (930 in rural sites and 608 in urban sites) were recorded, belonging to 29 species in five families. Species richness was higher in rural sites, with 10 exclusive species. All species found in urban sites were also found in rural sites, however, species abundance varied considerably between the habitats. Sampling- and individual-based rarefaction curves showed a tendency toward stabilization of species richness only in the urban sites. We concluded that the anuran assemblages in the urban sites are depauperate due to the absence of many species associated to pristine terra firme or várzea and igapó forests. Habitat loss and quality degradation in urban landscapes are the main factors threatening amphibian diversity. The anuran assemblages in our study areas were similar to those recorded in other Amazonian habitats. Conservation measures involving anurans in this region should consider the preservation of habitat mosaics, including both pristine terra firme, várzea and igapó forests.(AU)

Poucos estudos avaliaram a diversidade de anuros em fragmentos florestais urbanos ou em áreas com diferentes graus de impacto antrópico na Amazônia. Neste estudo foi determinada a composição e abundância de anuros em áreas urbanas e rurais no município de Itacoatiara, na Amazônia central, Brasil. Anuros foram amostrados entre janeiro de 2012 e maio de 2013 em 10 locais na área urbana e cinco na área rural. Um total de 1.538 indivíduos (930 na área rural e 608 na área urbana) foram registrados, compreendendo 29 espécies e cinco famílias. A área rural apresentou maior riqueza de espécies, com 10 espécies exclusivas. Todas as espécies identificadas na área urbana também foram encontradas na área rural, mas a abundância das espécies entre ambas áreas variou consideravelmente. Curvas de rarefação por amostragem e por número de indivíduos tenderam à estabilização na riqueza de espécies somente na área urbana. Concluímos que a comunidade de anuros na área urbana está empobrecida devido à ausência de muitas espécies associadas à ambientes inalterados de florestas de terra firme, várzea e igapó. A degradação da qualidade e a perda de habitat nas paisagens urbanas são os principais fatores que ameaçam a diversidade de anfíbios. A comunidade de anuros registrada neste estudo foi similar às de outros habitats na Amazônia. Medidas de conservação envolvendo anuros nesta região devem considerar a preservação de um mosaico de habitats que inclua áreas naturais de floresta de terra firme, várzea e igapó.(AU)