Fish passages in South America: an overview of studied facilities and research effort

River regulation has fragmented fluvial ecosystems in South America, affecting fish migration and dispersion dynamics. In response, authorities have installed fish passage facilities (FPF) to mitigate impacts. However, little is known about the geographical distribution of these facilities, and no synthesis of the research effort applied to understanding their functioning and limitations exists. To address this issue, our study gathered the available scientific literature about fishways in South America to provide an overview of studied FPF and associated research effort. We found 80 studies that investigated 25 FPF, mostly ladders installed in the upper reaches of large rivers, particularly in the Paraná River Basin. One important finding is that most facilities do not lead to upstream and/or downstream sites due to the presence of other dams with no FPF. Though the number of studies has increased over the past 10 years, there is no consistent trend towards increased research effort. Overall, studies have focused on the fishway itself (i.e. upstream passage), and rarely evaluated broader issues (i.e. habitat distribution, population dynamics, conservation and management success). Our research therefore identified technical limitations of past studies, and revealed important gaps in the knowledge of FPF as a management tool.(AU)

A implantação de barragens tem perturbado e fragmentado os ecossistemas fluviais da América do Sul, afetando a migração dos peixes e dinâmicas de dispersão. Sistemas de transposição de peixes (STPs) têm sido instalados na tentativa de atenuar esses impactos. No entanto, pouco se sabe sobre a distribuição geográfica desses dispositivos, bem como o esforço de pesquisa aplicado para entender seu funcionamento e limitações. Nosso trabalho reuniu a literatura disponível com a finalidade de fornecer um panorama sobre os mecanismos investigados na América do Sul, bem como revelar o esforço e perfil das pesquisas. Encontramos 80 estudos que investigaram 25 STPs, a maioria escadas instaladas nos trechos superiores de grandes rios, particularmente na bacia do rio Paraná. Um resultado interessante é que a maior parte dos STPs está desconectada de trechos a montante e jusante devido à presença de outras barragens sem STPs. Embora o número de estudos tenha aumentado na última década, não registramos tendência consistente de incremento ao longo dos anos. No geral, os estudos abordam aspectos do próprio STP, especificamente a passagem ascendente, ignorando temas mais abrangentes (i.e. distribuição de habitats, dinâmica populacional). Além disso, o foco da pesquisa se direciona especialmente às questões de eficiência da passagem e raramente ao contexto da conservação e sucesso do manejo. Nossa avaliação, portanto, indicou que os estudos pretéritos são tecnicamente limitados, revelando importantes lacunas sobre o conhecimento dos STPs como medida de manejo.(AU)

Fish passages in South America: an overview of studied facilities and research effort

River regulation has fragmented fluvial ecosystems in South America, affecting fish migration and dispersion dynamics. In response, authorities have installed fish passage facilities (FPF) to mitigate impacts. However, little is known about the geographical distribution of these facilities, and no synthesis of the research effort applied to understanding their functioning and limitations exists. To address this issue, our study gathered the available scientific literature about fishways in South America to provide an overview of studied FPF and associated research effort. We found 80 studies that investigated 25 FPF, mostly ladders installed in the upper reaches of large rivers, particularly in the Paraná River Basin. One important finding is that most facilities do not lead to upstream and/or downstream sites due to the presence of other dams with no FPF. Though the number of studies has increased over the past 10 years, there is no consistent trend towards increased research effort. Overall, studies have focused on the fishway itself (i.e. upstream passage), and rarely evaluated broader issues (i.e. habitat distribution, population dynamics, conservation and management success). Our research therefore identified technical limitations of past studies, and revealed important gaps in the knowledge of FPF as a management tool.(AU)

A implantação de barragens tem perturbado e fragmentado os ecossistemas fluviais da América do Sul, afetando a migração dos peixes e dinâmicas de dispersão. Sistemas de transposição de peixes (STPs) têm sido instalados na tentativa de atenuar esses impactos. No entanto, pouco se sabe sobre a distribuição geográfica desses dispositivos, bem como o esforço de pesquisa aplicado para entender seu funcionamento e limitações. Nosso trabalho reuniu a literatura disponível com a finalidade de fornecer um panorama sobre os mecanismos investigados na América do Sul, bem como revelar o esforço e perfil das pesquisas. Encontramos 80 estudos que investigaram 25 STPs, a maioria escadas instaladas nos trechos superiores de grandes rios, particularmente na bacia do rio Paraná. Um resultado interessante é que a maior parte dos STPs está desconectada de trechos a montante e jusante devido à presença de outras barragens sem STPs. Embora o número de estudos tenha aumentado na última década, não registramos tendência consistente de incremento ao longo dos anos. No geral, os estudos abordam aspectos do próprio STP, especificamente a passagem ascendente, ignorando temas mais abrangentes (i.e. distribuição de habitats, dinâmica populacional). Além disso, o foco da pesquisa se direciona especialmente às questões de eficiência da passagem e raramente ao contexto da conservação e sucesso do manejo. Nossa avaliação, portanto, indicou que os estudos pretéritos são tecnicamente limitados, revelando importantes lacunas sobre o conhecimento dos STPs como medida de manejo.(AU)

Molecular stability of a vaccine strain of Canine coronavirus after serial passages in A72 cells / Estabilidade molecular de uma amostras vacinal de Coronavírus canino após passagens seriadas em células A72

Canine coronavirus (CCoV) exists in types I and II and infects dogs leading mainly to enteritis, though type II has already been associated with generalized and highly lethal infection. A CCoV-type II inactivated vaccine produced in A72 canine cells is available worldwide and largely used, though the molecular stability after serial passages of vaccine seeds is unknown. This article reports the evolution of the CCoV-II vaccine strain 1-71 in A72 cells based on partial S gene sequencing, showing the predominance of neutral evolution and the occurrence of four sites under purifying selection. Thus, cell-adapted strains of CCoV-II may be genetically stable after serial passages in a same cell line due to a stable virus-host relationship.(AU)

O Coronavírus canino (CCoV) ocorre como tipos I e II e infecta cães, levando principalmente a enterite, apesar do tipo II já ter sido associado à infecção generalizada e altamente letal. Uma vacina de CCoV-II inativada produzida em células caninas A72 é disponível mundialmente e largamente utilizada, apesar da sua estabilidade molecular após passagens seriadas de sementes vacinais ser desconhecida. Este artigo relata a evolução da amostra vacinal CCoC-II 1-71 em células A-72 com base em sequenciamento parcial do gene S, demonstrando predomínio de evolução neutra e a ocorrência de quaro sítios sob seleção purificante. Portanto, amostras de CCoV-II adaptadas a cultivos celulares podem ser estáveis geneticamente após passagens seriadas em uma mesma linhagem celular devido à existência de uma relação estável vírus-hospedeiro.(AU)

Molecular stability of a vaccine strain of Canine coronavirus after serial passages in A72 cells / Estabilidade molecular de uma amostras vacinal de Coronavírus canino após passagens seriadas em células A72

Canine coronavirus (CCoV) exists in types I and II and infects dogs leading mainly to enteritis, though type II has already been associated with generalized and highly lethal infection. A CCoV-type II inactivated vaccine produced in A72 canine cells is available worldwide and largely used, though the molecular stability after serial passages of vaccine seeds is unknown. This article reports the evolution of the CCoV-II vaccine strain 1-71 in A72 cells based on partial S gene sequencing, showing the predominance of neutral evolution and the occurrence of four sites under purifying selection. Thus, cell-adapted strains of CCoV-II may be genetically stable after serial passages in a same cell line due to a stable virus-host relationship.(AU)

O Coronavírus canino (CCoV) ocorre como tipos I e II e infecta cães, levando principalmente a enterite, apesar do tipo II já ter sido associado à infecção generalizada e altamente letal. Uma vacina de CCoV-II inativada produzida em células caninas A72 é disponível mundialmente e largamente utilizada, apesar da sua estabilidade molecular após passagens seriadas de sementes vacinais ser desconhecida. Este artigo relata a evolução da amostra vacinal CCoC-II 1-71 em células A-72 com base em sequenciamento parcial do gene S, demonstrando predomínio de evolução neutra e a ocorrência de quaro sítios sob seleção purificante. Portanto, amostras de CCoV-II adaptadas a cultivos celulares podem ser estáveis geneticamente após passagens seriadas em uma mesma linhagem celular devido à existência de uma relação estável vírus-hospedeiro.(AU)

AVALIAÇÃO DOS IMPACTOS DA RODOVIA NEQUINHO FOGAÇA (SP-139) SÃO PAULO, SOBRE OS ANIMAIS SILVESTRES DO PARQUE ESTADUAL CARLOS BOTELHO (PECB)

Animais silvestres são vulneráveis aos impactos rodoviários, mesmo em Unidades de Conservação. De um modo geral, há pouco conhecimento sobre o impacto das rodovias na fauna silvestre de áreas protegidas. O Parque Estadual Morro do Diabo é uma das poucas exceções. Lá o problema dos atropelamentos que ocorrem na rodovia Arlindo Bettio (SP-613) vem sendo monitorado há décadas. A rodovia Nequinho Fogaça (SP-139) atravessa o Parque Estadual Carlos Botelho (PECB), que foi criado em 1982 para assegurar integral proteção à biota e belezas cênicas do bioma Mata Atlântica, no sudeste do Estado de São Paulo. Foram feitas amostragens periódicas durante um ano, a fim de quantificar e qualificar as fatalidades decorrentes de colisões entre veículos e a fauna, evidenciar os mamíferos não voadores que se deslocam pela via e inventariar os tetrápodes terrestres nas passagens inferiores instaladas nas APPs de curso dágua. Paralelamente, a Fundação Florestal disponibilizou dados de atropelamentos coletados pelo seu serviço de fiscalização, como forma de complementar as análises. Genericamente, as metodologias empregadas consistiram na realização de buscas ativas e utilização de armadilhas fotográficas. Os resultados encontrados ajudaram a dimensionar a magnitude do conflito ambiental local gerado pela atividade de transportes. Verificou-se a ocorrência de um padrão sazonal nas estatísticas de atropelamentos para a herpetofauna, apesar do baixo número global de eventos registrados. Embora os pontos adotados como passagens inferiores tenham concentrado intensa movimentação de exemplares faunísticos, constatou-se que a principal medida mitigadora já implementada no Parque é a interrupção noturna do tráfego de veículos. Diversas espécies de mamíferos não voadores deslocam-se pela via, dentre os quais felinos e ungulados de médio e grande porte

Wildlife are vulnerable to roadkill even within protected areas. In general, there is little knowledge about the impact of highways on wildlife in protected areas. Morro do Diabo State Park is perhaps an exception. There, the problem with the roadkill that occur on the Arlindo Bettio highway (SP-613) has been monitored for decades. The Brazilian highway Nequinho Fogaça (SP-139) crosses the Carlos Botelho State Park, which was created in 1982 to ensure the complete protection of the flora, fauna and natural scenery of Atlantic Forest in the southeastern part of the State of São Paulo, Brazil. Periodic statistical samples were collected over a period of one year to quantify and qualify any fatalities caused by collisions between vehicles and animals, as well as identify the non-volant mammals that cross the road, and catalogue the terrestrial tetrapods using the underpass installed in the permanent protection zones, near water courses. In parallel, the Foundation for Forest Conservation in the State of São Paulo (Fundação Florestal) provided roadkill data collected by the surveillance service of the Carlos Botelho State Park in order to supplement the analysis. In general, the methodologies employed in the study consisted in active searches and the use of camera traps. The results found have helped gauge the magnitude of the environmental conflict created by transportation activities. A seasonal pattern was observed in the roadkill statistics for amphibians and reptiles, despite the low total number of events registered. Even though the underpass registered an intense flow of animals passing through, the main preventive measure adopted in the reserve has proven to be the interruption of traffic in the highway during nighttime. Several species of non-volant mammals have been identified crossing the road, including medium and large sized felines and ungulates.