Resumo
Abstract Plasmodium falciparum resistance to Chloroquine (CQ) is a significant cause of mortality and morbidity worldwide. There is a paucity of documented data on the prevalence of CQ-resistant mutant haplotypes of Pfcrt and Pfmdr1 genes from malaria-endemic war effected Federally Administered Tribal Areas of Pakistan. The objective of this study was to investigate the prevalence of P. falciparum CQ-resistance in this area. Clinical isolates were collected between May 2017 and May 2018 from North Waziristan and South Waziristan agencies of Federally Administrated Trial Area. Subsequently, Giemsa-stained blood smears were examined to detect Plasmodium falciparum. Extraction of malarial DNA was done from microscopy positive P. falciparum samples, and P. falciparum infections were confirmed by nested PCR (targeting Plasmodium small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes). All PCR confirmed P. falciparum samples were sequenced by pyrosequencing to find out mutation in Pfcrt gene at codon K76T and in pfmdr1 at codons N86Y, Y184F, N1042D, and D1246Y. Out of 121 microscopies positive P. falciparum cases, 109 samples were positive for P. falciparum by nested PCR. Pfcrt K76T mutation was found in 96% of isolates, Pfmdr1 N86Y mutation was observed in 20%, and 11% harboured Y184F mutation. All samples were wild type for Pfmdr1 codon N1042D and D1246Y. In the FATA, Pakistan, the frequency of resistant allele 76T remained high despite the removal of CQ. However, current findings of the study suggest complete fixation of P. falciparum CQ-resistant genotype in the study area.
Resumo A resistência do Plasmodium falciparum à cloroquina (CQ) é uma causa significativa de mortalidade e morbidade em todo o mundo. Há uma escassez de dados documentados sobre a prevalência de haplótipos mutantes CQ-resistentes dos genes Pfcrt e Pfmdr1 da guerra endêmica da malária em áreas tribais administradas pelo governo federal do Paquistão. O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de resistência a CQ de P. falciparum nesta área. Isolados clínicos foram coletados entre maio de 2017 e maio de 2018 nas agências do Waziristão do Norte e do Waziristão do Sul da Área de Ensaio Administrada Federalmente. Posteriormente, esfregaços de sangue corados com Giemsa foram examinados para detectar Plasmodium falciparum. A extração do DNA da malária foi feita a partir de amostras de P. falciparum positivas para microscopia, e as infecções por P. falciparum foram confirmadas por nested PCR (visando genes de ácido ribonucleico ribossômico de subunidade pequena de Plasmodium (ssrRNA)). Todas as amostras de P. falciparum confirmadas por PCR foram sequenciadas por pirosequenciamento para descobrir a mutação no gene Pfcrt no códon K76T e em pfmdr1 nos códons N86Y, Y184F, N1042D e D1246Y. De 121 microscopias de casos positivos de P. falciparum, 109 amostras foram positivas para P. falciparum por nested PCR. A mutação Pfcrt K76T foi encontrada em 96% dos isolados, a mutação Pfmdr1 N86Y foi observada em 20% e 11% abrigou a mutação Y184F. Todas as amostras eram do tipo selvagem para o códon N1042D e D1246Y de Pfmdr1. No FATA, Paquistão, a frequência do alelo resistente 76T permaneceu alta apesar da remoção de CQ. No entanto, as descobertas atuais do estudo sugerem a fixação completa do genótipo resistente a CQ de P. falciparum na área de estudo.
Assuntos
Plasmodium falciparum/genética , Antimaláricos/farmacologia , Paquistão , Proteínas de Membrana Transportadoras/genética , Resistência a Medicamentos/genética , Proteínas de Protozoários/genética , Cloroquina/farmacologia , Proteínas Associadas à Resistência a Múltiplos Medicamentos/genética , AlelosResumo
At present, there is a concern about the quality of milk and diseases related to its consumption, as it can generate discomfort and allergic reactions in some individuals due to its protein components. Thus, the present study was developed to identify the allele and genotype frequencies of genes for ß-casein, A1 and A2, in dairy herds in the region of Araguaína-TO, Brazil. Genetic material from 421 animals (crossbred dairy cattle in lactation) was used. All animals were numbered for identification, and DNA samples were extracted from hair bulbs. Samples for two markers from the polymorphic regions were characterized and confirmed by real-time PCR using the ABI Prism® 7500 Sequence Detection System (Applied Biosystems). Allele and genotype frequencies were determined using the TaqMan™ detection system, where the primer and probe release different fluorescence signals for each allele of the polymorphism. The sampled herd showed frequencies of 28.27% for the A1 allele and 71.73% for the A2 allele. Genotype frequencies were 52.96% (223/421) for A2A2; 37.53% (158/421) for the A1A2 genotype; and 9.50% (40/421) for the A1A1 genotype. The frequency of the A1 allele for ß-casein in dairy herds from the northern region of Tocantins was low and is per the results of previous studies. Although the A2A2 genotype of ß-casein had a high relative frequency, the A1A2 genotype is still rather frequent, warranting greater selection pressure.(AU)
Atualmente existe uma preocupação em relação à qualidade e doenças que estão relacionadas ao consumo de leite, pois o mesmo pode gerar desconfortos e reações alergicas em alguns indivíduos devido aos seus constituintes protéicos. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar a frequência alélica e genotípica de genes para beta caseína, A1 e A2, em rebanhos leiteiros da região de Araguaína-TO. Foram utilizados material genético de 421 animais (bovinos leiteiros mestiços em lactação), e todos os animais foram numerados para identificação e amostras de DNA foram extraídas de bulbo de folículos pilosos. As amostras para dois marcadores das regiões polimórficas foram caracterizadas e confirmadas por PCR em tempo real, usando um sistema de detecção de sequências ABI Prism® 7500 (Applied Biosystems). As frequências alélicas e genotípicas foram determinadas utilizando o sistema de detecção TaqMan ™, no qual o primer e a sonda emitem diferentes sinais de fluorescência para cada alelo do polimorfismo. Observou-se frequência do alelo A1 de 28,27%, e do alelo A2 de 71,73% no rebanho amostral. A frequência genotípica de A2A2 foi de 52,96% (223/421), com genótipo A1A2 de 37,53% (158/421), e de 9,50% (40/421) animais com genótipo A1A1. A frequência do alelo A1 para beta-caseína em rebanhos leiteiros da região norte do Tocantins foi baixa e seguiu a mesma tendência já observada em estudos anteriores. Os genótipos A2A2 da beta-caseína apresentaram frequência relativa alta, entretanto o genótipo A1A2 ainda é bastante frequente, necessitando de maior pressão de seleção.(AU)
Assuntos
Animais , Bovinos , Caseínas/administração & dosagem , Leite/química , Alelos , Gado/genética , Genótipo , Reação em Cadeia da PolimeraseResumo
Abstract Dikarya is a subkingdom of fungi that includes Ascomycota and Basidiomycota. The gene expression patterns of dikaryon are poorly understood. In this study, we bred a dikaryon DK13 × 3 by mating monokaryons MK13 and MK3, which were from the basidiospores of Pleurotus ostreatus TD300. Using RNA-Seq, we obtained the transcriptomes of the three strains. We found that the total transcript numbers in the transcriptomes of the three strains were all more than ten thousand, and the expression profile in DK13 × 3 was more similar to MK13 than MK3. However, the genes involved in macromolecule utilization, cellular material synthesis, stress-resistance and signal transduction were much more up-regulated in the dikaryon than its constituent monokaryons. All possible modes of differential gene expression, when compared to constituent monokaryons, including the presence/absence variation, and additivity/nonadditivity gene expression in the dikaryon may contribute to heterosis. By sequencing the urease gene poure sequences and mRNA sequences, we identified the monoallelic expression of the poure gene in the dikaryon, and its transcript was from the parental monokaryon MK13. Furthermore, we discovered RNA editing in the poure gene mRNA of the three strains. These results suggest that the gene expression patterns in dikaryons should be similar to that of diploids during vegetative growth.
Assuntos
Pleurotus/genética , Perfilação da Expressão Gênica , Alelos , Genes FúngicosResumo
Abstract Giardia duodenalis is divided into eight assemblages (named A to H). Isolates of assemblage A are divided into four sub-assemblages (AI, AII, AIII and AIV). While isolates of sub-assemblage AII are almost exclusively detected in human hosts, isolates of assemblage B are encountered in a multitude of animal hosts and humans. Here, we isolated single cysts of G. duodenalis from a human stool sample and found that one of them had overlaps of assemblage AII and B alleles and an unexpectedly high number of variants of the beta-giardin (Bg) and GLORF-C4 (OrfC4) alleles. In addition, one of the Bg alleles of that cyst had a fragment of sub-assemblage AII interspersed with fragments of assemblage B, thus indicating that this allele may be a recombinant between sequences A and B. Our results are unprecedented and put a check on the statement that different assemblages of G. duodenalis represent species with different host specificities.
Resumo A espécie Giardia duodenalis é dividida em oito grupos (nomeados de A a H). Isolados do grupo A são divididos em quatro subgrupos (AI, AII, AIII and AIV). Enquanto isolados do subgrupo AII são detectados quase exclusivamente em hospedeiros humanos, isolados do subgrupo B são encontrados em uma grande variedade de hospedeiros entre animais e humanos. Neste trabalho, foi constatado que, dentre diversos cistos individualizados de G. duodenalis provenientes de fezes de origem humana, um cisto continha os alelos AII e B e um número inesperado de variantes de alelos codificadores de beta giardina e GLORF-C4. Ainda, um dos alelos beta giardina desse cisto possuía fragmentos AII intercalando um fragmento B, indicando que esse alelo pode ser um recombinante entre alelos AII e B. Os resultados aqui apresentados são inéditos e colocam em dúvida o conceito atual de que os diferentes grupos de G. duodenalis representam espécies distintas com diferentes graus de especificidade por hospedeiros.
Assuntos
Animais , Proteínas de Protozoários/genética , Giardia lamblia/genética , Cistos/genética , Proteínas do Citoesqueleto/genética , Alelos , Triagem de Portadores Genéticos/veterinária , Giardia lamblia/classificação , GenótipoResumo
Polymorphism of three quail communities was analyzed by using 12 microsatellite markers in this paper, aiming to provide scientific references for the evaluation, protection and utilization of quail genetic resources in China. Results demonstrated that the number of observed alleles by 12 microsatellite markers ranges between 4~7. The average polymorphism information contents (PIC) of the Chinese yellow quail, the Chinese black quail and the Korean quail, as detected by 12 microsatellite markers, are 0.6853, 0.6401 and 0.6565,respectively, and average heterozygosity values are 0.7333, 0.6957 and 0.7111, respectively. This indicates that the Chinese yellow quail has the richest genetic polymorphism. According to cluster analysis, the Chinese black quail and the Korean quail have the smallest genetic distance (0.0628), which reflects that they have the closest genetic relationship. The genetic distance between the Chinese yellow quail and the Korean quail is 0.0951. Therefore, the Chinese black quail and the Korean quail are clustered together firstly, and then the Chinese yellow quail.
Assuntos
Animais , China , Coturnix/genética , Polimorfismo Genético , Repetições de Microssatélites/genética , Variação Genética/fisiologia , Alelos , Aves Domésticas/genéticaResumo
Recently, few papers had shown that DMRT3 allele has association with different aspects of the locomotion in horses and other animals, principally ones that have relationships with animal legs associations and now is denominated the Gait Keeper. This allele, when mutant, produce dissociated gaits, with ou without flying phase. However, there is no information about the DMRT3 mutant allele presence when it is compared different types of marcha, batida and picada, and different gaited horses breeds, Campolina (CAMP) and Mangalarga Marchador (MM). The aims of this paper were the evaluation of the DMRT3 wild type and mutant alleles in gaited horses with batida and picada gait from CAMP and MM breeds. It was used DNA samples from 105 adult horses (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). All genetic samples was sequenced using the Borlaug Center protocol by Illumina Hi-Seq 100-PE and the results were analyzed by frequency distribution of this allele between breeds and gaits. Results showed that CAMP and MM have the DMRT3 mutant allele. In CAMP breed it was not observed DMRT3 wild type allele in homozygous, in batida and picada horses. In addition, the DMRT3 mutant homozygous in CAMP breed occurred in picada (~44%) and batida (~26%) gaits animals in large frequencies. The MM breed did not have DMRT3 mutant homozygous in batida horses. The largest frequency in batida horses in MM breed was obtained in DMRT3 wild type homozygous (~43%) and in picada horses was in DMRT3 mutant homozygous (~32%). This research showed that DMRT3 mutant allele is present in CAMP and MM breeds and its frequency has relationships not only with horses breed but also with type of the horses gait. Finally, to understand the importance for gaited horses of the DMRT3 allele, mutant or wild type, it is necessary more studies because this knowledge has important implication for development new genetic selection methods and training programs to these breeds.
Recentemente, diferentes publicações demonstraram que o alelo DMRT3 esta associado aos importantes aspectos da locomoção relacionados com a associações entre bípedes e por isso é denominado the Gait Keeper. Ele, quando mutante, promove os andamentos dissociados, sejam eles marchados ou saltados. Todavia, as comparações entre os tipos de marcha e as raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) no que se refere à presença desse alelo mutante não foram estudadas. Esse trabalho objetivou o estudo da presença do alelo DMRT3 mutante em equinos de marcha batida e picada das raças Campolina e Mangalarga Marchador. Foram utilizadas amostras de DNA de 105 equinos adultos (50 CAMP (batida n=27; picada n=25); 53 MM (batida n=27; picada n=26). O material genético o foi sequenciado utilizando-se protocolos do Borlaug Center através Illumina Hi-Seq 100-PE e os resultados foram analisados através da distribuição da frequência desse gene entre as raças e entre os andamentos. As raças Campolina (CAMP) e Mangalarga Marchador (MM) possuem o DMRT3 mutante. Na CAMP não encontrou-se o alelo DMRT3 normal homozigoto, tanto na picada como na batida. Ainda na CAMP, a maior frequência no DMRT3 mutante homozigoto ocorreu tanto na picada (~44%) como na batida (~26%). Na raça MM não encontrou-se o alelo mutante em homozigose nos animais de marcha batida. As maiores frequências na MM de batida foi no alelo DMRT3 normal homozigoto (~43%) e na picada no alelo mutante em homozigose (~32%). Esse estudo indica que o alelo DMRT3 mutante encontra-se nas raças CAMP e MM e que a frequência dele tem relação não só com a raça, mas também com o tipo do andamento. Por isso, surge a necessidade de estudos mais detalhados para se determinar o possível uso da análise do alelo DMRT3,normal e mutante, como ferramenta dentro dos programas de melhoramento genético e de treinamento para que possam ser utilizados nos equinos marchadores.
Assuntos
Animais , Alelos , Cavalos , Mutação/genética , Frequência do Gene/genética , Locomoção/genética , MarchaResumo
Molecular and morphological methods were evaluated to distinguish between Haemonchus contortus and Haemonchus placei species. A total of 141 H. contortus and 89 H. placei male adult specimens collected from artificially infected lambs were identified individually by PCR analysis, using a species-specific primer pair. These PCR results were used as gold standard for Haemonchus spp. identification. Haemonchus placei presented higher mean spicule and barb lengths than H. contortus (P<0.05). However, some measurements overlapped. For this reason, a discriminate function did not allow the correct identification of 13 H. contortus and one H. placei specimen. The sheath tail length of the third stage larvae (L3), which comprises the distance between the tip of the larval tail and the end of the sheath tail, were measured. Only three of the 485 H. placei larvae (0.619%) had a sheath tail shorter than 85 µm, while only four of the 500 H. contortus larvae (0.8%) presented a sheath tail longer than 85 µm. The results indicated that 6.09% of the male adult specimens would be misclassified based on the discriminate function, while only 0.71% of infective larvae would be misclassified. Therefore, identification of L3 can be used as the first method to indicate the presence of H. placei and/or H. contortus in a population of domestic ruminants.
Métodos moleculares e morfológicos foram avaliados para a identificação de Haemonchus contortus e Haemonchus placei. No total, 141 H. contortus e 89 H. placei machos adultos, obtidos de cordeiros artificialmente infectados, foram identificados individualmente por PCR com o emprego de um par de “primers” espécie-específico. Esses resultados da análise por PCR foram considerados como padrão para a identificação das espécies de Haemonchus. Haemonchus placei apresentou valores médios de espículos e ganchos superiores aos de H. contortus (P<0,05). Entretanto, houve sobreposição de alguns valores. Por essa razão, a função discriminante não permitiu a identificação correta de 13 exemplares de H. contortus e de um, de H. placei. Foi medida a cauda da bainha de larvas infectantes (L3), que compreende a distância entre a ponta da cauda da larva e a ponta da cauda da bainha. Apenas três das 485 L3 de H. placei (0,619%) apresentaram a cauda da bainha com medida inferior a 85 µm e somente em quatro das 500 L3 de H. contortus (0,8%) essa medida foi superior a 85 µm. Os resultados demonstraram que 6,09% dos machos adultos seriam identificados erroneamente com base na função discriminante, enquanto a identificação incorreta de L3 seria de apenas 0,71%. Portanto, a identificação de L3 pode ser utilizada como método inicial para indicar a presença de H. placei e/ou H. contortus em uma população de ruminantes domésticos.
Assuntos
Adolescente , Adulto , Criança , Humanos , Pessoa de Meia-Idade , Aminoaciltransferases , Proteínas de Bactérias , Hexosiltransferases , Resistência às Penicilinas/genética , Peptidil Transferases , Infecções Pneumocócicas/microbiologia , Streptococcus pneumoniae/genética , Alelos , Proteínas de Transporte/genética , Cefotaxima/farmacologia , Cefalosporinas/farmacologia , Doenças Transmissíveis Emergentes/epidemiologia , DNA Bacteriano/análise , Eletroforese em Gel de Campo Pulsado , Testes de Sensibilidade Microbiana , Muramilpentapeptídeo Carboxipeptidase/genética , Proteínas de Ligação às Penicilinas , Infecções Pneumocócicas/epidemiologia , Streptococcus pneumoniae/classificação , Streptococcus pneumoniae/efeitos dos fármacos , Estados Unidos/epidemiologiaResumo
Visceral leishmaniasis (VL) is a widely spread zoonotic disease. In Brazil the disease is caused by Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Peridomestic sandflies acquire the etiological agent by feeding on blood of infected reservoir animals, such as dogs or wildlife. The disease is endemic in Brazil and epidemic foci have been reported in densely populated cities all over the country. Many clinical features of Leishmania infection are related to the host-parasite relationship, and many candidate virulence factors in parasites that cause VL have been studied such as A2 genes. The A2 gene was first isolated in 1994 and then in 2005 three new alleles were described in Leishmania (Leishmania) infantum. In the present study we amplified by polymerase chain reaction (PCR) and sequenced the A2 gene from the genome of a clonal population of L. (L.) infantum chagasi VL parasites. The L. (L.) infantum chagasi A2 gene was amplified, cloned, and sequenced in. The amplified fragment showed approximately 90 percent similarity with another A2 allele amplified in Leishmania (Leishmania) donovani and in L.(L.) infantum described in literature. However, nucleotide translation shows differences in protein amino acid sequence, which may be essential to determine the variability of A2 genes in the species of the L. (L.) donovani complex and represents an additional tool to help understanding the role this gene family may have in establishing virulence and immunity in visceral leishmaniasis. This knowledge is important for the development of more accurate diagnostic tests and effective tools for disease control.
A leishmaniose visceral (LV) é uma zoonose amplamente disseminada, causada no Brasil pela Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Flebotomíneos vetores adquirem o agente etiológico, alimentando-se do sangue de animais contaminados, como cachorros ou animais selvagens. A doença é endêmica no Brasil, e focos de epidemia são relatados em cidades densamente povoadas por todo o país. Muitas manifestações clínicas relacionadas à infecção por Leishmania estão ligadas à relação parasito-hospedeiro, e vários possíveis fatores de virulência dos parasitas, que causam a LV, são alvos de estudo, tais como os genes A2. O gene A2 foi isolado pela primeira vez em 1994 e, em seguida, em 2005, três novos alelos foram descritos em Leishmania (Leishmania) infantum. No presente estudo, um fragmento do gene A2 de uma população clonal de L.(L.) infantum chagasi foi amplificado por PCR e sua sequência de nucleotídeos determinada. O fragmento mostrou 90 por cento de similaridade com alelos do gene A2 de Leishmania (Leishmania) donovani e de L. (L.) infantum, descritos na literatura. Entretanto, a tradução da sequência de nucleotídeos mostra diferenças na sequência de aminoácidos da proteína, que podem ser essenciais em determinar a variabilidade do gene A2 em espécies do complexo L. (L.) donovani e representa uma ferramenta adicional na compreenssão do papel dessa família de genes na virulência e imunidade da leishmaniose visceral. O conhecimento dessa variação é importante para o desenvolvimento de testes diagnósticos mais precisos e ferramentas mais eficazes no controle da doença.
Assuntos
Animais , Cães , Genes de Protozoários/genética , Leishmania infantum/genética , Alelos , Leishmania infantum/isolamento & purificaçãoResumo
Populaçäes de Anopheles triannulatus procedentes de Macapá (AP), Aripuanã (MT), Ji-Paraná (RO) e Manaus-Lago Janauari (AM) foram estudadas utilizando-se 16 locos enzimáticos. Os resultados mostraram maior polimorfismo (56,3%) na população de Macapá. A menor variabilidade foi verificada na população de Manaus (p = 25,0; Ho = 0,077 ñ 0,046). Os resultados das estatísticas F de Wright mostraram desequilíbrio decorrente de excesso de homozigotos (Fis > Fst), denotando certa diferenciação intrapopulacional. Embora as populaçäes sejam geneticamente muito próximas (D = 0,003 - 0,052), o dendrograma separa as populaçäes em dois grupos: Macapá separado de Manaus, Ji-Paraná e Aripuanã. Isto pode ser indicativo de redução no fluxo gênico, que possivelmente influenciou a subestruturação das populaçäes.
Assuntos
Animais , Variação Genética , Isoenzimas , Anopheles , Brasil , AlelosResumo
Foram analisadas propriedades eletrocinéticas, térmicas e cinéticas dos produtos dos locos que codificam o isocitrato desidrogenase NADP-dependente (IDHP; E.C. 1.1.1.42) como Astyanax scabripinnis (Pisces, Characidae) em três diferentes alturas do Ribeirão Grande, Estado de São Paulo, Brasil. Nas populaçäes das três altitudes foram detectados dois locos da IDHP, bidirecionalmente divergentes, um único em músculo esquelético, o IDHP-A*, e um único em fígado, o IDHP-B*, ambos polimórficos. O único alelo variante no loco IDHP-A*, A*128, mostrou maior freqüência na população de 1.920 m (0,494). Dentre os nove alelos variantes detectados no loco IDHP-B* (*37, *57, *69, *79, *85, *114, *119, *124 e *140), os alelos *37 e *79 apareceram somente na população de 1.800 m. Valores de Qui-quadrado revelaram que para o loco IDHP-A* somente a população de 700 m não está em equilíbrio de Hardy-Weinberg, enquanto para o loco IDHP-B* nenhuma população se encontra em equilíbrio. Qui2 da homogeneidade revelou que as populaçäes são significativamente diferentes em suas freqüências fenotípicas para ambos os locos. Valor médio de FST de Wright (0,036 e 0,320, IDHP-A* e IDHP-B*, respectivamente) foi de 0,178 para populaçäes das três altitudes, o que significa que 82% da diversidade gênica total foi detectada entre indivíduos da mesma população. Estabilidades em temperatura ambiente (16§ a 21§C) e valores de Km e Vmax aparentes de extratos de músculo esquelético de cada fenótipo-A sugerem diferentes papéis das isoformas-A na lipogênese aumentada que ocorre nos peixes em baixas temperaturas.
Assuntos
Animais , Músculo Esquelético , Altitude , Peixes , Isocitrato Desidrogenase , Isoenzimas , NADP , Fenótipo , Temperatura , Brasil , AlelosResumo
In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.
Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.
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Animais , Alelos , Caraciformes/genética , Frequência do Gene , Triagem de Portadores Genéticos , Variação Genética , Migração Animal , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Repetições de MicrossatélitesResumo
Populações de cinco diferentes tipos de acasalamento, submetidas à seleção baseada no melhor preditor linear não-viesado (BLUP), foram avaliadas quanto às perdas genéticas por fixação de alelos desfavoráveis e limite da seleção, durante 50 gerações. Foram utilizados dados simulados na obtenção do genoma dos indivíduos de todas as populações. Uma característica quantitativa de herdabilidade 0,10 foi estudada em populações de seleção, com a seguinte estrutura de dados: razão sexual de 10, 20, 25 e 50 e tamanho efetivo da população de 36,36, 19,05, 15,38, e 7,84, respectivamente. Para cada razão sexual, formaram-se populações correspondentes aos tipos de acasalamento efetuados entre os reprodutores, em todas as gerações: acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos e irmãos completos, acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos, acasalamentos ao acaso, exclusão de acasalamentos entre irmãos completos e exclusão de acasalamentos entre meios-irmãos e irmãos completos. Valores percentuais mais baixos para locos fixados desfavoravelmente e limite da seleção mais alto foram observados na menor razão sexual (d= 10), na qual houve também melhor distinção entre os tipos de acasalamento estudados.
Assuntos
Ligação do Par , Seleção Genética , AlelosResumo
A associação entre os alelos do loco BoLA-DRB3.2, identificados pela técnica de PCR-RFLP, e a produção de leite na raça Gir foi estudada por meio da análise de dados moleculares e fenotípicos de 424 vacas Gir, utilizando um modelo misto, sob modelo animal. Os dados moleculares consistiam dos genótipos dos animais para os alelos do loco BoLA-DRB3.2 e os dados fenotípicos eram referentes à produção de leite em até 305 dias de lactação. O loco é altamente polimórfico nesta raça, sendo identificados sete alelos (BoLA-DRB3.2*4, *8, *11, *19, *28, *41 e *48) que não haviam sido encontrados em animais zebuínos. Dois alelos (*16 e *29) estavam significativamente associados com maiores produções de leite, sugerindo que o próprio loco BoLA-DRB3.2 ou um QTL a ele ligado influencia a produção de leite de vacas Gir.