Prevalence of active HCV infection and genotypic distribution among the general population of district Mardan, Pakistan / Prevalência de infecção HCV ativa a distribuição genotípica entre a população geral do distrito de Mardan, Paquistão

Hepatitis C virus (HCV) is the serious global public health burden of liver disease. Approximately 170 million people in the world are infected with (HCV). In Pakistan, where the disease has high occurrence rate. The present study envisages an up-to-date prevalence of HCV and genotypic distribution in the general population of Mardan District, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan. The blood samples from 6,538 individuals including 3,263 males and 3,275 females were analyzed for hepatitis C surface antigen by Immuno-chromatographic test (ICT), Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and reverse transcription-polymerase chain reaction (PCR). It was found that 396 (12.13%) out of 3263 individuals contained antibodies in their blood against HCV, while among the different age groups, the highest incidences of HCV antibodies were found in the 31-40 age group (11.01%). The ICT positive samples were further screened by nested PCR to determine the existence of active HCV-RNA. It was identified that 7.11% (3263) of the total population (6538) tested was positive, among which the 461 (14.07%) females possessed antibodies in their blood against HCV. Our data showed total HCV infection in the investigated population was 5.78%. Higher percentage of HCV prevalence was detected in males than females in the age group 31-40 and 41-50. To compare the prevalence of HCV genotypes age-wise in male and female genotype 3a was found most prevalent genotype followed by 1a, 2a and 3b, respectively.

O vírus da hepatite C (HCV) é o grave problema de saúde pública das doenças hepáticas. Aproximadamente 170 milhões de pessoas no mundo estão infectadas com HCV; no Paquistão, a doença tem alto índice de ocorrência. O presente estudo prevê uma prevalência atualizada do HCV e distribuição genotípica na população geral do distrito de Mardan, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Paquistão. As amostras de sangue de 6.538 indivíduos, incluindo 3.263 homens e 3.275 mulheres, foram analisadas para o antígeno de superfície da hepatite C por teste imunocromatográfico (ICT), ensaio imunoenzimático (ELISA) e reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (PCR). Verificou-se que 396 (12,13%) de 3.263 indivíduos continham anticorpos no sangue contra o HCV, enquanto entre as diferentes faixas etárias as maiores incidências de anticorpos anti-HCV foram encontradas na faixa etária de 31 a 40 anos (11,01%). As amostras positivas para ICT foram posteriormente rastreadas por nested PCR para determinar a existência de HCV-RNA ativo. Identificou-se que 7,11% (3.263) do total da população (6.538) testada foram positivos, dentre os quais 461 (14,07%) mulheres possuíam anticorpos no sangue contra o HCV. Nossos dados mostraram que a infecção total pelo HCV na população investigada foi de 5,78%. Maior porcentagem de prevalência de HCV foi detectada em homens do que em mulheres nas faixas etárias de 31-40 e 41-50. Para comparar a prevalência de genótipos de HCV com relação à idade no genótipo masculino e feminino 3a foi encontrado o genótipo mais prevalente seguido por 1a, 2a e 3b, respectivamente.

Review on trypanosomiasis and their prevalence in some country on the Red Sea / Avaliação da tripanossomíase e sua prevalência em alguns países do mar Vermelho

Trypanosomiasis is a protozoan infection affecting both human and animals in almost all parts of the world. It can affect a very large range of domestic and wild hosts including camelids, equines, cattle, buffaloes, sheep, goats, pigs, dogs and other carnivores, deer, gazelles and elephants. This review paper was designed to address the effect of this economically important disease in countries on the Red Sea, especially in Egypt, Sudan, Somalia, and Saudi Arabia during the period 2010 to 2020. The prevalence of trypanosomiasis is different between these countries due to different types of diagnostic methods (Giemsa-stained blood smears, Hematocrit centrifugation, Serological test, and molecular analysis PCR) used and differential distribution of vector (Tse tse) flies. In current review, retrospective studies of published literature on distribution and prevalence of Trypanosoma evansi infection in the Red Sea Countries was conducted [Google Scholar and PubMed were used to retrieve the published literature from 2000-2020. A total of 77 published articles met the eligibility criteria and were reviewed. A total of 16 reports have been reported on the prevalence and distribution of Trypnosoma evansi infection in the Red Sea Countries have been from 2010-2020]. According to the published literature, we can say that trypanosomiasis in camels are more prevalent in Sudan than in other countries, followed by 17% and 51.78% in both clinical and non-clinical cases. Hence, the reliable diagnostic tests should be used for rapid treatment or control of the disease as if not treated appropriately in early-stage, can lead to death of the camels.

A tripanossomíase é uma infecção por protozoário que afeta humanos e animais em quase todas as partes do mundo. Pode afetar grande variedade de hospedeiros domésticos e selvagens, incluindo camelídeos, equinos, gado, búfalos, ovelhas, cabras, porcos, cães e outros carnívoros, veados, gazelas e elefantes. Este artigo de revisão foi elaborado para abordar o efeito dessa doença economicamente importante em países do mar Vermelho, especialmente Egito, Sudão, Somália e Arábia Saudita, durante o período de 2010 a 2020. A prevalência de tripanossomíase é diferente entre esses países devido a tipos distintos de métodos diagnósticos (esfregaços de sangue corados com Giemsa, centrifugação de hematócrito, teste sorológico e PCR de análise molecular) usados e distribuição diferencial de moscas vetoras (tsé-tsé). Na revisão atual, foram realizados estudos retrospectivos da literatura publicada sobre distribuição e prevalência da infecção por Trypanosoma evansi nos países do mar Vermelho [Google Scholar e PubMed foram usados para recuperar a literatura publicada de 2000 a 2020. Um total de 77 artigos publicados preencheu os critérios de elegibilidade e foi revisado. E há também 16 relatos sobre a prevalência e distribuição da infecção por Trypnosoma evansi nos países do mar Vermelho, de 2010 a 2020]. De acordo com a literatura publicada, podemos afirmar que a tripanossomíase em camelos é mais prevalente no Sudão do que em outros países, seguida por 17% e 51,78% em casos clínicos e não clínicos. Assim, os testes diagnósticos confiáveis devem ser utilizados para o tratamento rápido ou controle da doença, pois, se eles não forem tratados de forma adequada na fase inicial, isso pode levar à morte dos camelos.

Prevalence of active HCV infection and genotypic distribution among the general population of district Mardan, Pakistan

Abstract Hepatitis C virus (HCV) is the serious global public health burden of liver disease. Approximately 170 million people in the world are infected with (HCV). In Pakistan, where the disease has high occurrence rate. The present study envisages an up-to-date prevalence of HCV and genotypic distribution in the general population of Mardan District, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan. The blood samples from 6,538 individuals including 3,263 males and 3,275 females were analyzed for hepatitis C surface antigen by Immuno-chromatographic test (ICT), Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and reverse transcription-polymerase chain reaction (PCR). It was found that 396 (12.13%) out of 3263 individuals contained antibodies in their blood against HCV, while among the different age groups, the highest incidences of HCV antibodies were found in the 31-40 age group (11.01%). The ICT positive samples were further screened by nested PCR to determine the existence of active HCV-RNA. It was identified that 7.11% (3263) of the total population (6538) tested was positive, among which the 461 (14.07%) females possessed antibodies in their blood against HCV. Our data showed total HCV infection in the investigated population was 5.78%. Higher percentage of HCV prevalence was detected in males than females in the age group 31-40 and 41-50. To compare the prevalence of HCV genotypes age-wise in male and female genotype 3a was found most prevalent genotype followed by 1a, 2a and 3b, respectively.

Resumo O vírus da hepatite C (HCV) é o grave problema de saúde pública das doenças hepáticas. Aproximadamente 170 milhões de pessoas no mundo estão infectadas com HCV; no Paquistão, a doença tem alto índice de ocorrência. O presente estudo prevê uma prevalência atualizada do HCV e distribuição genotípica na população geral do distrito de Mardan, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Paquistão. As amostras de sangue de 6.538 indivíduos, incluindo 3.263 homens e 3.275 mulheres, foram analisadas para o antígeno de superfície da hepatite C por teste imunocromatográfico (ICT), ensaio imunoenzimático (ELISA) e reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (PCR). Verificou-se que 396 (12,13%) de 3.263 indivíduos continham anticorpos no sangue contra o HCV, enquanto entre as diferentes faixas etárias as maiores incidências de anticorpos anti-HCV foram encontradas na faixa etária de 31 a 40 anos (11,01%). As amostras positivas para ICT foram posteriormente rastreadas por nested PCR para determinar a existência de HCV-RNA ativo. Identificou-se que 7,11% (3.263) do total da população (6.538) testada foram positivos, dentre os quais 461 (14,07%) mulheres possuíam anticorpos no sangue contra o HCV. Nossos dados mostraram que a infecção total pelo HCV na população investigada foi de 5,78%. Maior porcentagem de prevalência de HCV foi detectada em homens do que em mulheres nas faixas etárias de 31-40 e 41-50. Para comparar a prevalência de genótipos de HCV com relação à idade no genótipo masculino e feminino 3a foi encontrado o genótipo mais prevalente seguido por 1a, 2a e 3b, respectivamente.

Review on trypanosomiasis and their prevalence in some country on the Red Sea

Abstract Trypanosomiasis is a protozoan infection affecting both human and animals in almost all parts of the world. It can affect a very large range of domestic and wild hosts including camelids, equines, cattle, buffaloes, sheep, goats, pigs, dogs and other carnivores, deer, gazelles and elephants. This review paper was designed to address the effect of this economically important disease in countries on the Red Sea, especially in Egypt, Sudan, Somalia, and Saudi Arabia during the period 2010 to 2020. The prevalence of trypanosomiasis is different between these countries due to different types of diagnostic methods (Giemsa-stained blood smears, Hematocrit centrifugation, Serological test, and molecular analysis PCR) used and differential distribution of vector (Tse tse) flies. In current review, retrospective studies of published literature on distribution and prevalence of Trypanosoma evansi infection in the Red Sea Countries was conducted [Google Scholar and PubMed were used to retrieve the published literature from 2000-2020. A total of 77 published articles met the eligibility criteria and were reviewed. A total of 16 reports have been reported on the prevalence and distribution of Trypnosoma evansi infection in the Red Sea Countries have been from 2010-2020]. According to the published literature, we can say that trypanosomiasis in camels are more prevalent in Sudan than in other countries, followed by 17% and 51.78% in both clinical and non-clinical cases. Hence, the reliable diagnostic tests should be used for rapid treatment or control of the disease as if not treated appropriately in early-stage, can lead to death of the camels.

Resumo A tripanossomíase é uma infecção por protozoário que afeta humanos e animais em quase todas as partes do mundo. Pode afetar grande variedade de hospedeiros domésticos e selvagens, incluindo camelídeos, equinos, gado, búfalos, ovelhas, cabras, porcos, cães e outros carnívoros, veados, gazelas e elefantes. Este artigo de revisão foi elaborado para abordar o efeito dessa doença economicamente importante em países do mar Vermelho, especialmente Egito, Sudão, Somália e Arábia Saudita, durante o período de 2010 a 2020. A prevalência de tripanossomíase é diferente entre esses países devido a tipos distintos de métodos diagnósticos (esfregaços de sangue corados com Giemsa, centrifugação de hematócrito, teste sorológico e PCR de análise molecular) usados e distribuição diferencial de moscas vetoras (tsé-tsé). Na revisão atual, foram realizados estudos retrospectivos da literatura publicada sobre distribuição e prevalência da infecção por Trypanosoma evansi nos países do mar Vermelho [Google Scholar e PubMed foram usados para recuperar a literatura publicada de 2000 a 2020. Um total de 77 artigos publicados preencheu os critérios de elegibilidade e foi revisado. E há também 16 relatos sobre a prevalência e distribuição da infecção por Trypnosoma evansi nos países do mar Vermelho, de 2010 a 2020]. De acordo com a literatura publicada, podemos afirmar que a tripanossomíase em camelos é mais prevalente no Sudão do que em outros países, seguida por 17% e 51,78% em casos clínicos e não clínicos. Assim, os testes diagnósticos confiáveis devem ser utilizados para o tratamento rápido ou controle da doença, pois, se eles não forem tratados de forma adequada na fase inicial, isso pode levar à morte dos camelos.

Prevalence of active HCV infection and genotypic distribution among the general population of district Mardan, Pakistan / Prevalência de infecção HCV ativa a distribuição genotípica entre a população geral do distrito de Mardan, Paquistão

Abstract Hepatitis C virus (HCV) is the serious global public health burden of liver disease. Approximately 170 million people in the world are infected with (HCV). In Pakistan, where the disease has high occurrence rate. The present study envisages an up-to-date prevalence of HCV and genotypic distribution in the general population of Mardan District, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan. The blood samples from 6,538 individuals including 3,263 males and 3,275 females were analyzed for hepatitis C surface antigen by Immuno-chromatographic test (ICT), Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and reverse transcription-polymerase chain reaction (PCR). It was found that 396 (12.13%) out of 3263 individuals contained antibodies in their blood against HCV, while among the different age groups, the highest incidences of HCV antibodies were found in the 31-40 age group (11.01%). The ICT positive samples were further screened by nested PCR to determine the existence of active HCV-RNA. It was identified that 7.11% (3263) of the total population (6538) tested was positive, among which the 461 (14.07%) females possessed antibodies in their blood against HCV. Our data showed total HCV infection in the investigated population was 5.78%. Higher percentage of HCV prevalence was detected in males than females in the age group 31-40 and 41-50. To compare the prevalence of HCV genotypes age-wise in male and female genotype 3a was found most prevalent genotype followed by 1a, 2a and 3b, respectively.

Resumo O vírus da hepatite C (HCV) é o grave problema de saúde pública das doenças hepáticas. Aproximadamente 170 milhões de pessoas no mundo estão infectadas com HCV; no Paquistão, a doença tem alto índice de ocorrência. O presente estudo prevê uma prevalência atualizada do HCV e distribuição genotípica na população geral do distrito de Mardan, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Paquistão. As amostras de sangue de 6.538 indivíduos, incluindo 3.263 homens e 3.275 mulheres, foram analisadas para o antígeno de superfície da hepatite C por teste imunocromatográfico (ICT), ensaio imunoenzimático (ELISA) e reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (PCR). Verificou-se que 396 (12,13%) de 3.263 indivíduos continham anticorpos no sangue contra o HCV, enquanto entre as diferentes faixas etárias as maiores incidências de anticorpos anti-HCV foram encontradas na faixa etária de 31 a 40 anos (11,01%). As amostras positivas para ICT foram posteriormente rastreadas por nested PCR para determinar a existência de HCV-RNA ativo. Identificou-se que 7,11% (3.263) do total da população (6.538) testada foram positivos, dentre os quais 461 (14,07%) mulheres possuíam anticorpos no sangue contra o HCV. Nossos dados mostraram que a infecção total pelo HCV na população investigada foi de 5,78%. Maior porcentagem de prevalência de HCV foi detectada em homens do que em mulheres nas faixas etárias de 31-40 e 41-50. Para comparar a prevalência de genótipos de HCV com relação à idade no genótipo masculino e feminino 3a foi encontrado o genótipo mais prevalente seguido por 1a, 2a e 3b, respectivamente.

DGAT and LEP gene polymorphisms and their association with carcass characteristics and the lipid profile of meat from Nellore cattle / Polimorfismo dos genes DGAT e LEP e sua associação com características de carcaça e perfil lipídico da carne de bovinos nelore

The objective of this study was to evaluate the association of polymorphisms in the diacylglycerol acyltransferase (DGAT) and leptin (LEP) genes with the performance, carcass characteristics, meat quality, and lipid profile of Nellore cattle. A total of 100 intact male Nelore cattle were used to analyze the performance, carcass, physicochemical and centesimal composition, and fatty acid profile of beef. To identify the polymorphisms, the PCR­single-strand conformation polymorphism (SSCP) technique was applied to genomic DNA extracted from muscle tissue. The SSCP technique revealed the presence of four band patterns for the DGAT gene (AC, AD, AE and BB) with five alleles (A, B, C, D and E). For the LEP gene, five band patterns (AA, AB, AC, BB and BC) with three alleles (A, B and C) were observed. For the LEP gene, the AB genotype was associated with higher backfat thickness and ribs weight, while the BB genotype was associated with lower ribs yield; higher hindquarter yield was associated with AC and BB genotypes. Higher contents of C17:0, C18:0 and lower contents of C18:2ω6C, total polyunsaturated fatty acids, total ω6 and ratio of polyunsaturated and saturated fatty acids (PUFA/SFA) were verified for the AC genotype of the LEP gene. The AC and AA genotypes of the LEP gene were associated with higher means of C15:0 and C18:1ω9t. For the DGAT gene, the highest C24:0 content was associated with the AE genotype and the lowest with the AD and BB genotypes. Polymorphisms in the DGAT and LEP genes influence carcass parameters and the lipid profile of the meat of Nellore cattle.

Objetivou-se com este estudo avaliar a associação do polimorfismo dos genes da Diacilglicerol Aciltransferase (DGAT) e Leptina ­ (LEP) em relação ao desempenho, características de carcaça, qualidade de carne e perfil lipídico de bovinos Nelore. Para o estudo, foram utilizados um total de 100 bovinos nelores machos inteiros e avaliado os parâmetros de desempenho, composição da carcaça, composição físico-química, centesimal e perfil lipídico da carne. Para identificação dos polimorfismos foi utilizada a técnica de PCR-SSCP a partir da extração do DNA genômico do tecido muscular. A técnica de SSCP revelou a presença de quatro padrões de banda para o gene DGAT (AC, AD, AE e BB) com cinco alelos (A, B, C, D e E) e, para o gene LEP foram verificados cinco padrões de bandas (AA, AB, AC, BB e BC) com três alelos (A, B e C). Para o gene LEP, o genótipo AB foi associado a maior espessura de gordura subcutânea e peso do corte ponta de agulha, enquanto o genótipo BB foi associado a menor rendimento do corte ponta de agulha; maior rendimento do corte traseiro foi associado aos genótipos AC e BB. Maiores teores de C17:0, C18:0 e menores de C18: 2ω6C, total de ácidos graxos poli-insaturados, total de ω6 e a relação de ácidos graxos poli-insaturados e saturados (POL/SAT) foram verificados para o genótipo AC do gene LEP. Os genótipos AC e AA do gene LEP foram associados a maiores médias de C15:0 e C18:1ω9t. Para o gene DGAT, os maiores teores de C24:0 foram associados o genótipo AE e o menores aos genótipos AD e BB. A ocorrência de polimorfismo nos genes DGAT e LEP revelaram influência destes sobre parâmetros de carcaça e perfil lipídico da carne de bovinos Nelore.

Review on trypanosomiasis and their prevalence in some country on the Red Sea / Avaliação da tripanossomíase e sua prevalência em alguns países do mar Vermelho

Abstract Trypanosomiasis is a protozoan infection affecting both human and animals in almost all parts of the world. It can affect a very large range of domestic and wild hosts including camelids, equines, cattle, buffaloes, sheep, goats, pigs, dogs and other carnivores, deer, gazelles and elephants. This review paper was designed to address the effect of this economically important disease in countries on the Red Sea, especially in Egypt, Sudan, Somalia, and Saudi Arabia during the period 2010 to 2020. The prevalence of trypanosomiasis is different between these countries due to different types of diagnostic methods (Giemsa-stained blood smears, Hematocrit centrifugation, Serological test, and molecular analysis PCR) used and differential distribution of vector (Tse tse) flies. In current review, retrospective studies of published literature on distribution and prevalence of Trypanosoma evansi infection in the Red Sea Countries was conducted [Google Scholar and PubMed were used to retrieve the published literature from 2000-2020. A total of 77 published articles met the eligibility criteria and were reviewed. A total of 16 reports have been reported on the prevalence and distribution of Trypnosoma evansi infection in the Red Sea Countries have been from 2010-2020]. According to the published literature, we can say that trypanosomiasis in camels are more prevalent in Sudan than in other countries, followed by 17% and 51.78% in both clinical and non-clinical cases. Hence, the reliable diagnostic tests should be used for rapid treatment or control of the disease as if not treated appropriately in early-stage, can lead to death of the camels.

Resumo A tripanossomíase é uma infecção por protozoário que afeta humanos e animais em quase todas as partes do mundo. Pode afetar grande variedade de hospedeiros domésticos e selvagens, incluindo camelídeos, equinos, gado, búfalos, ovelhas, cabras, porcos, cães e outros carnívoros, veados, gazelas e elefantes. Este artigo de revisão foi elaborado para abordar o efeito dessa doença economicamente importante em países do mar Vermelho, especialmente Egito, Sudão, Somália e Arábia Saudita, durante o período de 2010 a 2020. A prevalência de tripanossomíase é diferente entre esses países devido a tipos distintos de métodos diagnósticos (esfregaços de sangue corados com Giemsa, centrifugação de hematócrito, teste sorológico e PCR de análise molecular) usados ​​e distribuição diferencial de moscas vetoras (tsé-tsé). Na revisão atual, foram realizados estudos retrospectivos da literatura publicada sobre distribuição e prevalência da infecção por Trypanosoma evansi nos países do mar Vermelho [Google Scholar e PubMed foram usados ​​para recuperar a literatura publicada de 2000 a 2020. Um total de 77 artigos publicados preencheu os critérios de elegibilidade e foi revisado. E há também 16 relatos sobre a prevalência e distribuição da infecção por Trypnosoma evansi nos países do mar Vermelho, de 2010 a 2020]. De acordo com a literatura publicada, podemos afirmar que a tripanossomíase em camelos é mais prevalente no Sudão do que em outros países, seguida por 17% e 51,78% em casos clínicos e não clínicos. Assim, os testes diagnósticos confiáveis ​​devem ser utilizados para o tratamento rápido ou controle da doença, pois, se eles não forem tratados de forma adequada na fase inicial, isso pode levar à morte dos camelos.

An RT-rtPCR assay for detection of rabies virus in bovine specimens / Um ensaio RT-rtPCR para detecção de vírus da raiva em espécimes bovinos

ABSTRACT: Bovine rabies is endemic in most Brazilian States, including Rio Grande do Sul (RS), which has faced an unprecedented rabies outbreak between 2011 and 2018. We described a real-time reverse transcription quantitative PCR (RT-rtPCR) for detection of rabies virus (RABV) in bovine samples. The primers were designed targeting a highly conserved region of the nucleoprotein (N) gene of RABV obtained from cattle. The detection limit corresponded to 13 DNA copies and the intra- and inter-run repeatability was adequate (CV<9%) in all dilutions tested. Amplification of other pathogens associated with neurological disease in cattle or cross-contamination was not observed. Brain samples from cattle suspicious of rabies (n=21) were tested in triplicate by the RT-rtPCR and by the gold-standard direct fluorescent antibody test (DFAT), resulting in 100% of sensitivity and specificity of the RT-rtPCR. Testing of additional 41 bovine brain samples submitted to the routine DFAT testing yielded 37 (90.2%) concordant results (30 positive/7 negative) and 4 (9.7%) inconclusive in DFAT and RT-rtPCR positive. These results showed a good concordance between the tests and a higher sensitivity of the RT-rtPCR. This assay represents an alternative for RABV detection, either as a confirmatory test or for large-scale diagnosis in endemic regions.

RESUMO: A raiva bovina é endêmica na maioria dos estados brasileiros, inclusive no Rio Grande do Sul (RS), que enfrentou um surto de raiva sem precedentes entre 2011 e 2018. Descrevemos um PCR quantitativo de transcrição reversa em tempo real (RT-rtPCR) para detecção do vírus da raiva (RABV) em bovinos. Os primers foram desenhados visando uma região altamente conservada do gene da nucleoproteína (N) de RABV obtido de bovinos. O limite de detecção correspondeu a 13 cópias de DNA e a repetibilidade intra e inter-ensaios foi adequada (CV <9%) em todas as diluições testadas. Não foi observada amplificação de outros patógenos associados a doenças neurológicas em bovinos ou contaminação cruzada. Amostras de cérebro de bovinos com suspeita de raiva (n = 21) foram testadas em triplicata no RT-rtPCR e pelo teste de anticorpo fluorescente padrão ouro (DFAT), resultando em 100% de sensibilidade e especificidade do RT-rtPCR. O teste de 41 amostras de cérebro bovino adicionais submetidas ao teste de DFAT de rotina rendeu 37 (90,2%) resultados concordantes (30 positivos / sete negativos) e quatro (9,7%) inconclusivos em DFAT e RT-rtPCR positivo. Esses resultados mostraram boa concordância entre os testes e maior sensibilidade do RT-rtPCR. Este ensaio representa uma alternativa para a detecção do vírus da raiva, seja como teste confirmatório ou para diagnóstico em larga escala em regiões endêmicas.

An RT-rtPCR assay for detection of rabies virus in bovine specimens / Um ensaio RT-rtPCR para detecção de vírus da raiva em espécimes bovinos

Bovine rabies is endemic in most Brazilian States, including Rio Grande do Sul (RS), which has faced an unprecedented rabies outbreak between 2011 and 2018. We described a real-time reverse transcription quantitative PCR (RT-rtPCR) for detection of rabies virus (RABV) in bovine samples. The primers were designed targeting a highly conserved region of the nucleoprotein (N) gene of RABV obtained from cattle. The detection limit corresponded to 13 DNA copies and the intra- and inter-run repeatability was adequate (CV<9%) in all dilutions tested. Amplification of other pathogens associated with neurological disease in cattle or cross-contamination was not observed. Brain samples from cattle suspicious of rabies (n=21) were tested in triplicate by the RT-rtPCR and by the gold-standard direct fluorescent antibody test (DFAT), resulting in 100% of sensitivity and specificity of the RT-rtPCR. Testing of additional 41 bovine brain samples submitted to the routine DFAT testing yielded 37 (90.2%) concordant results (30 positive/7 negative) and 4 (9.7%) inconclusive in DFAT and RT-rtPCR positive. These results showed a good concordance between the tests and a higher sensitivity of the RT-rtPCR. This assay represents an alternative for RABV detection, either as a confirmatory test or for large-scale diagnosis in endemic regions.

A raiva bovina é endêmica na maioria dos estados brasileiros, inclusive no Rio Grande do Sul (RS), que enfrentou um surto de raiva sem precedentes entre 2011 e 2018. Descrevemos um PCR quantitativo de transcrição reversa em tempo real (RT-rtPCR) para detecção do vírus da raiva (RABV) em bovinos. Os primers foram desenhados visando uma região altamente conservada do gene da nucleoproteína (N) de RABV obtido de bovinos. O limite de detecção correspondeu a 13 cópias de DNA e a repetibilidade intra e inter-ensaios foi adequada (CV <9%) em todas as diluições testadas. Não foi observada amplificação de outros patógenos associados a doenças neurológicas em bovinos ou contaminação cruzada. Amostras de cérebro de bovinos com suspeita de raiva (n = 21) foram testadas em triplicata no RT-rtPCR e pelo teste de anticorpo fluorescente padrão ouro (DFAT), resultando em 100% de sensibilidade e especificidade do RT-rtPCR. O teste de 41 amostras de cérebro bovino adicionais submetidas ao teste de DFAT de rotina rendeu 37 (90,2%) resultados concordantes (30 positivos / sete negativos) e quatro (9,7%) inconclusivos em DFAT e RT-rtPCR positivo. Esses resultados mostraram boa concordância entre os testes e maior sensibilidade do RT-rtPCR. Este ensaio representa uma alternativa para a detecção do vírus da raiva, seja como teste confirmatório ou para diagnóstico em larga escala em regiões endêmicas.

Review on trypanosomiasis and their prevalence in some country on the Red Sea / Avaliação da tripanossomíase e sua prevalência em alguns países do mar Vermelho

Trypanosomiasis is a protozoan infection affecting both human and animals in almost all parts of the world. It can affect a very large range of domestic and wild hosts including camelids, equines, cattle, buffaloes, sheep, goats, pigs, dogs and other carnivores, deer, gazelles and elephants. This review paper was designed to address the effect of this economically important disease in countries on the Red Sea, especially in Egypt, Sudan, Somalia, and Saudi Arabia during the period 2010 to 2020. The prevalence of trypanosomiasis is different between these countries due to different types of diagnostic methods (Giemsa-stained blood smears, Hematocrit centrifugation, Serological test, and molecular analysis PCR) used and differential distribution of vector (Tse tse) flies. In current review, retrospective studies of published literature on distribution and prevalence of Trypanosoma evansi infection in the Red Sea Countries was conducted [Google Scholar and PubMed were used to retrieve the published literature from 2000-2020. A total of 77 published articles met the eligibility criteria and were reviewed. A total of 16 reports have been reported on the prevalence and distribution of Trypnosoma evansi infection in the Red Sea Countries have been from 2010-2020]. According to the published literature, we can say that trypanosomiasis in camels are more prevalent in Sudan than in other countries, followed by 17% and 51.78% in both clinical and non-clinical cases. Hence, the reliable diagnostic tests should be used for rapid treatment or control of the disease as if not treated appropriately in early-stage, can lead to death of the camels.(AU)

A tripanossomíase é uma infecção por protozoário que afeta humanos e animais em quase todas as partes do mundo. Pode afetar grande variedade de hospedeiros domésticos e selvagens, incluindo camelídeos, equinos, gado, búfalos, ovelhas, cabras, porcos, cães e outros carnívoros, veados, gazelas e elefantes. Este artigo de revisão foi elaborado para abordar o efeito dessa doença economicamente importante em países do mar Vermelho, especialmente Egito, Sudão, Somália e Arábia Saudita, durante o período de 2010 a 2020. A prevalência de tripanossomíase é diferente entre esses países devido a tipos distintos de métodos diagnósticos (esfregaços de sangue corados com Giemsa, centrifugação de hematócrito, teste sorológico e PCR de análise molecular) usados e distribuição diferencial de moscas vetoras (tsé-tsé). Na revisão atual, foram realizados estudos retrospectivos da literatura publicada sobre distribuição e prevalência da infecção por Trypanosoma evansi nos países do mar Vermelho [Google Scholar e PubMed foram usados para recuperar a literatura publicada de 2000 a 2020. Um total de 77 artigos publicados preencheu os critérios de elegibilidade e foi revisado. E há também 16 relatos sobre a prevalência e distribuição da infecção por Trypnosoma evansi nos países do mar Vermelho, de 2010 a 2020]. De acordo com a literatura publicada, podemos afirmar que a tripanossomíase em camelos é mais prevalente no Sudão do que em outros países, seguida por 17% e 51,78% em casos clínicos e não clínicos. Assim, os testes diagnósticos confiáveis devem ser utilizados para o tratamento rápido ou controle da doença, pois, se eles não forem tratados de forma adequada na fase inicial, isso pode levar à morte dos camelos.(AU)

Prevalence of active HCV infection and genotypic distribution among the general population of district Mardan, Pakistan / Prevalência de infecção HCV ativa a distribuição genotípica entre a população geral do distrito de Mardan, Paquistão

Hepatitis C virus (HCV) is the serious global public health burden of liver disease. Approximately 170 million people in the world are infected with (HCV). In Pakistan, where the disease has high occurrence rate. The present study envisages an up-to-date prevalence of HCV and genotypic distribution in the general population of Mardan District, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Pakistan. The blood samples from 6,538 individuals including 3,263 males and 3,275 females were analyzed for hepatitis C surface antigen by Immuno-chromatographic test (ICT), Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), and reverse transcription-polymerase chain reaction (PCR). It was found that 396 (12.13%) out of 3263 individuals contained antibodies in their blood against HCV, while among the different age groups, the highest incidences of HCV antibodies were found in the 31-40 age group (11.01%). The ICT positive samples were further screened by nested PCR to determine the existence of active HCV-RNA. It was identified that 7.11% (3263) of the total population (6538) tested was positive, among which the 461 (14.07%) females possessed antibodies in their blood against HCV. Our data showed total HCV infection in the investigated population was 5.78%. Higher percentage of HCV prevalence was detected in males than females in the age group 31-40 and 41-50. To compare the prevalence of HCV genotypes age-wise in male and female genotype 3a was found most prevalent genotype followed by 1a, 2a and 3b, respectively.(AU)

O vírus da hepatite C (HCV) é o grave problema de saúde pública das doenças hepáticas. Aproximadamente 170 milhões de pessoas no mundo estão infectadas com HCV; no Paquistão, a doença tem alto índice de ocorrência. O presente estudo prevê uma prevalência atualizada do HCV e distribuição genotípica na população geral do distrito de Mardan, Khyber Pakhtunkhwa (KP), Paquistão. As amostras de sangue de 6.538 indivíduos, incluindo 3.263 homens e 3.275 mulheres, foram analisadas para o antígeno de superfície da hepatite C por teste imunocromatográfico (ICT), ensaio imunoenzimático (ELISA) e reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (PCR). Verificou-se que 396 (12,13%) de 3.263 indivíduos continham anticorpos no sangue contra o HCV, enquanto entre as diferentes faixas etárias as maiores incidências de anticorpos anti-HCV foram encontradas na faixa etária de 31 a 40 anos (11,01%). As amostras positivas para ICT foram posteriormente rastreadas por nested PCR para determinar a existência de HCV-RNA ativo. Identificou-se que 7,11% (3.263) do total da população (6.538) testada foram positivos, dentre os quais 461 (14,07%) mulheres possuíam anticorpos no sangue contra o HCV. Nossos dados mostraram que a infecção total pelo HCV na população investigada foi de 5,78%. Maior porcentagem de prevalência de HCV foi detectada em homens do que em mulheres nas faixas etárias de 31-40 e 41-50. Para comparar a prevalência de genótipos de HCV com relação à idade no genótipo masculino e feminino 3a foi encontrado o genótipo mais prevalente seguido por 1a, 2a e 3b, respectivamente.(AU)

Molecular detection of Mycoplasma gallisepticum in different poultry breeds of Abbottabad and Rawalpindi, Pakistan / Detecção molecular de Mycoplasma gallisepticum em diferentes raças de aves de Abbottabad e Rawalpindi, Paquistão

The poultry sector in Pakistan is contributing mainly in bridging gap between demand and supply for protein. Mycoplasma gallisepticum is an emerging bacterium causing serious problems in poultry industry of Pakistan. A cross-sectional study was conducted to evaluate the M. gallisepticum load in poultry populated regions of Pakistan. Total 600 serum and 600 swab samples were collected, 200 from each broiler, layers and breeders poultry in Rawalpindi and Abbottabad districts. Serum samples were analyzed through ELISA for seroprevalence. Swabs were cultured on Frey’s medium followed by PCR and partial mgc2 gene sequencing. Results of seroprevalence of M. gallisepticum showed that layers (75%, n=150) are more positive as compared to breeders (70%, n=140) and broilers (50%, n=100). Typical colonies of the M. gallisepticum were observed in breeder (26.5%), followed by layer (21%) and broilers (9%). A total of 37.1% (n=42) samples were identified positive through PCR out of total 113 cultured based positive samples. A total of six M. gallisepticum isolates of current study showed 98-99 percent similarity with previously reported isolates on the basis of mgc2 gene partial sequencing. The M. gallisepticum was found highly prevalent in different poultry breads. Results of this study would add into basic data and provide a direction for livestock sector to strengthen a control strategy for mycoplasmosis in poultry farms.

O setor avícola do Paquistão está contribuindo principalmente para preencher a lacuna entre a demanda e a oferta de proteína. Mycoplasma gallisepticum é uma bactéria emergente que causa sérios problemas na indústria avícola do Paquistão. Um estudo transversal foi conduzido para avaliar a carga de M. gallisepticum em regiões de avicultura do Paquistão. Um total de 600 amostras de soro e 600 amostras de esfregaço foi coletado, 200 de cada frango de corte, poedeiras e aves reprodutoras nos distritos de Rawalpindi e Abbottabad. Amostras de soro foram analisadas por ELISA para soroprevalência. As zaragatoas foram cultivadas em meio Frey, seguido de PCR e sequenciação parcial do gene mgc2. Os resultados da soroprevalência de M. gallisepticum mostraram que as poedeiras (75%, n = 150) são mais positivas em comparação com matrizes (70%, n = 140) e frangos de corte (50%, n = 100). Colônias típicas de M. gallisepticum foram observadas em reprodutoras (26,5%), seguidas de poedeiras (21%) e frangos de corte (9%). Um total de 37,1% (n = 42) das amostras foi identificado como positivas por PCR de um total de 113 amostras positivas baseadas em cultura. Um total de seis isolados de M. gallisepticum do estudo atual mostrou 98-99% de similaridade com isolados relatados anteriormente com base no sequenciamento parcial do gene mgc2. O M. gallisepticum foi encontrado com alta prevalência em diferentes pães de aves. Os resultados deste estudo acrescentariam dados básicos e forneceriam orientação para o setor pecuário fortalecer uma estratégia de controle da micoplasmose em granjas avícolas.

Prevalence and association of mycoplasma infection in the development of coronary artery disease / Prevalência e associação de infecção por micoplasma no desenvolvimento de doença arterial coronariana

Coronary heart disease (CHD) has been associated with significant morbidity and mortality worldwide. Although remain controversial, several studies have demonstrated the association of M. pneumoniae infections with atherosclerosis. We evaluated the possible association of mycoplasma infections in patients diagnosed with atherosclerosis by ELISA and PCR methods. Atherosclerotic tissue samples and blood samples were collected for the detection of mycoplasma antibodies (IgA) by ELISA from the 97 patients with coronary artery disease (CAD). M. pneumoniae specific IgA, IgG and IgM were measured by using the Anti-M. pneumoniae IgA/IgG/IgM ELISA. Detection of M. pneumoniae targeting the P1 adhesion gene was performed by PCR Acute infection of M. pneumoniae was diagnosed in 43.3% (42) of patients by PCR. The M. pneumoniae specific antibodies were detected in 36.1% (35) of patients. Twenty-five (25.8%) cases had IgG antibodies, 15 (15.5%) cases had IgM antibodies, 3 (3.1%) cases had IgA antibodies, 10 (10.3%) cases had both IgM + IgG antibodies and 1 (1%) case of each had IgM + IgA and IgG + IgA antibodies. None of the cases was positive for all three antibodies. A Pearson correlation coefficient analysis revealed an excellent correlation between the PCR and the serological results (r=0.921, p70 years of age. Our study reported an unusually higher prevalence of M. pneumoniae by serological tests (36.1%) and PCR (43.3%). Although the hypothesis of the association of M. pneumoniae and CAD is yet to be proven, the unusually high prevalence of M. pneumoniae in CAD patients indicates an association, if not, in the development of atherosclerosis.

A doença coronariana (DCC) tem sido associada a significativa morbidade e mortalidade em todo o mundo. Embora ainda sejam controversos, vários estudos têm demonstrado a associação de infecções por M. pneumoniae com aterosclerose. Avaliamos a possível associação de infecções por micoplasma em pacientes com diagnóstico de aterosclerose pelos métodos ELISA e PCR. Amostras de tecido aterosclerótico e amostras de sangue foram coletadas para a detecção de anticorpos contra micoplasma (IgA) por ELISA de 97 pacientes com doença arterial coronariana (DAC). IgA, IgG e IgM específicos para M. pneumoniae foram medidos usando o Anti-M. pneumoniae IgA / IgG / IgM ELISA. A detecção de M. pneumoniae visando o gene de adesão P1 foi realizada por PCR. A infecção aguda por M. pneumoniae foi diagnosticada em 43,3% (42) dos pacientes pela PCR. Os anticorpos específicos para M. pneumoniae foram detectados em 36,1% (35) dos pacientes. Vinte e cinco (25,8%) casos tinham anticorpos IgG, 15 (15,5%) casos tinham anticorpos IgM, 3 (3,1%) casos tinham anticorpos IgA, 10 (10,3%) casos tinham anticorpos IgM + IgG e 1 (1%) caso de cada um tinha anticorpos IgM + IgA e IgG + IgA. Nenhum dos casos foi positivo para os três anticorpos. A análise do coeficiente de correlação de Pearson revelou uma excelente correlação entre o PCR e os resultados sorológicos (r = 0,921, p 70 anos de idade. Nosso estudo relatou uma prevalência incomumente maior de M. pneumoniae por testes sorológicos (36,1%) e PCR (43,3%). Embora a hipótese da associação de M. pneumoniae e DAC ainda não tenha sido comprovada, a prevalência incomumente alta de M. pneumoniae em pacientes com DAC indica uma associação, se não, no desenvolvimento de aterosclerose.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Molecular detection of Mycoplasma gallisepticum in different poultry breeds of Abbottabad and Rawalpindi, Pakistan

Abstract The poultry sector in Pakistan is contributing mainly in bridging gap between demand and supply for protein. Mycoplasma gallisepticum is an emerging bacterium causing serious problems in poultry industry of Pakistan. A cross-sectional study was conducted to evaluate the M. gallisepticum load in poultry populated regions of Pakistan. Total 600 serum and 600 swab samples were collected, 200 from each broiler, layers and breeders poultry in Rawalpindi and Abbottabad districts. Serum samples were analyzed through ELISA for seroprevalence. Swabs were cultured on Freys medium followed by PCR and partial mgc2 gene sequencing. Results of seroprevalence of M. gallisepticum showed that layers (75%, n=150) are more positive as compared to breeders (70%, n=140) and broilers (50%, n=100). Typical colonies of the M. gallisepticum were observed in breeder (26.5%), followed by layer (21%) and broilers (9%). A total of 37.1% (n=42) samples were identified positive through PCR out of total 113 cultured based positive samples. A total of six M. gallisepticum isolates of current study showed 98-99 percent similarity with previously reported isolates on the basis of mgc2 gene partial sequencing. The M. gallisepticum was found highly prevalent in different poultry breads. Results of this study would add into basic data and provide a direction for livestock sector to strengthen a control strategy for mycoplasmosis in poultry farms.

Resumo O setor avícola do Paquistão está contribuindo principalmente para preencher a lacuna entre a demanda e a oferta de proteína. Mycoplasma gallisepticum é uma bactéria emergente que causa sérios problemas na indústria avícola do Paquistão. Um estudo transversal foi conduzido para avaliar a carga de M. gallisepticum em regiões de avicultura do Paquistão. Um total de 600 amostras de soro e 600 amostras de esfregaço foi coletado, 200 de cada frango de corte, poedeiras e aves reprodutoras nos distritos de Rawalpindi e Abbottabad. Amostras de soro foram analisadas por ELISA para soroprevalência. As zaragatoas foram cultivadas em meio Frey, seguido de PCR e sequenciação parcial do gene mgc2. Os resultados da soroprevalência de M. gallisepticum mostraram que as poedeiras (75%, n = 150) são mais positivas em comparação com matrizes (70%, n = 140) e frangos de corte (50%, n = 100). Colônias típicas de M. gallisepticum foram observadas em reprodutoras (26,5%), seguidas de poedeiras (21%) e frangos de corte (9%). Um total de 37,1% (n = 42) das amostras foi identificado como positivas por PCR de um total de 113 amostras positivas baseadas em cultura. Um total de seis isolados de M. gallisepticum do estudo atual mostrou 98-99% de similaridade com isolados relatados anteriormente com base no sequenciamento parcial do gene mgc2. O M. gallisepticum foi encontrado com alta prevalência em diferentes pães de aves. Os resultados deste estudo acrescentariam dados básicos e forneceriam orientação para o setor pecuário fortalecer uma estratégia de controle da micoplasmose em granjas avícolas.

Prevalence and association of mycoplasma infection in the development of coronary artery disease

Abstract Coronary heart disease (CHD) has been associated with significant morbidity and mortality worldwide. Although remain controversial, several studies have demonstrated the association of M. pneumoniae infections with atherosclerosis. We evaluated the possible association of mycoplasma infections in patients diagnosed with atherosclerosis by ELISA and PCR methods. Atherosclerotic tissue samples and blood samples were collected for the detection of mycoplasma antibodies (IgA) by ELISA from the 97 patients with coronary artery disease (CAD). M. pneumoniae specific IgA, IgG and IgM were measured by using the Anti-M. pneumoniae IgA/IgG/IgM ELISA. Detection of M. pneumoniae targeting the P1 adhesion gene was performed by PCR Acute infection of M. pneumoniae was diagnosed in 43.3% (42) of patients by PCR. The M. pneumoniae specific antibodies were detected in 36.1% (35) of patients. Twenty-five (25.8%) cases had IgG antibodies, 15 (15.5%) cases had IgM antibodies, 3 (3.1%) cases had IgA antibodies, 10 (10.3%) cases had both IgM + IgG antibodies and 1 (1%) case of each had IgM + IgA and IgG + IgA antibodies. None of the cases was positive for all three antibodies. A Pearson correlation coefficient analysis revealed an excellent correlation between the PCR and the serological results (r=0.921, p 0.001). A majority (17, 40.5%) of the M. pneumoniae positive patients are within the 41-50 years of age group, followed by 10 (23.8%) patients in the age group of 61-70 years and 2 (4.8%) patients were >70 years of age. Our study reported an unusually higher prevalence of M. pneumoniae by serological tests (36.1%) and PCR (43.3%). Although the hypothesis of the association of M. pneumoniae and CAD is yet to be proven, the unusually high prevalence of M. pneumoniae in CAD patients indicates an association, if not, in the development of atherosclerosis.

Resumo A doença coronariana (DCC) tem sido associada a significativa morbidade e mortalidade em todo o mundo. Embora ainda sejam controversos, vários estudos têm demonstrado a associação de infecções por M. pneumoniae com aterosclerose. Avaliamos a possível associação de infecções por micoplasma em pacientes com diagnóstico de aterosclerose pelos métodos ELISA e PCR. Amostras de tecido aterosclerótico e amostras de sangue foram coletadas para a detecção de anticorpos contra micoplasma (IgA) por ELISA de 97 pacientes com doença arterial coronariana (DAC). IgA, IgG e IgM específicos para M. pneumoniae foram medidos usando o Anti-M. pneumoniae IgA / IgG / IgM ELISA. A detecção de M. pneumoniae visando o gene de adesão P1 foi realizada por PCR. A infecção aguda por M. pneumoniae foi diagnosticada em 43,3% (42) dos pacientes pela PCR. Os anticorpos específicos para M. pneumoniae foram detectados em 36,1% (35) dos pacientes. Vinte e cinco (25,8%) casos tinham anticorpos IgG, 15 (15,5%) casos tinham anticorpos IgM, 3 (3,1%) casos tinham anticorpos IgA, 10 (10,3%) casos tinham anticorpos IgM + IgG e 1 (1%) caso de cada um tinha anticorpos IgM + IgA e IgG + IgA. Nenhum dos casos foi positivo para os três anticorpos. A análise do coeficiente de correlação de Pearson revelou uma excelente correlação entre o PCR e os resultados sorológicos (r = 0,921, p 0,001). A maioria (17, 40,5%) dos pacientes positivos para M. pneumoniae está na faixa etária de 41-50 anos, seguida por 10 (23,8%) pacientes na faixa etária de 61-70 anos e 2 (4,8%) pacientes tinham > 70 anos de idade. Nosso estudo relatou uma prevalência incomumente maior de M. pneumoniae por testes sorológicos (36,1%) e PCR (43,3%). Embora a hipótese da associação de M. pneumoniae e DAC ainda não tenha sido comprovada, a prevalência incomumente alta de M. pneumoniae em pacientes com DAC indica uma associação, se não, no desenvolvimento de aterosclerose.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Molecular detection of Mycoplasma gallisepticum in different poultry breeds of Abbottabad and Rawalpindi, Pakistan / Detecção molecular de Mycoplasma gallisepticum em diferentes raças de aves de Abbottabad e Rawalpindi, Paquistão

Abstract The poultry sector in Pakistan is contributing mainly in bridging gap between demand and supply for protein. Mycoplasma gallisepticum is an emerging bacterium causing serious problems in poultry industry of Pakistan. A cross-sectional study was conducted to evaluate the M. gallisepticum load in poultry populated regions of Pakistan. Total 600 serum and 600 swab samples were collected, 200 from each broiler, layers and breeders poultry in Rawalpindi and Abbottabad districts. Serum samples were analyzed through ELISA for seroprevalence. Swabs were cultured on Frey's medium followed by PCR and partial mgc2 gene sequencing. Results of seroprevalence of M. gallisepticum showed that layers (75%, n=150) are more positive as compared to breeders (70%, n=140) and broilers (50%, n=100). Typical colonies of the M. gallisepticum were observed in breeder (26.5%), followed by layer (21%) and broilers (9%). A total of 37.1% (n=42) samples were identified positive through PCR out of total 113 cultured based positive samples. A total of six M. gallisepticum isolates of current study showed 98-99 percent similarity with previously reported isolates on the basis of mgc2 gene partial sequencing. The M. gallisepticum was found highly prevalent in different poultry breads. Results of this study would add into basic data and provide a direction for livestock sector to strengthen a control strategy for mycoplasmosis in poultry farms.

Resumo O setor avícola do Paquistão está contribuindo principalmente para preencher a lacuna entre a demanda e a oferta de proteína. Mycoplasma gallisepticum é uma bactéria emergente que causa sérios problemas na indústria avícola do Paquistão. Um estudo transversal foi conduzido para avaliar a carga de M. gallisepticum em regiões de avicultura do Paquistão. Um total de 600 amostras de soro e 600 amostras de esfregaço foi coletado, 200 de cada frango de corte, poedeiras e aves reprodutoras nos distritos de Rawalpindi e Abbottabad. Amostras de soro foram analisadas por ELISA para soroprevalência. As zaragatoas foram cultivadas em meio Frey, seguido de PCR e sequenciação parcial do gene mgc2. Os resultados da soroprevalência de M. gallisepticum mostraram que as poedeiras (75%, n = 150) são mais positivas em comparação com matrizes (70%, n = 140) e frangos de corte (50%, n = 100). Colônias típicas de M. gallisepticum foram observadas em reprodutoras (26,5%), seguidas de poedeiras (21%) e frangos de corte (9%). Um total de 37,1% (n = 42) das amostras foi identificado como positivas por PCR de um total de 113 amostras positivas baseadas em cultura. Um total de seis isolados de M. gallisepticum do estudo atual mostrou 98-99% de similaridade com isolados relatados anteriormente com base no sequenciamento parcial do gene mgc2. O M. gallisepticum foi encontrado com alta prevalência em diferentes pães de aves. Os resultados deste estudo acrescentariam dados básicos e forneceriam orientação para o setor pecuário fortalecer uma estratégia de controle da micoplasmose em granjas avícolas.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

Prevalence and association of mycoplasma infection in the development of coronary artery disease / Prevalência e associação de infecção por micoplasma no desenvolvimento de doença arterial coronariana

Abstract Coronary heart disease (CHD) has been associated with significant morbidity and mortality worldwide. Although remain controversial, several studies have demonstrated the association of M. pneumoniae infections with atherosclerosis. We evaluated the possible association of mycoplasma infections in patients diagnosed with atherosclerosis by ELISA and PCR methods. Atherosclerotic tissue samples and blood samples were collected for the detection of mycoplasma antibodies (IgA) by ELISA from the 97 patients with coronary artery disease (CAD). M. pneumoniae specific IgA, IgG and IgM were measured by using the Anti-M. pneumoniae IgA/IgG/IgM ELISA. Detection of M. pneumoniae targeting the P1 adhesion gene was performed by PCR Acute infection of M. pneumoniae was diagnosed in 43.3% (42) of patients by PCR. The M. pneumoniae specific antibodies were detected in 36.1% (35) of patients. Twenty-five (25.8%) cases had IgG antibodies, 15 (15.5%) cases had IgM antibodies, 3 (3.1%) cases had IgA antibodies, 10 (10.3%) cases had both IgM + IgG antibodies and 1 (1%) case of each had IgM + IgA and IgG + IgA antibodies. None of the cases was positive for all three antibodies. A Pearson correlation coefficient analysis revealed an excellent correlation between the PCR and the serological results (r=0.921, p<0.001). A majority (17, 40.5%) of the M. pneumoniae positive patients are within the 41-50 years of age group, followed by 10 (23.8%) patients in the age group of 61-70 years and 2 (4.8%) patients were >70 years of age. Our study reported an unusually higher prevalence of M. pneumoniae by serological tests (36.1%) and PCR (43.3%). Although the hypothesis of the association of M. pneumoniae and CAD is yet to be proven, the unusually high prevalence of M. pneumoniae in CAD patients indicates an association, if not, in the development of atherosclerosis.

Resumo A doença coronariana (DCC) tem sido associada a significativa morbidade e mortalidade em todo o mundo. Embora ainda sejam controversos, vários estudos têm demonstrado a associação de infecções por M. pneumoniae com aterosclerose. Avaliamos a possível associação de infecções por micoplasma em pacientes com diagnóstico de aterosclerose pelos métodos ELISA e PCR. Amostras de tecido aterosclerótico e amostras de sangue foram coletadas para a detecção de anticorpos contra micoplasma (IgA) por ELISA de 97 pacientes com doença arterial coronariana (DAC). IgA, IgG e IgM específicos para M. pneumoniae foram medidos usando o Anti-M. pneumoniae IgA / IgG / IgM ELISA. A detecção de M. pneumoniae visando o gene de adesão P1 foi realizada por PCR. A infecção aguda por M. pneumoniae foi diagnosticada em 43,3% (42) dos pacientes pela PCR. Os anticorpos específicos para M. pneumoniae foram detectados em 36,1% (35) dos pacientes. Vinte e cinco (25,8%) casos tinham anticorpos IgG, 15 (15,5%) casos tinham anticorpos IgM, 3 (3,1%) casos tinham anticorpos IgA, 10 (10,3%) casos tinham anticorpos IgM + IgG e 1 (1%) caso de cada um tinha anticorpos IgM + IgA e IgG + IgA. Nenhum dos casos foi positivo para os três anticorpos. A análise do coeficiente de correlação de Pearson revelou uma excelente correlação entre o PCR e os resultados sorológicos (r = 0,921, p < 0,001). A maioria (17, 40,5%) dos pacientes positivos para M. pneumoniae está na faixa etária de 41-50 anos, seguida por 10 (23,8%) pacientes na faixa etária de 61-70 anos e 2 (4,8%) pacientes tinham > 70 anos de idade. Nosso estudo relatou uma prevalência incomumente maior de M. pneumoniae por testes sorológicos (36,1%) e PCR (43,3%). Embora a hipótese da associação de M. pneumoniae e DAC ainda não tenha sido comprovada, a prevalência incomumente alta de M. pneumoniae em pacientes com DAC indica uma associação, se não, no desenvolvimento de aterosclerose.