Associação de polimorfismos de nucleotídeo único com características de crescimento e reprodutivas em bovinos Canchim

Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP (?Single Nucleotide Polymorphism?) estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia ?Generalized Quase- Likelihood Score? para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)...

Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the "Generalized Quasi-Likelihood Score" method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information...

Associação entre polimorfismos de base única e precocidade sexual em fêmeas da raça Nelore

As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13...

Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits...

Marcadores moleculares associados à qualidade de carne em bovinos Nelore

O objetivo deste estudo foi estimar as frequências dos polimorfismos nos genes DGAT1 (sequência de 18 nucleotídeos na região promotora ? VNTR), ANK1 (novo polimorfismo identificado na região regulatória), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) e MYOG (NW_001501985:g.511G>C) e associá-los a características relacionadas à qualidade de carne e carcaça em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 600 machos, terminados em confinamento com idade inferior a dois anos, com informações de desempenho e genealogia. Os animais foram abatidos em frigoríficos comerciais, onde foram obtidas amostras individuais do músculo Longissimus dorsi para extração do DNA e realização das análises fenotípicas da carne. A genotipagem foi realizada por meio da técnica da PCRRFLP, com exceção do VNTR do gene DGAT1 que foi apenas amplificado pela PCR. Por meio da análise do tamanho dos fragmentos em gel de agarose, foram determinados os genótipos dos indivíduos para o cálculo das frequências alélicas e genotípicas. O estudo de associação com o peso de carcaça quente, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, perdas por cocção (perdas), coloração instrumental (L*, a*, b*), porcentagem de gordura intramuscular (GIM) e índice de fragmentação miofibrilar foi realizado por meio do procedimento GLM do SAS®. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne (p<0,05). No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados (p<0,05) ao aumento da GIM, à redução das perdas e ao aumento da AOL, respectivamente. O SNP do gene TCAP não foi polimórfico e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características testadas. Os resultados obtidos indicam que os genes DGAT1 e ANK1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore para qualidade de carne e carcaça

The aim of this study was to estimate the polymorphism frequencies of the genes DGAT1 (sequence of 18 nucleotides at the promoter region ? VNTR), ANK1 (new polymorphism identified at the regulatory region), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) and MYOG (NW_001501985:g.511G>C) and associate them to carcass and meat quality in Nellore cattle (Bos indicus). It was used 600 males, finished at feedlot under two years old, with performance and genealogy information. Slaughter was carried out in commercial abattoir where individual samples were obtained from Longissimus dorsi for DNA extraction and meat analysis. Genotyping was performed by PCR-RFLP, with exception for the VNTR of gene DGAT1 that was only amplified by PCR. By analyzing the fragment size on the agarose gel, the genotypes of the animals were determined for calculation of allele and genotype frequencies. The associations study with hot carcass weight, ribeye area (REA), back fat thickness, shear force, cooking loss (CL), meat color (L*, a*, b*), percentage of intramuscular fat (IF) and myofibrillar fragmentation index was performed using the GLM procedure of SAS®. The allele B from ANK1 gene was associated to higher redness (a*) of meat (p<0.05). The alleles 5R, 6R and 7R from DGAT1 VNTR gene were associated (p<0.05) to increased IF, reduced CL and increased REA, respectively. The SNP of TCAP gene was not polymorphic and MYOG alleles were not associated to any of the tested characteristics. Results indicate that DGAT1 and ANK1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality

Desequilíbrio de ligação e associação entre polimorfismos de base única com maciez da carne e espessura de gordura em bovinos Nelore utilizando painéis de alta densidade

A carne produzida no Brasil a partir de raças zebuínas possui características organolépticas que não são bem aceitas nos mercados mais exigentes. As características de carcaça e da carne, como a maciez e a espessura de gordura subcutânea podem garantir qualidade e uniformidade na produção de carne bovina, porém o melhoramento genético para essas características não tem sido praticado. Os objetivos deste estudo foram analisar o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos de base única (SNPs), e estudar a associação destes com a maciez da carne e espessura de gordura subcutânea no genoma de bovinos da raça Nelore utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizados 795 machos da raça Nelore nascidos em 2008 e 2009 e pertencentes a três programas de melhoramento genético. Um total de 117 grupos de contemporâneos foi formado, constituídos por ano de nascimento, fazenda, grupos de manejo ao nascimento, grupos de manejo à desmama e ao sobreano. Os animais foram genotipados utilizando o Illumina High-Density Bovine BeadChip com 777.962 marcadores SNPs. O DNA genômico foi extraído utilizando amostras de cinco gramas de tecido muscular retirados do Longissimus dorsi de cada animal. Foram excluídos SNPs que apresentaram MAF (alelo de menor frequência) inferior a 0,05 e Call Rate menor que 0,93, totalizando 446.986 SNPs. Os fenótipos para maciez da carne foram obtidos utilizando um equipamento de análise de textura equipado com uma sonda Warner Bratzler em amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meiacarcaça esquerda. Na mesma amostra foi mensurada a espessura de gordura subcutânea com paquímetro, medindo a camada de gordura localizada a um ângulo de 45º a partir do centro geométrico. As análises de associação foram realizadas considerando apenas um marcador por vez...

The meat produced in Brazil from Zebu breeds has organoleptic characteristics that are not well accepted in the most demanding markets. Carcass and meat traits, like tenderness and fat thickness, can ensure quality and uniformity in beef production, but genetic improvement for these traits has not been practiced. The objective of this study was analyze the linkage disequilibrium between single nucleotide polymorphisms (SNPs), and to study their association with the tenderness of meat and fat thickness in the genome of Nellore cattle using a panel of highdensity SNPs. Data from 795 Nellore cattle born in 2008 and 2009 and belonging to three breeding programs were used. A total of 117 contemporary groups were formed, constituted of year of birth, farm, management groups at birth, management groups at weaning and yearling. The animals were genotyped using Illumina High- Density Bovine BeadChip with 777,962 SNP markers. Genomic DNA was extracted with samples from five grams of tissue taken from the Longissimus dorsi muscle of each animal. SNPs that had MAF less than 0.05 and Call Rate less than 0.93 were excluded, totaling 446,986 SNPs. The phenotypes for meat tenderness were obtained using a texture analysis equipment equipped with a Warner Bratzler probe in samples of 2.54 cm taken between the 12th and 13th ribs of the left half carcass. On the same sample, it was measured the thickness of subcutaneous fat with caliper rule, measuring the fat located at an angle of 45° from the geometric center. The association analysis was performed considering only one marker at a time. The fixed effects in the model were SNP marker, contemporary group, date of slaughter and slaughter age as covariate. To estimate the effect of each SNP over the traits, the SNP marker was included as a covariate (linear effect). The average linkage disequilibrium (r²)...

Polimorfismo nos genes da leptina e do receptor de melatonina em búfalas (Bubalus bubalis)

O gene responsável pela codificação do hormônio leptina tem sido associado à produção de leite, e diversos polimorfismos encontrados nesse gene foram associados a características produtivas em bovinos. O objetivo do presente estudo foi a identificação do polimorfismo LEP-1620 (A/G) no gene bubalino da leptina e suas possíveis associações com as produções de leite, gordura, proteína e porcentagens de gordura e proteína. Foram coletadas amostras de pelo da cauda de 200 búfalas, e após a extração do DNA as amostras foram genotipadas pela técnica PCR-RFLP. Três amostras foram sequenciadas e foi encontrado um SNP na posição 70 do íntron 2 do gene da leptina, caracterizado pela substituição de um A por um G. As médias das produções mensais de leite, gordura, proteína e as porcentagens de gordura e proteína foram avaliadas em um modelo misto. Os genótipos encontrados (AA, AG, GG) foram positivamente associados às características porcentagem de gordura e de proteína (p<0,05), sendo que os animais AA apresentaram médias superiores para as características. As curvas de lactação para as características produção de leite e porcentagens de gordura e proteína apresentaram trajetórias semelhantes para os três genótipos. Esses resultados indicam que o polimorfismo LEP-1620 (A/G) pode ser utilizado futuramente como marcador molecular para as características porcentagem de gordura e proteína do leite de búfalas

The gene responsible for encoding the hormone leptin has been associated with milk production, and several polymorphisms of this gene were associated with production traits in cattle. The aim of the present study was to identify the LEP-1620 (A/G) polymorphism in the buffalo leptin gene and its possible associations with milk, fat and protein yield, and fat and protein percentages. Samples of tail hair from 200 buffalo cows were collected, and after DNA extraction the samples were genotyped by PCR-RFLP. Three samples were sequenced and an SNP was found at position 70 of intron 2 in the leptin gene, characterized by the substitution of an A for a G. The means from monthly milk, fat and protein yield and falt and protein percentages were evaluated by a mixed model. The genotypes found (AA, AG, GG) were positively associated with fat and protein percentages (p<0,005), and the AA animals showed the highest means for this traits. The lactation curves for milk yield and fat and protein percentages showed similar trajectories for the three genotypes. These results indicate that the LEP-1620 (A/G) polymorphism can be used in the future as a molecular marker for fat and protein percentages traits of buffalo cow?s milk

Estudo de genes relacionados ao metabolismo de lipídeos como candidatos à precocidade sexual em bovinos da raça Nelore

O presente estudo foi desenvolvido a fim de detectar associações entre polimorfismos conhecidos nos genes relacionados com o tecido adiposo e a precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas 1.085 novilhas precoces e não precoces provenientes de fazendas participantes do programa de melhoramento genética da Conexão Delta G. Foram utilizados SNPs do painel de 777.000 SNPs do High Density Bovine SNP BeadChip, localizados dentro da região dos genes candidatos e com uma distância de até 5 Kb, pois sabe-se que com essa distância há desequilíbrio de ligação (LD). Apenas 445 novilhas, precoces e não precoces, foram genotipadas, nas outras 640 foi utilizado o número médio de cópias de cada alelo na população genotipada. Para a análise estatística foram utilizados modelos lineares. Os programas fastPHASE e GenomeStudio foram utilizados para a reconstrução dos haplótipos e análise do LD a partir da estatística r². Foram analisados 54 genes candidatos e um total de 443 SNPs, dentre esses 370 eram formadores de 83 haplótipos e o restante dos SNPs foram estudados isoladamente. As análises estatísticas revelaram que apenas dois haplótipos formados por dois e quatro SNPs localizados no gene FABP4 e PPP3CA e um SNP isolado no gene PPP3CA, tiveram efeito significativo ao nível de p<0,05 para a precocidade sexual. Com isso, pode-se concluir que os genes FABP4 e PPP3CA influenciam a precocidade sexual e, podem desse modo serem considerados em programas de seleção que visem melhorias na precocidade sexual de animais da raça Nelore

The aim of this study was to evaluate possible associations between known polymorphisms in genes related to adipose tissue and sexual precocity in Nellore cattle. 1,085 precocious and non-precocious heifers belonging to Delta G Connection (Conexão Delta G) breeding program were analyzed. A subset of SNPs from the panel of High Density Bovine SNP BeadChip of 777,000 SNPs was evaluated. This subset of SNPs is located within a region of candidate genes with a distance up to 5 Kb, since it is considered that in this distance there is linkage disequilibrium (LD). Only 445 precocious and non-precocious heifers were genotyped, for the remained 640, the average number of copies of each allele from the genotyped population, was used. The statistical evaluation was made by linear models. To analyze the reconstruction of haplotypes and LD presence, the fastPHASE and GenomeStudio softwares were used, using r2 procedure. In total, 54 candidate genes and 443 SNPs were analyzed. Among these SNPs, 370 formed 83 haplotypes while the remained SNPs were studied separately. The statistical analyses revealed that only two sets of haplotypes, formed by two and four SNPs located on FABP4 and PPP3CA, and one isolated SNP on PPP3CA gene, had significant effect (p<0.05) for the sexual precocity trait. These results indicate that FABP4 and PPP3CA genes have an influence on sexual precocity of the animals and should be considered in selection breeding programs in Nellore cattle to evaluate this trait

Análise de polimorfismos em genes do eixo somatotrópico em bovinos Nelore selecionados para crescimento

Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes

The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known

Polimorfismos no gene do hormônio da grelina (GHRL) e suas associações com características de interesse econômico em bovinos da raça Nelore

O hormônio da grelina é produzido pela parede do estômago e possui principal função orexígena, além de estimular a secreção do hormônio do crescimento e atuar no balanço energético, sendo proposto como gene candidato para identificação de marcadores genéticos associados com características de importância econômica. Marcadores genéticos moleculares quando associados a características de importância econômica podem auxiliar na avaliação genética, diminuir o intervalo de gerações e aumentar o ganho genético dos animais. Foram utilizados 231 animais para estudar o gene do hormônio da grelina (GHRL) para a identificação de marcadores moleculares e foram encontrados seis polimorfismos do tipo SNP no íntron 2 e 4 e no éxon 5. As posições dos SNPs no gene e as substituições são: g.1905 A>G, g.2068 T>C, g.4190 T>C, g.4269 A>G, g.4384 T>C, g.4450 T>C, sendo que três SNPs estavam em desequilíbrio de ligação. Os SNPs foram encontrados em regiões intrônicas e 3?UTR, entretanto, houve associações de SNPs, utilizando o Teste F, com as características peso ao ano para machos (P378), peso ao sobreano para fêmeas (P550), consumo de matéria seca (CMS); área de olho de lombo ao ano (AOLa); altura na garupa em fêmeas (ALTf); espessura de gordura subcutânea no lombo (EGLa) e na garupa (EGGa) ao ano (P?0,05). Foram formados haplótipos, mas apenas os haplótipos associados com característica EGGa apresentaram diferenças significativas (P?0.05). Também houve aplicação do teste de Bonferroni para todas as análises, entretanto apenas os haplótipos associados com a característica EGGa apresentaram diferenças significativas para esse teste

The hormone ghrelin is produced by stomach wall and has main function is food intake, besides stimulating the secretion of growth hormone and act on energy balance, it is proposed as a candidate gene for identification of genetic markers associated with important economic traits. When molecular genetic markers associated with traits of economic importance in the genetic evaluation may help decrease the generation interval and increasing the gain genetic of the animals. Were used 231 animals to study the hormone ghrelin gene (GHRL) for the identification of molecular markers and six SNP polymorphisms were found in intron 2 and 4 and exon 5. The positions of the SNP in the gene and yours substitutions are: g.1905 A> G, g.2068 T> C, g.4190 T> C, g.4269 A> G, g.4384 T> C, T g.4450 > C, and three SNP were in linkage disequilibrium. The SNP were found in intronic and 3'UTR regions, however, there were associations of SNPs using the F test, with traits male weight at 378 days of age (P378), heifer weight at 550 days of age (P550), dry matter intake (CMS), longissimus mucle area (AOL); heifer height (ALTf), backfat thickness (EGL) and rump fat thickness croup (EGG) (P ? 0.05). Haplotypes were formed, but only the haplotypes associated with characteristic EGG significant differences (P ? 0.05). There was also applying the Bonferroni test for all analyzes, however only the haplotypes associated with the characteristic EGG significant differences for this test

Desenvolvimento e utilização de marcadores microssatŠélites em perdizes (Rhynchotus rufescens) e outros Tinam‰ídeos

A Universidade Estadual Paulista ? UNESP, campus de Jaboticabal desenvolve há v†ários anos pesquisas na á†rea de animais silvestres, contribuindo dessa forma na conservaçãˆo e produção‡ de espŠécies amea‡çadas de extin‡ção. Uma dessas espéŠcies estudadas para fins cientí‰ficos, a perdiz (Rhynchotus rufescens), apresenta potencialidades para a produ‡ção comercial em cativeiro. Com o objetivo de determinar polimorfismos genéŠticos nessa espéŠcie e em outras espéŠcies de tinam‰ídeos, foram desenvolvidos 16 pares de primers de microssatéŠlite para a perdiz a partir de biblioteca gen“ômica enriquecida com microssatŠélites. A fim de se verificar a amplificação cruzada em perdiz e em outros tinam‰ídeos foram utilizados 10 pares de primers desenvolvidos para avestruzes (Struthio camelus) e outros 10 pares desenvolvidos para o inhambŒú-da-cabe‡ça-vermelha (Tinamus major). Dos 16 locos desenvolvidos para perdiz, 8 apresentaram sucesso na amplificação nessa espŠécie e apenas cinco amplificaram em outros tinamídeos. Foi realizada a genotipagem em 26 amostras de perdizes e obtidas estimativas relacionadas ao percentual de locos polimó‹rficos (50%), núŒmero mŠédio de alelos por loco (5,75), conteŒúdo polim‹órfico informativo mŠédio (0,62) e diversidade genéŠtica esperada (0,69). Quanto ao teste de transferabilidade, dos pares de primers desenvolvidos para T. major, somente um apresentou amplificação especí‰fica em perdizes, sendo observadas taxas de amplificação cruzada de 100 e 70% para macuco (Tinamus solitarius) e para a azulona (Tinamus tao), respectivamente. As amplificações nos demais tinamí‰deos ficaram restritas a cinco locos de microssatŠélites. Com o uso de programas computacionais e de...

The São Paulo State University UNESP, Jaboticabal campus has for several years research with wild animals, contributing for the preservation and production of the species threatened by extinction. One of these species is the red-winged-tinamou (Rhynchotus rufescens), that has potential for production in captivity. The aim of the study was to determine genetic microsatellite polymorphisms in this species and other tinamous species. Sixteen microsatellite primer pairs were developed for the red-winged-tinamou from a genomic library enriched with microsatellites. In order to verify the cross amplification for the tinamous species we used 10 pairs of primers designed for ostriches (Struthio camelus) and 10 pairs developed for Tinamus major. From the 16 loci developed for red-winged-tinamou, 8 amplified in this species and only five amplified in other Tinamous. Genotyping was performed on 26 samples and estimates related to the percentage of polymorphic loci (50%), average number of alleles per locus (5.75), polymorphic information content (average 0.62) and expected genetic diversity (0.69). In order to test the transferability of the primer pairs developed for T. major, only one had a specific amplification in partridges, with observed rates of crossamplification of 100 and 70% for macuco (Tinamus solitarius) and the azulona (Tinamus tao), respectively. The amplifications in other tinamous were restricted to five microsatellite loci. With the use of computer programs and statistical analysis, we estimated genetic and phenotypic parameters of morphometric characteristics in red-winged-tinamou, in order to...

Caracterização genética e análise de polimorfismos da região promotora do gene da enzima esteraoil-coenzima a dessaturase em báfalas leiteiras

A atividade biológica do ácido linoléico conjugado (CLA) em seres humanos está diretamente relacionada à prevenção e tratamento de várias doenças, principalmente o câncer. A maiores fontes naturais de CLA, disponíveis para o consumo, são o leite e derivados lácteos. Em ruminantes, altos níveis de secreção do CLA ocorrem em função da síntese endógena que ocorre na glândula mamária, pela ação da enzima Estearoil- Coenzima A dessaturase (SCD) sobre o ácido vacênico circulante. Neste estudo, a região promotora do gene da SCD de búfalas da raça ?Murrah?, foi isolada a partir de bibliotecas gênicas obtidas com a utilização da técnica ?Genome Walking?. Os produtos das bibliotecas foram clonados e sequenciados, caracterizando uma região de 588 pb acima do sitio de início de transcrição. A aplicação de softwares específicos para análise das sequências, permitiu a identificação de regiões consenso que atuam como sítios de ligação para fatores de transcrição que agem diretamente na regulação da expressão gênica. Os principais sítios de ligação identificados foram: SREBP-1, NF-Y, NF-1, AP-1, FSE e HNF-4. A sequência da região promotora bubalina obtida neste estudo apresentou homologia com sequências da mesma região descritas para bovinos, ovinos e suínos, indicando similaridade entre os nucleotídeos que as compõem. Este estudo permitiu a caracterização molecular completa da região promotora do gene da SCD em bubalinos leiteiros

The role of conjugated linoleic acid (CLA) in humans is related to prevention and treatment in a number of diseases, mainly, cancer. Milk and dairy products are the major natural sources of CLA available for human diets. In ruminants, the CLA levels produced occurs in function of the endogenous synthesis on mammary gland by the action of Stearoyl CoA desaturase (SCD) on vaccenic acid. In this study, the promoter region of SCD´s gene of Murrah breed buffaloes was isolated from Genome Walker libraries. The amplicons were cloned and sequenced, characterizing 588 bp upstream the transcriptions start site. Analysis with specific software to promoter regions allows the identification of transcription factor binding sites related to gene expression regulation. The putative sequences identified were SREBP-1, NF-Y, NF-1, AP-1, FSE and HNF-4. The core promoter sequence of SCD obtained in this study showed homology with the promoters previously described to bovine, ovine and swine, indicating a high conservation level to the nucleotide sequence. This study allows the complete molecular characterization to the core promoter of SCD gene in dairy buffaloes

Diversidade genética e estrutura de populações de Rhizoctonia solani AG-1 IA no Brasil

O basidiomiceto Rhizoctonia solani AG-1 IA é um dos principais patógenos da soja no Brasil, onde as perdas estimadas com a doença podem atingir 30 a 60%. 232 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos comerciais de soja nas principais regiões produtoras do país e genotipados usando dez locos polimórficos de microssatélites. As baixas diversidades genotípicas, os desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), o desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nessas populações são consistentes com predominância de reprodução assexuada e dispersão de propágulos vegetativos a curtas distâncias. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica entre as populações, indicando a população do Tocantins como a provável fundadora. As evidências de fluxo gênico restrito e modo reprodutivo misto enquadrariam o fungo na categoria de médio risco para potencial evolutivo de patógenos, sugerindo precaução quanto à aplicação de fungicidas ou melhoramento para genes de resistência. Também foi desenvolvido um método para detecção de SNPs em múltiplos locos por PCR, através da conversão de sondas de RFLP em seis marcadores co-dominantes de seqüenciamento, altamente informativos e polimórficos. Detectou-se de um a múltiplos alelos em cada isolado, para cada região analisada, indicando a condição heterocariótica do fungo. O maior número de polimorfismos SNPs foi detectado para o marcador R68L, com 18 mutações em 303 pares de bases. O conjunto de novos marcadores desenvolvido mostrou-se um sistema de genotipagem viável, possibilitando discriminação alélica precisa, com potencial de complementar os métodos existentes para estudo da biologia populacional de R. solani AG-1 IA e viabilizar estudos de caráter evolutivo

The Basidiomycete fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA is a major pathogen of soybean in Brazil, where the average yield losses have reached 30 to 60%. 232 isolates of R. solani AG1 IA were collected from soybean fields in the most important soybean production areas in the country. These isolates were genotyped using ten microsatellite loci. Low genotypic diversity, departures from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), gametic disequilibrium and high degree of population subdivision found in these populations are consistent with predominantly asexual reproduction, short-distance dispersal of vegetative propagules, and limited long-distance dispersal. The observed levels of subdivision could be explained by asymmetric historical migration among the soybean-infecting populations, denoting TO06 as the founder population. Evidences of restricted gene flow and a mixed reproductive mode would fit the fungus into the medium-high risk category for pathogen evolutionary potential, suggesting the need for caution when applying fungicides or breeding for major-gene resistance. We also developed a method to detect SNPs in multiple loci by PCR, converting RFLP probes in six highly informative and polymorphic co-dominants sequencing markers. We have identified single and multiple alleles per isolate in each analyzed region, indicating the fungus heterokaryotic condition. The highest number of SNPs was detected at the R68L marker, with 18 mutations along 303 base pairs. The developed set of new markers proved to be a viable genotyping system, allowing precise allelic discrimination, with the potential to complement the methods already described to study the R. solani AG-1 IA population biology and making evolutionary studies feasible

Diversidade alélica do gene DRB3 do complexo principal de histocompatibilidade nas raças de búfalo mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah

O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é uma região do genoma com um denso agrupamento de genes que apresentam alto grau de polimorfismo. Os genes do MHC estão divididos em regiões que apresentam similaridades funcionais, contendo genes da classe I, II e III, sendo que em bovídeos a classe II é subdividida em dois agrupamentos denominados IIa e IIb. Genes da classe II do MHC têm chamado muito a atenção, se tratando de animais de produção, diante da necessidade de melhorar métodos de controle de doenças, por meio do desenvolvimento de novas vacinas e seleção de animais resistentes. Desta forma, o presente trabalho visou à realização de um estudo da diversidade alélica do gene DRB3 em três raças de búfalo de rio criadas no Brasil (Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah) utilizando a técnica de PCR-RFLP. As amostras de DNA foram extraídas de bulbo folicular de 24 animais da raça Mediterrâneo, 23 animais da raça Jafarabadi e 18 animais da raça Murrah. As reações de PCR foram realizadas com volume total de 30 ?l e o produto de PCR obtido foi digerido com três enzimas de restrição: RsaI, HaeIII e PstI. Os pares de iniciadores de PCR produziram produto de PCR de aproximadamente 300 bp de tamanho. A digestão com a enzima de restrição RsaI apresentou oito alelos, com tamanhos aproximados: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) e RsaI-G (110+70+60+55 bp), sendo cinco alelos (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C, RsaI-E) na raça Mediterrâneo, quatro alelos (O, RsaI-A, RsaI-F e RsaI-G) na raça Jafarabadi e três alelos (O, RsaI-A e RsaI-D) na raça Murrah. Em todos os produtos de PCR, das três raças, o genótipo homozigoto para o alelo O foi o mais frequente (300bp/300bp). Com a enzima de restrição HaeIII foram observados quatro alelos, com tamanhos aproximados

The Major Histocompatibility Complex (MHC) is a genome region with have a dense clusters of genes that showing a high degree of polymorphism. The genes of the MHC are divided in regions that show similar functions, and contain genes of the classe I, II and III. The class II, in bovides is subdivided in two clusters called IIa and IIb. Much attention has been given to class II genes, especially to the livestock, because the production animal has a need of more efficient methods to control diseases through the development of vaccines and selection of resistant animals. Therefore, the present work aimed study the allelic diversity of the DRB3 gene in three breeds of river buffaloes raised in Brazil (Mediterranean, Jafarabadi and Murrah) by PCR-RFLP. DNA samples were extracted from follicle bulb of 24 Mediterranean, 23 Jafarabadi and 18 Murrah buffaloes breeds. The PCR reactions have 30 ?l of volume and the PCR product was digested with three restriction enzymes: RsaI, HaeIII and PstI. The primers pairs produced a PCR product with 300 bp size proximally. Digestion with the restriction enzyme RsaI presented eight alleles, with proximally sizes: O (300 bp), RsaI-A (230+70 bp), RsaI-B (180+120 bp), RsaI-C (130+90+70 bp), RsaI-D (140+90+70 bp), RsaI-E (120+70+60 bp), RsaI-F (120+110+70 bp) and RsaI-G (110+70+60+55 bp), and were five alleles (O, RsaI-A, RsaI-B, RsaI-C and RsaI-E) in the Mediterranean breed, four alleles (O, RsaI-A, RsaI-F and RsaI-G) in the Jafarabadi breed and three alleles (O, RsaIA and RsaI-D) in the Murrah breed. In all of the PCR products, of the three breeds, the homozygote genotype for the allele O was the most frequent (300bp/300bp). Digestion with the HaeIII restriction enzyme produced four alleles, with proximally sizes: HaeIII-A (220+80 bp), HaeIII-B (170+80+50 bp), HaeIII-C (210+80 bp) and HaeIII-D (170+130 bp), where the Mediterranean breed presented the four alleles

Aspectos ecofisiológicos e genético de biótipos de Digitaria insularis resistente e suscetível ao glyphosate

O conhecimento da biologia aliado as estudos genéticos são ferramentas importantes para o manejo eficaz de plantas daninhas resistentes. Contudo os objetivos do trabalho foram: a) Comprovar existência de biótipo de Digitaria insularis resistente a glyphosate por meio de curva dose-resposta obtidas quando as plantas apresentaram de 2 a 4 folhas totalmente expandidas; b) Avaliar efeito da temperatura na presença e na ausência de luz; Avaliar o efeito da duração da luz (fotoperíodo) e disponibilidade hídrica na germinação das sementes de R e S; c) Verificar o efeito da profundidade de semeadura na emergência das plântulas de R e S; d) Estudar e comparar a fenologia e desenvolvimento de R e S; e) Detectar a taxa de polimorfismo entre os biótipos. Pra isso, foram utilizadas sementes de Digitaria insularis R e S e submetidas ás temperaturas constantes: 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 e 40°C; Alternadas: 10-20, 15-25, 20-30, 25-35 e 15-35°C; fotoperíodo: 0, 6, 8, 10, 12, 14, 16 e 18 horas; potenciais osmóticos: 0,0, -0,2, -0,4, -0,6, -0,8 e 1,0 MPa; profundidades de semeadura: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 7, 10 e 15 cm; além da caracterização dos estádios fenológicos e desenvolvimento, e taxa de polimorfismo. Verificou-se que o fator de resistência (FR) foi de 5,3 para nota de controle, sendo o EC50 para a porcentagem de controle, de 416,6 g e.a.ha-1 para o R e 78,5 g e.a.ha-1 para o S. A temperatura fixa ótima para a germinação de ambos os biótipos foi de 30ºC e alternadas de 20-30ºC, tanto na presença quanto na ausência de luz, ainda a faixa fotoperiódica ótima foi de 10 a 12 horas de luz. O biótipo R germinou até potencial osmótico de -0,8 MPa enquanto o S até -0,4 MPa. Quando submetidos a diferentes profundidades de semeadura, ambos os biótipos apresentaram alta taxa de emergência até 4 cm. Em todas as variáveis propostas para a germinação e emergência, o biótipo

The knowledge of the biology ally will genetic studies are important tools for the effective management of resistant weeds. However, the objectives this work were: a) proves the existence of Digitaria insularis biotypes resistant to glyphosate through dose-response curve obtained when the plants had 2-4 fully expanded leaves b) Evaluate the effect of temperature in the presence and absence of light; evaluate the effect of light duration (photoperiod) and water availability on germination of the R and S c) to investigate the effect of sowing depth on seedling emergence of the R and S d) to study and compare the phenology and growth the R and S, e) Detecting the polymorphism among biotypes. For this, was used seeds of Digitaria insularis R and S which were submitted ace constant temperatures: 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35 and 40 ° C; Alternate: 10-20, 15-25, 20 - 30, 25-35 and 15-35 ° C, photoperiod: 0, 6, 8, 10, 12, 14, 16 and 18 hours; osmotic potential: 0.0, -0.2, -0.4, -0 , 6, 1.0 and -0.8 MPa; sowing depth: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 7, 10 and 15 cm, besides characterization of the growth stages and development, and rate of polymorphism. It was found that the resistance factor (RF) was 5.3 to note control, and the EC50 for the percentage of control, 416.6 g e.a.ha-1 to R and 78.5 g e.a.ha-1 to S. The optimal temperature stationary was 30ºC and alternate was 20-30ºC both in the presence and absence of light, although the photoperiodic optimum range was 10 to 12 hours of light. The R biotype germinated until the osmotic potential of -0.8 MPa, while the S to -0.4 MPa. When subjected to different sowing depths, both biotypes showed high germination rate up to 4 cm. In all the proposed variables for germination and emergence, the R biotype showed better performance than the S. Furthermore, the R biotype development was faster and strong relative to S, the first reaching the reproductive stage. The rate

Associação e seleção genômica para características relacionadas à eficiência reprodutiva de fêmeas da raça Nelore

As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESC? para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESC? e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor

Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESC? was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESC? and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESC? was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values

Identificação de genótipos superiores para crescimento e qualidade de carcaça em bovinos de corte submetidos ao modelo biológico superprecose

O Sistema de Produção de Novilhos Superprecoces é considerado hoje o único sistema padronizado de produção de bovinos de corte, em prática no Brasil, que prediz a qualidade total dos produtos cárneos e seus sub-produtos. Tal sistema permite obter animais jovens, em torno de um ano, prontos para o abate, com terminação adequada de cobertura de gordura na carcaça. Atualmente as técnicas de genética molecular permitem identificar e clonar genes responsáveis pela síntese de proteínas que atuam nas vias metabólicas relacionadas ao crescimento animal e partição de nutrientes para os diferentes tecidos auxiliando o melhoramento genético. Considerando a importância do efeito dos genes do Hormônio do Crescimento e seu receptor, Leptina, STAT5A, Calpaína e Calpastatina no metabolismo animal, buscou-se neste trabalho estudar 9 polimorfismos genéticos e verificar a existência de associação com os índices mais importantes de crescimento, características de carcaça e qualidade de carne de bovinos submetidos ao Sistema Superprecoce, durante três sucessivos anos de confinamento experimental. Para tanto, foram avaliados 500 animais para os polimorfismos do GH/AluI e GHRm, e 300 animais para o restante dos polimorfismos gênicos. Os animais foram desmamados aos sete meses de idade em sistema creep-feeding e posteriormente submetidos a confinamento por 120 dias. Os polimorfismos foram analisados pela técnica PCR-RFLP e STR. O efeito dos genótipos sobre as características estudadas foi analisado utilizando-se o procedimento GLM (SAS) e as médias dos quadrados mínimos dos genótipos comparadas pelo teste de Tukey. As características mais importantes do crescimento foram influenciadas significativamente pelos polimorfismos do GH/DdeI, GHR/StuI, LEPT/Kpn2I, STAT5A/DdeI e CAPN2/HhaI (P<0,01). As características de carcaça foram associadas significativamente com os polimorfismos

The Novilho Superprecoce System is considered the only beef cattle production system in Brazil that determines the total quality of meat products and by-products. The animals were slaughtered at one year old with appropriate carcass backfat. The molecular genetics studies have resulted in the identification of genes with a key role in the determination of production traits, improving the animal breeding. Considering the importance of Growth Hormone, GH receptor, Leptin, STAT5A, Calpain and Calpastatin genes at the animal metabolism, the objectives of this work were the study of 9 genes polymorphisms on the DNA sequence and their associations with the most important growth, carcass and meat quality traits of beef cattle raised at the Superprecoce System, during three years consecutives of feedlot. A total of 500 animals to the GH/AluI and GHRm polymorphisms, and 300 animals to the remaining genes polymorphisms were analyzed. The animals were weaned at 7 months old at the creepfeeding and raised at the feedlot system for 120 days. The polymorphisms were analyzed by PCR-RFLP and STR methodology. The genotype effects at the traits were analyzed by GLM procedure of SAS and the least square means of the genotypes were compared by Tukey test. The most important growth traits were influenced by GH/DdeI, GHR/StuI, LEPT/Kpn2I, STAT5A/DdeI and CAPN2/HhaI genes polymorphisms (P<0,01). The carcass traits were associated with GHR/StuI,LEPT/Kpn2I and CAPN2/HhaI genes polymorphisms (P<0,01). Nevertheless, just tenderness, of the meat quality traits, showed a significant relationship with the GHRm microssatelite, LEPT/Kpn2I and CAPN2/HhaI polymorphisms (P<0,01)

Detecção de polimorfismo por fAPL, em plântulas, e colnagem por estaquia de quatro porta-enxertos para citros

A produção de mudas cítricas envolve a propagação sexuada dos porta-enxertos e assexuada (enxertia) das variedades copas. As sementes de citros são em sua maioria poliembriônicas, o que resulta na emergência de mais de um embrião, sendo necessária a realização do "rouguing", deixando-se apenas a plântula mais vigorosa, sendo considerada como de origem nucelar e portanto, mantendo as características da planta-mãe, eliminando-se então as demais plântulas. No entanto, é notável em pomares a variabilidade existente entre as plantas, seja quanto à precocidade de produção, qualidade dos frutos, ou tolerância à doenças. Diante disso, objetivou-se avaliar a eficiência da seleção visual realizada nos viveiros de mudas cítricas, verificando, através da utilização de marcador molecular (fAFLP), a identificidade genética dos materiais entre si e quando comparados à plantas matrizes, além de realizar-se um estudo referente à propagação assexuada dos porta-enxertos, através da estaquia, avaliando-se a influência da época de coleta das estacas, dose de regulador de crescimento (ácido indolbutírico), concentrações de Carbono e Nitrogênio, nas porcentagens de sobrevivência e enraizamento das estacas, número médio de raízes por estaca e comprimento médio das raízes. Foram utilizadas quatro espécies de porta-enxertos: limão Cravo (Citrus limonia), Tangerina Sunki (Citrus sunkl), Tangerina Cleópatra (Citrus reshm), e Citrumelo Swingle (Citrus paradise x Poncirus trifoliata)

The production of citric seedlings involve the sexual propagation of the rootstocks and asexual (grafting) of the scion varieties. The seeds of citrus are, in majority, poliembryonics, what results in emergency of more than one embryo, being necessary the realization of "rouguing", leaving only the more vigorous seedling and consequently, eliminating the other seedlings. However, is notable in orchards the variability existent among the plants, be as the precocity of production, quality of fruits, or tolerance to diseases. Due to this, had the objective to evaluate the efficiency of visual selection realized in nurseries of citric seedlings, verifying by the use of molecular marker (fAFLP), the genetic identificy of the materiais each other and when compared with a main plant, besides to realize a study regarding to asexual propagation of the rootstocks, by cutting, evaluating the influence of the epoch of collect of the cuttings, growth regulator dose (indolbutiric acid), concentration of Carbon and Nitrogen, in percentages of survival and rooting of the cuttings, number medium of the roots by cutting and length medium of the roots. Were utilized four species of rootstocks: Rangpur lime (Citrus limonia), Sunki mandarin (Citrus sunkl), Cleopatra mandarin (Citrus reshm), and Citrumelo Swingle (Citrus paradise x Poncirus trifoliata)

Polimorfismo no gene da enzima Esteoril-CoA desaturase em Bubalus bubalis

A síntese endógena de Ácidos Linoléicos Conjugados (CLA) em ruminantes ocorre na glândula mamária sob a ação da Stearoyl CoA Desaturase (SCD). Entretanto, pouco se sabe em relação à atividade desta enzima nos bubalinos (Bubalus bubalis). Considerando as possíveis variações genéticas entre animais quanto à capacidade de sintetizar CLA, e que, parte destas variações é' devido as diferenças nos níveis de expressão e da atividade da SCD nos tecidos da glândula mamária, o objetivo deste estudo foi seqüênciar e caracterizar parte da região codificadora do gene da SCD bubalina e fazer uso das técnicas moleculares PCR-RFLP e DNA-5SCP para identificar possíveis polimorfismos nesta região. Para tanto, foram avaliadas amostras de DNA genõmico extraído de 191 fêmeas da raça Murrah, pertencentes a três rebanhos no interior do estado de São Paulo - Brasil. Nas reações de PCR foram utilizados 3 pares de iniciadores, para amplificação de regiões correspondentes aos éxons I, 11 e 11I e ao íntron I do gene da SCD bubalina. Uma amostra de cada fragmento foi seqüenciada e comparada à seqüências já descritas na literatura para o gene da SCD, obteve-se alta similaridade entre as seqüências da espécie bubalina com as espécies caprina, ovina, bovina, suina, humana e murina. Nas análises de PCR-RFlP foram utilizadas as endonudeases de restrição Hind-III e Alu-I. Para a enzima Hind-III, todas as amostras analisadas apresentaram sítios de divagem em posições idênticas, caracterizando um monomorfismo para esta enzima nas regiões estudadas do gene da SCD. Com relação a Alu-I, foram identificados 4 animais polimórficos, sendo que os demais apresentaram os mesmos padrões de migração dos fragmentos

In ruminants, endogenous synthesis of Conjugated Linoleic Acid (CLA) occurs on mammary gland by action of Stearoyl CoA Desaturase (SCD). However. information about the activity of this enzyme in buffaloes (Bubalus bubalis) are not available. Considering the genetic variability among animais in relation to their capacity of CLA production and that these differences is due to SCD activity in marnmary gland, this study was carried out to partial characterization of the encoding region of buffaloes SCD gene and use PCR-RFLP e DNA-SSCP for identification of putative poIymorphisms in this region. For analysis, 191 samples of genomic DNA were extracted from Murrah females of three farms located in São Paulo State - Brazil. In PCR reactions, 3 pairs of primers were utilized for amplification of regions corresponding to exons I. li. 11I and intron 1 of SCD gene. A sarnple of each region was sequenced and cornpared with sequences previously deposited in GenBank. High similarity(>90%) among SCD gane of buffaloes, g08t, lamb, OX, swine, human and mouse. For PCR-RFLP analysis, the restriction enzyrnes Hind-III and Alu-I were usad. After Hind-III digestion. ali sarnples showed the same deavage sites, which characterized genetic rnonomorfism in this region of SCD gene. For AIu-I. were identified 4 animais with polymorphism and the other, showed the sarne migrations standards

Polimorfismos no gene da leptina em novilhas da raça Nelore

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Variabilidade genética entre suínos, javalis e seus híbridos

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Diversidade genética de Xylella fastidiosa avaliada por polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP)

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