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1.
Ci. Rural ; 51(1)2021. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-31141

Resumo

Leporinus friderici is a migratory neotropical fish with elevated ecological and economic importance in Brazil. Microsatellite markers are highly important in population genetic studies, management, and conservation programs; however, no markers are available for this species. In this study, seven microsatellite loci, previously developed for Megaleporinus obtusidens, were successfully cross-amplified in L. friderici. Among these loci, five presented moderate to high genetic variability levels, with four to seven alleles per loci and expected heterozygosities varying from ≥ 0.574 to 1.000. These markers represent a valuable tool for the future management and ecological studies involving this species and group of neotropical fishes.(AU)


Leporinus friderici é um peixe neotropical migratório com elevada importância ecológica e econômica no Brasil. Os marcadores microssatélites são conhecidos por sua importância em estudos genéticos populacionais, programas de manejo e conservação, no entanto, não existem marcadores disponíveis para esta espécie. Neste estudo, sete locos microssatélites, previamente desenvolvidos para Megaleporinus obtusidens foram amplificados com sucesso em L. friderici. Dentre esses loci, cinco apresentaram variabilidade genética moderada a alta, com quatro a sete alelos por loci e heterozigosidades esperadas variando de ≥ 0,574 a 1.000. Esses marcadores representam uma ferramenta valiosa para futuros manejos e estudos ecológicos envolvendo esta espécie e este grupo de peixes neotropicais.(AU)


Assuntos
Animais , Marcadores Genéticos , Caraciformes/genética
2.
Semina ciênc. agrar ; 41(05, supl. 01): 2297-2306, 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1501637

Resumo

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.


O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.


Assuntos
Animais , DNA , Peixes/genética , Repetições de Microssatélites/genética
3.
Semina Ci. agr. ; 41(05, supl. 01): 2297-2306, 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-764803

Resumo

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.(AU)


O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.(AU)


Assuntos
Animais , Peixes/genética , Repetições de Microssatélites/genética , DNA
4.
Acta amaz. ; 50(3): 232-238, jul.-set. 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-760186

Resumo

The genusBryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory cross-amplification withB. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus); Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (B. orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (P. argenteus), and Cm1A8 (C. macropomum). The genetic parameters (number of alleles, effective alleles, allele richness, and expected and observed heterozygosity) and the polymorphic information content (PIC) confirmed the viability of these primers for population genetics analyses. Our study demonstrates the potential of transferability of microsatellite markers from related species and even different genera to B. falcatus, providing usefull tools for future population genetic studies in this species.(AU)


O gênero Brycon compreende um grupo de espécies de peixes de grande importância socioeconômica e biológica no Brasil. Entretanto, o conhecimento genético dessas espécies é escasso, principalmente no caso do Brycon falcatus. Diante disso, objetivou-se verificar a transferibilidade de primers heterólogos em B. falcatus. Foram avaliados primers heterólogos provenientes das espécies B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados a uma amostra de 22 indivíduos e os parâmetros genéticos foram calculados. Nove primers apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada com B. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus), Bh8, Bh13 e Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (Prochilodus argenteus) e Cm1A8 (Colossoma macropomum). Os parâmetros genéticos (número de alelos, alelos efetivos, riqueza de alelos e heterozigosidade esperada e observada) e o conteúdo de informação polimórfica (PIC) demonstraram a viabilidade da utilização dos primers para análises genéticas populacionais. Nosso estudo demonstra o potencial de transferibilidade de marcadores microssatélites de espécies relacionadas e até de gêneros diferentes para B. falcatus, fornecendo ferramentas úteis para futuros estudos genéticos populacionais nessa espécie.(AU)


Assuntos
Animais , Caraciformes/anatomia & histologia , Caraciformes/genética , Variação Genética
5.
Semina ciênc. agrar ; 37(4, supl.1): 2427-2436, jul.-ago. 2016. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1500494

Resumo

Most of the electricity used in Brazil comes from hydroelectric plants, mainly due to the great availability of its water resources. However, the construction of these plants denotes serious problems related to migration of native fish and the genetic conservation of stocks. Current study evaluates two wild population of Leporinus elongatus (piapara) located downstream (Population A - PopA) and upstream (Population B - PopB) of the Cachoeira Branca before the construction of the São Domingos hydroelectric plant (HPP) in the Mato Grosso do Sul State, Brazil. Thirty samples from caudal fins were collected and analyzed for each population. Eighty-nine fragments, including 72 polymorphic ones (80.9%), were analyzed. Low fragments (less than 0.100) in both populations (PopA = 2 and PopB = 3) were identified. Nine fixed fragments (frequency 1.000) (PopA = 3 and PopB = 6), and four exclusive fragments (PopA = 3 and PopB = 1) were also reported. The genetic variability within populations, calculated by Shannon Index and by percentage of polymorphic fragments, indicated high rates of intrapopulation variability (PopA = 0.309 and 61.80% and PopB = 0.392 and 71.90%, respectively). Genetic distance and identity rates (0.089 and 0.915, respectively) were different between populations, whilst AMOVA showed that most variations lie within the populations and not between them. Fst and Nm rates...


A maior parte da energia elétrica utilizada no Brasil provém de usinas hidrelétricas, devido principalmente à grande disponibilidade de recursos hídricos. Contudo, a construção dessas usinas pode representar graves problemas relacionados com a migração de peixes nativos e com a conservação genética dessas populações. O objetivo do presente trabalho foi avaliar duas populações naturais de Piapara (Leporinus elongatus) localizadas à jusante (População A - PopA) e montante (População B - PopB) da Cachoeira Branca no período anterior à construção da usina hidrelétrica (UHE) São Domingos, Mato Grosso do Sul - Brasil. Trinta amostras de nadadeira caudal foram coletadas e analisadas para cada população. No total, foram observados 89 fragmentos dos quais 72 foram polimórficos (80,9%). Foram identificados fragmentos de baixa frequência (menor que 0,100) em ambas as populações (PopA = 2 e PopB = 3). Nove fragmentos fixados (frequência de 1,000) (PopA = 6 e PopB = 3) e quatro fragmentos exclusivos (PopA = 3 e PopB = 1) também foram observados. A variabilidade genética dentro das populações, calculada através do índice de Shannon e pela porcentagem de fragmentos polimórficos mostrou altos valores de variabilidade intra-populacional (PopA= 0,309 e 61,80% e PopB = 0,392 e 71,90%, respectivamente). Os valores de distância e a identidade genética (0,089 e 0,915, respectivamente) mostraram dife...


Assuntos
Animais , Centrais Hidrelétricas/análise , Peixes/genética , Variação Genética
6.
Semina ciênc. agrar ; 37(4, supl.1): 2365-2374, jul.-ago. 2016. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1500509

Resumo

The genetic diversity of Piaractus mesopotamicus (pacu) and Leporinus elongatus (piapara) broodstocks used in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema is analyzed. One hundred and twenty specimens (two broodstocks of each species) from fish ponds in Palotina PR Brazil and in Salto Grande SP Brazil were assessed. Ten primers produced 96 fragments, comprising 68 (70.83%) and 94 (97.92%) polymorphic fragments for P. mesopotamicus and L. elongatus broodstocks, respectively. Differences (p 0.05) in the frequency of 15 and 27 fragments were detected for each species, without exclusive fragments. Shannon Index (0.347 - 0.572) and the percentage of polymorphic fragments (57.3% - 94.8%) revealed high intra-population genetic variability for all broodstocks. Results of molecular variance analyses (AMOVA) showed that most variations do not lie between the broodstocks but within each broodstock (89%). Genetic (0.088 and 0.142) and identity (0.916 and 0.868) distance rates demonstrated similarity between the broodstocks of each species, corroborated by Fst (0.1023 and 010.27) and Nm (4.18 and 4.33) rates, with a slight genetic difference due to genic flux. High intrapopulation genetic variability and similarity between the broodstocks of each species was also detected, proving a common ancestry...


O objetivo da pesquisa foi analisar a diversidade genética de estoques de Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piapara (Leporinus elongatus) utilizados em programas de repovoamento dos rios Paraná e Paranapanema. Foram analisados 120 exemplares (dois estoques de cada espécie) de pisciculturas das cidades de Palotina (Paraná) e da cidade de Salto Grande (São Paulo). Os 10 iniciadores produziram 96 fragmentos, dos quais 68 (70,83%) e 94 (97,92%) foram polimórficos para os estoques de P. mesopotamicus e L. elongatus, respectivamente. Foram observadas diferenças (P 0,05) na frequência de 15 e 27 fragmentos para cada espécie, sem a presença de fragmentos exclusivos. Os valores do índice de Shannon (0,347 a 0,572) e da porcentagem de fragmentos polimórficos (57,3% a 94,8%) mostraram uma alta variabilidade genética intra-populacional para todos os estoques. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) mostraram que a maior parte da variação está dentro de cada estoque (89%) e não entre os estoques. Os valores da distância (0,088 e 0,142) e identidade (0,916 e 0,868) genética demonstraram que existe similaridade entre os estoques de cada espécie, sendo corroborado pelos valores de Fst (0,1023 e 010,27) e Nm (4,18 e 4,33) que mostraram uma moderada diferenciação genética com presença de fluxo gênico. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional e...


Assuntos
Animais , Caraciformes/genética , Tamanho da Ninhada , Variação Genética
7.
Semina Ci. agr. ; 37(4, supl.1): 2365-2374, jul.-ago. 2016. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-27572

Resumo

The genetic diversity of Piaractus mesopotamicus (pacu) and Leporinus elongatus (piapara) broodstocks used in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema is analyzed. One hundred and twenty specimens (two broodstocks of each species) from fish ponds in Palotina PR Brazil and in Salto Grande SP Brazil were assessed. Ten primers produced 96 fragments, comprising 68 (70.83%) and 94 (97.92%) polymorphic fragments for P. mesopotamicus and L. elongatus broodstocks, respectively. Differences (p 0.05) in the frequency of 15 and 27 fragments were detected for each species, without exclusive fragments. Shannon Index (0.347 - 0.572) and the percentage of polymorphic fragments (57.3% - 94.8%) revealed high intra-population genetic variability for all broodstocks. Results of molecular variance analyses (AMOVA) showed that most variations do not lie between the broodstocks but within each broodstock (89%). Genetic (0.088 and 0.142) and identity (0.916 and 0.868) distance rates demonstrated similarity between the broodstocks of each species, corroborated by Fst (0.1023 and 010.27) and Nm (4.18 and 4.33) rates, with a slight genetic difference due to genic flux. High intrapopulation genetic variability and similarity between the broodstocks of each species was also detected, proving a common ancestry...(AU)


O objetivo da pesquisa foi analisar a diversidade genética de estoques de Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piapara (Leporinus elongatus) utilizados em programas de repovoamento dos rios Paraná e Paranapanema. Foram analisados 120 exemplares (dois estoques de cada espécie) de pisciculturas das cidades de Palotina (Paraná) e da cidade de Salto Grande (São Paulo). Os 10 iniciadores produziram 96 fragmentos, dos quais 68 (70,83%) e 94 (97,92%) foram polimórficos para os estoques de P. mesopotamicus e L. elongatus, respectivamente. Foram observadas diferenças (P 0,05) na frequência de 15 e 27 fragmentos para cada espécie, sem a presença de fragmentos exclusivos. Os valores do índice de Shannon (0,347 a 0,572) e da porcentagem de fragmentos polimórficos (57,3% a 94,8%) mostraram uma alta variabilidade genética intra-populacional para todos os estoques. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) mostraram que a maior parte da variação está dentro de cada estoque (89%) e não entre os estoques. Os valores da distância (0,088 e 0,142) e identidade (0,916 e 0,868) genética demonstraram que existe similaridade entre os estoques de cada espécie, sendo corroborado pelos valores de Fst (0,1023 e 010,27) e Nm (4,18 e 4,33) que mostraram uma moderada diferenciação genética com presença de fluxo gênico. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional e...(AU)


Assuntos
Animais , Caraciformes/genética , Variação Genética , Tamanho da Ninhada
8.
Semina Ci. agr. ; 37(4, supl.1): 2427-2436, jul.-ago. 2016. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-29235

Resumo

Most of the electricity used in Brazil comes from hydroelectric plants, mainly due to the great availability of its water resources. However, the construction of these plants denotes serious problems related to migration of native fish and the genetic conservation of stocks. Current study evaluates two wild population of Leporinus elongatus (piapara) located downstream (Population A - PopA) and upstream (Population B - PopB) of the Cachoeira Branca before the construction of the São Domingos hydroelectric plant (HPP) in the Mato Grosso do Sul State, Brazil. Thirty samples from caudal fins were collected and analyzed for each population. Eighty-nine fragments, including 72 polymorphic ones (80.9%), were analyzed. Low fragments (less than 0.100) in both populations (PopA = 2 and PopB = 3) were identified. Nine fixed fragments (frequency 1.000) (PopA = 3 and PopB = 6), and four exclusive fragments (PopA = 3 and PopB = 1) were also reported. The genetic variability within populations, calculated by Shannon Index and by percentage of polymorphic fragments, indicated high rates of intrapopulation variability (PopA = 0.309 and 61.80% and PopB = 0.392 and 71.90%, respectively). Genetic distance and identity rates (0.089 and 0.915, respectively) were different between populations, whilst AMOVA showed that most variations lie within the populations and not between them. Fst and Nm rates...(AU)


A maior parte da energia elétrica utilizada no Brasil provém de usinas hidrelétricas, devido principalmente à grande disponibilidade de recursos hídricos. Contudo, a construção dessas usinas pode representar graves problemas relacionados com a migração de peixes nativos e com a conservação genética dessas populações. O objetivo do presente trabalho foi avaliar duas populações naturais de Piapara (Leporinus elongatus) localizadas à jusante (População A - PopA) e montante (População B - PopB) da Cachoeira Branca no período anterior à construção da usina hidrelétrica (UHE) São Domingos, Mato Grosso do Sul - Brasil. Trinta amostras de nadadeira caudal foram coletadas e analisadas para cada população. No total, foram observados 89 fragmentos dos quais 72 foram polimórficos (80,9%). Foram identificados fragmentos de baixa frequência (menor que 0,100) em ambas as populações (PopA = 2 e PopB = 3). Nove fragmentos fixados (frequência de 1,000) (PopA = 6 e PopB = 3) e quatro fragmentos exclusivos (PopA = 3 e PopB = 1) também foram observados. A variabilidade genética dentro das populações, calculada através do índice de Shannon e pela porcentagem de fragmentos polimórficos mostrou altos valores de variabilidade intra-populacional (PopA= 0,309 e 61,80% e PopB = 0,392 e 71,90%, respectivamente). Os valores de distância e a identidade genética (0,089 e 0,915, respectivamente) mostraram dife...(AU)


Assuntos
Animais , Peixes/genética , Variação Genética , Centrais Hidrelétricas/análise
9.
Semina ciênc. agrar ; 37(4): 2365-2374, 2016.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1500409

Resumo

The genetic diversity of Piaractus mesopotamicus (pacu) and Leporinus elongatus (piapara) broodstocks used in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema is analyzed. One hundred and twenty specimens (two broodstocks of each species) from fish ponds in Palotina PR Brazil and in Salto Grande SP Brazil were assessed. Ten primers produced 96 fragments, comprising 68 (70.83%) and 94 (97.92%) polymorphic fragments for P. mesopotamicus and L. elongatus broodstocks, respectively. Differences (p 0.05) in the frequency of 15 and 27 fragments were detected for each species, without exclusive fragments. Shannon Index (0.347 - 0.572) and the percentage of polymorphic fragments (57.3% - 94.8%) revealed high intra-population genetic variability for all broodstocks. Results of molecular variance analyses (AMOVA) showed that most variations do not lie between the broodstocks but within each broodstock (89%). Genetic (0.088 and 0.142) and identity (0.916 and 0.868) distance rates demonstrated similarity between the broodstocks of each species, corroborated by Fst (0.1023 and 010.27) and Nm (4.18 and 4.33) rates, with a slight genetic difference due to genic flux. High intrapopulation genetic variability and similarity between the broodstocks of each species was also detected, proving a common ancestry.


O objetivo da pesquisa foi analisar a diversidade genética de estoques de Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piapara (Leporinus elongatus) utilizados em programas de repovoamento dos rios Paraná e Paranapanema. Foram analisados 120 exemplares (dois estoques de cada espécie) de pisciculturas das cidades de Palotina (Paraná) e da cidade de Salto Grande (São Paulo). Os 10 iniciadores produziram 96 fragmentos, dos quais 68 (70,83%) e 94 (97,92%) foram polimórficos para os estoques de P. mesopotamicus e L. elongatus, respectivamente. Foram observadas diferenças (P 0,05) na frequência de 15 e 27 fragmentos para cada espécie, sem a presença de fragmentos exclusivos. Os valores do índice de Shannon (0,347 a 0,572) e da porcentagem de fragmentos polimórficos (57,3% a 94,8%) mostraram uma alta variabilidade genética intra-populacional para todos os estoques. Os resultados das análises de variância molecular (AMOVA) mostraram que a maior parte da variação está dentro de cada estoque (89%) e não entre os estoques. Os valores da distância (0,088 e 0,142) e identidade (0,916 e 0,868) genética demonstraram que existe similaridade entre os estoques de cada espécie, sendo corroborado pelos valores de Fst (0,1023 e 010,27) e Nm (4,18 e 4,33) que mostraram uma moderada diferenciação genética com presença de fluxo gênico. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional e similarida

10.
Semina ciênc. agrar ; 37(4): 2427-2436, 2016.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1500441

Resumo

Most of the electricity used in Brazil comes from hydroelectric plants, mainly due to the great availability of its water resources. However, the construction of these plants denotes serious problems related to migration of native fish and the genetic conservation of stocks. Current study evaluates two wild population of Leporinus elongatus (piapara) located downstream (Population A - PopA) and upstream (Population B - PopB) of the Cachoeira Branca before the construction of the São Domingos hydroelectric plant (HPP) in the Mato Grosso do Sul State, Brazil. Thirty samples from caudal fins were collected and analyzed for each population. Eighty-nine fragments, including 72 polymorphic ones (80.9%), were analyzed. Low fragments (less than 0.100) in both populations (PopA = 2 and PopB = 3) were identified. Nine fixed fragments (frequency 1.000) (PopA = 3 and PopB = 6), and four exclusive fragments (PopA = 3 and PopB = 1) were also reported. The genetic variability within populations, calculated by Shannon Index and by percentage of polymorphic fragments, indicated high rates of intrapopulation variability (PopA = 0.309 and 61.80% and PopB = 0.392 and 71.90%, respectively). Genetic distance and identity rates (0.089 and 0.915, respectively) were different between populations, whilst AMOVA showed that most variations lie within the populations and not between them. Fst and Nm rates


A maior parte da energia elétrica utilizada no Brasil provém de usinas hidrelétricas, devido principalmente à grande disponibilidade de recursos hídricos. Contudo, a construção dessas usinas pode representar graves problemas relacionados com a migração de peixes nativos e com a conservação genética dessas populações. O objetivo do presente trabalho foi avaliar duas populações naturais de Piapara (Leporinus elongatus) localizadas à jusante (População A - PopA) e montante (População B - PopB) da Cachoeira Branca no período anterior à construção da usina hidrelétrica (UHE) São Domingos, Mato Grosso do Sul - Brasil. Trinta amostras de nadadeira caudal foram coletadas e analisadas para cada população. No total, foram observados 89 fragmentos dos quais 72 foram polimórficos (80,9%). Foram identificados fragmentos de baixa frequência (menor que 0,100) em ambas as populações (PopA = 2 e PopB = 3). Nove fragmentos fixados (frequência de 1,000) (PopA = 6 e PopB = 3) e quatro fragmentos exclusivos (PopA = 3 e PopB = 1) também foram observados. A variabilidade genética dentro das populações, calculada através do índice de Shannon e pela porcentagem de fragmentos polimórficos mostrou altos valores de variabilidade intra-populacional (PopA= 0,309 e 61,80% e PopB = 0,392 e 71,90%, respectivamente). Os valores de distância e a identidade genética (0,089 e 0,915, respectivamente) mostraram dife

11.
Semina Ci. agr. ; 36(6): 4013-4022, nov.-dez. 2015. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-30280

Resumo

The objective of this experiment was to evaluate the genetic diversity within three Tambaqui broodstocks (Colossoma macropomum). Eight primers were used to analyze 67 individuals collected from three fish farming in the municipalities: Porto Real do Colégio Alagoas (PRC), Araujo 1 Sergipe (AR1) and Araujo 2 Sergipe (AR2), in Brazil. Differences in the frequencies of 88 fragments and four exclusive fragments in PRC were found. High polymorphism values (from 54.38% to 64.38%) and Shannon´s index (from 0.33 to 0.37) were observed. The AMOVA showed that high variation is within each broodstock. The identity and the genetic distance among the groups ranged from 0.845 to 0.975 and from 0.025 to 0.156 respectively, and the shortest distance was found in the groups PRC x AR1 and PRC x AR2. The genetic differentiation ranged from lower to higher (Fst = 0.03 and 0.178) as well as the migratory number per generation (Nm = 5.07 to 12.8). In general, the broodstocks had high intra-population variability, and high differentiation and genetic distance within themselves.(AU)


O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de três estoques de tambaqui (Colossoma macropomum). Foram utilizados oito iniciadores para analisar 67 indivíduos, coletados de três pisciculturas nos municípios: Porto Real do Colégio Alagoas (PRC), Araujo 1 Sergipe (AR1) e Araujo 2 Sergipe (AR2), Brasil. Foram encontradas diferenças nas frequências de 88 fragmentos, com quatro fragmentos exclusivos em PRC. Observaram-se altos valores de polimorfismo (54,38 a 64,38%) e índice de Shannon (0,33 a 0,37). A AMOVA mostrou que a maior variação está dentro de cada estoque. A identidade e a distância genética entre os agrupamentos variou de 0,845 a 0,975 e 0,025 a 0,156, respectivamente, com menor distância entre os agrupamentos PRC x AR1 e PRC x AR2. A diferenciação genética variou de baixa a alta (Fst = 0,03 a 0,178) e o número de migrantes por geração foi baixo a alto (Nm = 5,07 a 12,8). De forma geral, os estoques apresentam alta variabilidade intrapopulacional e alta diferenciação e distância genética entre si.(AU)


Assuntos
Animais , Pesqueiros , Peixes/genética , Variação Genética
12.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-221539

Resumo

O acará-bandeira (Pterophyllum scalare) é um peixe de água doce que está distribuído em diversas regiões da América do Sul, estando presente na bacia do rio Amazonas, no Brasil, Colômbia, Guianas e Peru. Ele apresenta elevada demanda de mercado, estando entre uma das espécies ornamentais mais importantes. Devido a sua importância biológica, econômica e as cressentes pressões humanas sobre seu habitat, nenhum primer microssátelite foi desenvolvido para pesquisas da sua estrutura genética. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver primers espécie- específicos para o P. scalare e analisar a estrutura genética de uma população selvagem e três estoques comerciais. Foram coletadas amostras da nadadeira caudal de 24 indivíduos do rio Amazonas, na reagião de Macapá - AP, 24 da linhagem comum e 24 da linhagem marmorato e 24 da linhagem palhaço, todas de criadores de Vieras - MG. Foram indentificados oito loci polimórficos e 66 alelos com 4,250 a 4,625 alelos por locus. O conteúdo da informação polomórifica variou entre 0,031 a 0,827. Observou-se alta diferenciação genética par a par entre a população serlvagem e os estoques e moderada entre somente os estoques . Foi observado desvio no equilibrio de Hardy-Weinberg na população e nos estoques. As analises de estrutura populacional não demonstrou sobreposição entre a população e os estoquese demonstrou a existencia de duas subpopulações (selvagem) e as três (comercias). Os primers desenvolvidos servem como ferramenta para as análises de diversidade e estrutura genética e estudos de conservação do P. scalare.


The angelfish (Pterophyllum scalare) is a freshwater fish that is distributed in varius regions of South America and is present in the Amazon River basin, in Brazil, Colombia, Guyana and Peru. It has high market demand, being among one of the most important ornamental species. Due to its biological and economic importance and the increasing human pressures on its habitat, no microsatellite primer has been developed for research into its genetic structure. The objective of the present work was to develop species-specific primers for P. scalare and to analyze the genetic structure of one wild population and three commercial stocks. Samples of the caudal fin were collected from 24 individuals from the Amazon River, in the region of Macapá - AP, 24 from the common lineage, 24 from the marmorato lineage and 24 from the clown lineage, all from fish farms from Vieras - MG. Eight polymorphic loci and 66 alleles were identified with 4,250 to 4,625 alleles per locus. The content of the polomorphic information ranged from 0.031 to 0.827. It was observed high pairwise genetic differentiation between population and stocks and moderate between only stocks. Hardy-Weinberg equilibrium deviation in population and stocks was observed. Population structure analyzes showed no overlap between population and the stocking showed two subpopulations (wild) and the three (commercial). The developed primers serve as a tool for the analysis of diversity and genetic structure and conservation studies of P. scalare. Key-words: Genetic conservation. Molecular marker. Ornamental aquaculture. Population structure. SSR.

13.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-221082

Resumo

O Mato Grosso (Hyphessobrycon eques) é um peixe de água doce presente em diversos rios e bacias da América do Sul. Esse peixe possui grande importância do ponto de vista biológico, científico e econômico no Brasil e no mundo. Nesse estudo, foi desenvolvido e caracterizado os primeiros primers microssatélites para o H. eques, e testado a transferibilidade dos primers em uma espécie ornamental relacionada (Serrapinnus notomelas) (Characidae). Uma análise genética de 44 espécimes de H. eques, oriundos de uma população natural (WIL) e um estoque em cativeiro (CAP), revelou oito loci com elevado grau de polimorfismo. Foram produzidos um total de 45 alelos, variando de 126 pb (Hype2G2) e 420 pb (Hype2E2). Um desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (p<0,05) foi observado em um loci em WIL (Hype1G4) e três loci em CAP (Hype1F4, Hype2C3 e Hype2G2). A presença de alelos nulos (p<0,05) ocorreu em apenas um locus (Hype1G4). As populações WIL e CAP apresentaram alta diferenciação genética entre si. O teste de amplificação cruzada em S. notomelas, revelou que apenas dois loci (Hype2C3 e Hype2G2B) apresentaram resultados satisfatórios de transferibilidade. Os primers microssatélites desenvolvidos serão uteis em estudos de diversidade genética e estrutura populacional em populações selvagens e pisciculturas de H.eques no Brasil e nas bacias da América do Sul.


Jewel tetra (Hyphessobrycon eques) (Characidae) is a freshwater fish present in several rivers and basins in South America. This fish has great importance for the biological, scientific, and economic point of view in Brazil and in the world. In this study, we report the development and characterisation of the first microsatellite primers of H. eques, and we tested the transferability of primers in a related ornamental species (Serrapinus notomelas) (Characidae). A genetic analysis of 44 specimens of H. eques, from a natural population (WIL) and a stock in captivity (CAP), revealed eight loci with a high degree of polymorphism. A total of 45 alleles were produced, ranging from 126 bp (Hype2G2) to 420 bp (Hype2E2). A deviation in the Hardy-Weinberg balance (p <0.05) was observed in one locus in WIL (Hype1G4) and three loci in CAP (Hype1F4, Hype2C3 and Hype2G2). The presence of null alleles (p <0.05) occurred in only one locus (Hype1G4). The WIL and CAP populations showed high genetic differentiation between them. The cross amplification test in S. notomelas, revealed that only two loci (Hype2C3 and Hype2G2B) showed satisfactory transferability results. The microsatellite primers developed will be useful in studies of the genetic diversity and population structure in wild populations and fish farms of H. eques in Brazilian and other South American basins.

14.
B. Inst. Pesca ; 41(2): 287-304, Abr-Jun. 2015. tab, graf, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-28222

Resumo

Prochilodus lineatus is a tropical fish that in recent years as shown a decrease in the number of wild populations. Restocking programs have been developed as a conservation method, and the genetic monitoring of populations and broodstocks is important to ensure the viability of such programs. The objective of the current study was to evaluate the genetic diversity of wild samples (WSamp) and broodstocks of P. lineatus in restocking programs in the Tietê, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu Rivers (São Paulo - Brazil) using microsatellite markers. High intra-population genetic variability was observed. The number of alleles per locus ranged from three to seven, and was detected the differentiation of alleles among WSamp and the broodstocks. This differentiation was confirmed using a dendrogram analysis. Positive values of the FIS indicated the presence of endogamy in seven of 10 WSamp. The AMOVA and FST indicated small and moderate genetic differentiation among these WSamp and high genetic differentiation in comparison to the broodstocks. This differentiation was confirmed by the values of the genetic distance, genetic identity and number of migratory individuals. The results indicated that there was high intra-population genetic variability, genetic similarity in WSamp and broodstocks and differentiation between WSamp and broodstocks. We intend that this work could be used to assist restocking programs in of P. lineatus in the studied region and serve as a model of monitoring for other programs conducted in Brazil.(AU)


Prochilodus lineatus é um peixe tropical que nos últimos anos tem apresentado uma redução no número de populações selvagens. Programas de repovoamento foram desenvolvidos como método de conservação, e o monitoramento genético das populações e reprodutores é importante para assegurar a viabilidade de tais programas. O objetivo do estudo foi avaliar a diversidade genética de amostras selvagens (WSamp) e reprodutores de P. lineatus do programa de repovoamento nos rios Tietê, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu (São Paulo - Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Alta variabilidade genética intra-populacional foi observada. O número de alelos por loco variou de três a sete e foi detectada a diferenciação dos alelos entre WSamp e os reprodutores. Essa diferenciação foi confirmada por meio da análise do dendrograma. Os valores positivos da FIS indicaram a presença de endogamia em sete das 10 WSamp. A AMOVA e o FST indicaram pequena e moderada diferenciação genética entre as WSamp e alta diferenciação genética em comparação com os reprodutores. Esta diferenciação foi confirmada pelos valores de distância e identidade genética e pelo número de indivíduos migrantes. Os resultados indicaram que houve alta variabilidade genética intra-populacional, similaridade genética em WSamp e reprodutores e diferenciação entre WSamp e reprodutores. Pretende-se que este trabalho possa ser usado para auxiliar os programas de repovoamento de P. lineatus na região estudada e sirva como modelo demonitoramento para outros programas realizados no Brasil.(AU)


Assuntos
Animais , Biodiversidade , Variação Genética , Caraciformes , Conservação dos Recursos Naturais , Repetições de Microssatélites
15.
Semina Ci. agr. ; 36(6): 3807-3826, nov.-dez. 2015. mapas, tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-30380

Resumo

Piaractus mesopotamicus is a tropical fish under threat because of declines in the number of wild populations. Restocking programs have been developed as a conservation method, and the genetic monitoring of populations and broodstocks is important to ensure the viability of such programs. The objective of the current, unprecedented experiment was to evaluate the genetic diversity of P. mesopotamicus wild populations (WPs) and broodstocks (BSs) using microsatellites markers for supplying the restocking programs in the Tietê and Grande rivers. Six microsatellite loci were amplified using the DNA obtained from the caudal fin of 279 adult fish. The observed intrapopulation genetic variability was high with mean heterozygosity ranging from 0.203 to 0.833. The number of alleles per locus ranged from three (loci Pme28 and Pme32) to thirteen (loci Pme4, Pme5 and Pme14), and there were allele differences between WPsxWPs and WPsxBSs. This differentiation was confirmed by the dendrogram analysis that showed three specific clusters. Four alleles were shared in the WPs2012xBSs. Positive FIS values indicated the presence of endogamy in seven out of ten samples obtained from the WPs. The AMOVA analysis and FST values indicated moderate and high genetic differences in WPsxWPs and high genetic differences in WPsxBSs. The genetic distance and genetic identity values and number of migrants...(AU)


Piaractus mesopotamicus é um peixe tropical que nos últimos anos tem apresentado uma diminuição no número de populações naturais. Programas de repovoamento vêm sendo utilizados como método de conservação, entretanto, o monitoramento genético das populações e dos estoques de reprodutores é importante para conferir a viabilidade desse tipo de programas. O objetivo do presente estudo foi avaliar de forma inédita a diversidade genética de populações selvagens (WPs) e estoques de reprodutores (BSs) de P. mesopotamicus utilizados em programas de repovoamento dos rios Tietê e Grande, através de marcadores microssatélite. Seis loci microssatélite foram amplificados usando DNA extraído de nadadeira caudal de 279 indivíduos adultos. Foi observada alta variabilidade genética intra-populacional, com medias de heterozigosidade observada entre 0.203 e 0.833. O número de alelos por locus foi de três (locus Pme28 e Pme32) a 13 (locus Pme4, Pme5 e Pme14) e houve diferenciação de alelos entre WPsxWPs e WPsxBSs. Essa diferenciação foi confirmada pela análise do dendrograma que mostrou a formação de três agrupamentos específicos. Observaram-se quatro alelos compartilhados entre WPs2012xBSs. Valores positivos de FIS mostraram a presença de endogamia em sete das 10 coletas realizadas nas WPs. A análise de AMOVA e do FST indicou moderada e muito alta diferenciação genética entre WPsxWPs...(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Peixes/genética , Rios , Biodiversidade , Repetições de Microssatélites
16.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-218995

Resumo

A raça bovina localmente adaptada Pantaneira é considerada patrimônio genético dos estados de Mato Grosso (MT) e Mato Grosso do Sul (MS) e tem como características principais a rusticidade e adaptabilidade às condições ambientais extremas das planícies inundáveis, o Pantanal. Objetivou-se com este estudo realizar a caracterização genética da raça avaliando sua estrutura populacional e diversidade genética, bem como, a frequência de polimorfismos localizados em genes candidatos já validados e associados a caracteristicas de produção animal, por meio de marcadores do tipo microssatélites e de Polimosfismos de Base Única (SNPs). Foram avaliados 155 animais de cinco rebanhos localizados nos estados supracitados mediante a genotipagem de 20 marcadores microssatélites e 60 - SNPs, em sistema multiplex fluorescente e pela técnica de SNaPshot®, respectivamente. Os valores de diversidade foram estimados através de parâmetros de riqueza alélica, heterozigosidade observada, esperada e matrizes. O valor de FIS reflete uma endogamia geral alta (14,9%). A diferenciação genética foi baixa entre as populações de estudo, mas significativa, e os resultados confirmam que as populações de Promissão e Nhumirin compartilharam seus indivíduos para formação das populações de Rio Negro, Aquidauana e Jardim. A partir da análise da frequência dos alelos na população da raça Pantaneira, foram detectados que entre as populações ocorreu variações que refletem suas aptidões e seus históricos de formação: a população de Jardim apresentam maior frequência de alelos favoráveis para composição e produção de leite (DGAT1, PPARGC1A, CSN3, GH, CGGBP, CRI1, ABCA10 e MC4R g. 9457) enquanto que as populações de Rio Negro, Promissão e Aquidauana apresentaram maior frequência de alelos benéficos para crescimento muscular, marmoreio e maciez (FABP4, CAPN1 g.6545, GDF8 g.l821, LOX, POMC, SCAP e CGGBP). Na população da Nhumirin a frequência alélica foi semelhante para ambas as aptidões comprovando seu papel como Núcleo de Conservação da raça. Com os resultados obtidos, busca fornecer subsídios para estruturação de um programa de manejo junto com a associação de criadores, entidades de pesquisa e sociedade cultural.


The locally adapted bovine breed Pantaneira is considered genetic heritage in two states of Mato Grosso (MT) and Mato Grosso do Sul (MS) and has as main characteristics rusticity and adaptability to the extreme environmental conditions of the floodplain, or Pantanal. The objective of this study is to carry out a genetic characterization of the breed, validating its population structure and genetic diversity, as well as the frequency of polymorphisms located in candidate genes that have been validated and associated with animal production characteristics, using micro-type markers. satellite and single-base polymosphisms (SNPs). 155 animals of five slices located in the states above were validated by genotyping 20 microsatellite markers and 60 - SNPs, using a multiplex fluorescent system and the SNaPshot® technique, respectively. The diversity values were estimated using allelic richness parameters, observed and expected heterozygosity and matrices. The value of the FIS reflects a high overall consanguinity (14.9%). The genetic difference was smaller between the populations studied, more significant, and the results confirmed that the populations of Promissão and Nhumirin shared their individuals for the formation of the populations of Rio Negro, Aquidauana and Jardim. From the analysis of the frequency of two alleles in the population of the Pantaneira breed, it was found that among the populations or their variations that reflect their abilities and their historical formation: the population of Jardim has the highest frequency of alleles favored by the composition and production of , PPARGC1A, CSN3, GH, CGGBP, CRI1, ABCA10 and MC4R g. 9457) since the populations of Rio Negro, Promissão and Aquidauana have a higher frequency of beneficial alleles for muscle growth, marbling and tenderness (FABP4, CAPN1 g.6545, g.6545 GDF8 g.l821, LOX, POMC, SCAP and CGGBP ). The population of Nhumirin in the allelic frequency was similar for both abilities, proving its role as the Conservation Nucleus of the breed. Based on the results obtained, we seek to provide subsidies for the structuring of a management program in conjunction with the association of creators, research entities and cultural society.

17.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-217805

Resumo

As raças de galinhas nativas (Gallus gallus) são importantes para o desenvolvimento da produção avícola mundial e para a subsistência. Contudo, apenas 25% destas raças estão em algum tipo de programa de conservação. Informações moleculares poderão apoiar esses programas de conservação e a utilização dessas raças, auxiliando no progresso de projetos e fornecendo informações importantes sobre esses recursos genéticos para a produção avícola comercial e para o relato da história da humanidade. Objetivou-se com este estudo avaliar, através de marcadores microssatélites e DNA mitocondrial, os níveis da diversidade genética, a relação filogenética e os padrões de introgressão existentes entre raças nativas de galinhas brasileiras e de países da Península Ibérica, para fornecer subsídios para programas de conservação e uso sustentável da diversidade genética da espécie. A pesquisa foi realizada pela UFPI em parceria com UEMA, UCO e INIAV. Foram avaliadas raças nativas do Nordeste do Brasil (3), Portugal (4), Espanha (9), Chile (1), Nigéria (1) e como grupos controles três variedades comercias, totalizando 21 grupos genéticos. Fez-se uso de vários softwares estatísticos para estimar, em nível de DNA nuclear e não nuclear, os índices de diversidade nucleotídica, diversidade haplotípica e as distâncias dentro, entre e para todas as populações incluídas nos grupos que foram formados. As análises filogenéticas mitocondriais apontam que as raças nativas de galinhas brasileiras apresentam múltiplas origens, principalmente de galinhas Europeias, indianas, africanas e chinesas. As três raças de galinhas do Brasil avaliadas pertencem a três grupos genéticos distintos. Dentre estes, a raça Canela-Preta apresenta características genéticas próprias e as raças Caneluda do Catolé e Peloco compartilham combinações gênicas. Com base nos microssatélites, as galinhas do Brasil são mais próximas geneticamente das aves de Portugal, Nigéria e Araucanas do Chile. As raças do Brasil, Portugal e Espanha contêm estruturas genéticas especificas de cada país, o que demonstra a riqueza genética da espécie Gallus gallus. Estes resultados contribuirão diretamente para conservação dessas raças e para incentivar a promoção de novas pesquisas genéticas em outros estados do Brasil, bem como em outros países. Estes são os primeiros trabalhos nessa envergadura com raças nativas de galinhas do Brasil em conjunto com raças da Península Ibérica. Isto resulta em fortalecimento, valorização e reconhecimento dessas raças no meio científico, bem como na área rural com produtores. Os dados genéticos demonstram que as raças de galinhas nativas constituem um reservatório vasto e importante de diversidade genética para a produção e conservação da espécie Gallus gallus. Portanto, estimular a produção, bem como a comercialização desses materiais genéticos se faz primordial, pois dessa forma será promovida a conservação e utilização desses patrimônios genéticos, que também devem ser mais estudados a fim de elucidar o real potencial genético dessas aves que se mostram promissoras.


Native chicken breeds are important for the development of world poultry production and livelihoods, however only 25% of the world's native chicken breeds (Gallus gallus) are in any type of conservation program. Molecular information can support these conservation programs and the use of these breeds, assisting in the progress of projects and providing important information about these valuable genetic resources for commercial poultry production and for the report of the human history. Given the above, the objective of this study was to evaluate, through microsatellite markers and mitochondrial DNA, the levels of genetic diversity, the phylogenetic relationship and the patterns of introgressions that exist between native chicken breeds from Brazil and countries of the Iberian Peninsula, in order to provide subsidies for conservation programs and sustainable use of the species' genetic diversity. The research was carried out by UFPI in partnership with UEMA, UCO and INIAV. Three native breeds from northeastern Brazil, four breeds from Portugal, nine breeds from Spain, one breed from Chile, and one breed from Nigeria were used. Also, three commercial strains were evaluated as control groups, totalling 19 genetic groups. Various statistical programs were used to estimate, at the level of nuclear and non-nuclear DNA, the indexes of nucleotide diversity, haplotypic diversity, and the distances within, between and for all populations included in the groups that were formed. Mitochondrial phylogenetic analyses indicate that the Brazilian native breeds have multiple origins, especially European, Indian, African, and Chinese. The three Brazilian chicken breeds evaluated belong to three distinct genetic groups. The Canela-Preta breed has its own genetic characteristics, whereas the Caneluda do Catolé and Peloco breeds share genetic combinations. Based on microsatellites, chickens from Brazil are genetically closer to birds from Portugal, Nigeria and Araucanas from Chile. The breeds from Brazil, Portugal and Spain contain specific genetic structures for each country, which demonstrates the genetic richness of the Gallus gallus species. These results will directly contribute to the conservation of these breeds and encourage the promotion of new genetic research in other states of Brazil, as well as in other countries. These are the first works on this scale with native breeds of chickens from Brazil in conjunction with the Iberian Peninsula. Our results will help in strengthening, valuation and recognition of these breeds in the scientific community, as well as in the rural area by producers. The genetic data demonstrate that the native chicken breeds constitute a wide and important reservoir of genetic diversity for the production and conservation of the Gallus gallus species. Thus, stimulating the production, as well as the commercialization of these genetic materials is paramount, because in this way it would be promoting the conservation and use of these genetic assets, which should also be further studied in order to elucidate the real genetic potential of these promising birds. KEYWORDS: Genetic conservation, Mitochondrial DNA, Gallus gallus, Microsatellites, Native Breeds.

18.
Bol. Inst. Pesca (Impr.) ; 41(2): 287-304, Abr-Jun. 2015. tab, graf, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1465058

Resumo

Prochilodus lineatus is a tropical fish that in recent years as shown a decrease in the number of wild populations. Restocking programs have been developed as a conservation method, and the genetic monitoring of populations and broodstocks is important to ensure the viability of such programs. The objective of the current study was to evaluate the genetic diversity of wild samples (WSamp) and broodstocks of P. lineatus in restocking programs in the Tietê, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu Rivers (São Paulo - Brazil) using microsatellite markers. High intra-population genetic variability was observed. The number of alleles per locus ranged from three to seven, and was detected the differentiation of alleles among WSamp and the broodstocks. This differentiation was confirmed using a dendrogram analysis. Positive values of the FIS indicated the presence of endogamy in seven of 10 WSamp. The AMOVA and FST indicated small and moderate genetic differentiation among these WSamp and high genetic differentiation in comparison to the broodstocks. This differentiation was confirmed by the values of the genetic distance, genetic identity and number of migratory individuals. The results indicated that there was high intra-population genetic variability, genetic similarity in WSamp and broodstocks and differentiation between WSamp and broodstocks. We intend that this work could be used to assist restocking programs in of P. lineatus in the studied region and serve as a model of monitoring for other programs conducted in Brazil.


Prochilodus lineatus é um peixe tropical que nos últimos anos tem apresentado uma redução no número de populações selvagens. Programas de repovoamento foram desenvolvidos como método de conservação, e o monitoramento genético das populações e reprodutores é importante para assegurar a viabilidade de tais programas. O objetivo do estudo foi avaliar a diversidade genética de amostras selvagens (WSamp) e reprodutores de P. lineatus do programa de repovoamento nos rios Tietê, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu (São Paulo - Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Alta variabilidade genética intra-populacional foi observada. O número de alelos por loco variou de três a sete e foi detectada a diferenciação dos alelos entre WSamp e os reprodutores. Essa diferenciação foi confirmada por meio da análise do dendrograma. Os valores positivos da FIS indicaram a presença de endogamia em sete das 10 WSamp. A AMOVA e o FST indicaram pequena e moderada diferenciação genética entre as WSamp e alta diferenciação genética em comparação com os reprodutores. Esta diferenciação foi confirmada pelos valores de distância e identidade genética e pelo número de indivíduos migrantes. Os resultados indicaram que houve alta variabilidade genética intra-populacional, similaridade genética em WSamp e reprodutores e diferenciação entre WSamp e reprodutores. Pretende-se que este trabalho possa ser usado para auxiliar os programas de repovoamento de P. lineatus na região estudada e sirva como modelo demonitoramento para outros programas realizados no Brasil.


Assuntos
Animais , Biodiversidade , Caraciformes , Conservação dos Recursos Naturais , Variação Genética , Repetições de Microssatélites
19.
Semina Ci. agr. ; 35(1): 541-554, Jan.-Feb.2014. tab, graf
Artigo em Português | VETINDEX | ID: vti-26098

Resumo

The objective of this study was to estimate the genetic diversity and the paternity of Brycon orbignyanus offsprings obtained with the extrusion and semi-natural reproductive systems, by microsatellites markers. The four loci used produced 11 alleles, being observed three alleles (BoM1, BoM5 and BoM7) and two alleles (BoM2) for locus present in the parental and in the offspring of both reproductive systems. In the offspring of the extrusion system low frequency alleles was observed for the locus BoM5 (allele B = 0.095) and BoM7 (allele C = 0.059) and there was a decrease of genetic variability (observe heterozygosity-Ho = 0.900 and 0.823; Shannon index-IS = 0.937 and 0.886; Nei genetic diversity-DGN = 0.604 and 0.566, respectively). For the offspring of the semi-natural system the allele frequencies stayed stable being verified an unequal frequency for each locus. The genetic variability in the offspring was preserved, being corroborated by the Ho values (0.975 and 0.945), IS (0.927 and 0.924) and DGN (0.593 and 0.581) for parental and offspring, respectively. Deviations were observed (P 0.01) in the Hardy-Weinberg equilibrium and linkage disequilibrium for the two reproductive systems. The inbreeding coefficient (Fis) it showed deficit of heterozygote in the offspring of the extrusion system. Multiple paternity and differed reproductive contributions in the composition of the families in the offspring in the two reproductive systems was observed, with the presence of reproductive dominance in the semi-natural system.(AU)


O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética e a paternidade de progênies de Brycon orbignyanus obtidas pelos sistemas reprodutivos por extrusão e seminatural, através do marcador microssatélite. Os quatro loci utilizados produziram 11 alelos, sendo observados três alelos (BoM1, BoM5 e BoM7) e dois alelos (BoM2) por locus presentes nos parentais e na progênie de ambos sistemas reprodutivos. Na progênie do sistema por extrusão foram observados alelos de baixa frequência para os locus BoM5 (alelo B = 0,095) e BoM7 (alelo C = 0,059) e houve uma diminuição da variabilidade genética (Heterozigosidade observada-Ho = 0,900 e 0,823; Índice de Shannon-IS = 0,937 e 0,886; diversidade genética de Nei-DGN = 0,604 e 0,566, respectivamente). Na progênie do sistema seminatural as frequências dos alelos se mantiveram estáveis, sendo verificada uma frequência desigual para cada locus. A variabilidade genética foi preservada, sendo corroborado pelos valores de Ho (0,975 e 0,945), IS (0,927 e 0,924) e DGN (0,593 e 0,581) para parentais e progênie, respectivamente. Observaram-se desvios (P 0.01) no equilíbrio de Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação nos dois sistemas reprodutivos. O coeficiente de endogamia (Fis) mostrou déficit de heterozigotos na progênie do sistema por extrusão. Observou-se paternidade múltipla e contribuição reprodutiva diferenciada na composição das famílias na progênie nos dois sistemas reprodutivos, com a presença de dominância reprodutiva no sistema seminatural.(AU)


Assuntos
Animais , Characidae , Variação Genética , Repetições de Microssatélites , Técnicas Reprodutivas
20.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-215560

Resumo

A formação de um banco de germoplasma apresenta-se como uma importante ferramenta para a conservação da linhagem germinativa de animais de alto valor zootécnico, bem como de espécies ameaçadas de extinção. A criopreservação de tecidos é mais uma estratégia eficiente para contribuir com as ferramentas de conservação de gametas. Embora, não exista relato sobre a criopreservação de fragmentos testicular caninos na literatura, o cão doméstico apresenta-se como um bom modelo experimental para os canídeos ameaçados de extinção. O objetivo geral foi verificar a possibilidade de conservação de material genético de cães através da criopreservação de tecido testicular por vitrificação e congelação em duas etapas. Foram utilizados testículos de animais pós-púberes sem raça definida (n=20 pares) provenientes do Centro de Controle Ambiental de Garanhuns, Pernambuco, Brasil. Após a orquiectomia bilateral, os testículos foram submetidos ao processo de criopreservação pelo método de vitrificação e duas etapas, os quais foram testados dois crioprotetores (dimetilsulfóxido e etilenoglicol) e a associação de ambos, em dois diferentes tempos de imersão (15 e 30 minutos). Os protocolos foram avaliados quanto à integridade de membrana e cromatina, bem como do tecido (células intratubulares e epitélio). O n amostral foi calculado em R (3.2.3) baseado nos principais trabalhos realizado em felinos. Os dados foram submetidos ao teste de normalidade de Shapiro-Wilk, e as médias foram comparadas pelo teste de Wilcoxon. A associação entre dimetilsulfóxido e etilenoglicol trouxe melhor qualidade pós congelação para integridade de membrana e cromatina, bem como melhor visualização dos nucléolos. Com relação ao método de congelação, na maioria das avaliações o método de congelação rápida (duas etapas) trouxe melhores resultados, menor condensação de núcleos e melhor visualização dos nucléolos. Já a congelação ultrarrápida, a vitrificação, apresentou melhor conservação do tecido epitelial. Esse estudo mostrou a superioridade na combinação dos dois agentes crioprotetores, o dimetilsulfóxido e etilenoglicol em associação com método de duas etapas. Embora a vitrificação de tecido testicular de cães não tenha mostrado grandes resultados como o método de duas etapas, esse é um método excelente e prático capaz de contribuir para a conservação do germoplasmas. No entanto, esses são resultados primários em caninos, portanto, mais estudos são necessários para adaptação do protocolo. Ademais, ambos os tempos de imersão foram eficientes para os prcedimentos de conservação de tecido.


Creating a germplasm bank is an important tool for germ cell conservation, mainly from animals of high zootechnical value as well as endangered species. Tissue cryopreservation is another efficient strategy to contribute with tools of gamete conservation. Although there is no report on cryopreservation of canine testicular fragments in the literature, the domestic dog presents a good experimental model for endangered canids. General objective was to verify the possibility of preservation of dog genetic material through the cryopreservation of testicular tissue by vitrification and two-step-freezing method. It was used testicles from post pubertal animals with no defined breed (n = 20 pairs) from the Environmental Control Center of Garanhuns, Pernambuco, Brazil. After bilateral orchiectomy, testicles were submitted to cryopreservation process by the vitrification method and two-step-freezing using two cryoprotectants (dimethylsulfoxide and ethylene glycol) in two different immersion times (15 and 30 minutes). Protocols were evaluated about membrane and chromatin integrity as well as tissue (intratubular cells and epithelium). For statistical analysis the number was calculated with 95% of confidence level, obtained data were subjected to normality test by Shapiro-Wilk. Wilcoxon-Test was used to compare treatments (P<0,05). The combination between dimethylsulfoxide and ethylene glycol presented better post-freezing quality for membrane and chromatin integrity and a better visualization of the nucleoli. Regarding the freezing method, in the most of evaluations the rapid freezing method (two-steps-freezing) showed better results, less condensation of nuclei and better visualization of the nucleoli. The ultrarrapid freezing, vitrification, presented better preservation of the epithelial tissue. This study shows a superiority on the combination of dimethyl sulphoxide and ethylene glycol cryoprotectant agents in association with twostep-freezing method. Although vitrification did not show great results two-step-freezing method, it is an excellent practical method able to contribute to germoplasm conservation. Nevertheless, those are primo results for dogs, more studies must be performed for protocol adaptation. In addition, both times of immersion were efficient for tissue conservation procedures.

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