Mycobacteria in Minas cheese commercialized in open fairs in São Paulo, Brazil / Mycobacteria em queijos tipo Minas comercializados em feiras-livres de São Paulo, Brasil

Mycobacterium bovis is the causative agent of bovine tuberculosis, a disease that affects dairy herds throughout the Brazilian territory, constituting a neglected zoonosis transmitted by raw milk and its derivatives. In this study, we evaluated the presence of M. bovis and other mycobacteria in Minas cheese obtained from open fairs in the city of São Paulo between 2012 and 2013. Samples (n = 133) were decontaminated using hexa-cetylpyridinium chloride and seeded on StonebrinkLeslie medium. The isolates were submitted to molecular identification by TB Multiplex PCR targeting the 16S rRNA gene and amplicon nucleotide sequencing. From 16 cheese samples (12%), we obtained 26 putative colonies of Mycobacterium spp., none of which belonged to any of the Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, or Mycobacterium intracellulare complexes. Phylogenetic analysis showed that sample sequences were grouped in a clade that includes only non-tuberculous mycobacteria with proximity to sequences obtained from Mycobacterium novocastrense (3 sequences), Mycobacterium holsaticum (1 sequence), andMycobacterium elephantis (2 sequences). Although no epidemiological evidence was found regarding the importance of oral transmission of mycobacteria in healthy people, their importance in the immunosuppressed population remains uncertain.(AU)

Mycobacterium bovis é o agente da tuberculose bovina, doença que acomete o rebanho em todo território brasileiro e é uma negligenciada zoonose transmitida pelo leite e seus derivados. Este trabalho avaliou a presença de M. bovis e outras micobactérias, em queijo minas meia-cura, obtidos em feiras-livres na cidade de São Paulo, entre os anos de 2012 e 2013. As amostras (n = 133) foram descontaminadas pelo método HPC (hexa-cetyl-pyridinium chloride) e semeadas em meio Stonebrink Leslie. Os isolados foram submetidos à identificação molecular por PCR TB multiplex, pesquisando-se o gene 16S rRNA, e ao sequenciamento nucleotídico. Dezesseis amostras (12%) possuiam 26 colônias sugestivas de Mycobacterium spp., mas nenhuma delas pertencia aos complexos Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium e Mycobacterium intracellulare. A análise filogenética mostrou que todas as amostras estavam agrupadas em clados que incluem apenas micobactérias não tuberculosas (MNT), sendo que algumas possuiam proximidade com sequências obtidas de Mycobacterium novocastrense (3 sequências), Mycobacterium hosaticum (1 sequência) e Mycobacterium elephantis (2 sequências). Embora no momento não haja evidência epidemiológica da importância da transmissão oral das micobactérias pra indivíduos saudáveis, sua importância na população imunossuprimida ainda é incerta.(AU)

Mycobacteria in Minas cheese commercialized in open fairs in São Paulo, Brazil / Mycobacteria em queijos tipo Minas comercializados em feiras-livres de São Paulo, Brasil

Mycobacterium bovis is the causative agent of bovine tuberculosis, a disease that affects dairy herds throughout the Brazilian territory, constituting a neglected zoonosis transmitted by raw milk and its derivatives. In this study, we evaluated the presence of M. bovis and other mycobacteria in Minas cheese obtained from open fairs in the city of São Paulo between 2012 and 2013. Samples (n = 133) were decontaminated using hexa-cetylpyridinium chloride and seeded on Stonebrink­Leslie medium. The isolates were submitted to molecular identification by TB Multiplex PCR targeting the 16S rRNA gene and amplicon nucleotide sequencing. From 16 cheese samples (12%), we obtained 26 putative colonies of Mycobacterium spp, none of which belonged to any of the Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, or Mycobacterium intracellulare complexes. Phylogenetic analysis showed that sample sequences were grouped in a clade that includes only non-tuberculous mycobacteria with proximity to sequences obtained from Mycobacterium novocastrense (3 sequences), Mycobacterium holsaticum (1 sequence), and Mycobacterium elephantis (2 sequences). Although no epidemiological evidence was found regarding the importance of oral transmission of mycobacteria in healthy people, their importance in the immunosuppressed population remains uncertain.(AU)

Mycobacterium bovis é o agente da tuberculose bovina, doença que acomete o rebanho em todo território brasileiro e é uma negligenciada zoonose transmitida pelo leite e seus derivados. Este trabalho avaliou a presença de M. bovise outras micobactérias, em queijo minas meia-cura, obtidos em feiras-livres na cidade de São Paulo, entre os anos de 2012 e 2013. As amostras (n = 133) foram descontaminadas pelo método HPC (hexa-cetyl-pyridinium chloride) e semeadas em meio Stonebrink Leslie. Os isolados foram submetidos à identificação molecular por PCR TB multiplex, pesquisando-se o gene 16S rRNA, e ao sequenciamento nucleotídico. Dezesseis amostras (12%) possuiam 26 colônias sugestivas de Mycobacterium spp, mas nenhuma delas pertencia aos complexos Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium e Mycobacterium intracellulare. A análise filogenética mostrou que todas as amostras estavam agrupadas em clados que incluem apenas micobactérias não tuberculosas (MNT), sendo que algumas possuiam proximidade com sequências obtidas de Mycobacterium novocastrense (3 sequências), Mycobacterium hosaticum(1 sequência) e Mycobacterium elephantis (2 sequências). Embora no momento não haja evidência epidemiológica da importância da transmissão oral das micobactérias pra indivíduos saudáveis, sua importância na população imunossuprimida ainda é incerta.(AU)

Mycobacteria in Minas cheese commercialized in open fairs in São Paulo, Brazil / Mycobacteria em queijos tipo Minas comercializados em feiras-livres de São Paulo, Brasil

Mycobacterium bovis is the causative agent of bovine tuberculosis, a disease that affects dairy herds throughout the Brazilian territory, constituting a neglected zoonosis transmitted by raw milk and its derivatives. In this study, we evaluated the presence of M. bovis and other mycobacteria in Minas cheese obtained from open fairs in the city of São Paulo between 2012 and 2013. Samples (n = 133) were decontaminated using hexa-cetylpyridinium chloride and seeded on StonebrinkLeslie medium. The isolates were submitted to molecular identification by TB Multiplex PCR targeting the 16S rRNA gene and amplicon nucleotide sequencing. From 16 cheese samples (12%), we obtained 26 putative colonies of Mycobacterium spp., none of which belonged to any of the Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, or Mycobacterium intracellulare complexes. Phylogenetic analysis showed that sample sequences were grouped in a clade that includes only non-tuberculous mycobacteria with proximity to sequences obtained from Mycobacterium novocastrense (3 sequences), Mycobacterium holsaticum (1 sequence), andMycobacterium elephantis (2 sequences). Although no epidemiological evidence was found regarding the importance of oral transmission of mycobacteria in healthy people, their importance in the immunosuppressed population remains uncertain.

Mycobacterium bovis é o agente da tuberculose bovina, doença que acomete o rebanho em todo território brasileiro e é uma negligenciada zoonose transmitida pelo leite e seus derivados. Este trabalho avaliou a presença de M. bovis e outras micobactérias, em queijo minas meia-cura, obtidos em feiras-livres na cidade de São Paulo, entre os anos de 2012 e 2013. As amostras (n = 133) foram descontaminadas pelo método HPC (hexa-cetyl-pyridinium chloride) e semeadas em meio Stonebrink Leslie. Os isolados foram submetidos à identificação molecular por PCR TB multiplex, pesquisando-se o gene 16S rRNA, e ao sequenciamento nucleotídico. Dezesseis amostras (12%) possuiam 26 colônias sugestivas de Mycobacterium spp., mas nenhuma delas pertencia aos complexos Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium e Mycobacterium intracellulare. A análise filogenética mostrou que todas as amostras estavam agrupadas em clados que incluem apenas micobactérias não tuberculosas (MNT), sendo que algumas possuiam proximidade com sequências obtidas de Mycobacterium novocastrense (3 sequências), Mycobacterium hosaticum (1 sequência) e Mycobacterium elephantis (2 sequências). Embora no momento não haja evidência epidemiológica da importância da transmissão oral das micobactérias pra indivíduos saudáveis, sua importância na população imunossuprimida ainda é incerta.

Comportamento da tuberculose humana no Rio Grande do Norte e pesquisa de Mycobacterium spp. em queijos de coalho comercializados no município de Caicó-RN, Brasil

A tuberculose (Tb) é mundialmente uma das 10 principais causas de morte humana e é tida como a principal causadora de óbitos por um único agente infeccioso. As Américas representam 3% da prevalência mundial da doença e se atribui que 33% dos casos notificados neste continente são no Brasil. Esse, é um dos 22 países priorizados pela OMS, que juntos representam 80% da ocorrência mundial desta bacteriose. Uma das formas da doença é a Tuberculose zoonótica, cujo agente causador é o M. bovis, cuja principal via de transmissão para a população humana é por meio do consumo de leite e derivados (queijos e iogurtes) elaborados sem a adoção de Boas Práticas Agropecuárias (BPAs) e de Fabricação (BPFs). O presente trabalho disserta sobre dois assuntos: No Capítulo primeiro, aborda-se o comportamento da tuberculose humana no estado do Rio Grande do Norte, Brasil, no período de 2008 a 2017, por meio de estudos descritivo e retrospectivo, avaliando-se a incidência anual da tuberculose no Estado e ocorrência de suas formas clínicas. Utilizamos dados primários obtidos junto ao Programa de Tuberculose no Rio Grande do Norte SUVIGE/SESAP-RN (fazer a mesma descrição que vc fez acima com BPAs); e de dados secundários, colhidos junto ao Sinan/Ministério da Saúde. Como resultado, observou-se haver divergência entre os coeficientes de incidência calculados com os dados primários daqueles que estão publicados em Boletins Epidemiológicos: 37,1 a 27,0, por grupo de 100 mil hab; além disso, a doença apresentou tendência linear de crescimento no Rio Grande do Norte. Recomendado-se medidas amplas de proteção à população e ao meio ambiente, associadas ao fortalecimento dos serviços de saúde para que se consiga atingir as metas propostas no programa End TB, sejam de controle e/ou de erradicação. O Capítulo seguinte, avaliou-se s qualidade microbiológica do queijo de coalho comercializado no município de Caicó-RN, pesquisando-se a presença de Mycobaterium spp. Por meio de cultivo bacteriano e diagnóstico molecular. Foram analisadas 50 amostras de queijo de coalho obtidas aleatoriamente no comércio local, sendo: 35 elaboradas a partir de leite cru (artesanal) e 15 com leite pasteurizado (industrializado), das quais se extraiu materiais que foram submetidos a processos: para obtenção de DNA; cultivo (Stonebrink); PCR convencional para pesquisa de M. bovis; e, finalmente, nested-PCR para Mycobacterium spp. Na pesquisa laboratorial, não se conseguiu isolar micobactérias tuberculosas nos queijos estudados. Porém, detectou-se que duas amostras (4%) apresentaram crescimento de micobactérias não tuberculosas (MNT) em meio de cultura, que através de diagnóstico molecular apresentaram identidade com hsp65 de: Mycobacterium lehmanii (ID da sequência: KY933786.1, valor e: 2e-133, identidades: 312/363 [86%]); e Mycobacterium rutilum (ID da sequência: LT629971.1, valor e: 3e-108, identidades: 331/371 [89%]), apontando-se como indicativos de contaminação ambiental. Há na literatura resultados publicados sobre micobacterioses em humanos causadas por agentes com alta similaridade genética aos encontrados neste estudo, bem como infecções em tecidos animais. Conhecendo-se as características das MNT, considerando-as como microrganismos emergentes e de natureza ubíqua, sugere-se maior atenção na cadeia produtiva de queijos, tanto nas boas práticas agropecuárias (BPAs) quanto nas boas práticas de fabricação de alimentos (BPFs).

Tuberculosis (TB) is one of the leading causes of human death and is one of the main death´s culprit by a single infectious agent. The region of the Americas represents 3% of the world's disease, of which 33% are attributed to Brazil, what is one of the 22 countries prioritized by WHO, who together represent 80% of the world's occurrence by this microrganism. One of the forms of the disease on humans is zoonotic tuberculosis, which is caused by Mycobacterium bovis, and its main route of transmission to population is through the consumption of milk and dairy products (cheeses and yoghurts) prepared without the adoption of Good Agricultural Practices (GAPs) and Manufacturing (GMPs). In the first chapter, the behavior of human tuberculosis in the state of Rio Grande do Norte, Brazil, from 2008 to 2017, is analyzed through descriptive and retrospective studies, evaluating the annual incidence of tuberculosis in the State and occurrence of their clinical forms. The primary data obtained from the Tuberculosis Program in Rio Grande do Norte - SUVIGE / SESAP-RN were used; and secondary data collected from Sinan / Ministry of Health. As a result, there was a divergence between the incidence coefficients calculated with the primary data from those published in Epidemiological Bulletins: 37.1 to 27.0, per group of 100 thousand inhabitants; in addition, the disease showed a linear growth trend in Rio Grande do Norte. It is recommended that comprehensive measures be taken to protect the population and the environment associated with strengthening health services so that the goals proposed in the End TB program can be achieved, be they control and / or eradication. The following chapter evaluated the microbiological quality of the Coalho cheese marketed in the municipality of Caicó-RN, by investigating the presence of Mycobaterium spp. through bacterial culture and molecular diagnosis. Fifty samples of Coalho cheese randomly from local commerce were analyzed: 35 were made from raw milk (artisanal) and 15 with pasteurized (industrialized) milk, from which materials were extracted and submitted to processes: to obtain DNA; cultivation (Stonebrink); conventional PCR for M. bovis; and finally, nested-PCR for Mycobacterium spp. In the laboratory research, it was not possible to isolate tuberculous mycobacteria from cheeses studied. However, the growth of non-tuberculous mycobacteria (NTM) in culture medium was detected in two samples (4%), which showed hsp65 identity of: Mycobacterium lehmanii (sequence ID: KY933786.1, value-e: 2e-133, identities: 312/363 [86%]); and Mycobacterium rutilum (sequence ID: LT629971.1, value-e: 3e-108, identities: 331/371 [89%]), considerated as indicative of environmental contamination. Knowing more about the characteristics of the MNT and considering them as emerging microorganisms and ubiquitous, it is suggested that more attention be given to the cheese production chain, both in good agricultural practices (GAPs) and in good food manufacturing practices (GMPs).

Mycobacterial isolation from Felis concolor in captivity / Isolamento de micobactérias em Felis concolor em cativeiro

This study was made in a wildlife preserve from Argentina where a previous tuberculosis report in Felis concolor has been done. The aim was to identify mycobacterial species isolated from the orpharynx of five American lions using bacteriological and molecular biology techniques on cases with nonspecific clinical signals. Samples were collected after sedation. They were treated in order to isolate Mycobacterium. Bacteriological differentiation was made using biochemical tests. Polymerase chain reaction has been performed to detect hsp65, IS6110 and IS1081. Acid fast bacilli were present infour specimens and from them were isolated slowly growing mycobacteria. The strains were differentiated as M. gordonae in two cases and M. simiae, M. scrofulaceum and M. avium/intracellulare in one case each other. The strains were identified as M. gordonae in three cases and M. avium III or M. simiae in two by PRA. The role of feral cats in the epidemiology of nontuberculous mycobacterial diseases remains to be further investigated.(AU)

Este trabalho foi realizado em uma reserva natural da Argentina com antecedentes de tuberculose em uma suçuarana adulta. O objetivo foi identificar por meio de técnicas bacteriológicas e de biologia molecular as espécies isoladas da orofaringe de cinco suçuaranas que apresentavam sinais clínicos inespecíficos. As amostras foram colhidas das suçuaranas após sedação. Posteriormente foram processadas para obtenção do isolamento e identificação por meio de provas bioquímicas do gênero Mycobacterium pela técnica de PCR. Investigou-se a presença das seqüências de inserção IS6110 e IS1081 e hsp65. Obtiveram-se resultados positivos à coloração de Ziehl-Neelsen de quatro amostras, isolando cinco cepas de crescimento lento. As cepas foram classificadas como M. gordonae em dois casos e M. simiae, Mscrofulaceum e M. avium/intracellulare em um. Por PRA, identificou-se o padrão de M. gordonae em três cepas e M. avium III ou M.simiae em dois.(AU)

Mixed mycobacterial cultures: is it important to separate and to identify multiple species? / Culturas mistas de micobactérias: é importante isolar e identificar?

Careful examination of occurrence of mixed mycobacterial cultures is important because most of them include at least one pathogenic agent. Among 8, 036 mycobacterial cultures samples received between 1999 and 2000 at the Mycobacteria Laboratory of Instituto Adolfo Lutz, 21 (0.26%) classified as mixed cultures were selected for being investigated. For this, the use of 7H11 plate was included for colonies isolation. The isolated colonies were then subcultured into Lowenstein-Jensen media and incubated at 37ºC. The isolates were identified by phenotypic tests and by PCR restriction enzyme analysis of hsp65 gene. The analysis of those 21 mixed cultures showed the occurrence of M. tuberculosis and non-tuberculous mycobacteria (NTM) in eight samples, three cultures with two species of NTM , and ten with only one specie of mycobacteria. The results of this study suggest that microbiology technicians should be aware of mixed cultures and apply every practical method available to separate and to identify the involved mycobacteria species.

A investigação de culturas mistas de micobactérias é importante pois geralmente estas incluem ao menos uma espécie patogênica ou potencialmente patogênica. Dentre 8.036 culturas recebidas entre 1999 e 2000, pelo Setor de Micobactérias do Instituto Adolfo Lutz, foram selecionadas 21 (0,26%) com resultados sugestivos de culturas mistas. Após o isolamento em meio 7H11 as colônias foram repicadas em Löwenstein Jensen e incubadas à 37º C. A identificação dos 32 subcultivos foi feita por métodos fenotípicos e pela analise do perfil de restrição do produto da amplificação de 440 pares de base do gene hsp65. Em oito subcultivos foi encontrada a espécie M. tuberculosis associada com MNT, em 3 subcultivos foram encontradas 2 espécies de MNT e nos demais foi identificado apenas um tipo de micobacteria. O tempo de crescimento lento das micobactérias inviabiliza o plaqueamento de todas as culturas pois este procedimento acarretaria demora na liberação do resultado final dos testes, além de representar gastos excessivos em áreas endêmicas, geralmente com escassos recursos econômicos. Embora as dificuldades mencionadas, os microbiologistas devem estar atentos quanto à presença de culturas mistas de micobactérias e usar todos os métodos disponíveis para separar e identificar as espécies.

Mycobacteria in Minas cheese commercialized in open fairs in São Paulo, Brazil / Mycobacteria em queijos tipo Minas comercializados em feiras-livres de São Paulo, Brasil

Mycobacterium bovis is the causative agent of bovine tuberculosis, a disease that affects dairy herds throughout the Brazilian territory, constituting a neglected zoonosis transmitted by raw milk and its derivatives. In this study, we evaluated the presence of M. bovis and other mycobacteria in Minas cheese obtained from open fairs in the city of São Paulo between 2012 and 2013. Samples (n = 133) were decontaminated using hexa-cetylpyridinium chloride and seeded on StonebrinkLeslie medium. The isolates were submitted to molecular identification by TB Multiplex PCR targeting the 16S rRNA gene and amplicon nucleotide sequencing. From 16 cheese samples (12%), we obtained 26 putative colonies of Mycobacterium spp., none of which belonged to any of the Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium, or Mycobacterium intracellulare complexes. Phylogenetic analysis showed that sample sequences were grouped in a clade that includes only non-tuberculous mycobacteria with proximity to sequences obtained from Mycobacterium novocastrense (3 sequences), Mycobacterium holsaticum (1 sequence), andMycobacterium elephantis (2 sequences). Although no epidemiological evidence was found regarding the importance of oral transmission of mycobacteria in healthy people, their importance in the immunosuppressed population remains uncertain.

Mycobacterium bovis é o agente da tuberculose bovina, doença que acomete o rebanho em todo território brasileiro e é uma negligenciada zoonose transmitida pelo leite e seus derivados. Este trabalho avaliou a presença de M. bovis e outras micobactérias, em queijo minas meia-cura, obtidos em feiras-livres na cidade de São Paulo, entre os anos de 2012 e 2013. As amostras (n = 133) foram descontaminadas pelo método HPC (hexa-cetyl-pyridinium chloride) e semeadas em meio Stonebrink Leslie. Os isolados foram submetidos à identificação molecular por PCR TB multiplex, pesquisando-se o gene 16S rRNA, e ao sequenciamento nucleotídico. Dezesseis amostras (12%) possuiam 26 colônias sugestivas de Mycobacterium spp., mas nenhuma delas pertencia aos complexos Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium avium e Mycobacterium intracellulare. A análise filogenética mostrou que todas as amostras estavam agrupadas em clados que incluem apenas micobactérias não tuberculosas (MNT), sendo que algumas possuiam proximidade com sequências obtidas de Mycobacterium novocastrense (3 sequências), Mycobacterium hosaticum (1 sequência) e Mycobacterium elephantis (2 sequências). Embora no momento não haja evidência epidemiológica da importância da transmissão oral das micobactérias pra indivíduos saudáveis, sua importância na população imunossuprimida ainda é incerta.