Fixation of pfcrt chloroquine resistance alleles in Plasmodium falciparum clinical isolates collected from unrest tribal agencies of Pakistan / Fixação de alelos de resistência à cloroquina pfcrt em isolados clínicos de Plasmodium falciparum coletados de agitações de agências tribais do Paquistão

Abstract Plasmodium falciparum resistance to Chloroquine (CQ) is a significant cause of mortality and morbidity worldwide. There is a paucity of documented data on the prevalence of CQ-resistant mutant haplotypes of Pfcrt and Pfmdr1 genes from malaria-endemic war effected Federally Administered Tribal Areas of Pakistan. The objective of this study was to investigate the prevalence of P. falciparum CQ-resistance in this area. Clinical isolates were collected between May 2017 and May 2018 from North Waziristan and South Waziristan agencies of Federally Administrated Trial Area. Subsequently, Giemsa-stained blood smears were examined to detect Plasmodium falciparum. Extraction of malarial DNA was done from microscopy positive P. falciparum samples, and P. falciparum infections were confirmed by nested PCR (targeting Plasmodium small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes). All PCR confirmed P. falciparum samples were sequenced by pyrosequencing to find out mutation in Pfcrt gene at codon K76T and in pfmdr1 at codons N86Y, Y184F, N1042D, and D1246Y. Out of 121 microscopies positive P. falciparum cases, 109 samples were positive for P. falciparum by nested PCR. Pfcrt K76T mutation was found in 96% of isolates, Pfmdr1 N86Y mutation was observed in 20%, and 11% harboured Y184F mutation. All samples were wild type for Pfmdr1 codon N1042D and D1246Y. In the FATA, Pakistan, the frequency of resistant allele 76T remained high despite the removal of CQ. However, current findings of the study suggest complete fixation of P. falciparum CQ-resistant genotype in the study area.

Resumo A resistência do Plasmodium falciparum à cloroquina (CQ) é uma causa significativa de mortalidade e morbidade em todo o mundo. Há uma escassez de dados documentados sobre a prevalência de haplótipos mutantes CQ-resistentes dos genes Pfcrt e Pfmdr1 da guerra endêmica da malária em áreas tribais administradas pelo governo federal do Paquistão. O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de resistência a CQ de P. falciparum nesta área. Isolados clínicos foram coletados entre maio de 2017 e maio de 2018 nas agências do Waziristão do Norte e do Waziristão do Sul da Área de Ensaio Administrada Federalmente. Posteriormente, esfregaços de sangue corados com Giemsa foram examinados para detectar Plasmodium falciparum. A extração do DNA da malária foi feita a partir de amostras de P. falciparum positivas para microscopia, e as infecções por P. falciparum foram confirmadas por nested PCR (visando genes de ácido ribonucleico ribossômico de subunidade pequena de Plasmodium (ssrRNA)). Todas as amostras de P. falciparum confirmadas por PCR foram sequenciadas por pirosequenciamento para descobrir a mutação no gene Pfcrt no códon K76T e em pfmdr1 nos códons N86Y, Y184F, N1042D e D1246Y. De 121 microscopias de casos positivos de P. falciparum, 109 amostras foram positivas para P. falciparum por nested PCR. A mutação Pfcrt K76T foi encontrada em 96% dos isolados, a mutação Pfmdr1 N86Y foi observada em 20% e 11% abrigou a mutação Y184F. Todas as amostras eram do tipo selvagem para o códon N1042D e D1246Y de Pfmdr1. No FATA, Paquistão, a frequência do alelo resistente 76T permaneceu alta apesar da remoção de CQ. No entanto, as descobertas atuais do estudo sugerem a fixação completa do genótipo resistente a CQ de P. falciparum na área de estudo.

Allele and genotype frequency for milk beta-casein in dairy cattle in the northern region of Tocantins State, Brazil / Frequências alélicas e genotípicas para beta-caseína do leite em bovinos leiteiros da microrregião de Araguaína, Tocantins

At present, there is a concern about the quality of milk and diseases related to its consumption, as it can generate discomfort and allergic reactions in some individuals due to its protein components. Thus, the present study was developed to identify the allele and genotype frequencies of genes for ß-casein, A1 and A2, in dairy herds in the region of Araguaína-TO, Brazil. Genetic material from 421 animals (crossbred dairy cattle in lactation) was used. All animals were numbered for identification, and DNA samples were extracted from hair bulbs. Samples for two markers from the polymorphic regions were characterized and confirmed by real-time PCR using the ABI Prism® 7500 Sequence Detection System (Applied Biosystems). Allele and genotype frequencies were determined using the TaqMan™ detection system, where the primer and probe release different fluorescence signals for each allele of the polymorphism. The sampled herd showed frequencies of 28.27% for the A1 allele and 71.73% for the A2 allele. Genotype frequencies were 52.96% (223/421) for A2A2; 37.53% (158/421) for the A1A2 genotype; and 9.50% (40/421) for the A1A1 genotype. The frequency of the A1 allele for ß-casein in dairy herds from the northern region of Tocantins was low and is per the results of previous studies. Although the A2A2 genotype of ß-casein had a high relative frequency, the A1A2 genotype is still rather frequent, warranting greater selection pressure.(AU)

Atualmente existe uma preocupação em relação à qualidade e doenças que estão relacionadas ao consumo de leite, pois o mesmo pode gerar desconfortos e reações alergicas em alguns indivíduos devido aos seus constituintes protéicos. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar a frequência alélica e genotípica de genes para beta caseína, A1 e A2, em rebanhos leiteiros da região de Araguaína-TO. Foram utilizados material genético de 421 animais (bovinos leiteiros mestiços em lactação), e todos os animais foram numerados para identificação e amostras de DNA foram extraídas de bulbo de folículos pilosos. As amostras para dois marcadores das regiões polimórficas foram caracterizadas e confirmadas por PCR em tempo real, usando um sistema de detecção de sequências ABI Prism® 7500 (Applied Biosystems). As frequências alélicas e genotípicas foram determinadas utilizando o sistema de detecção TaqMan ™, no qual o primer e a sonda emitem diferentes sinais de fluorescência para cada alelo do polimorfismo. Observou-se frequência do alelo A1 de 28,27%, e do alelo A2 de 71,73% no rebanho amostral. A frequência genotípica de A2A2 foi de 52,96% (223/421), com genótipo A1A2 de 37,53% (158/421), e de 9,50% (40/421) animais com genótipo A1A1. A frequência do alelo A1 para beta-caseína em rebanhos leiteiros da região norte do Tocantins foi baixa e seguiu a mesma tendência já observada em estudos anteriores. Os genótipos A2A2 da beta-caseína apresentaram frequência relativa alta, entretanto o genótipo A1A2 ainda é bastante frequente, necessitando de maior pressão de seleção.(AU)

Potential of parents and hybrids experimental of the yellow melon / Potencial de parentais e híbridos experimentais de melão amarelo

Melon or muskmelon (Cucumis melo L.) is of considerable economic importance in Brazil. Nearly all the cultivars currently grown are hybrids. Heterosis has been used to advantage in the melon plant, and the use of uniform hybrids is one of the reasons for successful cultivation. The aim of the present study was to evaluate the agronomic potential of yellow melon lines and hybrids. An experiment was conducted in randomized blocks with three replications to evaluate 24 hybrids generated by crosses among three elite lines used as female parents (AF-01, AF-02, and AF-03) and eight lines used as male parents (LAM-01, LAM-02, LAM-03, LAM-04, LAM-05, LAM-06, LAM-07, and LAM-08). Yield and fruit quality traits were evaluated. Partial diallel analysis was carried out to estimate general combining ability and specific combining ability. Additive and non-additive effects were observed for the yield, mean fruit weight, and pulp thickness traits. The lines AF-02, LAM-02, and LAM-03 are the most promising as parents as they more frequently have favorable alleles. The most prominent hybrids in diallel analysis were AF-02 x LAM-02, AF-02 x LAM-03, AF-02 x LAM-04, and AF-03 x LAM-06.(AU)

O melão amarelo (Cucumis melo L.) é uma hortaliça de grande importância econômica. Atualmente as cultivares plantadas, em quase sua totalidade, são híbridos. A heterose tem sido explorada no meloeiro, sendo o emprego de híbridos uniformes uma das razões do sucesso da cultura. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o potencial agronômico de linhagens e híbridos de melão amarelo. Foi conduzido um ensaio em blocos casualizados com três repetições para avaliar 24 híbridos gerados pelos cruzamentos entre três linhagens elites utilizadas como genitores femininos (AF-01, AF-02 e AF-03), e oito linhagens utilizadas como genitores masculinos (LAM-01; LAM-02; LAM-03; LAM-04; LAM-05; LAM-06; LAM-07 e LAM-08). Foram avaliados caracteres a produção e a qualidade do fruto. Realizou-se a análise dialélica parcial para estimação das capacidades geral e específica de combinação. Observou-se efeitos aditivos e não aditivos para os caracteres produtividade, peso médio do fruto e espessura da polpa. As linhagens AF-02, LAM-02 e LAM03 são as mais promissoras por possuir maior frequência de alelos favoráveis. Os híbridos de maior destaque foram AF-02 x LAM-02, AF-02 x LAM-03, AF-02 x LAM-04 e AF-03 x LAM-06.(AU)

Genetic diversity of migratory fish populations of the Rio Grande Reservoir (São Paulo, Brazil) / Diversidade genética de populações de peixes migratórios do reservatório do Rio Grande (São Paulo, Brasil)

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.(AU)

Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.(AU)

Microsatellite analysis of genetic diversity in quail populations from China

Polymorphism of three quail communities was analyzed by using 12 microsatellite markers in this paper, aiming to provide scientific references for the evaluation, protection and utilization of quail genetic resources in China. Results demonstrated that the number of observed alleles by 12 microsatellite markers ranges between 4~7. The average polymorphism information contents (PIC) of the Chinese yellow quail, the Chinese black quail and the Korean quail, as detected by 12 microsatellite markers, are 0.6853, 0.6401 and 0.6565,respectively, and average heterozygosity values are 0.7333, 0.6957 and 0.7111, respectively. This indicates that the Chinese yellow quail has the richest genetic polymorphism. According to cluster analysis, the Chinese black quail and the Korean quail have the smallest genetic distance (0.0628), which reflects that they have the closest genetic relationship. The genetic distance between the Chinese yellow quail and the Korean quail is 0.0951. Therefore, the Chinese black quail and the Korean quail are clustered together firstly, and then the Chinese yellow quail.

Microsatellite analysis of genetic diversity in quail populations from China

Polymorphism of three quail communities was analyzed by using 12 microsatellite markers in this paper, aiming to provide scientific references for the evaluation, protection and utilization of quail genetic resources in China. Results demonstrated that the number of observed alleles by 12 microsatellite markers ranges between 4~7. The average polymorphism information contents (PIC) of the Chinese yellow quail, the Chinese black quail and the Korean quail, as detected by 12 microsatellite markers, are 0.6853, 0.6401 and 0.6565,respectively, and average heterozygosity values are 0.7333, 0.6957 and 0.7111, respectively. This indicates that the Chinese yellow quail has the richest genetic polymorphism. According to cluster analysis, the Chinese black quail and the Korean quail have the smallest genetic distance (0.0628), which reflects that they have the closest genetic relationship. The genetic distance between the Chinese yellow quail and the Korean quail is 0.0951. Therefore, the Chinese black quail and the Korean quail are clustered together firstly, and then the Chinese yellow quail.(AU)

DMRT3 mutant allele in batida and picada gaited horses from Campolina and Mangalarga Marchador breeds / Alelo DMRT3 mutante em equinos de marcha batida e picada das raças Campolina e Mangalarga Marchador

Recently, few papers had shown that DMRT3 allele has association with different aspects of the locomotion in horses and other animals, principally ones that have relationships with animal legs associations and now is denominated the Gait Keeper. This allele, when mutant, produce dissociated gaits, with ou without flying phase. However, there is no information about the DMRT3 mutant allele presence when it is compared different types of marcha, batida and picada, and different gaited horses breeds, Campolina (CAMP) and Mangalarga Marchador (MM). The aims of this paper were the evaluation of the DMRT3 wild type and mutant alleles in gaited horses with batida and picada gait from CAMP and MM breeds. It was used DNA samples from 105 adult horses (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). All genetic samples was sequenced using the Borlaug Center protocol by Illumina Hi-Seq 100-PE and the results were analyzed by frequency distribution of this allele between breeds and gaits. Results showed that CAMP and MM have the DMRT3 mutant allele. In CAMP breed it was not observed DMRT3 wild type allele in homozygous, in batida and picada horses. In addition, the DMRT3 mutant homozygous in CAMP breed occurred in picada (~44%) and batida (~26%) gaits animals in large frequencies. The MM breed did not have DMRT3 mutant homozygous in batida horses. The largest frequency in batida horses in MM breed was obtained in DMRT3 wild type homozygous (~43%) and in picada horses was in DMRT3 mutant homozygous (~32%). This research showed that DMRT3 mutant allele is present in CAMP and MM breeds and its frequency has relationships not only with horses breed but also with type of the horses gait. Finally, to understand the importance for gaited horses of the DMRT3 allele, mutant or wild type, it is necessary more studies because this knowledge has important implication for development new genetic selection methods and training programs to these breeds.(AU)

Recentemente, diferentes publicações demonstraram que o alelo DMRT3 esta associado aos importantes aspectos da locomoção relacionados com a associações entre bípedes e por isso é denominado the Gait Keeper. Ele, quando mutante, promove os andamentos dissociados, sejam eles marchados ou saltados. Todavia, as comparações entre os tipos de marcha e as raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) no que se refere à presença desse alelo mutante não foram estudadas. Esse trabalho objetivou o estudo da presença do alelo DMRT3 mutante em equinos de marcha batida e picada das raças Campolina e Mangalarga Marchador. Foram utilizadas amostras de DNA de 105 equinos adultos (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). O material genético o foi sequenciado utilizando-se protocolos do Borlaug Center através Illumina Hi-Seq 100-PE e os resultados foram analisados através da distribuição da frequência desse gene entre as raças e entre os andamentos. As raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) possuem o DMRT3 mutante. Na CAMP não encontrou-se o alelo DMRT3 normal homozigoto, tanto na picada como na batida. Ainda na CAMP, a maior frequência no DMRT3 mutante homozigoto ocorreu tanto na picada (~44%) como na batida (~26%). Na raça MM não encontrou-se o alelo mutante em homozigose nos animais de marcha batida. As maiores frequências na MM de batida foi no alelo DMRT3 normal homozigoto (~43%) e na picada no alelo mutante em homozigose (~32%). Esse estudo indica que o alelo DMRT3 mutante encontra-se nas raças CAMP e MM e que a frequência dele tem relação não só com a raça, mas também com o tipo do andamento. Por isso, surge a necessidade de estudos mais detalhados para se determinar o possível uso da análise do alelo DMRT3,normal e mutante, como ferramenta dentro dos programas de melhoramento genético e de treinamento para que possam ser utilizados nos equinos marchadores.(AU)

DMRT3 mutant allele in batida and picada gaited horses from Campolina and Mangalarga Marchador breeds / Alelo DMRT3 mutante em equinos de marcha batida e picada das raças Campolina e Mangalarga Marchador

Recently, few papers had shown that DMRT3 allele has association with different aspects of the locomotion in horses and other animals, principally ones that have relationships with animal legs associations and now is denominated the Gait Keeper. This allele, when mutant, produce dissociated gaits, with ou without flying phase. However, there is no information about the DMRT3 mutant allele presence when it is compared different types of marcha, batida and picada, and different gaited horses breeds, Campolina (CAMP) and Mangalarga Marchador (MM). The aims of this paper were the evaluation of the DMRT3 wild type and mutant alleles in gaited horses with batida and picada gait from CAMP and MM breeds. It was used DNA samples from 105 adult horses (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). All genetic samples was sequenced using the Borlaug Center protocol by Illumina Hi-Seq 100-PE and the results were analyzed by frequency distribution of this allele between breeds and gaits. Results showed that CAMP and MM have the DMRT3 mutant allele. In CAMP breed it was not observed DMRT3 wild type allele in homozygous, in batida and picada horses. In addition, the DMRT3 mutant homozygous in CAMP breed occurred in picada (~44%) and batida (~26%) gaits animals in large frequencies. The MM breed did not have DMRT3 mutant homozygous in batida horses. The largest frequency in batida horses in MM breed was obtained in DMRT3 wild type homozygous (~43%) and in picada horses was in DMRT3 mutant homozygous (~32%). This research showed that DMRT3 mutant allele is present in CAMP and MM breeds and its frequency has relationships not only with horse’s breed but also with type of the horse’s gait. Finally, to understand the importance for gaited horses of the DMRT3 allele, mutant or wild type, it is necessary more studies because this knowledge has important implication for development new genetic selection methods and training programs to these breeds.

Recentemente, diferentes publicações demonstraram que o alelo DMRT3 esta associado aos importantes aspectos da locomoção relacionados com a associações entre bípedes e por isso é denominado the Gait Keeper. Ele, quando mutante, promove os andamentos dissociados, sejam eles marchados ou saltados. Todavia, as comparações entre os tipos de marcha e as raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) no que se refere à presença desse alelo mutante não foram estudadas. Esse trabalho objetivou o estudo da presença do alelo DMRT3 mutante em equinos de marcha batida e picada das raças Campolina e Mangalarga Marchador. Foram utilizadas amostras de DNA de 105 equinos adultos (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). O material genético o foi sequenciado utilizando-se protocolos do Borlaug Center através Illumina Hi-Seq 100-PE e os resultados foram analisados através da distribuição da frequência desse gene entre as raças e entre os andamentos. As raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) possuem o DMRT3 mutante. Na CAMP não encontrou-se o alelo DMRT3 normal homozigoto, tanto na picada como na batida. Ainda na CAMP, a maior frequência no DMRT3 mutante homozigoto ocorreu tanto na picada (~44%) como na batida (~26%). Na raça MM não encontrou-se o alelo mutante em homozigose nos animais de marcha batida. As maiores frequências na MM de batida foi no alelo DMRT3 normal homozigoto (~43%) e na picada no alelo mutante em homozigose (~32%). Esse estudo indica que o alelo DMRT3 mutante encontra-se nas raças CAMP e MM e que a frequência dele tem relação não só com a raça, mas também com o tipo do andamento. Por isso, surge a necessidade de estudos mais detalhados para se determinar o possível uso da análise do alelo DMRT3,normal e mutante, como ferramenta dentro dos programas de melhoramento genético e de treinamento para que possam ser utilizados nos equinos marchadores.

A novel A2 allele found in Leishmania (Leishmania) infantum chagasi / Novo alelo do gene A2 descrito em Leishmania (Leishmania) infantum chagasi

Visceral leishmaniasis (VL) is a widely spread zoonotic disease. In Brazil the disease is caused by Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Peridomestic sandflies acquire the etiological agent by feeding on blood of infected reservoir animals, such as dogs or wildlife. The disease is endemic in Brazil and epidemic foci have been reported in densely populated cities all over the country. Many clinical features of Leishmania infection are related to the host-parasite relationship, and many candidate virulence factors in parasites that cause VL have been studied such as A2 genes. The A2 gene was first isolated in 1994 and then in 2005 three new alleles were described in Leishmania (Leishmania) infantum. In the present study we amplified by polymerase chain reaction (PCR) and sequenced the A2 gene from the genome of a clonal population of L. (L.) infantum chagasi VL parasites. The L. (L.) infantum chagasi A2 gene was amplified, cloned, and sequenced in. The amplified fragment showed approximately 90% similarity with another A2 allele amplified in Leishmania (Leishmania) donovani and in L. (L.) infantum described in literature. However, nucleotide translation shows differences in protein amino acid sequence, which may be essential to determine the variability of A2 genes in the species of the L. (L.) donovani complex and represents an additional tool to help understanding the role this gene family may have in establishing virulence and immunity in visceral leishmaniasis. This knowledge is important for the development of more accurate diagnostic tests and effective tools for disease control. (AU)

A leishmaniose visceral (LV) é uma zoonose amplamente disseminada, causada no Brasil pela Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Flebotomíneos vetores adquirem o agente etiológico, alimentando-se do sangue de animais contaminados, como cachorros ou animais selvagens. A doença é endêmica no Brasil, e focos de epidemia são relatados em cidades densamente povoadas por todo o país. Muitas manifestações clínicas relacionadas à infecção por Leishmania estão ligadas à relação parasito-hospedeiro, e vários possíveis fatores de virulência dos parasitas, que causam a LV, são alvos de estudo, tais como os genes A2. O gene A2 foi isolado pela primeira vez em 1994 e, em seguida, em 2005, três novos alelos foram descritos em Leishmania (Leishmania) infantum. No presente estudo, um fragmento do gene A2 de uma população clonal de L. (L.) infantum chagasi foi amplificado por PCR e sua sequência de nucleotídeos determinada. O fragmento mostrou 90% de similaridade com alelos do gene A2 de Leishmania (Leishmania) donovani e de L. (L.) infantum, descritos na literatura. Entretanto, a tradução da sequência de nucleotídeos mostra diferenças na sequência de aminoácidos da proteína, que podem ser essenciais em determinar a variabilidade do gene A2 em espécies do complexo L. (L.) donovani e representa uma ferramenta adicional na compreensão do papel dessa família de genes na virulência e imunidade da leishmaniose visceral. O conhecimento dessa variação é importante para o desenvolvimento de testes diagnósticos mais precisos e ferramentas mais eficazes no controle da doença. (AU)

Associação do loco BoLA-DRB3.2 com produção de leite em bovinos da raça Gir / Association of BoLA-DRB3.2 locus with bovine milk production in Gir breed

A associação entre os alelos do loco BoLA-DRB3.2, identificados pela técnica de PCR-RFLP, e a produção de leite na raça Gir foi estudada por meio da análise de dados moleculares e fenotípicos de 424 vacas Gir, utilizando um modelo misto, sob modelo animal. Os dados moleculares consistiam dos genótipos dos animais para os alelos do loco BoLA-DRB3.2 e os dados fenotípicos eram referentes à produção de leite em até 305 dias de lactação. O loco é altamente polimórfico nesta raça, sendo identificados sete alelos (BoLA-DRB3.2*4, *8, *11, *19, *28, *41 e *48) que não haviam sido encontrados em animais zebuínos. Dois alelos (*16 e *29) estavam significativamente associados com maiores produções de leite, sugerindo que o próprio loco BoLA-DRB3.2 ou um QTL a ele ligado influencia a produção de leite de vacas Gir.(AU)

The association between BoLA-DRB3.2 alleles identified by PCR-RFLP and milk production in Gir breed was studied using molecular and phenotypic data of 424 Gir cows. Genetic data consisted of animal genotypes for BoLA-DRB3.2 alleles and 305-day-milk-yield. The association between BoLA-DRB3.2 alleles and a putative QTL affecting the trait was investigated by mixed model with an animal model. BoLA-DRB3.2 locus was found to be highly polymorphic in Gir breed, showing seven alleles (BoLA-DRB3.2*4, *8, *11, *19, *28, *41 e *48) that have not been yet described in Zebu animals. Two BoLA-DRB3 alleles (*16 e *29) were significantly associated with milk production, suggesting that BoLA-DRB3.2 locus itself or a linked QTL influences 305-day-milk yield of Gir cows.(AU)

Variabilidade genética e limite da seleção em populações de diferentes tipos de acasalamento / Genetic variability and selection limit in populations of different mating designs

Populações de cinco diferentes tipos de acasalamento, submetidas à seleção baseada no melhor preditor linear não-viesado (BLUP), foram avaliadas quanto às perdas genéticas por fixação de alelos desfavoráveis e limite da seleção, durante 50 gerações. Foram utilizados dados simulados na obtenção do genoma dos indivíduos de todas as populações. Uma característica quantitativa de herdabilidade 0,10 foi estudada em populações de seleção, com a seguinte estrutura de dados: razão sexual de 10, 20, 25 e 50 e tamanho efetivo da população de 36,36, 19,05, 15,38, e 7,84, respectivamente. Para cada razão sexual, formaram-se populações correspondentes aos tipos de acasalamento efetuados entre os reprodutores, em todas as gerações: acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos e irmãos completos, acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos, acasalamentos ao acaso, exclusão de acasalamentos entre irmãos completos e exclusão de acasalamentos entre meios-irmãos e irmãos completos. Valores percentuais mais baixos para locos fixados desfavoravelmente e limite da seleção mais alto foram observados na menor razão sexual (d= 10), na qual houve também melhor distinção entre os tipos de acasalamento estudados.(AU)

Populations of five different mating designs, submitted to selection based on best linear unbiased predicto (BLUP)r, were evaluated regarding to genetic losses by fixation of unfavorable alleles and selection limit, during 50 generations. Simulated data were used to obtain the genome of all individuals of the populations. A quantitative trait with heritability of 0.10 was studied in the selected populations, with the following structure: sexual ratio of 10, 20, 25, and 50 and effective population size of 36.36, 19.05, 15.38 and 7.84, respectively. For each sexual ratio different populations were generated corresponding to the following mating designs: preferential matings between half and full sibs, preferential matings between half sibs, random matings, exclusion of matings between full sibs and exclusion of matings of half and full sibs. Smallest percentage of unfavorably fixed loci and the highest selection limit were observed in the lower sexual ratio (d= 10). Better differentiation between the studied mating designs was also observed for the lower sexual ratio.(AU)

Genetic diversity of migratory fish populations of the Rio Grande Reservoir (São Paulo, Brazil) / Diversidade genética de populações de peixes migratórios do reservatório do Rio Grande (São Paulo, Brasil)

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.

Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.