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1.
Neotrop. ichthyol ; 21(1): e230007, 2023. mapas, tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1418889

Resumo

Cnesterodon hypselurus is a small fish that has a restricted distribution in southern Brazil, including headwaters of the Tibagi and Itararé river basins (Upper Paraná River). This study reported C. hypselurus in a headwater of Cinzas River basin, where there were no previous records of this species, and employed microsatellite loci and mitochondrial haplotypes in a population genetic analysis. A total of 57 specimens was analyzed, including 30 from Cinzas River basin, 25 from Itararé River basin and two from Tibagi River basin. Results indicated low genetic diversity levels (HE = 0.334 and h = 0.246) for the sample from Cinzas River, suggesting reflections of a founder effect after the species had dispersed from one watershed to another, possibly by headwater captures. Since different populations were detected between the Cinzas and Itararé rivers (DEST = 0.248, P-value < 0.05) and other occurrence sites are still unknown in the Cinzas River basin, the data herein have great relevance and should be taken into account in future management and conservation actions, as well as in evolutionary studies of C. hypselurus.(AU)


Cnesterodon hypselurus é um pequeno peixe que possui distribuição restrita no sul do Brasil, incluindo cabeceiras das bacias dos rios Tibagi e Itararé (alto rio Paraná). Este estudo reportou C. hypselurus na cabeceira da bacia do rio das Cinzas, onde não havia registros prévios desta espécie, e empregou locos microssatélites e haplótipos mitocondriais em uma análise genética de populações. Um total de 57 espécimes foi analisado, incluindo 30 do rio das Cinzas, 25 da bacia do rio Itararé e dois da bacia do rio Tibagi. Os resultados indicaram baixos níveis de diversidade genética (HE = 0,334 e h = 0,246) para a amostra do rio das Cinzas, sugerindo reflexos de um efeito fundador após a espécie ter dispersado de uma bacia para a outra, possivelmente a partir de captura de cabeceiras. Uma vez que diferentes populações foram detectadas entre os rios das Cinzas e Itararé (DEST = 0,248, valor de P < 0,05) e que outros pontos de ocorrência ainda são desconhecidos na bacia do rio das Cinzas, os dados do presente estudo mostram grande relevância e deveriam ser considerados em futuras ações de manejo e conservação, bem como em estudos evolutivos de C. hypselurus.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Poecilia/genética , Repetições de Microssatélites/genética , Brasil
2.
Ci. Rural ; 51(5)2021. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-31341

Resumo

Eugenia involucrata DC. is a forest species with high environmental and economic potential. The objective of this study was to quantify the genetic variability and analyzed the genetic structure of three natural fragments located in the central region of the Rio Grande do Sul state, Brazil. We used four microsatellite loci developed for the congener species Eugenia uniflora and using GenAlEx 6.5 software, parameters of genetic variability and its partition among and within fragments were estimated for each locus. We observed high levels of genetic variability (3.67 alleles per locus; HO = 0.815; HE = 0.625; FIS = 0.294), most of which (93%) were distributed within the fragments, suggesting that these individuals came from a single original population. Gene flow between fragments was high (2.35 to 4.56 migrants per generation), resulting in low genetic differentiation indexes (FST values ranging from 0.052 to 0.096). The fragments showed high genetic variability, distributed within the remnants themselves, and low genetic differentiation. Our results have repercussions for planning locally adapted germplasm collections for forest restoration programs, thereby avoiding the implantation of populations with an exogamous depression.(AU)


Eugenia involucrata DC. é uma espécie florestal com elevado potencial ambiental e econômico. O presente trabalho teve por objetivo quantificar a variabilidade e analisar a estruturação genética em três fragmentos naturais localizados na região central do estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Com o emprego de quatro locos microssatélites desenvolvidos para a espécie congênere Eugenia uniflora e usando-se o software GenAlEx 6.5, foram estimados parâmetros de variabilidade genética, para cada loco, e sua partição entre e dentro dos fragmentos. Foram observados altos índices de variabilidade genética (3,67 alelos por loco; HO = 0,815; HE = 0,625; FIS = -0,294), com a maior proporção (93%) distribuída dentro dos fragmentos, sugerindo que os indivíduos estudados são provenientes de uma única população original. O fluxo gênico foi elevado entre os fragmentos, variando de 2,35 a 4,56 migrantes por geração, resultando em baixo índice de diferenciação genética (FST), entre 0,052 a 0,096. Os fragmentos estudados apresentam elevada variabilidade genética, a maior parte distribuída dentro dos próprios remanescentes, e baixa diferenciação genética. Os resultados observados têm repercussões no planejamento de coleta de germoplasma com adaptação local para programas de restauração florestal, assim evitando a implantação de populações com depressão exogâmica.(AU)


Assuntos
Myrtaceae/genética
3.
Neotrop. ichthyol ; 19(1): e200082, 2021. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-31289

Resumo

The migratory catfish Brachyplatystoma vaillantii is one of the most important fishery resources in the Amazon. Intense capture occurs associated to its life cycle. In order to know the genetic status, we sequenced the mitochondrial DNA control region from 150 individuals of B. vaillantii, collected in five fishing landing locations, covering the length of the Solimões-Amazonas River in Brazil. Genetic diversity parameters suggest there is no genetic differentiation between the five localities. Population's expansion indicated by R 2 and Fu's Fs tests was also confirmed by the high number of unique haplotypes found. The Analyses of molecular variance indicated that nearly all variability was contained within locations (99.86%), and estimates of gene flow among B. vaillantii were high (F ST = 0.0014). These results suggest that Brachyplatystoma vaillantii forms a panmitic population along the Solimões-Amazonas River and, has greater genetic variability than other species of the Brachyplatystoma genus available so far. Although the influence of different tributaries on B. vaillantii migration patterns remains uncertain, a single population in the main channel should be consider in future policies for management of this resource. However, since the species' life cycle uses habitats in several countries, its management and conservation depend greatly of internationally joined efforts.(AU)


O bagre migrador, Brachyplatystoma vaillantii, é um dos mais importantes recursos pesqueiros da Amazônia. Intensa captura ocorre associada ao seu ciclo de vida. Para conhecer seu status genético, sequenciamos a região de controle do DNA mitocondrial de 150 indivíduos, coletados em cinco locais de desembarque pesqueiro, abrangendo toda a extensão do rio Solimões-Amazonas no Brasil. Os parâmetros de diversidade genética sugerem que não existe diferenciação genética entre as cinco localidades amostradas. A expansão populacional indicada pelos testes R 2 e Fs de Fu, também foi confirmada pelo elevado número de haplótipos únicos encontrados. A análise de variância molecular indicou que quase toda a variabilidade estava contida nas localidades (99,86%), e as estimativas de fluxo gênico desta espécie eram altas (F ST = 0,0014). Esses resultados sugerem que Brachyplatystoma vaillantii forma uma população panmítica ao longo do rio Solimões-Amazonas com maior variabilidade genética que outras espécies do gênero Brachyplatystoma disponíveis no momento. Embora a influência dos diferentes afluentes na migração de B. vaillantii permaneça incerta, em futuras políticas de gestão deste recurso deve-se considerá-lo como uma única população no canal principal. Entretanto, uma vez que seu ciclo de vida abrange habitats em vários países, seu manejo e conservação dependem muito de esforços internacionais em conjunto.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Peixes-Gato , Ecossistema , Pesqueiros , Previsões , Genética
4.
Neotrop. ichthyol ; 19(1): e200082, 2021. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX, LILACS | ID: biblio-1287436

Resumo

The migratory catfish Brachyplatystoma vaillantii is one of the most important fishery resources in the Amazon. Intense capture occurs associated to its life cycle. In order to know the genetic status, we sequenced the mitochondrial DNA control region from 150 individuals of B. vaillantii, collected in five fishing landing locations, covering the length of the Solimões-Amazonas River in Brazil. Genetic diversity parameters suggest there is no genetic differentiation between the five localities. Population's expansion indicated by R 2 and Fu's Fs tests was also confirmed by the high number of unique haplotypes found. The Analyses of molecular variance indicated that nearly all variability was contained within locations (99.86%), and estimates of gene flow among B. vaillantii were high (F ST = 0.0014). These results suggest that Brachyplatystoma vaillantii forms a panmitic population along the Solimões-Amazonas River and, has greater genetic variability than other species of the Brachyplatystoma genus available so far. Although the influence of different tributaries on B. vaillantii migration patterns remains uncertain, a single population in the main channel should be consider in future policies for management of this resource. However, since the species' life cycle uses habitats in several countries, its management and conservation depend greatly of internationally joined efforts.(AU)


O bagre migrador, Brachyplatystoma vaillantii, é um dos mais importantes recursos pesqueiros da Amazônia. Intensa captura ocorre associada ao seu ciclo de vida. Para conhecer seu status genético, sequenciamos a região de controle do DNA mitocondrial de 150 indivíduos, coletados em cinco locais de desembarque pesqueiro, abrangendo toda a extensão do rio Solimões-Amazonas no Brasil. Os parâmetros de diversidade genética sugerem que não existe diferenciação genética entre as cinco localidades amostradas. A expansão populacional indicada pelos testes R 2 e Fs de Fu, também foi confirmada pelo elevado número de haplótipos únicos encontrados. A análise de variância molecular indicou que quase toda a variabilidade estava contida nas localidades (99,86%), e as estimativas de fluxo gênico desta espécie eram altas (F ST = 0,0014). Esses resultados sugerem que Brachyplatystoma vaillantii forma uma população panmítica ao longo do rio Solimões-Amazonas com maior variabilidade genética que outras espécies do gênero Brachyplatystoma disponíveis no momento. Embora a influência dos diferentes afluentes na migração de B. vaillantii permaneça incerta, em futuras políticas de gestão deste recurso deve-se considerá-lo como uma única população no canal principal. Entretanto, uma vez que seu ciclo de vida abrange habitats em vários países, seu manejo e conservação dependem muito de esforços internacionais em conjunto.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Peixes-Gato , Ecossistema , Pesqueiros , Previsões , Genética
5.
Semina ciênc. agrar ; 42(3): 1323-1334, mai.-jun. 2021. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1371305

Resumo

Studies on genetic composition in fish populations contribute to conservationist practices and inbreeding control in fish stocks. To this end, molecular tools such as microsatellite markers (SSRs) are often used, but they are expensive and time-consuming to develop. A species-specific heterologous marker emerges as an alternative, which can be used in taxonomically related species in a fast way. Our goal was to test SSRs markers of Brachyplatystoma rousseauxi and Pseudoplatystoma punctifer in P. reticulatum in an unprecedented way. For this purpose, DNA was extracted from fragments of the caudal fin of 222 P. reticulatum adults, using a NaCl-based method. Then, DNA samples were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using six markers, four from B. rousseauxi (BR38, 47, 51, and 61) and two from P. punctifer (PPU13 and PPU15). Two primers showed non-specific amplification and were disregarded (BR38 and PPU13). In the remaining four primers, the number of alleles per locus varied between two (BR47) to sixteen (BR51), and the average size of alleles was between 142 and 400 bp. Mean effective number of alleles per locus ranged from 10,650 (BR51) to 1,784 (BR47), with null or low-frequency alleles in all studied loci. Observed heterozygosity ranged from 0.299 (BR47) to 0.640 (BR51) and was always lower than the expected heterozygosity. Hardy-Weinberg balance was significant (p < 0.05) in all loci, and inbreeding coefficient (FIS) was always positive. Polymorphic Information Content (PIC) confirmed the efficiency of the markers since they had moderate (BR47) to high levels of information (BR51, BR61, and PPU15). Transferability test showed that the heterologous microsatellite molecular markers, originally for B. rousseauxi and P. punctifer, were efficient in P. reticulatum, producing three primers with high information content. Therefore, these markers can be safely used in future population studies of this species.(AU)


Estudos acerca da composição genética de populações de peixes contribuem para a elaboração de práticas conservacionista, bem como para controle da consanguinidade em estoques de piscicultura. Neste sentido, ferramentas moleculares como os marcadores microssatélites (SSR's) são comumente utilizados, contudo, seu desenvolvimento corresponde a um processo caro e demorado. Surge como alternativa a utilização dos marcadores heterólogos, originalmente desenvolvidos para uma espécie, mas que podem ser utilizados de maneira rápida em outras taxonomicamente relacionadas. O objetivo desta pesquisa foi testar de maneira inédita a utilização de marcadores SSR's de Brachyplatystoma rousseauxi e Pseudoplatystoma punctifer em P. reticulatum. Para tanto, foram extraídas amostras de DNA a partir de fragmentos de nadadeira caudal de 222 indivíduos adultos de P. reticulatum por metodologia a base de NaCl. As amostras foram então amplificadas por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizandose seis marcadores, quatro de B. rousseauxi (BR38, 47, 51 e 61) e dois de P. punctifer (PPU13 e PPU15). Dois primers apresentaram amplificação inespecífica e foram desconsiderados (BR38 e PPU13). Entre os quatro restantes, o número de alelos por locus variou entre dois (BR47) a dezesseis (BR51), com tamanho médio de alelos entre 142 e 400 pb. O número efetivo médio de alelos por locus variou de 10,650 (BR51) à 1,784 (BR47), com alelos nulos ou de baixa frequência presentes em todos os loci estudados. Os valores de heterozigosidade observada variaram de 0,299 (BR47) à 0,640 (BR51), e foram sempre menores que os de heterozigosidade esperada. O Equilíbrio de Hardy-Weinberg foi significativo (P < 0,05) em todos os locus e o coeficiente de endogamia Fis sempre apresentou valores positivos. Os valores de Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) confirmaram a eficiência dos marcadores utilizados, já que possuíram de moderado (BR47) a alto nível de informação (BR51, BR61 e PPU15). O teste de transferibilidade de marcadores moleculares microssatélites heterólogos, originalmente desenvolvidos para B. rousseauxi e P. punctifer em P. reticulatum se mostrou eficiente, produzindo três primers com alto nível de informação, fato que garante sua utilização segura em estudos populacionais futuros voltados à esta espécie.(AU)


Assuntos
Reação em Cadeia da Polimerase , Repetições de Microssatélites , Genética , Peixes-Gato/genética , Endogamia
6.
Braz. J. Biol. ; 81(3): 584-591, July-Sept. 2021. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-762633

Resumo

The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.(AU)


A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.(AU)


Assuntos
Animais , Código de Barras de DNA Taxonômico , Quirópteros/genética , Biodiversidade , Variação Genética , Paquistão
7.
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-746053

Resumo

Abstract The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.


Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

8.
Ciênc. Anim. (Impr.) ; 29(1,supl.1): 70-74, 2019. tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: biblio-1472482

Resumo

Os pepinos do mar são equinodermatas muito importantes tanto ecologicamente quanto economicamente. A exploração desse animal, principalmente de espécimes de Holothuria grisea, tem aumentado devido à recente descoberta de moléculas bioativas de interesse para a indústria farmacêutica. O objetivo desse trabalho foi identificar microssatélites que podem ser interessantes para o manejo reprodutivo e populacional dessa espécie. Para isso foi utilizado sequenciamento de nova geração seguido de identificação pelo software SSR pipeline. Foram identificados 3 microssatélites para loci diferentes, sendo um com possível aplicação na diferenciação sexual entre espécimes, além de variabilidade genética populacional bem conservada.


Sea cucumbers are very important echinodermata both ecologically and economically. The exploitation of this animal, mainly of Holothuria grisea specimens, has increased due to the recent discovery of bioactive molecules of interest for the pharmaceutical industry. The objective of this work was to identify microsatellites that may be interesting for the reproductive and population management of this species. For this, new generation sequencing was used followed by identification by the SSR pipeline software. Three microsatellites were identified for different loci, one with possible application in the sexual differentiation between specimens, in addition to well conserved population genetic variability.


Assuntos
Animais , Genética Populacional/métodos , Manejo de Espécimes/veterinária , Pepinos-do-Mar/genética , Repetições de Microssatélites/genética
9.
Ciênc. Anim. (Impr.) ; 29(1,supl.1): 70-74, 2019. tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: vti-21590

Resumo

Os pepinos do mar são equinodermatas muito importantes tanto ecologicamente quanto economicamente. A exploração desse animal, principalmente de espécimes de Holothuria grisea, tem aumentado devido à recente descoberta de moléculas bioativas de interesse para a indústria farmacêutica. O objetivo desse trabalho foi identificar microssatélites que podem ser interessantes para o manejo reprodutivo e populacional dessa espécie. Para isso foi utilizado sequenciamento de nova geração seguido de identificação pelo software SSR pipeline. Foram identificados 3 microssatélites para loci diferentes, sendo um com possível aplicação na diferenciação sexual entre espécimes, além de variabilidade genética populacional bem conservada.(AU)


Sea cucumbers are very important echinodermata both ecologically and economically. The exploitation of this animal, mainly of Holothuria grisea specimens, has increased due to the recent discovery of bioactive molecules of interest for the pharmaceutical industry. The objective of this work was to identify microsatellites that may be interesting for the reproductive and population management of this species. For this, new generation sequencing was used followed by identification by the SSR pipeline software. Three microsatellites were identified for different loci, one with possible application in the sexual differentiation between specimens, in addition to well conserved population genetic variability.(AU)


Assuntos
Animais , Pepinos-do-Mar/genética , Repetições de Microssatélites/genética , Manejo de Espécimes/veterinária , Genética Populacional/métodos
10.
Ci. Rural ; 49(2): e20180451, Feb. 18, 2019. ilus, mapas, tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-19808

Resumo

Samples of 168 maté trees (Ilex paraguariensis) from four natural populations of different states of Brazil (Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Mato Grosso do Sul) were analyzed for their variability in storage proteins seed, which were used to estimate the degree of differentiation among and within species, because are relatively stable during evolution. Data on band presence/absence from 80 different polypeptides were used to perform similarity coefficient of Jaccard. A high level of genetic variability was reported within sampled populations (SJ intra=0.374). Lower levels of diversity were observed between populations (SJ inter=0.308). Total genetic diversity of maté was Hsp=0.264 estimated by Shannon measure. Partition of that value disclosed that 95 % of the total diversity is within-population, and only 5% to between-populations. The phenogram based on Kings distances indicates a certain degree of geographic differentiation. This represents the first study on storage protein variability in I. paraguariensis and guides the choice of the specimens to increment germoplasm banks and genetic improvement programs.(AU)


A variabilidade de proteínas de reserva das sementes foi analisada em 168 árvores de quatro populações naturais de erva-mate (Ilex paraguariensis) dos estados brasileiros Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e Mato Grosso do Sul. Estes marcadores foram utilizados para estimar o grau de diferenciação entre e dentro da espécie porque são relativamente estáveis ao longo da evolução. Dados sobre presença e ausência de bandas de 80 diferentes polipeptídios foram utilizados para calcular o coeficiente de similaridade de Jaccard. Encontramos alto grau de variabilidade genética dentro de cada uma das quatro populações de árvores (SJ intra=0.374). Menores níveis de diversidade foram observados entre as populações (SJ inter=0.308). A diversidade total da espécie Ilex foi Hsp=0,264, estimada pela medida de Shannon. A partição deste valor revelou que 95% da diversidade total é intrapopulacional, enquanto somente 5% é entre populações. O fenograma, baseado nas distâncias de King, indica certo grau de diferenciação geográfica. Este trabalho representa o primeiro estudo de variabilidade em proteínas de reserva de I. paraguariensis e pode ser utilizado para orientar a escolha de espécimes para compor bancos de germoplasma e programas de melhoramento genético da espécie.(AU)

11.
Bol. Inst. Pesca (Impr.) ; 45(3): e497, 2019. map, graf, tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1465424

Resumo

Genetic diversity of wild and farmed populations is crucial, both for conservation of fish resources and fish culture development. To infer the genetic diversity and population structure of Streaked prochilod Prochilodus lineatus, individuals were sampled between 2007-2009 from four fish farms and from the Upper Uruguay River Basin, both in southern Brazil. Population structure was identified in both farmed and wild individuals through seven microsatellite loci. Bayesian analysis indicated three main groups, including two from fish farms. Pairwise genetic differentiation showed spatial structure between and within wild and farmed populations; however, the sampling design did not allow testing temporal structure according to isolation-by-time (IBT), which means that populations can breed within the same geographic distribaution, but reproduce at different times. Cultivated individuals presented lower diversity, allelic richness and effective population size, but higher inbreeding rates, compared to wild populations. These characteristics constitute warning signs against indiscriminate restocking of natural Prochilodus lineatus populations, a species sensitive to fragmented habitats, with farmed fish.


A diversidade genética das populações selvagens e cultivadas é crucial, tanto para a conservação dos recursos pesqueiros como para o desenvolvimento da piscicultura. Para inferir a diversidade genética e estrutura populacional do curimba Prochilodus lineatus, indivíduos foram amostrados, entre 2007-2009, em quatro fazendas de peixes e da Bacia do Alto Uruguai, ambas no sul do Brasil. A estrutura populacional foi identificada em indivíduos cultivados e selvagens, através de sete locos microssatélites. A análise bayesiana indicou três grupos principais, incluindo dois grupos oriundos de pisciculturas. A diferenciação genética par-a-par revelou estrutura espacial entre e dentro de populações selvagens e cultivadas; no entanto, o desenho amostral não permitiu testar a estrutura temporal de acordo com o isolamento por tempo (IBT), o que significa que as populações podem reproduzir dentro da mesma distribuição geográfica, mas reproduzir em diferentes momentos. Os indivíduos cultivados apresentaram menor diversidade, riqueza alélica e tamanho efetivo populacional, porém maiores taxas de endogamia, quando comparados às populações selvagens. Estas características constituem sinais de alerta contra o repovoamento indiscriminado de populações naturais de Prochilodus lineatus, uma espécie sensível a habitats fragmentados, com peixes oriundos de pisciculturas.


Assuntos
Animais , Caraciformes/crescimento & desenvolvimento , Caraciformes/genética , Grupos de População Animal/genética , Peixes/crescimento & desenvolvimento , Peixes/genética , Variação Genética
12.
Neotrop. ichthyol ; 17(1): e180071, 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1002707

Resumo

Brycon nattereri is an endangered Neotropical fish reported along conserved stretches of the upper Paraná, Tocantins and São Francisco rivers. Populations of this species have been very rare in some Paraná River sub basins. This study analyzes the genetic diversity and population structure of B. nattereri in a restricted area of occurrence recently identified in upper Paraná River basin. Seven microsatellite loci and 497 bp of D-Loop mitochondrial region were examined in 92 individuals from four points along the area of occurrence. Both molecular markers indicated a single population distributed along a stretch of the river approximately 80 km long. Although some of the data suggest an ancient bottleneck, current levels of genetic diversity (H E = 0.574 and h = 0.616) were similar to those of other species of the genus Brycon. The results suggest that the population of B. nattereri has been able to maintain satisfactory levels of genetic diversity, in spite of the small area of occurrence. These data have highlighted an important conservation area and action may prove essential to improve the quality of the environment, and especially the water and riparian plant life, if the area is to be managed and conserved efficiently.(AU)


Brycon nattereri é um peixe Neotropical ameaçado de extinção reportado para trechos conservados dos rios Paraná, Tocantins e São Francisco. Populações desta espécie têm sido muito raras em algumas sub-bacias do rio Paraná. Este estudo analisou a diversidade genética e a estrutura populacional de B. nattereri em uma área de ocorrência restrita recentemente identificada na bacia do alto rio Paraná. Sete locos microssatélites e 497 pb da região mitocondrial D-Loop foram examinados para 92 indivíduos de quatro pontos ao longo da área de ocorrência. Ambos os marcadores moleculares indicaram uma única população distribuída em um trecho de aproximadamente 80 km do rio. Embora alguns dados tenham sugerido um antigo gargalo genético, os atuais níveis de diversidade genética (H E = 0,574, h = 0,616) foram similares aos de outras espécies do gênero Brycon. Estes resultados sugerem que a população de B. nattereri tem mantido níveis satisfatórios de diversidade genética, apesar da pequena área de ocorrência. Estes dados destacaram uma importante área de conservação e ações podem melhorar a qualidade do ambiente, especialmente para a vida aquática e mata ciliar, se a área for eficientemente manejada e conservada.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Extinção Biológica , Caraciformes/classificação , Caraciformes/genética
13.
B. Inst. Pesca ; 45(3): e497, 2019. mapas, graf, tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-24553

Resumo

Genetic diversity of wild and farmed populations is crucial, both for conservation of fish resources and fish culture development. To infer the genetic diversity and population structure of Streaked prochilod Prochilodus lineatus, individuals were sampled between 2007-2009 from four fish farms and from the Upper Uruguay River Basin, both in southern Brazil. Population structure was identified in both farmed and wild individuals through seven microsatellite loci. Bayesian analysis indicated three main groups, including two from fish farms. Pairwise genetic differentiation showed spatial structure between and within wild and farmed populations; however, the sampling design did not allow testing temporal structure according to isolation-by-time (IBT), which means that populations can breed within the same geographic distribaution, but reproduce at different times. Cultivated individuals presented lower diversity, allelic richness and effective population size, but higher inbreeding rates, compared to wild populations. These characteristics constitute warning signs against indiscriminate restocking of natural Prochilodus lineatus populations, a species sensitive to fragmented habitats, with farmed fish.(AU)


A diversidade genética das populações selvagens e cultivadas é crucial, tanto para a conservação dos recursos pesqueiros como para o desenvolvimento da piscicultura. Para inferir a diversidade genética e estrutura populacional do curimba Prochilodus lineatus, indivíduos foram amostrados, entre 2007-2009, em quatro fazendas de peixes e da Bacia do Alto Uruguai, ambas no sul do Brasil. A estrutura populacional foi identificada em indivíduos cultivados e selvagens, através de sete locos microssatélites. A análise bayesiana indicou três grupos principais, incluindo dois grupos oriundos de pisciculturas. A diferenciação genética par-a-par revelou estrutura espacial entre e dentro de populações selvagens e cultivadas; no entanto, o desenho amostral não permitiu testar a estrutura temporal de acordo com o isolamento por tempo (IBT), o que significa que as populações podem reproduzir dentro da mesma distribuição geográfica, mas reproduzir em diferentes momentos. Os indivíduos cultivados apresentaram menor diversidade, riqueza alélica e tamanho efetivo populacional, porém maiores taxas de endogamia, quando comparados às populações selvagens. Estas características constituem sinais de alerta contra o repovoamento indiscriminado de populações naturais de Prochilodus lineatus, uma espécie sensível a habitats fragmentados, com peixes oriundos de pisciculturas.(AU)


Assuntos
Animais , Peixes/crescimento & desenvolvimento , Peixes/genética , Caraciformes/crescimento & desenvolvimento , Caraciformes/genética , Variação Genética , Grupos de População Animal/genética
14.
Neotrop. ichthyol ; 17(1): e180071, 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-22201

Resumo

Brycon nattereri is an endangered Neotropical fish reported along conserved stretches of the upper Paraná, Tocantins and São Francisco rivers. Populations of this species have been very rare in some Paraná River sub basins. This study analyzes the genetic diversity and population structure of B. nattereri in a restricted area of occurrence recently identified in upper Paraná River basin. Seven microsatellite loci and 497 bp of D-Loop mitochondrial region were examined in 92 individuals from four points along the area of occurrence. Both molecular markers indicated a single population distributed along a stretch of the river approximately 80 km long. Although some of the data suggest an ancient bottleneck, current levels of genetic diversity (H E = 0.574 and h = 0.616) were similar to those of other species of the genus Brycon. The results suggest that the population of B. nattereri has been able to maintain satisfactory levels of genetic diversity, in spite of the small area of occurrence. These data have highlighted an important conservation area and action may prove essential to improve the quality of the environment, and especially the water and riparian plant life, if the area is to be managed and conserved efficiently.(AU)


Brycon nattereri é um peixe Neotropical ameaçado de extinção reportado para trechos conservados dos rios Paraná, Tocantins e São Francisco. Populações desta espécie têm sido muito raras em algumas sub-bacias do rio Paraná. Este estudo analisou a diversidade genética e a estrutura populacional de B. nattereri em uma área de ocorrência restrita recentemente identificada na bacia do alto rio Paraná. Sete locos microssatélites e 497 pb da região mitocondrial D-Loop foram examinados para 92 indivíduos de quatro pontos ao longo da área de ocorrência. Ambos os marcadores moleculares indicaram uma única população distribuída em um trecho de aproximadamente 80 km do rio. Embora alguns dados tenham sugerido um antigo gargalo genético, os atuais níveis de diversidade genética (H E = 0,574, h = 0,616) foram similares aos de outras espécies do gênero Brycon. Estes resultados sugerem que a população de B. nattereri tem mantido níveis satisfatórios de diversidade genética, apesar da pequena área de ocorrência. Estes dados destacaram uma importante área de conservação e ações podem melhorar a qualidade do ambiente, especialmente para a vida aquática e mata ciliar, se a área for eficientemente manejada e conservada.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Extinção Biológica , Caraciformes/classificação , Caraciformes/genética
15.
J. venom. anim. toxins incl. trop. dis ; 23: 34, 2017. tab, graf, ilus
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-954828

Resumo

Background: Vector-borne diseases are important public health issues and, consequently, in silico models that simulate them can be useful. The susceptible-infected-recovered (SIR) model simulates the population dynamics of an epidemic and can be easily adapted to vector-borne diseases, whereas the Hardy-Weinberg model simulates allele frequencies and can be used to study insecticide resistance evolution. The aim of the present study is to develop a coupled system that unifies both models, therefore enabling the analysis of the effects of vector population genetics on the population dynamics of an epidemic. Methods: Our model consists of an ordinary differential equation system. We considered the populations of susceptible, infected and recovered humans, as well as susceptible and infected vectors. Concerning these vectors, we considered a pair of alleles, with complete dominance interaction that determined the rate of mortality induced by insecticides. Thus, we were able to separate the vectors according to the genotype. We performed three numerical simulations of the model. In simulation one, both alleles conferred the same mortality rate values, therefore there was no resistant strain. In simulations two and three, the recessive and dominant alleles, respectively, conferred a lower mortality. Results: Our numerical results show that the genetic composition of the vector population affects the dynamics of human diseases. We found that the absolute number of vectors and the proportion of infected vectors are smaller when there is no resistant strain, whilst the ratio of infected people is larger in the presence of insecticide-resistant vectors. The dynamics observed for infected humans in all simulations has a very similar shape to real epidemiological data. Conclusion: The population genetics of vectors can affect epidemiological dynamics, and the presence of insecticide-resistant strains can increase the number of infected people. Based on the present results, the model is a basis for development of other models and for investigating population dynamics.(AU)


Assuntos
Simulação por Computador , Resistência a Inseticidas , Epidemias , Inseticidas
16.
J. Venom. Anim. Toxins incl. Trop. Dis. ; 23: e34, 2017. tab, graf, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-32753

Resumo

Vector-borne diseases are important public health issues and, consequently, in silico models that simulate them can be useful. The susceptible-infected-recovered (SIR) model simulates the population dynamics of an epidemic and can be easily adapted to vector-borne diseases, whereas the Hardy-Weinberg model simulates allele frequencies and can be used to study insecticide resistance evolution. The aim of the present study is to develop a coupled system that unifies both models, therefore enabling the analysis of the effects of vector population genetics on the population dynamics of an epidemic. Methods: Our model consists of an ordinary differential equation system. We considered the populations of susceptible, infected and recovered humans, as well as susceptible and infected vectors. Concerning these vectors, we considered a pair of alleles, with complete dominance interaction that determined the rate of mortality induced by insecticides. Thus, we were able to separate the vectors according to the genotype. We performed three numerical simulations of the model. In simulation one, both alleles conferred the same mortality rate values, therefore there was no resistant strain. In simulations two and three, the recessive and dominant alleles, respectively, conferred a lower mortality. Results: Our numerical results show that the genetic composition of the vector population affects the dynamics of human diseases. We found that the absolute number of vectors and the proportion of infected vectors are smaller when there is no resistant strain, whilst the ratio of infected people is larger in the presence of insecticide-resistant vectors. The dynamics observed for infected humans in all simulations has a very similar shape to real epidemiological data. Conclusion: The population genetics of vectors can affect epidemiological dynamics, and the presence of insecticide-resistant strains can increase the number of infected people. Based on the present results, the model is a basis for development of other models and for investigating population dynamics.(AU)


Assuntos
Simulação por Computador , Resistência a Inseticidas , Epidemias , Inseticidas
17.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1484723

Resumo

Abstract Background: Vector-borne diseases are important public health issues and, consequently, in silico models that simulate them can be useful. The susceptible-infected-recovered (SIR) model simulates the population dynamics of an epidemic and can be easily adapted to vector-borne diseases, whereas the Hardy-Weinberg model simulates allele frequencies and can be used to study insecticide resistance evolution. The aim of the present study is to develop a coupled system that unifies both models, therefore enabling the analysis of the effects of vector population genetics on the population dynamics of an epidemic. Methods: Our model consists of an ordinary differential equation system. We considered the populations of susceptible, infected and recovered humans, as well as susceptible and infected vectors. Concerning these vectors, we considered a pair of alleles, with complete dominance interaction that determined the rate of mortality induced by insecticides. Thus, we were able to separate the vectors according to the genotype. We performed three numerical simulations of the model. In simulation one, both alleles conferred the same mortality rate values, therefore there was no resistant strain. In simulations two and three, the recessive and dominant alleles, respectively, conferred a lower mortality. Results: Our numerical results show that the genetic composition of the vector population affects the dynamics of human diseases. We found that the absolute number of vectors and the proportion of infected vectors are smaller when there is no resistant strain, whilst the ratio of infected people is larger in the presence of insecticide-resistant vectors. The dynamics observed for infected humans in all simulations has a very similar shape to real epidemiological data. Conclusion: The population genetics of vectors can affect epidemiological dynamics, and the presence of insecticide-resistant strains can increase the number of infected people. Based on the present results, the model is a basis for development of other models and for investigating population dynamics.

18.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1467449

Resumo

Abstract The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics.


Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

19.
Acta sci., Biol. sci ; 38(3): l3327-332, jul.-set. 2016. tab, map
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1460781

Resumo

Tibouchina hatschbachii Wurdack (Melastomataceae) is an autogamous shrub restricted to granite (GO) and sandstone (SO) rock outcrops from subtropical Brazil. We designed primers for the amplification of microsatellite regions for T. hatschbachii, and characterized these primers to estimate genetic diversity parameters and contemporary genetic structure patterns. Eight loci were successfully amplified and were characterized using 70 individuals from three natural populations. Polymorphic information content ranged from 0.200 to 0.772 per locus. All loci were polymorphic, with allele numbers ranging from two to eight. The low degree of polymorphism may be explained by the fact that T. hatschbachii has disjunct populations and a recent genetic bottleneck, and also that it is self-pollinated. The observed and expected heterozygosities ranged from 0.115 to 1.000 and from 0.112 to 0.800, respectively. We observed private alleles in all loci. These are important features that enable us to identify population differentiation and help to us understand gene flow patterns for T. hatschbachii in subtropical Brazil. Eight microsatellite loci from other species of Tibouchina amplified positively in T. hatschbachii.


Tibouchina hatschbachii Wurdack (Melastomataceae) é um arbusto autógamo, com ocorrência restrita em afloramentos rochosos graníticos (GO) e areníticos (SO) na região subtropical do Brasil. Neste trabalho, foram desenvolvidos marcadores para a amplificação de regiões microssatélites para T. hatschbachii e caracterizados esses primers para estimar parâmetros de diversidade genética. Oito loci foram amplificados com sucesso e caracterizados, utilizando 70 indivíduos de três populações naturais. O conteúdo de informação polimórfica variou de 0,200 a 0,772 por locus. Todos os loci foram polimórficos, com números de alelos que variam de dois a oito. O baixo grau de polimorfismo pode ser explicado pelo fato de que T. hatschbachii possui populações disjuntas e uma história recente de gargalo genético populacional, e também pelo fato de apresentar um sistema reprodutivo de autopolinização, tendendo a favorecer a baixa variação. As heterozigosidades observadas e esperadas variaram entre 0,115-1,000 e 0,112-0,800, respectivamente. Também foi observada a presença de alelos privados em todos os loci. Estas são características importantes que nos permitirão identificar a diferenciação entre populações e poderão ajudar na compreensão dos padrões de fluxo gênico atual de T. hatschbachii na região subtropical do Brasil. Oito loci microssatélites de outras espécies de Tibouchina amplificaram


Assuntos
Animais , Melastomataceae/crescimento & desenvolvimento , Melastomataceae/genética , Repetições de Microssatélites , Mapeamento por Restrição/veterinária
20.
Acta Sci. Biol. Sci. ; 38(3): l3327, jul.-set. 2016. tab, mapas
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-686662

Resumo

Tibouchina hatschbachii Wurdack (Melastomataceae) is an autogamous shrub restricted to granite (GO) and sandstone (SO) rock outcrops from subtropical Brazil. We designed primers for the amplification of microsatellite regions for T. hatschbachii, and characterized these primers to estimate genetic diversity parameters and contemporary genetic structure patterns. Eight loci were successfully amplified and were characterized using 70 individuals from three natural populations. Polymorphic information content ranged from 0.200 to 0.772 per locus. All loci were polymorphic, with allele numbers ranging from two to eight. The low degree of polymorphism may be explained by the fact that T. hatschbachii has disjunct populations and a recent genetic bottleneck, and also that it is self-pollinated. The observed and expected heterozygosities ranged from 0.115 to 1.000 and from 0.112 to 0.800, respectively. We observed private alleles in all loci. These are important features that enable us to identify population differentiation and help to us understand gene flow patterns for T. hatschbachii in subtropical Brazil. Eight microsatellite loci from other species of Tibouchina amplified positively in T. hatschbachii.(AU)


Tibouchina hatschbachii Wurdack (Melastomataceae) é um arbusto autógamo, com ocorrência restrita em afloramentos rochosos graníticos (GO) e areníticos (SO) na região subtropical do Brasil. Neste trabalho, foram desenvolvidos marcadores para a amplificação de regiões microssatélites para T. hatschbachii e caracterizados esses primers para estimar parâmetros de diversidade genética. Oito loci foram amplificados com sucesso e caracterizados, utilizando 70 indivíduos de três populações naturais. O conteúdo de informação polimórfica variou de 0,200 a 0,772 por locus. Todos os loci foram polimórficos, com números de alelos que variam de dois a oito. O baixo grau de polimorfismo pode ser explicado pelo fato de que T. hatschbachii possui populações disjuntas e uma história recente de gargalo genético populacional, e também pelo fato de apresentar um sistema reprodutivo de autopolinização, tendendo a favorecer a baixa variação. As heterozigosidades observadas e esperadas variaram entre 0,115-1,000 e 0,112-0,800, respectivamente. Também foi observada a presença de alelos privados em todos os loci. Estas são características importantes que nos permitirão identificar a diferenciação entre populações e poderão ajudar na compreensão dos padrões de fluxo gênico atual de T. hatschbachii na região subtropical do Brasil. Oito loci microssatélites de outras espécies de Tibouchina amplificaram(AU)


Assuntos
Animais , Repetições de Microssatélites , Melastomataceae/crescimento & desenvolvimento , Melastomataceae/genética , Mapeamento por Restrição/veterinária
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