Resumo
The aim of this study was to determine the presence of deoxyribonucleic acid (DNA) from Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. and Neospora caninum, in tissues of wild boars slaughtered in southern Brazil. A total of 156 samples were collected from different organs of 25 wild boars, and DNA from at least one of the protozoa investigated was detected in 79 samples. To differentiate between infectious agents, restriction fragment length polymorphism was performed using the restriction enzymes DdeI and HpaII. For N. caninum, conventional PCR was performed with specific primers. The DNA of at least one of the studied pathogens was detected in each animal: 26.58% for T. gondii, 68.36% for Sarcocystis spp. and 5.06% for N. caninum. Coinfection between T. gondii and Sarcocystis spp. occurred in 14 animals, between T. gondii and N. caninum in only one male animal, between Sarcocystis spp. and N. caninum in a female, while co-infection with the three agents was equally observed in only one male animal. Considering the high frequency of detection and its zoonotic risk, especially T. gondii, it appears that wild boars can be potential sources of transmission of infectious agents and the adoption of monitoring measures in these populations should be prioritized.(AU)
O objetivo deste estudo foi determinar a presença de ácido desoxirribonucléico (DNA) de Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. e Neospora caninum, em tecidos de javalis abatidos no sul do Brasil. Foram coletadas 156 amostras de diferentes órgãos de 25 javalis, sendo detectado o DNA de pelo menos um dos protozoários pesquisados em 79 amostras. Para diferenciar entre os agentes infecciosos, o polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição, foi realizado usando-se as enzimas de restrição DdeI e HpaII. Para N. caninum, a PCR convencional foi realizada com "primers" específicos. O DNA de pelo menos um dos patógenos estudados foi detectado em cada animal: 26,58% para T. gondii, 68,36% para Sarcocystis spp. e 5,06% para N. caninum. Coinfecção entre T. gondii e Sarcocystis spp. ocorreu em 14 animais; entre T. gondii e N. caninum em apenas um animal macho; entre Sarcocystis spp. e N. caninum em uma fêmea, enquanto a coinfecção com os três agentes foi observada igualmente em apenas um animal macho. Considerando-se a alta frequência de detecção e seu risco zoonótico, especialmente T. gondii, constata-se que os javalis podem ser potenciais fontes de transmissão de agentes infecciosos, e a adoção de medidas de monitoramento nessas populações devem ser priorizadas.(AU)
Assuntos
Animais , Toxoplasma/citologia , DNA/análise , Sarcocystis/citologia , Neospora/citologia , Anotação de Sequência Molecular/métodos , Brasil , Sus scrofa/parasitologiaResumo
Background: The intrinsic sensitivity limitations of basic parasitological methods, along with the particular biological characteristics of parasites, make these methods ineffective to differentiate morphologically indistinguishable species. Molecular detection and characterization techniques could be used to overcome these problems. The purpose of this work was to standardize molecular polymerase chain reaction (PCR) techniques, described in the literature, for the detection and molecular characterization of intestinal protozoa and other pathogens in humans. Methods: DNA was extracted from human or animal feces, previously washed or cultured in Boeck Drbohlav's Modified Medium. DNA extraction was performed with Machery-Nagel extraction kits. The standardization of the PCR, nested-PCR or RFLP techniques was carried out according to the literature. For each molecular technique performed, the sensitivity of the test was determined based on the minimun quantity required of DNA (sensitivity A) and the minimum quantity of life forms that the test detected (sensitivity B). Results: Sensitivity A was 10 fg for G. duodenalis, 12.5 pg for Entamoeba histolytica or Entamoeba dispar, 50 fg for Cryptosporidium spp., 225 pg for Cyclospora spp. and 800 fg or 8 fg for Blastocystis spp. after performing a 1780 bp PCR or 310 bp nested PCR, respectively. The sensitivity B was 100 cysts for G. duodenalis, 500 cysts for E. histolytica or E. dispar, 1000 oocysts for Cyclospora spp. and 3600 or four vegetatives forms for PCR or nested PCR of Blastocystis spp., respectively. Conclusions: The molecular detection of protozoa and chromist was achieved and the molecular characterization allowed the genotyping of some of the parasites such as Giardia duodenalis, Cryptosporidium spp., and Blastocystis spp. This study summarizes the molecular techniques for epidemiological studies in humans and animals, and helps in the investigation of their transmission sources in countries where intestinal parasites are a public health problem.(AU)
Assuntos
Humanos , Animais , Reação em Cadeia da Polimerase/normas , Enteropatias Parasitárias/diagnóstico , Intestinos/parasitologia , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Estudos Epidemiológicos , Giardia lamblia , Blastocystis , CryptosporidiumResumo
Toxoplasma gondii infections are usually asymptomatic in pigs, and an acute clinical disease is rare in this host. This study aimed to determine the pathological and molecular aspects of an outbreak of fatal systemic toxoplasmosis in finishing pigs in Brazil. The outbreak occurred on a commercial finishing pig farm in the state of Santa Catarina in southern Brazil. The farm had 1500 pigs and 3.8% of mortality rate during the outbreak. The pigs had fever, anorexia, apathy, and locomotor deficits. Seven pigs were necropsied. Gross findings included multifocal to coalescent pale areas in skeletal muscles, lymphadenomegaly, hepatosplenomegaly, and non-colapsed lungs. The histological findings included granulomatous lymphadenitis, hepatitis and splenitis, necrotizing myositis, and lymphoplasmacytic interstitial pneumonia. Lung and liver lesions were occasionally accompanied by T. gondii parasitic structures. Positive immunolabeling for T. gondii tachyzoites and encysted bradyzoites was detected in all examined pigs. PCR-RFLP (11 markers) and microsatellite analysis (15 markers) identified the non-archetypal genotype #278 in pigs. This is the first report of systemic toxoplasmosis in pigs with muscle lesions and additionally shows the diversity of disease-causing T. gondii genotypes circulating in animals in Brazil.(AU)
As infecções por Toxoplasma gondii são geralmente assintomáticas em suínos, e uma doença clínica aguda é rara nessa espécie. Este estudo teve como objetivo determinar os aspectos patológicos e moleculares de um surto de toxoplasmose sistêmica fatal em suínos em terminação no Brasil. O surto ocorreu em uma granja comercial de suínos em terminação no estado de Santa Catarina, no sul do Brasil. A granja tinha 1500 suínos e a taxa de mortalidade durante o surto foi de 3,8%. Os suínos apresentaram febre, anorexia, apatia e déficits locomotores. Sete suínos foram necropsiados. Os achados macroscópicos incluíram áreas pálidas multifocais a coalescentes nos músculos esqueléticos, linfadenomegalia, hepatoesplenomegalia e pulmões não colapsados. Os achados histológicos incluíram linfadenite, hepatite, esplenite granulomatosa e miosite necrosante, assim como pneumonia intersticial linfoplasmocítica. Lesões pulmonares e hepáticas foram ocasionalmente acompanhadas por estruturas parasitárias de T. gondii. A imunomarcação positiva para taquizoítos e bradizoítos encistados de T. gondii foi observada em todos os suínos examinados. PCR-RFLP (11 marcadores) e análise de microssatélites (15 marcadores) identificaram o genótipo não arquetípico #278 em suínos. Este é o primeiro relato de toxoplasmose sistêmica em suínos com lesões musculares e, adicionalmente, demonstra a diversidade de genótipos de T. gondii causadores de doenças circulantes em animais no Brasil.(AU)
Assuntos
Animais , Doenças dos Suínos/epidemiologia , Toxoplasmose Animal/epidemiologia , Processos Patológicos/diagnóstico , Suínos/microbiologia , Toxoplasma/genética , Brasil , Repetições de MicrossatélitesResumo
Bacteria from genus Bradyrhizobium can establish symbiosis with soybean and supply the plant nitrogen demands via biological nitrogen fixation (BNF). This study aimed to characterize genes related to BNF efficiency in B. japonicum strains contrasting in BNF efficiency. These gene sequences were previously identified in B. japonicum (strain S370) as probably related to the BNF efficiency in soybean using a DNA subtractive technique. These genes were amplified with primers based on B. japonicum USDA110 genome. The PCR products were digested with restriction endonucleases and the RFLP products were analyzed by horizontal electrophoresis. Among the four genes, only blr3208 and blr4511 amplified for most of the strains. Neither polymorphism of the restriction profile of blr3208 and blr4511 genes nor with endonuclease for PCR-RFLP was observed. The contrasting strains had blr3208 and blr4511 genes sequenced and the multiple alignment analysis of nucleotide sequences showed the presence of preserved internal regions, confirming the analysis with PCR-RFLP. The blr3208 and blr4511 genes are highly conserved among B. japonicum strains, which may be related to adaptive function during the evolutionary process of Bradyrhizobium genus.
Bactérias do gênero Bradyrhizobium podem estabelecer simbiose com a soja e suprir a demanda de nitrogênio pela fixação biológica de nitrogênio (FBN). Este estudo teve como objetivo caracterizar genes relacionados à eficiência na FBN em cepas de B. japonicum contrastantes quanto a eficiência na FBN. As sequências gênicas relacionadas à eficiência da FBN em soja foram previamente identificadas na cepa S370 de B. japonicum utilizando uma técnica de DNA subtrativo. Os genes foram amplificados com iniciadores construídos a partir do genoma da cepa USDA 110. Os produtos de PCR foram digeridos com endonucleases de restrição e os produtos de RFLP foram analisados por eletroforese horizontal. Dos quatro genes estudados, apenas blr 3208 e blr 4511 amplificaram na maioria das cepas. Não foi observado polimorfismo no perfil de restrição dos genes blr 3208 e blr 4511 por PCR-RFLP. As cepas contrastantes tiveram os genes blr 3208 e blr 4511 sequenciados e a comparação das sequências nucleotídicas por análise de alinhamento múltiplo mostrou a presença de regiões internas preservadas, confirmando a análise realizada por PCR-RFLP. Os genes blr 3208 e blr 4511 são altamente conservados entre as cepas de B. japonicum, o que pode estar relacionado à função adaptativa durante o processo evolutivo do gênero Bradyrhizobium.
Assuntos
Bradyrhizobium/genética , Nodulação/genética , Glycine maxResumo
Objetivou-se com este trabalho avaliar a diversidade genética do gene HSP-70.1 e associar os polimorfismos encontrados com a performance de vacas leiteiras das raças Holandesa, Girolando (5/8H-G) e Sindi criadas em região do semiárido brasileiro. Os polimorfismos foram identificados e avaliados pela técnica de PCR-RFLP, usando-se a enzima de restrição EcoRII. Avaliou-se a variabilidade genética por meio do índice de diversidade padrão e da análise de variância molecular (AMOVA). Os polimorfismos identificados foram avaliados sobre as características de produção de leite. Foram identificados sete alelos, os quais demonstraram que houve polimorfismo para a região gênica analisada, e alguns alelos foram compartilhados entre os rebanhos. As raças bovinas Holandesa e Sindi foram similares geneticamente para o gene analisado. A AMOVA demonstrou que há variação genética entre os rebanhos e dentro deles, com a maior parte da variação ocorrendo dentro dos rebanhos para todos os grupos avaliados. Houve efeito dos alelos identificados sobre a produção de leite dos rebanhos das raças Holandesa (P<0,0001) e Girolando (P<0,0117). O gene HSP-70.1 foi polimórfico na população de bovinos leiteiros estudada, sendo, portanto, um marcador molecular promissor para avaliar a produção de leite de raças criadas em região semiárida.(AU)
The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of the HSP-70.1 gene and to associate the polymorphisms found with the performance of Holstein, Girolando (5/8H-G) and Sindi dairy cows raised in region of the Brazilian semiarid. Polymorphisms were identified and evaluated using the PCR-RFLP technique using the EcoRII restriction enzyme. Genetic variability was evaluated using the standard diversity index and molecular variance analysis (AMOVA). The identified polymorphisms were evaluated on the characteristics of milk production. They were identified from the seven alleles, demonstrating that there was polymorphism for the analyzed gene region and some alleles were shared among the herds. The Holstein and Sindi bovine breeds were genetically like the analyzed gene. AMOVA demonstrated that there is genetic variation between and within the herds, with most of the variation occurring within the herds for all groups evaluated. There was effect of the alleles identified on the production of milk herds of Holstein and (P<0.0001) Girolando (P<0.0117) breeds. The HSP-70.1 gene was polymorphic in the population of dairy cattle studied, and therefore a promising molecular marker to evaluate milk production of breeds created in semiarid regions.(AU)
Assuntos
Animais , Bovinos , Proteínas de Choque Térmico HSP70/análise , Proteínas de Choque Térmico HSP70/genética , Transtornos de Estresse por Calor/veterinária , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Análise de Variância , Zona Semiárida , TermotolerânciaResumo
Free-range chickens may ingest oocysts of T. gondii present in the environment and consequently harbor virulent strains of this parasite in different tissues, without any clinical signs. Isolation of T. gondii through bioassays on mice and cats from naturally infected chicken tissues has been described in several countries, demonstrating the importance of free-range chickens in the transmission of this parasite. The aim of this study was the genotypic characterization of T. gondii isolates obtained from naturally infected free-range chickens in a rural area of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Brain and heart tissue from 12 chickens seropositive for T. gondii were processed using peptic digestion technique for parasite isolation. From 12 samples subjected to mouse bioassay, nine isolates were obtained. RFLP-PCR genotypic characterization was performed using 11 genetic markers: SAG1, 5'-3'SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 and Apico. Genetic characterization of the isolates revealed the presence of five atypical genotypes according to ToxoDB (# 11, # 55, # 64, # 140 and # 163). Our results showed a wide genetic diversity of T. gondii in free-range chickens in this region.(AU)
Galinhas criadas ao ar livre podem ingerir oocistos de T. gondii presentes no ambiente e, com isso, albergar cepas virulentas desse parasita em diferentes tecidos, sem sinais clínicos. O isolamento de T. gondii por meio de bioensaios em camundongos e gatos, a partir de tecidos de galinhas naturalmente infectadas, tem sido descrito em vários países. Isso demonstra a importância das galinhas caipiras na epidemiologia desse parasita. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genotipicamente isolados de T. gondii obtidos de galinhas caipiras naturalmente infectadas em uma área rural do município de Santa Maria, estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Fragmentos de cérebro e de coração, de 12 galinhas soropositivas para T. gondii, foram processados pela técnica de digestão péptica para isolamento do parasita. Das 12 amostras submetidas a bioensaio com camundongos, nove isolados foram obtidos. A caracterização genotípica por RFLP-PCR foi realizada utilizando-se 11 marcadores genéticos: SAG1, 5'-3'SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 e Apico e revelou a presença de cinco genótipos atípicos de acordo com o ToxoDB (# 11, # 55, # 64, # 140 e # 163). Os resultados mostraram uma ampla diversidade genética de T. gondii em galinhas caipiras nessa região.(AU)
Assuntos
Animais , Camundongos , Toxoplasma , Bioensaio/veterinária , Galinhas/virologia , Toxoplasmose Animal , Técnicas de Genotipagem/veterinária , Zona Rural , Reação em Cadeia da Polimerase/veterináriaResumo
Bacteria from genus Bradyrhizobium can establish symbiosis with soybean and supply the plant nitrogen demands via biological nitrogen fixation (BNF). This study aimed to characterize genes related to BNF efficiency in B. japonicum strains contrasting in BNF efficiency. These gene sequences were previously identified in B. japonicum (strain S370) as probably related to the BNF efficiency in soybean using a DNA subtractive technique. These genes were amplified with primers based on B. japonicum USDA110 genome. The PCR products were digested with restriction endonucleases and the RFLP products were analyzed by horizontal electrophoresis. Among the four genes, only blr3208 and blr4511 amplified for most of the strains. Neither polymorphism of the restriction profile of blr3208 and blr4511 genes nor with endonuclease for PCR-RFLP was observed. The contrasting strains had blr3208 and blr4511 genes sequenced and the multiple alignment analysis of nucleotide sequences showed the presence of preserved internal regions, confirming the analysis with PCR-RFLP. The blr3208 and blr4511 genes are highly conserved among B. japonicum strains, which may be related to adaptive function during the evolutionary process of Bradyrhizobium genus.(AU)
Bactérias do gênero Bradyrhizobium podem estabelecer simbiose com a soja e suprir a demanda de nitrogênio pela fixação biológica de nitrogênio (FBN). Este estudo teve como objetivo caracterizar genes relacionados à eficiência na FBN em cepas de B. japonicum contrastantes quanto a eficiência na FBN. As sequências gênicas relacionadas à eficiência da FBN em soja foram previamente identificadas na cepa S370 de B. japonicum utilizando uma técnica de DNA subtrativo. Os genes foram amplificados com iniciadores construídos a partir do genoma da cepa USDA 110. Os produtos de PCR foram digeridos com endonucleases de restrição e os produtos de RFLP foram analisados por eletroforese horizontal. Dos quatro genes estudados, apenas blr 3208 e blr 4511 amplificaram na maioria das cepas. Não foi observado polimorfismo no perfil de restrição dos genes blr 3208 e blr 4511 por PCR-RFLP. As cepas contrastantes tiveram os genes blr 3208 e blr 4511 sequenciados e a comparação das sequências nucleotídicas por análise de alinhamento múltiplo mostrou a presença de regiões internas preservadas, confirmando a análise realizada por PCR-RFLP. Os genes blr 3208 e blr 4511 são altamente conservados entre as cepas de B. japonicum, o que pode estar relacionado à função adaptativa durante o processo evolutivo do gênero Bradyrhizobium.(AU)
Assuntos
Glycine max , Bradyrhizobium/genética , Nodulação/genéticaResumo
Free-range chickens may ingest oocysts of T. gondii present in the environment and consequently harbor virulent strains of this parasite in different tissues, without any clinical signs. Isolation of T. gondii through bioassays on mice and cats from naturally infected chicken tissues has been described in several countries, demonstrating the importance of free-range chickens in the transmission of this parasite. The aim of this study was the genotypic characterization of T. gondii isolates obtained from naturally infected free-range chickens in a rural area of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Brain and heart tissue from 12 chickens seropositive for T. gondii were processed using peptic digestion technique for parasite isolation. From 12 samples subjected to mouse bioassay, nine isolates were obtained. RFLP-PCR genotypic characterization was performed using 11 genetic markers: SAG1, 5'-3'SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 and Apico. Genetic characterization of the isolates revealed the presence of five atypical genotypes according to ToxoDB (# 11, # 55, # 64, # 140 and # 163). Our results showed a wide genetic diversity of T. gondii in free-range chickens in this region.(AU)
Galinhas criadas ao ar livre podem ingerir oocistos de T. gondii presentes no ambiente e, com isso, albergar cepas virulentas desse parasita em diferentes tecidos, sem sinais clínicos. O isolamento de T. gondii por meio de bioensaios em camundongos e gatos, a partir de tecidos de galinhas naturalmente infectadas, tem sido descrito em vários países. Isso demonstra a importância das galinhas caipiras na epidemiologia desse parasita. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genotipicamente isolados de T. gondii obtidos de galinhas caipiras naturalmente infectadas em uma área rural do município de Santa Maria, estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Fragmentos de cérebro e de coração, de 12 galinhas soropositivas para T. gondii, foram processados pela técnica de digestão péptica para isolamento do parasita. Das 12 amostras submetidas a bioensaio com camundongos, nove isolados foram obtidos. A caracterização genotípica por RFLP-PCR foi realizada utilizando-se 11 marcadores genéticos: SAG1, 5'-3'SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1 e Apico e revelou a presença de cinco genótipos atípicos de acordo com o ToxoDB (# 11, # 55, # 64, # 140 e # 163). Os resultados mostraram uma ampla diversidade genética de T. gondii em galinhas caipiras nessa região.(AU)
Assuntos
Animais , Camundongos , Toxoplasma , Bioensaio/veterinária , Galinhas/virologia , Toxoplasmose Animal , Técnicas de Genotipagem/veterinária , Zona Rural , Reação em Cadeia da Polimerase/veterináriaResumo
Objetivou-se com este trabalho avaliar a diversidade genética do gene HSP-70.1 e associar os polimorfismos encontrados com a performance de vacas leiteiras das raças Holandesa, Girolando (5/8H-G) e Sindi criadas em região do semiárido brasileiro. Os polimorfismos foram identificados e avaliados pela técnica de PCR-RFLP, usando-se a enzima de restrição EcoRII. Avaliou-se a variabilidade genética por meio do índice de diversidade padrão e da análise de variância molecular (AMOVA). Os polimorfismos identificados foram avaliados sobre as características de produção de leite. Foram identificados sete alelos, os quais demonstraram que houve polimorfismo para a região gênica analisada, e alguns alelos foram compartilhados entre os rebanhos. As raças bovinas Holandesa e Sindi foram similares geneticamente para o gene analisado. A AMOVA demonstrou que há variação genética entre os rebanhos e dentro deles, com a maior parte da variação ocorrendo dentro dos rebanhos para todos os grupos avaliados. Houve efeito dos alelos identificados sobre a produção de leite dos rebanhos das raças Holandesa (P<0,0001) e Girolando (P<0,0117). O gene HSP-70.1 foi polimórfico na população de bovinos leiteiros estudada, sendo, portanto, um marcador molecular promissor para avaliar a produção de leite de raças criadas em região semiárida.(AU)
The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of the HSP-70.1 gene and to associate the polymorphisms found with the performance of Holstein, Girolando (5/8H-G) and Sindi dairy cows raised in region of the Brazilian semiarid. Polymorphisms were identified and evaluated using the PCR-RFLP technique using the EcoRII restriction enzyme. Genetic variability was evaluated using the standard diversity index and molecular variance analysis (AMOVA). The identified polymorphisms were evaluated on the characteristics of milk production. They were identified from the seven alleles, demonstrating that there was polymorphism for the analyzed gene region and some alleles were shared among the herds. The Holstein and Sindi bovine breeds were genetically like the analyzed gene. AMOVA demonstrated that there is genetic variation between and within the herds, with most of the variation occurring within the herds for all groups evaluated. There was effect of the alleles identified on the production of milk herds of Holstein and (P<0.0001) Girolando (P<0.0117) breeds. The HSP-70.1 gene was polymorphic in the population of dairy cattle studied, and therefore a promising molecular marker to evaluate milk production of breeds created in semiarid regions.(AU)
Assuntos
Animais , Bovinos , Proteínas de Choque Térmico HSP70/análise , Proteínas de Choque Térmico HSP70/genética , Transtornos de Estresse por Calor/veterinária , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Análise de Variância , Zona Semiárida , TermotolerânciaResumo
The aim of this study was to determine polymorphism of LCORL gene in horse breeds and its association with body size. PCR-RFLP technique was performed using AluI for genotyping of 306 horses. Results showed that C is the rare allele in Iranian Breeds, because these horses have been used since ancient times as a courier and for war and archery, hence selection has done to benefit of spiky horses with medium body that need less food and are tireless. While, for foreign breeds; frequency of C allele was high that can be concluded these breeds used in fields, forests, and mines. A UPGMA dendrogram based on the Nei's standard genetic distance among studied breeds showed separate clusters for Iranian native and exotic breeds. Statistical association analysis of three observed genotypes with body size showed that there is an association between this polymorphism and body size criteria (p < 0.01). Overall, it can be concluded that studied mutation in LCORL gene can be used as candidate marker for improving body weight in horse.(AU)
Assuntos
Animais , Cavalos/anatomia & histologia , Cavalos/genética , Tamanho Corporal , Polimorfismo Genético/efeitos dos fármacos , Reação em Cadeia da PolimeraseResumo
The aim of this study was to determine polymorphism of LCORL gene in horse breeds and its association with body size. PCR-RFLP technique was performed using AluI for genotyping of 306 horses. Results showed that C is the rare allele in Iranian Breeds, because these horses have been used since ancient times as a courier and for war and archery, hence selection has done to benefit of spiky horses with medium body that need less food and are tireless. While, for foreign breeds; frequency of C allele was high that can be concluded these breeds used in fields, forests, and mines. A UPGMA dendrogram based on the Nei's standard genetic distance among studied breeds showed separate clusters for Iranian native and exotic breeds. Statistical association analysis of three observed genotypes with body size showed that there is an association between this polymorphism and body size criteria (p < 0.01). Overall, it can be concluded that studied mutation in LCORL gene can be used as candidate marker for improving body weight in horse.
Assuntos
Animais , Cavalos/anatomia & histologia , Cavalos/genética , Polimorfismo Genético/efeitos dos fármacos , Tamanho Corporal , Reação em Cadeia da PolimeraseResumo
The capture of live bait for sport fishing is an important activity for fishing communities. The main species used for this purpose are members of the genus Gymnotus, which comprises numerous species of cryptic nature that are difficult to identify based on external morphology. The aims of this work were to identify through partial sequences of the COI gene Gymnotus species fished in the Jacaré-Guaçu River, SP, and to develop a molecular diagnostic approach using PCR-RFLP to identify these species. Partial COI sequences were compared to those of other species deposited in GenBank. The sequences were assessed in the NEBCutter program to determine restriction sites in the sequence and the enzymes to be tested. Phenetic analysis performed by Neighbor-Joining method showed that the specimens sampled belong to two species preliminary identified here as G. cf. sylvius and G. cf. cuia, with G. cf. sylvius accounting for 95.2% of the individuals sampled. The enzymes NlaIII and SacI generated fragments that allowed distinguishing the Gymnotus species using PCR-RFLP. This analysis can be used to accurately identify these species, which is fundamental for monitoring Gymnotus fishing and assessing the conservation of this genetic resource.(AU)
A captura de iscas-vivas para a pesca esportiva constitui uma atividade importante em comunidades de pescadores. As principais espécies utilizadas para este propósito pertencem ao gênero Gymnotus, o qual compreende inúmeras espécies de natureza críptica que dificulta a identificação baseada na morfologia externa. Os objetivos deste trabalho foram identificar através de sequências parciais do gene COI, espécies de Gymnotus capturadas no Rio Jacaré-Guaçu, Ibitinga, SP, e desenvolver um diagnóstico molecular por meio de PCR-RFLP. Sequências parciais de COI foram comparadas com outras espécies depositadas no GenBank. As sequências foram analisadas no Programa NebCutter para determinar os sítios de restrição e definir as enzimas a serem testadas. A análise fenética pelo método de Neighbor-Joining mostrou que os espécimes pertencem a duas espécies identificadas preliminarmente aqui como G. cf. sylvius e G. cf. cuia, sendo que G. cf. sylvius representou 95,2% dos indivíduos amostrados. As enzimas NlaIII e SacI geraram fragmentos que permitiram discriminar as espécies por meio de PCR-RFLP. Esta análise pode ser usada na identificação precisa destas espécies, fundamental na proposição de monitoramento da pesca de Gymnotus na região e para medidas adequadas de conservação.(AU)
Assuntos
Animais , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Gimnotiformes/classificação , Gimnotiformes/genéticaResumo
The capture of live bait for sport fishing is an important activity for fishing communities. The main species used for this purpose are members of the genus Gymnotus, which comprises numerous species of cryptic nature that are difficult to identify based on external morphology. The aims of this work were to identify through partial sequences of the COI gene Gymnotus species fished in the Jacaré-Guaçu River, SP, and to develop a molecular diagnostic approach using PCR-RFLP to identify these species. Partial COI sequences were compared to those of other species deposited in GenBank. The sequences were assessed in the NEBCutter program to determine restriction sites in the sequence and the enzymes to be tested. Phenetic analysis performed by Neighbor-Joining method showed that the specimens sampled belong to two species preliminary identified here as G. cf. sylvius and G. cf. cuia, with G. cf. sylvius accounting for 95.2% of the individuals sampled. The enzymes NlaIII and SacI generated fragments that allowed distinguishing the Gymnotus species using PCR-RFLP. This analysis can be used to accurately identify these species, which is fundamental for monitoring Gymnotus fishing and assessing the conservation of this genetic resource.(AU)
A captura de iscas-vivas para a pesca esportiva constitui uma atividade importante em comunidades de pescadores. As principais espécies utilizadas para este propósito pertencem ao gênero Gymnotus, o qual compreende inúmeras espécies de natureza críptica que dificulta a identificação baseada na morfologia externa. Os objetivos deste trabalho foram identificar através de sequências parciais do gene COI, espécies de Gymnotus capturadas no Rio Jacaré-Guaçu, Ibitinga, SP, e desenvolver um diagnóstico molecular por meio de PCR-RFLP. Sequências parciais de COI foram comparadas com outras espécies depositadas no GenBank. As sequências foram analisadas no Programa NebCutter para determinar os sítios de restrição e definir as enzimas a serem testadas. A análise fenética pelo método de Neighbor-Joining mostrou que os espécimes pertencem a duas espécies identificadas preliminarmente aqui como G. cf. sylvius e G. cf. cuia, sendo que G. cf. sylvius representou 95,2% dos indivíduos amostrados. As enzimas NlaIII e SacI geraram fragmentos que permitiram discriminar as espécies por meio de PCR-RFLP. Esta análise pode ser usada na identificação precisa destas espécies, fundamental na proposição de monitoramento da pesca de Gymnotus na região e para medidas adequadas de conservação.(AU)
Assuntos
Animais , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Gimnotiformes/classificação , Gimnotiformes/genéticaResumo
Cryptosporidium and Giardia are protozoan parasites that cause diarrhea in humans and animals. Molecular characterization of these pathogens in sewage may provide insight on their occurrence and prevalence in Brazil. This study aimed to investigate the presence of Giardia and Cryptosporidium in raw and treated sewage from Londrina, Paraná, Brazil. Samples were collected every two weeks during a year. Samples were concentrated, then DNA was extracted and subjected to a nested PCR targeting the Giardia 18S rRNA gene and the Cryptosporidium 18S rRNA gene. Species of Cryptosporidium were characterized by restriction fragment length polymorphism (RFLP). All raw sewage and 76% of the treated sewage were positive for Giardia; 84% of raw sewage samples and 8% of treated sewage were positive for Cryptosporidium. C. muris, C. hominis, C. baileyi, C. parvum and C. suis were detected in 100%, 19%, 9%, 9% and 4% of raw sewage, respectively. C. muris was the only species found in treated sewage. Multiple species of Cryptosporidium were present in 19.04% of the raw sewage. Treated sewage water can pose a threat to human health. The speciation of Cryptosporidium revealed the presence of non-common zoonotic species as C. suis and C. muris.(AU)
Cryptosporidium e Giardia são protozoários causadores de diarreia em animais e humanos. A caracterização molecular destes protozoários em esgoto pode prover dados ainda desconhecidos da ocorrência de espécies. O objetivo do presente estudo foi monitorar a ocorrência de Giardia e espécies de Cryptosporidium em esgoto bruto e tratado em uma estação de tratamento de esgoto (ETE) de Londrina, Paraná. Amostras de esgoto bruto e tratado foram coletadas no período de um ano, com periodicidade quinzenal. A ocorrência destes protozoários foi caracterizada por meio de concentração das amostras e posterior extração de DNA seguida de nested-PCR para amplificação de fragmentos dos genes 18S rRNA de Giardia e 18S rRNA de Cryptosporidium. A caracterização das espécies de Cryptosporidium foi realizada por meio de análise por polimorfismo de comprimento do fragmento de restrição (RFLP) dos produtos obtidos. Foram coletadas no total 25 amostras de cada, esgoto bruto e esgoto tratado. Para Giardia, todas as amostras de esgoto bruto e 76% das de esgoto tratado foram positivas. Cryptosporidium esteve presente em 84% das amostras de esgoto bruto e em 8% do tratado. No esgoto tratado foi encontrado apenas C. muris, já nas amostras de esgoto bruto foram encontradas cinco espécies: C. muris, C. hominis, C. baileyi, C. suis e C. parvum em 100%, 19%, 9%, 9% e 4%, respectivamente. A presença de espécies mistas foi observada em 19,04% das amostras. A presença de Giardia e Cryptosporidium em esgoto tratado pode pôr em risco a saúde humana. A discriminação de espécies de Cryptosporidium revelou a presença de espécies zoonóticas incomuns como C. suis e C. muris.(AU)
Assuntos
Giardia/patogenicidade , Cryptosporidium/patogenicidade , Monitoramento Ambiental , Área UrbanaResumo
Malassezia pachydermatis is a lipophilic and lipid-dependent yeast mostly isolated from animals' skin; hence, it is regarded as a zoophilic species causing otitis externa in dogs. Aspects associated with its epidemiology and pathogenicity is a matter of interest. This study aimed to conduct a molecular characterization of 43 isolates of M. pachydermatis obtained from dogs with otitis externa. For this purpose, the 5.8S internal transcribed spacer 2 (ITS2) and D1/D2 26S rRNA regions were amplified, sequenced and analyzed using restriction fragment length polymorphism (RFLP) with AluI, CfoI, and BstF5I endonucleases. Phylogenetic analyses revealed that these isolates grouped with the sequence types I, IV and V, previously proposed for M. pachydermatis. Interestingly, we found a new polymorphic RFLP pattern using BstF5I, these isolates were associated with the sequence types IV and V, nevertheless an association between polymorphic RFLP patterns, and fosfolipase activity or canine population data was not observed. These findings underline the genetic diversity of M. pachydermatis and provide new insights about the epidemiology of this species in the analyzed population.(AU)
Malassezia pachydermatis é uma levedura lipofílica e dependente de lipídios, principalmente da pele de animais. Sendo, por essa razão, considerada uma espécie zoofílica e causadora de otite externa em cães. Neste sentido, aspectos associados à sua epidemiologia e patogenicidade constituem um tema de interesse científico. O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização molecular de 43 isolados de M. pachydermatis obtidos a partir de cães com otite externa. Para esta propósito, foram amplificadas, sequenciadas e analisadas com enzimas de restrição as regiões do gene 5.8S, do espaçador interno transcrito 2 (ITS2) e D1/D2 do 26S do rRNA pelo método RFLP, com as endonucleases AluI, CfOI e BstF5I. Análises filogenéticas revelaram que os isolados se agruparam com as sequências tipo I, IV e V de M. pachydermatis como já descrito anteriormente. De maneira interessante, se observou um novo RFLP polimórfico utilizando BstF5I. Os isolados que mostraram esse padrão foram associados com os padrões IV e V. No entanto, não foi observada associação entre padrões polimórficos de RFLP e atividade de fosfolipase ou dados da população canina. Estes resultados demonstram a diversidade genética de M. pachydermatis e fornecem novas perspectivas sobre a epidemiologia destas espécies na população analisada.(AU)
Assuntos
Animais , Cães , Variação Genética , Malassezia/isolamento & purificação , Malassezia/genética , Otite Externa/veterinária , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Colômbia/epidemiologia , Doenças do Cão/microbiologiaResumo
Malassezia pachydermatis is a lipophilic and lipid-dependent yeast mostly isolated from animals' skin; hence, it is regarded as a zoophilic species causing otitis externa in dogs. Aspects associated with its epidemiology and pathogenicity is a matter of interest. This study aimed to conduct a molecular characterization of 43 isolates of M. pachydermatis obtained from dogs with otitis externa. For this purpose, the 5.8S internal transcribed spacer 2 (ITS2) and D1/D2 26S rRNA regions were amplified, sequenced and analyzed using restriction fragment length polymorphism (RFLP) with AluI, CfoI, and BstF5I endonucleases. Phylogenetic analyses revealed that these isolates grouped with the sequence types I, IV and V, previously proposed for M. pachydermatis. Interestingly, we found a new polymorphic RFLP pattern using BstF5I, these isolates were associated with the sequence types IV and V, nevertheless an association between polymorphic RFLP patterns, and fosfolipase activity or canine population data was not observed. These findings underline the genetic diversity of M. pachydermatis and provide new insights about the epidemiology of this species in the analyzed population.(AU)
Malassezia pachydermatis é uma levedura lipofílica e dependente de lipídios, principalmente da pele de animais. Sendo, por essa razão, considerada uma espécie zoofílica e causadora de otite externa em cães. Neste sentido, aspectos associados à sua epidemiologia e patogenicidade constituem um tema de interesse científico. O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização molecular de 43 isolados de M. pachydermatis obtidos a partir de cães com otite externa. Para esta propósito, foram amplificadas, sequenciadas e analisadas com enzimas de restrição as regiões do gene 5.8S, do espaçador interno transcrito 2 (ITS2) e D1/D2 do 26S do rRNA pelo método RFLP, com as endonucleases AluI, CfOI e BstF5I. Análises filogenéticas revelaram que os isolados se agruparam com as sequências tipo I, IV e V de M. pachydermatis como já descrito anteriormente. De maneira interessante, se observou um novo RFLP polimórfico utilizando BstF5I. Os isolados que mostraram esse padrão foram associados com os padrões IV e V. No entanto, não foi observada associação entre padrões polimórficos de RFLP e atividade de fosfolipase ou dados da população canina. Estes resultados demonstram a diversidade genética de M. pachydermatis e fornecem novas perspectivas sobre a epidemiologia destas espécies na população analisada.(AU)
Assuntos
Animais , Cães , Variação Genética , Malassezia/isolamento & purificação , Malassezia/genética , Otite Externa/veterinária , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Colômbia/epidemiologia , Doenças do Cão/microbiologiaResumo
ABSTRACT: Malassezia pachydermatis is a lipophilic and lipid-dependent yeast mostly isolated from animals skin; hence, it is regarded as a zoophilic species causing otitis externa in dogs. Aspects associated with its epidemiology and pathogenicity is a matter of interest. This study aimed to conduct a molecular characterization of 43 isolates of M. pachydermatis obtained from dogs with otitis externa. For this purpose, the 5.8S internal transcribed spacer 2 (ITS2) and D1/D2 26S rRNA regions were amplified, sequenced and analyzed using restriction fragment length polymorphism (RFLP) with AluI, CfoI, and BstF5I endonucleases. Phylogenetic analyses revealed that these isolates grouped with the sequence types I, IV and V, previously proposed for M. pachydermatis. Interestingly, we found a new polymorphic RFLP pattern using BstF5I, these isolates were associated with the sequence types IV and V, nevertheless an association between polymorphic RFLP patterns, and fosfolipase activity or canine population data was not observed. These findings underline the genetic diversity of M. pachydermatis and provide new insights about the epidemiology of this species in the analyzed population.
RESUMO: Malassezia pachydermatis é uma levedura lipofílica e dependente de lipídios, principalmente da pele de animais. Sendo, por essa razão, considerada uma espécie zoofílica e causadora de otite externa em cães. Neste sentido, aspectos associados à sua epidemiologia e patogenicidade constituem um tema de interesse científico. O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização molecular de 43 isolados de M. pachydermatis obtidos a partir de cães com otite externa. Para esta propósito, foram amplificadas, sequenciadas e analisadas com enzimas de restrição as regiões do gene 5.8S, do espaçador interno transcrito 2 (ITS2) e D1/D2 do 26S do rRNA pelo método RFLP, com as endonucleases AluI, CfOI e BstF5I. Análises filogenéticas revelaram que os isolados se agruparam com as sequências tipo I, IV e V de M. pachydermatis como já descrito anteriormente. De maneira interessante, se observou um novo RFLP polimórfico utilizando BstF5I. Os isolados que mostraram esse padrão foram associados com os padrões IV e V. No entanto, não foi observada associação entre padrões polimórficos de RFLP e atividade de fosfolipase ou dados da população canina. Estes resultados demonstram a diversidade genética de M. pachydermatis e fornecem novas perspectivas sobre a epidemiologia destas espécies na população analisada.
Resumo
This study aimed to identify Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) species isolated from bovine mastitis, through phenotypic and PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism-Polimerase Chain Reaction) methods and to compare both techniques to matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) technique. Among them, the PCR-RFLP method, using a partially conserved sequence of the groEL gene, is a promising alternative, because of its reproducibility and reliability. On the other hand, the proteomic technique MALDI-TOF MS provides an accurate and much faster diagnosis and has been increasingly employed in microbiological identification. The pheno-genotypic profiles of beta-lactam resistance were also investigated, this characterization is important, considering that the use of antimicrobials is a key element for mastitis control in dairy farms. The concordance of the phenotypic, PCR-RFLP and MALDI-TOF MS assays to identify CoNS species was 77,5% (31/40). S. chromogenes was the species most frequently isolated. Antibiotic resistance rate was relatively low, registering values of 25.5% to penicillin, 9.6% to oxacillin and 6.2% to cefoxitin. Resistance to imipenem, cephalotin and amoxicillin+clavulanate was not observed. The mecA gene and its variant were detected in 7.6% and 4,1% of the isolates respectively. The blaZ gene was found in 43.2% of the strains resistant to penicillin.(AU)
Este estudo teve como objetivo identificar isolados de Staphylococcus coagulase-negativa (SCN) isolados de mastite bovina, por meio de métodos fenotípicos e PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase - polimorfismo nos fragmentos de restrição), e compará-los com a técnica de tempo de voo de ionização/desorção por laser assistida por matriz de espectrofotometria de massa (MALDI-TOF MS). O método de PCR-RFLP, que utiliza uma parte conservada da sequência do gene groEL, é uma alternativa promissora, por ser reprodutível e confiável. Por outro lado, a técnica proteômica MALDI-TOF MS permite uma acurácia e um diagnóstico muito mais rápidos e tem sido cada vez mais empregada na identificação microbiológica. Os perfis fenogenotípicos de resistência aos beta-lactâmicos também foram investigados. Essa caracterização é importante, considerando-se que os antimicrobianos são os elementos-chave para o controle da mastite na produção leiteira. A concordância entre os testes fenotípicos, PCR-RFLP E MALDI-TOF MS na identificação foi de 77,5% (31/40). S. chromogenes foi a espécie mais frequentemente isolada. A resistência antimicrobiana foi relativamente baixa, apresentando valores de 25,5% para penicilina, 9,6% para oxacilina e 6,2% para cefoxitina. Resistência ao imipenem, à cefalotina e à amoxacilina + ácido clavulâncico não foi observada. O gene mecA e sua variante foram detectados em 7,6% e 4,1% dos isolados, respectivamente. O gene blaZ foi encontrado em 43,2% dos isolados resistentes à penicilina.(AU)
Assuntos
Animais , Bovinos , Resistência beta-Lactâmica/genética , Bovinos/anormalidades , Bovinos/genética , Staphylococcus/classificaçãoResumo
This study aimed to identify Coagulase-Negative Staphylococci (CoNS) species isolated from bovine mastitis, through phenotypic and PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism-Polimerase Chain Reaction) methods and to compare both techniques to matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) technique. Among them, the PCR-RFLP method, using a partially conserved sequence of the groEL gene, is a promising alternative, because of its reproducibility and reliability. On the other hand, the proteomic technique MALDI-TOF MS provides an accurate and much faster diagnosis and has been increasingly employed in microbiological identification. The pheno-genotypic profiles of beta-lactam resistance were also investigated, this characterization is important, considering that the use of antimicrobials is a key element for mastitis control in dairy farms. The concordance of the phenotypic, PCR-RFLP and MALDI-TOF MS assays to identify CoNS species was 77,5% (31/40). S. chromogenes was the species most frequently isolated. Antibiotic resistance rate was relatively low, registering values of 25.5% to penicillin, 9.6% to oxacillin and 6.2% to cefoxitin. Resistance to imipenem, cephalotin and amoxicillin+clavulanate was not observed. The mecA gene and its variant were detected in 7.6% and 4,1% of the isolates respectively. The blaZ gene was found in 43.2% of the strains resistant to penicillin.(AU)
Este estudo teve como objetivo identificar isolados de Staphylococcus coagulase-negativa (SCN) isolados de mastite bovina, por meio de métodos fenotípicos e PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase - polimorfismo nos fragmentos de restrição), e compará-los com a técnica de tempo de voo de ionização/desorção por laser assistida por matriz de espectrofotometria de massa (MALDI-TOF MS). O método de PCR-RFLP, que utiliza uma parte conservada da sequência do gene groEL, é uma alternativa promissora, por ser reprodutível e confiável. Por outro lado, a técnica proteômica MALDI-TOF MS permite uma acurácia e um diagnóstico muito mais rápidos e tem sido cada vez mais empregada na identificação microbiológica. Os perfis fenogenotípicos de resistência aos beta-lactâmicos também foram investigados. Essa caracterização é importante, considerando-se que os antimicrobianos são os elementos-chave para o controle da mastite na produção leiteira. A concordância entre os testes fenotípicos, PCR-RFLP E MALDI-TOF MS na identificação foi de 77,5% (31/40). S. chromogenes foi a espécie mais frequentemente isolada. A resistência antimicrobiana foi relativamente baixa, apresentando valores de 25,5% para penicilina, 9,6% para oxacilina e 6,2% para cefoxitina. Resistência ao imipenem, à cefalotina e à amoxacilina + ácido clavulâncico não foi observada. O gene mecA e sua variante foram detectados em 7,6% e 4,1% dos isolados, respectivamente. O gene blaZ foi encontrado em 43,2% dos isolados resistentes à penicilina.(AU)
Assuntos
Animais , Bovinos , Bovinos/anormalidades , Bovinos/genética , Staphylococcus/classificação , Resistência beta-Lactâmica/genéticaResumo
In this study, a method utilizing PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) of a mitochondrial gene was developed for the identification of chicken (Gallus gallus), quail (Coturnix coturnix), and common pigeon (Columba livia) meat. PCR products of ~440 bp were obtained from the 12S rRNA gene of these three birds using a pair of universal primers. The three terrestrial birds can be distinguished using one restriction endonuclease, Alu I, which was selected based on species-specific variations in the mt 12S rRNA gene sequence using 9 newly-obtained and 44 published chicken, quail and pigeon sequences. This method was also successfully used to identify commercial quail and pigeon meat products, which were found to be adulterated with chicken meat. Additionally, our method had relatively high sensitivity for detecting a meat mixture. Ten percent of chicken meat in the mixed quail and pigeon sample was detectable. This assay can be useful for the accurate identification of meats from terrestrial birds, avoiding mislabeling or fraudulent species substitution in meat products.(AU)