Resumo
A acetilação das histonas é um dos principais mecanismos de reprogramação epigenética do genoma dos gametas a fim de estabelecer um estado totipotente para o desenvolvimento normal. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da utilização da Tricostatina A (TSA) sobre os níveis de acetilação das histonas e o desenvolvimento embrionário, avaliando-se a contagem do número de células da massa celular interna (MCI), trofectoderma (TE), e células totais, e os níveis da reação de imunocitoquímica para H3K9ac. Para isso, três experimentos foram delineados. No primeiro experimento, verificou-se que o grupo tratado com 5nM de TSA por 144h durante o cultivo in vitro (CIV) aumentou (p<0,01) o nível de H3K9ac em relação ao grupo controle. A taxa de clivagem e o desenvolvimento embrionário foram avaliados em um segundo experimento, e o grupo tratado com 5nM de TSA não apresentou diferença na produção de embriões comparado ao grupo controle. No experimento 3, o tratamento com a TSA não apresentou efeitos significativos em relação ao número de células da MCI, porém houve redução (p<0,01) tanto do número de células da TE quanto de células totais comparado ao grupo controle. Portanto, conclui-se que o tratamento com TSA não altera o desenvolvimento embrionário pré-implantacional de embriões fêmeas de bovinos, mostrando efeito negativo sobre o desenvolvimento dos embriões tratados
Histone acetylation is one of the major mechanisms of epigenetic reprogramming of gamete genome to establish a totipotent state for normal development. The aim of this work was to evaluate the use of Trichostatin A (TSA) on the levels of histone acetylation and embryonic development, the assessment of counting the cell number of inner cell mass (ICM), trophectoderm (TE), and total cells, and the levels of H3K9ac for immunocytochemical reaction. Therefore, three experiments were designed. In the first experiment, it was verified that the group treated with TSA for 5nM for 144h during in vitro culture (IVC) increased (p <0.01) the level of H3K9ac in the control group. Cleavage rate and embryo development were evaluated in a second experiment, and the group treated with 5nM TSA showed no difference in embryo production compared to control. In Experiment 3, treatment with TSA had no significant effect on the cell number of ICM, but decreased (p <0.01) both the cell number of TE and total cells as compared to control. Therefore, it is concluded that treatment with TSA does not alter the preimplantation embryonic development female bovine embryos, showing a negative effect on the development of embryos treated
Resumo
O estudo foi conduzido para avaliar o efeito de duas proporções de concentrado, 70 e 80%, com duas fontes energéticas, milho e farelo de gérmen de milho, e volumoso à base de silagem de milho, sob o consumo de nutrientes, desempenho, características de carcaça, não componentes de carcaça e qualidade da carne de 28 novilhas Nelore confinadas, com aproximadamente 14 meses de idade e peso corporal médio de 200 kg, objetivando o abate. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado segundo esquema fatorial 2 x 2 ( 2 proporções de concentrado x 2 fontes energéticas) totalizando 4 tratamentos e 7 repetições, sendo as médias comparadas pelo teste de Tukey a 5%. Não houve interação da proporção de concentrado x fonte energética da dieta sobre o consumo de MS. Houve efeito significativo da interação proporção de concentrado x fonte energética da dieta para os consumos de proteína bruta (PB) e fibra em detergente neutro (FDN), sendo que a maior proporção de concentrado, associada ao milho, possibilitou maior consumo diário de PB (1,17 kg/dia) e FDN (4,05 kg/dia). Observou-se valor médio de consumo de fibra em detergente ácido superior para as dietas com 80% de concentrado, tanto para a dieta com milho quanto com farelo de gérmen de milho. Houve efeito significativo da fonte energética da dieta sobre o peso final dos animais, sendo que os animais alimentados com as dietas contendo milho apresentaram valor médio de peso final (326,14 kg) superior aos alimentados com as dietas contendo farelo de gérmen de milho (292,07 kg). A associação de altas proporções de concentrado, com milho como fonte energética, proporciona resultados satisfatórios de ganho em peso e desempenho de novilhas Nelore, já a substituição total do milho pelo farelo de gérmen de milho, associado à altas proporções de concentrado ricos em fibra...
The objective of this study was to evaluate the effect of two proportions of concentrate, 70 and 80%, with two energy sources, corn and corn germ meal, and roughage basis of corn silage on the intake of nutrients, performance, characteristics of a carcass, non components of carcass and meat quality of confined 28 Nellore heifers. The experimental design was a completely randomized design in factorial scheme 2 x 2 (2 proportions of concentrate x 2 energy sources) 4 replications and 7 treatments, and the averages has been compared by Tukey 5% test.. There was no interaction proportion of concentrate x energy source on the intake of dry matter. There was a significant effect of interaction proportion of concentrate x energy source intake for crude protein (CP) and neutral detergent fiber (NDF), suggesting that a higher proportion of concentrate, with the corn, allowed greater intake of CP (1.17 kg / day) and NDF (4,05 kg / day). It was observed average intake of acid detergent fiber than for diets with 80% concentrate, with both the diet with corn as the corn germ meal. There was a significant effect of dietary energy source on the final weight of animals, and the animals fed the diets with corn had average final weight (326.14 kg), above the fed with diets with corn germ meal (292.07 kg). The association of high proportions of concentrate with corn as an energy source, provided satisfactory results in performance of Nellore heifers, since the replacement of the corn germ meal, associated with high proportions of concentrate rich in fiber, not was recommended for young Nellore heifers. There was a significant effect the energy source of the diet on the weight of empty body, and the animals that received the diets with corn showed the average value of empty body weight (309.44 kg) than the diets of with corn germ meal (276.42 kg). The carcass yield, the thickness...
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O objetivo da pesquisa descrita nesta tese foi estudar possíveis aplicações do método das rotações modificadas de Givens na solução de sistemas de equações lineares tipicamente observados em problemas de melhoramento animal. Duas aplicações foram consideradas: a predição de valores genéticos com base em informação fenotípica e genealógica, por meio da metodologia dos modelos mistos; e a predição de valores genéticos com base em informação molecular, obtida pela genotipagem de painéis densos de SNPs. Na primeira aplicação, delineou-se o emprego de um modelo animal reduzido, combinado a uma ordenação do sistema que permitiu uma abordagem multi-frontal de decomposição. As matrizes frontais foram definidas como sendo as partes da triangular superior pertinentes a cada rebanho. Com isso, o problema pôde ser desmembrado em n subproblemas em que n é o número de rebanhos. Um conjunto de programas foi desenvolvido de modo a decompor as matrizes de dados de cada rebanho independentemente, e depois combinar as informações de todos eles na solução do sistema triangular geral, por retro-substituição. Concluiu-se que o método pode ser empregado em um sistema para atualização de predições de valor genético sob modelo animal reduzido, em que se aninham os efeitos de vacas dentro de rebanhos. Na segunda aplicação, comparou-se o emprego das rotações de Givens com o método do Gradiente Conjugado, na solução de sistemas lineares envolvidos na estimação de efeitos de SNPs em valores genéticos. O método das rotações demandou menos tempo de processamento e mais memória. Concluiu-se que, dado o crescente avanço em capacidade computacional, o método das rotações pode ser um método numérico viável e apresenta a vantagem de permitir o cálculo dos erros-padrão das estimativas
The aim of this study was to investigate possible applications of the modified Givens rotations on the solution of linear systems that typically arise in animal breeding problems. Two applications were considered: prediction of breeding values based on phenotypes and relationships, using mixed model methods; and prediction of breeding values based on molecular information, using genotypes from high density SNP chips. In the first application, the use of a reduced animal model, combined with a specific ordering of the system, made it possible to apply a multi-frontal decomposition approach. The frontal matrices were defined as the parts of the upper triangular corresponding to each herd. In this way, the problem could be partitioned into n subproblems, where n is the number of herds. A set of programs was developed in order to factorize the data matrix of each herd independently, and then combine the information from all of them while solving the overall triangular system, by back-substitution. The conclusion was that Givens rotations can be used as a numerical method for updating predicted breeding values under a reduced animal model, if dam effects are nested within herds. In the second application, the modified Givens rotations were compared to the Conjugate Gradient method for solving linear systems that arise in the estimation of SNP effects on breeding values. Givens rotations required less processing time but a greater amount of high speed memory. The conclusion was that, given the increasing rate of advance in computer power, Givens rotations can be regarded as a feasible numerical method which presents the advantage that it allows for the calculation of standard errors of estimates
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Foram utilizados dados de 116406 bovinos da raça Nelore, participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), nascidos entre 1995 e 2005, com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para os pesos padronizados aos 120(P120), 210(P210), 365(P365), 450(P450) e 730(P730) dias de idade e para os ganhos em peso do nascimento aos 120(GP120), dos 120 aos 210 (GP210), dos 210 aos 365(GP365), dos 365 aos 450(GP450) e dos 450 aos 730(G730), além de avaliar a tendência genética das características citadas, tanto para efeito direto como materno. Os componentes de variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90, sob modelo animal, o qual incluiu como efeitos fixos, os grupos de contemporâneos e idade da vaca ao parto e como aleatórios, efeito genético aditivo direto para todas as características estudadas e efeito genético materno para P120, P210, P365, GP120, GP210 e GP365. As estimativas de herdabilidade direta foram 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, para cada peso, respectivamente, e 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 e 0,20, para os respectivos ganhos em peso. As herdabilidades maternas foram 0,26, 0,25 e 0,12, para P120, P210 e P365 e 0,23, 0,17, 0,12 para GP120, GP210 e GP365. As correlações direto-maternas foram todas negativas, exceto para P365 (0,06). As tendências genéticas diretas foram todas positivas. As tendências maternas foram quase nulas para todas as características. As estimativas de herdabilidade para os pesos padronizados e para os ganhos em peso indicam que a seleção pode promover mudanças genéticas. As herdabilidades maternas para P120, P210, P365 e GP365 indicam que a seleção nestas características pode contribuir para melhorar a habilidade materna do rebanho. Os ganhos genéticos diretos observados, para todas as características estão aquém dos ganhos potenciais da raça Nelore...
Data of 116406 bovines of the Nellore beef cattle, participants of the Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), been born between 1995 and 2005 were used with the objective to estimate genetic parameters for the 120-days weight (P120), 210-days weight (P210), 365-days weight (P365), 450-days weight (P450) and 730-days weight (P730) and for the weight gain from birth to 120(GP120), from 120 to 210(GP210), from 210 to 365(GP365), from 365 to 450(GP450) and from 450 to 730 days weight(GP730), besides evaluating the genetic trends of the traits, so much for the direct effect as for the maternal. The variance components were estimated by the restricted maximum likelihood method using the program AIREMLF90. The animal model included fixed effects for contemporary groups and age of the dam at calving, and also included random effects for genetic direct effects for all the studied traits and genetic maternal effect for P120, P210, P365, GP120, GP210 and GP365. The estimative of direct heritability were 0,21, 0,22, 0,22, 0,34, 0,28, for each weight, respectively and 0,19, 0,20, 0,18, 0,18 and 0,20, for the respective weight gains. The maternal heritability were 0,26, 0,25 and 0,12, for P120, P210 and P365 and 0,23, 0,17, 0,12 for GP120, GP210 and GP365. The direct-maternal correlations were all negatives except for P365 (0,06). The direct genetic trends were all positive ones. The maternal trends were almost null for all the traits. The estimative of heritability for the adjusted weights and for the weight gains indicated that the selection could promote genetic changes. The maternal heritability for P120, P210, P365 and GP365 indicated that the selection in these traits could contribute to improve the maternal ability of the herd. The direct genetic gain observed, for all the traits were on this side of the potential gain of the Nellore beef cattle...
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Medidas periódicas de peso corporal e perímetro escrotal de bovinos de corte da raça Nelore foram utilizadas para avaliar o desenvolvimento corporal e testicular por meio de modelos não lineares e para obter estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos para peso corporal e perímetro escrotal ajustados, respectivamente, aos 12 (P12 e PE12) e aos 18 (P18 e PE18) meses de idade. As funções estudadas foram: Brody, Richards, von Bertalanffy, Gompertz e dois modelos Logísticos, pelo método de Gauss Newton, por meio de regressão não-linear das características em função da idade (dias). Os parâmetros genéticos e fenotípicos foram obtidos pelo método de máxima verossimilhança restrita. Todos os modelos não-lineares ajustaram parâmetros para o crescimento corporal, exceto Richards e Gompertz. Para perímetro escrotal, apenas os modelos Brody e Logístico tiveram ajuste em função da idade. Os modelos Logísticos foram mais adequados para representar o crescimento, conforme a interpretação biológica dos parâmetros e a qualidade do ajuste. As estimativas médias de herdabilidade foram de 0,25; 0,27; 0,29 e 0,42 para P12, P18, PE12 e PE18, respectivamente. A correlação genética entre PE12 e PE18 foi alta, próxima de zero entre P18 e PE12 e de média a baixa magnitude entre as demais. O PE18 foi indicado para ser utilizado como critério de seleção para aumentar o perímetro escrotal
Periodic measures of body weight and scrotal circumference of Nelore beef cattle were used to evaluate the body and testicular growth via nonlinear models and to obtain estimates of fjenetic and phenotypic parameters for body weight (BW) and scrotal circumference (SC), adjusted at 12 (BW12 and SC12) and at 18 (BW18 and SC18) months of age respectively. The functions used to investigate a modified Gauss-Newton method of nonlinear regression of both traits by age (days) were: Brody, Richards, von Bertalanffy, Gompertz and two logistic models. Genetic and phenotypic parameters were obtained using a multiple trait animal model and a REML algorithm. Ali of the nonlinear models fitted the parameters for growth curve, except Richards and Gompertz. Only Brody and the LOfjistic models fitted the scrotal circumference by age analysis. The Logistic models were selected as more appropriate to describe the body and testicular growth, according to the goodness-of-fit of the models and the biological significance of the parameters. Mean estimates of heritability for BW12. BW18, SC12 e SC18 were 0.25; 0.27; 0.29 and 0.42, respectively. The genetic correlation was high between SC12 and SC18, near zero between BW18 and SC12 and medium to low magnitude for other traits. SC18 was indicated as selection criteria to increase scrotal circumference. KEY -WORDS: nonlinear models, body weight, scrotal circumference, beef cattle, heritability
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