Multivariate analysis as a tool in the initial selections of golden flax (Linum usitatissimum L) / Análise multivariada como ferramenta nas seleções iniciais de linhaça dourada (Linum usitatissimum L)

The genetic variability in plant populations can be estimated through multivariate analysis, which allows to analyze the genotypes based on a set of traits to identify the traits with the greatest influence for the divergence and the correlation between them. In this sense, the objective of the present work was to estimate the genetic divergence between golden flax lines using multivariate analysis for initial plant selections. For this purpose, 73 lines, in addition to the control, were tested in a randomized complete block design, with three replications, and traits of cycle, stature, and yield were measured. Twelve groups were obtained based on the Mahalanobis distance estimate and Tocher cluster, and the technical length was the most important trait for the dissimilarity. The line of group XI was promising, with early maturation and satisfactory seed productivity. The graphic of dispersion of the canonical variables showed the most divergent lines, and the greatest divergence was observed between groups III and IV. Multivariate analysis was an important tool for the initial choice of superior golden flax.

A variabilidade genética em populações de plantas pode ser estimada através da análise multivariada, que permite analisar os genótipos com base em um conjunto de características, identificar aquela com maior influência para a divergência e a correlação entre elas. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi estimar a divergência genética entre linhagens de linhaça dourada, a partir de análises multivariadas, para seleções iniciais de plantas. Para tanto, 73 linhagens, além da testemunha, foram testadas em delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, sendo medidas as características de ciclo, estatura e produtividade. Foram obtidos 12 grupos, sendo a característica mais importante para a dissimilaridade o comprimento técnico. O gráfico de dispersão das variáveis canônicas mostrou as progênies mais divergentes, sendo que a maior divergência foi verificada entre os grupos III e IV. A análise multivariada foi importante ferramenta para a escolha inicial das linhagens superiores de linhaça dourada.

Integrative taxonomy reveals a new species of Cyphocharax (Characiformes: Curimatidae) from the Upper Paraíba do Sul River basin, Brazil

A new species of Cyphocharax is described from the Upper Paraíba do Sul River basin, São Paulo, Brazil based on integrated morphological and molecular delimitation criteria. It is morphologically distinguished from its congeners by the presence of a round, dark blotch at the midlength of the caudal peduncle not extending to the proximal portions of the median caudal-fin rays, 19-20 circumpeduncular scales, 34-41 perforated lateral-line scales, 6-7 longitudinal scale rows above and below the lateral line, greatest body depth corresponding to 34.7-39.9% of standard length (SL), and the caudal peduncle depth corresponding to 13.3-15.2% of SL. The lowest genetic distances between the new species and other congeners are: 2.5% from C. gilbert, followed by 3.0% from C. santacatarinae, and 3.2% from C. aff. gilbert. All species delimitation criteria employed herein corroborated the recognition of the new species. In addition, comments on its conservation status are provided.(AU)

Uma nova espécie de Cyphocharax é descrita do alto rio Paraíba do Sul, São Paulo, Brasil, baseada em dados morfológicos e moleculares integrados. A espécie se distingue morfologicamente de seus congêneres por: apresentar uma mancha escura arredondada na porção média do pedúnculo caudal, não se estendendo à porção proximal dos raios medianos da nadadeira caudal, 19-20 escamas circunpedunculares, 34-41 escamas perfuradas na linha lateral, 6-7 escamas acima e abaixo da linha lateral, altura do corpo correspondendo à 34,7-39,9% do comprimento padrão (CP), e a altura do pedúnculo caudal correspondendo a 13,3-15,2% do CP. As menores distâncias genéticas entre a espécie nova e outras congêneres são: 2,5% de C gilbert, seguida de 3,0% de C. santacatarinae, e 3,2% de C. aff. gilbert. Todos os critérios de delimitação de espécies aqui empregados corroboraram o reconhecimento da nova espécie. Adicionalmente, comentários sobre seu estado de conservação são fornecidos.(AU)

Integrative taxonomy reveals a new species of Cyphocharax (Characiformes: Curimatidae) from the Upper Paraíba do Sul River basin, Brazil

A new species of Cyphocharax is described from the Upper Paraíba do Sul River basin, São Paulo, Brazil based on integrated morphological and molecular delimitation criteria. It is morphologically distinguished from its congeners by the presence of a round, dark blotch at the midlength of the caudal peduncle not extending to the proximal portions of the median caudal-fin rays, 19­20 circumpeduncular scales, 34­41 perforated lateral-line scales, 6­7 longitudinal scale rows above and below the lateral line, greatest body depth corresponding to 34.7­39.9% of standard length (SL), and the caudal peduncle depth corresponding to 13.3­15.2% of SL. The lowest genetic distances between the new species and other congeners are: 2.5% from C. gilbert, followed by 3.0% from C. santacatarinae, and 3.2% from C. aff. gilbert. All species delimitation criteria employed herein corroborated the recognition of the new species. In addition, comments on its conservation status are provided.(AU)

Uma nova espécie de Cyphocharax é descrita do alto rio Paraíba do Sul, São Paulo, Brasil, baseada em dados morfológicos e moleculares integrados. A espécie se distingue morfologicamente de seus congêneres por: apresentar uma mancha escura arredondada na porção média do pedúnculo caudal, não se estendendo à porção proximal dos raios medianos da nadadeira caudal, 19­20 escamas circunpedunculares, 34­41 escamas perfuradas na linha lateral, 6­7 escamas acima e abaixo da linha lateral, altura do corpo correspondendo à 34,7­39,9% do comprimento padrão (CP), e a altura do pedúnculo caudal correspondendo a 13,3­15,2% do CP. As menores distâncias genéticas entre a espécie nova e outras congêneres são: 2,5% de C gilbert, seguida de 3,0% de C. santacatarinae, e 3,2% de C. aff. gilbert. Todos os critérios de delimitação de espécies aqui empregados corroboraram o reconhecimento da nova espécie. Adicionalmente, comentários sobre seu estado de conservação são fornecidos.(AU)

Genetic variability and evidence of founder effect in Hemiodus orthonops (Characiformes: Hemiodontidae) from the upper Paraná River basin, Brazil / Variabilidade genética e evidência do efeito do fundador em Hemiodus orthonops(Characiformes: Hemiodontidae) da bacia do alto rio Paraná, Brasil

Hemiodus orthonops is a small fish of the Hemiodontidae family, order Characiformes, with a maximum of 25 cm standard length. Until recently, H. orthonops was an endemic species from the Paraná-Paraguay basin and it was absent from the upper Paraná River basin. Since 2008, it has started to be collected in the upper Paraná River, representing up to 10% of catches. Two population samples of H. orthonops from two localities of the upper Parana River basin (Porto Camargo and Porto Figueira) were analyzed using the allozymes electrophoresis technique. Twenty-one enzymatic loci were detected. The population sample from Porto Camargo displayed a genetic variability (He = 0.1061) higher than that from Porto Figueira (He = 0.0580) and homozygote excess in both of them. The FST value (0.2081) indicated genetic structure. The excess of homozygotes in both samples was probably due to founder effect in the population.(AU)

Hemiodus orthonops é um pequeno peixe da família Hemiodontidade da Ordem Characiformes com um comprimento padrão máximo de 25 cm. Até recentemente, H. orthonops estava ausente da bacia do alto rio Paraná. Desde 2008 ele passou a ser coletado na bacia do alto rio Paraná, representando até 10% das coletas. Duas amostras populacionais de H. orthonops provenientes de duas localidades da bacia do alto rio Paraná (Porto Camargo e Porto enzimáticos foram detectados. A amostra proveniente de Porto Camargo revelou uma variabilidade genética (He = 0,1017) superior à amostra de Porto Figueira (He = 0,0558) e excesso de homozigotos em ambas as amostras. O valor de FST entre elas (0,2081) indica que há estruturação genética. O excesso de homozigotos nas duas amostras é provavelmente devido ao efeito do fundador.Figueira) foram analisadas pela técnica de eletroforese de aloenzimas. Vinte um loci enzimáticos foram detectados. A amostra proveniente de Porto Camargo revelou uma variabilidade genética (He = 0,1017) superior à amostra de Porto Figueira (He = 0,0558) e excesso de homozigotos em ambas as amostras. O valor de FST entre elas (0,2081) indica que há estruturação genética. O excesso de homozigotos nas duas amostras é provavelmente devido ao efeito do fundador.(AU)

Genetic divergence among accessions of cassava (Manihot esculenta Crantz) sampled in the Tapajós region, State of Pará, using agronomic characters and microsatellite markers / Divergência genética entre acessos de mandioca (Manihot esculenta Crantz) coletados na região do Tapajós, Estado do Pará, por meio de caracteres agronômicos e marcadores microssatélites

The aim of this work was to estimate the genetic divergence among accessions of cassava sampled in the Tapajós region in the State of Pará, Brazil, and conserved at the Regional Germplasm Bank of Eastern Amazon, using agronomic descriptors and molecular markers. Twenty-two accessions of cassava were evaluated in the field for two successive years, based on six agronomic descriptors in twelve-months-old plants without a specific experimental design. Accessions were also evaluated with eleven microsatellite loci in an automatic DNA analyser. Descriptive and multivariate statistical analyses were applied. Based on principal components analysis, the character weight of the aerial portion of the plant contributed most to the phenotypical variation. The six traits were used in the analysis of genetic dissimilarity between accessions, and the correlation between matrices generated by morphological and molecular data was estimated. The matrices of genetic dissimilarity were used in the construction of dendrograms using the UPGMA method. We observed a high variation of agronomical descriptors and molecular markers evaluated, which were capable to separate the accessions into distinct groups. A weak positive correlation was detected among the two matrices of genetic distances, which indicates the possibility to explore the genetic diversity using crossings and accessions Amarelinha 36 36 and Olho roxo 13 are divergent and potentially promising for the generation of heterotic hybrids.

O objetivo deste trabalho foi estimar a divergência genética entre acessos de mandioca coletados na região do Tapajós no Estado do Pará e conservados no Banco Regional de Germoplasma da Amazônia Oriental por meio de descritores agronômicos e marcadores moleculares. Vinte e dois acessos de mandioca foram avaliados a campo por dois anos consecutivos com base em seis descritores agronômicos em plantas com doze meses de idade, sem o uso de delineamento experimental específico. Os acessos foram também avaliados com onze locos microssatélites em analisador de DNA automático. Foram realizadas as seguintes análises estatísticas: descritiva e multivariada. Com base na análise de componentes principais, o caráter peso da parte aérea da planta foi o que mais contribuiu para a variação fenotípica. Os seis caracteres foram utilizados nas análises de dissimilaridade genética e agrupamento, e foi estimada a correlação entre as matrizes geradas. As matrizes foram utilizadas para construção de dendrogramas pelo método UPGMA. Foi evidenciada ampla variação tanto dos descritores agronômicos quanto dos marcadores moleculares avaliados, os quais foram capazes de separar os acessos em grupos distintos. Foi encontrada fraca correlação entre as matrizes de distâncias genéticas, o que indicou a possibilidade de exploração da diversidade genética por meio de cruzamentos, sendo os acessos Amarelinha 36 e Olho roxo 13 divergentes e potencialmente promissores pare serem utilizados na geração de híbridos heterósticos.

Genetic divergence among accessions of cassava (Manihot esculenta Crantz) sampled in the Tapajós region, State of Pará, using agronomic characters and microsatellite markers / Divergência genética entre acessos de mandioca (Manihot esculenta Crantz) coletados na região do Tapajós, Estado do Pará, por meio de caracteres agronômicos e marcadores microssatélites

The aim of this work was to estimate the genetic divergence among accessions of cassava sampled in the Tapajós region in the State of Pará, Brazil, and conserved at the Regional Germplasm Bank of Eastern Amazon, using agronomic descriptors and molecular markers. Twenty-two accessions of cassava were evaluated in the field for two successive years, based on six agronomic descriptors in twelve-months-old plants without a specific experimental design. Accessions were also evaluated with eleven microsatellite loci in an automatic DNA analyser. Descriptive and multivariate statistical analyses were applied. Based on principal components analysis, the character weight of the aerial portion of the plant contributed most to the phenotypical variation. The six traits were used in the analysis of genetic dissimilarity between accessions, and the correlation between matrices generated by morphological and molecular data was estimated. The matrices of genetic dissimilarity were used in the construction of dendrograms using the UPGMA method. We observed a high variation of agronomical descriptors and molecular markers evaluated, which were capable to separate the accessions into distinct groups. A weak positive correlation was detected among the two matrices of genetic distances, which indicates the possibility to explore the genetic diversity using crossings and accessions Amarelinha 36 36 and Olho roxo 13 are divergent and potentially promising for the generation of heterotic hybrids.(AU)

O objetivo deste trabalho foi estimar a divergência genética entre acessos de mandioca coletados na região do Tapajós no Estado do Pará e conservados no Banco Regional de Germoplasma da Amazônia Oriental por meio de descritores agronômicos e marcadores moleculares. Vinte e dois acessos de mandioca foram avaliados a campo por dois anos consecutivos com base em seis descritores agronômicos em plantas com doze meses de idade, sem o uso de delineamento experimental específico. Os acessos foram também avaliados com onze locos microssatélites em analisador de DNA automático. Foram realizadas as seguintes análises estatísticas: descritiva e multivariada. Com base na análise de componentes principais, o caráter peso da parte aérea da planta foi o que mais contribuiu para a variação fenotípica. Os seis caracteres foram utilizados nas análises de dissimilaridade genética e agrupamento, e foi estimada a correlação entre as matrizes geradas. As matrizes foram utilizadas para construção de dendrogramas pelo método UPGMA. Foi evidenciada ampla variação tanto dos descritores agronômicos quanto dos marcadores moleculares avaliados, os quais foram capazes de separar os acessos em grupos distintos. Foi encontrada fraca correlação entre as matrizes de distâncias genéticas, o que indicou a possibilidade de exploração da diversidade genética por meio de cruzamentos, sendo os acessos Amarelinha 36 e Olho roxo 13 divergentes e potencialmente promissores pare serem utilizados na geração de híbridos heterósticos.(AU)

Genetic diversity assessment in sorghum accessions using qualitative morphological and amplified fragment length polymorphism markers

Qualitative morphological and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were compared for assessment of genetic diversity. Nine qualitative morphological traits were recorded to compare genetic relationships among 17 sorghum accessions with information derived from six AFLP primer combinations analysis. The mean morphological genetic similarity was lower in comparison to similarity computed using AFLP markers. Genetic similarity measured by AFLP markers was similar within the Ethiopian and South African material, as well as between South African and Ethiopian material. Morphological similarity was much higher in the Ethiopian material than in the South African material, indicating that the genotypes were related. The two techniques described genetic variability in different ways. Dendrogram generated from the morphological data matrix separated accession 216737 as being genetically distinct from the rest of the accessions. Accessions M101 and 97MW6127 were the most dissimilar accessions based on AFLP data.

Genetic diversity assessment in sorghum accessions using qualitative morphological and amplified fragment length polymorphism markers

Qualitative morphological and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were compared for assessment of genetic diversity. Nine qualitative morphological traits were recorded to compare genetic relationships among 17 sorghum accessions with information derived from six AFLP primer combinations analysis. The mean morphological genetic similarity was lower in comparison to similarity computed using AFLP markers. Genetic similarity measured by AFLP markers was similar within the Ethiopian and South African material, as well as between South African and Ethiopian material. Morphological similarity was much higher in the Ethiopian material than in the South African material, indicating that the genotypes were related. The two techniques described genetic variability in different ways. Dendrogram generated from the morphological data matrix separated accession 216737 as being genetically distinct from the rest of the accessions. Accessions M101 and 97MW6127 were the most dissimilar accessions based on AFLP data.(AU)

Divergência genética entre touros da raça gir / Genetic divergence among Gyr bulls

We studied the genetic divergence among 73 Gyr bulls, through dissimilarity measures, grouping methods and graphic analysis by main components based on the differences expected in its progenies related to productive and reproductive characteristics. The mean Euclidian standardized distances obtained were 4.3743 among the most dissimilar ones and 0.1135 for the most similar ones. Four groups of reproducers with the same similarity were obtained through grouping methods by optimization. The three main components explained 82.01% of the total variance; the first one explained 37.09%, the second one responded by 26.58% and the third one by 18.34% of variance. Scores of the main components enabled the visual evaluation of genetic divergence, through dispersion graphics. The results allowed the identification, among the evaluated animals, of the most divergent ones, recommending that their progenies can be used as mating genitors in improvement programs which aim at producing calves with better performance than their parents.

Estudou-se a divergência genética entre 73 reprodutores da raça Gir, por meio de medidas de dissimilaridade, métodos de agrupamento e análises gráficas por componentes principais, com base nas diferenças esperadas em suas progênies relativas a caracteres ponderais e reprodutivos. As distâncias Euclidianas médias padronizadas obtidas foram 4,3743 entre os mais dissimilares e 0,1135 para os mais similares. Quatro grupos de reprodutores com a mesma similaridade foram obtidos por métodos de agrupamento por otimização. Os três primeiros componentes principais explicaram 82,01% da variância total, o primeiro explicou 37,09%, o segundo respondeu por 26,58% e o terceiro por 18,34% da variância. Os escores dos componentes principais possibilitaram a avaliação visual da divergência genética, por meio de gráficos de dispersão. Os resultados encontrados permitiram identificar entre os animais avaliados, os mais divergentes, recomendando que suas progênies possam ser utilizadas como genitores de acasalamentos em programas de melhoramento que visem obter bezerros com melhor desempenho que os pais.

Divergência genética entre touros da raça Gir

We studied the genetic divergence among 73 Gyr bulls, through dissimilarity measures, grouping methods and graphic analysis by main components based on the differences expected in its progenies related to productive and reproductive characteristics. The mean Euclidian standardized distances obtained were 4.3743 among the most dissimilar ones and 0.1135 for the most similar ones. Four groups of reproducers with the same similarity were obtained through grouping methods by optimization. The three main components explained 82.01% of the total variance; the first one explained 37.09%, the second one responded by 26.58% and the third one by 18.34% of variance. Scores of the main components enabled the visual evaluation of genetic divergence, through dispersion graphics. The results allowed the identification, among the evaluated animals, of the most divergent ones, recommending that their progenies can be used as mating genitors in improvement programs which aim at producing calves with better performance than their parents.

Estudou-se a divergência genética entre 73 reprodutores da raça Gir, por meio de medidas de dissimilaridade, métodos de agrupamento e análises gráficas por componentes principais, com base nas diferenças esperadas em suas progênies relativas a caracteres ponderais e reprodutivos. As distâncias Euclidianas médias padronizadas obtidas foram 4,3743 entre os mais dissimilares e 0,1135 para os mais similares. Quatro grupos de reprodutores com a mesma similaridade foram obtidos por métodos de agrupamento por otimização. Os três primeiros componentes principais explicaram 82,01% da variância total, o primeiro explicou 37,09%, o segundo respondeu por 26,58% e o terceiro por 18,34% da variância. Os escores dos componentes principais possibilitaram a avaliação visual da divergência genética, por meio de gráficos de dispersão. Os resultados encontrados permitiram identificar entre os animais avaliados, os mais divergentes, recomendando que suas progênies possam ser utilizadas como genitores de acasalamentos em programas de melhoramento que visem obter bezerros com melhor desempenho que os pais.