Resumo
Abstract Feline Bartonella can be transmitted to humans through cat scratches or bites, and between cats, by the flea Ctenocephalides felis. The study was carried out in order to investigate the occurrence of Bartonella DNA in cats living in shelters and their ectoparasites and the relationship between the infection status of cats and ectoparasites they host. Bartonella DNA was detected in 47.8% of the cat blood samples, 18.3% of C. felis fleas, 13.3% of flea egg pools and 12.5% of lice pools. B. henselae and B. clarridgeiae DNA were detected in cat fleas, while B. henselae, B. clarridgeiae and B. koehlerae were found in blood samples from bacteremic cats. Cats infested by positive ectoparasites showed approximately twice the odds of being infected. Our results indicate that shelter cats have high prevalence of Bartonella species that are known to be human pathogens. This highlights the importance of controlling infestations by ectoparasites to avoid cat and human infection.
Resumo Algumas espécies de Bartonella têm os felinos como principais hospedeiros reservatórios. Tais patógenos são transmitidos ao homem por intermédio da arranhadura ou mordedura de gatos e entre os gatos, por meio da pulga Ctenocephalides felis. O objetivo deste estudo foi investigar a ocorrência de DNA de Bartonella spp. em gatos de abrigos e seus ectoparasitas e a relação entre o estado de infecção dos gatos e dos ectoparasitas albergados por estes. Material genético bacteriano foi detectado em 47,8% das amostras de sangue de gatos, 18,3% das pulgas C. felis, 13,3% dos "pools" de ovos de pulgas e 12,5% dos "pools" de piolhos. DNA de B. henselae e B. clarridgeiae foi detectado em pulgas, e B. henselae, B. clarridgeiae e B. koehlerae, em amostras de sangue de gatos. Gatos infestados por ectoparasitas que carreavam DNA de Bartonella spp. demonstraram aproximadamente o dobro de chance de estarem infectados. Esses resultados indicam que os gatos de abrigos têm alta prevalência de infecção por espécies de Bartonella, capazes de causar doenças no homem. E também destacam a importância do controle e prevenção da infestação por ectoparasitas, no intuito de prevenir a infecção em gatos e humanos.
Assuntos
Animais , Gatos , Bartonella/genética , Infecções por Bartonella/veterinária , Infecções por Bartonella/epidemiologia , Doenças do Gato/epidemiologia , Ctenocephalides , Infestações por Pulgas/epidemiologia , Brasil/epidemiologia , DNA Bacteriano/genética , Prevalência , Infestações por Pulgas/veterináriaResumo
Abstract Bacterial contamination of blood components remains a major challenge in transfusion medicine, particularly, platelet concentrates (PCs) due to the storage conditions that support bacterial proliferation. In this study, we develop a rapid, sensitive and specific real-time PCR protocol for bacterial screening of PCs. An internally controlled real-time PCR-based method was optimized and validated with our proprietary 16S Universal PCR Master Mix (IBMP/Fiocruz), which targets a conserved region of the bacterial 16S rRNA gene. Nonspecific background DNA was completely eliminated by treating the PCR Master Mix with ethidium monoazide (EMA). A lower limit of detection was observed for 10 genome equivalents with an observed Ct value of 34±1.07 in calibration curve generated with 10-fold serial dilutions of E. coli DNA. The turnaround time for processing, including microbial DNA purification, was approximately 4 hours. The developed method showed a high sensitivity with no non-specific amplification and a lower time-to-detection than traditional microbiological methods, demonstrating it to be an efficient means of screening pre-transfusion PCs.
Resumo A contaminação bacteriana dos componentes sanguíneos é um grande desafio na medicina transfusional, principalmente nos concentrados de plaquetas (PCs) devido às condições de armazenamento que favorecem a proliferação bacteriana. Neste estudo, desenvolvemos um protocolo de PCR em tempo real rápido, sensível e específico para a triagem bacteriana de PCs. Um método baseado em PCR em tempo real, controlado internamente, foi otimizado e validado com um Master Mix Universal PCR 16S (IBMP / Fiocruz), que detecta uma região conservada do gene 16S rRNA bacteriano. O background de DNA não específico foi completamente eliminado tratando a PCR Master Mix com monoazida de etídio (EMA). O limite de detecção inferior observado foi de 10 cópias equivalentes do genoma com um valor de Ct 34 ± 1,07, a curva de calibração foi gerada com diluições seriada de 10 vezes do DNA de E. coli. O tempo de processamento, incluindo a purificação microbiana do DNA, foi de aproximadamente 4 horas. O método desenvolvido mostrou alta sensibilidade sem amplificação inespecífica e menor tempo de detecção do que os métodos microbiológicos tradicionais, demonstrando ser um meio eficiente de triagem de PCs pré-transfusionais.
Assuntos
Plaquetas , Escherichia coli , Bactérias/genética , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo RealResumo
Abstract Studies on the bacterial diversity associated with wild plants are rare, especially on those that grow in association with bromeliads. In the present study, we isolated and identified epiphytic and endophytic bacteria from the roots of the bromeliads Dyckia excelsa, Dyckia leptostachya and Deuterocohnia meziana occurring in the "cangas" in the Pantanal from Mato Grosso do Sul State, Brazil. The epiphytic bacteria were isolated from washed roots, while the endophytic bacteria were isolated from surface disinfested roots. Bacterial representatives corresponding to each BOX-PCR fingerprint, as well as those that did not result in amplicons, were selected for 16S rDNA gene sequence analysis. The BOX-PCR data showed intrageneric and intraspecific diversity and could discriminate strains and identify their phenotypic characteristics. The 16S rDNA gene sequence and phylogeny analysis showed a higher occurrence of strains belonging to the genus Bacillus than Mycobacterium and Brevibacterium, which were found in lower numbers. Species from the Bacillus genus are well known for their sporulation capacity and longer survival in arid locations, such as the "cangas". This study clearly showed that the bromeliad species represent a vast reservoir of bacterial community diversity, and the cultivable strains represent a new source for biotechnological prospecting.
Resumo Estudos sobre a diversidade bacteriana associada a plantas silvestres são raros, especialmente naqueles que crescem em associação com bromélias. No presente estudo, isolamos e identificamos bactérias epífitas e endofíticas das raízes das bromélias Dyckia excelsa, D. leptostachya e Deuterocohnia meziana ocorrentes nas "cangas" no Pantanal do Mato Grosso do Sul, Brasil. As bactérias epifíticas foram isoladas de raízes lavadas, enquanto as bactérias endofíticas foram isoladas de raízes desinfestadas na superfície. Representantes bacterianos correspondentes a cada perfil do BOX-PCR, bem como aqueles que não resultaram em amplificações, foram selecionados para o sequenciamento do gene 16S rDNA. Os dados da BOX-PCR mostraram diversidade intragênica e intraespecífica e puderam discriminar cepas e identificar suas características fenotípicas. A seqüência do gene 16S rDNA e a análise filogenética mostraram uma maior ocorrência de cepas pertencentes ao gênero Bacillus do que as bactérias Mycobacterium e Brevibacterium, encontradas em menor número. Espécies do gênero Bacillus são bem conhecidas por sua capacidade de esporulação e maior sobrevida em locais áridos, como as "cangas". Este estudo mostrou claramente que as espécies de bromélias representam um vasto reservatório de diversidade de comunidades bacterianas, e as linhagens cultiváveis podem representar uma nova fonte para a prospecção biotecnológica.
Assuntos
Bactérias/genética , Biodiversidade , Filogenia , Brasil , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Raízes de PlantasResumo
Abstract Small mammals play an essential role in the transmission and maintenance cycles of Borrelia spirochetes. In Chile, recent studies have characterized novel Borrelia genotypes in ticks collected from small mammals, a fact that suggests these vertebrates are hosts for spirochetes from this genus. Considering this evidence, the goal of this study was to determine the presence of Borrelia DNA in small mammals inhabiting northern Chile. In winter of 2018, 58 small mammals were captured in five localities. Blood samples were collected from rodents and DNA was extracted to determine the presence of Borrelia DNA by PCR targeting the flaB gene and rrs-rrlA intergenic spacer (IGS). From three individuals (5%), belonging to two rodent species of Cricetidae family (Phyllotis xanthopygus and Oligoryzomys longicaudatus), we retrieved three flaB and two IGS Borrelia genotypes. Phylogenetic analyses performed with both Maximum Likelihood and Bayesian inferences showed that our sequences grouped with homologous genotypes from the relapsing fever and Lyme borreliosis groups. Our findings suggest that P. xanthopygus and O. longicaudatus rodents may play a role as reservoirs for borrelial spirochetes in Chile.
Resumo Pequenos mamíferos possuem um papel essencial na transmissão e manutenção de espiroquetas do gênero Borrelia. No Chile, estudos recentes têm descrito novos genótipos de Borrelia em carrapatos, parasitando pequenos mamíferos. Isso sugere que esses vertebrados podem atuar como possíveis reservatórios dessas espiroquetas. Considerando-se essa evidência, o objetivo deste estudo foi determinar a presença de DNA de Borrelia em pequenos mamíferos da região norte do Chile. Durante o inverno de 2018, 58 pequenos mamíferos foram capturados em cinco localidades. Amostras de sangue obtidas a partir dos indivíduos capturados foram submetidas à extração de DNA e ensaios de PCR, para a detecção de Borrelia spp. baseados no gene flaB e espaçador intergênico rrs-rrlA (IGS). A partir de três espécimes (5%) pertencentes a duas espécies de roedores da família Cricetidae (Phyllotis xanthopygus e Oligoryzomys longicaudatus) obtiveram-se três genótipos de Borrelia para o gene flaB e dois para IGS. Análises filogenéticas inferidas, usando-se os métodos Bayesiano e de Máxima Verossimilhança, indicaram que as sequências geradas neste estudo agrupam-se com borrelias do grupo da Febre Recorrente e Borreliose de Lyme. Os achados deste estudo sugerem que roedores P. xanthopygus e O. longicaudatus poderiam atuar como possíveis reservatórios para Borrelia spp. no Chile.
Assuntos
Animais , Roedores/parasitologia , Borrelia/classificação , Borrelia/genética , Ixodes/microbiologia , Filogenia , DNA Bacteriano/genética , Chile , Teorema de BayesResumo
Abstract This study aimed to evaluate the occurrence of diseases transmitted by Amblyomma ovale in 61 dogs monitored for three years through collections of ticks and blood, interviews, telemetry and camera traps in three areas of Serra do Mar State Park, Brazil. Blood samples were used to investigate infection by Rangelia vitalii by real-time TaqMan PCR and Rickettsia parkeri by IIFA. The collected ticks were submitted to conventional PCR to investigate the presence of R. parkeri . These data were compared with the monitoring results and interviews with the owners. Dogs considered as companion presented a risk of infection by R. parkeri strain Mata Atlantica 5.4 times higher than those not considered as companion (p = 0.009). Dogs that had at least one A. ovale collected during the campaigns had a 10 times higher risk of infection by R. parkeri strain Mata Atlantica than those who did not (p = 0.009). One dog positive for R. vitalii by real-time TaqMan PCR was parasitized by A. ovale frequently during monitoring. Sequenced ompaA - positive DNA samples had 100% identity of R. parkeri strain Mata Atlantica clone As106. From the findings, it is urgent to control domestic dogs around rainforests to reduce zoonoses transmission.
Resumo A ocorrência de doenças transmitidas por Amblyomma ovale em 61 cães monitorados por três anos através de coletas de carrapatos, sangue, entrevistas, telemetria e armadilhas fotográficas foi avaliada em três áreas do Parque Estadual da Serra do Mar - SP. Amostras de sangue foram utilizadas para investigação de Rangelia vitalii através de PCR TaqMan em tempo real e Rickettsia parkeri através da RIFI. Carrapatos coletados foram submetidos à PCR convencional para investigação de R. parkeri . Estes dados foram comparados considerando os resultados do monitoramento e entrevistas. Cães de companhia apresentaram risco de infecção pela R. parkeri cepa Mata Atlântica 5,4 vezes maior que os não considerados como de companhia (p = 0,009). Cães que tiveram pelo menos um A. ovale coletado apresentaram risco de infecção por R. parkeri cepa Mata Atlântica 10 vezes maior do que aqueles que não tiveram (p = 0,009). Um cão positivo para R. vitalii através de PCR TaqMan em tempo real foi parasitado por A. ovale durante o monitoramento. Amostras positivas para o gene ompaA possuíam 100% de identidade do clone As106 de R. parkeri cepa de Mata Atlântica. Assim, é urgente o controle de cães na Mata Atlântica para redução dos riscos de zoonoses.
Assuntos
Animais , Cães , Rickettsia/isolamento & purificação , Infecções por Rickettsia/veterinária , Ixodidae/microbiologia , Doenças do Cão/epidemiologia , Rickettsia/classificação , Rickettsia/genética , Infecções por Rickettsia/diagnóstico , Infecções por Rickettsia/epidemiologia , Telemetria , Brasil/epidemiologia , DNA Bacteriano/análise , Reação em Cadeia da Polimerase , Análise de Sequência de DNA , Técnica Indireta de Fluorescência para Anticorpo , Doenças do Cão/diagnóstico , Doenças do Cão/microbiologia , Floresta ÚmidaResumo
Abstract The msp4 gene of A. marginale is unicodon, stable and mostly homogeneous, being considered as a useful marker for phylogeographic characterization of this bacterium. The objective of this work was to analyze the phylogeography of A. marginale based on the msp4 gene in beef cattle from the Brazilian Pantanal, compared to those found in other regions worldwide. The blood samples investigated were collected from 400 animals (200 cows and 200 calves) reared in five extensive breeding farms in this region. The results indicated that of the evaluated samples, 56.75% (227/400) were positive for A. marginale based on the msp1β gene by quantitatitve PCR (qPCR), while 8.37% (19/227) were positive for the msp4 gene in the conventional PCR. In the Network distance analysis, 14 sequences from the Brazilian Pantanal were grouped into a single group with those from Thailand, India, Spain, Colombia, Parana (Brazil), Mexico, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Australia, Italy and Minas Gerais (Brazil). Among 68 sequences from Brazil and the world, 15 genotypes were present while genotype number one (#1) was the most distributed worldwide. Both Splitstree and network analyses showed that the A. marginale msp4 sequences detected in beef cattle from the Brazilian Pantanal showed low polymorphism, with the formation of one genogroup phylogenetically related to those found in ruminants from South and Central America, Europe, and Asia.
Resumo O gene msp4 de A. marginale é unicodon, estável e pouco heterogêneo, sendo considerado como um marcador útil para caracterização filogeográfica desta bactéria. Este trabalho teve como objetivo analisar a filogeografia de A. marginale com base no gene msp4 em bovinos de corte do Pantanal Brasileiro, comparativamente a outra regiões do mundo. Alíquotas de sangue foram colhidas de 400 bovinos (200 vacas e 200 bezerros) em cinco propriedades de cria e recria extensiva. Como resultado, 56,75% (227/400) mostraram-se positivas para A. marginale pela qPCR para o gene msp1β e destas, 8,37% (19/227) amostras foram positivas na PCR convencional para o gene msp4. Na análise de distância Network, 14 sequências do Pantanal brasileiro foram agrupadas em um único grupo com as da Thailândia, Índia, Espanha, Colômbia, Paraná (Brasil), México, Portugal, Argentina, China, Venezuela, Austrália, Italia e Minas Gerais (Brasil). Dentre 68 sequências do Brasil e do mundo, constatou-se a presença de 15 genótipos, sendo o genótipo número um (#1) o mais distribuído. As sequências msp4 de A. marginale detectadas em bovinos de corte no Pantanal brasileiro apresentaram baixo polimorfismo com formação de dois genogrupos filogeneticamente relacionados àqueles encontrados em ruminantes de países das América do Sul e Central, Europa e Ásia.
Assuntos
Animais , Masculino , Feminino , Proteínas de Bactérias/genética , Bovinos/microbiologia , Anaplasma marginale/genética , Filogeografia/métodos , Proteínas de Membrana/genética , Ásia , América , Brasil , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Reação em Cadeia da Polimerase , Sequência de Aminoácidos , Anaplasma marginale/isolamento & purificação , Europa (Continente) , GenótipoResumo
Abstract Mycoplasma suis is a bacterium that causes hemoplasmosis in pigs. This agent is capable of adhering to the surface of porcine erythrocytes, inducing structural changes on these cells. In Brazil, there are few reports about the disease, its causal agent, and the economic impact of this pathogen on pig production systems and farm sanitation. The present study aimed to investigate the occurrence of M. suis in extensive swine farms located in the counties of Itapecuru Mirim, Santa Rita and Rosario, State of Maranhão, northeast Brazil. For such purpose, 64 blood samples of pigs from these facilities were tested for M. suis using a 16S rRNA gene-based quantitative real-time PCR (qPCR); 82.3%, 65.2% and 25% of blood samples of swine from farms in the cities of Itapecuru Mirim, Santa Rita and Rosario were positive for M. suis by qPCR, respectively. This study shows, for the first time, that M. suis circulates in pig populations from the state of Maranhão, Northeast Brazil.
Resumo Mycoplasma suis é uma bactéria que causa a hemoplasmose em suínos. Este agente é capaz de se aderir à superfície dos eritrócitos de suínos, ocasionando deformações estruturais nestas células. No Brasil, poucos são os relatos acerca do parasita, da infecção e de seus impactos econômicos nas esferas produtiva e sanitária. O objetivo deste estudo foi investigar, por meio da PCR em tempo real quantitativa (qPCR) baseada no gene 16S rRNA, a ocorrência de M. suis em 64 amostras de sangue de suínos de criações extensivas dos municípios de Itapecuru Mirim, Santa Rita e Rosário, localizados no estado do Maranhão. Foram obtidos um percentual de 82,3%, 65,2% e 25% de amostras positivas na qPCR para M. suis nos municípios de Itapecuru Mirim, Santa Rita e Rosário, respectivamente. Este estudo mostra que M. suis circula entre os suínos de criações extensivas no estado do Maranhão.
Assuntos
Animais , Masculino , Feminino , Mycoplasma/genética , Infecções por Mycoplasma/microbiologia , Infecções por Mycoplasma/veterinária , Suínos , Doenças dos Suínos/diagnóstico , Doenças dos Suínos/microbiologia , Brasil , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Mycoplasma/classificação , Infecções por Mycoplasma/diagnósticoResumo
Abstract The aim of this study is to detect the presence of tick-borne agents of genera Rickettsia, Borrelia, Babesia, Ehrlichia and Anaplasma in ticks collected from native wild birds in the state of Rio de Janeiro. Birds were captured and observed carefully to find the ectoparasites. DNA detection of hemoparasites was performed by means of the polymerase chain reaction (PCR). The sequences obtained were analyzed and their homologies were compared to the available isolates in the GenBank platform database. A total of 33 birds were captured from 20 different species, of which 14 were parasitized by Amblyomma longirostre (n = 22). There was absence of DNA from agents of the genera Babesia, Anaplasma and Ehrlichia in the evaluated samples. The phylogenetic analysis indicated that one sample had 100% identity with Rickettsia bellii (KJ534309), the other two samples showed 100% identity with Rickettsia sp. Aranha strain and strain AL (EU274654 and AY360216). The positive sample for R. bellii was also demonstrated to be positive for Borrelia sp., which presented a similarity of 91% with Borrelia turcica (KF422815). This is the first description of Borrelia sp. in ticks of the genus Amblyomma in South America.
Resumo Este trabalho teve como objetivo detectar evidências moleculares da presença de agentes dos gêneros Rickettsia, Borrelia, Babesia, Anaplasma e Ehrlichia transmitidos por carrapatos coletados de aves silvestres no estado do Rio de Janeiro. Aves foram capturadas e observadas cuidadosamente a procura de ectoparasitos. A detecção de DNA de hemoparasitos foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR). As sequências obtidas foram analisadas e sua homologia comparada aos isolados disponíveis na base de dados da plataforma GenBank. Foram capturadas 33 aves, de 20 espécies diferentes das quais 14 estavam parasitadas por Amblyomma longirostre (n = 22). Houve ausência de DNA de agentes dos gêneros Babesia, Anaplasma e Ehrlichia nas amostras avaliadas. A análise filogenética indicou que uma amostra apresentou 100% de identidade com Rickettsia bellii (KJ534309), as outras duas amostras apresentaram 100% de identidade com Rickettsia sp. cepa Aranha e Cepa AL (EU274654 e AY360216.). A amostra positiva para R. bellii também apresentou positividade para Borrelia sp. que apresentou similaridade de 91% com Borrelia turcica (KF422815). Esta é a primeira descrição de Borrelia sp. em carrapatos do gênero Amblyomma na América do Sul.
Assuntos
Animais , Babesia/isolamento & purificação , Carrapatos/microbiologia , Aves/parasitologia , DNA Bacteriano/análise , Bactérias Gram-Negativas/isolamento & purificação , Animais Selvagens/parasitologia , Filogenia , Rickettsia/genética , Babesia/classificação , Borrelia/genética , Brasil , Reação em Cadeia da Polimerase , Ehrlichia/genética , Parques Recreativos , Anaplasma/genéticaResumo
ABSTRACT We developed a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of Y. pestis by targeting the 3a sequence on chromosome. All 11 species of the genus Yersinia were used to evaluate the specificity of LAMP and PCR, demonstrating that the primers had a high level of specificity. The sensitivity of LAMP or PCR was 2.3 or 23 CFU for pure culture, whereas 2.3 × 104 or 2.3 × 106 CFU for simulated spleen and lung samples. For simulated liver samples, the sensitivity of LAMP was 2.3 × 106 CFU, but PCR was negative at the level of 2.3 × 107 CFU. After simulated spleen and lung samples were treated with magnetic beads, the sensitivity of LAMP or PCR was 2.3 × 103 or 2.3 × 106 CFU, whereas 2.3 × 105 or 2.3 × 107 CFU for magnetic bead-treated liver samples. These results indicated that some components in the tissues could inhibit LAMP and PCR, and liver tissue samples had a stronger inhibition to LAMP and PCR than spleen and lung tissue samples. LAMP has a higher sensitivity than PCR, and magnetic bead capture of DNAs could remarkably increase the sensitivity of LAMP. LAMP is a simple, rapid and sensitive assay suitable for application in the field or poverty areas.
Assuntos
Humanos , Peste/microbiologia , DNA Bacteriano/genética , Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/métodos , Magnetismo/métodos , Yersinia pestis/isolamento & purificação , Yersinia pestis/classificação , Yersinia pestis/genética , DNA Bacteriano/isolamento & purificação , DNA Bacteriano/química , Reação em Cadeia da Polimerase , Sensibilidade e Especificidade , Separação Imunomagnética , Primers do DNA/genética , Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/instrumentação , Magnetismo/instrumentaçãoResumo
Abstract In this study, the development and assessment of a modified, efficient, and cost-efficient protocol for mDNA (metagenomic DNA) extraction from contaminated water samples was attempted. The efficiency of the developed protocol was investigated in comparison to a well-established commercial kit (Epicentre, Metagenomic DNA Isolation Kit for Water). The comparison was in terms of degree of shearing, yield, purity, duration, suitability for polymerase chain reaction and next-generation sequencing in addition to the quality of next-generation sequencing data. The DNA yield obtained from the developed protocol was 2.6 folds higher than that of the commercial kit. No significant difference in the alpha (Observed species, Chao1, Simpson and PD whole tree) and beta diversity was found between the DNA samples extracted by the commercial kit and the developed protocol. The number of high-quality sequences of the samples extracted by the developed method was 20% higher than those obtained by the samples processed by the kit. The developed economic protocol successfully yielded high-quality pure mDNA compatible with complex molecular applications. Thus we propose the developed protocol as a gold standard for future metagenomic studies investigating a large number of samples.
Assuntos
Bactérias/isolamento & purificação , DNA Bacteriano/isolamento & purificação , Métodos Analíticos de Preparação de Amostras/métodos , Metagenômica/economia , Metagenômica/métodos , Água Doce/microbiologia , Filogenia , Bactérias/classificação , Bactérias/genética , DNA Bacteriano/genética , Análise de Sequência de DNA , Métodos Analíticos de Preparação de Amostras/economia , Água Doce/químicaResumo
ABSTRACT Vitellibacter aquimaris D-24T (=KCTC 42708T = DSM 101732T), a halophilic marine bacterium, was isolated from seawater collected from Desaru beach, Malaysia. Here, we present the draft genome sequence of D-24T with a genome size of approximately 3.1 Mbp and G + C content of 39.93%. The genome of D-24T contains genes involved in reducing a potent greenhouse gas (N2O) in the environment and the degradation of proteinaceous compounds. Genome availability will provide insights into potential biotechnological and environmental applications of this bacterium.
Assuntos
Água do Mar/microbiologia , Genoma Bacteriano , Flavobacteriaceae/genética , Filogenia , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Flavobacteriaceae/isolamento & purificação , Flavobacteriaceae/classificação , MalásiaResumo
ABSTRACT Antarctica harbors a great diversity of microorganisms, including bacteria, archaea, microalgae and yeasts. The Pseudomonas genus is one of the most diverse and successful bacterial groups described to date, but only eight species isolated from Antarctica have been characterized. Here, we present three potentially novel species isolated on King George Island. The most abundant isolates from four different environments, were genotypically and phenotypically characterized. Multilocus sequence analysis and 16S rRNA gene analysis of a sequence concatenate for six genes (16S, aroE, glnS, gyrB, ileS and rpoD), determined one of the isolates to be a new Pseudomonas mandelii strain, while the other three are good candidates for new Pseudomonas species. Additionally, genotype analyses showed the three candidates to be part of a new subgroup within the Pseudomonas fluorescens complex, together with the Antarctic species Pseudomonas antarctica and Pseudomonas extremaustralis. We propose terming this new subgroup P. antarctica. Likewise, phenotypic analyses using API 20 NE and BIOLOG® corroborated the genotyping results, confirming that all presented isolates form part of the P. fluorescens complex. Pseudomonas genus research on the Antarctic continent is in its infancy. To understand these microorganisms' role in this extreme environment, the characterization and description of new species is vital.
Assuntos
Filogenia , Pseudomonas/isolamento & purificação , Pseudomonas/classificação , Fenótipo , Pseudomonas/genética , Microbiologia do Solo , DNA Bacteriano/genética , DNA Ribossômico/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Tipagem de Sequências Multilocus , Ilhas , Genótipo , Regiões AntárticasResumo
Abstract In this study for the first-time microbial communities in the caves located in the mountain range of Hindu Kush were evaluated. The samples were analyzed using culture-independent (16S rRNA gene amplicon sequencing) and culture-dependent methods. The amplicon sequencing results revealed a broad taxonomic diversity, including 21 phyla and 20 candidate phyla. Proteobacteria were dominant in both caves, followed by Bacteroidetes, Actinobacteria, Firmicutes, Verrucomicrobia, Planctomycetes, and the archaeal phylum Euryarchaeota. Representative operational taxonomic units from Koat Maqbari Ghaar and Smasse-Rawo Ghaar were grouped into 235 and 445 different genera, respectively. Comparative analysis of the cultured bacterial isolates revealed distinct bacterial taxonomic profiles in the studied caves dominated by Proteobacteria in Koat Maqbari Ghaar and Firmicutes in Smasse-Rawo Ghaar. Majority of those isolates were associated with the genera Pseudomonas and Bacillus. Thirty strains among the identified isolates from both caves showed antimicrobial activity. Overall, the present study gave insight into the great bacterial taxonomic diversity and antimicrobial potential of the isolates from the previously uncharacterized caves located in the world's highest mountains range in the Indian sub-continent.
Assuntos
Bactérias/isolamento & purificação , Bactérias/classificação , Microbiologia Ambiental , Biota , Antibiose , Paquistão , Filogenia , Bactérias/crescimento & desenvolvimento , Bactérias/genética , DNA Bacteriano/genética , DNA Bacteriano/química , DNA Ribossômico/genética , DNA Ribossômico/química , RNA Ribossômico 16S/genética , Análise por Conglomerados , Análise de Sequência de DNA , Euryarchaeota/isolamento & purificação , Euryarchaeota/classificação , Euryarchaeota/crescimento & desenvolvimento , Euryarchaeota/genética , DNA Arqueal/genética , DNA Arqueal/química , MetagenômicaResumo
ABSTRACT Kosakonia cowanii type strain 888-76T is a human pathogen which was originally isolated from blood as NIH group 42. In this study, we report the complete genome sequence of K. cowanii 888-76T. 888-76T has 1 chromosome and 2 plasmids with a total genome size of 4,857,567 bp and C+G 56.15%. This genome sequence will not only help us to understand the virulence features of K. cowanii 888-76T but also provide us the useful information for the study of evolution of Kosakonia genus.
Assuntos
Humanos , Genoma Bacteriano , Enterobacteriaceae/isolamento & purificação , Enterobacteriaceae/genética , Infecções por Enterobacteriaceae/microbiologia , Filogenia , Plasmídeos/genética , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , Enterobacteriaceae/classificaçãoResumo
ABSTRACT As the largest genus in Actinobacteria family, Streptomyces species have the ability to synthesize numerous compounds of diverse structures with bioactivities. Streptomyces mangrovisoli MUSC 149T was previously isolated as a novel streptomycete from mangrove forest in east coast of Peninsular Malaysia. The high quality draft genome of MUSC 149T comprises 9,165,825 bp with G + C content of 72.5%. Through bioinformatics analysis, 21 gene clusters identified in the genome were associated with the production of bioactive secondary metabolites. The presence of these biosynthetic gene clusters in MUSC 149T suggests the potential exploitation of the strain for production of medically important compounds.
Assuntos
Streptomyces/isolamento & purificação , Genoma Bacteriano , Sedimentos Geológicos/microbiologia , Filogenia , Streptomyces/classificação , Streptomyces/genética , Proteínas de Bactérias/genética , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Composição de Bases , DNA Bacteriano/genética , Dados de Sequência Molecular , Sequência de Bases , MalásiaResumo
Abstract Erythrina velutina ("mulungu") is a legume tree from Caatinga that associates with rhizobia but the diversity and symbiotic ability of "mulungu" rhizobia are poorly understood. The aim of this study was to characterize "mulungu" rhizobia from Caatinga. Bacteria were obteined from Serra Talhada and Caruaru in Caatinga under natural regeneration. The bacteria were evaluated to the amplification of nifH and nodC and to metabolic characteristics. Ten selected bacteria identified by 16S rRNA sequences. They were tested in vitro to NaCl and temperature tolerance, auxin production and calcium phosphate solubilization. The symbiotic ability were assessed in an greenhouse experiment. A total of 32 bacteria were obtained and 17 amplified both symbiotic genes. The bacteria showed a high variable metabolic profile. Bradyrhizobium (6), Rhizobium (3) and Paraburkholderia (1) were identified, differing from their geographic origin. The isolates grew up to 45 °C to 0.51 mol L-1 of NaCl. Bacteria which produced more auxin in the medium with l-tryptophan and two Rhizobium and one Bradyrhizobium were phosphate solubilizers. All bacteria nodulated and ESA 90 (Rhizobium sp.) plus ESA 96 (Paraburkholderia sp.) were more efficient symbiotically. Diverse and efficient rhizobia inhabit the soils of Caatinga dry forests, with the bacterial differentiation by the sampling sites.
Assuntos
Rhizobium/fisiologia , Simbiose , Bradyrhizobium/fisiologia , Erythrina/microbiologia , Fenótipo , Filogenia , Rhizobium/isolamento & purificação , Rhizobium/genética , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Cloreto de Sódio/metabolismo , Florestas , Bradyrhizobium/isolamento & purificação , Bradyrhizobium/genética , Erythrina/fisiologiaResumo
ABSTRACT Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization and Time of Flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a powerful tool for the identification of bacteria through the detection and analysis of their proteins or fragments derived from ribosomes. Slight sequence variations in conserved ribosomal proteins distinguish microorganisms at the subspecies and strain levels. Characterization of Leptospira spp. by 16S RNA sequencing is costly and time-consuming, and recent studies have shown that closely related species (e.g., Leptospira interrogans and Leptospira kirschneri) may not be discriminated using this technology. Herein, we report an in-house Leptospira reference spectra database using Leptospira reference strains that were validated with a collection of well-identified Brazilian isolates kept in the Bacterial Zoonosis Laboratory at the Veterinary Preventive Medicine and Animal Health Department at Sao Paulo University. In addition, L. interrogans and L. kirschneri were differentiated using an in-depth mass spectrometry analysis with ClinProTools™ software. In conclusion, our in-house reference spectra database has the necessary accuracy to differentiate pathogenic and non-pathogenic species and to distinguish L. interrogans and L. kirschneri.
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Humanos , Técnicas de Tipagem Bacteriana/métodos , Espectrometria de Massas em Tandem/métodos , Leptospira/isolamento & purificação , Leptospirose/microbiologia , Brasil , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz/métodos , Leptospira/classificação , Leptospira/genética , Leptospira/químicaResumo
ABSTRACT Fifty seven soil-borne actinomycete strains were assessed for the antibiotic production. Two of the most active isolates, designed as Streptomyces ST-13 and DK-15 exhibited a broad range of antimicrobial activity and therefore they were selected for HPLC fractionation against the most suppressed bacteria Staphylococcus aureus (ST-13) and Chromobacterium violaceum (DK-15). LC/MS analysis of extracts showed the presence of polyketides factumycin (DK15) and tetrangomycin (ST13). The taxonomic position of the antibiotic-producing actinomycetes was determined using a polyphasic approach. Phenotypic characterization and 16S rRNA gene sequence analysis of the isolates matched those described for members of the genus Streptomyces. DK-15 strain exhibited the highest 16S rRNA gene sequence similarity to Streptomyces globosus DSM-40815 (T) and Streptomyces toxytricini DSM-40178 (T) and ST-13 strain to Streptomyces ederensis DSM-40741 (T) and Streptomyces phaeochromogenes DSM-40073 (T). For the proper identification, MALDI-TOF/MS profile of whole-cell proteins led to the identification of S. globosus DK-15 (accession number: KX527570) and S. ederensis ST13 (accession number: KX527568). To our knowledge, there is no report about the production of these antibiotics by S.globosus and S. ederensis, thus isolates DK15 and ST13 identified as S. globosus DK-15 and S.ederensis ST-13 can be considered as new sources of these unique antibacterial metabolites.
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Streptomyces/isolamento & purificação , Streptomyces/metabolismo , Antibacterianos/biossíntese , Filogenia , Piridonas/metabolismo , Microbiologia do Solo , Streptomyces/classificação , Streptomyces/genética , Benzo(a)Antracenos/metabolismo , DNA Bacteriano/genética , Técnicas de Tipagem BacterianaResumo
ABSTRACT We examined microbial communities from enriched fine and retorted shale particles using sequencing of V4 variable region of 16S rRNA. High number of microbial genera was found in both enriched shale by-products that were dominate by Actinobacteria, Firmicutes and Proteobacteria, showing differences due to microbial colonization after the pyrolysis process.
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Bactérias/isolamento & purificação , Resíduos/análise , Sedimentos Geológicos/microbiologia , Microbiota , Filogenia , Bactérias/classificação , Bactérias/genética , Brasil , DNA Bacteriano/genética , RNA Ribossômico 16S/genética , Sedimentos Geológicos/química , BiodiversidadeResumo
Abstract This study aimed to determine the prevalence, factors associated, laboratory findings (with and without coinfection by retroviruses) among naturally infected cats by hemoplasmas in northeastern Brazil. For convenience, 200 domesticated and healthy cats were selected. Blood samples were taken to perform complete blood counts, serum biochemical, immunochromatography tests and nPCR for FIV and FeLV, and PCR for hemoplasma recognition. An interview was conducted to determine the factors associated with hemoplasmas. A total of 71/200 (35.5%) cats were positive for at least one hemoplasma species. Isolated infections were observed in 12,5% for 'Candidatus Mycoplasma haemominutum', 12% for Mycoplasma haemofelis and 3% for 'Candidatus Mycoplasma turicensis'. Regarding copositivity, 2% of the animals were positive for M. haemofelis and 'Candidatus Mycoplasma haemominutum', 1.5% for M. haemofelis and 'Candidatus Mycoplasma turicensis', and 4.5% for ' Candidatus Mycoplasma haemominutum' and 'Candidatus Mycoplasma turicensis'. No clinical and laboratory changes were observed in the animals that were concomitantly positive for retroviruses and hemoplasmas. Periurban region cats were more likely to be infected by M. haemofelis, while contact with other cats and infection by ' Candidatus Mycoplasma turicensis' were associated with 'Candidatus Mycoplasma haemominutum'. This study indicates that infection by hemoplasmas is a common find in cats from northeastern Brazil.
Resumo Objetivou-se com este estudo determinar a prevalência, fatores associados, achados laboratoriais (com e sem coinfecção com retrovírus) em gatos naturalmente infectados por hemoplasmas no Nordeste do Brasil. Selecionou-se, por conveniência, 200 gatos domiciliados, hígidos, sendo colhidas amostras de sangue para realização do hemograma, bioquímica sérica, imunocromatografia e nested-PCR para FIV e FeLV, e PCR para identificação dos hemoplasmas. Uma entrevista foi realizada para determinação dos fatores associados aos hemoplasmas. A frequência de positividade foi de 35,5% (71/200). Infecções isoladas foram observadas em 12,5% dos animais para 'Candidatus Mycoplasma haemominutum', 12% para Mycoplasma haemofelis e 3% para 'Candidatus Mycoplasma turicensis'. Quanto a co-positividades, 2% dos animais foram positivos para M. haemofelis e 'Candidatus Mycoplasma haemominutum', 1,5% foram positivos para M. haemofelis e 'Candidatus Mycoplasma turicensis', e 4,5% foram positivos para 'Candidatus Mycoplasma haemominutum' e 'Candidatus Mycoplasma turicensis'. Não foram observadas alterações clínicas ou laboratoriais nos animais positivos para retrovírus e hemoplasmas, concomitantemente. A região periurbana foi identificada como fator de risco associado a M. haemofelis. Enquanto o contato com outros gatos e a infecção por 'Candidatus Mycoplasma turicensis' foi associado à 'Candidatus Mycoplasma haemominutum'. Este estudo indica que a presença dos agentes da micoplasmose hemotrópica felina é comum no Nordeste brasileiro.