Effect of bactofugation of raw milk on total bacterial and aerobic spore counts and on microbial diversity of sporeformers / Efeito da bactofugação do leite cru nas contagens bacteriana total, esporos aeróbios e na diversidade microbiana de formadores de esporos

This study describes the effect of bactofugation (10,000 × g in a continuous flow of 10,000 L/h) of three batches of raw milk on total bacterial count (TBC) and aerobic spore count, and it also shows the effect on the microbial diversity of spore-forming bacteria by analysing their genetic variability through molecular approaches. Given that milk must be preheated to approximately 55 °C before being bactofuged, for comparison, the three batches were evaluated at different stages as refrigerated raw, preheated, and bactofuged milk. For preheated milk, it was found that bactofugation caused a significant reduction (p < 0.05) of 99.52% (from 4.5 × 106 to 2.1 × 104 CFU/mL) in the mean TBC and of 95% (from 333 to 17 CFU/mL) in the aerobic mesophilic spore count. Due to the effect of bactofugation on preheated milk, a reduction of 82% was observed in both TBC and aerobic spore count. With respect to diversity, 107 isolates from raw milk, prior to bactofugation, and 16 isolates from bactofuged milk were recovered and grouped into 40 and 8 clusters, respectively. The predominant species detected in raw and preheated milk were Bacillus toyonensis (63% - 20 clusters) and Lysinibacillus fusiformis (15% - 8 clusters). Proportionally, B. toyonensis (69% - 6 clusters) and L. fusiformis (25% - 1 cluster) were predominant in bactofuged milk. B. pumilus, L. varians, B. flexus, B. invictae, and B. megaterium, bacteria with a known milk spoilage potential, were isolated from milk prior to bactofugation, and they reduced to undetectable levels in bactofuged milk. Bactofugation of milk, therefore, reduces the TBC and aerobic spore count, with a significant effect in reducing the microbial diversity of spore-forming bacteria, proportional to their incidence in raw milk. Therefore, bactofugation can be an alternative to increase the shelf life and technological potential of milk.(AU)

Esse estudo descreve o efeito da bactofugação (10,000 × g em fluxo contínuo de 10,000 L/h) de três lotes de leite cru nas contagens bacterianas totais (CBT) e de esporos aeróbios, verificando também o efeito sobre a diversidade microbiana dos formadores de esporos por abordagem molecular de variabilidade genética. Como o leite a ser bactofugado deve ser pré-aquecido (≈55ºC), os três lotes foram avaliados enquanto cru refrigerado, pré-aquecido e bactofugado. Em associação com o pré-aquecimento, foi verificado que a bactofugação promoveu a redução significativa (p < 0.05) de 99,52% (4,5 x 106 para 2,1 x 104 UFC/mL) na contagem bacteriana total e 95% (333 para 17 UFC/mL) dos esporos aeróbios mesófilos. Considerando o efeito isolado da bactofugação sobre o leite já pré-aquecido, foi observada a redução de 82% tanto para CBT quanto para formadores de esporos. Em relação à diversidade, foram recuperados 107 isolados do leite anterior à bactofugação e 16 isolados do leite bactofugado, agrupados em 40 e 8 clusters, respectivamente. Foi observado predomínio das espécies Bacillus toyonensis (63% - 20 clusters) e Lysinibacillus fusiformis (15% - 8 clusters) no leite cru e pré-aquecido e, proporcionalmente, B. toyonensis (69% - 6 clusters) e L. fusiformis (25% - 1 cluster) no leite bactofugado. Bacillus pumilus, Lysinibacillus varians, B. flexus, B. invictae, e B. megaterium, isolados do leite antes da bactofugação e com potencial deteriorante conhecido, foram reduzidos a níveis indetectáveis no leite bactofugado. A bactofugação do leite, portanto, reduz a CBT e as contagens de esporos aeróbios, também com efeito significativo na redução da diversidade de formadores de esporos, proporcionalmente, conforme a sua incidência no leite cru, tendo potencial para ser utilizado como alternativa para aumento da vida útil e potencial tecnológico do leite.(AU)

Multivariate analysis as a tool in the initial selections of golden flax (Linum usitatissimum L) / Análise multivariada como ferramenta nas seleções iniciais de linhaça dourada (Linum usitatissimum L)

The genetic variability in plant populations can be estimated through multivariate analysis, which allows to analyze the genotypes based on a set of traits to identify the traits with the greatest influence for the divergence and the correlation between them. In this sense, the objective of the present work was to estimate the genetic divergence between golden flax lines using multivariate analysis for initial plant selections. For this purpose, 73 lines, in addition to the control, were tested in a randomized complete block design, with three replications, and traits of cycle, stature, and yield were measured. Twelve groups were obtained based on the Mahalanobis distance estimate and Tocher cluster, and the technical length was the most important trait for the dissimilarity. The line of group XI was promising, with early maturation and satisfactory seed productivity. The graphic of dispersion of the canonical variables showed the most divergent lines, and the greatest divergence was observed between groups III and IV. Multivariate analysis was an important tool for the initial choice of superior golden flax.

A variabilidade genética em populações de plantas pode ser estimada através da análise multivariada, que permite analisar os genótipos com base em um conjunto de características, identificar aquela com maior influência para a divergência e a correlação entre elas. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi estimar a divergência genética entre linhagens de linhaça dourada, a partir de análises multivariadas, para seleções iniciais de plantas. Para tanto, 73 linhagens, além da testemunha, foram testadas em delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, sendo medidas as características de ciclo, estatura e produtividade. Foram obtidos 12 grupos, sendo a característica mais importante para a dissimilaridade o comprimento técnico. O gráfico de dispersão das variáveis canônicas mostrou as progênies mais divergentes, sendo que a maior divergência foi verificada entre os grupos III e IV. A análise multivariada foi importante ferramenta para a escolha inicial das linhagens superiores de linhaça dourada.

Genetic evaluation and selection of cocoa tree clones / Avaliação genética e seleção de clones de cacaueiro

The cultivation of cocoa is of great socio-economic importance worldwide. Cocoa beans are the essential raw material for chocolate production. The variability of cacao studied presents only a small fraction of the existing genetic diversity, mainly in the Amazon region. Furthermore, just a small part of this variability has been exploited in cocoa breeding. Thus, the present study processed the genetic evaluation and selection of cocoa clones, based on morpho-agronomical traits. For this, we evaluated 145 clones, during 37 harvests from, four consecutive years. The following traits were evaluated: total number of fruits collected (TNFC), total number of healthy fruits (TNHF), weight of wet seeds from healthy fruits (WWSHF), average weight of wet seeds per healthy fruit (AWWSHF), weight of dry seeds from healthy fruit (WDSHF), average weight of dry seeds per healthy fruit (AWDSHF), percentage of fruits with witches' broom disease (PFWB), percentage of fruits with borer (PFBR), percentage of fruits with germinated seeds (PFGS), number of branches with witches' broom disease (NBWB), and number of inflorescence with witches' broom disease (NIWB). Significant differences (P < 0.05) among the clones were observed for all traits, which reveal an expressive variability and possibility of gains with selection. The highest significant correlations (P < 0.05) occurred between traits TNFC and TNHF (0.94), TNHF and AWWSHF (0.86), and TNHF and AWDSHF (0.86). Based on the selection index, the clones POUND 12 and CAB 12, 228, 253, 257, 258, and 422 were the most suitable for selection.

O cultivo do cacau tem grande importância socioeconômica mundial. Os amêndoas de cacau são a matéria-prima essencial para a produção de chocolate. A variabilidade do cacaueiro avaliada representa apenas uma pequena fração da diversidade genética existente, principalmente na região amazônica. Além disso, apenas uma pequena parte dessa variabilidade foi explorada no melhoramento de cacau. Dessa forma, o presente estudo teve como objetivo realizar a avaliação genética e seleção de clones de cacau, com base em características morfo-agronômicas. Para isso, foram avaliados 145 clones, durante 37 colheitas, em quatro anos consecutivos. As seguintes características de frutos e sementes foram avaliadas: número total de frutos colhidos (NTFC), número total de frutos sadios (NTFS), peso de sementes úmidas dos frutos sadios (PSUFS), peso médio de sementes úmidas dos frutos sadios (PMSUFS), peso de sementes secas dos frutos sadios (PSSFS), peso médio de sementes secas dos frutos sadios (PMSSFS), porcentagem de frutos com vassoura-de-bruxa (PFVB), porcentagem de frutos com broca (PFBR), porcentagem de frutos com sementes germinadas (PFSG), número de ramos com vassoura-de-bruxa (NRVB) e número de almofadas florais com vassoura-de-bruxa (NAFVB). Diferenças significativas (P < 0,05) entre os clones foram observadas para todas as características, o que revela uma expressiva variabilidade e possibilidade de ganhos com a seleção. As maiores correlações significativas (P < 0,05) ocorreram entre os caracteres NTFC e NTFS (0,94), NTFS e PMSUFS (0,86) e, NTFS e PMSSFS (0,86). Com base no índice de seleção, os clones POUND 12 e CAB 12, 228, 253, 257, 258 e 422 foram considerados os mais adequados para a seleção.

Genetic diversity in creole genotypes of Amazon chicory / Diversidade genética em genótipos crioulos de chicória da Amazônia

Amazon chicory is still a little-known vegetable despite its great agronomic potential. The characterization of chicory genotypes concerning genetic divergence is a key step for breeding programs, as it allows the selection of superior individuals and to explore the variability and complementarity of characteristics via interbreeding between newly generated genotypes. In this context, this study aimed to evaluate the genetic divergence among Amazon chicory creole genotypes from the northern Brazilian states of Pará and Rondônia based on morpho-agronomic traits. We conducted an experiment in a randomized block design with eight chicory genotypes (treatments) and four replications. Both quantitative and qualitative characteristics were evaluated. Genetic divergence was estimated via squared generalized Mahalanobis distance (D2 ), considering only quantitative characters, and the genotypes were subsequently clustered via the UPGMA method. Analysis of variance showed significant differences among genotypes for all studied characteristics, except shoot fresh weight. The UPGMA grouped the genotypes into three clusters, which demonstrated that the genotypes from Colares and Santarém Novo (Pará) (Chic-02 and Chic-04) were the most divergent as compared to the genotypes from Castanhal and Santa Isabel do Pará (Pará). Qualitative characteristics showed a monomorphic behavior and, therefore, were not used to assess genetic divergences. To obtain segregating populations with complementary characteristics, crossbreeding between the two most divergent clusters is recommended.(AU)

A chicória da Amazônia é uma hortaliça ainda pouco conhecida, mas com grande potencial agronômico. A caracterização dos genótipos de chicória quanto a divergência genética é um importante passo para programas de melhoramento genético, pois permite selecionar indivíduos superiores e explorar a variabilidade e a complementariedade de características, a partir dos novos genótipos gerados. Nesse contexto, o objetivo deste estudo foi avaliar a divergência genética de genótipos crioulos de chicória da Amazônia dos estados do Pará e Rondônia, com base em caracteres morfoagronômicos. Realizou-se um experimento em delineamento de blocos ao acaso, com oito genótipos de chicória (tratamentos) e quatro repetições. Foram avaliadas características quantitativas e qualitativas. A divergência genética foi estimada a partir da distância quadrada generalizada de Mahalanobis (D2 ), levando em consideração apenas os caracteres quantitativos, e os genótipos foram agrupados pelo método UPGMA. A análise de variância evidenciou diferença significativa entre os genótipos para todas as características, exceto massa fresca. O UPGMA agrupou os genótipos em três grupos, sendo os genótipos de Colares e Santarém Novo (Pará) (Chic-02 e Chic-04) os mais divergentes em comparação com os genótipos da região de Castanhal e Santa Isabel do Pará (Pará). As características qualitativas apresentaram padrão monomórfico, não sendo, portanto, utilizadas para avaliar a divergência. Para obter populações segregantes com complementariedade de características, recomenda-se o cruzamento entre os dois grupos mais divergentes.(AU)

Characterization of rice genotypes used in Brazil regarding salinity tolerance at the seedling stage / Caracterização de genótipos de arroz utilizados no Brasil quanto à tolerância à salinidade no estádio de plântula

Rice production (Oryza sativa L.) is among the most economically important activities in the world. However, soil and salinity coming from irrigation water reduce rice yield. Therefore, the identification and/or development of salt-tolerant rice genotypes is a strategy to minimize this problem. The development of new genotypes depends on the presence of genetic diversity, and understanding the heritability of a desired trait can help in the selection process. Thus, this study aimed to identify superior genotypes, analyze the genetic diversity and estimate the heritability for salinity tolerance at the seedling stage in rice genotypes used in Brazil. For this, seedlings of 69 genotypes were kept in hydroponic solution with 40mM NaCl (4 dSm-1) for seven days. Shoot length, root length, shoot dry weight, and root dry weight) were evaluated and the results were converted into relative performance. Tolerant and moderately salt-tolerant genotypes were identified at the seedling stage, which can be used in breeding programs and can be cultivated in high salinity areas. Principal component analysis showed the presence of genetic diversity for salinity response. Finally, it was shown that most of the observed variation is of genetic origin, which can make the breeding process less difficult.

O arroz (Oryza sativa L.) é uma espécie com grande importância econômica no mundo. A salinidade do solo ou da água reduz a produtividade da cultura. Por isso, a identificação e/ou desenvolvimento de genótipos de arroz com tolerância à salinidade é uma estratégia para minimizar esse problema. O desenvolvimento de novos genótipos depende da presença de variabilidade genética, e o conhecimento da herdabilidade da característica de interesse pode auxiliar no processo de seleção. Dessa forma, esse estudo teve como objetivo identificar genótipos superiores, analisar a variabilidade genética e estimar a herdabilidade para tolerância a salinidade no estádio de plântula em genótipos de arroz utilizados no Brasil. Para isso, plântulas de 69 genótipos foram mantidas em solução hidropônica acrescida de 40 mM de NaCl (4 dSm-1) durante sete dias. Foram avaliados comprimento de parte aérea, comprimento de raiz, peso seco de parte aérea, e peso seco de raiz e os resultados foram convertidos em desempenho relativo. Foram identificados genótipos tolerantes e moderadamente tolerantes à salinidade no estádio de plântula, os quais podem ser utilizados em programas de melhoramento e cultivados em áreas com ocorrência desse estresse. A análise de componentes principais mostrou a presença de variabilidade genética para resposta à salinidade. Finalmente, foi demonstrado que a maior parte da variação observada nos caracteres é de origem genética, o que pode tornar o processo de melhoramento menos difícil.

Obtaining microsatellite markers for Pseudoplatystoma reticulatum using heterologous primers / Obtenção de marcadores microssatélites para Pseudoplatystoma reticulatum a partir de primers heterólogos

Studies on genetic composition in fish populations contribute to conservationist practices and inbreeding control in fish stocks. To this end, molecular tools such as microsatellite markers (SSRs) are often used, but they are expensive and time-consuming to develop. A species-specific heterologous marker emerges as an alternative, which can be used in taxonomically related species in a fast way. Our goal was to test SSRs markers of Brachyplatystoma rousseauxi and Pseudoplatystoma punctifer in P. reticulatum in an unprecedented way. For this purpose, DNA was extracted from fragments of the caudal fin of 222 P. reticulatum adults, using a NaCl-based method. Then, DNA samples were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using six markers, four from B. rousseauxi (BR38, 47, 51, and 61) and two from P. punctifer (PPU13 and PPU15). Two primers showed non-specific amplification and were disregarded (BR38 and PPU13). In the remaining four primers, the number of alleles per locus varied between two (BR47) to sixteen (BR51), and the average size of alleles was between 142 and 400 bp. Mean effective number of alleles per locus ranged from 10,650 (BR51) to 1,784 (BR47), with null or low-frequency alleles in all studied loci. Observed heterozygosity ranged from 0.299 (BR47) to 0.640 (BR51) and was always lower than the expected heterozygosity. Hardy-Weinberg balance was significant (p < 0.05) in all loci, and inbreeding coefficient (FIS) was always positive. Polymorphic Information Content (PIC) confirmed the efficiency of the markers since they had moderate (BR47) to high levels of information (BR51, BR61, and PPU15). Transferability test showed that the heterologous microsatellite molecular markers, originally for B. rousseauxi and P. punctifer, were efficient in P. reticulatum, producing three primers with high information content. Therefore, these markers can be safely used in future population studies of this species.(AU)

Estudos acerca da composição genética de populações de peixes contribuem para a elaboração de práticas conservacionista, bem como para controle da consanguinidade em estoques de piscicultura. Neste sentido, ferramentas moleculares como os marcadores microssatélites (SSR's) são comumente utilizados, contudo, seu desenvolvimento corresponde a um processo caro e demorado. Surge como alternativa a utilização dos marcadores heterólogos, originalmente desenvolvidos para uma espécie, mas que podem ser utilizados de maneira rápida em outras taxonomicamente relacionadas. O objetivo desta pesquisa foi testar de maneira inédita a utilização de marcadores SSR's de Brachyplatystoma rousseauxi e Pseudoplatystoma punctifer em P. reticulatum. Para tanto, foram extraídas amostras de DNA a partir de fragmentos de nadadeira caudal de 222 indivíduos adultos de P. reticulatum por metodologia a base de NaCl. As amostras foram então amplificadas por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizandose seis marcadores, quatro de B. rousseauxi (BR38, 47, 51 e 61) e dois de P. punctifer (PPU13 e PPU15). Dois primers apresentaram amplificação inespecífica e foram desconsiderados (BR38 e PPU13). Entre os quatro restantes, o número de alelos por locus variou entre dois (BR47) a dezesseis (BR51), com tamanho médio de alelos entre 142 e 400 pb. O número efetivo médio de alelos por locus variou de 10,650 (BR51) à 1,784 (BR47), com alelos nulos ou de baixa frequência presentes em todos os loci estudados. Os valores de heterozigosidade observada variaram de 0,299 (BR47) à 0,640 (BR51), e foram sempre menores que os de heterozigosidade esperada. O Equilíbrio de Hardy-Weinberg foi significativo (P < 0,05) em todos os locus e o coeficiente de endogamia Fis sempre apresentou valores positivos. Os valores de Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) confirmaram a eficiência dos marcadores utilizados, já que possuíram de moderado (BR47) a alto nível de informação (BR51, BR61 e PPU15). O teste de transferibilidade de marcadores moleculares microssatélites heterólogos, originalmente desenvolvidos para B. rousseauxi e P. punctifer em P. reticulatum se mostrou eficiente, produzindo três primers com alto nível de informação, fato que garante sua utilização segura em estudos populacionais futuros voltados à esta espécie.(AU)

Genetic characterization of selected Nile tilapia in Santa Catarina / Caracterização genética de tilápia-do-nilo selecionadas em Santa Catarina

Different Nile tilapia stocks belonging to the fish breeding program of the Epagri (Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina) were characterized by microsatellite markers. A total of nine stocks (S1 to S9) were evaluated, and for each stock the caudal fin of 30 individuals were sampled. A total of 75 alleles were found at the 11 microsatellite loci used (UNH104, UNH108, UNH160, UNH208, UNH222, UNH848, UNH879, UNH898, UNH952, UNH998). Among the loci used, only UHN160 showed significance for null alleles in stocks S1, S2, S3 and S5. The average number of alleles per loci was 6.8, while the average number of alleles per tilapia stock was 4.4. Five unique alleles were identified between the stock S1 and S5. The observed heterozygosity values (Ho) exceeded the expected heterozygosity (He), resulting in a negative inbreeding coefficient (FIS = -0.092). FST for the total population was 0.109, demonstrating moderate genetic differentiation between the stocks. According to the Euclidean distance, three groups were formed as follows: I - S6, S7 and S9; II - S2, S3 and S4; and III - S1, S5 and S8. However, the existence of two groups can be observed from the PCoA representation: I - S6, S7, S8 and S9; and II - S1, S2, S3, S4 and S5. The formation of these two genetic groups is consistent with the genealogy of stocks. The formation of group III (S1, S5 and S8) in the dendrogram can be explained by the higher average observed heterozygosity values of these stocks. Bayesian analysis revealed the formation of 16 groups with an FST value of 0.2107. This result reinforces the existence of variability existing in the Epagri breeding program, from which it is possible to form heterotic groups to enable the direction of potential crosses to obtain genetic gain. The study enabled genotypic characterization of the tilapia brood stock used in the Epagri breeding program, determining the genetic distance between the stocks, which will enable more accurate selection of individuals for mating for the next generation. It was possible to verify that there is high heterozygosity within the stocks, and moderate genetic differentiation between the stocks. Furthermore, all evaluated markers were polymorphic for this brood stock and will be used to characterize the next generations.(AU)

Diferentes plantéis de tilápia-do-nilo pertencentes ao programa de melhoramento genético de peixes da Epagri (Empresa de Pesquisa Agropecuária e Extensão Rural de Santa Catarina) foram caracterizados por meio de marcadores microssatélites. Ao total foram avaliados nove plantéis (S1 a S9), e para cada foram amostrados nadadeira caudal de 30 indivíduos. O total de 75 alelos foram encontrados nos 11 loci microssatélites utilizados (UNH104, UNH108, UNH160, UNH208, UNH222, UNH848, UNH868, UNH879, UNH898, UNH952, UNH998). Entre os loci utilizados, apenas o UHN160 apresentou significância para alelos nulos nos estoques S1, S2, S3 e S5.A média do número de alelos por loci foi 6,8, enquanto a média do número de alelos por plantel de reprodutores foi 4,4. Foram encontrados cinco alelos exclusivos entre os plantéis S1 e S5. Os valores de heterozigosidade observada (Ho) foi maior do que a esperada (He), resultando em um coeficiente de endogamia (FIS) médio negativo (-0,092). O FST encontrado para a população total foi de 0,109, evidenciando moderada diferenciação genética entre os plantéis. De acordo com a distância euclidiana, três grupos foram formados da seguinte forma: I - S6, S7 e S9; II - S2, S3 e S4; e III - S1, S5 e S8. Porém, a partir da representação do PCoA, observa-se a existência de dois grupos: I - S6, S7, S8 e S9; e II - S1, S2, S3, S4 e S5. A formação desses dois grupos genéticos é consistente com a genealogia dos plantéis de reprodutores. A formação do grupo III (S1, S5 e S8) no dendrograma pode ser explicada pelos maiores valores médios de heterozigosidade observados desses plantéis. A análise bayesiana mostrou a formação de 16 grupos com um valor de Fst de 0,2107. Esse resultado reforça a existência de variabilidade existente no programa de melhoramento Epagri, a partir do qual é possível formar grupos heteróticos para permitir cruzamentos potenciais para obter ganho genético. O estudo permitiu a caracterização genotípica dos plantéis de reprodutores de tilápia utilizado no programa de melhoramento Epagri, determinando a distância genética entre eles, o que permitirá a seleção mais precisa dos indivíduos para os acasalamentos da próxima geração. Foi possível verificar que há alta heterozigosidade entre os plantéis de reprodutores e moderada diferenciação genética entre eles. Além disso, todos os marcadores avaliados foram polimórficos para este estoque de matrizes e serão utilizados para caracterizar as próximas gerações.(AU)

Genetic divergence among special rice types trought of multivariate techniques / Divergência genética entre tipos especiais de arroz a partir de técnicas multivariadas

The brazilian rice market prioritizes the consumption of polished white rice. However, there are demands for special types. The estimation of genetic divergence is important for genetic improvement, as it allows the selection of parents in controlled crossbreeding systems. Thus, the objectives of this work were to indicate the relative contribution of the evaluated traits to the genetic dissimilarity and to evaluate the genetic divergence among genotypes of special types of rice by two different methods of grouping. The experiment was carried out from October 2012 to March 2013, at the UFRRJ, Seropédica, RJ. The design used was in randomized blocks, with five replications. The treatments consisted of the genotypes Caiapó, Vermelho Pequeno, IAC 300, IAC 400 and IAC 500. The measure of dissimilarity adopted was the Euclidean distance. Two different optimization methods were used: the Tocher optimization method and the UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Averages) hierarchical method. The genotypes Caiapó and Vermelho Pequeno were in different heterotic groups in relation to the genotypes IAC 300 and IAC 400, using the clustering method used. It was found that the yield trait was the one that most influenced the total variation.

O mercado brasileiro de arroz prioriza o consumo de arroz branco polido. Entretanto, existem demandas por tipos especiais. A estimativa da divergência genética é importante para o melhoramento genético, pois permite a seleção de genitores em sistemas de cruzamentos controlados. Assim, os objetivos deste trabalho foram indicar a contribuição relativa dos caracteres avaliados para a dissimilaridade genética e avaliar a divergência genética entre genótipos de tipos especiais de arroz por dois métodos diferentes de agrupamento. O experimento foi conduzido no ano de outubro de 2012 a março de 2013, na UFRRJ, Seropédica, RJ. O delineamento utilizado foi em blocos ao acaso, com cinco repetições. Os tratamentos constaram dos genótipos Caiapó, Vermelho Pequeno, IAC 300, IAC 400 e IAC 500. A medida de dissimilaridade adotada foi a distância euclidiana. Foram utilizados dois métodos diferentes de otimização: o método de otimização de Tocher e o método hierárquico UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Avarages). Os genótipos Caiapó e Vermelho Pequeno estiveram em diferentes grupos heteróticos em relação aos genótipos IAC 300 e IAC 400, independentemente do método de agrupamento utilizado. Verificou-se que a característica produtividade foi a que mais influenciou na variação total.

Genetic divergence among special rice types trought of multivariate techniques / Divergência genética entre tipos especiais de arroz a partir de técnicas multivariadas

The brazilian rice market prioritizes the consumption of polished white rice. However, there are demands for special types. The estimation of genetic divergence is important for genetic improvement, as it allows the selection of parents in controlled crossbreeding systems. Thus, the objectives of this work were to indicate the relative contribution of the evaluated traits to the genetic dissimilarity and to evaluate the genetic divergence among genotypes of special types of rice by two different methods of grouping. The experiment was carried out from October 2012 to March 2013, at the UFRRJ, Seropédica, RJ. The design used was in randomized blocks, with five replications. The treatments consisted of the genotypes Caiapó, Vermelho Pequeno, IAC 300, IAC 400 and IAC 500. The measure of dissimilarity adopted was the Euclidean distance. Two different optimization methods were used: the Tocher optimization method and the UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Averages) hierarchical method. The genotypes Caiapó and Vermelho Pequeno were in different heterotic groups in relation to the genotypes IAC 300 and IAC 400, using the clustering method used. It was found that the yield trait was the one that most influenced the total variation.(AU)

O mercado brasileiro de arroz prioriza o consumo de arroz branco polido. Entretanto, existem demandas por tipos especiais. A estimativa da divergência genética é importante para o melhoramento genético, pois permite a seleção de genitores em sistemas de cruzamentos controlados. Assim, os objetivos deste trabalho foram indicar a contribuição relativa dos caracteres avaliados para a dissimilaridade genética e avaliar a divergência genética entre genótipos de tipos especiais de arroz por dois métodos diferentes de agrupamento. O experimento foi conduzido no ano de outubro de 2012 a março de 2013, na UFRRJ, Seropédica, RJ. O delineamento utilizado foi em blocos ao acaso, com cinco repetições. Os tratamentos constaram dos genótipos Caiapó, Vermelho Pequeno, IAC 300, IAC 400 e IAC 500. A medida de dissimilaridade adotada foi a distância euclidiana. Foram utilizados dois métodos diferentes de otimização: o método de otimização de Tocher e o método hierárquico UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Avarages). Os genótipos Caiapó e Vermelho Pequeno estiveram em diferentes grupos heteróticos em relação aos genótipos IAC 300 e IAC 400, independentemente do método de agrupamento utilizado. Verificou-se que a característica produtividade foi a que mais influenciou na variação total.(AU)

Genetic diversity of Tambaqui (Teleostei - Characidae) broodstocks from Northern region of Brazil using microsatellite markers / Diversidade genética de estoque de Tambaqui (Teleostei - Characidae) da região Norte do Brasil usando marcadores microssatélites

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K=3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks.

O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JPxPM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.

Genetic characterization of tambaqui stocks from two pisciculture stations in the lower São Francisco River / Caracterização genética de estoques de tambaqui de duas estações de piscicultura no baixo rio São Francisco

Pisciculture has been an important part of the economy in many regions of Brazil, and the tambaqui (Colossoma macropomum) stands out as one of the country's most commercialized native freshwater fish species. Loss of genetic variability can affect characteristics such as reproduction and growth rates, as well as disease resistance and is of great concern in this field. Molecular markers such as mitochondrial DNA genes have been increasingly used to understand genetic variability in species of economic importance. This study aimed to characterize the genetic variability of tambaqui populations reared in two fish farms (Itiúba, AL and Betume, SE) of the lower São Francisco River by analyzing the control region and ATPase genes of mitochondrial DNA. Sequencing of samples from progenies and breeding individuals identified 42 haplotypes (32 unique), of which four haplotypes were shared between the two fish farms as a result of a founder effect, because individuals from Itiúba formed the stock of the Betume fish farming Station. Haplotype diversity was high in both locations. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) revealed greater genetic variation within populations (96.76%) than between them (3.24%) and the FST value (0.03) indicated low genetic differentiation between the two populations. The observed high genetic variability can be explained by the number of breeders in the two fish farms (200 in Itiúba and 1400 in Betume) and the breeding management system, which seems to be effective in maintaining stock variability.

A piscicultura tem ocupado um lugar de destaque na economia de muitas regiões do Brasil, e o tambaqui (Colossoma macropomum) se sobressai por ser uma das espécies nativas de peixes de água doce mais comercializadas do país. A diminuição da variabilidade genética pode afetar características como as taxas de reprodução e crescimento, bem como resistência a doenças e é de grande preocupação nesse ramo. Marcadores moleculares, como os genes do DNA mitocondrial, vem sendo cada vez mais utilizados para investigar a variabilidade genética em espécies de importância econômica. Assim, este estudo teve como objetivo caracterizar a variabilidade genética de populações de tambaqui cultivados em duas pisciculturas (Itiúba, AL e Betume, SE) do baixo Rio São Francisco, utilizando a região controle e os genes da ATPase do DNA mitocondrial. O sequenciamento de amostras de progênies e reprodutores identificou 42 haplótipos (32 únicos). Destes, quatro haplótipos foram compartilhados entre as duas pisciculturas estudadas, o que é resultado de um efeito fundador, uma vez que indivíduos de Itiúba foram levados para compor o estoque da Estação de Piscicultura de Betume. A diversidade haplotípica foi alta em ambas as localidades. Análise de Variância Molecular (AMOVA) demonstrou maior variação genética dentro das populações (96.76%) do que entre elas (3.24%) e o valor de Fst (0.03) indicou pouca diferenciação genética entre as duas populações analisadas. A alta variabilidade genética encontrada pode ser explicada pelo número de reprodutores nas duas pisciculturas (200 em Itiúba e 1400 em Betume) e o manejo reprodutivo, que parece ser eficaz na manutenção da variabilidade de estoques.

Barnyardgrass control using tank-mixed herbicides with saflufenacil and its influence in photosynthesis and chlorophyll fluorescence / Controle de capim-arroz mediante associações de herbicidas com saflufenacil e influência na fotossíntese e fluorescência de clorofila

The objectives of this research were to evaluate the interaction between herbicides mixed with saflufenacil for the control of barnyardgrass and to determine the effect on photosynthetic and chlorophyll fluorescence parameters. The experiment was conducted in a greenhouse in a 2x8 factorial scheme, whose factor A tested resistant and susceptible biotypes; and factor B the herbicides: saflufenacil (70 g a.i. ha-1), clomazone (180 g a.i. ha-1), imazapyr + imazapic (73.5 + 24.5 g a.i. ha-1), and cyhalofop (360 g a.i. ha-1), the mixtures of these herbicides with saflufenacil, and control without treatment. Weed control was assessed 7, 14, 21 and 28 days after herbicide application (DAA), as well as shoot dry matter at 28 DAA, photosynthetic parameters using infrared gas analyzer (IRGA), and emission of chlorophyll a fluorescence after 24 and 28 hours of application of treatments, respectively, and interaction of herbicides. Combination of saflufenacil with the herbicides tested in general did not change the response of both barnyardgrass biotypes to the herbicides used. The resistant biotype showed a lower negative effect on chlorophyll fluorescence and photosynthesis parameters in the combination of herbicides with saflufenacil. The herbicide cyhalofop was effective for the control of ALS-susceptible and resistant barnyardgrass.(AU)

O objetivo deste trabalho foi avaliar a interação entre herbicidas associados ao saflufenacil para o controle de capim-arroz e a determinação do efeito dos herbicidas sobre os parâmetros fotossintéticos e de fluorescência de clorofila. O experimento foi conduzido em casa de vegetação em esquema fatorial 2x8, cujo fator A testou os biótipos resistente e suscetível; e o fator B os herbicidas: saflufenacil (70 g i.a. ha-1), clomazone (180 g i.a. ha-1), imazapyr+imazapic (73,5+24,5 g i.a. ha-1), cyhalofop (360 g i.a. ha-1), as associações desses com saflufenacil, e testemunha sem tratamento. Foi avaliado o controle aos 7, 14, 21 e 28 dias após a aplicação dos herbicidas (DAA), massa seca da parte aérea aos 28 DAA, avaliação de parâmetros fotossintéticos com analisador de gás infravermelho (IRGA) e emissão de fluorescência da clorofila a 24 e 48 horas após aplicação dos tratamentos, respectivamente, e interação dos herbicidas. A associação de saflufenacil com herbicidas testados na maior parte não modificou a resposta dos herbicidas para o controle de capim-arroz em ambos os biótipos. O biótipo resistente apresentou menor efeito negativo nos processos de fluorescência de clorofila e parâmetros de fotossíntese na associação de herbicidas com saflufenacil. O herbicida cyhalofop associado ao saflufenacil demonstra ser eficiente para o controle de capim-arroz suscetível e resistente a ALS.(AU)

Transferability of heterologous primers in Brycon falcatus / Transferibilidade de primers heterólogos em Brycon falcatus

The genusBryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory cross-amplification withB. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus); Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (B. orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (P. argenteus), and Cm1A8 (C. macropomum). The genetic parameters (number of alleles, effective alleles, allele richness, and expected and observed heterozygosity) and the polymorphic information content (PIC) confirmed the viability of these primers for population genetics analyses. Our study demonstrates the potential of transferability of microsatellite markers from related species and even different genera to B. falcatus, providing usefull tools for future population genetic studies in this species.(AU)

O gênero Brycon compreende um grupo de espécies de peixes de grande importância socioeconômica e biológica no Brasil. Entretanto, o conhecimento genético dessas espécies é escasso, principalmente no caso do Brycon falcatus. Diante disso, objetivou-se verificar a transferibilidade de primers heterólogos em B. falcatus. Foram avaliados primers heterólogos provenientes das espécies B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados a uma amostra de 22 indivíduos e os parâmetros genéticos foram calculados. Nove primers apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada com B. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus), Bh8, Bh13 e Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (Prochilodus argenteus) e Cm1A8 (Colossoma macropomum). Os parâmetros genéticos (número de alelos, alelos efetivos, riqueza de alelos e heterozigosidade esperada e observada) e o conteúdo de informação polimórfica (PIC) demonstraram a viabilidade da utilização dos primers para análises genéticas populacionais. Nosso estudo demonstra o potencial de transferibilidade de marcadores microssatélites de espécies relacionadas e até de gêneros diferentes para B. falcatus, fornecendo ferramentas úteis para futuros estudos genéticos populacionais nessa espécie.(AU)

Genetic diversity of Tambaqui (Teleostei - Characidae) broodstocks from Northern region of Brazil using microsatellite markers / Diversidade genética de estoque de Tambaqui (Teleostei - Characidae) da região Norte do Brasil usando marcadores microssatélites

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K=3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks.(AU)

O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JPxPM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.(AU)

Genetic characterization of tambaqui stocks from two pisciculture stations in the lower São Francisco River / Caracterização genética de estoques de tambaqui de duas estações de piscicultura no baixo rio São Francisco

Pisciculture has been an important part of the economy in many regions of Brazil, and the tambaqui (Colossoma macropomum) stands out as one of the country's most commercialized native freshwater fish species. Loss of genetic variability can affect characteristics such as reproduction and growth rates, as well as disease resistance and is of great concern in this field. Molecular markers such as mitochondrial DNA genes have been increasingly used to understand genetic variability in species of economic importance. This study aimed to characterize the genetic variability of tambaqui populations reared in two fish farms (Itiúba, AL and Betume, SE) of the lower São Francisco River by analyzing the control region and ATPase genes of mitochondrial DNA. Sequencing of samples from progenies and breeding individuals identified 42 haplotypes (32 unique), of which four haplotypes were shared between the two fish farms as a result of a founder effect, because individuals from Itiúba formed the stock of the Betume fish farming Station. Haplotype diversity was high in both locations. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) revealed greater genetic variation within populations (96.76%) than between them (3.24%) and the FST value (0.03) indicated low genetic differentiation between the two populations. The observed high genetic variability can be explained by the number of breeders in the two fish farms (200 in Itiúba and 1400 in Betume) and the breeding management system, which seems to be effective in maintaining stock variability.(AU)

A piscicultura tem ocupado um lugar de destaque na economia de muitas regiões do Brasil, e o tambaqui (Colossoma macropomum) se sobressai por ser uma das espécies nativas de peixes de água doce mais comercializadas do país. A diminuição da variabilidade genética pode afetar características como as taxas de reprodução e crescimento, bem como resistência a doenças e é de grande preocupação nesse ramo. Marcadores moleculares, como os genes do DNA mitocondrial, vem sendo cada vez mais utilizados para investigar a variabilidade genética em espécies de importância econômica. Assim, este estudo teve como objetivo caracterizar a variabilidade genética de populações de tambaqui cultivados em duas pisciculturas (Itiúba, AL e Betume, SE) do baixo Rio São Francisco, utilizando a região controle e os genes da ATPase do DNA mitocondrial. O sequenciamento de amostras de progênies e reprodutores identificou 42 haplótipos (32 únicos). Destes, quatro haplótipos foram compartilhados entre as duas pisciculturas estudadas, o que é resultado de um efeito fundador, uma vez que indivíduos de Itiúba foram levados para compor o estoque da Estação de Piscicultura de Betume. A diversidade haplotípica foi alta em ambas as localidades. Análise de Variância Molecular (AMOVA) demonstrou maior variação genética dentro das populações (96.76%) do que entre elas (3.24%) e o valor de Fst (0.03) indicou pouca diferenciação genética entre as duas populações analisadas. A alta variabilidade genética encontrada pode ser explicada pelo número de reprodutores nas duas pisciculturas (200 em Itiúba e 1400 em Betume) e o manejo reprodutivo, que parece ser eficaz na manutenção da variabilidade de estoques.(AU)

Simulation of pattern of gene flow in Canjerana fragments in the Brazilian Atlantic Rainforest for evaluating genetic conservation strategies / Simulação do padrão de fluxo gênico em fragmentos de Canjerana no bioma Mata Atlântica para definição de estratégias de conservação genética

Gene flow is important for the conservation of genetic resources to allow connectivity of geographically isolated populations and which genetic variability is reduced. Gene movement is a function of flow rate and model. Understanding how gene flow occurs can contribute to the conservation and selection of priority populations that could benefit from an eventual intervention. Simulation softwares allow making inferences about past events based on current datasets or predict future phenomena under real genetic scenarios. Adverse phenomena can be predicted and actions can be taken to avoid them. The aim of this study was to identify a model and the gene flow rates that could explain genetic structure of eight forest fragments of Cabralea canjerana in development in the Brazilian Atlantic Rainforest. To do this, simulations were performed with the EASYPOP software using a microsatellite marker dataset obtained for the species by Melo and collaborators, in 2012, 2014 and 2016. We tested five models and nine migration rates and we selected the model that produced values closer to those previously obtained for them. Criteria used for selection were the observed and expected heterozygosity and the Wrights F Statistics obtained in the simulations. The gene flow model selected was the isolation by distance model that used a rate of 0.1. We observed high levels of genetic differentiation among the fragments as result of their reproductive isolation. To allow homogenization of the allelic frequencies through gene flow, the solution would be to create ecological corridors with the aim of connecting distant fragments.(AU)

O fluxo gênico, cuja efetividade é função do modelo e da taxa, assume especial importância na conservação de recursos genéticos por permitir a conectividade de populações isoladas geograficamente, sujeitas à redução da variabilidade genética. O entendimento de como o fluxo gênico ocorre pode contribuir no planejamento de ações para a conservação e na seleção de populações prioritárias para uma eventual intervenção. Programas de simulação permitem inferir sobre eventos passados, a partir de dados atuais ou prever fenômenos futuros sob cenários genéticos reais. Fenômenos adversos podem ser previstos e medidas podem ser tomadas para contorná-los. O objetivo deste estudo foi identificar o modelo e a taxa de fluxo gênico que melhor explicam a estrutura genética de oito fragmentos da espécie arbórea florestal Cabralea canjerana, em desenvolvimento na região brasileira do bioma Mata Atlântica. Foram realizadas simulações com o programa EASYPOP usando dados de marcadores microssatélites obtidos por Melo e colaboradores, em 2012, 2014 e 2016, sendo testados cinco modelos e nove taxas de migração, selecionando-se o modelo que apresentou os valores mais próximos daqueles que foram publicados. Os critérios usados para a seleção do modelo foram a heterozigosidade observada e esperada e as estatísticas F de Wright obtidas nas simulações. O modelo de fluxo gênico entre os fragmentos foi o de isolamento por distância a uma taxa de 0.1. Foram observados elevados índices de diferenciação genética entre os fragmentos em decorrência do seu isolamento reprodutivo. Desse modo, sugere-se a construção de corredores ecológicos com vistas a conectar fragmentos distantes e, desta forma, permitir a homogeneização das frequências alélicas por meio do fluxo gênico.(AU)

Genetic diversity of migratory fish populations of the Rio Grande Reservoir (São Paulo, Brazil) / Diversidade genética de populações de peixes migratórios do reservatório do Rio Grande (São Paulo, Brasil)

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.(AU)

Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.(AU)

Genetic distance between rice cultivars in experiments conducted in the field and in the greenhouse / Distância genética entre cultivares de arroz irrigado em experimentos conduzidos a campo e em casa de vegetação

The objective of this study was to estimate the genetic distance of irrigated rice based on different phenotypic characters and agronomic descriptors in field experiments and a greenhouse, with joint analysis of environments. In this study, 16 genotypes of rice were evaluated in the field and in greenhouse. In both experimental conditions were measured 24 characters, 16 considered quantitative and eight qualitative. From the phenotypic data were obtained three matrices of Mahalanobis distances (based on characters measured for field, greenhouse and joint analysis), which originated three dendrograms using the Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages (UPGMA). The correlation between genetic distance matrices was performed by the Mantel test. Thus, the estimates of genetic distance used were adequate in the grouping of genotypes, evidencing a narrow genetic distance between the irrigated rice cultivars evaluated. The genetic distance matrices between genotypes based on the qualitative characteristics measured for field, greenhouse and joint analysis of both environments showed a high correlation. There is environmental effect on characteristics of quantitative genetic inheritance.

Objetivou-se nesse estudo estimar a distância genética com base em distintos caracteres fenotípicos e descritores agronômicos, em experimentos a campo, em casa de vegetação e análise conjunta de ambientes em arroz irrigado. Neste estudo foram avaliados 16 genótipos de arroz irrigado em experimentos a campo e em casa de vegetação. Nas duas condições experimentais foram mensurados 24 caracteres, sendo, 16 considerados quantitativos e oito considerados qualitativos. A partir dos dados fenotípicos foram obtidas três matrizes de distâncias de Mahalanobis (baseadas nos caracteres mensurados a campo, casa de vegetação e análise conjunta), que posteriormente originaram três dendrogramas, utilizando o método de agrupamento das médias das distâncias (UPGMA Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages). A associação das matrizes de distância genética foi realizada pelo teste de Mantel. Assim, as estimativas da distância genética utilizadas, mostraram-se adequadas no agrupamento dos genótipos, evidenciando estreita distância genética entre as cultivares de arroz irrigado avaliadas. As matrizes de distância genética entre os genótipos com base nos caracteres qualitativos aferidos a campo, em casa de vegetação e a conjunta de ambos os ambientes, evidenciaram associação elevada entre si. Existe efeito do ambiente em caracteres de herança genética quantitativa.

Candidate genes related to reproductive traits of Hereford and Braford bulls / Genes candidatos relacionados a traços reprodutivos em touros Hereford e Braford

This study emphasized the importance of using candidate genes in predicting semen quality in bulls that can be used in cow-calf production. The aim of this study was to evaluate some candidate genes related to reproductive traits in Braford and Hereford bulls. All bulls (n=188) were submitted to breeding soundness evaluations at 24, 28, 32, and 36 months of age. The microsatellite markers ILSTS002 and BMS3004 associated with the luteinizing hormone-β (LHβ) gene, IDVGA-51 to leptin (LEP) gene,HEL5 and AFZ1 within the IGF-IR gene, and two SNP markers (LHR and FSHR) associated with the LHR and FSHR genes, respectively, were evaluated by the amplification of DNA products. The variation in the IDVGA-51 allele 177-185 showed polymorphic information content (PIC) associated with sperm motility and vigor traits in Hereford bulls. Hereford animals showed PIC of 0.36 to 0.75% along with expected heterozygosity (H) of 0.49 to 0.78%. Braford bulls that indicated the ILSTS002 allele 137-175 and AFZ1 allele 113-119 showed PIC associated with major and minor defects, respectively. The PIC ranged from 0.28 to 0.78%, with an expected H of 0.35 to 0.81%. AFZ1 allele 121-127 had the highest minor defects and ILSTS002 allele 125-135 showed the highest major defects from ejaculated semenin Braford bulls. In addition, IDVGA-51 allele 175 showed lower motility and vigor in Hereford bulls.The markers AFZ1 (IGF-IR) and ILSTS002 (LHβ) in Braford and IDVGA-51 (LEP) in Hereford bulls were effective in verifying the reproductive traits of the bulls.(AU)

Este estudo enfatizou a importância do uso de genes candidatos na predição da qualidade do sêmen em touros que podem ser utilizados na produção de bezerros. O objetivo deste estudo foi avaliar alguns genes candidatos relacionados a traços reprodutivos em touros de Braford e Hereford. Todos os touros (n = 188) foram submetidos a avaliações reprodutivas aos 24, 28, 32 e 36 meses de idade. Os marcadores microsatélites ILSTS002 e BMS3004 associados ao gene hormônio luteinizante-β (LHβ), o IDVGA-51 associado ao gene Leptina (LEP), o HEL5 e AFZ1 ao gene IGF-IR e dois marcadores SNP (LHR e FSHR) relacionados ao LHR e FSHR, respectivamente, foram avaliados pela amplificação de produtos de DNA. A variação no alelo IDVGA-51 177-185 mostrou conteúdo de informação polimórfica (PIC) associada à motilidade espermática e características de vigor nos touros de Hereford. Os animais Hereford apresentaram PIC de 0,36 a 0,75%, juntamente com heterozigosidade esperada (H) de 0,49 a 0,78%. Os touros Braford que indicaram o alelo ILSTS002 137-175 e o alelo AFZ1 113-119 mostraram PIC associados a defeitos maiores e menores, respectivamente. O PIC variou de 0,28 a 0,78% com um H esperado de 0,35 a 0,81%. O alelo AFZ1 121-127 teve os defeitos menores mais altos, enquanto, o alelo ILSTS002 125-135 mostrou altos defeitos maiores do sêmen ejaculado em Braford. Além disso, o alelo IDVGA-51 175 mostrou baixa motilidade e vigor nos touros Hereford. Os marcadores AFZ1 (IGF-IR) e ILSTS002 (LHβ) em Braford e IDVGA-51 (LEP) no Hereford foram efetivos na verificação dos traços reprodutivos dos touros.(AU)

Genetic distance between rice cultivars in experiments conducted in the field and in the greenhouse / Distância genética entre cultivares de arroz irrigado em experimentos conduzidos a campo e em casa de vegetação

The objective of this study was to estimate the genetic distance of irrigated rice based on different phenotypic characters and agronomic descriptors in field experiments and a greenhouse, with joint analysis of environments. In this study, 16 genotypes of rice were evaluated in the field and in greenhouse. In both experimental conditions were measured 24 characters, 16 considered quantitative and eight qualitative. From the phenotypic data were obtained three matrices of Mahalanobis distances (based on characters measured for field, greenhouse and joint analysis), which originated three dendrograms using the Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages (UPGMA). The correlation between genetic distance matrices was performed by the Mantel test. Thus, the estimates of genetic distance used were adequate in the grouping of genotypes, evidencing a narrow genetic distance between the irrigated rice cultivars evaluated. The genetic distance matrices between genotypes based on the qualitative characteristics measured for field, greenhouse and joint analysis of both environments showed a high correlation. There is environmental effect on characteristics of quantitative genetic inheritance.(AU)

Objetivou-se nesse estudo estimar a distância genética com base em distintos caracteres fenotípicos e descritores agronômicos, em experimentos a campo, em casa de vegetação e análise conjunta de ambientes em arroz irrigado. Neste estudo foram avaliados 16 genótipos de arroz irrigado em experimentos a campo e em casa de vegetação. Nas duas condições experimentais foram mensurados 24 caracteres, sendo, 16 considerados quantitativos e oito considerados qualitativos. A partir dos dados fenotípicos foram obtidas três matrizes de distâncias de Mahalanobis (baseadas nos caracteres mensurados a campo, casa de vegetação e análise conjunta), que posteriormente originaram três dendrogramas, utilizando o método de agrupamento das médias das distâncias (UPGMA Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages). A associação das matrizes de distância genética foi realizada pelo teste de Mantel. Assim, as estimativas da distância genética utilizadas, mostraram-se adequadas no agrupamento dos genótipos, evidenciando estreita distância genética entre as cultivares de arroz irrigado avaliadas. As matrizes de distância genética entre os genótipos com base nos caracteres qualitativos aferidos a campo, em casa de vegetação e a conjunta de ambos os ambientes, evidenciaram associação elevada entre si. Existe efeito do ambiente em caracteres de herança genética quantitativa.(AU)