Diagnóstico histopatológico e molecular de lesões sugestivas de tuberculose em búfalos abatidos nos municípios de Macapá e Santana, estado do Amapá / Histopathological and molecular diagnosis of lesions suggestive of tuberculosis in buffaloes slaughtered in the municipalities of Macapá and Santana, Amapá state, Brazil

Este estudo teve como objetivo avaliar lesões sugestivas de tuberculose em búfalos abatidos em matadouros oficiais no Estado do Amapá, Brasil, a fim de confirmar o diagnóstico de tuberculose por avaliação histopatológica e molecular. As amostras de tecido de 20 búfalos que apresentavam lesões sugestivas de tuberculose, dos municípios de Macapá e Santana, foram coletadas. As amostras foram divididas em duas partes: uma delas foi fixada em formalina a 10% tamponada e rotineiramente processadas para avaliação histopatológica, coradas pela hematoxilina-eosina e Ziehl-Neelsen; e o outra parte foi usado para Nested-PCR para o complexo de Mycobacterium tuberculosis (CMT) e para Mycobacterium bovis. As lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose foram observadas nos pulmões, linfonodos brônquicos, mediastínicos, retrofaríngeos e submandibulares, fígado e pleura. Histopatologicamente, todas as amostras apresentaram lesões sugestivas de tuberculose, caracterizadas por granulomas compostos por grande quantidade de infiltração de células epitelióides, células de Langerhans e linfócitos, margeando um centro necrótico, calcificado ou não, rodeado por cápsula de tecido conjuntivo fibroso. Bacilos álcool-ácido resistentes foram observados nos tecidos de 3/20 (15%) búfalos. Com relação à detecção molecular, 13/20 (65%) bubalinos apresentaram amostras de tecidos positivos: 6 foram positivos nas Nested-PCRs para CMT e M. bovis, um foi positivo apenas na Nested-PCR para CMT, e 6 foram positivos apenas na Nested-PCR para M. bovis. Os resultados deste estudo demonstram a importância de diagnosticar a tuberculose em búfalos na região e apontam para a necessidade de implementar medidas eficazes para controlar e erradicar a enfermidade.(AU)

This study aimed to evaluate suggestive lesions of tuberculosis in buffaloes slaughtered in official slaughterhouses in the State of Amapá, Brazil, in order to confirm the diagnosis of tuberculosis by histopathological and molecular evaluation. Tissue samples of 20 buffaloes showing lesions suggestive of tuberculosis, from the municipalities of Macapá and Santana, were collected. The samples were divided into two parts: one was fixed in 10% buffered formalin and routinely processed for histopathological evaluation, stained by hematoxylin-eosin and Ziehl-Neelsen; and the other was used for Nested-PCRs for Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and for Mycobacterium bovis. Gross lesions suggestive of tuberculosis were observed in the lungs, bronchial, mediastinic, retropharyngeal and submandibular lymph nodes, liver and pleura. Histopathologically, all samples showed lesions suggestive of tuberculosis, characterized by granulomas composed of large amount of infiltration of epithelioid cells, Langhans cells and lymphocytes, bordering a necrotic core, calcified or not, surrounded by a fibrous connective tissue capsule. Acid-fast bacilli were observed in the tissues of 3/20 (15%) buffaloes. With regards to the molecular detection, 13/20 (65%) buffaloes showed positive tissue samples: 6 were positive both in the MTC and M. bovis Nested-PCRs, one was positive only in the MTC Nested-PCR, and 6 were positive only in the M. bovis Nested-PCR. The results of this study demonstrate the importance of diagnosing TB in buffaloes in the region and point to the requirement to implement effective measures to control and eradicate the disease.(AU)

Diagnóstico histopatológico e molecular de lesões sugestivas de tuberculose em búfalos abatidos nos municípios de Macapá e Santana, estado do Amapá / Histopathological and molecular diagnosis of lesions suggestive of tuberculosis in buffaloes slaughtered in the municipalities of Macapá and Santana, Amapá state, Brazil

Este estudo teve como objetivo avaliar lesões sugestivas de tuberculose em búfalos abatidos em matadouros oficiais no Estado do Amapá, Brasil, a fim de confirmar o diagnóstico de tuberculose por avaliação histopatológica e molecular. As amostras de tecido de 20 búfalos que apresentavam lesões sugestivas de tuberculose, dos municípios de Macapá e Santana, foram coletadas. As amostras foram divididas em duas partes: uma delas foi fixada em formalina a 10% tamponada e rotineiramente processadas para avaliação histopatológica, coradas pela hematoxilina-eosina e Ziehl-Neelsen; e o outra parte foi usado para Nested-PCR para o complexo de Mycobacterium tuberculosis (CMT) e para Mycobacterium bovis. As lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose foram observadas nos pulmões, linfonodos brônquicos, mediastínicos, retrofaríngeos e submandibulares, fígado e pleura. Histopatologicamente, todas as amostras apresentaram lesões sugestivas de tuberculose, caracterizadas por granulomas compostos por grande quantidade de infiltração de células epitelióides, células de Langerhans e linfócitos, margeando um centro necrótico, calcificado ou não, rodeado por cápsula de tecido conjuntivo fibroso. Bacilos álcool-ácido resistentes foram observados nos tecidos de 3/20 (15%) búfalos. Com relação à detecção molecular, 13/20 (65%) bubalinos apresentaram amostras de tecidos positivos: 6 foram positivos nas Nested-PCRs para CMT e M. bovis, um foi positivo apenas na Nested-PCR para CMT, e 6 foram positivos apenas na Nested-PCR para M. bovis. Os resultados deste estudo demonstram a importância de diagnosticar a tuberculose em búfalos na região e apontam para a necessidade de implementar medidas eficazes para controlar e erradicar a enfermidade.(AU)

This study aimed to evaluate suggestive lesions of tuberculosis in buffaloes slaughtered in official slaughterhouses in the State of Amapá, Brazil, in order to confirm the diagnosis of tuberculosis by histopathological and molecular evaluation. Tissue samples of 20 buffaloes showing lesions suggestive of tuberculosis, from the municipalities of Macapá and Santana, were collected. The samples were divided into two parts: one was fixed in 10% buffered formalin and routinely processed for histopathological evaluation, stained by hematoxylin-eosin and Ziehl-Neelsen; and the other was used for Nested-PCRs for Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and for Mycobacterium bovis. Gross lesions suggestive of tuberculosis were observed in the lungs, bronchial, mediastinic, retropharyngeal and submandibular lymph nodes, liver and pleura. Histopathologically, all samples showed lesions suggestive of tuberculosis, characterized by granulomas composed of large amount of infiltration of epithelioid cells, Langhans cells and lymphocytes, bordering a necrotic core, calcified or not, surrounded by a fibrous connective tissue capsule. Acid-fast bacilli were observed in the tissues of 3/20 (15%) buffaloes. With regards to the molecular detection, 13/20 (65%) buffaloes showed positive tissue samples: 6 were positive both in the MTC and M. bovis Nested-PCRs, one was positive only in the MTC Nested-PCR, and 6 were positive only in the M. bovis Nested-PCR. The results of this study demonstrate the importance of diagnosing TB in buffaloes in the region and point to the requirement to implement effective measures to control and eradicate the disease.(AU)

Nasal swab real-time PCR is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis / A PCR em tempo real de swab nasal não é adequada para o diagnóstico in vivo de tuberculose bovina

Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.(AU)

A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.(AU)

Nasal swab real-time PCR is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis / A PCR em tempo real de swab nasal não é adequada para o diagnóstico in vivo de tuberculose bovina

Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.(AU)

A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.(AU)

Nasal swab real-time PCR is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis

ABSTRACT: Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.

RESUMO: A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.

Mycobacterium tuberculosis complex infection in Barbary sheep (Ammotragus lervia) at the Curitiba Zoo, southern Brazil: case report / Infecção pelo complexo Mycobacterium tuberculosis em carneiro da Barbária (Ammotragus lervia) no Zoológico de Curitiba, sul do Brasil: relato de caso

Tuberculosis is one of the most important mandatory notification diseases in the world caused by bacteria of the Mycobacterium tuberculosis complex, infecting both humans and animals. A sudden death of a Barbary sheep in Curitiba Zoo, and presence of multifocal nodules in lungs at necropsy raised suspicion of tuberculosis. Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) from organs and fluid was performed and detected M. tuberculosis complex in a lung sample. This research reports the M. tuberculosis complex infection in Barbary sheep, a zoonosis of great relevance to public health and emphasizes the need to implement prevention measures. Furthermore, the research may provide a better understanding for species conservation, occurrence and transmission of diseases in captivity, reservoir potential and public health impact to zoo personnel and visitors.(AU)

A tuberculose é uma das doenças mundiais de notificação obrigatória mais importantes causada pelo complexo Mycobacterium tuberculosis que pode infectar pessoas e animais. A morte repentina de um carneiro da Barbária no Zoológico de Curitiba, que apresentou nódulos multifocais no pulmão à necropsia, levantou a suspeita de tuberculose. Foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa (qPCR) de fragmentos de órgãos e fluido. A qPCR detectou a presença do complexo M. tuberculosis nas amostras de pulmão. Este estudo relata a infecção pelo complexo M. tuberculosis no carneiro da Barbária, uma zoonose de grande relevância para a saúde pública, ressaltando-se a necessidade da implementação de medidas de prevenção. Além disso, pode prover um melhor entendimento sobre conservação de espécies, ocorrência e transmissão de doenças em cativeiro, potencial reservatório e impacto na saúde pública para visitantes e funcionários dos zoológicos.(AU)

Mycobacterium tuberculosis complex infection in Barbary sheep (Ammotragus lervia) at the Curitiba Zoo, southern Brazil: case report / Infecção pelo complexo Mycobacterium tuberculosis em carneiro da Barbária(Ammotragus lervia) no Zoológico de Curitiba, sul do Brasil: relato de caso

Tuberculosis is one of the most important mandatory notification diseases in the world caused by bacteria of the Mycobacterium tuberculosis complex, infecting both humans and animals. A sudden death of a Barbary sheep in Curitiba Zoo, and presence of multifocal nodules in lungs at necropsy raised suspicion of tuberculosis. Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) from organs and fluid was performed and detected M. tuberculosis complex in a lung sample. This research reports the M. tuberculosis complex infection in Barbary sheep, a zoonosis of great relevance to public health and emphasizes the need to implement prevention measures. Furthermore, the research may provide a better understanding for species conservation, occurrence and transmission of diseases in captivity, reservoir potential and public health impact to zoo personnel and visitors.(AU)

A tuberculose é uma das doenças mundiais de notificação obrigatória mais importantes causada pelo complexo Mycobacterium tuberculosis que pode infectar pessoas e animais. A morte repentina de um carneiro da Barbária no Zoológico de Curitiba, que apresentou nódulos multifocais no pulmão à necropsia, levantou a suspeita de tuberculose. Foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa (qPCR) de fragmentos de órgãos e fluido. A qPCR detectou a presença do complexo M. tuberculosis nas amostras de pulmão. Este estudo relata a infecção pelo complexo M. tuberculosis no carneiro da Barbária, uma zoonose de grande relevância para a saúde pública, ressaltando-se a necessidade da implementação de medidas de prevenção. Além disso, pode prover um melhor entendimento sobre conservação de espécies, ocorrência e transmissão de doenças em cativeiro, potencial reservatório e impacto na saúde pública para visitantes e funcionários dos zoológicos.(AU)

Use of PCR for detection of bovine tuberculosis bacillus in milk of positive skin test cows / Uso da PCR para detecção de bacilo da tuberculose bovina em leite de vacas positivas ao teste cutâneo

The causative agent of bovine tuberculosis (BTB) is Mycobacterium bovis, a bacterium belonging to the M. tuberculosiscomplex (MTC). The definitive diagnosis is achieved through isolation and identification of M. bovis from clinical samples, using a combination of traditional culture and biochemical methods, which is considered the “gold standard”. This procedure is cumbersome and time-consuming. We evaluated a PCR assay for the direct detection of MTC DNA in milk of positive skin test cows, using primers that were previously tested and proven reliable to target the IS6110element. Milk previously seeded with M. bovis was used as the starting material, for standardization of the technique. The procedure involved extracting the DNA by enzymatic lysis (proteinase K and lysozyme), phenol, chloroform, isoamyl alcohol, followed by ethanol precipitation and PCR. The PCR assay allowed us to detect BTB in artificially contaminated milk, with a detection limit of 100 CFU/mL, and was also able to detect the bacillus in 50% (75/150) of the milk samples tested. This procedure could be used to assist the in vivo diagnosis of BTB, complementing sorological or microbiological tests, becoming an alternative option for epidemiological studies of BTB transmission and preventing contaminated milk from entering the food supply.(AU)

O agente causador da tuberculose bovina (BTB) é o Mycobacterium bovis, uma bactéria pertencente ao complexo M. tuberculosis (CMT). O diagnóstico definitivo é realizado através do isolamento e identificação de M. bovis em amostras clínicas, utilizando uma combinação de cultura bacteriológica e métodos bioquímicos, que são considerados como “padrão de ouro”. Entretanto, esses procedimentos são trabalhosos e demorados. No presente estudo, foi avaliado um ensaio de PCR para a detecção direta de DNA de CMT em leite de vacas positivas ao teste cutâneo, utilizando primerspreviamente testados e comprovadamente confiáveis, para amplificação da região de interesse IS6110. Leite previamen- te contaminado com M. bovis foi utilizado como material de partida para a padronização da técnica. O procedimento envolveu a extração do DNA por lise enzimática (proteinase K e lisozima), fenol, clorofórmio, álcool isoamílico, segui- do de precipitação com etanol e PCR. O ensaio de PCR detectou BTB em leite artificialmente contaminado, com um limite de detecção de 100 UFC/mL, e também foi capaz de detectar o bacilo em 50% (75/150) das amostras de leite testadas. A técnica de PCR pode ser utilizada para auxiliar o diagnóstico in vivo da BTB, além de complementar os tes- tes sorológicos ou microbiológicos, tornando-se uma alternativa para estudos epidemiológicos da transmissão de BTB, prevenindo que o leite contaminado entre na cadeia de alimentos.(AU)

Sequenciamento, anotação e análise do genoma de Mycobacterium pinnipedii e genômica comparativa de espécies do Complexo Mycobacterium tuberculosis

O Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causa tuberculose em humanos e animais e é composto de 12 espécies bacterianas com diferentes tropismos por hospedeiros e perfis de virulência. O MTBC se originou na África, e evoluiu clonalmente por meio de mutações pontuais e deleções genéticas de até 12Kb. Apesar das variações fenotípicas, sequências homólogas de genomas do MTBC são 99,95% idênticas e transferências horizontais de genes são consideradas ausentes. Estudos compreensivos de genômica comparativa incluindo todas as espécies de MTBC a fim de identificar os determinantes genéticos dessas diferenças fenotípicas não estão disponíveis. Paralelamente, a recente descoberta de uma estirpe relacionada a Mycobacterium pinnipedii infectando múmias peruanas pré-colombianas, isto é, antes da introdução europeia da tuberculose nas Américas, levantou dúvidas quanto ao papel do M. pinnipedii na evolução do MTBC e sobre a co-evolução desses patógenos com populações humanas. Desta forma, esta dissertação tem como objetivos: (i) sequenciar e anotar os genomas completos de estirpes de M. pinnipedii isoladas de um leão marinho no Brasil e compará-los com outras estirpes da mesma espécie depositadas em bancos de dados públicos; (ii) produzir uma avaliação de genômica comparativa de todos as espécies descritas do MTBC a fim de identificar genes relacionados à virulência e à adaptabilidade ao hospedeiro. No primeiro estudo, foi realizado o sequenciamento dos genomas completos de dois isolados de M. pinnipedii obtidos da carcaça de um leão marinho (Otaria flavescens) encontrada no Rio Grande do Sul. Análises comparativas das mutações encontradas nesses genomas indica que esse animal estava infectado por duas estirpes diferentes desta bactéria. Este achado constitui o primeiro relato de infecção mista por M. pinipedii nesta espécie hospedeira e sugere que o patógeno é altamente endêmico na população de origem deste animal. Em contraste com estirpes de M. tuberculosis, a genômica comparativa entre estirpes modernas e antigas de M. pinnipedii depositadas em bancos de dados públicos indica proteomas altamente conservados e a ocorrência de um decaimento gênico através de deleções e pseudogenização, em um processo ativo de redução do genoma que vem ocorrendo há, pelo menos, 1.000 anos. Por fim, duas linhagens filogenéticas, modernas de M. pinnipedii foram detectadas globalmente, circunscritas por geografia e, consequentemente, por espécies hospedeiras. No segundo estudo, o objetivo foi investigar a presença e conservação de epítopos de células T e fatores de virulência no genoma core, acessório e espécie específico de 205 estirpes do MTBC. A estrutura do pan-genoma do MTBC mostra que a maioria das proteínas (832.234/866.916, 96,00%) está no genoma core, que é composto por proteínas importantes para a sobrevivência bacteriana. A análise da arquitetura do genoma acessório de MTBC com a distribuição dos epítopos mostrou, pela primeira vez, um mecanismo de variação antigênica de epítopos de células T baseado na perda de genes. Adicionalmente, foi possível observar variações significativas na quantidade de genes relacionados aos fatores de virulência, principalmente em estirpes de M. pinnipedii e M. africanum, sugerindo que a perda gênica relacionada à virulência possui importante papel nos fenótipos bacterianos. Em conclusão, os resultados apresentados contribuem para o entendimento da interação patógeno-hospedeiro de M. pinnipedii e outros membros do MTBC, sugerindo marcadores genéticos importantes dessa interação, e elucidando efeitos de pressões seletivas na determinação dos fenótipos de adaptabilidade hospedeira e virulência do grupo clonal MTBC.

The Mycobacterium tuberculosis Complex (MTBC) causes tuberculosis in humans and animals and is composed of 12 bacterial species with different host tropisms and virulence profiles. MTBC originated in Africa and evolved clonally through point mutations and genetic deletions of up to 12Kb. Despite phenotypic variations, homologous sequences of MTBC genomes are 99.95% identical and horizontal gene transfers are considered absent. Comprehensive comparative genomics studies including all MTBC species to identify the genetic determinants of these phenotypic differences are not available. At the same time, the recent discovery of a strain related to Mycobacterium pinnipedii infecting pre-Columbian Peruvian mummies, i.e. prior to the European introduction of tuberculosis in the Americas, raised doubts about the role of M. pinnipedii in the evolution of MTBC and the co-evolution of these pathogens with human populations. Thus, the aims of this study were to: (i) sequence and annotate the complete genomes of M. pinnipedii strains isolated from a sea lion in Brazil and compare them with other strains of the same species deposited in public databases; (ii) produce a comparative genomic evaluation of all described MTBC species to identify genes related to virulence and host adaptability. In the first study we sequenced the complete genomes of two M. pinnipedii isolates obtained from the carcass of a sea lion (Otaria flavescens) found in Rio Grande do Sul. Comparative analysis of mutations found in these genomes indicates that this animal was infected with two different strains of this bacterium. This finding is the first report of mixed M. pinipedii infection in this host species and suggests that the pathogen is highly endemic in the source population of this animal. In contrast to M. tuberculosis strains, the comparative genomics of ancient and modern M. pinnipedii strains deposited in public databases indicate highly conserved proteomes and the occurrence of gene decay through deletions and pseudogenization in an active process of genome reduction occurring for at least 1,000 years. Finally, two modern phylogenetic strains of M. pinnipedii were detected globally, circumscribed by geography and, consequently, by host species. In the second study, the aim was to investigate the presence and conservation of T cell epitopes and virulence factors in the core, accessory and strain-specific genomes of 205 MTBC strains. The MTBC pan-genome structure shows that most proteins (832,234/866,916, 96.00%) are in the core genome, which is composed of proteins important for bacterial survival. Analysis of the MTBC accessory genome architecture with epitope distribution showed, for the first time, a mechanism of antigenic T cell epitope variation based on gene loss. Additionally, it was possible to observe significant variations in the number of genes related to virulence factors, mainly in M. pinnipedii and Mycobacterium africanum strains, suggesting that virulence-related gene loss plays an important role in determining bacterial phenotypes. In conclusion, the results presented contribute to the understanding of the pathogen-host interaction of M. pinnipedii and other MTBC members, suggesting important genetic markers of this interaction, and elucidating the effects of selective pressures in the determination of host adaptability and virulence phenotypes of the clonal group MTBC.

Tuberculosis in goats and sheep slaughtered in the semiarid of the Paraíba state, Northeast region of Brazil / Tuberculose em caprinos e ovinos abatidos no semiárido da Paraíba, Brasil

The aim of this work was to isolate and characterize microorganisms in hypertrophied lymph nodes or gross lesions suggestive of tuberculosis collected from 12 goats and 28 sheep slaughtered at the public slaughterhouse of Patos municipality, Paraíba State, in the Northeast region of Brazil. The identification of mycobacteria was performed by the PRA method (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Histopathological examination of lesions was also performed. Organs affected were liver, lung, mammary gland, bladder and mediastinal, mesenteric, submandibular, parotid, popliteal, precrural, prescapular and superficial inguinal lymph nodes. Histopathological examination showed the presence of granulomas in 8 (20.00%) animals. Of the 12 goats, 1 (8.33%) was positive in the culture of mycobacteria, and by PRA method the isolate was classified as belonging to the M. tuberculosis complex. Two (7.14%) sheep were positive for the presence of environmental mycobacteria. There was isolation of Corynebacterium pseudotuberculosis in 8 (66.66%) goats and 17 (60.71%) sheep, and simultaneous isolation of mycobacteria and C. pseudotuberculosis in 1 (8.33%) goat and 1 (3.57%) sheep. The isolation of mycobacteria of the M. tuberculosis complex in goats in this study raises concerns of public health, as professionals involved in handling these animals and the meat and milk consumers are exposed to the risk [...]

O objetivo do presente trabalho foi isolar e tipificar micro-organismos presentes em linfonodos hipertrofiados ou lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose colhidos de 12 caprinos e 28 ovinos abatidos no matadouro público do município de Patos, Paraíba. A identificação de micobactérias foi feita com o método PRA (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Também foi realizado o exame histopatológico das lesões. Os órgãos afetados foram fígado, pulmão, glândula mamária, bexiga e linfonodos mediastínicos, mesentéricos, submandibulares, parotídeos, poplíteos, pré-crural, pré-escapular e inguinal superficial. O exame histopatológico apontou a presença de granulomas em 8 (20,00%) animais. Dos 12 caprinos, 1 (8,33%) foi positivo no cultivo de micobactérias, e pelo método PRA o isolado foi classificado como pertencente ao complexo M. tuberculosis. Dois (7,14%) ovinos foram positivos para a presença de micobactérias ambientais. Houve isolamento de Corynebacterium pseudotuberculosis em 8 (66,66%) caprinos e em 17 (60,71%) ovinos, e isolamento simultâneo de micobactérias e C. pseudotuberculosis em 1 (8,33%) caprino e 1 (3,57%) ovino. O isolamento de micobactéria do complexo M. tuberculosis em caprinos no presente trabalho levanta preocupações do ponto de vista de saúde pública, uma vez que profissionais envolvidos na manipulação destes animais, bem como a população consumidora de carne [...]

Tuberculosis in goats and sheep slaughtered in the semiarid of the Paraíba state, Northeast region of Brazil / Tuberculose em caprinos e ovinos abatidos no semiárido da Paraíba, Brasil

The aim of this work was to isolate and characterize microorganisms in hypertrophied lymph nodes or gross lesions suggestive of tuberculosis collected from 12 goats and 28 sheep slaughtered at the public slaughterhouse of Patos municipality, Paraíba State, in the Northeast region of Brazil. The identification of mycobacteria was performed by the PRA method (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Histopathological examination of lesions was also performed. Organs affected were liver, lung, mammary gland, bladder and mediastinal, mesenteric, submandibular, parotid, popliteal, precrural, prescapular and superficial inguinal lymph nodes. Histopathological examination showed the presence of granulomas in 8 (20.00%) animals. Of the 12 goats, 1 (8.33%) was positive in the culture of mycobacteria, and by PRA method the isolate was classified as belonging to the M. tuberculosis complex. Two (7.14%) sheep were positive for the presence of environmental mycobacteria. There was isolation of Corynebacterium pseudotuberculosis in 8 (66.66%) goats and 17 (60.71%) sheep, and simultaneous isolation of mycobacteria and C. pseudotuberculosis in 1 (8.33%) goat and 1 (3.57%) sheep. The isolation of mycobacteria of the M. tuberculosis complex in goats in this study raises concerns of public health, as professionals involved in handling these animals and the meat and milk consumers are exposed to the risk [...](AU)

O objetivo do presente trabalho foi isolar e tipificar micro-organismos presentes em linfonodos hipertrofiados ou lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose colhidos de 12 caprinos e 28 ovinos abatidos no matadouro público do município de Patos, Paraíba. A identificação de micobactérias foi feita com o método PRA (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Também foi realizado o exame histopatológico das lesões. Os órgãos afetados foram fígado, pulmão, glândula mamária, bexiga e linfonodos mediastínicos, mesentéricos, submandibulares, parotídeos, poplíteos, pré-crural, pré-escapular e inguinal superficial. O exame histopatológico apontou a presença de granulomas em 8 (20,00%) animais. Dos 12 caprinos, 1 (8,33%) foi positivo no cultivo de micobactérias, e pelo método PRA o isolado foi classificado como pertencente ao complexo M. tuberculosis. Dois (7,14%) ovinos foram positivos para a presença de micobactérias ambientais. Houve isolamento de Corynebacterium pseudotuberculosis em 8 (66,66%) caprinos e em 17 (60,71%) ovinos, e isolamento simultâneo de micobactérias e C. pseudotuberculosis em 1 (8,33%) caprino e 1 (3,57%) ovino. O isolamento de micobactéria do complexo M. tuberculosis em caprinos no presente trabalho levanta preocupações do ponto de vista de saúde pública, uma vez que profissionais envolvidos na manipulação destes animais, bem como a população consumidora de carne [...](AU)

Tuberculose em caprinos e ovinos abatidos no semiárido da Paraíba, Brasil

The aim of this work was to isolate and characterize microorganisms in hypertrophied lymph nodes or gross lesions suggestive of tuberculosis collected from 12 goats and 28 sheep slaughtered at the public slaughterhouse of Patos municipality, Paraíba State, in the Northeast region of Brazil. The identification of mycobacteria was performed by the PRA method (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Histopathological examination of lesions was also performed. Organs affected were liver, lung, mammary gland, bladder and mediastinal, mesenteric, submandibular, parotid, popliteal, precrural, prescapular and superficial inguinal lymph nodes. Histopathological examination showed the presence of granulomas in 8 (20.00%) animals. Of the 12 goats, 1 (8.33%) was positive in the culture of mycobacteria, and by PRA method the isolate was classified as belonging to the M. tuberculosis complex. Two (7.14%) sheep were positive for the presence of environmental mycobacteria. There was isolation of Corynebacterium pseudotuberculosis in 8 (66.66%) goats and 17 (60.71%) sheep, and simultaneous isolation of mycobacteria and C. pseudotuberculosis in 1 (8.33%) goat and 1 (3.57%) sheep. The isolation of mycobacteria of the M. tuberculosis complex in goats in this study raises concerns of public health, as professionals involved in handling these animals and the meat and milk consumers are exposed to the risk of infection.

O objetivo do presente trabalho foi isolar e tipificar micro-organismos presentes em linfonodos hipertrofiados ou lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose colhidos de 12 caprinos e 28 ovinos abatidos no matadouro público do município de Patos, Paraíba. A identificação de micobactérias foi feita com o método PRA (PCR-Restriction Enzyme Analysis). Também foi realizado o exame histopatológico das lesões. Os órgãos afetados foram fígado, pulmão, glândula mamária, bexiga e linfonodos mediastínicos, mesentéricos, submandibulares, parotídeos, poplíteos, pré-crural, pré-escapular e inguinal superficial. O exame histopatológico apontou a presença de granulomas em 8 (20,00%) animais. Dos 12 caprinos, 1 (8,33%) foi positivo no cultivo de micobactérias, e pelo método PRA o isolado foi classificado como pertencente ao complexo M. tuberculosis. Dois (7,14%) ovinos foram positivos para a presença de micobactérias ambientais. Houve isolamento de Corynebacterium pseudotuberculosis em 8 (66,66%) caprinos e em 17 (60,71%) ovinos, e isolamento simultâneo de micobactérias e C. pseudotuberculosis em 1 (8,33%) caprino e 1 (3,57%) ovino. O isolamento de micobactéria do complexo M. tuberculosis em caprinos no presente trabalho levanta preocupações do ponto de vista de saúde pública, uma vez que profissionais envolvidos na manipulação destes animais, bem como a população consumidora de carne e leite, estão expostos ao risco de infecção.

Mapeamento e distribuição dos isolados do complexo Mycobacterium tuberculosis provenientes de casos de tuberculose bovina em Moçambique

A tuberculose bovina (bTB) é um problema sanitário importante em Moçambique e ainda a espera de uma ação organizada por parte dos Serviços Veterinários Oficiais. O presente estudo teve por objetivo investigar e mapear os genótipos de Mycobacterium bovis circulantes no país e paralelamente maximizar a utilização de abatedouros como fonte de informação epidemiológica da bTB. Durante o período de outubro de 2016 a abril de 2017 foram colhidas um total de 90 amostras de lesões sugestivas de tuberculose bovina nos abatedouros Municipais de Maputo e Maxixe e dois abatedouros privados da província de Maputo. Essas amostras, juntamente com outras 10, disponibilizadas pelo Laboratório Central de Veterinária e 72 do banco de amostras de Faculdade de Veterinária de Moçambique foram processadas para isolamento, identificação e discriminação molecular (MIRU-VNTR e spoligotyping) de micobactérias. Nos abatedouros foram coletados dados para calcular as prevalências de carcaças com lesões sugestivas de tuberculose e foi estimada em 0,63% e 80% das carcaças condenadas por tuberculose apresentaram lesões compatíveis com generalização da infecção. Foram obtidos 104 isolados identificados como gênero Mycobacterium, dos quais 80 foram compatíveis com o MTBC e 10 MNT. Destes 80 MTBC, 70 foram identificados como M. bovis. O MIRU-VNTR discriminou os 70 isolados de M. bovis em 47 perfis, agrupados em 3 complexos clonais e cinco singletons. Dos 24 loci estudados, os que apresentaram maiores polimorfismos foram MIRU 960, 2996 e QUB-4052. Em relação ao spoligotyping, foram identificados cinco perfis, dos quais o mais prevalente foi o SB0961, seguido do SB0140, SB2306, SB2481 (novo) e SB1099. Dos 70 isolados submetidos a análises dos complexos clonais africano 1, africano 2, europeu 1 e europeu 2, foram detectados apenas 18,5% de europeu. O distrito de Machanga foi o que apresentou maior diversidade de isolados e o Govuro maior número de isolados de M. bovis. Quando comparados as técnicas, o MIRU-VNTR apresentou maior poder de discriminação em relação ao spoligotyping. O complexo clonal europeu 1 está relacionado com o SB0140 que por sua vez é característico de isolados do Reino Unido e de países que tiveram trocas comerciais de bovinos com o país, incluindo os circunvizinhos a Moçambique e de onde há registros da importação de animais para Moçambique. A não identificação precisa dos complexos clonais dos spoligotyping SB0961, SB2306, SB2481 relacionados, podem ser derivados do BCG, que é sugestivo de evolução clonal própria de Moçambique e os complexos clonais até hoje existentes não são suficientes para discriminar os isolados de Moçambique. Embora os dados de abatedouros sugeriram que a prevalência da tuberculose bovina em Moçambique está entre as mais baixas dos países africanos, a predominância de carcaças com lesões generalizadas significa alto risco de exposição de animais e humanos, sobretudo das populações rurais que têm estreito contato com esses animais. Esse risco é ampliado em função da alta prevalência de humanos que vivem com HIV/AIDS no país. Assim, recomenda-se que Moçambique estruture programa de controle da doença nos animais e métodos de diagnóstico que detectem a infecção por M. bovis na população humana.

Bovine tuberculosis (bTB) is a major sanitary problem in Mozambique and awaits organized action by the Official Veterinary Services. The aim of this work was to investigate and map the circulating Mycobacterium bovis genotypes in the country and to maximize the use of slaughterhouses as a source of epidemiological information for bTB. During the period from October 2016 to April 2017, a total of 90 samples with lesions suggestive of bovine tuberculosis were collected from Maputo and Maxixe Municipal abattoirs and two private abattoirs from the province of Maputo. These samples, together with 10 others provided by the Central Veterinary Laboratory and 72 from the Veterinary Faculty sample bank were processed for isolation, identification and molecular discrimination (MIRU-VNTR and spoligotyping) of mycobacteria. Samples collected in the slaughterhouses were analyzed by calculating the prevalence of carcasses with lesions suggestive of bTB, which was estimated at 0.63% and 80% of carcasses condemned for tuberculosis presented lesions compatible with generalized infection. A total of 104 isolates were identified as M. bovis as Mycobacterium genus were obtained, of which 80 were compatible with MTBC and 10 MNT. Of these 80 MTBC, 70 were identified as M. bovis. The MIRU-VNTR discriminated the 70 isolates of M. bovis in 47 profiles, grouped in 3 clonal complexes and 5 singletons. Of the 24 loci studied, the ones with the highest polymorphisms were MIRU 960, 2996 and QUB-4052. In relation to spoligotyping, five profiles were identified; SB0961 was the most prevalent, being SB0961, followed by SB0140, SB2306, SB2481 (new) and SB1099. Of the 70 isolates submitted to analyzes of the clonal complexes African 1, African 2, European 1 and European 2, only 18.5% of European complex were detected. Machanga district presented the greatest diversity of isolates, while Govuro district had largest number of isolates of M. bovis. The MIRU-VNTR presented greater power of discrimination in relation to spoligotyping. The European clonal complex 1 was related to SB0140 which in turn is characteristic of isolates from the United Kingdom and from countries that have had commercial trade in cattle with UK including those surrounding Mozambique and where there are records of imports of animals for Mozambique. The precise identification of the clonal complexes of the SB0961, SB2306 and SB2481 related spoligotypings subject to the BCG derivatives, is suggestive of the clonal evolution of Mozambique and that the clonal complexes to date are not sufficient to discriminate against the isolates from Mozambique. Although data from slaughterhouses suggested that the prevalence of bovine tuberculosis in Mozambique is among the lowest in African countries, the predominance of carcasses with generalized lesions means a high risk of animal and human exposure, especially of rural populations that have close contact with these animals. This risk is amplified due to the high prevalence of people that living with HIV/AIDS in the country. Thus, it is recommended that Mozambique structure a disease control program in animals and diagnostic methods that detect M. bovis infection in the human population.

Sequenciamento, anotação e análise do genoma completo de Mycobacterium bovis cepa SP38

A tuberculose é uma doença infectocontagiosa causada por bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) que afeta humanos e/ou animais. Membros desse complexo evoluíram clonalmente e possuem grande similaridade genômica, diferenciando-se por polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e regiões de diferença (RDs). Dentre os patógenos da tuberculose em animais, Mycobacterium bovis, causador da tuberculose bovina, é o membro do MTBC de maior importância global. Desta maneira, o presente estudo tem por objetivo o sequenciamento, a anotação e a análise da estirpe brasileira SP38 de M. bovis, seguido da genômica comparativa desse com outros genomas de M. bovis depositados no GenBank. Mycobacterium bovis SP38 apresenta um genoma tradicional de micobactéria tuberculosa, sendo esse único, circular com 4.347.646 pb, alto conteúdo de GC (65,6%) e 4.216 genes, incluindo 154 pseudogenes, 3 genes de rRNA (RNA ribossomal), 45 de tRNA (RNA transportador), 2 de ncRNA (RNA não codificante), 1 tmRNA (RNA transferência-mensageiro) e 4.011 sequências de DNA codificante (CDSs) (NZ_CP015773.1). Dentre as CDSs, a maioria (2.805 - 69,93%) foi anotado com função e 1.206 (30,07%) como hipotéticos. Para a genômica comparativa, os 31 genomas completos ou em drafts de M. bovis depositados no GenBank, 32 genomas de Mycobacterium bovis BCG e 23 genomas de Mycobacterium tuberculosis foram selecionados. Análises in silico dos padrões de RD resultaram na exclusão de três genomas anotados equivocadamente como M. bovis virulentos. A análise de genes ortólogos sugere que M. bovis está sob processo de decay genômico. A quantificação de sítios polimórficos indica uma maior variabilidade genética em números totais (8.335 em M. tuberculosis, 3.448 em M. bovis virulentos, e 1.088 em M. bovis BCGs) e comparações par-a-par (p 0,05) de M. tuberculosis em relação a M. bovis virulentos e BCGs, indicando uma maior pressão evolutiva sob M. tuberculosis, contrastando com o fato de que M. bovis é capaz de infectar um maior número de espécies hospedeiras que M. tuberculosis. A maioria desses sítios polimórficos estão localizados em CDSs hipotéticos (31,7% - 51,3%), sendo associados a família gênica PE/PPE, e apresentam uma proporção de mutações não sinônimas crescentes pela ordem M. bovis BCG, M. bovis virulentos e M. tuberculosis (48,90%, 51,92% e 59,52%, respectivamente). Essa menor proporção de mutações não sinônimas e a categorização funcional dissimilar entre CDSs contendo sítios polimórficos, indica que M. bovis BCG está sujeito a diferentes pressões seletivas quando comparado a M. bovis virulentos e M. tuberculosis. Por fim, a análise filogenética baseada em sítios polimórficos indica agrupamentos filogenéticos de M. bovis suportados pela classificação dos Complexos Clonais (CCs) e não por hospedeiros de origem dos isolados, confirmando que sítios polimórficos podem ser utilizados para classificação filogenética de linhagens genéticas desta espécie bacteriana. Além do mais, 2/28 (7,14%) genomas de M. bovis não puderam ser classificados nos CCs atualmente descritos, sugerindo a existência de complexos ainda não determinados. Este estudo representa o primeiro genoma de uma estirpe nacional de M. bovis a ser completamente sequenciado e a primeira análise de genômica comparativa de genomas desta espécie bacteriana.

Tuberculosis is an infectious disease caused by bacteria of the Mycobacteirum tuberculosis Complex (MTBC) that affects human beings and/or animals. Members of this complex clonally evolved and have high genomic similarity, differentiated by single nucleotide polymorphisms (SNPs) and regions of difference (RDs). Among the animal tuberculosis pathogens, Mycobacterium bovis, the causative agent of bovine tuberculosis, is the MTBC member of greatest global importance. Therefore, the aim of the present study is to sequence, assemble and annotate the genome of the Brazilian strain SP38 of M. bovis, followed by the comparative genomics with other M. bovis genomes available in GenBank. Mycobacterium bovis SP38 has a traditional mycobacteria genome. It has a single and circular chromosome with 4,347,646 bp, high GC content (65.6%), and 4,216 genes, including 154 pseudogenes, 3 rRNA genes (ribosomal RNA), 45 tRNA (transfer RNA), 2 ncRNA (non-coding RNA), 1 tmRNA (transfer-messenger RNA), and 4,011 coding DNA sequences (CDSs) (NZ_CP015773.1). The majority of CDSs (2,805 - 69,93%) was annotated with function and 1,206 (30,07%) are hypothetical. For the comparative genomics analyses, the 31 genomes (complete and drafts) of M. bovis available in GenBank, 32 Mycobacterium bovis BCG and, 23 of Mycobacterium tuberculosis were chosen. In silico analysis of the RDs patterns resulted in the exclusion of three genomes, mistakenly annotated as virulent M. bovis. Orthologous gene analysis suggests that strains of M. bovis are under genomic decay. The quantification of polymorphic sites indicates the greater variability in absolute numbers (8,335 in M. tuberculosis, 3,448 in virulent M. bovis, and 1,088 in M. bovis BCG) and in pairwise comparisons (p0,05) of M. tuberculosis compared to virulent M. bovis and M. bovis BCG, suggesting that M. tuberculosis is under high evolutionary pressure. This is in contrast to the fact that M. bovis is capable of infecting a higher number of host species than M. tuberculosis. Most of these polymorphic sites are located in hypothetical CDSs (31.7% - 52.3%), being associated with PE/PPE family, and demonstrating a nonsynonymous mutations proportion of the following increasing order: M. bovis BCG, virulent M. bovis and M. tuberculosis (48.90%, 51.92% and 59.52%, respectively). This lower proportion of nonsynonymous mutations and the dissimilar functional categorization of CDSs with polymorphic sites indicates that M. bovis BCG is subjected to different selective pressure when compared to virulent M. bovis and M. tuberculosis. Finally, the phylogenetic analysis based on polymorphic sites indicates that the phylogenetic grouping of M. bovis is supported by Clonal Complexes (CCs), and not by the host of M. bovis isolates, confirming that polymorphic sites can be used for phylogenetic classification of genetic lineages of this bacterial species. Furthermore, 2/28 (7.14%) genomes of M. bovis could not be classified in the currently described CCs, suggesting the existence of complexes yet to be determined. This study represents the first genome of a Brazilian strain of M. bovis to be completely sequenced and the first comparative genomic analysis of the genomes of this bacterial species.