Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients / Epidemiologia molecular de Pseudomonas aeruginosa isolada em pacientes com infecções do trato respiratório inferior admitidos em UTI

Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.

Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.

Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients / Epidemiologia molecular de Pseudomonas aeruginosa isolada em pacientes com infecções do trato respiratório inferior admitidos em UTI

Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.(AU)

Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.(AU)

Computed tomographic and radiologic anatomy of the lower respiratory tract in the red-foot tortoise (Chelonoidis carbonaria) / Anatomia radiológica e por tomografia computadorizada do trato respiratório inferior no jabuti-piranga (Chelonoidis carbonaria)

The diagnosis of several diseases in chelonians is a challenge in the veterinary clinic, because a detailed physical examination with auscultation and palpation is difficult due the presence of carapace and plastron. Imaging analysis such as radiography and computed tomography (CT) have been shown to be beneficial for diagnosis, prognosis and treatment in numerous animal species. Thus, this study aimed to identify and describe the structures of the lower respiratory tract in red-foot tortoises, by computed tomography, radiography and gross anatomy in twelve red-foot tortoises (Chelonoidis carbonaria), adults and of both sexes. The lower respiratory tract in these animals comprised the larynx, trachea, bronchi and the lungs. The presence of epiglottic cartilage was not observed in the animals studied. CT allowed the observation of the intrapulmonary part of the bronchi, which was accompanied by large intrapulmonary blood vessels. The lungs presented a reticulated parenchyma, without lobulations. Each lung had a small chamber located near the cranial and caudal poles. These structures were identified in CT and 3D CT reconstructions and these could suggest that these chambers could be non-respiratory structures, and could be comparable to the air sacs of birds. This study establishes normal CT anatomy of the lower respiratory tract of the red-foot tortoise; and may be used as a reference in the assessment of respiratory disorders in this tortoise.(AU)

O diagnóstico de diversas afecções em quelônios é um desafio para a clínica veterinária, já que um exame físico detalhado com auscultação e palpação é difícil devido à presença da carapaça e do plastrão. A radiografia e a tomografia computadorizada (TC) tem se mostrado benéficas para o diagnóstico, prognóstico e tratamento em muitas espécies animais. Assim, este estudo teve por objetivo identificar e descrever as estruturas do trato respiratório inferior no jabuti-piranga por meio da tomografia computadorizada, radiografia e anatomia em 12 jabutis-piranga (Chelonoidis carbonara), adultos e de ambos os sexos. Nos animais estudados, o trato respiratório inferior consistiu da laringe, traqueia, brônquios e os pulmões. A cartilagem epiglote não foi observada. A TC permitiu a observação da parte intrapulmonar dos brônquios, a qual estava acompanhada dos vasos sanguíneos intrapulmonares. Os pulmões possuíam um parênquima reticulado, sem lobações. Cada pulmão tinha uma pequena câmara localizada junto aos pólos cranial e caudal. Estas estruturas foram identificadas na TC e na reconstrução 3D a partir da TC e poderiam ser estruturas não-respiratórias, podendo ser comparadas aos sacos aéreos das aves. Este estudo identificou a anatomia normal por meio da TC do trato respiratório inferior do jabuti-piranga, o que pode ser usado como referência para diagnóstico de desordens respiratórias nesta espécie.(AU)

Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients

Abstract Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.

Resumo Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.

Computed tomographic and radiologic anatomy of the lower respiratory tract in the red-foot tortoise (Chelonoidis carbonaria) / Anatomia radiológica e por tomografia computadorizada do trato respiratório inferior no jabuti-piranga (Chelonoidis carbonaria)

The diagnosis of several diseases in chelonians is a challenge in the veterinary clinic, because a detailed physical examination with auscultation and palpation is difficult due the presence of carapace and plastron. Imaging analysis such as radiography and computed tomography (CT) have been shown to be beneficial for diagnosis, prognosis and treatment in numerous animal species. Thus, this study aimed to identify and describe the structures of the lower respiratory tract in red-foot tortoises, by computed tomography, radiography and gross anatomy in twelve red-foot tortoises (Chelonoidis carbonaria), adults and of both sexes. The lower respiratory tract in these animals comprised the larynx, trachea, bronchi and the lungs. The presence of epiglottic cartilage was not observed in the animals studied. CT allowed the observation of the intrapulmonary part of the bronchi, which was accompanied by large intrapulmonary blood vessels. The lungs presented a reticulated parenchyma, without lobulations. Each lung had a small chamber located near the cranial and caudal poles. These structures were identified in CT and 3D CT reconstructions and these could suggest that these chambers could be non-respiratory structures, and could be comparable to the air sacs of birds. This study establishes normal CT anatomy of the lower respiratory tract of the red-foot tortoise; and may be used as a reference in the assessment of respiratory disorders in this tortoise.(AU)

O diagnóstico de diversas afecções em quelônios é um desafio para a clínica veterinária, já que um exame físico detalhado com auscultação e palpação é difícil devido à presença da carapaça e do plastrão. A radiografia e a tomografia computadorizada (TC) tem se mostrado benéficas para o diagnóstico, prognóstico e tratamento em muitas espécies animais. Assim, este estudo teve por objetivo identificar e descrever as estruturas do trato respiratório inferior no jabuti-piranga por meio da tomografia computadorizada, radiografia e anatomia em 12 jabutis-piranga (Chelonoidis carbonara), adultos e de ambos os sexos. Nos animais estudados, o trato respiratório inferior consistiu da laringe, traqueia, brônquios e os pulmões. A cartilagem epiglote não foi observada. A TC permitiu a observação da parte intrapulmonar dos brônquios, a qual estava acompanhada dos vasos sanguíneos intrapulmonares. Os pulmões possuíam um parênquima reticulado, sem lobações. Cada pulmão tinha uma pequena câmara localizada junto aos pólos cranial e caudal. Estas estruturas foram identificadas na TC e na reconstrução 3D a partir da TC e poderiam ser estruturas não-respiratórias, podendo ser comparadas aos sacos aéreos das aves. Este estudo identificou a anatomia normal por meio da TC do trato respiratório inferior do jabuti-piranga, o que pode ser usado como referência para diagnóstico de desordens respiratórias nesta espécie.(AU)

Bacteria isolated from the lower respiratory tract of sheep and their relationship to clinical signs of sheep respiratory disease / Bactérias detectadas no trato respiratório inferior de ovinos e a relação com as manifestações clínicas da doença respiratória ovina

Respiratory diseases are among the most important diseases in sheep flocks. Herein was studied the bacterial etiology of respiratory disease and the clinical signs of 99 female and male sheep breed in the states of São Paulo (SP) and Rio de Janeiro (RJ), Brazil. After physical examination of animals, tracheobronchial flushing samples were obtained. The usual bacteria and Mycoplasma spp. were searched, as well as their association with the clinical status and clinical signs of sheep with respiratory disease. The main observed signs were: tachypnea (75%), increase of rectal temperature (09.4%), mucopurulent/purulent nasal discharge (21.9%), cough (25%), dyspnea (31.2%), changes of lung sounds at auscultation (87.5%) and chest percussion (28.1%) in pneumonic sheep. Non-fermenting gram-negative bacteria and Bacillus sp. were the most isolated bacteria. Microorganisms of the Mollicutes class were molecularly (PCR) detected in 33.3% of the animals. In addition, the specific detection of M. mycoides subsp. capri was described for the first time in sheep from the state of São Paulo, Brazil.(AU)

A doença respiratória é uma das doenças mais importantes em rebanhos ovinos. Esta pesquisa teve como objetivo determinar a etiologia bacteriana da doença respiratória e sua relação com sinais clínicos em ovinos criados nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro, Brasil. Noventa e nove ovelhas machos e fêmeas dos Estados de São Paulo (SP) e Rio de Janeiro (RJ) foram estudadas. Após o exame físico, amostras de lavagem traqueobrônquica foram obtidas. A presença de bactérias aeróbias e Mycoplasmaspp. foram estudados, assim como a associação entre os microrganismos e estado clínico e sinais clínicos de doença respiratória em ovinos. As principais manifestações clínicas observadas foram: taquipneia (75%), alta temperatura retal (09,4%), secreção nasal mucopurulenta/purulenta (21,9%), tosse (25%), dispneia (31,2%), sons pulmonares alterados na ausculta (87,5%) e na percussão torácica (28,1%) em ovelhas pneumônicas. Bactérias gram-negativas não fermentadoras e Bacillus sp. foram as bactérias mais isoladas. Microrganismos da classe Mollicutes foram detectados molecularmente (PCR) em 33,3% dos ovinos. Além disso, descreve-se pela primeira vez no estado de São Paulo, Brasil, a detecção do M. mycoides subsp. capri na espécie ovina utilizando a reação de polimerase em cadeia.(AU)

Bacteria isolated from the lower respiratory tract of sheep and their relationship to clinical signs of sheep respiratory disease

ABSTRACT: Respiratory diseases are among the most important diseases in sheep flocks. Herein was studied the bacterial etiology of respiratory disease and the clinical signs of 99 female and male sheep breed in the states of São Paulo (SP) and Rio de Janeiro (RJ), Brazil. After physical examination of animals, tracheobronchial flushing samples were obtained. The usual bacteria and Mycoplasma spp. were searched, as well as their association with the clinical status and clinical signs of sheep with respiratory disease. The main observed signs were: tachypnea (75%), increase of rectal temperature (09.4%), mucopurulent/purulent nasal discharge (21.9%), cough (25%), dyspnea (31.2%), changes of lung sounds at auscultation (87.5%) and chest percussion (28.1%) in pneumonic sheep. Non-fermenting gram-negative bacteria and Bacillus sp. were the most isolated bacteria. Microorganisms of the Mollicutes class were molecularly (PCR) detected in 33.3% of the animals. In addition, the specific detection of M. mycoides subsp. capri was described for the first time in sheep from the state of São Paulo, Brazil.

RESUMO: A doença respiratória é uma das doenças mais importantes em rebanhos ovinos. Esta pesquisa teve como objetivo determinar a etiologia bacteriana da doença respiratória e sua relação com sinais clínicos em ovinos criados nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro, Brasil. Noventa e nove ovelhas machos e fêmeas dos Estados de São Paulo (SP) e Rio de Janeiro (RJ) foram estudadas. Após o exame físico, amostras de lavagem traqueobrônquica foram obtidas. A presença de bactérias aeróbias e Mycoplasmaspp. foram estudados, assim como a associação entre os microrganismos e estado clínico e sinais clínicos de doença respiratória em ovinos. As principais manifestações clínicas observadas foram: taquipneia (75%), alta temperatura retal (09,4%), secreção nasal mucopurulenta/purulenta (21,9%), tosse (25%), dispneia (31,2%), sons pulmonares alterados na ausculta (87,5%) e na percussão torácica (28,1%) em ovelhas pneumônicas. Bactérias gram-negativas não fermentadoras e Bacillus sp. foram as bactérias mais isoladas. Microrganismos da classe Mollicutes foram detectados molecularmente (PCR) em 33,3% dos ovinos. Além disso, descreve-se pela primeira vez no estado de São Paulo, Brasil, a detecção do M. mycoides subsp. capri na espécie ovina utilizando a reação de polimerase em cadeia.

Bacteria isolated from the lower respiratory tract of sheep and their relationship to clinical signs of sheep respiratory disease / Bactérias detectadas no trato respiratório inferior de ovinos e a relação com as manifestações clínicas da doença respiratória ovina

Respiratory diseases are among the most important diseases in sheep flocks. Herein was studied the bacterial etiology of respiratory disease and the clinical signs of 99 female and male sheep breed in the states of São Paulo (SP) and Rio de Janeiro (RJ), Brazil. After physical examination of animals, tracheobronchial flushing samples were obtained. The usual bacteria and Mycoplasma spp. were searched, as well as their association with the clinical status and clinical signs of sheep with respiratory disease. The main observed signs were: tachypnea (75%), increase of rectal temperature (09.4%), mucopurulent/purulent nasal discharge (21.9%), cough (25%), dyspnea (31.2%), changes of lung sounds at auscultation (87.5%) and chest percussion (28.1%) in pneumonic sheep. Non-fermenting gram-negative bacteria and Bacillus sp. were the most isolated bacteria. Microorganisms of the Mollicutes class were molecularly (PCR) detected in 33.3% of the animals. In addition, the specific detection of M. mycoides subsp. capri was described for the first time in sheep from the state of São Paulo, Brazil.(AU)

A doença respiratória é uma das doenças mais importantes em rebanhos ovinos. Esta pesquisa teve como objetivo determinar a etiologia bacteriana da doença respiratória e sua relação com sinais clínicos em ovinos criados nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro, Brasil. Noventa e nove ovelhas machos e fêmeas dos Estados de São Paulo (SP) e Rio de Janeiro (RJ) foram estudadas. Após o exame físico, amostras de lavagem traqueobrônquica foram obtidas. A presença de bactérias aeróbias e Mycoplasma spp. foram estudados, assim como a associação entre os microrganismos e estado clínico e sinais clínicos de doença respiratória em ovinos. As principais manifestações clínicas observadas foram: taquipneia (75%), alta temperatura retal (09,4%), secreção nasal mucopurulenta/purulenta (21,9%), tosse (25%), dispneia (31,2%), sons pulmonares alterados na ausculta (87,5%) e na percussão torácica (28,1%) em ovelhas pneumônicas. Bactérias gram-negativas não fermentadoras e Bacillus sp. foram as bactérias mais isoladas. Microrganismos da classe Mollicutes foram detectados molecularmente (PCR) em 33,3% dos ovinos. Além disso, descreve-se pela primeira vez no estado de São Paulo, Brasil, a detecção do M. mycoides subsp. capri na espécie ovina utilizando a reação de polimerase em cadeia.(AU)

Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients

Abstract Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.

Resumo Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.

MARCADORES DO EQUILÍBRIO OXIDATIVO E CELULARIDADE DO LAVADO BRONCOALVEOLAR DE EQUINOS MANTIDOS EM BAIAS COM DOIS TIPOS DE CAMA E A PASTO E IDENTIFICAÇÃO DE AGENTES FÚNGICOS DAS CAMAS E DO FENO

O grande desafio do sistema de defesa respiratório é a manutenção dos animais em baias. Pois, devido a diversos fatores, acaba por aumentar as chances do desenvolvimento de afecções respiratórias e a qualidade do material utilizado como cama é fator agravante. Diante disto, três grupos com 5 equinos cada foram submetidos a 45 dias sob o mesmo manejo, sendo dois grupos estabulados com diferentes tipos de cama, um com maravalha esterilizada (ME) e o outro com maravalha não esterilizada (MNE), e o terceiro grupo a pasto (Pasto). Foram realizadas análises do lavado broncoalveolar (LBA) (celularidade e marcadores de estresse oxidativo) e hemograma antes do início do manejo (Basal) e posteriormente a cada 15 dias (M15, M30 e M45). Também foi avaliada a presença de gêneros fúngicos nas amostras de cama, e do feno utilizado na alimentação dos animais. Os hemogramas permaneceram dentro dos valores da normalidade. Os valores obtidos de malondialdeído (MDA) e ácido úrico no LBA não apresentaram diferença entre os momentos e grupos avaliados. A vitamina C no LBA apresentou queda em seus valores em M30. Os três grupos apresentaram queda nas concentrações de glutationa reduzida em M30, tendo havido diferença significativas entre os grupos Pasto e MNE. Os grupos ME e MNE apresentaram queda nos valores de glutationa oxidada em M45, já o grupo Pasto apresentou queda constante a partir de M15, com diferença significativa em relação ao grupo ME em M30. A superóxido dismutase apresentou aumento em M30 no grupo MNE, levando a diferença significativa em relação aos grupos Pasto e ME. A glutationa peroxidase no LBA apresentou queda significativa no grupo ME em M45. Quanto a celularidade do LBA a contagem de células nucleadas totais e eosinófilos não apresentaram diferenças significativas. O grupo ME apresentou elevação nos valores de neutrófilos em M30, levando a diferença significativa em relação aos grupos MNE e Pasto, já o grupo MNE apresentou queda significativa em M45. Os grupos ME e MNE apresentaram queda nos valores de linfócitos no LBA em M30, já o grupo Pasto apresentou queda em M15. O grupo Pasto apresentou aumento dos macrófagos no LBA em M15 e M30. As análises das amostras de cama e feno apresentaram baixas porcentagens de gêneros fúngicos. Grande parte das alterações apresentadas ocorreram em M30, momento em que foram registradas as menores temperaturas e maiores velocidades dos ventos durante todo período experimental, o que possivelmente levou a um desequilíbrio oxidativo pontual, com pequenas variações na celularidade do LBA. Acredita-se que o manejo, as boas condições de higiene e ventilação das baias tenham contribuído para que não houvesse o desenvolvimento de alterações inflamatórias no sistema respiratório dos animais avaliados. Deste modo, podemos concluir que não houve diferenças significativas na manutenção dos animais nos diferentes tipos de cama em relação a resposta inflamatória, estresse oxidativo e desenvolvimento fúngico.

The great challenge of the respiratory defense system is the maintenance of animals in stalls, which due to several factors ends up increasing the chances of development of respiratory diseases. The quality of the material used as bed is an aggravating factor. Three groups of 5 horses were submitted to 45 days under the same management, and two groups were housed with different types of beds, one with sterilized wood shaving (ME) and the other with unsterilized wood shaving (MNE), and the third group was maintened in the pasture. Bronchoalveolar lavage fluid (BALF) and hemoglobin analyzes were performed before baseline and then every 15 days (M15, M30 and M45). It was also evaluated the possible presence of fungal genera in bed samples, and in hay used in animal feeding. The hemograms remained within normal values. The values of malondialdehyde (MDA) and uric acid in BALF showed no difference between the moments and groups evaluated. Vitamin C in BALF showed a decrease in M30 values. The three groups showed a decrease in the concentrations of glutathione reduced in M30, and there were significant differences between the groups pasture and MNE. The ME and MNE groups showed a decrease in the values of oxidized glutathione in M45, whereas the pasture group presented a constant drop from M15, with a significant difference in relation to the ME group in M30. Superoxide dismutase increased in M30 in the MNE group, leading to a significant difference in relation to the pasture and ME groups. Glutathione peroxidase in BALF showed a significant decrease in the ME group in M45. As for the cellularity of BALF, total nucleated and eosinophil counts did not showed significant differences. The ME group presented elevation in neutrophil values in M30, leading to a significant difference in relation to the MNE and pasture groups, whereas the MNE group presented a significant decrease in M45. The ME and MNE groups presented a decrease in lymphocyte values in the BALF in M30, whereas the pasture group presented a decrease in M15. The pasture group presented increase of the macrophages in the BALF in M15 and M30. Bed and hay samples showed low percentages of fungal genera. Most of the alterations presented occurred in M30, at which time the lowest temperatures were recorded throughout the experimental period, possibly leading to a punctual oxidative imbalance, with small variations in BALF cellularity. It is believed that management, good conditions of hygiene and ventilation of the boxes contributed to the no development of inflammatory changes in the respiratory system of the animals evaluated. Thus, we can conclude that there were no significant differences in the maintenance of the animals in the different types of bed in relation to the inflammatory response, oxidative stress and fungal development