Phylogenetic classification of feline immunodeficiency virus

Background: The feline immunodeficiency virus (FIV) is responsible for a retroviral disease that affects domestic and wild cats worldwide, causing Feline Acquired Immunodeficiency Syndrome (FAIDS). FIV is a lentivirus from the family Retroviridae and its genome has 3 main structural genes: gag, pol and env. Phylogenetic studies have classified FIV into 7 subtypes according to the diversity among strains from the World, mainly in the env gene. Epidemiological analyses have demonstrated the high predominance of FIV-A and FIV-B. This in silico study aimed to perform a phylogenetic analysis to study FIV diversity worldwide. Materials, Methods & Results: A total of 60 whole genome sequences (WGS) and 122 FIV env gene sequences were included in 2 datasets, which were aligned using MAFFT version 7. Recombination among genomes and/or env genes was analyzed with RDP5 software. Phylogenetic analyses with both datasets were performed, after removing the recombinant sequences, by the W-IQ-TREE and constructed and edited by the FigTree. A total of 12 recombination events involving 19 WGS were detected. In addition, 27 recombination events involving 49 sequences were observed in the env gene. A high rate of recombinants was observed inter-subtypes (A/B and B/D) and intra-subtypes (A/A). All recombinants were removed from the subsequent phylogenetic analyses. Phylogenies demonstrated 6 distinct main clades, 5 from domestic cats (A, B, C, E, U) and 1 from wild cat sequences (W) in the WGS, as well as in the specific env gene analyses. Most clustered with subtype B sequences. In the WGS analysis, clade B had a prevalence of 65.9% Brazilian sequences (27/41) and 2.4% Japanese sequences (1/41). In the env gene analyses, clade B showed a prevalence of 43.8% of Brazilian sequences (32/73) and 20.5% of USA sequences (15/73). The results of both analyses also confirm the FIV-wide geographical distribution around the world. In the phylogenetic analyses carried out with WGS, sequences from China (1/41; 2.4%), Colombia (1/41; 2.4%) and the USA (1/41; 2.4%) were identified in clade A; sequence from Canada in clade C (1/41; 2.4%); sequence from Botswana belonged to clade E (1/41; 2.4%); sequences from Brazil clustered into clade U (2/41; 5% - data not yet published); and sequences belonging to the clade W were from Canada (1/41; 2.4%) and the USA (5/41; 12.3%). Specific env gene phylogenetic analyses showed sequences from Colombia (1/73; 1.4%), France (2/73; 2.7%), the Netherlands (3/73; 4.1%), Switzerland (2/73; 2.7%), USA (6/73; 8.3%), belonging to clade A; sequence from Canada belonging to clade C (1/73; 1.4%); sequences from Brazil belonging to clade U (2/73; 5% - data not yet published); and sequences belonging to clade W from the USA (6/73; 8.3%). Discussion: The results presented here demonstrate that FIV has a rapid viral evolution due to recombination and mutation events, more specifically in the env gene, which is highly variable. Currently, this retrovirus is classified into 7 subtypes (A, B, C, D, E, F and U-NZenv) according to their high genomic diversity. It also highlighted the importance of in silico sequence and phylogeny studies to demonstrate evolutionary processes. This was the first study to address the WGS FIV diversity with a phylogenetic approach.

Morphological and molecular characterization of the monogenean gill parasite, Acleotrema maculatus, infecting Argyrops filamentosus fish in the Red Sea, Saudi Arabia / Caracterização morfológica e molecular do parasita monogênico de brânquias, Acleotrema maculatus, que infecta o peixe Argyrops filamentosus no Mar Vermelho, Arábia Saudita

Fish are considered one of the important sources of protein which are invaded by different parasites. This study aimed to shed light on monogenean parasites that infect fish within the family Sparidae in Saudi Arabia. A total of 30 Argyrops filamentosus specimens were collected from the Red Sea, the city of Jeddah (Saudi Arabia), and then examined for the presence of monogenean parasites. Parasitic species were isolated and studied morphologically using light microscopic examination and molecularly via the partial sequencing of the 28S rRNA gene. Only a monogenean parasitic species has been identified. This parasite is morphologically and morphometric compatible with previously Acleotrema maculatus Morsy, El-Fayoumi & Fahmy (2014), identified from Plectropomus maculatus in the Red Sea, Egypt. Phylogeny revealed that this putative diplectanid species nested well within a clade clustering Diplectanidae species, which along with morphological data, suggests it is a member of the genus Acleotrema. Query sequences showed identities of 98.92% for 28S rRNA (AF026118.1) of Acleotrema sp. This study reflects the first account of this genus as endoparasite taxa of the examined sparid fish, as well as providing novel DNA data for this species.

Os peixes são considerados uma das fontes importantes de proteína e são invadidos por diferentes parasitas. O objetivo deste estudo foi esclarecer os parasitas monogênicos que infectam peixes da família Sparidae na Arábia Saudita. Um total de 30 espécimes de Argyrops filamentosus foi coletado no Mar Vermelho, na cidade de Jeddah (Arábia Saudita), e depois examinado quanto à presença de parasitas monogênicos. As espécies parasitárias foram isoladas e estudadas morfologicamente por meio de exame microscópico leve e molecularmente por meio do sequenciamento parcial do gene 28S rRNA. Apenas uma espécie de parasita monogênico foi identificada. Esse parasita é morfologicamente e morfometricamente compatível com o Acleotrema maculatus Morsy, El-Fayoumi & Fahmy (2014), identificado anteriormente em Plectropomus maculatus no Mar Vermelho, Egito. A filogenia revelou que essa suposta espécie de diplectanídeo se aninhou bem em um clado que agrupa espécies de Diplectanidae, o que, juntamente com dados morfológicos, sugere que é um membro do gênero Acleotrema. As sequências de consulta mostraram identidades de 98,92% para 28S rRNA (AF026118.1) de Acleotrema sp. Este estudo reflete o primeiro relato desse gênero como táxon endoparasitário do peixe esparídeo examinado, além de fornecer novos dados de DNA para essa espécie.

The molecular investigations on the subgenus Artemisia Less. of the genus Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey / Investigações moleculares sobre o subgênero Artemisia Less. do gênero Artemisia L. (Asteraceae) na Turquia

The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.

O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.

The molecular investigations on the subgenus Artemisia Less. of the genus Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey

Abstract The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.

Resumo O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.

The molecular investigations on the subgenus Artemisia Less. of the genus Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey / Investigações moleculares sobre o subgênero Artemisia Less. do gênero Artemisia L. (Asteraceae) na Turquia

Abstract The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.

Resumo O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados ​​no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.

The molecular investigations on the subgenus Artemisia Less. of the genus Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey / Investigações moleculares sobre o subgênero Artemisia Less. do gênero Artemisia L. (Asteraceae) na Turquia

The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.(AU)

O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.(AU)

Phylogenetic position of Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 (Digenea: Gorgoderidae), a parasite of Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824) (Anura: Leptodactylidae) in Brazil / Posição filogenética de Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 (Digenea: Gorgoderidae), parasita de Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824) (Anura: Leptodactylidae) no Brasil

During a parasite survey in Brazilian amphibians from São Paulo state, Brazil, Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 was found in the urinary bladder (11 adult worms) and (five juvenile worms) in the kidneys of the pepperfrog Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824). Parasites were examined by microscopy and 28S rDNA and COI gene were sequenced and analyzed for the molecular study. The phylogenetic reconstructions resulted in identical topologies with highly supported values in the nodes in most clades using Maximum likelihood and Bayesian inference methods and positioned G. parvicava in the subclade formed by species of subfamily Gorgoderinae parasitizing the urinary bladder of amphibians. Molecular phylogenetic data showed that this species is related to other species of Gorgoderina. In addition, new molecular data and the analyses of genetic distances provide extra comparative data, which can be applied in further investigations on the taxonomic status and the diversity among Gorgoderina spp. and host-parasite relationships.

Durante o levantamento de parasitas de anfíbios brasileiros do estado de São Paulo, Brasil, Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 foi encontrado na bexiga urinária (11 vermes adultos) e nos rins (cinco vermes juvenis) da rãpimenta Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824). Os parasitas foram examinados por microscopia e os genes 28S rDNA e COI foram sequenciados e analisados para o estudo molecular. As reconstruções filogenéticas resultaram em topologias idênticas com valores suportados nos nós na maioria dos clados, usando métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana e posicionaram G. parvicava no subclado formado por espécies da subfamília Gorgoderinae parasitando a bexiga urinária de anfíbios. Dados filogenéticos moleculares mostraram que esta espécie está relacionada a outras espécies de Gorgoderina. Além disso, novos dados moleculares e as análises de distâncias genéticas fornecem dados comparativos extras, que podem ser aplicados em futuras investigações sobre o status taxonômico e a diversidade entre Gorgoderina spp. e relações parasita-hospedeiro.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan

Abstract Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

Resumo A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Alternanthera yellow vein virus (AYVV); a betasatellite independent begomovirus infecting Sonchus palustris in Pakistan / Alternanthera yellow vein virus (AYVV); um begomovírus independente de betassatélites infectando Sonchus palustris L. no Paquistão

Satellites associated begomoviruses are the most diverse group of plant viruses in tropical and subtropical regions. In Pakistan, during field surveys in 2019-2020, Sonchus palustris (a weed plant) was observed showing begomovirus symptoms i.e., vein yellowing and mosaic patterns on leaves. Rolling circle amplification from total isolated DNA of symptomatic leaves was performed to amplify circular viral genomes. Subsequent cloning and sequencing showed that a new strain of Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) is associated with vein yellowing disease of S. palustris. The identity percentage analysis through BLAST search and SDT analysis showed that the new strain is 94-98% identical to AlYVV isolates reported from Pakistan, India and China. In phylogenetic tree, it clustered with AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] and AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] previously reported from Pakistan. There was no detectable level of betasatellite or any other satellite molecule in the samples studied here. Phylogenetic analysis of Rep and CP genes of AlYVV with corresponding genes of closely related viruses circulating in Southeast Asia showed intra-specific recombination involving both complementary and virion sense region of virus. Relaxed clock and Bayesian Skyline Plot analysis based on CP gene sequences indicated slight higher substitution rates (4.75 x 10-3 substitutions/nucleotide/year). In the Indian subcontinent satellite-associated monopartite begomoviruses predominately infect crops and non-crop plants. But AlYVV is found infecting mostly non-crop plants independent of satellite molecules. We hypothesize here that AlYVV evolved as a true monopartite begomovirus in the Indian sub-continent and could be a great threat to introduced crops under suitable conditions. Such studies are crucial to understand probable future epidemics of begomoviruses in the region.

Os begomovírus associados aos satélites são o grupo mais diversificado de vírus de plantas encontrado em regiões tropicais e subtropicais. No Paquistão, durante pesquisas de campo entre 2019 e 2020, a espécie Sonchus palustris L. (uma planta daninha) foi observada apresentando sintomas de begomovírus, ou seja, amarelecimento das veias e padrões de mosaico nas folhas. A Amplificação em Círculo Rolante (ACR) a partir de DNA isolado total de folhas sintomáticas foi realizada para amplificar genomas virais circulares. A clonagem e sequenciamento subsequentes mostraram que uma nova cepa de Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) está associada à doença do amarelecimento das veias de S. palustris. A análise da porcentagem de identidade por meio de pesquisa BLAST e análise SDT mostrou que a nova cepa é 94-98% idêntica aos isolados de AlYVV relatados no Paquistão, Índia e China. Na árvore filogenética, essa cepa se agrupou com AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] e AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] relatada anteriormente de Paquistão. Não houve nível detectável de betassatélite ou qualquer outra molécula satélite nas amostras estudadas aqui. A análise filogenética de genes Rep e CP de AlYVV com genes correspondentes de vírus intimamente relacionados que estão circulando no Sudeste Asiático mostrou recombinação intraespecífica envolvendo a região complementar e de sentido viral do vírus. Relógio molecular relaxado e análise de Bayesian Skyline Plot (BSP) com base nas sequências do gene CP indicaram taxas de substituição ligeiramente mais altas (4,75 x 10-3 substituições/nucleotídeo/ano). No subcontinente indiano, os begomovírus monopartidos associados aos satélites infectam predominantemente culturas e plantas não cultivadas. Mas o AlYVV é encontrado infectando principalmente plantas não cultivadas, independentemente de moléculas satélites. Desenvolveu-se a hipótese de que o AlYVV evoluiu como um verdadeiro begomovírus monopartido no subcontinente indiano e pode ser uma grande ameaça às culturas introduzidas em condições adequadas. Tais estudos são cruciais para entender prováveis e ​​futuras epidemias de begomovírus na região.

Investigations into the ancestry of the Grape-eye Seabass (Hemilutjanus macrophthalmos) reveal novel limits and relationships for the Acropomatiformes (Teleostei: Percomorpha)

For 175 years, an unremarkable bass, the Grape-eye Seabass (Hemilutjanus macrophthalmos), has been known from coastal waters in the Eastern Pacific. To date, its phylogenetic placement and classification have been ignored. A preliminary osteological examination of Hemilutjanus hinted that it may have affinities with the Acropomatiformes. To test this hypothesis, we conducted a phylogenetic analysis using UCE and Sanger sequence data to study the placement of Hemilutjanus and the limits and relationships of the Acropomatiformes. We show that Hemilutjanus is a malakichthyid, and our results corroborate earlier studies that have resolved a polyphyletic Polyprionidae; accordingly, we describe Stereolepididae, new family, for Stereolepis. With these revisions, the Acropomatiformes is now composed of the: Acropomatidae; Banjosidae; Bathyclupeidae; Champsodontidae; Creediidae; Dinolestidae; Epigonidae; Glaucosomatidae; Hemerocoetidae; Howellidae; Lateolabracidae; Malakichthyidae; Ostracoberycidae; Pempheridae; Pentacerotidae; Polyprionidae; Scombropidae; Stereolepididae, new family; Symphysanodontidae; Synagropidae; and Schuettea. Finally, using our new hypothesis, we demonstrate that acropomatiforms repeatedly evolved bioluminescence and transitioned between shallow waters and the deep sea.

Durante más de 175 años el Serranido ojo de uva (Hemilutjanus macrophthalmos), un pez parecido a la lubina común, se conoce de las zonas costeras del Pacífico Oriental. Al día de hoy la posición filogenética de esta especie se desconoce. Un estudio preliminar de Hemilutjanus basado en caracteres osteológicos sugirió que esta especie puede tener afinidades con el orden Acropomatiformes. Para investigar la posición filogenética de Hemilutjanus y los límites y relaciones dentro del orden Acropomatiformes realizamos análisis filogenéticos utilizando datos de secuencias Sanger y de UCEs. Demostramos que Hemilutjanus es un malakichthyid y nuestros resultados recobran Polyprionidae como una familia polifilética corroboran así estudios anteriores. En consecuencia, diagnosticamos y describimos una nueva familia de peces, Stereolepididae, que incluye ambas especies del genero Stereolepis. Con esta revisión, ahora el orden Acropomatiformes se compone de las familias: Acropomatidae; Banjosidae; Bathyclupeidae; Champsodontidae; Creediidae; Dinolestidae; Epigonidae; Glaucosomatidae; Hemerocoetidae; Howellidae; Lateolabracidae; Malakichthyidae; Ostracoberycidae; Pempheridae; Pentacerotidae; Polyprionidae; Scombropidae; Stereolepididae, nueva familia; Symphysanodontidae; Synagropidae; y Schuettea. Finalmente, utilizando nuestra hipótesis filogenética, demostramos que bioluminiscencia ha evolucionado varias veces dentro de los miembros de Acropomatiformes y tambien demostramos múltiples transiciones entre aguas someras y zonas profundas del océano dentro de este grupo.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.(AU)

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.(AU)

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

An investigation on the chloroplast and nuclear genomes of taxa belong to the subgenus Dracunculus (Bess) Rydb. of Artemisia L (Asteraceae) in Turkey / Uma investigação sobre o cloroplasto e os genomas nucleares de táxons pertencentes ao subgênero Dracunculus (Bess) Rydb. de Artemisia L (Asteraceae) na Turquia

Artemisia is one of the biggest genera in the family Asteraceae, with around 500-600 taxa at specific and sub specific levels and organised in 5 subgenera. Due to the high number of taxa, a lot taxonomists are trying to solve the problem of its classification and phylogeny but its natural classification still hasn't been achieved. In this research, 60 individuals belonging to 4 taxa of the subgenus Dracunculus of Artemisia L. in Turkey were examined. For all the examined individuals from both the same and different populations belonging to the taxa of the subgenus Dracunculus, the sequences of the regions both psbA-trnH of chloroplast DNA and ITS of nuclear DNA were determined. Also, the gene regions obtained were recorded in the NCBI GenBank database and an accession number was taken. It was found that there was no gene flow and hybridization between the four studied taxa of the subgenus Dracunculus, and these 4 taxa also completed their speciation. According to the results of this molecular study, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana and A. campestris var. araratica were proposed to be raised from the variety level to the species level. This research is important as it is the first molecular based study relating with the subgenus Dracunculus growing in Turkey.

Artemisia é um dos maiores gêneros da família Asteraceae, com cerca de 500 a 600 táxons em níveis específicos e subespecíficos e organizados em cinco subgêneros. Em razão do grande número de táxons, muitos taxonomistas estão tentando resolver o problema de sua classificação e filogenia, mas sua classificação natural ainda não foi alcançada. Nesta pesquisa, 60 indivíduos pertencentes a quatro táxons do subgênero Dracunculus de Artemisia L. na Turquia foram examinados. Para todos os indivíduos examinados de populações iguais e diferentes pertencentes aos táxons do subgênero Dracunculus, foram determinadas as sequências das regiões psbA-trnH do DNA do cloroplasto e ITS do DNA nuclear. Além disso, as regiões gênicas obtidas foram registradas no banco de dados do NCBI GenBank e um número de acesso foi obtido. Foi constatado que não houve fluxo gênico nem hibridização entre os quatro táxons estudados do subgênero Dracunculus, os quais também completaram sua especiação. De acordo com os resultados deste estudo molecular, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana e A. campestris var. araratica foram propostos para ser elevados do nível de variedade para o nível de espécie. Esta pesquisa é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com o subgênero Dracunculus em crescimento na Turquia.

An investigation on the chloroplast and nuclear genomes of taxa belong to the subgenus Dracunculus (Bess.) Rydb. of Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey

Abstract Artemisia is one of the biggest genera in the family Asteraceae, with around 500-600 taxa at specific and sub-specific levels and organised in 5 subgenera. Due to the high number of taxa, a lot taxonomists are trying to solve the problem of its classification and phylogeny but its natural classification still hasnt been achieved. In this research, 60 individuals belonging to 4 taxa of the subgenus Dracunculus of Artemisia L. in Turkey were examined. For all the examined individuals from both the same and different populations belonging to the taxa of the subgenus Dracunculus, the sequences of the regions both psbA-trnH of chloroplast DNA and ITS of nuclear DNA were determined. Also, the gene regions obtained were recorded in the NCBI GenBank database and an accession number was taken. It was found that there was no gene flow and hybridization between the four studied taxa of the subgenus Dracunculus, and these 4 taxa also completed their speciation. According to the results of this molecular study, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana and A. campestris var. araratica were proposed to be raised from the variety level to the species level. This research is important as it is the first molecular based study relating with the subgenus Dracunculus growing in Turkey.

Resumo Artemisia é um dos maiores gêneros da família Asteraceae, com cerca de 500 a 600 táxons em níveis específicos e subespecíficos e organizados em cinco subgêneros. Em razão do grande número de táxons, muitos taxonomistas estão tentando resolver o problema de sua classificação e filogenia, mas sua classificação natural ainda não foi alcançada. Nesta pesquisa, 60 indivíduos pertencentes a quatro táxons do subgênero Dracunculus de Artemisia L. na Turquia foram examinados. Para todos os indivíduos examinados de populações iguais e diferentes pertencentes aos táxons do subgênero Dracunculus, foram determinadas as sequências das regiões psbA-trnH do DNA do cloroplasto e ITS do DNA nuclear. Além disso, as regiões gênicas obtidas foram registradas no banco de dados do NCBI GenBank e um número de acesso foi obtido. Foi constatado que não houve fluxo gênico nem hibridização entre os quatro táxons estudados do subgênero Dracunculus, os quais também completaram sua especiação. De acordo com os resultados deste estudo molecular, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana e A. campestris var. araratica foram propostos para ser elevados do nível de variedade para o nível de espécie. Esta pesquisa é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com o subgênero Dracunculus em crescimento na Turquia.

An investigation on the chloroplast and nuclear genomes of taxa belong to the subgenus Dracunculus (Bess.) Rydb. of Artemisia L. (Asteraceae) in Turkey / Uma investigação sobre o cloroplasto e os genomas nucleares de táxons pertencentes ao subgênero Dracunculus (Bess.) Rydb. de Artemisia L. (Asteraceae) na Turquia

Artemisia is one of the biggest genera in the family Asteraceae, with around 500-600 taxa at specific and subspecific levels and organised in 5 subgenera. Due to the high number of taxa, a lot taxonomists are trying to solve the problem of its classification and phylogeny but its natural classification still hasn't been achieved. In this research, 60 individuals belonging to 4 taxa of the subgenus Dracunculus of Artemisia L. in Turkey were examined. For all the examined individuals from both the same and different populations belonging to the taxa of the subgenus Dracunculus, the sequences of the regions both psbA-trnH of chloroplast DNA and ITS of nuclear DNA were determined. Also, the gene regions obtained were recorded in the NCBI GenBank database and an accession number was taken. It was found that there was no gene flow and hybridization between the four studied taxa of the subgenus Dracunculus, and these 4 taxa also completed their speciation. According to the results of this molecular study, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana and A. campestris var. araratica were proposed to be raised from the variety level to the species level. This research is important as it is the first molecular based study relating with the subgenus Dracunculus growing in Turkey.

Artemisia é um dos maiores gêneros da família Asteraceae, com cerca de 500 a 600 táxons em níveis específicos e subespecíficos e organizados em cinco subgêneros. Em razão do grande número de táxons, muitos taxonomistas estão tentando resolver o problema de sua classificação e filogenia, mas sua classificação natural ainda não foi alcançada. Nesta pesquisa, 60 indivíduos pertencentes a quatro táxons do subgênero Dracunculus de Artemisia L. na Turquia foram examinados. Para todos os indivíduos examinados de populações iguais e diferentes pertencentes aos táxons do subgênero Dracunculus, foram determinadas as sequências das regiões psbA-trnH do DNA do cloroplasto e ITS do DNA nuclear. Além disso, as regiões gênicas obtidas foram registradas no banco de dados do NCBI GenBank e um número de acesso foi obtido. Foi constatado que não houve fluxo gênico nem hibridização entre os quatro táxons estudados do subgênero Dracunculus, os quais também completaram sua especiação. De acordo com os resultados deste estudo molecular, A. campestris var. campestris, A. campestris var. marschalliana e A. campestris var. araratica foram propostos para ser elevados do nível de variedade para o nível de espécie. Esta pesquisa é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com o subgênero Dracunculus em crescimento na Turquia.

Patterns of diversification and phylogenetic structure in the dorsolateral head musculature of Neotropical electric eels (Ostariophysi: Gymnotiformes), with a myological synonymy

The present study offers a broad comparative analysis of the dorsolateral head musculature in the Gymnotiformes, with detailed descriptions and illustrations of the dorsolateral head muscles of 83 species representing combined all valid genera. Results permit a detailed assessment of primary homologies and taxonomically-relevant variation across the order. This provides the basis for a myological synonymy, which organizes 33 previously proposed names for 15 recognized muscles. Morphological variation derived from dorsolateral head musculature was coded into 56 characters. When analyzed in isolation, that set of characters results in Gymnotidae as the sister group of remaining gymnotiforms, and all other currently recognized families as monophyletic groups. In a second analysis, myological characters were concatenated with other previously proposed characters into a phenotypic matrix. Results of that analysis reveal new myological synapomorphies for nearly all taxonomic categories within Gymnotiformes. A Partitioned Bremer Support (PBS) was used to asses the significance of comparative myology in elucidating phylogenetic relationships. PBS values show strongly non-uniform distributions on the tree, with positive scores skewed towards more inclusive taxa, and negative PBS values concentrated on less inclusive clades. Our results provide background for future studies on biomechanical constraints evolved in the early stages of gymnotiform evolution.(AU)

O presente estudo fornece uma ampla análise comparativa da musculatura dorsolateral da cabeça dos Gymnotiformes, com descrições detalhadas e ilustrações dos músculos dorsolaterais da cabeça de 83 espécies representando quase todos os gêneros válidos. Resultados permitem uma avaliação das homologias primárias e da variação taxonomicamente relevante na ordem. Isto fornece a base para uma sinonímia da nomenclatura miológica que organiza 33 nomes previamente propostos para os 15 músculos reconhecidos. As variações morfológicas da musculatura dorsolateral da cabeça foram codificadas em 56 caracteres. Este conjunto de dados foi inicialmente analisado isoladamente, resultando em Gymnotidae como grupo-irmão dos demais Gymnotiformes; e todas as famílias como grupos monofiléticos. Numa segunda análise, os caracteres musculares foram concatenados com uma matriz fenotípica previamente proposta compondo uma ampla matriz morfológica combinada. Os resultados desta análise revelaram novas sinapomorfias miológicas para todas as categorias taxonômicas em Gymnotiformes. O Suporte de Bremer Particionado (SBP) foi implementado para acessar a influência da miologia em elucidar os relacionamentos filogenéticos. Os valores de SBP exibem uma distribuição não uniforme na árvore, com indicadores positivos para agrupamentos mais inclusivos e valores negativos de SBP em clados menos inclusivos. Nossos resultados fornecem subsídios para investigações futuras sobre as restrições biomecânicas envolvidas nos estágios inicias da evolução dos Gymnotiformes.(AU)

Larval cestodes infecting commercial fish of Alexandria coast along the Mediterranean Sea: morphology and phylogeny / Cestóides larvais infectando peixes comerciais da costa de Alexandria ao longo do Mar Mediterrâneo: morfologia e filogenia

Members of the order Trypanorhyncha are cestode parasites that are frequently found infecting the muscles of several marine fish species, affecting fish health and resulting in consumers' rejection. Seventy­five specimens of marine fish were freshly caught from boat landing sites at the Alexandria coast along the Mediterranean Sea in Egypt, including two Carangids, the greater amberjack Seriola dumerili and the gulley jack Pseudocarans dentex; two Serranids, the Haifa grouper Epinephelus haifensis and the mottled grouper Mycteroperca rubra. Forty-five fish were infected; the infection was recorded as blastocysts embedded in fish flesh. Blastocysts were isolated and ruptured; the generated plerocerci were described morphologically, where, four different species were recovered; Callitetrarhynchus gracilis, Callitetrarhynchus speciosus, Protogrillotia zerbiae, and Grillotia brayi. The taxonomic position of these parasites was justified by multiple-sequence alignment and a phylogenetic tree was constructed following maximum likelihood analysis of the 18s rRNA sequences of the recovered worms. The accession numbers MN625168, MN625169, MN611431and MN611432 were respectively assigned to the recovered parasites. The results obtained from the molecular analyses confirmed the morphological records of the recovered parasites. Since metacestodes are found in the musculature of infected fish specimens, it is necessary to remove these areas in the commercialization of fish.(AU)

Os membros da ordem Trypanorhyncha são cestoides parasitos, frequentemente encontrados infectando os músculos de várias espécies de peixes marinhos, afetando a saúde dos peixes e resultando na rejeição por parte dos consumidores. Setenta e cinco espécimes de peixe marinho foram capturados, recentemente, nos locais de desembarque em barcos na costa de Alexandria, ao longo do Mar Mediterrâneo no Egito, incluindo dois Carangídeos, o maior "amberjack" Seriola dumerili e o "gulley jack" Pseudocarans dentex; dois Serranídeos, a garoupa Haifa Epinephelus haifensis e a garoupa mosqueada Mycteroperca rubra. Quarenta e cinco peixes foram infectados e a infecção foi registada como blastocistos embutidos na carne do peixe. Os blastocistos foram isolados e rompidos e os pleurocistos gerados foram descritos morfologicamente, nos quais, quatro espécies diferentes foram recuperadas: Callitetrarhynchus gracilis, Callitetrarhynchus speciosus, Protogrillotia zerbiae, e Grillotia brayi. A posição taxonômica destes parasitos foi justificada pelo alinhamento de sequências múltiplas e foi construída uma árvore filogenética após a análise de máxima probabilidade das sequências de rRNA dos anos 18 dos vermes recuperados. Os números de adesão MN625168, MN625169, MN611431 e MN611432 foram respectivamente atribuídos aos parasitos recuperados. Os resultados obtidos a partir das análises moleculares confirmaram os registos morfológicos dos parasitos recuperados. Uma vez que se encontram metacestodes na musculatura de espécimes de peixe infectados, é necessário remover estas áreas na comercialização de peixe.(AU)

Recent dispersal and diversification within the clingfish genus Acyrtus (Actinopterygii: Gobiesocidae), with the description of a new western Atlantic species

The genus Acyrtus (Gobiesocidae) is represented by four valid species distributed in the western Atlantic, and a recently described fifth species from the eastern Pacific. Here, we describe a new species endemic to Trindade Island, Brazil, and provide the first phylogenetic inference for the genus including all representatives. The new species can be distinguished from all its congeners by meristic and morphometric characters, as well as genetic differences. It presents low genetic diversity and, contrarily to other Trindade Island endemic fishes, shows no evidence of recent population growth. Our phylogeny reveals cryptic species and the paraphyletic nature of Acyrtus, which included Arcos nudus (western Atlantic) in a clade that separated from Arcos erythrops (tropical eastern Pacific) around 20 Mya. The three species found in the Brazilian Province, including one that remains undescribed, form a monophyletic clade which colonized the western South Atlantic around 2.6 Mya. Our study suggests that Arcos nudus should be placed in Acyrtus, and that the relationships among the closely-related Gobiesocidae genera Acyrtus (mostly from the Atlantic Ocean) and Arcos (from the Pacific Ocean) need further investigation.(AU)

O gênero Acyrtus (Gobiesocidae) é representado por quatro espécies válidas encontradas no Atlântico ocidental e uma recentemente descrita do Pacífico oriental. Aqui descrevemos uma nova espécie endêmica da Ilha da Trindade, Brasil, e apresentamos a primeira inferência filogenética para o gênero incluindo todos os representantes. A nova espécie pode ser distinguida de suas congêneres por caracteres merísticos e morfométricos, bem como por diferenças genéticas. A espécie apresenta baixa diversidade genética, entretanto, diferentemente de outras espécies endêmicas da Ilha da Trindade, não mostra evidência de expansão populacional recente. A filogenia obtida revelou a existência de espécies crípticas e a natureza parafilética de Acyrtus, o qual inclui Arcos nudus (do Atlântico ocidental), e que é separado de Arcos erythrops (do Pacifico tropical oriental) por cerca de 20 milhões de anos. As três espécies encontradas no Brasil, incluindo uma ainda não descrita, formam um clado monofilético que colonizou o Atlântico Sul ocidental há cerca de 2,6 milhões de anos. Nosso estudo sugere que Arcos nudus deva ser alocado no gênero Acyrtus, e que as relações entre os gêneros Acyrtus (em maioria do Oceano Atlântico) e Arcos (do Oceano Pacífico) precisam ser estudadas em mais detalhes.(AU)

Divergence times of the Rhoadsia clade (Characiformes: Characidae)

The family Characidae is the most diverse group of fishes in the Neotropics with challenging systematics. The three genera Carlana, Parastremma, and Rhoadsia, formerly considered the subfamily Rhoadsiinae, are now included in the subfamily Stethaprioninae. Previous phylogenetic analyses did not include all genera of Rhoadsiinae, specifically Parastremma. Here, we estimated the phylogenetic relationships and divergence times of the genera of Rhoadsiinae (the Rhoadsia clade) relative to the most representative genera of the Characidae. We used six molecular markers from the mitochondrial and nuclear genome to estimate the phylogeny and divergence times. We confirmed the monophyly of the Rhoadsia clade. Furthermore, we estimated that the Central American genus Carlana and the western Colombian genus Parastremma diverged approximately 13 Mya (95% HPD 8.36­18.11), consistent with the early-closure estimates of the Isthmus of Panama (~15 Mya). The genus Rhoadsia, endemic to Western Ecuador and Northern Peru, was estimated to originate at around 20 Mya (95% HPD 14.35­25.43), consistent with the Andean uplift (~20 Mya).(AU)

La familia Characidae es el grupo más diverso de peces en el Neotrópico con una sistemática compleja. Los tres géneros Carlana, Parastremma y Rhoadsia, antes considerados en la subfamilia Rhoadsiinae, ahora se consideran dentro de la subfamilia Stethaprioninae. Los análisis filogenéticos publicados no incluyen todos los géneros de Rhoadsiinae, específicamente Parastremma. Aquí, estimamos las relaciones filogenéticas y los tiempos de divergencia de los géneros de Rhoadsiinae (el clado Rhoadsia) en relación con los géneros más representativos de Characidae. Utilizamos seis marcadores moleculares del genoma mitocondrial y nuclear para estimar la filogenia y el tiempo de divergencia. Confirmamos la monofilia del clado Rhoadsia. Además, estimamos que el género centroamericano Carlana y el género colombiano occidental Parastremma divergieron aproximadamente hace 13 millones de años (95% HPD 8.36­18.11), lo que es consistente con recientes estimaciones del cierre del Istmo de Panamá (~15 millones de años). Se estimó que el género Rhoadsia, endémico del oeste de Ecuador y el norte de Perú, se originó hace alrededor de 20 millones de años (95% HPD 14.35­25.43), consistente con el levantamiento de los Andes (~20 millones de años).(AU)