Genetic similarities and phylogenetic analysis of Muntjac (Muntiacus spp. ) by comparing the nucleotide sequence of 16S rRNA and cytochrome B genome / Semelhanças genéticas e análise filogenética de muntjac (Muntiacus spp. ) comparando a sequência de nucleótidos de rRNA 16S e genoma citocromo B

This study aimed to identify the phylogenetic similarities among the muntjac (Muntiacus spp.). The phylogenetic similarities among seven major muntjac species were studied by comparing the nucleotide sequence of 16s rRNA and cytochrome b genome. Nucleotide sequences, retrieved from NCBI databases were aligned by using DNASTAR software. A phylogenetic tree was created for the selected species of muntjac by using the maximum likelihood method on MEGA7 software. The results of nucleotide sequences (16s rRNA) showed phylogenetic similarities between, the M. truongsonensis and M. rooseveltorum had the highest (99.2%) while the lowest similarities (96.8%) found between M. crinifrons and M. putaoensi. While the results of nucleotide sequences (Cty b) showed the highest similarity (100%) between M. muntjak and M. truongsonensis and the lowest s (91.5%) among M. putaoensis and M. crinifrons. The phylogenetic tree of muntjac species (16s rRNA gene) shows the main two clusters, the one including M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum, and M. muntjak, and the second one including M. crinifrons and M. vuquangensis. The M. reevesi exists separately in the phylogenetic tree. The phylogenetic tree of muntjac species using cytochrome b genes shows that the M. muntjak and M. truongsonensis are clustered in the same group.

Este estudo visou identificar as semelhanças filogenéticas entre os muntjac (Muntiacus spp.). As semelhanças filogenéticas entre sete grandes espécies muntjac foram estudadas comparando a sequência de nucleótidos de 16s rRNA e genoma citocromo b. As sequências de nucleótidos, obtidas a partir de bases de dados NCBI, foram alinhadas utilizando o software DNASTAR. Foi criada uma árvore filogenética para as espécies selecionadas de muntjac utilizando o método de probabilidade máxima no software MEGA7. Os resultados das sequências de nucleótidos (16s rRNA) mostraram semelhanças filogenéticas entre o M. truongsonensis e o M. rooseveltorum tiveram o maior número (99,2%) enquanto as semelhanças mais baixas (96,8%) encontradas entre M. crinifrons e M. putaoensi. Enquanto os resultados das sequências de nucleótidos (Cty-b) apresentaram a maior semelhança (100%) entre M. muntjak e M. truongsonensis e os mais baixos (91,5%) entre M. putaoensis e M. crinifrons. A árvore filogenética das espécies muntjac (gene rRNA 16s) mostra os dois principais aglomerados, o que inclui M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum e M. muntjak, e o segundo incluindo M. crinifrons e M. vuquangensis. O M. reevesi existe separadamente na árvore filogenética. A árvore filogenética das espécies muntjac usando genes citocromo b mostra que os M. muntjak e M. truongsonensis estão agrupados no mesmo grupo.

Genetic similarities and phylogenetic analysis of Muntjac (Muntiacus spp.) by comparing the nucleotide sequence of 16S rRNA and cytochrome B genome

Abstract This study aimed to identify the phylogenetic similarities among the muntjac (Muntiacus spp.). The phylogenetic similarities among seven major muntjac species were studied by comparing the nucleotide sequence of 16s rRNA and cytochrome b genome. Nucleotide sequences, retrieved from NCBI databases were aligned by using DNASTAR software. A phylogenetic tree was created for the selected species of muntjac by using the maximum likelihood method on MEGA7 software. The results of nucleotide sequences (16s rRNA) showed phylogenetic similarities between, the M. truongsonensis and M. rooseveltorum had the highest (99.2%) while the lowest similarities (96.8%) found between M. crinifrons and M. putaoensi. While the results of nucleotide sequences (Cty b) showed the highest similarity (100%) between M. muntjak and M. truongsonensis and the lowest s (91.5%) among M. putaoensis and M. crinifrons. The phylogenetic tree of muntjac species (16s rRNA gene) shows the main two clusters, the one including M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum, and M. muntjak, and the second one including M. crinifrons and M. vuquangensis. The M. reevesi exists separately in the phylogenetic tree. The phylogenetic tree of muntjac species using cytochrome b genes shows that the M. muntjak and M. truongsonensis are clustered in the same group.

Resumo Este estudo visou identificar as semelhanças filogenéticas entre os muntjac (Muntiacus spp.). As semelhanças filogenéticas entre sete grandes espécies muntjac foram estudadas comparando a sequência de nucleótidos de 16s rRNA e genoma citocromo b. As sequências de nucleótidos, obtidas a partir de bases de dados NCBI, foram alinhadas utilizando o software DNASTAR. Foi criada uma árvore filogenética para as espécies selecionadas de muntjac utilizando o método de probabilidade máxima no software MEGA7. Os resultados das sequências de nucleótidos (16s rRNA) mostraram semelhanças filogenéticas entre o M. truongsonensis e o M. rooseveltorum tiveram o maior número (99,2%) enquanto as semelhanças mais baixas (96,8%) encontradas entre M. crinifrons e M. putaoensi. Enquanto os resultados das sequências de nucleótidos (Cty-b) apresentaram a maior semelhança (100%) entre M. muntjak e M. truongsonensis e os mais baixos (91,5%) entre M. putaoensis e M. crinifrons. A árvore filogenética das espécies muntjac (gene rRNA 16s) mostra os dois principais aglomerados, o que inclui M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum e M. muntjak, e o segundo incluindo M. crinifrons e M. vuquangensis. O M. reevesi existe separadamente na árvore filogenética. A árvore filogenética das espécies muntjac usando genes citocromo b mostra que os M. muntjak e M. truongsonensis estão agrupados no mesmo grupo.

Genetic similarities and phylogenetic analysis of Muntjac (Muntiacus spp. ) by comparing the nucleotide sequence of 16S rRNA and cytochrome B genome / Semelhanças genéticas e análise filogenética de muntjac (Muntiacus spp. ) comparando a sequência de nucleótidos de rRNA 16S e genoma citocromo B

This study aimed to identify the phylogenetic similarities among the muntjac (Muntiacus spp.). The phylogenetic similarities among seven major muntjac species were studied by comparing the nucleotide sequence of 16s rRNA and cytochrome b genome. Nucleotide sequences, retrieved from NCBI databases were aligned by using DNASTAR software. A phylogenetic tree was created for the selected species of muntjac by using the maximum likelihood method on MEGA7 software. The results of nucleotide sequences (16s rRNA) showed phylogenetic similarities between, the M. truongsonensis and M. rooseveltorum had the highest (99.2%) while the lowest similarities (96.8%) found between M. crinifrons and M. putaoensi. While the results of nucleotide sequences (Cty b) showed the highest similarity (100%) between M. muntjak and M. truongsonensis and the lowest s (91.5%) among M. putaoensis and M. crinifrons. The phylogenetic tree of muntjac species (16s rRNA gene) shows the main two clusters, the one including M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum, and M. muntjak, and the second one including M. crinifrons and M. vuquangensis. The M. reevesi exists separately in the phylogenetic tree. The phylogenetic tree of muntjac species using cytochrome b genes shows that the M. muntjak and M. truongsonensis are clustered in the same group.(AU)

Este estudo visou identificar as semelhanças filogenéticas entre os muntjac (Muntiacus spp.). As semelhanças filogenéticas entre sete grandes espécies muntjac foram estudadas comparando a sequência de nucleótidos de 16s rRNA e genoma citocromo b. As sequências de nucleótidos, obtidas a partir de bases de dados NCBI, foram alinhadas utilizando o software DNASTAR. Foi criada uma árvore filogenética para as espécies selecionadas de muntjac utilizando o método de probabilidade máxima no software MEGA7. Os resultados das sequências de nucleótidos (16s rRNA) mostraram semelhanças filogenéticas entre o M. truongsonensis e o M. rooseveltorum tiveram o maior número (99,2%) enquanto as semelhanças mais baixas (96,8%) encontradas entre M. crinifrons e M. putaoensi. Enquanto os resultados das sequências de nucleótidos (Cty-b) apresentaram a maior semelhança (100%) entre M. muntjak e M. truongsonensis e os mais baixos (91,5%) entre M. putaoensis e M. crinifrons. A árvore filogenética das espécies muntjac (gene rRNA 16s) mostra os dois principais aglomerados, o que inclui M. putaoensis, M. truongsonensis, M. rooseveltorum e M. muntjak, e o segundo incluindo M. crinifrons e M. vuquangensis. O M. reevesi existe separadamente na árvore filogenética. A árvore filogenética das espécies muntjac usando genes citocromo b mostra que os M. muntjak e M. truongsonensis estão agrupados no mesmo grupo.(AU)

Morphometric and molecular differentiation of Pimelodus grosskopfii and Pimelodus yuma (Siluriformes: Pimelodidae)

Pimelodus grosskopfii and Pimelodus yuma, two species endemic to the Magdalena-Cauca basin in Colombia, overlap in the ranges of some of their diagnostic characters, which hampers their correct morphological identification. Aiming to help discriminate these species, this study conducted an integrative analysis using traditional and geometric morphometrics, phylogenetic analysis based on partial sequences of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 gene (COI, cox1) and the identification of diagnostic Single Nucleotide Polymorphism markers (SNP). The species differ significantly in body geometry, allowing 100% discrimination, which was reinforced by a phylogenetic analysis that recovered well-supported monophyly of each species (posterior probability > 0.95). Additionally, the traditional morphometric results corroborated some previously reported diagnostic traits for both species and let us describe one non-overlapping ratio related to the adipose fin length. Three of five SNP markers had reciprocally exclusive alleles suitable for identifying each species. The morphometric and molecular methods conducted in this study constitute alternative tools for the correct discrimination of P. grosskopfii and P. yuma in the wild and in captive populations used for aquaculture.(AU)

Pimelodus grosskopfii y Pimelodus yuma, dos especies endémicas de la Cuenca Magdalena-Cauca en Colombia, se superponen en los rangos de variación de algunos de sus caracteres diagnósticos, lo que dificulta su correcta diferenciación morfológica. Con el objetivo de contribuir a la discriminación de estas especies, se realizó un análisis integrativo utilizando la morfometría geométrica y tradicional, análisis filogenético basado en secuencias parciales del gen mitocondrial citocromo c oxidasa subunidad I (COI, cox1) y la identificación de marcadores diagnósticos de polimorfismo de nucleótido único (SNP). Las especies difieren significativamente en la geometría del cuerpo, permitiendo una discriminación del 100%, lo que fue reforzado por un análisis filogenético que recuperó una monofilia bien soportada para cada especie (probabilidad posterior > 0,95). Además, los resultados de la morfometría tradicional corroboraron algunos rasgos diagnósticos previamente reportados para ambas especies y nos permitieron describir una proporción que no se sobrepone, relacionada con la longitud de la aleta adiposa. Tres de los cinco marcadores SNP poseían alelos recíprocamente exclusivos, adecuados para identificar cada especie. Los métodos morfométricos y moleculares implementados en este estudio constituyen herramientas alternativas para la correcta discriminación de P. grosskopfii y P. yuma tanto en la naturaleza como en poblaciones cautivas utilizadas para la acuicultura.(AU)

Virulence factors and phylotyping of Escherichia coli isolated from non-diarrheic and diarrheic water buffalo calves / Caracterização dos fatores de virulência e filogrupos de Escherichia coli isoladas de bezerros bubalinos sem diarreia e diarréicos

This study aimed to determine the virulence factors, phylogenetic groups, and the relationships between pathovars and phylogenetic groups of E. coli strains isolated from feces of buffalo calves. A total of 217 E. coli strains were obtained from feces after culture and were screened by PCR for detection of virulence factors EAST-1, enterohemolysin, Saa, CNF2, F41, F5, STa, intimin, Stx1 and Stx2. One hundred and thirty-four isolates were positive for one or more virulence factors: eighty-four from diarrheic animals, and fifty from non-diarrheic calves. The pathovars of E. coli identified in diarrheic feces were ETEC (F5+) (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84), and EAEC (EAST-1+) (33/84). Pathovars identified in non-diarrheic animals were NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50) and EAEC (7/50). E. coli strains positive for EAST-1 (P=0.008) and phylogroup C (P = 0.05) were associated with the presence of diarrhea. Phylogenetic analysis showed that 58.95% of the isolates belonged to phylogroup B1, followed by E (9.70%), B2 (5.90%), C (5.90%), D (5.22%), A (2.24%), and F (1.50%). Phylogroup B1 predominated in pathogenic E. coli isolated from water buffalo, and phylogroup C constituted an enteropathogenic E. coli for water buffalo calves.(AU)

O objetivo foi determinar os fatores de virulência, os grupos filogenéticos e as possíveis relações entre os patovares e os grupos filogenéticos identificados de cepas de Escherichia coli isoladas de fezes de bezerros bubalinos. Um total de 217 amostras de E. coli foram identificadas a partir de cultura das fezes e submetidas a reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção dos fatores de virulência EAST-1, enterohemolisina, Saa, CNF2, F41, F5, STa, intimina, Stx1 e Stx2. Foram identificadas 134 cepas positivas para um ou mais fatores de virulência: 84isoladas de bezerros bubalinos diarreicos e 50 de bezerros bubalinos saudáveis. Os patovares de E. coli obtidos de fezes diarreicas foram ETEC (F5+) (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84), e EAEC (EAST-1+) (33/84). Os patovares isolados de fezes não diarreicas foram NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50) e EAEC (7/50). Cepas de E. coli positivas para EAST-1 (P = 0,008) e filogrupo C (P = 0,05) foram associadas com a presença de diarreia. A análise de filogrupos revelou que 58,95% dos isolados pertencem ao filogrupo B1, seguido por E (9,70%), B2 (5,90%), C (5,90%), D (5,22%), A (2,24%) e F (1,50%). O filogrupo B1 predomina em cepas de E. coli patogênicas isoladas de bezerros búfalos e o filogrupo C constitui um filogrupo de E. coli patogênica entérica para bezerros.(AU)

Phylogenetic structure is determined by patch size in rock outcrop vegetation on an inselberg in the northern Amazon region / Estrutura filogenética é determinada pelo tamanho de manchas de vegetação sobre afloramento rochoso em um inselberg na região norte da Amazônia

Although inselbergs from around the world are iconic ecosystems, little is known on the underlying mechanisms of community assembly, especially in their characteristic patchy outcrop vegetation. Environmental constraints are expected to cause phylogenetic clustering when ecological niches are conserved within evolutionary lineages. We tested whether vegetation patches from rock outcrops of the Piedra La Tortuga Natural Monument, in the northern Amazon region, are phylogenetically clustered, indicating that environmental filtering is the dominant driver of community assemblage therein. We classified all patches according to their size as very small (< 1 m2), small (1-4 m2), medium-sized (4-8 m2), and large patches (8-15 m2). From each class, we randomly selected 10 patches, totalizing 40 patches covering 226 m2. All individuals found in the 40 isolated patches were identified to the species level. We also correlated measurements of phylogenetic community structure with patch size. We found that species from patches are restricted to the clades monocots, fabids, malvids, and lamiids. We conclude that vegetation in this rock outcrop is phylogenetically clustered. Furthermore, we found that phylogenetic turnover between pairs of patches increases with patch size, which is consistent with a scenario of higher environmental stress in smaller patches. Further research is necessary to identify nurse species in inselberg vegetation, which is pivotal for conservation and restoration of this particular ecosystem.

Ainda que os inselbergs ao redor do mundo sejam ecossistemas icônicos, pouco se sabe sobre os mecanismos subjacentes que estruturam suas comunidades vegetais, especialmente nas manchas de vegetação sobre afloramentos rochosos. Espera-se que as restrições ambientais causem agrupamento filogenético quando os nichos ecológicos são conservados dentro das linhagens evolutivas. Nós testamos se as manchas de vegetação dos afloramentos rochosos do Monumento Natural Piedra La Tortuga, no norte da região amazônica, apresentam indicadores filogenéticos de que a filtragem ambiental é o principal direcionador da estruturação da comunidade. Classificamos todas as manchas de acordo com seu tamanho como muito pequenas (<1 m2), pequenas (1-4 m2), médias (4-8 m2) e grandes (8-15 m2). Selecionamos aleatoriamente 10 manchas em cada classe de tamanho, totalizando 40 manchas cobrindo 226 m2. Todos os indivíduos encontrados nas 40 manchas foram identificados ao nível de espécie. Correlacionamos as medidas da estrutura filogenética da comunidade com o tamanho das manchas e encontramos que as espécies das manchas são restritas aos clados das monocotiledôneas, fabídeas, malvídeas e lamiídeas. Concluímos que a vegetação neste afloramento rochoso é agrupada filogeneticamente. Além disso, encontramos que o turnover filogenético entre pares de manchas aumenta com o tamanho da mancha, o que é consistente com um cenário de alto estresse ambiental nas manchas menores. São necessárias mais pesquisas para identificar espécies facilitadoras, que são fundamentais para a conservação e restauração destes ecossistemas.

Phylogenetic structure is determined by patch size in rock outcrop vegetation on an inselberg in the northern Amazon region / Estrutura filogenética é determinada pelo tamanho de manchas de vegetação sobre afloramento rochoso em um inselberg na região norte da Amazônia

Although inselbergs from around the world are iconic ecosystems, little is known on the underlying mechanisms of community assembly, especially in their characteristic patchy outcrop vegetation. Environmental constraints are expected to cause phylogenetic clustering when ecological niches are conserved within evolutionary lineages. We tested whether vegetation patches from rock outcrops of the Piedra La Tortuga Natural Monument, in the northern Amazon region, are phylogenetically clustered, indicating that environmental filtering is the dominant driver of community assemblage therein. We classified all patches according to their size as very small (< 1 m2), small (1-4 m2), medium-sized (4-8 m2), and large patches (8-15 m2). From each class, we randomly selected 10 patches, totalizing 40 patches covering 226 m2. All individuals found in the 40 isolated patches were identified to the species level. We also correlated measurements of phylogenetic community structure with patch size. We found that species from patches are restricted to the clades monocots, fabids, malvids, and lamiids. We conclude that vegetation in this rock outcrop is phylogenetically clustered. Furthermore, we found that phylogenetic turnover between pairs of patches increases with patch size, which is consistent with a scenario of higher environmental stress in smaller patches. Further research is necessary to identify nurse species in inselberg vegetation, which is pivotal for conservation and restoration of this particular ecosystem.(AU)

Ainda que os inselbergs ao redor do mundo sejam ecossistemas icônicos, pouco se sabe sobre os mecanismos subjacentes que estruturam suas comunidades vegetais, especialmente nas manchas de vegetação sobre afloramentos rochosos. Espera-se que as restrições ambientais causem agrupamento filogenético quando os nichos ecológicos são conservados dentro das linhagens evolutivas. Nós testamos se as manchas de vegetação dos afloramentos rochosos do Monumento Natural Piedra La Tortuga, no norte da região amazônica, apresentam indicadores filogenéticos de que a filtragem ambiental é o principal direcionador da estruturação da comunidade. Classificamos todas as manchas de acordo com seu tamanho como muito pequenas (<1 m2), pequenas (1-4 m2), médias (4-8 m2) e grandes (8-15 m2). Selecionamos aleatoriamente 10 manchas em cada classe de tamanho, totalizando 40 manchas cobrindo 226 m2. Todos os indivíduos encontrados nas 40 manchas foram identificados ao nível de espécie. Correlacionamos as medidas da estrutura filogenética da comunidade com o tamanho das manchas e encontramos que as espécies das manchas são restritas aos clados das monocotiledôneas, fabídeas, malvídeas e lamiídeas. Concluímos que a vegetação neste afloramento rochoso é agrupada filogeneticamente. Além disso, encontramos que o turnover filogenético entre pares de manchas aumenta com o tamanho da mancha, o que é consistente com um cenário de alto estresse ambiental nas manchas menores. São necessárias mais pesquisas para identificar espécies facilitadoras, que são fundamentais para a conservação e restauração destes ecossistemas.(AU)

Detection of virulence factors and antimicrobial resistance patterns in shiga toxin-producing Escherichia coli isolates from sheep / Detecção de fatores de virulência e de resistência antimicrobiana em isolados produtores de toxina Shiga de ovinos

In order to detect virulence factors in Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) isolates and investigate the antimicrobial resistance profile, rectal swabs were collected from healthy sheep of the races Santa Inês and Dorper. Of the 115 E. coli isolates obtained, 78.3% (90/115) were characterized as STEC, of which 52.2% (47/90) carried stx1 gene, 33.3% (30/90) stx2 and 14.5% (13/90) both genes. In search of virulence factors, 47.7% and 32.2% of the isolates carried the genes saa and cnf1. According to the analysis of the antimicrobial resistance profile, 83.3% (75/90) were resistant to at least one of the antibiotics tested. In phylogenetic classification grouped 24.4% (22/90) in group D (pathogenic), 32.2% (29/90) in group B1 (commensal) and 43.3% (39/90) in group A (commensal). The presence of several virulence factors as well as the high number of multiresistant isolates found in this study support the statement that sheep are potential carriers of pathogens threatening public health.(AU)

A fim de detectar os fatores de virulência em isolados de E. coli produtoras de toxina Shiga (STEC) e investigar o perfil de resistência aos antimicrobianos, swabs retais foram coletados em ovelhas saudáveis das raças Santa Inês e Dorper. Dos 115 isolados de E. coli obtidos, 78,3% (90/115) foram caracterizados como STEC, dos quais 52,2% (47/90) possuíam o gene stx1, 33,3% (30/90) stx2 e 14,5% (13/90) ambos os genes. Em busca de fatores de virulência, 47,7% e 32,2% dos isolados apresentaram genes saa e cnf1. De acordo com a análise do perfil de resistência a antimicrobianos, 83,3% (75/90) eram resistentes a pelo menos um dos antibióticos testados. Na classificação filogenética, os isolados foram agrupados 24,4% (22/90) no grupo D (patogênico), 32,2% (29/90) no grupo B1 (comensal) e 43,3% (39/90) no grupo A (comensal). A presença de vários fatores de virulência, bem como o elevado número de isolados multirresistentes encontrados neste estudo apoia a afirmação de que as ovelhas são portadoras potenciais de patógenos que ameaçam a saúde pública.(AU)

Pesquisa dos agentes Anaplasma, Borrelia, Coxiella, Ehrlichia, Rickettsia e Hepatozoon em carrapatos (Acari: Ixodoidea: Argasidae, Ixodidae) do Chile e estudo taxonômico de Ornithodoros capensis sensu lato (Argasidae) na América do Sul

Até 2014, o conhecimento científico sobre a diversidade de Ixodoidea no Chile estava representado por 19 espécies e apenas agentes infecciosos dos gêneros Borrelia e Rickettsia haviam sido descritos. O objetivo deste estudo foi o de avaliar a ocorrência de outros patógenos transmitidos por carrapatos por meio de técnicas moleculares orientadas para a deteção de Anaplasma, Borrelia, Coxiella, Ehrlichia, Rickettsia e Hepatozoon. As sequências obtidas foram analisadas filogeneticamente, identificando-se suas posições em comparação à de organismos de papeis patogénicos já conhecidos. Como os agentes do gênero Coxiella apresentaram proximidade filogenética em relação a bactérias congenêricas endosimbiontes, os dados sobre estas foram utilizados para realizar um estudo taxonômico em carrapatos do complexo Ornithodoros capensis sensu lato. Em geral, os resultados confirmam a presença de pelo menos três novas espécies de Borrelia, uma nova Rickettsia, e três novas espécies de Hepatozoon para a ciência. Rickettsia amblyommatis, Rickettsia hoogstraalii e Rickettsia lusitaniae foram inseridas como novos agentes associados a carrapatos no Chile. Embora alguns carrapatos fossem positivos para a presença de bactérias da família Anaplasmataceae, futuros estudos devem ser desenvolvidos para confirmar a sua condição especifica, especialmente através da obtenção de maiores fragmentos do gene codificante para RNA 16S. Os organismos tipo Coxiella são específicos para cada uma das quatro espécies de carrapatos do grupo O. capensis analisados neste estudo. Portanto, constituem uma ferramenta de valor taxonômico para confirmar as identidades e limites genéticos destes. Finalmente, os resultados deste estudo adicionam pelo menos cinco novas espécies de carrapatos para a família Argasidae no Chile e apontam a ocorrência de várias morfotipos de condição incerta que precisam de maiores análises para esclarecer a com certeza a sua posição taxonômica.

Until 2014, scientific knowledge on the diversity of Chilean Ixodoidea summarized 19 species and only agents of Borrelia and Rickettsia genera had been detected. The objectives of this study were to evaluate the occurrence of further agents of Anaplasma, Borrelia, Coxiella, Ehrlichia, Rickettsia and Hepatozoon by means of molecular tools. Obtained sequences were inserted into a phylogenetic context in order to evaluate their relatedness to microorganisms of know pathogenic roles. As agents of Coxiella genus resulted to be related to endosymbiotic bacteria, data on these organisms was used to perform a taxonomic study with ticks of the Ornithodoors capensis sensu lato complex. The results confirm that Chilean ticks harbor at least three new borrelial, one new rickettsial, and three new Hepatozoon species for science. Moreover, Rickettsia amblyommatis, Rickettsia hoogstraalii and Rickettsia lusitaniae are added to the list of Chilean rickettsiae. Although ticks were positive to Anaplasmataceae PCRs, an accurate study including longer fragments of the 16S RNA targeted gene must be performed in order to confirm their specific identity. Coxiella-like endosymbionts are specific of every of the four O. capensis s. l. species analyzed in this study, and therefore constitute a useful tool in order to confirm the identities and define genetic boundaries of ticks of this group in South America. Finally, the results of this study add at least five new species of Argasidae family into Chilean fauna of ticks, and point the occurrence of several forms that need further assessment in order to accurately confirm their identities.

Caracterização molecular de Escherichia coli isoladas de bovinos, bubalinos e aves

Patotipos de Escherichia coli se destacam como importante enteropatógenos envolvidos na síndrome diarreica. Amostras de E. coli patogênicas são classificadas em patotipos, de acordo com a presença de fatores de virulência e mecanismos pelos quais causam doença. Já foram identificados cinco patotipos de E. coli associados à diarreia em bezerros: E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteropatogênica (EPEC), E. coli enterohemorrágica (EHEC), E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) e E. coli necrotoxigênica (NTEC). No presente estudo, amostras de E. coli isoladas de fezes de bezerros bovinos e bubalinos e carcaças de frangos foram estudadas. A análise filogenética de 336 estirpes de E. coli isoladas de fezes de bezerros bovinos mostrou que 21 (6,25%) pertencem ao filogrupo A, 228 (67,85%) ao filogrupo B1, 2 (0,6%) ao filogrupo B2, 5 (1,49%) ao filogrupo C, 57 (16,96%) ao filogrupo E e 3 (0,9%) ao filogrupo F. O filogrupo D não foi identificado e vinte amostras (5,95%) foram designadas como filogrupo "desconhecido". Somente ETEC foi associada com a presença de diarreia (P = 0,002) e não houve associação entre o grupo filogenético de E. coli e a presença de diarreia (P = 0,164). A análise de correspondência mostrou que EHEC e STEC são classificados principalmente como filogrupo B1, EAEC (EAST-1) filogrupo A, ETEC e EPEC filogrupo E. Duzentos e dezessete amostras de E. coli foram isoladas de fezes de bezerros bubalinos. Os patotipos identificados em fezes diarreicas foram ETEC (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84), e EAEC (33/84). E em fezes não diarreicas foram NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50), e EAEC (7/50). Fezes de animais com 1 a 30 dias de idade tiveram maior frequência de E. coli positivas para os fatores de virulência (P = 0,094). Patotipo EAEC (EAST-1) (P = 0,008) e filogrupo C (P = 0,03) foram associados com a presença de diarreia. A análise dos filogrupos de E. coli mostrou que 58.95% pertenciam ao filogrupo B1, seguidos dos filogrupos E (9.70%), B2 (5.9%), C (5.9%), D (5.22%), A (2.24%) e F (1.50%). Amostras de E. coli isoladas de carcaças de frangos com aparência normal liberadas para consumo e carcaças condenadas por colibacilose em um matadouro com Serviço de Inspeção Federal no estado de Tocantins foram analisadas. Cento e trinta e sete amostras de E. coli foram obtidas após isolamento e identificação bioquímica. Oitenta e quatro amostras de E. coli foram isoladas de carcaças de frangos de corte condenados, dos quais 11 foram isoladas do coração, 7 do fígado e 66 do trato respiratório. Das 53 amostras de E. coli isoladas de carcaças de frangos normais, 5 foram isoladas de coração, 4 de fígado e 44 de trato respiratório. Os filogrupos A seguido por B1 foram os filogrupos mais comuns de E. coli isoladas de carcaças de frangos saudáveis, enquanto os filogrupos B1 seguido por A foram os mais comuns em carcaças de frangos condenadas. Os filogrupos B2, C, D, E e F foram os menos comuns. Foi estudada também a distribuição dos grupos filogenéticos de 529 amostras de Escherichia coli isoladas das três espécies animais. A frequência dos filogrupos foi: A = 15,31%, B1 = 60,49%, B2 = 2,46%, C = 4,35%, D = 2,46%, E = 12,29% e F = 2,64%. Os filogrupos A (P 0,001) e F (P = 0,002) foram associados com E. coli isoladas de aves, os filogrupos B1 (P 0,001) e E (P 0,001) com E. coli isoladas de bovinos, e os filogrupos B2 (P 0,001) e D (P = 0,007) com E. coli isoladas de búfalos. Os resultados demonstram que alguns filogrupos de E. coli estão 12 associados com o hospedeiro estudado e permitem um melhor entendimento da composição filogenética de E. coli nos animais domésticos.

Escherichia coli pathotypes are important enteropathogens involved in the diarrheal syndrome. Pathogenic E. coli are classified into pathotypes according to the production of virulence factors and mechanisms which they cause the disease. Five pathotypes have been identified associated E. coli diarrhea in calves: enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteropathogenic E. coli (EPEC), enterohemorrhagic E. coli (EHEC), Shiga toxin-producing E. coli (STEC) and necrotoxigenic E. coli (NTEC). In this study, E. coli strains isolated from feces of cattle and buffalo calves and poultry carcasses were studied. Phylogenetic analysis of the 336 strains of E. coli isolated from bovine calves showed that 21 (6.25%) belonged to phylogroup A, 228 (67.85%) to phylogroup B1, 2 (0.6%) to phylogroup B2, 5 (1.49%) to phylogroup C, 57 (16.96%) to phylogroup E and 3 (0.9%) the filogrupo F. Phylogroup D was identified and twenty samples (5.95%) were designated as phylogroup "unknown". Only ETEC was associated with the presence of diarrhea (P = 0.002) and there was no association between the phylogenetic group of E. coli and the presence of diarrhea (P = 0.164). The correspondence analysis showed that EHEC and STEC are classified primarily as phylogroup B1.EAEC (EAST-1) phylogroup A, ETEC and EPEC phylogroup E. In total, 217 E. coli strains were isolated from feces of buffalo calves. Pathotypes identified in diarrheic feces were ETEC (2/84), NTEC (16/84), STEC (20/84), EPEC (3/84), EHEC (3/84) and EAEC (33/84). In non-diarrheic feces the pathotypes identified were NTEC (21/50), STEC (17/50), EHEC (1/50) and EAEC (7/50). Feces from animals aged 1 to 30 days were more frequently positive for E. coli virulence factors. Pathotype EAEC (EAST-1) (P = 0.008) and phylogroup C (P = 0.03) were associated with the presence of diarrhea. The analysis of E. coli phylogroup showed that 58.95% were phylogroup B1, followed by phylogroup s E (9.70%), B2 (5.9%), C (5.9%), D (5.22%), A (2.24%) and F (1.50%). E. coli strains isolated from poultry carcasses with normal appearance and carcasses condemned of colibacillosis in a slaughterhouse with Federal Inspection Service in the state of Tocantins were analyzed. One hundred and thirty seven samples of E. coli were obtained after isolation and biochemical identification. Eighty-four samples of E. coli were isolated from broiler carcasses condemned, of which 11 were isolated from the heart, 7 from the liver and 66 from the respiratory tract. Of the 53 strains isolated from normal poultry carcasses, 5 were isolated from heart, 4 from liver and 44 from the respiratory tract. The phylogroups A followed byB1 were the most common E.coli phylogroups isolated from healthy broiler carcasses, while phylogroups B1 followed by the A were more common in broiler carcasses condemned. The phylogroups B2, C, D, E and F were the least common phylogroups. The distribution of phylogenetic groups of 529 E. coli strains isolated from the three animal species were studied The frequency of phylogroups was: A = 15.31%, 60.49% = B1, B2 = 2.46%, C = 4.35%, D = 2.46%, 12.29% and E = F = 2.64%. The phylogroups A (P 0.001) and F (p = 0.002) were associated with E. coli isolated from poultry, phylogroups B1 (P 0.001) and E (P 0.001) with E. coli isolated from cattle and phylogroups B2 (P 0.001) and D (P = 0.007) with E. coli isolated from buffalo. The results demonstrate that some phylogroups ofE. coli are associated with the host studied and allow a better understanding of the phylogenetic composition of E. coli isolated fromin domestic animals