Estado da arte do sequenciamento genômico na pecuária / Status of the art sequencing genome on livestock

Desde que a possibilidade de determinar a sequência nucleotídica de genomas surgiu em 1975, muitos foram os avanços da genômica. Na década de noventa teve início o sequenciamento do genoma humano, viabilizado em grande parte pelos avanços nos métodos computacionais. Nos últimos dez anos, o advento de tecnologias de sequenciamento de nova geração permitiu o sequenciamento de milhões de bases a baixo custo e em curto espaço de tempo quando comparadas às técnicas de sequenciamento anteriores. Após a conclusão do projeto genoma humano, muitas iniciativas foram tomadas para a realização do sequenciamento de diversas espécies domésticas, gerando grande volume de dados, e redirecionando os estudos genéticos. Esta revisão teve como objetivo descrever o estado atual do sequenciamento das principais espécies de animais domésticos de interesse econômico, bem como de expor as ferramentas mais utilizadas no acesso às informações genômicas.

There has been a lot of advance in genomics since 1975 when the possibility to determine the nucleotide sequence of a genome was described. In the 90’s the human genome sequencing was started and it was greatly favored by advances in computer technologies. In the last ten years the development of next generation sequencing technologies allowed the sequencing of millions of bases at low cost and in a shorter time compared to the previous technologies. After the conclusion of the human genome project, several initiatives to sequence the genome of domestic animal species were taken, resulting in a large amount of data that is redirecting the goals of genetic studies in domestic animals. The aim of this review was to describe the present situation of the sequencing initiatives on the main domestic animal species of economical interest as well as to list the most important tools available to access the genomic information.

STATUS OF THE ART SEQUENCING GENOME ON LIVESTOCK / Estado da arte do sequenciamento genômico na pecuária

Desde que a possibilidade de determinar a sequência nucleotídica de genomas surgiu em 1975, muitos foram os avanços da genômica. Na década de noventa teve início o sequenciamento do genoma humano, viabilizado em grande parte pelos avanços nos métodos computacionais. Nos últimos dez anos, o advento de tecnologias de sequenciamento de nova geração permitiu o sequenciamento de milhões de bases a baixo custo e em curto espaço de tempo quando comparadas às técnicas de sequenciamento anteriores. Após a conclusão do projeto genoma humano, muitas iniciativas foram tomadas para a realização do sequenciamento de diversas espécies domésticas, gerando grande volume de dados, e redirecionando os estudos genéticos. Esta revisão teve como objetivo descrever o estado atual do sequenciamento das principais espécies de animais domésticos de interesse econômico, bem como de expor as ferramentas mais utilizadas no acesso às informações genômicas. SUMMARY There has been a lot of advance in genomics since 1975 when the possibility to determine the nucleotide seq

Estado da arte do sequenciamento genômico na pecuária / Status of the art sequencing genome on livestock

Desde que a possibilidade de determinar a sequência nucleotídica de genomas surgiu em 1975, muitos foram os avanços da genômica. Na década de noventa teve início o sequenciamento do genoma humano, viabilizado em grande parte pelos avanços nos métodos computacionais. Nos últimos dez anos, o advento de tecnologias de sequenciamento de nova geração permitiu o sequenciamento de milhões de bases a baixo custo e em curto espaço de tempo quando comparadas às técnicas de sequenciamento anteriores. Após a conclusão do projeto genoma humano, muitas iniciativas foram tomadas para a realização do sequenciamento de diversas espécies domésticas, gerando grande volume de dados, e redirecionando os estudos genéticos. Esta revisão teve como objetivo descrever o estado atual do sequenciamento das principais espécies de animais domésticos de interesse econômico, bem como de expor as ferramentas mais utilizadas no acesso às informações genômicas.(AU)

There has been a lot of advance in genomics since 1975 when the possibility to determine the nucleotide sequence of a genome was described. In the 90s the human genome sequencing was started and it was greatly favored by advances in computer technologies. In the last ten years the development of next generation sequencing technologies allowed the sequencing of millions of bases at low cost and in a shorter time compared to the previous technologies. After the conclusion of the human genome project, several initiatives to sequence the genome of domestic animal species were taken, resulting in a large amount of data that is redirecting the goals of genetic studies in domestic animals. The aim of this review was to describe the present situation of the sequencing initiatives on the main domestic animal species of economical interest as well as to list the most important tools available to access the genomic information.(AU)

STATUS OF THE ART SEQUENCING GENOME ON LIVESTOCK / Estado da arte do sequenciamento genômico na pecuária.

Desde que a possibilidade de determinar a sequência nucleotídica de genomas surgiu em 1975, muitos foram os avanços da genômica. Na década de noventa teve início o sequenciamento do genoma humano, viabilizado em grande parte pelos avanços nos métodos computacionais. Nos últimos dez anos, o advento de tecnologias de sequenciamento de nova geração permitiu o sequenciamento de milhões de bases a baixo custo e em curto espaço de tempo quando comparadas às técnicas de sequenciamento anteriores. Após a conclusão do projeto genoma humano, muitas iniciativas foram tomadas para a realização do sequenciamento de diversas espécies domésticas, gerando grande volume de dados, e redirecionando os estudos genéticos. Esta revisão teve como objetivo descrever o estado atual do sequenciamento das principais espécies de animais domésticos de interesse econômico, bem como de expor as ferramentas mais utilizadas no acesso às informações genômicas. SUMMARY There has been a lot of advance in genomics since 1975 when the possibility to determine the nucleotide seq

Prevalência de rotavírus do grupo A em fezes diarréicas de bezerros de corte em sistema semi-intensivo de produção / Prevalence of group A rotavirus in diarrheic feaces of beef calves in semi-intensive production system

Determinou-se a prevalência de rotavírus durante surto de diarréia em bezerros de um rebanho de corte, criado em regime semi-intensivo de produção. Analisaram-se, por meio de técnicas de eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) e ensaio imunoenzimático (kit EIARA - Fiocruz), 69 amostras de fezes de bezerros, entre 30 e 60 dias de idade, colhidas em três estações de parição consecutivas (agosto a novembro/1999, janeiro a abril e agosto a novembro/2000). Pelo EIARA foram detectadas 63,8 por cento (44/69) de amostras positivas. Na primeira estação de parição foi detectado rotavírus em 82,4 por cento (14/17) dos bezerros que apresentaram quadro clínico de diarréia. No ano de 2000 a presença de rotavírus foi detectada em 41,7 por cento (5/12) e 62,5 por cento (25/40) do total de amostras examinadas. A análise do perfil eletroforético do genoma indicou grande diversidade, com quatro eletroferótipos distintos, todos com perfil longo, característico de rotavírus do grupo A.(AU)

During three successive seasons of calving (August to November 1999, January to April and August to November 2000) 69 fecal samples were collected from calves between 30 and 60 days of age presenting diarrhea, to account for the detection and prevalence of rotavirus. Samples were submited to an immunoenzymatic assay for rotavirus and adenovirus (kit EIARA-Fiocruz) and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). Of the 69 samples tested, 63.8% (44/69) were positive by EIARA. At the first calving season rotavirus was detected in feces from 14 of 17 calves (82.4%) with clinical signals of diarrhea. For the year 2000 seasons, rotavirus was detected in 5 of 12 (41.7%) and 25 of 40 (62.5%) of samples, respectively. The analysis of the eletrophoretic pattern of the positive samples showed four distinct group A rotavirus genome eletropherotypes.(AU)