A principal component analysis required in technical assistance guidance for chilled raw milk producers

The purpose of the present study was to evaluate the principal component analysis (PCA) to guide technical assistance regarding several dairy farms' issues, which includes improving microbiological quality and physical-chemical composition of raw refrigerated milk. Data of monthly analysis of fat, protein, lactose, dry defatted stratum, somatic cell count, total bacterial count, milk temperature of 8,101 samples of milk from expansion tanks and production of 78 farms located in the northern region of Minas Gerais, Brazil were processed. Descriptive statistical measures and Pearson correlation coefficient were estimated involving all evaluated traits during the dry and rainy seasons. In addition, multivariate analyses were performed using PCA. The results showed that two farm sites were negatively related to milk quality in both seasons. One farm stood out positively, being able to be used as a herd management model to drive technical assistance actions. Thus, PCA is efficient in simplifying large amounts of data, allowing simpler and faster technical herd management interpretation.(AU)

Avaliação geoclimática do nordeste do Brasil e sua adequação para criação de bovinos de corte / Geoclimatic evaluation of the Northeast Region of Brazil and its suitability for breeding beef cattle

Com o objetivo de caracterizar a diversidade geoclimática da região Nordeste do Brasil e sua adequação à criação de bovinos de corte, foram avaliadas informações de altitude, precipitação, temperatura média anual, umidade relativa do ar e índice de temperatura e umidade de 94 municípios. Para a verificação da importância das variáveis supracitadas e melhor avaliação da divergênciaentre os estados, foi realizada uma análise multivariada dos dados. Utilizando dados padronizados foi realizada a análise de variáveis canônicas e a análise de agrupamento pelo método Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), utilizando os programas SAS e GENES. Os resultados mostraram que as duas primeiras variáveis canônicas explicaram mais 88% das variações entre os estados, sendo os municípios da Bahia e do Maranhão os que apresentaram maior divergência em relação aos demais. Como resultado da análise de agrupamento, observou-se a formação de dois grupos, sendo o menor grupo, com seis municípios, o que apresentou maior dissimilaridade com relação aos outros da região, mostrando que as variáveis estudadas foram eficazes em discriminar ascidades da região.(AU)

Aiming to evaluate the climatic diversity among the states located in the Northeast Region of Brazil and their adequacy for beef cattleproduction, the altitude, rainfall, average annual temperature, relative humidity, and temperature humidity index data for 94 cities distributed among the states was evaluated. A multivariate data analysis was performed to verify the importance of the variables and better assess the divergence between the states. Utilizing the standardized data, a canonical analysis and a cluster analysis using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) algorithm were performed with the SAS and GENES programs. The results showed that the first two canonical variables explained over 88% of the variation among the states, with the cities of Maranhão and Bahia showing the greatest divergence from the other states. The clustering analysis also indicated dissimilarities between a small group of six cities and the other groups in the region. Thus, the variables chosen effectively discriminated between the states located in the Northeast Region of Brazil.(AU)

Avaliação geoclimática do nordeste do Brasil e sua adequação para criação de bovinos de corte / Geoclimatic evaluation of the Northeast Region of Brazil and its suitability for breeding beef cattle

Com o objetivo de caracterizar a diversidade geoclimática da região Nordeste do Brasil e sua adequação à criação de bovinos de corte, foram avaliadas informações de altitude, precipitação, temperatura média anual, umidade relativa do ar e índice de temperatura e umidade de 94 municípios. Para a verificação da importância das variáveis supracitadas e melhor avaliação da divergênciaentre os estados, foi realizada uma análise multivariada dos dados. Utilizando dados padronizados foi realizada a análise de variáveis canônicas e a análise de agrupamento pelo método Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), utilizando os programas SAS e GENES. Os resultados mostraram que as duas primeiras variáveis canônicas explicaram mais 88% das variações entre os estados, sendo os municípios da Bahia e do Maranhão os que apresentaram maior divergência em relação aos demais. Como resultado da análise de agrupamento, observou-se a formação de dois grupos, sendo o menor grupo, com seis municípios, o que apresentou maior dissimilaridade com relação aos outros da região, mostrando que as variáveis estudadas foram eficazes em discriminar ascidades da região.

Aiming to evaluate the climatic diversity among the states located in the Northeast Region of Brazil and their adequacy for beef cattleproduction, the altitude, rainfall, average annual temperature, relative humidity, and temperature humidity index data for 94 cities distributed among the states was evaluated. A multivariate data analysis was performed to verify the importance of the variables and better assess the divergence between the states. Utilizing the standardized data, a canonical analysis and a cluster analysis using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) algorithm were performed with the SAS and GENES programs. The results showed that the first two canonical variables explained over 88% of the variation among the states, with the cities of Maranhão and Bahia showing the greatest divergence from the other states. The clustering analysis also indicated dissimilarities between a small group of six cities and the other groups in the region. Thus, the variables chosen effectively discriminated between the states located in the Northeast Region of Brazil.

ANÁLISE MULTIVARIADA DE CARACTERÍSTICAS DE EFICIÊNCIA ALIMENTAR, CRESCIMENTO E CARCAÇA EM TOUROS NELORE EM TESTE DE DESEMPENHO

O objetivo do trabalho foi aplicar análises multivariadas em características de eficiência alimentar, crescimento e carcaça de touros Nelore em teste de desempenho, com intuito de compreender a associação das características e como incluí-las em programas de melhoramento animal. Foram utilizadas informações de 1294 touros Nelore oriundos de fazendas participantes do Programa de Melhoramento Nelore Qualitas e submetidos ao teste de eficiência alimentar entre os anos de 2010 a 2020, selecionados em cada safra com base no índice de seleção. As características avaliadas foram separadas em três grupos: características morfométricas, que consistia em altura de garupa (AG), altura de cernelha (AC), comprimento corporal (COMP), perímetro torácico (PT) e circunferência escrotal (CE); características de carcaça, que considerou área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea no lombo (EGS), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGS8) e marmoreio (MARM); características de crescimento, com o peso vivo final (PESOF), peso vivo metabólico (PMET), consumo (CONS), conversão (CONV), consumo alimentar residual (CAR) e ganho médio diário residual (GMDR). A estrutura de associação das características foi verificada utilizando o método Análise de Componentes Principais (ACP) para extrair novas variáveis por meio do software estatístico SAS®. Na correlação entre as características morfométricas AG e AC se mostraram fortemente associadas. O Componente Principal 1 (CP1) das características de carcaça reteve 50,28% da variância total e mostrou associação entre AOL, EGS e EGS8, o CP2 mostrou contraste da característica MARM em relação a EGS, EGS8 e AOL. No CP1 das características de crescimento PESOF, PMET e CONS mostraram altos valores de ponderação o que indicou relação entre estas características e o CP1. Através da matriz de correlação das características de crescimento três CPs explicaram 89,34% da variância total. Valores próximo a zero entre CAR e GMDR com PESOF, PMET, AOL, EGS, EGS8 e PT foram estimados. As características de eficiência alimentar devem ser priorizadas pois não apresentaram correlação com as demais e são importantes na produção animal. Os resultados obtidos com análise de componentes principais, a viabilidade da aplicação e diminuição das variáveis em análise, mostraram a possibilidade de incorporação das características para critério de seleção.

The aim of the study was multivariate analyses for feed efficiency, growth and carcass traits in nellore cattle in performance test, to understand the association of characteristics and how include them in animal breeding programs. Records of 1294 Nellore cattle sires from the Nelore Qualitas® animal breeding Program and submitted to the food efficiency test between the years 2010 to 2020, selected in each harvest based on the selection index. The evaluated characteristics were separated into three groups: morphometric trait, which consisted of rump height (RH), withers height (WH), body length (BL), girth circumference (GC) and scrotal circumference (SC); carcass traits with loin eye area (LEA), backfat (BFT) and rump fat thickness (RFT) and marbling (MARB); growth traits, with final weight (FW), metabolic body weight (BW), feed intake (FI), feed conversion (FC), residual feed intake (RFI), residual average daily gain (RG). The association structure of the traits was verified using the Principal Component Analysis (PCA) method to extract new variables by using the SAS® statistical software. In correlation between the morphometric traits RH and WH are associated. The Principal Component 1 (PC1) of the carcass trait retained 50.28% of the total variance and showed an association between LEA, BFT and RFT, the PC2 evidenced contrast of the MARB in relation to LEA, BFT and RFT. PC1 of growth traits FW, BW and FI showed high weighting values. Through the correlation matrix of growth characteristics, three PCs explained 89.34% of the total variance. Values close to zero between RFI and RG with FW, BW, LEA, BFT, RFT and GC were estimated. Feed efficiency characteristics should be prioritized as they did not present correlation with the others and are important in animal production. The results obtained with analysis of principal components, the feasibility of the application and reduction of the variables under analysis, show the possibility of incorporating the characteristics for selection.

Genetic divergence among pumpkin landraces / Divergência genética entre variedades crioulas de abóbora

Estimating the genetic variability in germplasm collections is important not only for conserving genetic resources, but also for plant breeding purposes. However, generating a large number of different categories data (qualitative and quantitative) often complicate the analysis and results interpretation, resulting in an incomplete distinction of accessions. This study reports the characterization and evaluation of 14 pumpkin (Cucurbita moschata) accessions collected from farms in the northern region of Rio de Janeiro state. Genetic diversity among accessions was also estimated using qualitative and quantitative variables considering joint analysis. The plants were grown under field conditions in a randomized block design with three replications and six plants per plot. Eight qualitative traits (leaf size; seed shape; seed color; color of the fruit pulp; hollow; fruit shape; skin color, and fruit skin texture) and eight quantitative traits (fruit weight; fruit length; fruit diameter; soluble solids, 100 seed weight, and wall thickness measured in the middle and in the lower stem) were evaluated. The data were analyzed considering the Gower distance, and cluster analysis was performed using unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA). Variability among accessions was observed considering morphoagronomic data. The Gower distance together with UPGMA cluster allowed for good discrimination between accessions in the groups, demonstrating that the simultaneous analysis of qualitative and quantitative data is feasible and may increase the understanding of the variation among accessions.(AU)

A estimativa da variabilidade genética em banco de germoplasma é importante não só para conservação dos recursos genéticos, mas também para sua utilização no melhoramento de plantas. Entretanto, a geração de um grande número de variáveis de diferentes categorias (qualitativas e quantitativas) pode dificultar a análise e a interpretação dos resultados, muitas vezes resultando na incompleta distinção dos acessos. Este trabalho objetivou caracterizar 14 acessos de Cucurbita moschata coletados no Norte do Estado do Rio de Janeiro e estimar a divergência genotípica entre esses acessos, utilizando a análise conjunta de variáveis qualitativas e quantitativas. As plantas foram cultivadas a campo, no delineamento de blocos ao acaso, com três repetições e seis plantas por parcela. Foram avaliadas oito variáveis qualitativas (tamanho da folha; formato da semente; cor da semente; cor da polpa do fruto; reentrância; formato do fruto; cor predominante da casca e textura da superfície da casca) e oito variáveis quantitativas (massa do fruto; comprimento e diâmetro do fruto; teor de sólidos solúveis totais; massa de 100 sementes, e espessura da polpa no pedúnculo, mediana e inferior). Os dados foram analisados considerando a distância de Gower e o agrupamento dos acessos foi realizado pelo método UPGMA. Verificou-se variabilidade entre os acessos coletados e a distância de Gower, juntamente com agrupamento UPGMA, permitiu a discriminação dos acessos nos grupos, demonstrando que análise simultânea de variáveis é viável e permite maior eficiência no conhecimento da variabilidade entre os acessos avaliados.(AU)

Impact of castor meal on root-knot and free-living nematodes

Soil amendment may enhance soil quality as well as reduce plant-parasitic nematode. Despite the many applications already undertaken using castor meal, its efficiency in controlling root-knot nematodes (RKN, Meloidogyne incognita) when applied to melon (Cucumis melo) is still not clear. Three different amounts of castor meal (Ricinus communis) applied were evaluated in microplots planted with melon either with or without RKN. The impact of castor meal on soil free-living nematode communities was also determined. Total nematode genera richness was estimated as 37 for the entire set of microplots sampled across both sampling dates. Rarefaction analysis resulted in 12 collector's curves out of the total of 30 that reached the horizontal asymptote. Univariate ANOVA with two factors yielded differences (p 0.05) only with regard to the time factor. Simpson, Shannon, Evenness and Equitability indices showed a trend toward moderate increases by the end of the experiment, while the other indices were higher for tomato in pre-transplant sampling compared to harvest. Nematode community and diversity changed during the course of the experiment, although there was substantial confounding heterogeneity within and between the factorial combinations from the beginning. Root knot population was not reduced by the castor meal but increased throughout the period, regardless of treatment. RKN reduced melon yield, number and weight of melon.

Impact of castor meal on root-knot and free-living nematodes

Soil amendment may enhance soil quality as well as reduce plant-parasitic nematode. Despite the many applications already undertaken using castor meal, its efficiency in controlling root-knot nematodes (RKN, Meloidogyne incognita) when applied to melon (Cucumis melo) is still not clear. Three different amounts of castor meal (Ricinus communis) applied were evaluated in microplots planted with melon either with or without RKN. The impact of castor meal on soil free-living nematode communities was also determined. Total nematode genera richness was estimated as 37 for the entire set of microplots sampled across both sampling dates. Rarefaction analysis resulted in 12 collector's curves out of the total of 30 that reached the horizontal asymptote. Univariate ANOVA with two factors yielded differences (p 0.05) only with regard to the time factor. Simpson, Shannon, Evenness and Equitability indices showed a trend toward moderate increases by the end of the experiment, while the other indices were higher for tomato in pre-transplant sampling compared to harvest. Nematode community and diversity changed during the course of the experiment, although there was substantial confounding heterogeneity within and between the factorial combinations from the beginning. Root knot population was not reduced by the castor meal but increased throughout the period, regardless of treatment. RKN reduced melon yield, number and weight of melon.(AU)

Genetic diversity in common bean accessions evaluated by means of morpho-agronomical and RAPD data

Germplasm banks store genotype samples, improved varieties, landraces and wild species, all generically denominated accessions. The importance of characterizing germplasm banks is based on the identification and knowledge of relevant traits for genetic improvement and ex situ germplasm conservation. Thus, the present study had as aim the evaluation of the genetic diversity among 220 accessions of a Brazilian common bean germplasm bank of the "Instituto Agronômico de Campinas" (IAC) by means of 23 morpho-agronomical descriptors and 19 RAPD loci. These accessions correspond to genotypes from the Andean and Middle American gene pool as well as from cultivars derived from common bean improvement programs. The Middle American accessions and the improved cultivars were clustered into one group, distinct from the one formed by the Andean accessions. In relation to the molecular data, 47% of the genetic similarity was detected among the Middle American accessions, and similar results were observed for the improved cultivars (50%). The Andean accessions revealed 60% of genetic similarity. The cluster constituted by the improved cultivars and the Middle American genotypes differed, basically, in tegument color. Both molecular and morpho-agronomical data sets were equally effective to quantify and organize the genetic diversity of common bean accessions. This information may be useful to direct crosses and for the proper organization of the IAC germplasm bank.

Bancos de germoplasma guardam amostras de genótipos, variedades melhoradas, crioulas e espécies selvagens, todas genericamente denominadas acessos. A importância da caracterização de bancos de germoplasma reside na identificação e no conhecimento de características relevantes para o melhoramento genético e para conservação ex situ do germoplasma. Avaliou-se a diversidade genética entre 220 acessos de feijoeiro de um banco brasileiro de germoplasma de feijoeiro localizado no IAC (Instituto Agronômico, Campinas), por meio de 23 descritores morfo-agronômicos e 19 locos de RAPD. Os acessos correspondem a genótipos do pool gênico andino e mesoamericano e também por cultivares resultantes de programas de melhoramento de feijoeiro. Os acessos mesoamericanos e as cultivares melhoradas foram agrupados em um mesmo grupo, distintamente dos acessos andinos. Com base nos dados moleculares, 47% de similaridade genética foi detectada entre acessos mesoamericanos e resultados semelhantes foram observados para as cultivares melhoradas (50%). Os andinos apresentaram 60% de similaridade genética. O cluster formado pelas cultivares melhoradas e genótipos mesoamericanos apresentou diferenças quanto à coloração do tegumento. Ambos os conjuntos de dados, moleculares e morfo-agronômicos, foram igualmente eficientes para quantificação e estruturação da diversidade genética de acessos de feijoeiro. Essas informações poderão ser utilizadas para orientação de cruzamentos e para a conservação adequada do banco de germoplasma de feijoeiro do IAC.

Genetic diversity in common bean accessions evaluated by means of morpho-agronomical and RAPD data

Germplasm banks store genotype samples, improved varieties, landraces and wild species, all generically denominated accessions. The importance of characterizing germplasm banks is based on the identification and knowledge of relevant traits for genetic improvement and ex situ germplasm conservation. Thus, the present study had as aim the evaluation of the genetic diversity among 220 accessions of a Brazilian common bean germplasm bank of the "Instituto Agronômico de Campinas" (IAC) by means of 23 morpho-agronomical descriptors and 19 RAPD loci. These accessions correspond to genotypes from the Andean and Middle American gene pool as well as from cultivars derived from common bean improvement programs. The Middle American accessions and the improved cultivars were clustered into one group, distinct from the one formed by the Andean accessions. In relation to the molecular data, 47% of the genetic similarity was detected among the Middle American accessions, and similar results were observed for the improved cultivars (50%). The Andean accessions revealed 60% of genetic similarity. The cluster constituted by the improved cultivars and the Middle American genotypes differed, basically, in tegument color. Both molecular and morpho-agronomical data sets were equally effective to quantify and organize the genetic diversity of common bean accessions. This information may be useful to direct crosses and for the proper organization of the IAC germplasm bank.

Bancos de germoplasma guardam amostras de genótipos, variedades melhoradas, crioulas e espécies selvagens, todas genericamente denominadas acessos. A importância da caracterização de bancos de germoplasma reside na identificação e no conhecimento de características relevantes para o melhoramento genético e para conservação ex situ do germoplasma. Avaliou-se a diversidade genética entre 220 acessos de feijoeiro de um banco brasileiro de germoplasma de feijoeiro localizado no IAC (Instituto Agronômico, Campinas), por meio de 23 descritores morfo-agronômicos e 19 locos de RAPD. Os acessos correspondem a genótipos do pool gênico andino e mesoamericano e também por cultivares resultantes de programas de melhoramento de feijoeiro. Os acessos mesoamericanos e as cultivares melhoradas foram agrupados em um mesmo grupo, distintamente dos acessos andinos. Com base nos dados moleculares, 47% de similaridade genética foi detectada entre acessos mesoamericanos e resultados semelhantes foram observados para as cultivares melhoradas (50%). Os andinos apresentaram 60% de similaridade genética. O cluster formado pelas cultivares melhoradas e genótipos mesoamericanos apresentou diferenças quanto à coloração do tegumento. Ambos os conjuntos de dados, moleculares e morfo-agronômicos, foram igualmente eficientes para quantificação e estruturação da diversidade genética de acessos de feijoeiro. Essas informações poderão ser utilizadas para orientação de cruzamentos e para a conservação adequada do banco de germoplasma de feijoeiro do IAC.

Fee - fishing operation evaluation at Nothwest São Paulo State, Brazil

Fee-fishing operations developed recently in Brazilian agricultural scenery in a rather disordered manner. This study, carried out at the northwest region of São Paulo State, Brazil, focuses on the productive performance of fee-fishing system. Several visits were made monthly to nine fee-fishing establishments, for six months. A questionnaire by owners targeting 13 indicators of the operation's productive performance. Data were submitted to multivariate analysis (MANOVA), principal component analysis (PCA) and cluster analysis. MANOVA indicated significant differences between the fee-fishing operations. The PCA analyses indicated, from the higher coefficient eigenvectors, three attributes for the lakes, such as productive system, fishery management and operational administration. The cluster analyses classified the fishing lakes in four groups. The indicators angler frequency (AF), stocking density (SD), stocking biomass (SB), total capture (TC) and capture/lake/day (CLD), which are part of the attribute productive system, were the most important indicators of "fee-fishing" operations performance in this study.

Os lagos de pesca recreativa, pesque-pague, surgiram no Brasil em um cenário agrícola denominado como novo rural brasileiro. Este estudo conduzido no noroeste paulista teve como foco o desempenho produtivo dos lagos de pesca recreativa. Foram feitas visitas mensais a nove empreendimentos de pesca recreativa durante seis meses. A cada visita foi aplicado um questionário contendo 13 indicadores de desempenho. Os dados levantados foram submetidos à análise multivariada (MANOVA), análise de componente principal (ACP) e análise de agrupamento. A MANOVA indicou diferenças significativas entre os lagos de pesca recreativa. A ACP revelou, a partir do coeficiente dos autovalores, três atributos: sistema produtivo, gerenciamento pesqueiro e administração operacional. A análise de agrupamento classificou os lagos de pesca recreativa em quatro grupos. Freqüência de pescadores (FP), densidade de estocagem (DE), biomassa de estocagem (BE), captura total (CT) e captura lago dia (CLD), os quais fazem parte do atributo sistema produtivo, mostrando-se os indicadores mais importantes para a avaliação de desempenho dos lagos de pesca recreativa neste estudo.