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1.
Ciênc. rural (Online) ; 53(7): e20220043, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS-Express | VETINDEX | ID: biblio-1404282

Resumo

ABSTRACT: The development process of a new wheat cultivar requires time between obtaining the base population and selecting the most promising line. Estimating genetic parameters more accurately in early generations with a view to anticipating selection means important advances for wheat breeding programs. Thus, the present study estimated the genetic parameters of F2 populations of tropical wheat and the genetic gain from selection via the Bayesian approach. To this end, the authors assessed the grain yield per plot of 34 F2 populations of tropical wheat. The Bayesian approach provided an adequate fit to the model, estimating genetic parameters within the parametric space. Heritability (h2) was 0.51. Among those selected, 11 F2 populations performed better than the control cultivars, with genetic gain of 7.80%. The following populations were the most promising: TbioSossego/CD 1303, CD 1303/TbioPonteiro, BRS 254/CD 1303, Tbio Duque/Tbio Aton, and Tbio Aton/CD 1303. Bayesian inference can be used to significantly improve tropical wheat breeding programs.


RESUMO: O processo de desenvolvimento de uma nova cultivar de trigo requer tempo entre a obtenção da população base e a seleção da linhagem mais promissora. Estimar parâmetros genéticos com mais precisão nas primeiras gerações com vistas a antecipar a seleção significa avanços importantes para os programas de melhoramento de trigo. Assim, o presente estudo estima os parâmetros genéticos de populações F2 de trigo tropical e o ganho genético da seleção via abordagem Bayesiana. Para tanto, os autores avaliaram a produtividade de grãos por parcela de 34 populações F2 de trigo tropical. A abordagem Bayesiana proporcionou um ajuste adequado ao modelo, estimando parâmetros genéticos dentro do espaço paramétrico. A herdabilidade (h2) foi de 0,51. Dentre as selecionadas, 11 populações F2 obtiveram desempenho superior às cultivares controle, com ganho genético de seleção de 7,80%. As seguintes populações foram as mais promissoras: Tbio Sossego/CD 1303, CD 1303/Tbio Ponteiro, BRS 254/CD 1303, Tbio Duque/Tbio Aton e Tbio Aton/CD 1303. A inferência Bayesiana pode ser usada para melhorar significativamente programas de melhoramento de trigo tropical.

2.
Pap. avulsos zool ; 63: e202363010, 2023. mapas, tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1424795

Resumo

Herein, we first report the comprehensive description of the terrestrial slug, Sarasinula plebeia (Gastropoda: Veronicellidae) by employing morphology, morpho­taxometrics and molecular analysis. A rapid survey on terrestrial slug inva­sive alien species (IAS) was conducted in La Dicha, Malangas, Zamboanga Sibugay, the Philippines. Obtained COI gene sequenc­es shared 100% similarities to S. plebeia from Brazil (JX532107, KM489378), Dominica (KM489500) and Vietnam (KM489367) and further supported using Bayesian analysis thus designated as S. plebeia isolate LDZS. Notably, the first reported S. plebe-ia in 2013 from Batan island, Batanes, northern Philippines, characterized through COI gene markers (JQ582277, JQ582278, JQ582279) showed 100% sequence similarities to a closely related veronicellid slug, Laevecaulisalte isolates (LC636101, LC636102, LC636103, and LC636104) from Japan. Taken this into account, our S. plebeia LDZS isolated from an agricultural field is the first report in the Philippines with combined diagnostic tools for the taxon.(AU)


Assuntos
Animais , Teorema de Bayes , Gastrópodes/anatomia & histologia , Gastrópodes/genética , Filipinas , Marcadores Genéticos , Espécies Introduzidas
3.
Braz. j. biol ; 83: e249756, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1345533

Resumo

Abstract Ri chicken is the most popular backyard chicken breed in Vietnam, but little is known about the growth curve of this breed. This study compared the performances of models with three parameters (Gompertz, Brody, and Logistic) and models containing four parameters (Richards, Bridges, and Janoschek) for describing the growth of Ri chicken. The bodyweight of Ri chicken was recorded weekly from week 1 to week 19. Growth models were fitted using minpack.lm package in R software and Akaike's information criterion (AIC), Bayesian information criterion (BIC), and root mean square error (RMSE) were used for model comparison. Based on these criteria, the models having four parameters showed better performance than the ones with three parameters, and the Richards model was the best one for males and females. The lowest and highest value of asymmetric weights (α) were obtained by Bridges and Brody models for each of sexes, respectively. Age and weight estimated by the Richard model were 8.46 and 7.51 weeks and 696.88 and 487.58 g for males and for females, respectively. Differences in the growth curves were observed between males and female chicken. Overall, the results suggested using the Richards model for describing the growth curve of Ri chickens. Further studies on the genetics and genomics of the obtained growth parameters are required before using them for the genetic improvement of Ri chickens.


Resumo O frango Ri é a raça de frango de quintal mais popular do Vietnã, mas pouco se sabe sobre a curva de crescimento dessa raça. Este estudo comparou o desempenho de modelos com três parâmetros (Gompertz, Brody e Logistic) e modelos contendo quatro parâmetros (Richards, Bridges e Janoschek) para descrever o crescimento do frango Ri. O peso corporal do frango Ri foi registrado semanalmente da semana 1 à semana 19. Os modelos de crescimento foram ajustados usando o pacote minpack.lm no software R e o critério de informação de Akaike (AIC); critério de informação bayesiano (BIC) e erro quadrático médio (RMSE) foram usados ​​para comparação de modelos. Com base nesses critérios, os modelos com quatro parâmetros apresentaram melhor desempenho do que os com três parâmetros, sendo o modelo de Richards o melhor para homens e mulheres. O menor e o maior valor dos pesos assimétricos (α) foram obtidos pelos modelos Bridges e Brody para cada um dos sexos, respectivamente. A idade e o peso estimados pelo modelo de Richard foram de 8,46 e 7,51 semanas e 696,88 e 487,58 g para homens e mulheres, respectivamente. Diferenças nas curvas de crescimento foram observadas entre frangos machos e fêmeas. No geral, os resultados sugeriram o uso do modelo de Richards para descrever a curva de crescimento de frangos Ri. Mais estudos sobre a genética e genômica dos parâmetros de crescimento obtidos são necessários antes de usá-los para o melhoramento genético de frangos Ri.


Assuntos
Humanos , Animais , Masculino , Feminino , Galinhas , Modelos Teóricos , Peso Corporal , Teorema de Bayes , Povo Asiático , Modelos Biológicos
4.
Vet. zootec ; 30: [001-011], 2023. tab, graf, tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: biblio-1434185

Resumo

A agressividade e o medo são repertórios conhecidos do comportamento canino. Este estudo teve como objetivo principal avaliar a associação entre a agressividade e o medo em cães e como estas características variaram entre diversas raças de cães. Tratou-se de um estudo transversal com dados de 27541 cães, obtidos do Dog Aging Project2020, disponibilizado pela University of Washington, nos Estados Unidos. Dois constructos foram desenvolvidos a partir da teoria de resposta ao item: índice de agressividade e índice de medo. A partir das medianas, as razões de prevalência entre cães com índice de agressividade acima e abaixo da média foram ajustadas pelo modelo de regressão linear generalizada bayesiana. Baseado nos resultados, 43,8% (ICmdp95%: 43,3-44,4) dos cães tinham agressividade acima da média. Após ajuste do modelo regressivo, uma maior prevalência de cães com agressividade acima da média foi associada com os cães machos, castrados e de pequeno porte, especialmente quando o medo acima da média esteve envolvido. O contrário aconteceu para cães idosos e de raça pura com prevalência significativamente menor de cães com agressividade acima da média. Quatro grupos de características comportamentais foram apresentadas entre as raças avaliadas: cães mais agressivos e mais medrosos, menos agressivos e menos medrosos, e as duas discordantes. A principal conclusão deste estudo foi que cães com agressividade acima da média foram associados com o medo acima da média.(AU)


Aggression and fear are known repertoires of canine behavior. This study aimed to evaluate the association between aggressiveness and fear in dogs and how these characteristics varied among different breeds of dogs. This was a cross-sectional study with data from 27541 dogs, obtained from the Dog Aging Project 2020, available by the University of Washington, in the United States. Two constructs were developed fromthe item response theory: aggressiveness and fear index. From the medians, the prevalence ratios between dogs with above and below average aggressiveness index were adjusted by the Bayesian generalized linear regression model. Based on the results, 43.8% (CI 95%: 43.3-44.4) of the dogs had above-average aggressiveness. After adjusting for the regression model, a higher prevalence of dogs with above-average aggressiveness was associated with male, neutered and small dogs, especially when above-average fear was involved. The opposite happened for older and purebred dogs with a significantly lower prevalence of dogs with above-average aggressiveness. Four groups of behavioral characteristics were presented among the evaluated breeds: more aggressive and more fearful dogs, less aggressive and less fearful, and the two discordant ones. The main conclusion of this study was that dogs with above-average aggressiveness were associated with above-average fear.(AU)


La agresión y el miedo son repertorios conocidos del comportamiento canino. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la asociación entre la agresión y el miedo en los perros y cómo estas características varían entre las diferentes razas de perros. Este fue un estudio transversal con datos de 27541 perros, obtenidos del Dog Aging Project 2020, puesto a disposición por la University of Washington, en los Estados Unidos. Se desarrollaron dos constructos a partir de la teoría de respuesta al ítem: índice de agresión e índice de miedo. A partir de las medianas, las razones de prevalencia entre perros con un índice de agresión por encima y por debajo del promedio se ajustaron mediante el modelo de regresión linealgeneralizada bayesiana. Según los resultados, el 43,8% (ICmdp95%: 43,3-44,4) de los perros tenían una agresión superior al promedio. Después de ajustar el modelo de regresión, se asoció una mayor prevalencia de perros con agresividad superior a la media con perros machos, castrados y pequeños, especialmente cuando se trataba de un miedo superior a la media. Ocurrió lo contrario para los perros mayores y de raza pura con una prevalencia significativamente menor de perros con agresividad por encima del promedio. Se presentaron cuatro grupos de características comportamentales entre las razas evaluadas: perros más agresivos y más temerosos, menos agresivos y menos temerosos, y los dos discordantes. La principal conclusión de este estudio fue que los perros conagresividad superior al promedio estaban asociados con un miedo superior al promedio.(AU)


Assuntos
Animais , Masculino , Comportamento Animal , Cães , Agressão , Medo
5.
Braz. j. biol ; 83: e252656, 2023. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1345534

Resumo

Abstract The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.


Resumo O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados ​​no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.


Assuntos
Humanos , Artemisia/genética , Filogenia , Turquia , Teorema de Bayes , Hibridização Genética
6.
Ciênc. anim. bras. (Impr.) ; 24: 75081, 2023. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1439860

Resumo

The use of morphological traits assessed using visual scores as indirect selection criteria in cattle has the advantage of evaluating young animals regarding potential productive and reproductive performance. This enables breeders to make earlier decisions compared to later measurements, such as scrotal circumference at 450 days (SC450) and stayability (STAY). The aim of this study was to estimate the genetic parameters for visual score traits and their associations with reproductive traits: scrotal circumference at 365 days of age (SC365), SC450, STAY, probability of precocious calving (PPC30) and age at first calving (AFC) in Nellore cattle. Visual score data from 4,175 Nellore cattle, with an average age of 22 months, and reproductive data from 3,075 cattle belonging to the HoRa Genetics Provada herd were used. The morphological traits were evaluated by the MERCOS methodology. The heritability estimates obtained ranged from 0.15 to 0.28 for visual scores and 0.10 to 0.54 for reproductive traits. Genetic correlations between visual scores and reproductive traits were generally low, except between: muscularity and PPC30; structure and STAY; racial and SC450; conformation and SC365, SC450, STAY, and AFC; navel and STAY and AFC; and sacrum and SC365, STAY, and AFC, which were moderate to high. The identification of animals with flat sacral bone (not protruding or sloping) can also be an efficient characteristic in the identification for early pregnancy, and together with the musculature score, they can be related to animals with lower age at the first calving.(AU)


A utilização de características morfológicas de bovinos, pelo uso de escores visuais como critério de seleção indireta tem como vantagem a avaliação em animais jovens quanto ao potencial desempenho produtivo e reprodutivo, antecipando a tomada de decisão em comparação a medidas tomadas de forma tardia, como perímetro escrotal aos 450 dias (PE450) e stayability (STAY). Objetivou-se estimar os parâmetros genéticos para características de escores visuais e a associação dessas com características reprodutivas, perímetro escrotal aos 365 (PE365) dias de idade, PE450, STAY, probabilidade de parto precoce (3P) e idade ao primeiro parto (IPP) em bovinos Nelore. Foram utilizadas informações de escores visuais e de reprodução de 4.175 e 3.075 bovinos, respectivamente, com idade média de 22 meses, pertencentes a fazenda HoRa Genética Provada. As características morfológicas foram avaliadas pela metodologia MERCOS. As estimativas de herdabilidade obtidas apresentam grande amplitude, variando de 0,15 a 0,28 para escores visuais e 0,10 a 0,54 para características reprodutivas. As correlações genéticas entre característica de escores visuais e reprodução foram, de maneira geral baixas (0.03-0.66), com exceção entre a musculosidade e 3P, estrutura e STAY, racial e PE450, conformação com PE365, PE450, STAY e IPP, ônfalo com STAY e IPP, e sacro com PE365, STAY e IPP, que foram moderadas a altas. A identificação de animais com melhor osso sacro (mesmo nível das ancas), ou seja, não saliente ou inclinado pode ser uma característica eficiente na identificação para prenhez precoce, e juntamente ao escore de musculatura poderão ser relacionados a animais com menor idade ao primeiro parto.(AU)


Assuntos
Animais , Puberdade Precoce , Bovinos/genética , Teorema de Bayes , Fenômenos Reprodutivos Fisiológicos
7.
Braz. j. biol ; 832023.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1469200

Resumo

Abstract The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.


Resumo O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.

8.
Ciênc. rural (Online) ; 53(11): e20220432, 2023. tab, ilus, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1427324

Resumo

Leaf area of dried Flue-cured tobacco is a reflection of climate and stage of growth of fresh tobacco in field; it also serves as the foundation for calculating a number of significant physical properties of tobacco. So the purpose of this paper was to establish a model to estimate the leaf area of dried Flue-cured tobacco in China from linear dimensions. Three Hundred eight tobacco leaves from different growing area and stalk position were sampled randomly and separated for model selection among linear, proportional and power model type and external evaluation individually. Results showed that there was a significant and strong correlation between leaf area and length×width , The equation LA = 0.495(L×W), where LA is the leaf area and L×W is the product of leaf length and width, was optimum and adequate for the estimation of leaf area of dried tobacco in China examined by Fisher's test, Akaike delta information criterion (AIC) and Bayesian information criterion (BIC). Growing area and stalk position had minor effect on the parameter before (L×W). The equation can sufficiently predict the area of leaf for external evaluation.


A área foliar do tabaco curado pelo Flue seco é um reflexo do clima e do estágio de crescimento do tabaco fresco no campo; também serve como base para o cálculo de várias propriedades físicas significativas do tabaco. Portanto, o objetivo deste artigo foi estabelecer um modelo para estimar a área foliar do tabaco curado por Flue seco na China a partir de dimensões lineares. Foram amostradas aleatoriamente 308 folhas de tabaco de diferentes áreas de cultivo e posição do colmo e separadas para seleção de modelos entre tipo linear, proporcional e de potência e avaliação externa individualmente. Os resultados mostraram que houve uma correlação significativa e forte entre área foliar e comprimento×largura. A equação LA = 0,495 (L×W), em que LA é a área foliar e L×W é o produto do comprimento e largura da folha, ótima e adequada para a estimativa da área foliar de tabaco seco na China examinada pelo teste de Fisher, critério de informação delta de Akaike (AIC) e critério de informação bayesiana (BIC). A área de cultivo e a posição do caule tiveram efeito menor no parâmetro antes (C×L). A equação pode prever suficientemente a área da folha para avaliação externa.


Assuntos
Nicotiana/anatomia & histologia , Nicotiana/crescimento & desenvolvimento , Modelos Lineares , Desenvolvimento Vegetal
9.
Braz. j. biol ; 83: 1-10, 2023. tab, ilus
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1468984

Resumo

The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.


O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.


Assuntos
Artemisia/classificação , Artemisia/genética
10.
Braz. J. Biol. ; 83: 1-10, 2023. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-765561

Resumo

The genus Artemisia L. of the family Asteraceae is systematically very complex. The aim of this study was to evaluate taxonomic positions of taxa of the subgenus Artemisia belonging to the genus Artemisia in Turkey using some molecular techniques. In this molecular study, 44 individuals belong to 14 species of the subgenus Artemisia were examined. Analyses were performed on the combined dataset using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference and Molecular parameters obtained from co-evaluations of sequences of the psbA-trnH, ITS and ETS regions of examined individuals were used in the phylogenetic tree drawing. According to the results of this study, two molecular groups have been formed based on the DNA sequence similarity of the species, but there are no obvious morphological characters corresponding to two molecular groups. There is no also agreement between the two molecular groups and the two morphological groups formed according to the hairiness condition of the receptacle of species. Due to the lack of molecular significance of their receptacles with or without hair, dividing of the subgenus Artemisia species into new subgenera or sections was not considered appropriate. Likewise, it has been found that with or without hair on the corolla lobes of the central hermaphrodite disc flowers have no molecular significance. It was found that there were no gene flow and hybridization between the 14 species of the subgenus Artemisia and these 14 species were found completed their speciation. This study is important as it is the first molecular based study relating with belong to subgenus Artemisia species growing naturally in Turkey. In addition, new haplotypes related to the populations of Turkey belonging to the subgenus Artemisia taxa were reported by us for the first time and added to the GenBank database.(AU)


O gênero Artemisia L. da família Asteraceae é sistematicamente muito complexo. O objetivo deste estudo foi avaliar as posições taxonômicas de táxons do subgênero Artemisia pertencentes ao gênero Artemisia na Turquia usando algumas técnicas moleculares. Neste estudo molecular, 44 indivíduos pertencentes a 14 espécies do subgênero Artemisia foram examinados. As análises foram realizadas no conjunto de dados combinado usando máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana e parâmetros moleculares obtidos a partir de coavaliações de sequências das regiões psbA-trnH, ITS e ETS de indivíduos examinados foram usados no desenho da árvore filogenética. De acordo com os resultados deste estudo, dois grupos moleculares foram formados com base na similaridade da sequência de DNA das espécies, mas não há caracteres morfológicos óbvios correspondentes a dois grupos moleculares. Também não há concordância entre os dois grupos moleculares e os dois grupos morfológicos formados de acordo com a condição de pilosidade do receptáculo da espécie. Devido à falta de significado molecular de seus receptáculos com ou sem cabelo, a divisão das espécies do subgênero Artemisia em novos subgêneros ou seções não foi considerada apropriada. Da mesma forma, verificou-se que com ou sem cabelo nos lobos da corola das flores do disco hermafrodita central não tem significado molecular. Constatou-se que não houve fluxo gênico e hibridização entre as 14 espécies do subgênero Artemisia e essas 14 espécies concluíram sua especiação. Este estudo é importante porque é o primeiro estudo de base molecular relacionado com espécies pertencentes ao subgênero Artemisia crescendo naturalmente na Turquia. Além disso, novos haplótipos relacionados às populações da Turquia pertencentes ao subgênero Artemisia taxa foram relatados por nós pela primeira vez e adicionados ao banco de dados do GenBank.(AU)


Assuntos
Artemisia/classificação , Artemisia/genética
11.
Ciênc. rural (Online) ; 52(9): e20210275, 2022. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1364731

Resumo

When modeling growth curves, it should be considered that longitudinal data may show residual autocorrelation, and, if this characteristic is not considered, the results and inferences may be compromised. The Bayesian approach, which considers priori information about studied phenomenon has been shown to be efficient in estimating parameters. However, as it is generally not possible to obtain marginal distributions analytically, it is necessary to use some method, such as the weighted resampling method, to generate samples of these distributions and thus obtain an approximation. Among the advantages of this method, stand out the generation of independent samples and the fact that it is not necessary to evaluate convergence. In this context, the objective of this work research was: to present the Bayesian nonlinear modeling of the coffee tree height growth, irrigated and non-irrigated (NI), considering the residual autocorrelation and the nonlinear Logistic, Brody, von Bertalanffy and Richard models. Among the results, it was found that, for NI plants, the Deviance Information Criterion (DIC) and the Criterion of density Predictive Ordered (CPO), indicated that, among the evaluated models, the Logistic model is the one that best describes the height growth of the coffee tree over time. For irrigated plants, these same criteria indicated the Brody model. Thus, the growth of the non-irrigated and irrigated coffee tree followed different growth patterns, the height of the non-irrigated coffee tree showed sigmoidal growth with maximum growth rate at 726 days after planting and the irrigated coffee tree starts its development with high growth rates that gradually decrease over time.


Na modelagem de curvas de crescimento deve-se considerar que dados longitudinais podem apresentar autocorrelação residual, sendo que, se tal característica não é considerada, os resultados e inferências podem ser comprometidos. A abordagem bayesiana, que considera informações à priori sobre o fenômeno em estudo tem se mostrado eficiente na estimação de parâmetros. No entanto, como geralmente não é possível obter as distribuições marginais de forma analítica, faz-se necessário a utilização de algum método, como o método de reamostragem ponderada, para gerar amostras dessas distribuições e assim obter uma aproximação para as mesmas. Dentre as vantagens desse método, destaca-se a geração de amostras independentes e o fato de não ser necessário avaliar convergência. Diante desse contexto, o objetivo deste trabalho foi apresentar a modelagem não linear bayesiana do crescimento em altura de plantas do cafeeiro, irrigadas e não irrigadas (NI), considerando a autocorrelação residual e os modelos não lineares Logístico, Brody, von Bertalanffy e Richards. Em vista dos resultados, verificou-se que, para as plantas NI, o DIC e CPOc, indicaram que, dentre os modelos avaliados, o modelo Logístico é o que melhor descreve o crescimento em altura do cafeeiro ao longo do tempo. E, para as plantas irrigadas, esses mesmos critérios indicaram o modelo Brody. Assim, o crescimento da planta do cafeeiro não irrigado e irrigado seguiram padrões de crescimento distintos, a altura do cafeeiro não irrigado apresentou crescimento sigmoidal com taxa máxima de crescimento aos 726 dias após o plantio, já o cafeeiro irrigado inicia seu desenvolvimento com altas taxas de crescimento que vão diminuindo aos poucos com o tempo.


Assuntos
Teorema de Bayes , Dinâmica não Linear , Coffea/crescimento & desenvolvimento , Padrões de Referência
12.
Ciênc. rural (Online) ; 52(5): e20210007, 2022. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1345782

Resumo

Although the fruit yield has a core importance in Tahiti acid lime breeding programs, other traits stand out among the quality fruit and vegetative traits as ones that still need to be improved in selection of superior genotypes. Appling efficient tools aiming selection, such as the Bayesian inference, becomes an alternative in perennial crops. This study applied Bayesian inference in the genetic evaluation of Tahiti acid lime genotypes and estimated the interrelation between vegetative, productive and fruit quality traits. Twenty-four acid lime genotypes were evaluated for number of fruits, fruit yield, canopy volume, stem diameter, soluble solids content, shell thickness, and juice yield traits. The genotypic values were estimated through Bayesian inference and models with different residual structure were tested via deviance information criterion. Pearson's correlation and the path analysis were estimated, removing the multicollinearity effect. The Bayesian inference estimates genotypic values with high selective accuracy. The correlations obtained between traits from different groups can be useful in selection strategies for improvement of Tahiti acid lime. The Bayesian inference demonstrated to be an important tool and should be considered in perennial breeding programs.


Embora a produtividade seja uma característica fundamental em programas de melhoramento da lima ácida Tahiti, outras características se destacam por proporcionar uma seleção mais eficiente ou mesmo influenciar na expressão de atributos produtivos. A aplicação de inferência Bayesiana, pode tornar o processo de identificação de indivíduos superiores e o estudo das correlações entre as características ainda mais acurado. Objetivou-se, por meio deste estudo, estimar valores genéticos em genótipos de lima ácida Tahiti através de inferência Bayesiana e estimar coeficientes de correlação e de trilha entre características vegetativas, produtivas e de qualidade de frutos. Vinte e quatro genótipos de lima ácida foram avaliados durante dois anos para peso e número de frutos, volume de copa, diâmetro de caule, teor de sólidos solúveis dos frutos, espessura de casca e rendimento de suco. Os valores genéticos foram estimados por meio de inferência Bayesiana e modelos com diferentes estruturas residuais foram testados via critério de informação de deviance. Coeficiente de correlação de Pearson e de análise de trilha foram determinados, removendo o efeito de multicolinearidade. A estimação de valores genéticos via inferência Bayesiana apresentou alta acurácia seletiva. As correlações obtidas entre caracteres de diferentes grupos podem ser úteis em estratégias de seleção para melhoramento da lima ácida Tahiti. A inferência Bayesiana demonstrou ser uma ferramenta importante e deve ser considerada em programas de melhoramento de culturas perenes.


Assuntos
Teorema de Bayes , Citrus/crescimento & desenvolvimento , Citrus/genética , Cadeias de Markov
13.
Sci. agric ; 79(3): e20200202, 2022. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1290193

Resumo

The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non-overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single-marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria.(AU)


Assuntos
Variação Genética , Teorema de Bayes , Melhoramento Genético/métodos , Locos de Características Quantitativas/genética , Metodologia como Assunto
14.
Rev. bras. saúde prod. anim ; 23: e2021502022, 2022. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1376813

Resumo

This study was undertaken to compare different non-linear models for fitting growth curves of Polled Nellore animals as well as to estimate genetic parameters for the components of the growth curve. The study involved body weight-age data of 6,717 Polled Nellore cattle from birth to 650 days of age, which belonged to the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ), corresponding to the period from 1980 to 2011. Four non-linear models (Brody, Bertalanffy, Logistic, and Gompertz) were fitted and compared by the adjusted coefficient of determination (R2adj), mean absolute deviation of residuals (MAD), root mean square error (RMSE), Akaike information criterion (AIC), and Bayesian information criterion (BIC). To estimate the genetic parameters and genetic values of asymptotic weight (A), integration constant (B), and maturation rate (K), the Bayesian inference method was adopted. The Brody model showed the lowest values of MAD, RMSE, AIC, and BIC and the highest R2adj. Heritability estimates for parameters A, B, and K were 0.11, 0.16, and 0.30, respectively, whereas genetic correlations were 0.01 (A-B), -0.91 (A-K), and 0.24 (B-K). The Brody model provided the best fit. The K parameter shows enough genetic variability for selection in the herd. Heavier animals in adulthood tend to exhibit lower growth rates. Despite the low heritability estimate of parameter A, there were genetic gains, indicating that selection is being efficient on asymptotic weight.(AU)


O objetivo deste estudo foi comparar diferentes modelos não lineares para o ajuste das curvas de crescimento de animais da raça Nelore Mocho e estimar os parâmetros genéticos para os componentes da curva de crescimento. Foram utilizados dados de peso corporal-idade do nascimento aos 650 dias de idades de 6.717 bovinos da raça Nelore Mocho, pertencentes à Associação Brasileira de Criadores de Zebu (ABCZ), referentes ao período de 1980 e 2011. Quatro modelos não lineares (Brody, Bertalanffy, Logístico e Gompertz) foram ajustados e comparados pelo coeficiente de determinação ajustado (R2adj), desvio médio absoluto dos resíduos (DMA), raiz quadrada do quadrado médio do resíduo (RMSE), critério de informação de Akaike (AIC) e o critério de informação bayesiano (BIC). Para estimativas dos parâmetros genéticos e valores genéticos do peso assintótico (A), constante de integração (B) e taxa de maturação (K), utilizou-se o método de inferência Bayesiana. O modelo Brody apresentou os menores valores de DMA, RMSE, AIC e BIC e o maior R2adj. As estimativas de herdabilidade foram 0,11; 0,16 e 0,30 para os parâmetros A, B e K, respectivamente, enquanto as correlações genéticas foram de 0,01 (A-B), -0,91 (A-K) e 0,24 (B-K). Constatou-se que o modelo Brody forneceu o melhor ajuste. O parâmetro K apresenta variabilidade genética suficiente para seleção no rebanho. Animais com maior peso na idade adulta tendem a apresentar menores taxas de crescimento. Apesar da baixa estimativa de herdabilidade do parâmetro A, observou-se ganhos genéticos, indicando que a seleção está sendo eficiente sobre o peso assintótico.(AU)


Assuntos
Animais , Bovinos/genética , Marcadores Genéticos , Teorema de Bayes , Dinâmica não Linear , Variação Genética , Crescimento/genética
15.
Ciênc. rural (Online) ; 52(5): e20201072, 2022. ilus, graf, tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1345789

Resumo

ABSTRACT: Splitting the whole dataset into training and testing subsets is a crucial part of optimizing models. This study evaluated the influence of the choice of the training subset in the construction of predictive models, as well as on their validation. For this purpose we assessed the Kennard-Stone (KS) and the Random Sampling (RS) methods in near-infrared spectroscopy data (NIR) and marker data SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). It is worth noting that in SNPs data, there is no knowledge of reports in the literature regarding the use of the KS method. For the construction and validation of the models, the partial least squares (PLS) estimation method and the Bayesian Lasso (BLASSO) proved to be more efficient for NIR data and for marker data SNPs, respectively. The evaluation of the predictive capacity of the models obtained after the data partition occurred through the correlation between the predicted and the observed values, and the corresponding square root of the mean squared error of prediction. For both datasets, results indicated that the results from KS and RS methods differ statistically from each other by the F test (P-value < 0.01). The KS method showed to be more efficient than RS in practically all repetitions. Also, KS method has the advantage of being easy and fast to be applied and also to select the same samples, which provides excellent benefits in the following analyses.


RESUMO: A divisão de subconjuntos de treinamento e teste é parte fundamental da otimização de modelos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da escolha do subconjunto de treinamento na construção dos modelos, bem como sua validação. Os métodos Kennard-Stone (KS) e a amostragem aleatória (AA) foram avaliados em dados de espectroscopia no infravermelho próximo (NIR) e em dados de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Vale destacar, que em dados SNPs, não há conhecimento de relatos na literatura a respeito da utilização do método KS. Para a construção e validação dos modelos, o método de estimação dos mínimos quadrados parciais (PLS) e Lasso bayesiano (BLASSO) mostraram-se mais eficientes para os dados NIR e para os dados SNPs, respetivamente. A avaliação da capacidade preditiva dos modelos obtidos após a partição dos dados ocorreu por meio da correlação entre os valores preditos e os valores reais, e da raiz quadrada do erro quadrático médio de predição. Para ambos os conjuntos de dados, os resultados indicam que os métodos KS e AA diferem estatisticamente entre si pelo teste F (valor P < 0.01), com o KS mais eficiente do que o AA em praticamente todas as repetições. Além disso, o método KS possui a vantagem de ser fácil e rápido de ser aplicado e também de selecionar sempre as mesmas amostras, o que proporciona grandes benefícios em futuras análises.


Assuntos
Amostragem Aleatória Simples , Modelos Estatísticos , Teorema de Bayes , Tratamento Farmacológico/estatística & dados numéricos , Análise dos Mínimos Quadrados , Espectroscopia de Luz Próxima ao Infravermelho
16.
Ciênc. anim. bras. (Impr.) ; 23: e72300E, 2022. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1384495

Resumo

Milk production is an important economic activity in Brazil. Dairy farmers would benefit from animal breeding programs that aid in identification and selection of animals with the best cost/benefit ratio to maximize productivity, and additionally provide advice on disposal of less productive animals. This study aims to estimate the heritability and repeatability of milk production corrected for 305 days (PL305) in a herd of Girolando cattle. We analyzed 528 lactations in 251 cows. For the analysis, uniform a priori distribution was defined for systematic effects. Gaussian and inverted Wishart distributions were defined as a priori distributions for random effects. The variance components were estimated based on Bayesian inference using the MCMCglmm function available in the MCMCglmm package of the R software. Convergence was verifed with the Geweke test available in the R software. The heritability and repeatability were estimated from the variance component results. Heritability was at 0.28, suggesting that selection for the milk production trait leads to efficient genetic progress in the herd. Phenotypic variance was mainly due to environmental variance; therefore, the phenotype of individuals should not be considered as indicator for additive genetic variance. Repeatability was at 0.93, indicating that the first performance of the animals based on milk production average is a good indicator of the second, and the data could be used for disposal decisions.(AU)


A produção de leite é uma das atividades econômicas mais importantes da agropecuária brasileira. Produtores podem usufruir de programas de melhoramento genético que permitem a identificação dos melhores animais e sua seleção para maximizar a produtividade com a melhor relação custo/benefício, além do aconselhamento do descarte de animais menos produtivos. Objetivou-se estimar a herdabilidade e repetibilidade da produção de leite corrigida para 305 dias (PL305) de um rebanho de bovinos da raça Girolando. Foram analisadas 528 lactações de 251 vacas. Para análise foi definida a distribuição uniforme a priori para efeitos sistemáticos. As distribuições de Wishart gaussiana e invertida foram definidas como distribuições a priori para efeitos aleatórios. Os componentes de variância foram estimados utilizando inferência bayesiana pela função MCMCglmm disponível no pacote MCMCglmm do software R. A convergência foi verificada pelo teste de Geweke disponível no software R. Após a obtenção dos componentes de variância foram estimados a herdabilidade e repetibilidade. A herdabilidade observada foi 0,28, o que sugere que a seleção para esta característica resultará em progresso genético eficiente no rebanho. A maior parte da variância fenotípica é devido a variância ambiental, com isso, o fenótipo dos indivíduos não é um bom indicador da variância genética aditiva. A repetibilidade foi de 0,93, indicando que o primeiro desempenho dos animais é considerado um bom indicador do segundo, podendo ser utilizadas em decisões de descarte.(AU)


Assuntos
Animais , Bovinos/genética , Leite , Economia/estatística & dados numéricos
17.
Braz. j. biol ; 82: e263745, 2022. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1420658

Resumo

During a parasite survey in Brazilian amphibians from São Paulo state, Brazil, Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 was found in the urinary bladder (11 adult worms) and (five juvenile worms) in the kidneys of the pepperfrog Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824). Parasites were examined by microscopy and 28S rDNA and COI gene were sequenced and analyzed for the molecular study. The phylogenetic reconstructions resulted in identical topologies with highly supported values in the nodes in most clades using Maximum likelihood and Bayesian inference methods and positioned G. parvicava in the subclade formed by species of subfamily Gorgoderinae parasitizing the urinary bladder of amphibians. Molecular phylogenetic data showed that this species is related to other species of Gorgoderina. In addition, new molecular data and the analyses of genetic distances provide extra comparative data, which can be applied in further investigations on the taxonomic status and the diversity among Gorgoderina spp. and host-parasite relationships.


Durante o levantamento de parasitas de anfíbios brasileiros do estado de São Paulo, Brasil, Gorgoderina parvicava Travassos, 1922 foi encontrado na bexiga urinária (11 vermes adultos) e nos rins (cinco vermes juvenis) da rãpimenta Leptodactylus labyrinthicus (Spix, 1824). Os parasitas foram examinados por microscopia e os genes 28S rDNA e COI foram sequenciados e analisados para o estudo molecular. As reconstruções filogenéticas resultaram em topologias idênticas com valores suportados nos nós na maioria dos clados, usando métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana e posicionaram G. parvicava no subclado formado por espécies da subfamília Gorgoderinae parasitando a bexiga urinária de anfíbios. Dados filogenéticos moleculares mostraram que esta espécie está relacionada a outras espécies de Gorgoderina. Além disso, novos dados moleculares e as análises de distâncias genéticas fornecem dados comparativos extras, que podem ser aplicados em futuras investigações sobre o status taxonômico e a diversidade entre Gorgoderina spp. e relações parasita-hospedeiro.


Assuntos
Animais , Anuros/parasitologia , Filogenia , Trematódeos/classificação , Brasil
18.
Braz. j. biol ; 82: e262248, 2022. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1384040

Resumo

Satellites associated begomoviruses are the most diverse group of plant viruses in tropical and subtropical regions. In Pakistan, during field surveys in 2019-2020, Sonchus palustris (a weed plant) was observed showing begomovirus symptoms i.e., vein yellowing and mosaic patterns on leaves. Rolling circle amplification from total isolated DNA of symptomatic leaves was performed to amplify circular viral genomes. Subsequent cloning and sequencing showed that a new strain of Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) is associated with vein yellowing disease of S. palustris. The identity percentage analysis through BLAST search and SDT analysis showed that the new strain is 94-98% identical to AlYVV isolates reported from Pakistan, India and China. In phylogenetic tree, it clustered with AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] and AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] previously reported from Pakistan. There was no detectable level of betasatellite or any other satellite molecule in the samples studied here. Phylogenetic analysis of Rep and CP genes of AlYVV with corresponding genes of closely related viruses circulating in Southeast Asia showed intra-specific recombination involving both complementary and virion sense region of virus. Relaxed clock and Bayesian Skyline Plot analysis based on CP gene sequences indicated slight higher substitution rates (4.75 x 10-3 substitutions/nucleotide/year). In the Indian subcontinent satellite-associated monopartite begomoviruses predominately infect crops and non-crop plants. But AlYVV is found infecting mostly non-crop plants independent of satellite molecules. We hypothesize here that AlYVV evolved as a true monopartite begomovirus in the Indian sub-continent and could be a great threat to introduced crops under suitable conditions. Such studies are crucial to understand probable future epidemics of begomoviruses in the region.


Os begomovírus associados aos satélites são o grupo mais diversificado de vírus de plantas encontrado em regiões tropicais e subtropicais. No Paquistão, durante pesquisas de campo entre 2019 e 2020, a espécie Sonchus palustris L. (uma planta daninha) foi observada apresentando sintomas de begomovírus, ou seja, amarelecimento das veias e padrões de mosaico nas folhas. A Amplificação em Círculo Rolante (ACR) a partir de DNA isolado total de folhas sintomáticas foi realizada para amplificar genomas virais circulares. A clonagem e sequenciamento subsequentes mostraram que uma nova cepa de Alternanthera yellow vein virus (AlYVV) está associada à doença do amarelecimento das veias de S. palustris. A análise da porcentagem de identidade por meio de pesquisa BLAST e análise SDT mostrou que a nova cepa é 94-98% idêntica aos isolados de AlYVV relatados no Paquistão, Índia e China. Na árvore filogenética, essa cepa se agrupou com AlYVV-[PK:E prostrata:15-KX710155], AlYVV-[PK:E prostrata:13]-KX906697] e AlYVV-[PK:E prostrata:11]-KX906694] relatada anteriormente de Paquistão. Não houve nível detectável de betassatélite ou qualquer outra molécula satélite nas amostras estudadas aqui. A análise filogenética de genes Rep e CP de AlYVV com genes correspondentes de vírus intimamente relacionados que estão circulando no Sudeste Asiático mostrou recombinação intraespecífica envolvendo a região complementar e de sentido viral do vírus. Relógio molecular relaxado e análise de Bayesian Skyline Plot (BSP) com base nas sequências do gene CP indicaram taxas de substituição ligeiramente mais altas (4,75 x 10-3 substituições/nucleotídeo/ano). No subcontinente indiano, os begomovírus monopartidos associados aos satélites infectam predominantemente culturas e plantas não cultivadas. Mas o AlYVV é encontrado infectando principalmente plantas não cultivadas, independentemente de moléculas satélites. Desenvolveu-se a hipótese de que o AlYVV evoluiu como um verdadeiro begomovírus monopartido no subcontinente indiano e pode ser uma grande ameaça às culturas introduzidas em condições adequadas. Tais estudos são cruciais para entender prováveis e ​​futuras epidemias de begomovírus na região.


Assuntos
Animais , Paquistão , Filogenia , Sonchus/parasitologia , Begomovirus
19.
Neotrop. ichthyol ; 20(3)2022. mapas, ilus, tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1396148

Resumo

Cambeva contains species with complex taxonomy or poorly delimitated in terms of morphology and geopraphic distribution. We conducted an extensive review of Cambeva populations from coastal drainages of Southern to Southeastern Brazil to evaluate species geographic limits with an integrative analysis including morphological and molecular data (COI). We test if two single-locus methods, Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) and Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC), are efficient to delimit species boundaries in Cambeva by the comparison with the diagnosable morphological units. Using GMYC, we also evaluated the combination of tree and molecular clock priors to reconstruct the input phylogeny and assessed how well the implemented model fitted our empirical data. Eleven species were identified using a morphological diagnosability criterion: Cambeva balios, C. barbosae, C. botuvera, C. cubataonis, C. davisi, C. guaraquessaba, C. iheringi, C. tupinamba, and C. zonata and two treated as undescribed species. In contrast with previous knowledge, many of them have wider distribution and high intraspecific variation. Species delimitation based on single-locus demonstrated incongruences between the methods and strongly differed from the morphological delimitation. These disagreements and the violation of the GMYC model suggest that a single-locus data is insufficient to delimit Cambeva species and the failure may be attributable to events of mitochondrial introgression and incomplete lineage sorting.(AU)


Cambeva contém espécies com taxonomia complexa ou mal delimitadas em termos morfológicos e de distribuição geográfica. Realizamos uma extensa revisão de populações de Cambeva das drenagens costeiras do Sul ao Sudeste do Brasil para avaliar os limites das espécies com uma análise integrativa incluindo dados morfológicos e moleculares (COI). Testamos se dois métodos de locus único, Implementação Bayesiana dos Processos da Árvore de Poisson (bPTP) e Coalescente de Yule Misto Generalizado (GMYC), são eficientes para delimitar os limites das espécies em Cambeva pela comparação com as unidades morfológicas diagnosticáveis. Usando o GMYC, também avaliamos a combinação de árvores e relógios moleculares para reconstruir a filogenia e avaliamos o quão bem o modelo implementado se ajustava aos nossos dados empíricos. Foram identificadas 11 espécies usando o critério morfológico: Cambeva balios, C. barbosae, C. botuvera, C. cubataonis, C. davisi, C. guaraquessaba, C. iheringi, C. tupinamba e C. zonata e duas tratadas como espécies não-descritas. Em contraste com o conhecimento prévio, muitas delas têm distribuição mais ampla e alta variação intraespecífica. A delimitação das espécies baseada em locus único demonstrou incongruências entre os métodos e diferiu fortemente da delimitação morfológica. Essas discordâncias e a violação do modelo GMYC sugerem que os dados de locus único são insuficientes para delimitar as espécies de Cambeva e a falha pode ser atribuída a eventos de introgressão mitocondrial e sorteio incompleto da linhagem.(AU)


Assuntos
Animais , Peixes-Gato/classificação , Peixes-Gato/genética , Distribuição Animal/fisiologia , Filogenia , Coloração e Rotulagem/veterinária , Brasil , Distribuição de Poisson
20.
Neotrop. ichthyol ; 19(4): e200046, 2021. tab, graf, mapas
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1351155

Resumo

River impoundments for electricity generation lead to environmental changes which severely affect fish migration and species richness. However, little is known about their effect on the genetic structure and population dynamics downstream from the reservoir. Here, we analyzed a set of ten microsatellite loci of Prochilodus lineatus, an important South American migratory fish. Specimens (n = 150) were sampled from five sites in a remnant lotic system that includes sections of the Grande, Pardo and Mogi Guaçu rivers, southeastern Brazil. The data showed that all microsatellites were polymorphic with the allele number per locus ranging from 5 to 32, and genetic diversity (H e ) varied from 0.74 to 0.80. Indices of genetic differentiation and Bayesian analysis showed a significant genetic structure and three genetic clusters inhabiting this river system. An asymmetric gene flow suggests source-sink metapopulation dynamics from tributaries (genetic source) to the main river (genetic sink). A genetic cluster that was not detected in the upper Mogi and Pardo rivers tributaries may indicate there is a "trapped gene pool" downstream from the Porto Colômbia dam. Thus, here we provide new insights into the genetic structure and population dynamics of a migratory fish species in a highly dammed river basin.(AU)


Represamento de rios para geração de eletricidade levam a mudanças ambientais que afetam severamente a migração de peixes e riqueza de espécies. No entanto, pouco se sabe sobre seu efeito na estrutura genética e dinâmica populacional a jusante de reservatórios. Aqui, analisamos um conjunto de dez loci de microssatélites de Prochilodus lineatus, um importante peixe migratório sul-americano. Os espécimes (n = 150) foram amostrados em cinco locais de um sistema lótico remanescente que inclui seções dos rios Grande, Pardo e Mogi Guaçu, sudeste do Brasil. Os dados mostraram que todos microssatélites eram polimórficos com o número de alelos por locus variando de 5 a 32 e diversidade genética (H e ) variou de 0,74 a 0,80. Índices de diferenciação genética e análise de agrupamento baseada em modelo bayesiano indicou a presença de três agrupamentos genéticos habitando este sistema fluvial. Um fluxo gênico assimétrico sugere dinâmica metapopulacional de fonte-sumidouro dos tributários (fonte genética) para o rio principal (sumidouro genético). Um agrupamento genético que não foi detectado nos tributários rio Mogi e rio Pardo parecem indicar que há um "trapped gene pool" a jusante da represa de Porto Colômbia. Assim, nós provemos aqui novos conhecimentos sobre a estrutura genética e dinâmica populacional de uma espécie de peixe migratório em um rio altamente fragmentado por barramentos.(AU)


Assuntos
Animais , Variação Genética , Reservatórios de Água , Repetições de Microssatélites , Estruturas Genéticas , Fluxo Gênico , Caraciformes , Teorema de Bayes
SELEÇÃO DE REFERÊNCIAS
DETALHE DA PESQUISA