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Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-219658

Resumo

A tilapicultura no Brasil é um setor em ascensão, contudo, um dos fatores que causa retração desse ramo é a estreptococose por Streptococcus agalactiae. Esta bactéria é um importante patógeno que pode afetar diversos hospedeiros inclusive peixes, causando surtos que levam a mortalidade. Umas das ferramentas de tipagem para epidemiologia molecular é o Multilocus Sequence typing (MLST), contudo, é um método laborioso e demorado. Um método alternativo seria a tipagem proteica por MALDI-ToF MS que é mais rápido e menos trabalhoso. O objetivo desse trabalho foi avaliar a técnica de MALDI-ToF MS como método alternativo de tipagem para cepas de S. agalactiae pelo uso de Main Spectra Profile (MSP) e compará-lo com os métodos de Sorotipo e MLST. No total, 43 cepas de S. agalactiae foram selecionadas no banco do Laboratório de Doenças de Animais Aquáticos (AQUAVET). Para avaliar a reprodutibilidade técnica e biológica foram utilizadas seis e dez cepas, respectivamente, com MSPs em três replicatas técnicas e biológicas. Subsequentemente, os dados foram avaliados por similaridade de Dice no software MSP-Share. Para as cepas que não apresentavam Sequence Typing (ST) foi realizado o processo de sequenciamento capilar dos sete genes do MLST e estes avaliados na plataforma PubMLST. Em seguida foi feito o eBURST utilizando todos os STs relatados em peixes para definição dos complexos clonais (CC). Subsequentemente, 69 MSPs foram gerados a partir das 43 cepas selecionadas, os MSPs foram agrupados em um dendrograma no software MSP-Share (DD) e no MALDI Biotyper 3 (DB). O poder discriminatório das técnicas de tipagem foi estimado pelo Índice de diversidade de Simpson's (SDI) e as taxas de concordância determinadas pelo coeficiente Wallace (WC) ( < 0,05). As similaridades médias das reprodutibilidades para réplicas técnicas e réplicas biológicas obtidas foram de 0,989±0,005 e 0,86±0,046, respectivamente. As análises de MLST e eBURST identificaram um novo ST, um novo grupo Non-typeable e o CC1525. Os SDIs variaram entre 0,503-0,833, sendo que o método mais discriminatório foi o MLST. O coeficiente Wallace indicou que as concordâncias entre DB e os outros métodos de tipagem foram quase nulas ou nulas. Por outro lado, alta concordância entre DD×Sorotipo (WC=0,930) e baixa concordância entre DD×ST e DD×CC foram verificadas. Conclui-se que o MALDI-ToF MS é adequado para tipagem de cepas de S. agalactiae isoladas de peixes, contudo, tem baixa correlação com métodos de tipagem molecular.


Tilapiculture in Brazil is a growing sector, however, one of the factors that causes retraction of this branch is streptococcosis by Streptococcus agalactiae. This bacterium is an important pathogen that can affect several hosts including fish, causing outbreaks that lead to mortality. One of the typing tools for molecular epidemiology is the Multilocus Sequence Typing (MLST), however, it is a laborious and time-consuming method. An alternative method would be protein typing by MALDI-ToF MS which is faster and less labor intensive. The objective of this work was to evaluate MALDI-ToF MS as an alternative typing method for strains of S. agalactiae using the Main Spectra Profile (MSP) and to compare it with the Sorotype and MLST methods. In total, 43 strains of S. agalactiae were selected from the bank of the Laboratory for Diseases of Aquatic Animals (AQUAVET). To evaluate the technical and biological reproducibility, six and ten strains were used, respectively, with MSPs in three technical and biological replicates. Subsequently, the data were evaluated for Dice similarity by the MSP-Share software. For strains that did not have Sequence Typing (ST), the capillary sequencing process of the seven MLST genes was performed and evaluated on the PubMLST platform. Then eBURST was performed using all STs reported in fish to define clonal complexes (CC). Subsequently, 69 MSPs were generated from the 43 selected strains and grouped in a dendrogram in the MSP-Share (DD) and MALDI Biotyper 3 (DB) softwares. The discriminatory power of typing techniques was estimated by Simpson's Diversity Index (SDI) and the agreement rates determined by the Wallace coefficient (WC) ( < 0.05). The average similarities of reproducibilities for technical replicates and biological replicates obtained were 0.989 ± 0.005 and 0.86 ± 0.046, respectively. The MLST and eBURST analyzes identified a new ST, a new Non-typeable group and CC1525. The SDIs ranged from 0.503 to 0.833. The most discriminatory method was the MLST. The Wallace coefficient indicated that the concordances between DB and the other typing methods were almost zero or zero. On the other hand, high agreement between DD×Serotype (WC = 0.930) and low agreement between DD×ST and DD×CC were verified. It is concluded that MALDI-ToF MS is suitable for typing S. agalactiae strains isolated from fish, however, it has low correlation with molecular typing methods

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