Prevalence and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in Père Davids deer (Elaphurus davidianus) in Jiangsu, China / Prevalência e caracterização molecular de Cryptosporidium spp. no cervo de Père David (Elaphurus davidianus) em Jiangsu, China

Cryptosporidium is a zoonotic parasite that causes diarrhea in a broad range of animals, including deer. Little is known about the prevalence and genotype of Cryptosporidium spp. in Père Davids deer. In this study, 137 fecal samples from Père Davids deer were collected between July 2017 and August 2018 in the Dafeng Reserve and analyzed for Cryptosporidium spp. by nested-PCR based on the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) gene, followed by sequence analyses to determine the species. The 60 kDa glycoprotein (gp60) gene was used to characterize Cryptosporidium spp. Among 137 samples, 2 (1.46%) were positive for Cryptosporidium spp. according to SSU rRNA gene sequencing results. Both samples belonged to the Cryptosporidium deer genotype, with two nucleotide deletions and one nucleotide substitution. The prevalence data and molecular characterization of this study provide basic knowledge for controlling and preventing Cryptosporidium infections in Père Davids deer in this area.(AU)

Cryptosporidium é um parasita zoonótico que causa diarreia em uma ampla gama de animais, incluindo veados. Pouco se sabe sobre a prevalência e o genótipo de Cryptosporidium spp. no cervo de Père David. Neste estudo, 137 amostras fecais do cervo de Père David foram coletadas entre julho de 2017 e agosto de 2018, na Reserva Dafeng, e analisadas para Cryptosporidium spp. por nested-PCR baseado no gene do RNA ribossômico da subunidade pequena (SSU rRNA), seguido de análises de sequências para determinar as espécies. O gene da glicoproteína de 60 kDa (gp60) foi utilizado para caracterizar Cryptosporidium spp. Dentre as 137 amostras, 2 (1,46%) foram positivas para Cryptosporidium spp. de acordo com os resultados do sequenciamento gênico de SSU rRNA. Ambas as amostras pertenciam ao genótipo do cervo Cryptosporidium, com duas deleções nucleotídicas e uma substituição nucleotídica. Os dados de prevalência e a caracterização molecular deste estudo fornecem conhecimentos básicos para controlar e prevenir infecções por Cryptosporidium nos cervos de Père David nessa.(AU)

Prokaryotic communities of acidic peatlands from the southern Brazilian Atlantic Forest

The acidic peatlands of southern Brazil are ecosystems essential for the maintenance of the Atlantic Forest, one of the 25 hot-spots of biodiversity in the world. In this work, we investigated the composition of prokaryotic communities in four histosols of three acidic peatland regions by constructing small-subunit (SSU) rRNA gene libraries and sequencing. SSU rRNA gene sequence analysis showed the prevalence of Acidobacteria (38.8%) and Proteobacteria (27.4%) of the Bacteria domain and Miscellaneous (58%) and Terrestrial (24%) groups of Crenarchaeota of the Archaea domain. As observed in other ecosystems, archaeal communities showed lower richness than bacterial communities. We also found a limited number of Euryarchaeota and of known methanotrophic bacteria in the clone libraries.

Occurrence and molecular characterization of Cryptosporidium spp. isolated from domestic animals in a rural area surrounding Atlantic dry forest fragments in Teodoro Sampaio municipality, State of São Paulo, Brazil

The aim of this study was to assess the occurrence of Cryptosporidium in domestic animals in rural properties surrounding rain forest fragments within the municipality of Teodoro Sampaio, southeastern Brazil. Conventional sucrose flotation method followed by molecular characterization of the parasites by sequencing PCR products amplified from SSU rRNA gene were used. Stool samples were collected from domestic animals raised as pets and livestock in all rural properties surrounding three forest fragments. Samples from cattle (197), equine (63), pigs (25), sheep (11), and dogs (28) were collected from 98 rural properties. The frequency of occurrence of Cryptosporidium within each animal species was 3.0% (6/197) among cattle and 10.7% (3/28) among dogs. Cryptosporidium was not detected in stool samples from equine, sheep, and pigs. All sequences obtained from the six samples of calves showed molecular identity with Cryptosporidium andersoni while all sequences from dog samples were similar to C. canis. The frequency of occurrence of Cryptosporidium in these domestic animal species was low. The absence of C. parvum in the present study suggests that the zoonotic cycle of cryptosporidiosis may not be relevant in the region studied. The presence of Cryptosporidium species seldom described in humans may be, otherwise, important for the wild fauna as these animals are a source of infection and dissemination of this protozoan to other animal species. The impact and magnitude of infection by C. andersoni in wild ruminants and C. canis in wild canids have to be assessed in future studies to better understand the actual importance of these species in this region.

O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência de Cryptosporidium, em animais domésticos de propriedades rurais ao redor de fragmentos de mata Atlântica de interior no município de Teodoro Sampaio, por exame convencional de flutuação em solução de sacarose, seguido de caracterização molecular dos parasitas através do sequenciamento dos produtos amplificados na PCR do gene SSU rRNA. Foram coletadas amostras fecais de animais domésticos criados para subsistência e estimação nas propriedades rurais do entorno de três fragmentos florestais. Amostras de bovinos (197), equinos (63), suínos (25), ovinos (11) e cães (28) foram coletadas de 98 propriedades rurais. A ocorrência de Cryptosporidium para a espécie bovina foi de 3,0% (6/197); para os cães, de 10,7% (3/28); e para os demais animais os resultados foram negativos. Todas as sequências obtidas das seis amostras de bovinos apresentaram identidade molecular com Cryptosporidium andersoni, enquanto as sequências oriundas de amostras de fezes de cães revelaram-se similares ao C. canis. A ocorrência do Cryptosporidium entre os animais estudados foi baixa. Diante dos resultados do presente estudo, o ciclo zoonótico da criptosporidiose parece ter menos importância nesta região. A presença de espécies de Cryptosporidium ainda pouco relatadas em humanos pode ser, por outro lado, importante para a fauna silvestre, uma vez que estes animais podem ser considerados como uma fonte de infecção e disseminação deste protozoário. O impacto e a magnitude da infecção de C. andersoni, em ruminantes selvagens, e de C. canis, em cães silvestres, deve ser avaliado em estudos futuros, com intuito de verificar a real importância dessas espécies nesta região.

Occurrence and molecular characterization of Cryptosporidium spp. isolated from domestic animals in a rural area surrounding Atlantic dry forest fragments in Teodoro Sampaio municipality, State of São Paulo, Brazil / Ocorrência e caracterização molecular de Cryptosporidium spp. isolados de animais domésticos de propriedades rurais circunvizinhas a fragmentos de Floresta Atlântica Seca do Estado de São Paulo, Brasil

The aim of this study was to assess the occurrence of Cryptosporidium in domestic animals in rural properties surrounding rain forest fragments within the municipality of Teodoro Sampaio, southeastern Brazil. Conventional sucrose lotation method followed by molecular characterization of the parasites by sequencing PCR products amplified from SSU rRNA gene were used. Stool samples were collected from domestic animals raised as pets and livestock in all rural properties surrounding three forest fragments. Samples from cattle (197), equine (63), pigs (25), sheep (11), and dogs (28) were collected from 98 rural properties. he frequency of occurrence of Cryptosporidium within each animal species was 3.0% (6/197) among cattle and 10.7% (3/28) among dogs. Cryptosporidium was not detected in stool samples from equine, sheep, and pigs. All sequences obtained from the six samples of calves showed molecular identity with Cryptosporidium andersoni while all sequences from dog samples were similar to C. canis. The frequency of occurrence of Cryptosporidium in these domestic animal species was low. The absence of C. parvum in the present study suggests that the zoonotic cycle of cryptosporidiosis may not be relevant in the region studied. he presence of Cryptosporidium species seldom described in humans may be, otherwise, important for the wild fauna as these animals are a source of infection and dissemination of this protozoan to other animal species. The impact and magnitude of infection by C. andersoni in wild ruminants and C. canis in wild canids have to be assessed in future studies to better understand the actual importance of these species in this region. (AU)

O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência de Cryptosporidium, em animais domésticos de propriedades rurais ao redor de fragmentos de mata Atlântica de interior no município de Teodoro Sampaio, por exame convencional de flutuação em solução de sacarose, seguido de caracterização molecular dos parasitas através do sequenciamento dos produtos amplificados na PCR do gene SSU rRNA. Foram coletadas amostras fecais de animais domésticos criados para subsistência e estimação nas propriedades rurais do entorno de três fragmentos florestais. Amostras de bovinos (197), equinos (63), suínos (25), ovinos (11) e cães (28) foram coletadas de 98 propriedades rurais. A ocorrência de Cryptosporidium para a espécie bovina foi de 3,0% (6/197); para os cães, de 10,7% (3/28); e para os demais animais os resultados foram negativos. Todas as sequências obtidas das seis amostras de bovinos apresentaram identidade molecular com Cryptosporidium andersoni, enquanto as sequências oriundas de amostras de fezes de cães revelaram-se similares ao C. canis. A ocorrência do Cryptosporidium entre os animais estudados foi baixa. Diante dos resultados do presente estudo, o ciclo zoonótico da criptosporidiose parece ter menos importância nesta região. A presença de espécies de Cryptosporidium ainda pouco relatadas em humanos pode ser, por outro lado, importante para a fauna silvestre, uma vez que estes animais podem ser considerados como uma fonte de infecção e disseminação deste protozoário. O impacto e a magnitude da infecção de C. andersoni, em ruminantes selvagens, e de C. canis, em cães silvestres, deve ser avaliado em estudos futuros, com intuito de verificar a real importância dessas espécies nesta região.(AU)