Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan

Abstract Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

Resumo A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.(AU)

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.(AU)

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Mini DNA barcodes reveal the details of the foraging ecology of the largehead hairtail, Trichiurus lepturus (Scombriformes: Trichiuridae), from São Paulo, Brazil

The largehead hairtail, Trichiurus lepturus, is an opportunistic, voracious, and piscivorous predator. Studies of fish feeding behavior based on the analysis of stomach contents are limited by the potential for the visual identification of the ingesta. However, molecular tools, in particular DNA barcoding, have been used successfully to identify stomach contents. When morphological analyses are not possible, molecular tools can precisely identify the components of the diet of a fish based on its stomach contents. This study used mini barcoding to identify food items ingested by T. lepturus off the northern coast of São Paulo State, Brazil. Forty-six sequences were obtained and were diagnosed as belonging to six different fish species: Pimelodus maculatus, Paralonchurus brasiliensis, Isopisthus parvipinnis, Opisthonema oglinum, Harengula clupeola, and Pellona harroweri or as belonging to the genera Lycengraulis and Sardinella. Trichiurus lepturus is an opportunistic predator that will exploit an available prey of an appropriate size. The results indicate that these fish migrate to warmer waters, such as those found in estuarine environments, at certain times of the year, where they exploit prey species that reproduce in this environment. One example was Pimelodus maculatus, which was the prey species most exploited based on the analysis of the material collected.(AU)

O peixe-espada, Trichiurus lepturus, é um predador oportunista, voraz e piscívoro. Os estudos do comportamento alimentar dos peixes com base na análise do conteúdo estomacal são limitados pelo potencial de identificação visual do material ingerido. No entanto, ferramentas moleculares, em particular o DNA barcode, têm sido utilizadas com sucesso para identificar o conteúdo do estômago. Quando as análises morfológicas não são possíveis, essas ferramentas moleculares podem identificar com precisão os componentes da dieta de um peixe com base em seu conteúdo estomacal. Este estudo utilizou o mini barcode (uma sequencia parcial do gene COI do DNA mitocondrial) para identificar alimentos ingeridos por T. lepturus no litoral Norte do estado de São Paulo, Brasil. Quarenta e seis sequências foram obtidas e combinadas com seis espécies diferentes de peixes: Pimelodus maculatus, Paralonchurus brasiliensis, Isopisthus parvipinnis, Opisthonema oglinum, Harengula clupeola e Pellona harroweri ou como pertencente aos gêneros Lycengraulis e Sardinella. Trichiurus lepturus é um predador oportunista que explora qualquer presa disponível que possua tamanho apropriado. Os resultados indicam que esses peixes migram para águas mais quentes em determinadas épocas do ano, como as encontradas em ambientes estuarinos, onde exploram espécies que se reproduzem neste ambiente. Um exemplo foi Pimelodus maculatus, sendo a espécie mais explorada por T. lepturus, a partir da análise do material coletado.(AU)

Integrative taxonomy reveals a new species of pacu (Characiformes: Serrasalmidae: Myloplus) from the Brazilian Amazon

Pacus of the genus Myloplus represent a formidable taxonomic challenge, and particularly so for the case of M. asterias and M. rubripinnis, two widespread and common species that harbor considerable morphological diversity. Here we apply DNA barcoding and multiple species discovery methods to find candidate species in this complex group. We report on one well-supported lineage that is also morphologically and ecologically distinct. This lineage represents a new species that can be distinguished from congeners by the presence of dark chromatophores on lateral-line scales, which gives the appearance of a black lateral line. It can be further diagnosed by having 25-29 branched dorsal-fin rays (vs. 18-24), 89-114 perforated scales from the supracleithrum to the end of hypural plate (vs. 56-89), and 98-120 total lateral line scales (vs. 59-97). The new species is widely distributed in the Amazon basin, but seems to have a preference for black- and clearwater habitats. This ecological preference and black lateral line color pattern bears a striking similarity to the recently described silver dollar Metynnis melanogrammus.(AU)

Pacus do gênero Myloplus representam um desafio taxonômico formidável, e particularmente o caso de M. asterias e M. rubripinnis, duas espécies amplamente distribuídas e comuns que abrigam uma considerável diversidade morfológica. Aplicamos aqui a tecnologia do DNA barcoding e múltiplos métodos de descoberta de espécies para encontrar possíveis espécies novas nesse grupo complexo. Registramos uma linhagem bem suportada que também é distinta morfológica e ecologicamente. Essa linhagem representa uma nova espécie que pode ser distinguida das demais congêneres por apresentar cromatóforos escuros nas escamas da linha lateral que conferem uma aparência de linha lateral preta. Ela pode ser adicionalmente diagnosticada por ter 25-29 raios ramificados na nadadeira dorsal (vs. 18-24), 89-114 escamas perfuradas do supracleitro até o final da placa hipural (vs. 56-89) e 98-120 escamas totais na linha lateral (vs. 59-97). A nova espécie é amplamente distribuída na bacia Amazônica, mas aparentemente possui preferência por habitats de água preta e clara. A preferência ecológica e o padrão de colorido escuro da linha lateral consistem em semelhanças impressionantes com o silver dólar recém descrito Metynnis melanogrammus.(AU)

Integrative taxonomy reveals a new species of pacu (Characiformes: Serrasalmidae: Myloplus) from the Brazilian Amazon

Pacus of the genus Myloplus represent a formidable taxonomic challenge, and particularly so for the case of M. asterias and M. rubripinnis, two widespread and common species that harbor considerable morphological diversity. Here we apply DNA barcoding and multiple species discovery methods to find candidate species in this complex group. We report on one well-supported lineage that is also morphologically and ecologically distinct. This lineage represents a new species that can be distinguished from congeners by the presence of dark chromatophores on lateral-line scales, which gives the appearance of a black lateral line. It can be further diagnosed by having 25-29 branched dorsal-fin rays (vs. 18-24), 89-114 perforated scales from the supracleithrum to the end of hypural plate (vs. 56-89), and 98-120 total lateral line scales (vs. 59-97). The new species is widely distributed in the Amazon basin, but seems to have a preference for black- and clearwater habitats. This ecological preference and black lateral line color pattern bears a striking similarity to the recently described silver dollar Metynnis melanogrammus.(AU)

Pacus do gênero Myloplus representam um desafio taxonômico formidável, e particularmente o caso de M. asterias e M. rubripinnis, duas espécies amplamente distribuídas e comuns que abrigam uma considerável diversidade morfológica. Aplicamos aqui a tecnologia do DNA barcoding e múltiplos métodos de descoberta de espécies para encontrar possíveis espécies novas nesse grupo complexo. Registramos uma linhagem bem suportada que também é distinta morfológica e ecologicamente. Essa linhagem representa uma nova espécie que pode ser distinguida das demais congêneres por apresentar cromatóforos escuros nas escamas da linha lateral que conferem uma aparência de linha lateral preta. Ela pode ser adicionalmente diagnosticada por ter 25-29 raios ramificados na nadadeira dorsal (vs. 18-24), 89-114 escamas perfuradas do supracleitro até o final da placa hipural (vs. 56-89) e 98-120 escamas totais na linha lateral (vs. 59-97). A nova espécie é amplamente distribuída na bacia Amazônica, mas aparentemente possui preferência por habitats de água preta e clara. A preferência ecológica e o padrão de colorido escuro da linha lateral consistem em semelhanças impressionantes com o silver dólar recém descrito Metynnis melanogrammus.(AU)

Population genetics of Chrysoperla externa (Neuroptera: Chrysopidae) and implications for biological control / Genética de populações de Chrysoperla externa (Neuroptera: Chrysopidae) e implicações para o controle biológico

Green lacewings are insects with great potential to be use in the biological control of agricultural pests, but relatively few studies have attempted to understand the genetic structure of these agents, especially those of predatory insects. The purpose of this study was to characterize genetically populations of C. externa using sequences of subunit I of the cytochrome oxidase, a mitochondrial gene, and examine the population structure of this species in sampled areas in São Paulo state. The results indicate high genetic diversity but no genetic structure, detected by AMOVA analysis, and high levels of haplotype sharing in the network. These genetic patterns could be a consequence of environmental homogeneity provided by agroecosystem (citrus orchard), allowing gene flow among populations. Probably there is a unique population in the area sampled that could be used as a population (genetic) source for mass-reared and posterior release in these farms.(AU)

Crisopídeos são insetos com grande potencial para uso em controle biológico de pragas agrícolas, mas relativamente poucos estudos têm tentado compreender a estrutura genética destes agentes, especialmente no caso de insetos predadores. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente populações de C. externa utilizando sequências da subunidade I do gene mitocondrial citocromo oxidase e avaliar a estruturação populacional desta espécie em áreas amostras no estado de São Paulo. Os resultados indicaram elevada diversidade genética e nenhuma estruturação genética, detectada pela AMOVA, além de elevado compartilhamento na rede haplotípica. Este padrão genético poderia ser uma consequência da homogeneidade ambiental favorecida pelos agroecossistemas (citricultura), permitindo fluxo gênico entre as populações. Provavelmente há uma única população, do ponto de vista genético, na área amostrada que poderia ser utilizada em criações massais e em liberações nas fazendas desta região.(AU)