Assessment of zinc solubilization potential of zinc-resistant Pseudomonas oleovorans strain ZSB13 isolated from contaminated soil / Avaliação do potencial de solubilização do zinco da cepa ZSB13 de Pseudomonas oleovorans resistente ao zinco isolada de solo contaminado

Zinc is an essential micronutrient that is required for optimum plant growth. It is present in soil in insoluble forms. Bacterial solubilization of soil unavailable form of Zn into available form, is an emerging approach to alleviate the Zn deficiency for plants and human beings. Zinc solubilizing bacteria (ZSB) could be a substitute for chemical Zn fertilizer. The present study aimed to isolate and characterize bacterial species from the contaminated soil and evaluate their Zn solubilizing potential. Zn resistant bacteria were isolated and evaluated for their MIC against Zn. Among the 13 isolated bacterial strains ZSB13 showed maximum MIC value upto 30mM/L. The bacterial strain with the highest resistance against Zn was selected for further analysis. Molecular characterization of ZSB13 was performed by 16S rRNA gene amplification which confirmed it as Pseudomonas oleovorans. Zn solubilization was determined through plate assay and broth medium. Four insoluble salts (zinc oxide (ZnO), zinc carbonate (ZnCO3), zinc sulphite (ZnS) and zinc phosphate (Zn3(PO4)2) were used for solubilization assay. Our results shows 11 mm clear halo zone on agar plates amended with ZnO. Likewise, ZSB13 showed significant release of Zn in broth amended with ZnCO3 (17 and 16.8 ppm) and ZnO (18.2 ppm). Furthermore, Zn resistance genes czcD was also enriched in ZSB13. In our study, bacterial strain comprising Zn solubilization potential has been isolated that could be further used for the growth enhancement of crops.

O zinco é um micronutriente essencial necessário para o crescimento ideal das plantas. Ele está presente no solo em formas insolúveis. A solubilização bacteriana da forma indisponível de Zn no solo para a forma disponível é uma abordagem emergente para aliviar a deficiência de Zn em plantas e seres humanos. Bactérias solubilizadoras de zinco (ZSB) podem ser um substituto para fertilizantes químicos de Zn. O presente estudo teve como objetivo isolar e caracterizar espécies bacterianas de solo contaminado e avaliar seu potencial de solubilização de Zn. Bactérias resistentes ao Zn foram isoladas e avaliadas quanto ao seu MIC contra o Zn. Entre as 13 cepas bacterianas isoladas, ZSB13 apresentou valor máximo de MIC de até 30 mM/L. A cepa bacteriana com maior resistência ao Zn foi selecionada para análise posterior. A caracterização molecular de ZSB13 foi realizada por amplificação do gene 16S rRNA que o confirmou como Pseudomonas oleovorans. A solubilização do Zn foi determinada através de ensaio em placa e meio caldo. Quatro sais insolúveis (óxido de zinco (ZnO), carbonato de zinco (ZnCO3), sulfito de zinco (ZnS) e fosfato de zinco (Zn3 (PO4) 2) foram usados para o ensaio de solubilização. Nossos resultados mostram uma zona de halo clara de 11 mm em placas de ágar corrigidas com ZnO. Da mesma forma, ZSB13 mostrou liberação significativa de Zn em caldo alterado com ZnCO3 (17 e 16,8 ppm) e ZnO (18,2 ppm). Além disso, os genes de resistência ao Zn czcD também foram enriquecidos em ZSB13. Em nosso estudo, a cepa bacteriana compreendendo potencial de solubilização de Zn foi isolada e poderia ser usada posteriormente para o aumento do crescimento de safras.

Assessment of zinc solubilization potential of zinc-resistant Pseudomonas oleovorans strain ZSB13 isolated from contaminated soil / Avaliação do potencial de solubilização do zinco da cepa ZSB13 de Pseudomonas oleovorans resistente ao zinco isolada de solo contaminado

Zinc is an essential micronutrient that is required for optimum plant growth. It is present in soil in insoluble forms. Bacterial solubilization of soil unavailable form of Zn into available form, is an emerging approach to alleviate the Zn deficiency for plants and human beings. Zinc solubilizing bacteria (ZSB) could be a substitute for chemical Zn fertilizer. The present study aimed to isolate and characterize bacterial species from the contaminated soil and evaluate their Zn solubilizing potential. Zn resistant bacteria were isolated and evaluated for their MIC against Zn. Among the 13 isolated bacterial strains ZSB13 showed maximum MIC value upto 30mM/L. The bacterial strain with the highest resistance against Zn was selected for further analysis. Molecular characterization of ZSB13 was performed by 16S rRNA gene amplification which confirmed it as Pseudomonas oleovorans. Zn solubilization was determined through plate assay and broth medium. Four insoluble salts (zinc oxide (ZnO), zinc carbonate (ZnCO3), zinc sulphite (ZnS) and zinc phosphate (Zn3(PO4)2) were used for solubilization assay. Our results shows 11 mm clear halo zone on agar plates amended with ZnO. Likewise, ZSB13 showed significant release of Zn in broth amended with ZnCO3 (17 and 16.8 ppm) and ZnO (18.2 ppm). Furthermore, Zn resistance genes czcD was also enriched in ZSB13. In our study, bacterial strain comprising Zn solubilization potential has been isolated that could be further used for the growth enhancement of crops.(AU)

O zinco é um micronutriente essencial necessário para o crescimento ideal das plantas. Ele está presente no solo em formas insolúveis. A solubilização bacteriana da forma indisponível de Zn no solo para a forma disponível é uma abordagem emergente para aliviar a deficiência de Zn em plantas e seres humanos. Bactérias solubilizadoras de zinco (ZSB) podem ser um substituto para fertilizantes químicos de Zn. O presente estudo teve como objetivo isolar e caracterizar espécies bacterianas de solo contaminado e avaliar seu potencial de solubilização de Zn. Bactérias resistentes ao Zn foram isoladas e avaliadas quanto ao seu MIC contra o Zn. Entre as 13 cepas bacterianas isoladas, ZSB13 apresentou valor máximo de MIC de até 30 mM/L. A cepa bacteriana com maior resistência ao Zn foi selecionada para análise posterior. A caracterização molecular de ZSB13 foi realizada por amplificação do gene 16S rRNA que o confirmou como Pseudomonas oleovorans. A solubilização do Zn foi determinada através de ensaio em placa e meio caldo. Quatro sais insolúveis (óxido de zinco (ZnO), carbonato de zinco (ZnCO3), sulfito de zinco (ZnS) e fosfato de zinco (Zn3 (PO4) 2) foram usados para o ensaio de solubilização. Nossos resultados mostram uma zona de halo clara de 11 mm em placas de ágar corrigidas com ZnO. Da mesma forma, ZSB13 mostrou liberação significativa de Zn em caldo alterado com ZnCO3 (17 e 16,8 ppm) e ZnO (18,2 ppm). Além disso, os genes de resistência ao Zn czcD também foram enriquecidos em ZSB13. Em nosso estudo, a cepa bacteriana compreendendo potencial de solubilização de Zn foi isolada e poderia ser usada posteriormente para o aumento do crescimento de safras.(AU)

Infectious diseases of neotropical primates

Neotropical primates are represented by more than 200 species and subspecies distributed in five families. Considering that some of these species are considered endangered, disease investigation in these populations is critical for conservation strategies. Therefore, an increasing number of studies and publications on this topic became available in the past few years. This review deals with infectious diseases of neotropical primates, with focus on free-ranging animals, including those caused by bacterial, viral, protozoal, metazoan, or mycotic infectious organisms, with particular emphasis on gross and microscopic lesions associated with these diseases. In addition, a few relevant unpublished cases of infection by Staphylococcus spp., Streptococcus spp., E. coli and Pseudomonas spp. were included in this review.(AU)

Isolation and characterization of synthetic pyrethroids-degrading bacterial strains from agricultural soil / Isolamento e caracterização de cepas bacterianas degradadoras de piretróides sintéticos de solo agrícola

Pyrethroid pesticides are commonly used for pest control in agriculture setup, veterinary and home garden. They are now posing increased risks to non-targeted organisms associated to human beings due to their considerable use. The present work deals with the isolation of bacteria with tolerance to high concentrations of bifenthrin and cypermethrin from contaminated soil. Enrichment culture technique (bifenthrin concentration = 50-800 mg/L) was used for bacterial isolation. Bacteria that showed growth on minimal media with bifenthrin were also sub-cultured on minimal media with cypermethrin. Bacteria showing luxurious growth on both the pyrethroid, were screened out based on their morphological, biochemical parameters and by API 20NE Kit. Phylogenetic studies revealed that, one bacterial isolate (MG04) belonging to Acinetobacter lwoffii and other five bacterial isolates (MG06, MG05, MG01, MG03 and MG02) cluster with Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida respectively. Isolated members of genera Pseudomonas and Acinetobacter could be used for further detailed degradation studies by using FTIR, HPLC-MS or GC-MS analysis.

Os pesticidas piretróides são comumente usados ​​para controle de pragas na agricultura, veterinária e hortas domésticas. Atualmente eles apresentam riscos aumentados para organismos não-alvo associados a seres humanos devido ao seu uso considerável. O presente trabalho analisou o isolamento de bactérias com tolerância a altas concentrações de bifentrina e cipermetrina de solo contaminado. A técnica de cultura de enriquecimento (concentração de bifentrina = 50-800 mg/L) foi utilizada para o isolamento bacteriano. Bactérias que apresentaram crescimento em meio mínimo com bifentrina também foram subcultivadas em meio mínimo com cipermetrina. Bactérias apresentando crescimento luxuoso em ambos os piretróides foram triadas com base em seus parâmetros morfológicos, bioquímicos e pelo Kit API 20NE. Estudos filogenéticos revelaram que, um isolado bacteriano (MG04) pertencente a Acinetobacter lwoffii e outros cinco isolados bacterianos (MG06, MG05, MG01, MG03 e MG02) agrupam-se com Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida respectivamente. Membros isolados dos gêneros Pseudomonas e Acinetobacter podem ser usados ​​para estudos de degradação mais detalhados usando análises de FTIR, HPLC-MS ou GC-MS.

Effect of calcium on Pseudomonas aeruginasa and Bacillus cereus metabolites / Efeito do cálcio nos metabólitos de Pseudomonas aeruginasa e Bacillus cereus

The effects of Calcium (Ca+2) on virulence and some parameters should be analyzed in this study. Pseudomonas aeruginosa Gram (-) and Bacillus cereus Gram (+) were used. Both bacteria are soil bacteria. In this study; the effect of Ca+2 on protease, amylase, LasB elastolytic assay, H2O2, pyorubin and biofilm on metabolites of these bacteria were investigated during 24 hour time. In this study, the effect of Ca+2 on the production of some secondary metabolites on P. aeruginosa and B. cereus was investigated and presented for the first time by us.

Os efeitos do cálcio (Ca+2) na virulência e alguns parâmetros devem ser analisados neste estudo. Pseudomonas aeruginosa Gram (-) e Bacillus cereus Gram (+) foram usados. Ambas as bactérias são bactérias do solo. Neste estudo, o efeito do Ca+2 sobre a protease, amilase, ensaio elastolítico LasB, H2O2, piorubina e biofilme nos metabólitos dessas bactérias foram investigados durante 24 horas. Neste estudo, o efeito do Ca+2 na produção de alguns metabólitos secundários em P. aeruginosa e B. cereus foi investigado e apresentado pela primeira vez por nós.

Influence of the food matrix on dual-species biofilm of Listeria monocytogenes and Pseudomonas fluorescens

In the food industry, the formation of biofilms results in serious microbial recontamination problem. This work aimed to study Listeria sp. obtained from sliced products and food handling surfaces, for the preparation of food of animal origin to be consumed cold. Listeria monocytogenes, Listeria innocua and Listeria seeligeri were detected. In the evaluation of antibiotic susceptibility, the isolates were sensitive to ampicillin and penicillin, which were the main antibiotics used in treatment. The isolates showed the ability to form biofilm in microplate, in stainless steel and polypropylene surfaces, with a variation of sessile cells between 4.29±0.23 and 7.03±0.01 log10 CFU cm-2 in TSBYE. This ability was also observed in food matrix composed of UHT whole milk in mono-species cultivation and in associated cultivation of L. monocytogenes with Pseudomonas fluorescens. The application of sanitizers peracetic acid and sodium hypochlorite revealed efficiency in the eradication of adhered cells and biofilms formed in stainless steel surfaces. Therefore, Listeria sp. showed to be persistent and able to form biofilm in mono-species cultivation or associated with P. fluorescens, under different conditions. Taking these aspects into account, the need for proper hygiene in the food production process is highlighted in order to avoid risks to the consumers health.(AU)

Biodegradation of petroleum by bacteria isolated from fishes of Indian Ocean / Biodegradação do petróleo por bactérias isoladas de peixes do oceano Índico

In this study, oil degrading bacteria discovered from fish living near the oil ports at Karachi in Pakistan were characterized. The bacteria isolated from skin, gills, and gut in fish could consume crude oil as a source of carbon and energy. Total 36 isolates were tested using Nutrient Agar (NA) and MSA media with different crude oil concentrations (0.2%, 0.5%, 0.7%, 1%, 2%, and 5%) and 4 out of 36 isolates (two Gram positive and two Gram negative bacteria) were selected for further identification. 16S rRNA gene sequencing revealed that the isolates are related to Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri and Pseudomonas azotoforman. Oil degrading potential of these bacteria was characterized by GC-MS analysis of degradation of oil components in crude oil as well as engine oil. We found that one (2, 6, 10, 14-Tetramethylpentadecane) out of 42 components in the crude oil was fully eliminated and the other oil components were reduced. In addition, 26 out of 42 oil components in the engine oil, were fully eliminated and the rest were amended. Taken together, these studies identify that B. velezensis, B. flexus, P. brenneri and P. azotoforman have high oil degrading potential, which may be useful for degradation of oil pollutants and other commercial applications.(AU)

Neste estudo, bactérias degradadoras de óleo descobertas em peixes que vivem perto dos portos de petróleo em Karachi, no Paquistão, foram caracterizadas. As bactérias isoladas da pele, guelras e intestinos dos peixes podem consumir petróleo bruto como fonte de carbono e energia. No total, 36 isolados foram testados usando Agar Nutriente (NA) e meio MSA com diferentes concentrações de óleo bruto (0,2%, 0,5%, 0,7%, 1%, 2% e 5%) e 4 de 36 isolados (dois Gram positivos e duas bactérias Gram negativas) foram selecionadas para posterior identificação. O sequenciamento do gene 16S rRNA revelou que os isolados estão relacionados a Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri e Pseudomonas azotoforman. O potencial de degradação do óleo dessas bactérias foi caracterizado pela análise de GC-MS da degradação dos componentes do óleo no óleo cru, bem como no óleo do motor. Descobrimos que um (2, 6, 10, 14-tetrametilpentadecano) de 42 componentes do óleo cru foi totalmente eliminado e os outros componentes do óleo foram reduzidos. Além disso, 26 dos 42 componentes do óleo do motor foram totalmente eliminados e o restante corrigido. Juntos, esses estudos identificam que B. velezensis, B. flexus, P. brenneri e P. azotoforman têm alto potencial de degradação de óleo, o que pode ser útil para a degradação de poluentes de óleo e outras aplicações comerciais.(AU)

Endophytic bacteria Bacillus safensis and Pseudomonas hibiscicola and their ability to increase rice seedling growth

Endophytic bacteria Bacillus safensis RS95 and Pseudomonas hibiscicola RS121 were evaluated for their ability to promote the growth of rice seedlings and produce indole-acetic acid (IAA) and siderophores and to solubilize phosphates. 'Guri' rice seeds were immersed in bacterial endophyte cell suspensions (separated and two-strain mixed), as well as in Escherichia coli DH5α, phosphate-buffered saline (PBS) and water treatments (negative controls). Seeds were sown on agar-water in Petri plates placed vertically at an angle of 65°. The ability of plant growth-promoting endophytic bacteria (PGPEB) to produce IAA and siderophores was determined by Salkowski colorimetric and chrome azurol S (CAS) assays, respectively. Mineral phosphate solubilization activity was calculated by inoculating the endophytes onto medium containing insoluble phosphate. PGPEB showed a positive effect on the growth of rice seedlings, causing a mean growth of shoots and primary-roots of 60 and 67%, respectively. Bacterial strains also showed positive traits for IAA and siderophore production, as well as phosphate-solubilization activity

Biodegradation of petroleum by bacteria isolated from fishes of Indian Ocean / Biodegradação do petróleo por bactérias isoladas de peixes do oceano Índico

In this study, oil degrading bacteria discovered from fish living near the oil ports at Karachi in Pakistan were characterized. The bacteria isolated from skin, gills, and gut in fish could consume crude oil as a source of carbon and energy. Total 36 isolates were tested using Nutrient Agar (NA) and MSA media with different crude oil concentrations (0.2%, 0.5%, 0.7%, 1%, 2%, and 5%) and 4 out of 36 isolates (two Gram positive and two Gram negative bacteria) were selected for further identification. 16S rRNA gene sequencing revealed that the isolates are related to Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri and Pseudomonas azotoforman. Oil degrading potential of these bacteria was characterized by GC-MS analysis of degradation of oil components in crude oil as well as engine oil. We found that one (2, 6, 10, 14-Tetramethylpentadecane) out of 42 components in the crude oil was fully eliminated and the other oil components were reduced. In addition, 26 out of 42 oil components in the engine oil, were fully eliminated and the rest were amended. Taken together, these studies identify that B. velezensis, B. flexus, P. brenneri and P. azotoforman have high oil degrading potential, which may be useful for degradation of oil pollutants and other commercial applications.

Neste estudo, bactérias degradadoras de óleo descobertas em peixes que vivem perto dos portos de petróleo em Karachi, no Paquistão, foram caracterizadas. As bactérias isoladas da pele, guelras e intestinos dos peixes podem consumir petróleo bruto como fonte de carbono e energia. No total, 36 isolados foram testados usando Agar Nutriente (NA) e meio MSA com diferentes concentrações de óleo bruto (0,2%, 0,5%, 0,7%, 1%, 2% e 5%) e 4 de 36 isolados (dois Gram positivos e duas bactérias Gram negativas) foram selecionadas para posterior identificação. O sequenciamento do gene 16S rRNA revelou que os isolados estão relacionados a Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri e Pseudomonas azotoforman. O potencial de degradação do óleo dessas bactérias foi caracterizado pela análise de GC-MS da degradação dos componentes do óleo no óleo cru, bem como no óleo do motor. Descobrimos que um (2, 6, 10, 14-tetrametilpentadecano) de 42 componentes do óleo cru foi totalmente eliminado e os outros componentes do óleo foram reduzidos. Além disso, 26 dos 42 componentes do óleo do motor foram totalmente eliminados e o restante corrigido. Juntos, esses estudos identificam que B. velezensis, B. flexus, P. brenneri e P. azotoforman têm alto potencial de degradação de óleo, o que pode ser útil para a degradação de poluentes de óleo e outras aplicações comerciais.

Biodegradation of petroleum by bacteria isolated from fishes of Indian Ocean / Biodegradação do petróleo por bactérias isoladas de peixes do oceano Índico

In this study, oil degrading bacteria discovered from fish living near the oil ports at Karachi in Pakistan were characterized. The bacteria isolated from skin, gills, and gut in fish could consume crude oil as a source of carbon and energy. Total 36 isolates were tested using Nutrient Agar (NA) and MSA media with different crude oil concentrations (0.2%, 0.5%, 0.7%, 1%, 2%, and 5%) and 4 out of 36 isolates (two Gram positive and two Gram negative bacteria) were selected for further identification. 16S rRNA gene sequencing revealed that the isolates are related to Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri and Pseudomonas azotoforman. Oil degrading potential of these bacteria was characterized by GC-MS analysis of degradation of oil components in crude oil as well as engine oil. We found that one (2, 6, 10, 14-Tetramethylpentadecane) out of 42 components in the crude oil was fully eliminated and the other oil components were reduced. In addition, 26 out of 42 oil components in the engine oil, were fully eliminated and the rest were amended. Taken together, these studies identify that B. velezensis, B. flexus, P. brenneri and P. azotoforman have high oil degrading potential, which may be useful for degradation of oil pollutants and other commercial applications.

Neste estudo, bactérias degradadoras de óleo descobertas em peixes que vivem perto dos portos de petróleo em Karachi, no Paquistão, foram caracterizadas. As bactérias isoladas da pele, guelras e intestinos dos peixes podem consumir petróleo bruto como fonte de carbono e energia. No total, 36 isolados foram testados usando Agar Nutriente (NA) e meio MSA com diferentes concentrações de óleo bruto (0,2%, 0,5%, 0,7%, 1%, 2% e 5%) e 4 de 36 isolados (dois Gram positivos e duas bactérias Gram negativas) foram selecionadas para posterior identificação. O sequenciamento do gene 16S rRNA revelou que os isolados estão relacionados a Bacillus velezensis, Bacillus flexus, Pseudomonas brenneri e Pseudomonas azotoforman. O potencial de degradação do óleo dessas bactérias foi caracterizado pela análise de GC-MS da degradação dos componentes do óleo no óleo cru, bem como no óleo do motor. Descobrimos que um (2, 6, 10, 14-tetrametilpentadecano) de 42 componentes do óleo cru foi totalmente eliminado e os outros componentes do óleo foram reduzidos. Além disso, 26 dos 42 componentes do óleo do motor foram totalmente eliminados e o restante corrigido. Juntos, esses estudos identificam que B. velezensis, B. flexus, P. brenneri e P. azotoforman têm alto potencial de degradação de óleo, o que pode ser útil para a degradação de poluentes de óleo e outras aplicações comerciais.

Characterization of Pseudomonas bacteria of Piper tuberculatum regarding the production of potentially bio-stimulating compounds for plant growth / Caracterização de bactérias Pseudomonas de Piper tuberculatum quanto à produção de compostos potencialmente bioestimulantes para o crescimento de plantas

Despite advances in the identification and characterization of endophytic bacteria in various plant species worldwide, little is known about such microorganisms in plants from the Amazon region. Previous studies reported that Piper tuberculatum endophytic Pseudomonas (isolates Pt12 and Pt13, identified as Pseudomonas putida and Pseudomonas sp., respectively) were able to inhibit the in vitro growth of Fusarium solani f. sp. piperis, which causes root rot in black pepper (Piper nigrum), and that Pt13 promoted the growth of P. nigrum. Therefore, the aim here was to characterize these bacteria regarding their ability to produce plant growth-promoting substances [siderophores, indol acetic acid (IAA) and soluble phosphate]. Chrome azurol S assays were performed for the detection of siderophores. For qualitative and quantitative assays of IAA production and phosphate solubilization, Salkowski´s reagent and NBRIP medium with molybdenum blue reagent, respectively, were used. Results revealed that Pt12 and Pt13 were able to synthesize IAA, mainly under a high concentration of L-tryptophan, indicating that they are IAA-producing bacteria, probably through a tryptophan-dependent biosynthesis pathway. The presence of P. nigrum extract positively influenced the IAA production by Pt12 and Pt13, with highest values of 125 and 90 µg mL-1, respectively. In addition, Pt12 was positive for the production of siderophores and produced 56.56 µg mL-1 of soluble phosphate. In contrast, Pt13 showed no ability to produce siderophores or to solubilize phosphate. Besides their potential in controlling plant diseases, Pt12 and Pt13 have potential as biofertilizers, favoring sustainable agriculture.(AU)

Apesar dos avanços na identificação e caracterização de bactérias endofíticas em espécies vegetais em todo o mundo, pouco se sabe sobre esses microrganismos em plantas da região amazônica. Estudos anteriores mostraram que Pseudomonas de Piper tuberculatum (isolados Pt12 e Pt13, identificados como Pseudomonas putida e Pseudomonas sp., respectivamente) são capazes de inibir Fusarium solani f. sp. piperis, que causa a podridão das raízes da pimenteira-do-reino (Piper nigrum), e que Pt13 promoveu o crescimento de P. nigrum. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar essas bactérias quanto à capacidade de produzir substâncias potencialmente bioestimulantes para o crescimento vegetal [sideróforos, ácido indol acético (AIA) e fosfato solúvel]. Ensaios de Cromo Azurol S foram realizados para detecção de sideróforos. Para os ensaios qualitativos e quantitativos de produção de AIA e solubilização de fosfato, foram utilizados o reagente de Salkowski e o meio NBRIP com azul de molibdênio, respectivamente. Os resultados revelaram que Pt12 e Pt13 sintetizaram AIA, principalmente sob alta concentração de L-triptofano, indicando que provavelmente utilizam uma via de biossíntese dependente deste aminoácido. A presença do extrato de P. nigrum influenciou positivamente a produção de AIA por Pt12 e Pt13, com valores máximos de 125 e 90 µg mL-1, respectivamente. Além disso, Pt12 foi positiva para produção de sideróforos e produziu 56.56 µg.mL-1 de fosfato solúvel. Em contraste, Pt13 não produziu sideróforos, nem solubilizou fosfato. Além do potencial de controle de doenças de plantas, Pt12 e Pt13 têm potencial como biofertilizantes, favorecendo a agricultura sustentável.(AU)

Avaliação da flutuação populacional epifítica de Pseudomonasmarginalis pv.marginalise sua relação com a severidade da queima-bacteriana do alho / Evaluation of epiphytic population floating of Pseudomonas marginalis pv. marginalis and relationship with the severity of bacterial blight of garlic

A cultura do alho é afetada pela queima-bacteriana causada por Pseudomomas marginalis pv. marginalis(Pmm). Com o objetivo de avaliar a relação da flutuação populacional epifítica de Pmm com a severidade da doença, bulbilhos do cultivar “Chonan” foram inoculados com a bactéria diferenciadora mutante a rifampicina (Pmmrf) e semeados a campo. A severidade foi avaliada semanalmente em 100 plantas ao acaso e a população epifítica de Pmmrf das folhas foi diluída em série e depositada em meio de cultura com rifampicina. Após a incubação a 28°C por 48 horas, as colônias de Pmmrfforam contadas. Os dados foram submetidos à correlação de Pearson e avaliada a sua significância pelo teste. A severidade da doença e a população epifítica iniciaram a partir da sétima semana. A severidade final atingiu 67 e 74% no ciclo de 2019 e 2020 respectivamente. A população epifítica quando atingiu a ordem de 105e 106 em cada ano, manteve-se estável até o final do ciclo da cultura. A correlação foi de 0,688 e 0,521 para cada ano, indicando uma correlação moderada e significativa entre a severidade da doença e a população bacteriana. Este trabalho servirá de base epidemiológica e para elaboração de um sistema de previsão para manejo da doença na cultura.

The garlic crop is affected by the bacterial blight caused by Pseudomomas marginalispv. marginalis(Pmm). Here, we evaluate the relationship between the epiphytic population fluctuation of Pmm and the severity of the disease. Cloves of the “Chonan” cultivar were inoculated with the mutant differentiating bacteria rifampicin (Pmmrf). After, they were then sown in the field. The severity was evaluated weekly over 100 random plants and the epiphytic population of Pmmrffrom the leaves was serially diluted and deposited in culture medium containing rifampicin. After incubation at 28 ° C for 48 hours, Pmmrfcolonies were counted. The data were submitted to Pearson's correlation, and its significance was also evaluated. The severity of the disease and the epiphytic population started from the seventh week. The final severity reached 67 and 74% in the 2019 and 2020 cycles, respectively. However, when the epiphytic population reached 105and 106each year, it remained stable until the end of the culture cycle. The Pearson's correlation achieves the 0.688 and 0.521 scores for both selected periods, indicating a moderate and significant correlation between the severity of the disease and the bacterial population. This research helps to elaborate epidemiological protocols and for the elaboration of forecasting systems.

Avaliação da flutuação populacional epifítica de Pseudomonasmarginalis pv.marginalise sua relação com a severidade da queima-bacteriana do alho / Evaluation of epiphytic population floating of Pseudomonas marginalis pv. marginalis and relationship with the severity of bacterial blight of garlic

A cultura do alho é afetada pela queima-bacteriana causada por Pseudomomas marginalis pv. marginalis(Pmm). Com o objetivo de avaliar a relação da flutuação populacional epifítica de Pmm com a severidade da doença, bulbilhos do cultivar “Chonan” foram inoculados com a bactéria diferenciadora mutante a rifampicina (Pmmrf) e semeados a campo. A severidade foi avaliada semanalmente em 100 plantas ao acaso e a população epifítica de Pmmrf das folhas foi diluída em série e depositada em meio de cultura com rifampicina. Após a incubação a 28°C por 48 horas, as colônias de Pmmrfforam contadas. Os dados foram submetidos à correlação de Pearson e avaliada a sua significância pelo teste. A severidade da doença e a população epifítica iniciaram a partir da sétima semana. A severidade final atingiu 67 e 74% no ciclo de 2019 e 2020 respectivamente. A população epifítica quando atingiu a ordem de 105e 106 em cada ano, manteve-se estável até o final do ciclo da cultura. A correlação foi de 0,688 e 0,521 para cada ano, indicando uma correlação moderada e significativa entre a severidade da doença e a população bacteriana. Este trabalho servirá de base epidemiológica e para elaboração de um sistema de previsão para manejo da doença na cultura.(AU)

The garlic crop is affected by the bacterial blight caused by Pseudomomas marginalispv. marginalis(Pmm). Here, we evaluate the relationship between the epiphytic population fluctuation of Pmm and the severity of the disease. Cloves of the “Chonan” cultivar were inoculated with the mutant differentiating bacteria rifampicin (Pmmrf). After, they were then sown in the field. The severity was evaluated weekly over 100 random plants and the epiphytic population of Pmmrffrom the leaves was serially diluted and deposited in culture medium containing rifampicin. After incubation at 28 ° C for 48 hours, Pmmrfcolonies were counted. The data were submitted to Pearson's correlation, and its significance was also evaluated. The severity of the disease and the epiphytic population started from the seventh week. The final severity reached 67 and 74% in the 2019 and 2020 cycles, respectively. However, when the epiphytic population reached 105and 106each year, it remained stable until the end of the culture cycle. The Pearson's correlation achieves the 0.688 and 0.521 scores for both selected periods, indicating a moderate and significant correlation between the severity of the disease and the bacterial population. This research helps to elaborate epidemiological protocols and for the elaboration of forecasting systems.(AU)

Validation of a diagrammatic scale for quantification of bacterial leaf blight (causal agent Pseudomonas avenae) in maize / Validação de escala diagramática para quantificação da mancha bacteriana da folha (causada por Pseudomonas avenae) em milho

Bacterial leaf blight occurs in almost the entire Brazilian territory and can cause significant economic damage. However, its effects can be curtailed with the following tools that aid in quantification for carrying out the best severity assessment that can be applied to the studies used in its control. The objective of this study was to develop and validate a diagrammatic scale to quantify the severity of bacterial leaf blight in maize caused by Pseudomonas avenae. Corn leaves were collected with different levels of disease severity, and the total leaf area as well as the injured area of the middle third of each leaf was measured. From this, the minimum and maximum limits of the disease and, subsequently, four intermediate levels were determined whilst taking into account the law of visual stimulus of WeberFechner. Levels 1.5%, 2.5%, 9%, 18%, 46%, and 70% were selected with validation performed by eight evaluators, four inexperienced and four experienced. These evaluators estimated the severity values, initially without the use of the proposed diagrammatic scale and in a second attempt with the use of the scale. We concluded that it was possible to improve the accuracy and precision of the evaluators when they used the scale as a tool to assess the severity of bacterial leaf blight on corn leaves.(AU)

A mancha bacteriana da folha ocorre em praticamente todo o território brasileiro e pode causar perdas econômicas significativas sendo necessárias ferramentas que auxiliem na sua quantificação a fim de realizar melhor avaliação de severidade podendo contribuir em estudos visando seu controle. Diante do exposto, o objetivo deste estudo foi desenvolver e validar a escala diagramática para quantificação da severidade da mancha bacteriana da folha em milho causada por Pseudomonas avenae. Foram coletada folhas de milho apresentando diferentes níveis de severidade da doença, e mediu-se a área foliar total e a área lesionada do terço médio de cada uma das folhas, determinando-se os limites mínimo e máximo da doença, e, posteriormente, os quatro níveis intermediários levando em consideração a lei do estímulo visual de Weber-Fechner. Foram selecionados os níveis 1,5%, 2,5%, 9%, 18%, 46%, e 70%, sendo a validação realizada por oito avaliadores, quatro inexperientes e quatro experientes, que estimaram os valores de severidade inicialmente sem a utilização da escala diagramática proposta, e num segundo momento com a utilização da escala. Conclui-se que foi possível melhorar a acurácia e a precisão dos avaliadores quando estes utilizaram a escala como ferramenta para avaliação de severidade para mancha bacteriana da folha do milho.(AU)

Detection of Pseudomonas sp. in pirarucu (Arapaima gigas): a case report in the Western Amazon / Detecção dePseudomonas sp.em pirarucu (Arapaima gigas): um relato de caso na Amazônia Ocidental

Pirarucu (Arapaima gigas) is one of the most important fish in Amazonian fish farming. However, information about its nutritional, zootechnical and microbiological aspects is still scarce. This is especially true for the juvenile phase due to high mortality rates caused by malnutrition, difficulties in food training, endo and ectoparasite infestations, which in turn lead to immunosuppression, favoring secondary bacterial infections that may be present due to various environmental factors (e.g., sudden temperature variations, water acidity and pollution of the aquatic environment) and the status of fish. The Pseudomonas sp. species studied in this work is part of the aquatic ecosystem and is considered a contaminant or invader because it infects a wide variety of aquatic species, including pirarucu. Given this assumption, the objective of the study was to report a case of Pseudomonas sp. in the viscera and dorsum of a juvenile pirarucu Arapaima gigas (SCHINZ, 1822) detected through bacteriological analysis. In the fish production chain in the Western Amazon, pirarucu is one of the most prominent fish species because of its high zootechnical performance in terms of weight gain and commercial value. However, one of the biggest obstacles in its production chain occurs during the juvenile phase, with high mortality rates caused by mainly bacterial infections, leading to economic

O pirarucu (Arapaima gigas)é um dos peixes de maior interesse para piscicultura amazônica. No entanto, os conhecimentos sob os aspectos nutricional, zootécnico e microbiológico desse peixe ainda são escassos. Sobretudo, na fase juvenil, porque nessa fase ocorrem altas taxas de mortalidade porque são mais susceptíveis à desnutrição, dificuldades no treinamento alimentar, infestações por endo e ectoparasitas, que por sua vez, ocasionam imunossupressão, favorecendo infecções bacterianas secundárias que podem estar presentes em virtude de diversos fatores ambientais e estado imunológico dos peixes. São exemplos, variações bruscas de temperatura, acidez da água e poluição do ambiente aquático. A espécie Pseudomonas sp. estudada nesse trabalho faz parte do ecossistema aquático, sendo considerada como contaminante ou um invasor, porque infecta grande variedade de espécies aquáticas, inclusive o pirarucu. Diante do pressuposto, o objetivo do trabalho foi relatar o caso de detecção de Pseudomonas sp.em vísceras e dorso do pirarucu Arapaima gigas(SCHINZ, 1822) juvenil por meio de análise bacteriológica. Na cadeia produtiva do pescado na Amazônia Ocidental, o pirarucu é um dos peixes de destaque por ser uma espécie com alto desempenho zootécnico em ganho de peso e valor comercial. Porém, um dosmaiores empecilhos da cadeia produtiva se encontra na fase juvenil da espécie havendo altos índices de mortalidade ocasionados por infecções principalmente de origem bacteriana levando a percas econômicas a piscicultura. Neste estudo detectou-se Pseudomonas sp.em amostra de dorso e vísceras de pirarucu em uma piscicultura no município de Ouro Preto do Oeste, Rondônia, Brasil.

Detection of Pseudomonas sp. in pirarucu (Arapaima gigas): a case report in the Western Amazon / Detecção dePseudomonas sp.em pirarucu (Arapaima gigas): um relato de caso na Amazônia Ocidental

Pirarucu (Arapaima gigas) is one of the most important fish in Amazonian fish farming. However, information about its nutritional, zootechnical and microbiological aspects is still scarce. This is especially true for the juvenile phase due to high mortality rates caused by malnutrition, difficulties in food training, endo and ectoparasite infestations, which in turn lead to immunosuppression, favoring secondary bacterial infections that may be present due to various environmental factors (e.g., sudden temperature variations, water acidity and pollution of the aquatic environment) and the status of fish. The Pseudomonas sp. species studied in this work is part of the aquatic ecosystem and is considered a contaminant or invader because it infects a wide variety of aquatic species, including pirarucu. Given this assumption, the objective of the study was to report a case of Pseudomonas sp. in the viscera and dorsum of a juvenile pirarucu Arapaima gigas (SCHINZ, 1822) detected through bacteriological analysis. In the fish production chain in the Western Amazon, pirarucu is one of the most prominent fish species because of its high zootechnical performance in terms of weight gain and commercial value. However, one of the biggest obstacles in its production chain occurs during the juvenile phase, with high mortality rates caused by mainly bacterial infections, leading to economic

O pirarucu (Arapaima gigas)é um dos peixes de maior interesse para piscicultura amazônica. No entanto, os conhecimentos sob os aspectos nutricional, zootécnico e microbiológico desse peixe ainda são escassos. Sobretudo, na fase juvenil, porque nessa fase ocorrem altas taxas de mortalidade porque são mais susceptíveis à desnutrição, dificuldades no treinamento alimentar, infestações por endo e ectoparasitas, que por sua vez, ocasionam imunossupressão, favorecendo infecções bacterianas secundárias que podem estar presentes em virtude de diversos fatores ambientais e estado imunológico dos peixes. São exemplos, variações bruscas de temperatura, acidez da água e poluição do ambiente aquático. A espécie Pseudomonas sp. estudada nesse trabalho faz parte do ecossistema aquático, sendo considerada como contaminante ou um invasor, porque infecta grande variedade de espécies aquáticas, inclusive o pirarucu. Diante do pressuposto, o objetivo do trabalho foi relatar o caso de detecção de Pseudomonas sp.em vísceras e dorso do pirarucu Arapaima gigas(SCHINZ, 1822) juvenil por meio de análise bacteriológica. Na cadeia produtiva do pescado na Amazônia Ocidental, o pirarucu é um dos peixes de destaque por ser uma espécie com alto desempenho zootécnico em ganho de peso e valor comercial. Porém, um dosmaiores empecilhos da cadeia produtiva se encontra na fase juvenil da espécie havendo altos índices de mortalidade ocasionados por infecções principalmente de origem bacteriana levando a percas econômicas a piscicultura. Neste estudo detectou-se Pseudomonas sp.em amostra de dorso e vísceras de pirarucu em uma piscicultura no município de Ouro Preto do Oeste, Rondônia, Brasil.(AU)

Intercropping of wheat changed cucumber rhizosphere bacterial community composition and inhibited cucumber Fusarium wilt disease

Enhancing the plant rhizosphere microbial community function by increasing plant diversity in the field is a promising strategy for enhancing agricultural sustainability. This study evaluated the effectiveness of the intercropping of wheat in controlling cucumber Fusarium wilt disease. Bacterial community diversity and abundance in cucumber rhizosphere were estimated by high-throughput amplicon sequencing and quantitative polymerase chain reaction (PCR). Results showed that the intercropping of wheat inhibited the severity of cucumber seedling Fusarium wilt disease, increased the alpha diversity and altered the composition of the bacterial community in cucumber rhizosphere. Compared with monocropped cucumber, intercropped cucumber had higher relative abundances of Anaerolineae, Deltaproteobacteria, Phycisphaerae and Planctomycetacia, and lower Alphaproteobacteria and Cyanobacteria. Moreover, the intercropping of wheat promoted bacterial genera with plant-beneficial potential (e.g. Pseudomonas, Haliangium and Archangium spp.) in cucumber rhizosphere. Quantitative PCR confirmed that Pseudomonas spp. abundance was higher in intercropped cucumber rhizosphere than in monocropped cucumber rhizosphere. Overall, the intercropping of wheat decreased the severity of Fusarium wilt of cucumber and promoted potential plant-beneficial microbes in cucumber rhizosphere.

Intercropping of wheat changed cucumber rhizosphere bacterial community composition and inhibited cucumber Fusarium wilt disease

Enhancing the plant rhizosphere microbial community function by increasing plant diversity in the field is a promising strategy for enhancing agricultural sustainability. This study evaluated the effectiveness of the intercropping of wheat in controlling cucumber Fusarium wilt disease. Bacterial community diversity and abundance in cucumber rhizosphere were estimated by high-throughput amplicon sequencing and quantitative polymerase chain reaction (PCR). Results showed that the intercropping of wheat inhibited the severity of cucumber seedling Fusarium wilt disease, increased the alpha diversity and altered the composition of the bacterial community in cucumber rhizosphere. Compared with monocropped cucumber, intercropped cucumber had higher relative abundances of Anaerolineae, Deltaproteobacteria, Phycisphaerae and Planctomycetacia, and lower Alphaproteobacteria and Cyanobacteria. Moreover, the intercropping of wheat promoted bacterial genera with plant-beneficial potential (e.g. Pseudomonas, Haliangium and Archangium spp.) in cucumber rhizosphere. Quantitative PCR confirmed that Pseudomonas spp. abundance was higher in intercropped cucumber rhizosphere than in monocropped cucumber rhizosphere. Overall, the intercropping of wheat decreased the severity of Fusarium wilt of cucumber and promoted potential plant-beneficial microbes in cucumber rhizosphere.(AU)

Chemical characterization and in vitro antimicrobial activity of honeybee propolis and Scaptotrigona jujuyensis geopropolis against tomato pathogenic bacteria / Caracterização química e atividade antimicrobiana in vitro de própolis de abelhas e de geoprópolis de Scaptotrigona jujuyensis contra bactérias patogênicas do tomate

The antimicrobial activity of four concentrations of hydroalcoholic extracts from honeybee propolis and Scaptotrigona jujuyensis geopropolis was screened in vitro against five tomato pathogenic bacteria. The agar-well diffusion method was used and the tested bacteria were Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Xanthomonas gardneri, Xanthomonas vesicatoria, Pseudomonas corrugata, and Pseudomonas mediterranea. The main chemical characteristics of propolis and geopropolis, including the polyphenol profile through HPLC-DAD, were also determined. Geopropolis raw sample presented higher values of moisture (7.78%), waxes (50.79%) and ashes (3.69%) than propolis (4.59%, 31.16% and 2.42% respectively). The total polyphenol content and the dry extract were higher in propolis hydroalcoholic extract (3.83 mg eq galic acid mL-1 and 7.87%, respectively) than in the extract of geopropolis (0.16 mg eq galic acid mL-1 and 0.15%, respectively). Chromatographic analysis confirmed the presence of caffeic acid, quercetin, 1,5,7-trihydroxy-flavanone, apigenin, pinobanksin, chrysin, pinocembrin, and galangin in both extracts. The antimicrobial assay showed significant differences between the hydroalcoholic extract activities, as well as between the sensitivity of the tested bacteria. Propolis hydroalcoholic extract dilutions had an inhibitory effect over four of the five tested bacteria, while geopropolis hydroalcoholic extract dilutions were only effective against C. michiganensis subsp. michiganensis, and to a lesser extent. The sequence of bacteria sensitivity to propolis treatments was: C. michiganensis subsp. michiganensis > X. gardneri > X. vesicatoria > P. corrugata. Pseudomonas mediterranea was not sensitive to any of the hydroalcoholic extracts. The antimicrobial activity of both extracts was dose-dependent where the most concentrated treatments were the most effective (15.0 mg mL−1 of geopropolis and 78.7 mg mL−1 of propolis dry extract, respectively). The polyphenol content and the HPLC-DAD profile of the hydroalcoholic extracts disclosed differences in chemical composition that helped to explain the outcomes of the in vitro assay. These results are a contribution to the characterization of bee bioactive products, specifically to propolis and geopropolis. This study indicates the likelihood of using propolis as a non-conventional strategy to control tomato bacterial diseases.(AU)

A atividade antimicrobiana de quatro concentrações de extratos hidroalcoólicos de própolis de abelha e de geoprópolis de Scaptotrigona jujuyensis foi avaliada in vitro contra cinco bactérias patogênicas do tomate. Foi utilizado o método de difusão em ágar e as bactérias testadas foram Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Xanthomonas gardneri, Xanthomonas vesicatoria, Pseudomonas corrugata, e Pseudomonas mediterranea. As principais características químicas da própolis e da geoprópolis, incluindo o perfil de polifenóis por meio de HPLC-DAD, foram também determinados. A amostra bruta de geoprópolis apresentou mais altos valores de umidade (7,78%), ceras (50,79%) e cinzas (3,69%) do que a amostra de própolis (4,59%, 31,16% e 2,42%, respectivamente). O conteúdo de fenólicos totais e do extrato seco foi superior no extrato hidroalcoólico de própolis (3,83 mg eq ácido gálico ml-1 e 7,87%, respectivamente) do que no extrato hidroalcoólico de geoprópolis (0,16 mg eq ácido gálico ml-1 e 0,15%, respectivamente). A análise cromatográfica confirmou a presença de ácido cafeico, quercetina, 1,5,7-tri-hidroxi-flavanona, apigenina, pinobaksina, crisina, pinocembrina, e galangina em ambos os extratos. O ensaio antibacteriano mostrou diferenças significativas entre as atividades dos extratos hidroalcoólicos assim como entre a sensibilidade das bactérias testadas. As diluições do extrato hidroalcoólico de própolis tiveram efeito inibitório sobre quatro das cinco bactérias testadas enquanto as diluições do extrato hidroalcoólico de geoprópolis foram eficientes somente contra C. michiganensis subsp. michiganensis e em menor extensão. A sequência de sensibilidade das bactérias aos tratamentos com própolis foi: C. michiganensis subsp. michiganensis > X. gardneri > X. vesicatoria > P. corrugata. Pseudomonas mediterranea não foi sensível a nenhum dos extratos hidroalcoólicos. A atividade antibacteriana de ambos os extratos foi dependente da dose, sendo que os tratamentos com maior concentração foram os mais efetivos (15,0 mg mL-1 de geoprópolis e 78,7 mg mL-1 de própolis, extrato seco, respectivamente). O conteúdo de polifenóis e o perfil HPLC-DAD dos extratos hidroalcoólicos mostraram diferenças na composição química, as quais podem ajudar a explicar os resultados do ensaio in vitro. Estes resultados contribuem para a caracterização de produtos bioativos de abelhas, especificamente própolis e geoprópolis. O presente estudo indica a possibilidade de usar própolis como uma estratégia não-convencional para controlar doenças do tomate causadas por bactérias.(AU)

In-depth genomic characterization of a meropenem-nonsusceptible Pseudomonas otitidis strain contaminating chicken carcass

Background: The indiscriminate use of antibiotics in food-animal production has a major impact on public health, particularly in terms of contributing to the emergence and dissemination of antimicrobial resistant bacteria in the food-animal production chain. Although Pseudomonas species are recognized as important spoilage organisms in foodstuff, they are also known as opportunistic pathogens associated with hospital-acquired infections. Furthermore, Pseudomonas can play a role as potential reservoirs of antimicrobial resistance genes, which may be horizontally transferred to other bacteria. Considering that cephalosporins (3rd and higher generations) and carbapenems are critically important beta-lactam antimicrobials in human medicine, this study reports the occurrence and genomic characterization of a meropenem-nonsusceptible Pseudomonas otitidis strain recovered from a chicken carcass in Brazil. Materials, Methods & Results: During the years 2018-2019, 72 frozen chicken carcasses were purchased on the retail market from different regions in Brazil. Aliquots from individual carcass rinses were screened for Extended Spectrum Beta-lactamase (ESBL)-producing bacteria in MacConkey agar supplemented with 1mg.L-1 cefotaxime. Phenotypically resistant isolates were further tested for resistance to other antimicrobials and confirmed as ESBL-producers by means of disk-diffusion method using Müller-Hinton agar. Only one meropenen-nonsusceptible isolate was detected and submitted to whole genome sequencing (WGS) in Illumina Miseq. The strain was identified as Pseudomonas otitidis by local alignment of the 16S rRNA sequence using BLASTn and confirmed by Average Nucleotide Identity (ANI) analysis using JspeciesWS database. Genes encoding for antimicrobial resistance were detected by means...