A raça Gir Mocha na região Nordeste do Brasil: estrutura genética populacional via análise de pedigree / The Polled Gir Polled in Northeastern Brazil: population genetic structure via analysis of pedigree

Foram utilizados dados de pedigree de 2.558 bovinos da raça Gir Mocha nascidos no período de 1954 a 2005. As análises foram realizadas utilizando-se o programa Endog. Do total de animais estudados, 61,9%; 10,6% e 0,1% possuíam pedigree na primeira, segunda e terceira gerações, respectivamente.O número efetivo de rebanhos que forneceram machos reprodutores foi de 10,25 para pais e 3,87 para avôs, confirmando a baixa integralidade do pedigree. O número de animais fundadores foi de 975,5, e o número efetivo de fundadores de 141,34. O número de ancestrais na população referência foi de 924 animas, dos quais apenas 39 explicaram 50% da variabilidade genética da população.O coeficiente médio de relação foi estimado em 0,75%, sendo o maior coeficiente individual de 25%. O coeficiente de endogamia foi igual a zero de 1954 a 1984. Vale salientar que, neste período, estão incluídos os animais sem ascendência conhecida. A endogamia e o coeficiente médio de relação da população foram baixos, contudo podem estar subestimados em razão da pequena integralidade do pedigree.(AU)

In this study we used data from the 2558 pedigree cattle polled Gir born from 1954 to 2005. Analyses were performed using the Endog program. Of all animals studied, 61.86%, 10.56% and 0.10% had a pedigree in the first, second and third generation, respectively. The effective number of herds that provide breeding males was 10.25 for parents and 3.87 for grandparents, corroborating the low completeness of the pedigree. The number of founder animals was 975.5 and the effective number of founders were 141.34. The number of ancestors in the reference population was 924 animals from which only 39 accounted for 50% of the genetic variability of the population. The average relationship coefficient was estimated at 0.75%, the largest individual coefficient was 25%. The inbreeding coefficient was zero from 1954 to 1894. It is noteworthy that during this period included the population was low, but may be underestimated because of the small pedigree integrity.(AU)

ESTRUTURA POPULACIONAL E DIVERSIDADE GENÉTICA DA RAÇA ÁRABE NO BRASIL

Reconhecida como uma das raças equinas mais antigas e influentes, o cavalo Árabe tem sua origem indefinida e supostamente heterogênea, a partir dos resultados de estudos de DNA-mitocondrial, que apontaram importante diversidade genética. Considerando o contexto dos desafios ecológicos a que as espécies são submetidas, tais como competição, predação, patologias e outros, a diversidade genética é fundamental na sua adaptação e evolução. Sua avaliação dentro da população é necessária durante a implementação do programa de seleção para estabelecer uma gestão apropriada do estoque genético, sendo determinada pelo tamanho da população base, mas também pelas estratégias de acasalamento. A análise genética de uma população pode ser levada a termo utilizando-se informação genealógica ou molecular. No caso do presente estudo, seu objetivo foi avaliar a diversidade genética do cavalo Árabe no Brasil, através das informações genealógicas contidas do Stud Book Brasileiro do Cavalo Árabe. Foram utilizados os dados de 54506 animais, cuja consistência de seus pedigrees foi avaliada pelo programa Breed Mate Pedigree Software® e os parâmetros populacionais determinados pela análise com o programa Poprep. A idade média dos machos e fêmeas em reprodução foi, respectivamente, 9,8 e 9,0 anos. A rotatividade de éguas em reprodução pode ser considerada alta (59,02%) e o intervalo médio de gerações ao longo do tempo considerado foi de 9,1 anos. Para a análise da endogamia foram definidas 11 classes com intervalos de 5%, onde 4,32% da população correspondeu a níveis acima dos 10%. A média F de endogamia encontrada para a população foi de 1,98%, considerando-se os dados de ancestrais desde 1808, e 2,90%, considerando-se os dados a partir de 1964, quando da criação do Stud Book Brasileiro do cavalo Árabe. Estes resultados são inferiores a alguns encontrados para populações de cavalos Árabes na Europa, observando-se ampla diversidade genética populacional, podendo estar relacionados ao considerável tamanho da população, ao fluxo gênico de um grande número de importações de animais e à ausência de gargalos genéticos importantes. Todavia, a elevada proporção de animais endogâmicos na população e o aumento das médias de endogamia nas últimas duas décadas, sugerem ajustes de seleção, no sentido de prevenir perdas de diversidade genética no futuro.

Recognized as one of the oldest and most influential horse breeds, the Arabian horse has an undefined and, supposedly heterogeneous origin, from the study results of mitochondrial-DNA, which indicate that significant genetic diversity. Considering the context of the ecological challenges that species are submitted, such as competition, predation, disease and others, genetic diversity is crucial in adaptation and evolution. Evaluation within the population is necessary for the implementation of the screening program to establish a proper management of the genetic stock, being determined by the size of the base population, but also for mating strategies. Genetic analysis of a population may be brought to completion by using family or molecular information. In the present study, its purpose was to evaluate the Arabian horse genetic diversity in Brazil, through the genealogical information in the Stud Book Brazilian Arabian Horse. The data of 54,506 animals were used, whose consistency was assessed by their pedigrees Breed Mate Pedigree Software® program and population parameters determined by analysis with Poprep program. The average age of males and females in reproduction was respectively 9.8 and 9.0 years. The turnover of mares in breeding can be considered high (59.02%) and the average generation interval over time considered was 9.1 years. For the analysis of inbreeding 11 classes were defined with 5% intervals where 4.32% of the population corresponded to levels above 10%. The average F of inbreeding found for the population was 1.98%, considering the data ancestors since 1808, and 2.90%, considering the data from 1964, when the creation of the Brazilian Stud Book of Arabian horse. These results are lower than those found in populations of Arabian horses in Europe, observing large population genetic diversity and may be related to the large size of the population, the gene flow of a large number of animal imports and the absence of important genetic bottlenecks. However, the high proportion of inbred animals in the population and the increase in mean inbreeding in the past two decades, suggest selection of adjustments, in order to prevent loss of genetic diversity in the future.

Incidência do primeiro molar em cavalos Crioulos e sua correlação com a genética

A valorização de animais com alto desempenho funcional e alto valor zootécnico, fez com que a criação desses animais fosse conduzida em alta escala, concentrando muitas vezes uma mesma linhagem, a fim de acelerar o melhoramento e valorizar seus produtos. Com isso, a consanguinidade é uma realidade dentro das criações. Além disso, deu-se a modificação dos hábitos alimentares naturais do cavalo, alterando substancialmente o padrão de mastigação. Com isso, as mais variadas alterações odontológicas passaram a ter influência no desenvolvimento e performance. A odontologia equina não está incluída nos critérios de seleção de animais para a reprodução, principalmente devido a ausência de estudos correlacionando anormalidades odontológicas com a genealogia e desempenho. Entretanto, isto é muito importante, pois orientará o criador para evitar efeitos indesejáveis da endogamia. Entre as anormalidades odontológicas o dente de lobo ou pré-molar 1 (PM1) é a mais frequente. Com base nisto, este estudo teve o objetivo de avaliar a incidência do PM1 e identificar os fatores que contribuem para sua variação em uma amostra de 443 equinos, machos e fêmeas da raça Crioula examinados clinicamente, entre os anos de 2013 e 2014. Um total de 223 (50,34%) de animais apresentaram o primeiro pré-molar. Avaliações usando qui-duadrado (2) não identificaram nenhuma associação significativa (P=0,4648) entre sexo e a presença do primeiro pré-molar. As percentagens de ocorrência de acordo com a posição 105, 205 e ambas (105-205) foram respectivamente, 6,32%, 7,00% e 37,02%. Houve uma associação significativa (P < 0,0001) entre a idade do animal (grupos de I, II e III) e a presença de dente de lobo. A maior frequência de dente de lobo foi observada em animais do grupo I (idade de 1 a 3 anos) e a menor em animais do grupo III (acima de 10 anos). Houve uma associação também significativa entre linhagens (brasileira, uruguaia e chilena) e a presença de dente de lobo. A maior incidência de dente de lobo ocorreu na linhagem uruguaia (66,67%) e a menor na linhagem brasileira (46,35%). A consanguinidade avaliada na população analisada variou entre 0,0 e 0,2812. A consanguinidade média (erro padrão) em machos foi de 0,015 (0,026) e em fêmeas 0,009 (0,021). As consanguinidades entre 9 animais sem e com dente de lobo foram: 0,011 (0,025) e 0,015 (0,024) respectivamente. As consanguinidade média e erros padrão de acordo com os grupos de idade (I, II e III) foram: 0,016 (0,021), 0,014 (0,027) e 0,007 (0,019) respectivamente. As médias de consanguinidade e desvio padrão de acordo com as linhagens (brasileira, chilena e uruguaia) foram: 0,009 (0,019), 0,011 (0,012) e 0,023 (0,032) respectivamente.Dos 443 animais coletados foram escolhidos 50 para análise do gene MSX1, sendo 25 com presença de dente de lobo e 25 sem esta alteração. Estas 50 amostras foram submetidas a análise de SSCP e sequenciamento para verificação de polimorfismo no primeiro exon do gene MSX1. Embora nenhuma relação de causa tenha sido estabelecida entre o exon I do gene MSX1 e a presença de dente de lobo, esta é a primeira tentativa de relacionar este tipo de alteração dentária e gene homeobox em equinos. Podemos concluir neste estudo que há uma forte relação entre dente de lobo com idade e linhagem, mas não há influência do sexo sobre esta alteração dentária. Uma grande influência genética também existe, pois há uma expressão mais forte (ocorrência) desta anomalia na arcada dentária superior. De forma especulativa podemos dizer que estas associações observadas neste trabalho sejam em parte devido aos níveis de consanguinidades apresentados pelos animais avaliados.

The placement values in high functional performance animals and high value livestock, made the breeding of these individuals wascarried out in high scale, focusing often the same lineages in order to accelerate the improvement and enhance their products. So, inbreeding is a reality within the creations. In addition, there was the modification of natural horse eating habits, substantially altering the pattern of chewing. With this, the most varied dental disorders started to have an influence in the performance. Equine dentistry is not included in the selection criteria of animals for reproduction, mainly due to lack of studies correlating dental abnormalities with genealogy and athletic performance. However, this is very important, as it will guide the breeder to avoid undesirable effects of inbreeding. Among the dental abnormalities wolf tooth or premolar 1 (PM1) is the most frequent. On this basis, this study aimed to assess the impact of PM1 and identify the factors contributing to the variation in a sample of 443 horses, male and female of the Criollo breed examined clinically, between the years 2013 and 2014. Two hundred and twenty three out of 443 animals, (approximately 50.34%), showed the first premolar. Assessments using chi-square (2) did not identify any significant association (P = 0.4648) between sex and the presence of the first premolar. The percentages of occurrence in accordance with the position 105, 205 and both (105-205) were, respectively 6.32%, 7.00% and 37.02%. There was a significant association (P <0.0001) between the age of the animal (groups 1-3) and the presence of wolf tooth. The highest frequency of wolf tooth wasobserved in animals from group I (age 1-3 years) and the lowest in animals of group III (above 10 years). There was also a significant association (P=0.0004) between lineages (Brazilian, Uruguayan and Chilean) and the presence of wolf tooth. The highest incidence of wolf tooth occurred in the Uruguayan lineage (66.67%) and the lowest in the Brazilian strain (46.35%). Inbreeding evaluated in the study population ranged from 0.0 to 0.2812. The average inbreeding (standard error) in males was 0.015 (0.026) and females 0.009 (0.021). The inbreeding among animals with and without wolf tooth were 0.011 (0.025) and 0.015 (0.024) respectively. The mean and standard errors from inbreeding 11 coefficientin accordance with age groups (I, II and III) were 0.016 (0.021) 0.014 (0.027) and 0.007 (0.019), respectively. The mean and standard deviation of consanguinity according to the lineages (Brazilian, Chilean and Uruguayan) were 0.009 (0.019) 0.011 (0.012) and 0.023 (0.032), respectively. Fifty out of 443 animals were selected for genetic analysis, 25 with the presence of wolf tooth and 25 without this change. Genomic DNA was extracted from whole blood and checked on 1% agarose gel. These 50 samples were subjected to SSCP analysis and sequencing to check polymorphism in the first exon of the gene MSX1. Although no causal relationship has been established between exon I of MSX1 gene and the presence of wolf tooth, this is the first attempt to relate this kind of change and homeobox gene in horses. We can conclude from this study that there is a strong relationship between wolf tooth with age and lineage, but there is no influence of gender on this dental anomaly. A large genetic influence also exists because there is a stronger expression (occurrence) of this anomaly in the upper dental arch. Speculatively,we can say that these associations observed in this study are partly due to inbrreding levels presented by the evaluated animals.

Um enfoque multigênico para a genealogia comparada de Betacoronavirus em bovinos e equinos / A multigene approach for a compared genealogy of Betacoronavirus from cattle and horses

Gastroenterites são uma das causas mais comuns e importantes de morbidade e mortalidade entre animais neonatos e juvenis, em muitos casos, ocasionadas por uma infecção intestinal múltipla, sendo os principais agentes virais entéricos em bovinos o rotavírus e o coronavírus bovino (BCoV). O BCoV tem distribuição mundial e causa gastroenterites em bezerros, disenteria de inverno em bovinos adultos e processos patológicos respiratórios, enquanto que nos equinos os coronavírus causam enterocolite neonatal em potros. Considerando-se que o coronavírus bovino é mais estudado do que os coronavírus equinos, havendo possibilidade de transmissão interespécies, o presente trabalho teve por objetivo a comparação multigênica do coronavírus em bovinos adultos com disenteria de inverno e bezerros com diarréia neonatal e em equinos do Brasil, com base em sequências parciais dos genes codificadores das proteínas hemagluninina-esterase (HE), espícula (S) e nucleoproteína (N). Foram utilizadas amostras fecais de 11 vacas leiteiras de um surto de disenteria de inverno e de 27 equinos testadas quanto a presença de Betacoronavirus com uma RT-PCR dirigida ao gene RdRp; em seguida, as amostras positivas foram submetidas as reações parciais de PCR para os genes N, HE e S, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Além destas amostras, foram utilizadas 15 amostras fecais de bezerros, já estudadas parcialmente quanto ao gene S, submetidas as reações de RT-PCR para N e HE, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Sequências representativas da população em estudo foram obtidas para todos os genes. Pode-se concluir que a genealogia de amostras entéricas de BCoV detectadas em bovinos jovens e adultos é diretamente associada a padrões geográficos quando se consideram os genes S e HE, sendo a genealogia de menor resolução para os genes HE e nucleoproteína N, para a qual há uma tendência a segregação por faixa etária do hospedeiro e que equinos podem apresentar Betacoronavirus indistinguíveis daqueles encontrados em bovinos

Gastroenteritis is one of the leading causes of morbidity and mortality amongst young and newborn animals, often caused by multiple intestinal infections, being rotavirus and Bovine coronavirus (BCoV) the main viral causes in cattle. BCoV has a worldwide distribution and caused diarrhea in calves, winter dysentery in adult cattle and respiratory disease, while in horses coronaviruses lead to neonatal enterocolitis in foals. Taking into account that BCoV is more largely studied than equine coronaviruses and the possibility of interspecies transmission of these viruses, this research aimed to assess a multigenic comparison of coronaviruses from adult cattle with winter dysentery and calves with neonatal diarrhea as well as from equines, all from Brazil, based on partial sequences of the hemagglutinin-esterase (HE), spike (S) and nucleoprotein (N) genes. To this end, 11 samples from dairy cows with winter dysentery and 27 from horses were tested for Betacoronavirus using an RT-PCR targeted to the RdRp gene and the positive samples were next submitted to RT-PCRs to the partial amplification and sequencing of N, HE and S genes for genealogic analysis. Besides, 15 calves samples previously studied for the same S gene region were also submitted to the N and HE genes RT-PCRs and sequencing for genealogic analysis. Sequences representative of the population under study were obtained for all genes. It could be concluded that enteric BCoV genealogy from newborn and adult cattle is directly associated to geographic patterns when S and HE genes are taken into account, with a less-resolved genealogy for the HE and N genes, with a trend for an age-related segregation pattern for the last and also that horses might present Betacoronavirus undistinguishable from those found in cattle, a fact previously unknown

Vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV): distribuição, diversidade molecular e genealogia a partir de amostras de múltiplos órgãos de diversos tipos de criação do plantel avícola brasileiro / Avian infectious bronchitis virus (IBV): distribution, molecular diversity and genealogy of multiple organs strains of different types of birds from Brazilian poultry

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV

Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB

Sobre a ocorrência e a genealogia de amostras brasileiras de Coronavirus canino (CCoV) e o papel de cães como reservatórios para Rotavirus / On the occurrence and genealogy of Brazilian strains of Canine coronavirus (CCoV) and the role of dogs as reservoirs for rotavirus

Gastrenterites virais em cães são doenças transmissíveis infecciosas com importância para a saúde animal, como as causadas por Parvovírus canino e Coronavírus canino (CCoV) e saúde pública, como no caso dos rotavírus. Rotavírus em cães são encontrados com baixa freqüência, tanto em cães com diarréia quanto sadios, mas sua importância como reservatório para a rotavirose humana já é conhecido. O CCoV, pertencente ao grupo 1 do gênero Coronavirus, ocorre sob a forma dos genótipos I e II, amplamente distribuídos mundialmente e implicados em diarréia moderada, mas podendo levar a elevada letalidade no caso de patótipos altamente patogênicos. No Brasil, a ocorrência de rotavírus do sorogrupo A em cães é um fato conhecido, mas, no caso do CCoV, existe, até o momento, apenas uma investigação relatando sua ocorrência, sem dados de diversidade molecular. A presente investigação teve por objetivos avaliar o papel de cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, como reservatórios de rotavírus, estudar a freqüência de ocorrência de Coronavírus canino (CCoV) em amostras fecais destes animais e estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV encontradas. Para tato foram colhidas 100 amostras fecais de cães não vacinados, entre 1 e 180 dias de idade entre 2007 e 2008, sendo 50 com diarréia e 50 sem diarréia no momento da colheita, nos Municípios de São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra e uma aldeia indígena em Parelheiros. Às amostras foi aplicada a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) para a detecção de rotavírus e uma RT-PCR dirigida ao gene da proteína de membrana M do CCoV (nucleotídeos 337 a 746) para a detecção deste vírus, sendo os fragmentos detectados submetidos a seqüenciamento de DNA. As seqüencias obtidas, traduzidas em aminoácidos, foram utilizadas para a construção de uma árvore genealógica enraizada de distância com o algoritmo Neighbor-Joning e modelo de Poisson com 100 repetições de bootstrap. Nenhuma das amostras resultou positiva para rotavirus, enquanto que 47 foram positivas para CCoV, com freqüência significativamente superior nos animais com diarréia. Vinte e dois dos 47 fragmentos de DNA obtidos resultaram em seqüências viáveis de DNA, sendo 12 classificadas como CCoV Tipo I e 10 como Tipo II, tendo sido encontrada uma sublinhagem exclusivamente brasileira para o Tipo II. Em relação à amostra vacinal de CCoV submetida ao seqüenciamento de DNA, a maior identidade ocorreu com o grupo Tipo II sublinhagem 01, com um valor de 100%, seguido de 97,2% para o Tipo II sublinhagem 02 (a linhagem brasileira) e 93,2% para o Tipo I. Sugere-se que a diversidade de CCoV encontrada seja derivada da elevada freqüência de ocorrência deste vírus, o que pode aumentar a probabilidade de divergências e de possíveis falhas vacinais por diferenças entre a amostra vacinal (Tipo II) e as amostras de campo (Tipos I e II), e, dessa forma, a vacina não diminuiria a transmissão e novas linhagens de CCoV emergiriam. Conclui-se que cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, não tiveram papel como reservatório para rotavírus, considerando-se a região geográfica e o período de colheita de amostras. O CCoV ocorreu com uma freqüência de 47% na população canina estudada, com freqüência estatisticamente significativamente superior naqueles com diarréia do que naqueles sem diarréia. Finalmente, amostras brasileiras de CCoV, com base em seqüenciamento parcial do gene codificador da proteína de membrana M, ocorrem tanto como tipo I quanto II, sendo que, para o tipo II, há uma lihangem tipicamente brasileira

Viral canine gastroenteritis is infectious transmissible diseases with importance for animal health, as those caused by Canine parvovirus and Canine coronavirus (CCoV) and public health, as in the case of rotavirus. Canine rotavirus occurs at low frequencies, both in diarrheic and health dogs, but the importance of dog as reservoirs for human rotaviruses is known. CCoV belongs to group 1 of the genus Coronavirus and occurs as genotypes I and II, worldwide distributed and implicated in mild diarrhea, but high pathogenic types might lead to high lethality. In Brazil, the occurrence of serogroup A rotavirus in dogs is already known but, in the case of CCoV, theres a single report on the occurrence of this virus, with no data on its molecular diversity. The aims of the present investigation were to evaluate the roles of diarrheic and health young dogs as reservoirs of rotavirus, to study the occurrence of CCoV in these animals and to assess the molecular diversity of the strains found. One hundred fecal samples were collected from unvaccinated dogs between 2007 and 2008 (50 with diarrhea and 50 health dogs) in the Municipalities of São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra and in an indian community in Parelheiros. The samples were submitted to polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) for rotavirus detection and to an RT-PCR targeted to the membrane M protein gene (nucleotides 337 to 746) of CCoV for the detection of this virus; amplicons were then submitted to DNA sequencing and the putative amino acids sequences were used to build a rooted distance genealogic tree with the Neighbor-Joinng algorithm and he Poisson correction with 1,000 bootstrap replicates. No sample was positive to rotavirus, while 47 out of the 100 samples were positive for CCoV, with a statistically significative higher frequency for the dogs with diarrhea. Twenty-two out of the 47 ampicons resulted in viable sequences, being 12 classified as CCoV Type II and 10 as Type I; besides, and exclusively Brazilian sub lineage was found for Type II. Regarding the vaccine strain, the highest identity was found to Type II sub linage 02 (10%), followed by 97.2% for Type II sub linage II (the Brazilian sub linage) and 93.2% for Type I. Its suggested that the high diversity for CCoV detected is a consequence of the high frequency of occurrence of this virus, what might increase the probability of the emergence of divergence and possible vaccine failures due to differences amongst the vaccine strain (Type II) and field strains (Types I and II) and thus vaccination would not decrease the transmission and new lineages would emerge. It can be concluded that both health and diarrheic young dogs have played no role as reservoirs for rotavirus taking into account the geographic area and the time of samples collection. CCoV ocurred at a frequecy of 47%, with a higher frequency in the diarreic animals. Finally, Brazilian strains of CCoV, based on partial M gene sequences, occur as both type I and II, while, for Type II, a typical Brazilian lineage was described

Vírus da raiva em morcegos insetívoros: implicações em epidemiologia molecular da diversidade dos genes codificadores da nucleoproteína e glicoproteína / Rabies virus in insectivorous bats: implications in molecular epidemiology of the diversity of genes encoding nucleoprotein and glycoprotein

Com o controle da raiva nos cães do Estado de São Paulo nos últimos 20 anos, a raiva em animais silvestres, sobretudo nos quirópteros, assume crescente importância, visto que, atualmente, estes são os principais reservatórios para a raiva neste Estado. Apesar dos morcegos manterem ciclos epidemiológicos da raiva há centenas de anos, somente a partir da década de 50 a raiva em morcegos insetívoros foi reconhecida como um problema de saúde publica. Desde então foram feitos muitos avanços na compreensão da raiva nestes animais. Atualmente, o vírus da raiva (RABV) já foi detectado em 37 espécies de morcegos brasileiros, tendo sido determinadas quatro linhagens genéticas específicas associadas a quatros gênero/espécies destes morcegos, três destas exclusivas de morcegos insetívoros. Entretanto, apesar da importância da raiva em morcegos insetívoros, estudos voltados a um conhecimento mais amplo das implicações da diversidade de amostras de RABV detectadas nos mesmos aplicados à Epidemiologia Molecular são escassos. Assim, a presente investigação teve por objetivos estabelecer genealogias para amostras de RABV isoladas de diversas espécies de morcegos insetívoros do Estado de São Paulo a partir de seqüências parciais dos genes N (40 amostras) e G (45 amostras), avaliar a existência de linhagens gênero-específicas do RABV e determinar os marcadores moleculares para sua diferenciação. Foram encontradas linhagens específicas de RABV para os gêneros Myotis, Epitesicus e Nyctinomops e três prováveis linhagens circulantes nos gêneros Tadarida, Histiotus e Lasiurus. Além disso, esta pesquisa revelou marcadores moleculares de aminoácidos específicos para os gêneros Myotis, Eptesicus e Nyctinomops, contribuindo para um melhor entendimento da epidemiologia molecular da Raiva e da relação entre o RABV e gêneros diversos de quirópteros

As a result of the control of canine rabies in São Paulo State in the last 20 years, rabies in wild animals, mainly in bats, has assumed an increasing importance as the last are currently the most important rabies reservoirs in this State. Despite the fact that bats have maintained epidemiological cycles of rabies for centuries, only in the 50s rabies in insectivorous bats was recognized as a threat for Public Health and several advances have been achieved since then for the comprehension of rabies in these animals. Rabies virus (RABV) has already been detected in 37 species of Brazilian bats and four specific genetic lineages associated to four genera/ species of bats have been determined, three of these exclusive to insectivorous bats. Nonetheless, despite the importance of insectivorous bats rabies, studies on a more comprehensive knowledge on the implications of the diversity of RABV strains detected on these are scarce. Thus, the present investigation aimed to establish genealogies for RABV strains isolated from diverse species from insectivorous bats from São Paulo State based on partial N (40 strains) and G (45 strains ) genes, assess the existence of genus-specific lineages of RABV and to determine molecular markers for its differentiation. Specific RABV lineages where found for the genera Myotis, Epitesicus and Nyctinomops and three other probable lineages circulating in the genera Tadarida, Histiotus and Lasiurus where found as well. Furthermore, this investigation revealed amino acids molecular markers for the genera Myotis, Eptesicus and Nyctinomops, contributing to a better understanding of rabies molecular epidemiology and the relationship amongst RABV and diverse genera of bats

Epidemiologia molecular em um surto de disenteria de inverno em bovinos leiteiros adultos no Estado de São Paulo e descrição de genótipos para o Coronavírus bovino (BCoV) / Molecular epidemiology in an outbreak of winter dysentery in adult dairy cattle in the state of São Paulo and description of genotypes for Bovine coronavirus (BCoV)

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no Grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando disenteria (disenteria de inverno) em bovinos adultos, diarréia em bezerros neonatos e processos respiratórios em bovinos adultos e jovens. No presente estudo, 21 amostras fecais de vacas leiteiras colhidas durante um surto de disenteria em uma propriedade de Paranapanema no Estado de São Paulo positivas para BCoV foram submetidas a reações de PCR para amplificação parcial dos genes codificadores das proteínas S (448pb) e HE (441pb) do BCoV. Destas amostras, 14 foram positivas para cada PCR (não simultaneamente), sendo os fragmentos amplificados submetidos a seqüenciamento de DNA para reconstrução genealógica por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico em conjunto com seqüências homólogas recuperadas do GenBank. Considerando-se o gene S, a identidade de nucleotídeos entre as 14 amostras aqui estudadas foi de 100%, tendo as mesmas segregado em um grupo exclusivo; além disso, demais amostras brasileiras incluídas no estudo segregam em outros dois grupos. Em relação ao gene HE, as 14 amostras estudadas apresentaram identidade de nucleotídeos de 100%, mas a árvore genealógica apresentou topologia pouco resolvida, tendo estas amostras, segregado em grupo politômico com as seqüências homólogas incluídas. Comparações entre os diversos grupos nas árvores do gene S em termos de aminoácidos revelaram marcadores grupo-específicos, com substituições exclusivas para as amostras de BCoV aqui estudadas. Com base nestes resultados, conclui-se que, durante o transcorrer do surto de disenteria de inverno, uma única linhagem de BCoV estava presente, baseado no seqüenciamento parcial dos genes S e HE e que há pelo menos três genótipos de BCoV presentes no Brasil em relação ao gene S e ao menos um em relação ao gene HE, considerando-se as regiões gênicas e as seqüências incluídas no presente estudo

Bovine coronavirus (BCoV) is classified in group 2 of the genus Coronavirus, family Coronaviridae, order Nidovirales, and causes winter dysentery in adult bovine, neonatal calf diarrhea, and respiratory disorders in both adult and young bovine. In this investigation, 21 fecal samples from dairy cows collected during an outbreak of dysentery in a farm located at Paranapanema, São Paulo State, all positive to BCoV, were submitted to PCRs to partial amplification of genes S (448bp) and HE (441bp ) of BCoV. Fourteen out of these samples were positive for each PCR (not simultaneously) and the amplicons were submitted to DNA sequencing for genealogic reconstruction with maximum parsimony and heuristic algorithm with homologous sequences retrieved from the GenBank. Regarding S gene, the nucleotide identity among the 14 strains was 100% and these segregated in an exclusive cluster; furthermore, the other Brazilian strains included in the analysis segregated in other two clusters. Taking into account the HE gene, the 14 strains analyzed presented a nucleotide identity of 100%, but the genealogic tree showed a low-resolved topology, having these samples segregated in a polytomic cluster with the homologous sequences included. Amino acid comparisons among the different clusters in the trees of gene S revealed cluster-specific markers, with exclusive substitutions for the BCoV strains studied herein. Based on these results, one can conclude that, during the winter dysentery outbreak, a single BCoV lineage was involved based on partial S and HE genes sequences and that there are at least three genotypes of BCoV in Brazil regarding S gene and at least one regarding HE gene, taking into account the gene regions and the sequences included in this investigation

Genetic distances of potato genotypes based upon using morphological, genealogical, and molecular data / Distâncias genéticas entre genótipos de batata a partir de dados morfológicos, moleculares e genealógicos

The objective of this work was to compare estimates of genetic distances of potato genotypes using genealogical, morphological and molecular data, and jointed data (morphological and molecular). The work was carried on at Embrapa Clima Temperado and UFPel/FAEM/Laboratório de Genômica e Fitomelhoramento. The evaluaton was with a set of 13 potato cultivars and elite clones of the Embrapa Clima Temperado Active Germoplasm Bank of Potatoes. The field experiments were grown in springs of 1999, 2000, 2001, 2002 and 2003, in single 20 plant plots, spaced at 0.30m between plants and 0.80m between rows. The genotypes were evaluated morphologically for 33 plant and tuber traits and for AFLP markers. The analysis of variance, considering year as replication, revealed no significant differences only for leaflet width, flowers frequency, stalk pigmentation e apex aspect. Correlations between dissimilarity matrices were significant only for jointed (morphologic and molecular) and molecular matrix. Therefore, all estimates of genetic distance between potato genitors should be considered in planning crosses.

O objetivo do trabalho foi comparar estimativas de distância genética entre genótipos de batata usando dados genealógicos, morfológicos, moleculares e conjuntamente, dados morfológicos e moleculares. Os trabalhos foram realizados na Embrapa Clima Temperado e na UFPel/FAEM/Laboratório de Genômica e Fitomelhoramento. Foi avaliado um conjunto de 13 cultivares e clones elite, componentes do Banco Ativo de Germoplasma de Batata da Embrapa Clima Temperado. Os experimentos de campo foram realizados nas primaveras de 1999, 2000, 2001, 2002 e 2003, em parcelas únicas de 20 plantas, espaçadas 0,30m entre plantas e 0,80m entre fileiras. Os genótipos foram avaliados em relação a 33 caracteres morfológicos de planta e tubérculo e analisados molecularmente usando marcadores AFLP. A análise de variância, considerando ano como repetição, não revelou diferenças significativas somente em relação à largura dos folíolos, frequência de flores, pigmentação do pedúnculo e aspecto do ápice. Apenas a correlação entre matrizes de dissimilaridade conjunta (morfológico e molecular) e molecular foi significativa. Portanto, todas as estimativas de distância genética entre genitores de batata deveriam ser consideradas no plano de cruzamentos.

Genetic distances of potato genotypes based upon using morphological, genealogical, and molecular data / Distâncias genéticas entre genótipos de batata a partir de dados morfológicos, moleculares e genealógicos

The objective of this work was to compare estimates of genetic distances of potato genotypes using genealogical, morphological and molecular data, and jointed data (morphological and molecular). The work was carried on at Embrapa Clima Temperado and UFPel/FAEM/Laboratório de Genômica e Fitomelhoramento. The evaluaton was with a set of 13 potato cultivars and elite clones of the Embrapa Clima Temperado Active Germoplasm Bank of Potatoes. The field experiments were grown in springs of 1999, 2000, 2001, 2002 and 2003, in single 20 plant plots, spaced at 0.30m between plants and 0.80m between rows. The genotypes were evaluated morphologically for 33 plant and tuber traits and for AFLP markers. The analysis of variance, considering year as replication, revealed no significant differences only for leaflet width, flowers frequency, stalk pigmentation e apex aspect. Correlations between dissimilarity matrices were significant only for jointed (morphologic and molecular) and molecular matrix. Therefore, all estimates of genetic distance between potato genitors should be considered in planning crosses.

O objetivo do trabalho foi comparar estimativas de distância genética entre genótipos de batata usando dados genealógicos, morfológicos, moleculares e conjuntamente, dados morfológicos e moleculares. Os trabalhos foram realizados na Embrapa Clima Temperado e na UFPel/FAEM/Laboratório de Genômica e Fitomelhoramento. Foi avaliado um conjunto de 13 cultivares e clones elite, componentes do Banco Ativo de Germoplasma de Batata da Embrapa Clima Temperado. Os experimentos de campo foram realizados nas primaveras de 1999, 2000, 2001, 2002 e 2003, em parcelas únicas de 20 plantas, espaçadas 0,30m entre plantas e 0,80m entre fileiras. Os genótipos foram avaliados em relação a 33 caracteres morfológicos de planta e tubérculo e analisados molecularmente usando marcadores AFLP. A análise de variância, considerando ano como repetição, não revelou diferenças significativas somente em relação à largura dos folíolos, frequência de flores, pigmentação do pedúnculo e aspecto do ápice. Apenas a correlação entre matrizes de dissimilaridade conjunta (morfológico e molecular) e molecular foi significativa. Portanto, todas as estimativas de distância genética entre genitores de batata deveriam ser consideradas no plano de cruzamentos.

Coronavírus bovino (BCoV): ocorrência, diversidade molecular e padronização de PCR para diagnóstico a partir de amostras fecais de bezerros com e sem diarréia criados em municípios dos Estados de São Paulo e Minas Gerais, Brasil / Bovine coronavirus (BCoV): occurrence, molecular diversity and standardization of a PCR to diagnosis using stool samples of calves with and without diarrhea from municipalities of São Paulo and Minas Gerais States, Brazil

O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando diarréia em bezerros neonatos, processos respiratórios em bezerros não neonatos e disenteria em vacas adultas. No presente estudo, 203 amostras fecais de bezerros de 19 propriedades leiteiras nos Estados de São Paulo e Minas Gerais foram submetidas à prova de hemaglutinação/ inibição da hemaglutinação (HA/HI) para a detecção de coronavírus e a uma reação de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente dos coronavírus (PCR pol), sendo feita a comparação entre as duas técnicas através dos testes Kappa e J de Youden. Amostras positivas à PCR pol foram submetidas a uma reação de PCR para amplificação de um segmento de 488 pares de bases correspondentes à região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S, sendo os fragmentos submetidos a seqüenciamento de DNA para a reconstrução genealógica das amostras estudadas. Ainda, a presença de rotavírus foi pesquisada pela técnica de PAGE. Segundo a técnica de HA/ HI, 35,47% das amostras e 73,68% das propriedades rurais forma positivas para BCoV, enquanto que pela PCR pol 25,12% das amostras e 52,63% das propriedades rurais foram positivas para este vírus. A comparação entre as duas técnicas resultou valores de kappa de -0,048 para os resultados individuais e -0,08 em relação às propriedades rurais e J de Youden de -0,045 para os resultados individuais e -0,1 em relação às propriedades rurais, demonstrando baixa concordância entre as duas provas. A genealogia obtida por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico e baseada em seqüências da região hipervariável do gene codificador da subunidade S1 da proteína S de 15 amostras de campo aqui estudadas, da amostra Kakegawa de coronavírus bovino utilizada como controle positivo e de 10 seqüências recuperadas dos GenBank revelou a existência de dois genotipos dentro desta espécie viral, sendo os dois genotipos encontrados entre amostras brasileiras. A identidade média de nucleotídeos entre as 15 amostras brasileiras foi de 98,34%, com similaridade média de aminoácidos de 98%. Amostras pertencentes ao genotipo 2 apresentaram uma deleção de 18 nucleotídeos/ 6 aminoácidos dentro da região correspondente ao domínio II da proteína S. A árvore de máxima parcimônia enraizada tendo bredavírus como grupo externo revelou que esta deleção ocorreu em um único momento na genealogia dos coronavírus bovinos. Rotavírus foi encontrado em 12,6% das amostras fecais individuais e 28, 57% das propriedades rurais pesquisadas. Estes resultados são os primeiros baseados em amostras brasileiras de coronavírus bovino e contribuem para a caracterização molecular do BCoV, para a predição da eficiência de imunógenos e para o encontro de marcadores moleculares úteis para estudos epidemiológicos continuados em relação às diarréias neonatais em bovinos

Bovine coronavirus (BCoV) belongs to group 2 of the genus Coronavirus from the order Nidovirales, family Coronaviridae and causes diarrhea in newborn calves, respiratory diseases in non-newborn calves and dysentery in cows. In the present study, 203 stool samples of calves from 19 dairy farms from São Paulo and Minas Gerais States were submitted to hemagglutination/ hemagglutination inhibition test (HA/HI) to bovine coronavirus detection and a PCR assay targeted to the RNA-polymerase RNA-dependent gene of coronaviruses (PCR pol), the comparison between the two tests carried out with Kappa and Youden´s J tests. Samples positive to PCR pol were submitted to a PCR assay that amplifies a 488 base-pair fragment which corresponds to the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein; the amplified fragments were submitted to DNA sequencing aiming the genealogic reconstruction of the studied samples. Rotavirus was surveyed with the PAGE test. The HA/ HI test resulted 35.47% of samples and 73.68% of farms positive to BCoV, while, according to PCR pol, 25.12% of the samples and 52.63% of the farms were positive to this virus. The comparison between the two tests produced a kappa value of -0.048 to individual results and -0.08 to the farms and Youden´s J value of -0.045 to individual results and -0.1 to the farms, showing low agreement between the two tests. Maximum parsimony genealogy with an heuristic algorithm based on sequences of the hypervariable region of the gene coding for the S1 subunit of the S protein from 15 field samples here studied, from the Kakegawa bovine coronavirus strain used as positive control and from 10 sequences retrieved from GenBank showed the existence of two genotypes in this viral species. Mean nucleotide identity between the 15 Brazilian samples was 98.34%, with mean amino acid similarity of 98%. Samples from genotype 2 showed a deletion of 18 nucleotides/ 6 amino acids inside the domain II region of the S protein. Rooted maximum parsimony tree with bredavirus as an outgroup revealed that this deletion has happened only once in bovine coronavirus genealogy. Rotavirus was found in 12.6 % of stool samples and 28.57% of the surveyed farms. These are the first results based on Brazilian strains of bovine coronavirus and contribute to molecular characterization of BCoV, to the prediction of the efficiency of immunogens and to the finding of molecular markers useful to continued epidemiologic surveys on newborn bovine diarrhea