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Bovine mastitis is the most impacting disease of dairy industry, and it is characterized by a complexity of causal agents, which have revealed a geographical variation among regions and countries. The mastitis-related pathogens have been traditionally classified as contagious or environmental, based on habits of the microorganisms and transmission routes. Besides, the severity of mammary infections has been associated with the virulence of the pathogens, and immune and nutritional status of the hosts. Considering this scenario, we investigated the etiological pattern, clinical severity scores, and days in milk (DIM) data in 4,273 clinical cases of bovine mastitis among ten large-dairy farms located in Brazil. Streptococcus dysgalactiae (283/4,273 = 6.6%), Escherichia coli (190/4,273 = 4.4%), Prototheca spp. (112/4,273 = 2.6%), and Streptococcus uberis (95/4,273 = 2.2%) were the predominant pathogens isolated. Among 4,273 clinical cases, clinical severity score was available in 43.8% (1,871/4,273) animals. From these, 69.8% (1,306/1,871), 27.3% (510/1,871), and 2.9% (55/1,871) were scored as mild, moderate, and severe, respectively. Pathogens were observed mainly in samples obtained during the first 100 days in milk, and clinical severity scored mainly as mild. Our results contributed to the etiological identification, clinical severity scoring, and milking aspects of mastitic cows in dairy farms with a history of clinical mammary infections.

A mastite bovina é a doença mais impactante na indústria de laticínios e é caracterizada por uma complexidade de agentes causais, os quais têm revelado uma variação geográfica entre regiões e países. Os patógenos relacionados à mastite têm sido tradicionalmente classificados como contagiosos ou ambientais, com base na fonte de infecção ou origem e nas vias de transmissão. Além disso, a gravidade das infecções mamárias tem sido associada à virulência dos patógenos, e ao estado imunológico e nutricional dos animais. Considerando esse cenário, investigamos os agentes etiológicos, os escores de gravidade clínica e os dados de dias em lactação (DEL) em 4.273 casos clínicos de mastite bovina em dez fazendas de grande porte, quatro localizadas no sudoeste do estado de São Paulo e seis no sul do Estado de Minas Gerais, Brasil. Streptococcus dysgalactiae (283/4.273 = 6,6%), Escherichia coli (190/4.273 = 4,4%), Prototheca spp. (112/4.273 = 2,6%) e Streptococcus uberis (95/4.273 = 2,2%) foram os patógenos predominantes isolados. Entre os 4.273 casos clínicos, a pontuação de gravidade clínica estava disponível em 43,8% (1.871/4.273) dos animais. Desses, 69,8% (1.306/1.871), 27,3% (510/1.871) e 2,9% (55/1.871) foram classificados como leves, moderados e graves, respectivamente. Os patógenos foram observados principalmente em amostras obtidas durante os primeiros 100 dias em lactação, e a gravidade clínica foi principalmente classificada como leve. Nossos resultados contribuem para a identificação etiológica, a pontuação de gravidade clínica e os aspectos de ordenha de vacas com mastite em fazendas leiteiras com histórico de infecções mamárias clínicas.

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Many anuran amphibians deposit their eggs in foam nests, biostructures that help protect the eggs and tadpoles from predators. Currently, there are no other identification and description studies of the cultivable microbiota role in the nests of the Leptodactylid frogs such as Physalaemus cuvieri, Leptodactylus vastus and Adenomera hylaedactyla. This study aimed to isolate and identify the culturable bacteria from these three anuran species' nests, as well as to prospect enzymes produced by this microbiota. Foam nests samples and environmental samples were diluted and viable cell count was determined. Bacterial morphotypes from foam nest samples were isolated through spread plate technique. Isolates' DNAs were extracted followed by rRNA 16S gene amplification and Sanger sequencing. To evaluate their enzymatic potential, the isolates were cultured in ATGE medium supplemented with starch (0.1% w/v), gelatin (3% w/v) and skimmed milk (1% w/v), to verify amylase and protease activity. A total of 183 bacterial morphotypes were isolated, comprising 33 bacterial genera. Proteobacteria phylum was the most abundant in all the three nests (79%). The genera Pseudomonas and Aeromonas were the most abundant taxon in P. cuvieri and L. vastus. In A. Hylaedactyla, were Enterobacter and Bacillus. Regarding enzymatic activities, 130 isolates displayed protease activity and 45 isolates were positive for amylase activity. Our results provide unprecedented information concerning culturable bacterial microbiota of the foam nests of the Leptodactylid frogs, as well as their potential for biomolecules of biotechnological interest.

Muitos anfíbios anuros depositam seus ovos em ninhos de espuma, bioestruturas que ajudam a proteger os ovos e girinos de predadores. Atualmente, não existem relatos de identificação e descrição do papel da microbiota cultivável nos ninhos de sapos da família Leptodactylidae, como Physalaemus cuvieri, Leptodactylus vastus e Adenomera hylaedactyla. Este estudo teve como objetivo isolar e identificar as bactérias cultiváveis presentes nos ninhos dessas três espécies de anuros, além de prospectar enzimas produzidas por essa microbiota. Amostras de ninhos de espuma e amostras ambientais foram diluídas, e a contagem de células viáveis foi determinada. Os morfotipos bacterianos das amostras de ninhos de espuma foram isolados por meio da técnica de spread plate. O DNA dos isolados foram extraídos, seguidos pela amplificação do gene rRNA 16S e sequenciamento Sanger. Para avaliar o potencial enzimático, os isolados foram cultivados em meio ATGE suplementado com amido (0,1% p/v), gelatina (3% p/v) e leite desnatado (1% p/v), para verificar a atividade de amilase e proteases. Um total de 183 morfotipos bacterianos foi isolado, abrangendo 33 gêneros bacterianos. O filo Proteobacteria foi o mais abundante em todos os três ninhos (79%). Os gêneros Pseudomonas e Aeromonas foram os taxons mais abundantes em P. cuvieri e L. vastus. Em A. hylaedactyla, foram Enterobacter e Bacillus. Em relação às atividades enzimáticas, 130 isolados exibiram atividade de protease e 45 isolados foram positivos para atividade de amilase. Nossos resultados fornecem informações inéditas sobre a microbiota bacteriana cultivável dos ninhos de espuma dos sapos da família Leptodactylidae, bem como seu potencial para biomoléculas de interesse biotecnológico.

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An experiment was conducted for eight weeks, in a BFT system, to test different strategies for using effective microorganisms (AEM) in shrimp rearing. For that, five different treatments were tested. The treatments tested were: Control (commercial feed only), AEM in the feed (addition of AEM in the commercial feed), AEM in the water (addition of AEM directly in the rearing water), AEM in the feed and in the water (addition of AEM in the feed simultaneously with the addition of AEM in the water) and MA in the feed (addition of the microbiological activator-MA in the commercial feed, without adding microorganisms to the feed and water). The use of AEM or MA, although it did not affect the growth of the animals, stimulated the digestive process of the animals, allowing the required absorption of nutrients with a smaller intestinal area. Associated with this, the presence of AME or MA stimulated the immunological parameters of the animals and reduced the presence of Vibrio in the gut of the shrimp. The association of these factors meant that the survival of the animals that received the additives in the diet was substantially higher than the animals that did not receive the additives. The AEM supplementation strategies did not differ among themselves, and the producer could opt for the strategy of lower cost and/or less complexity of use, according to each specific case.(AU)

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As falhas na higienização em um estabelecimento de alimentos podem refletir em problemas causando a contaminação ou deterioração do produto produzido. Esta pesquisa foi motivada por reclamações de consumidores informando que os queijos apresentaram fungos, mesmo estando dentro do prazo de validade e por solicitação do Serviço de Inspeção Municipal. O objetivo desta pesquisa foi avaliar a contaminação ambiental em uma agroindústria da agricultura familiar produtora de queijo colonial no Sudoeste Paranaense. Foram realizadas a contagem para aeróbios mesófilos em equipamentos e superfícies que entram em contato com o alimento e análise microbiológica ambiental de bolores e leveduras na sala de secagem dos queijos. A coleta foi realizada com método de esfregaço de suabe estéril para aeróbios mesófilos e semeadas em placas de Petri com Ágar Padrão de Contagem. Para a coleta ambiental foram expostas placas de Petri com ágar Saboraund durante 15 minutos. Os resultados demonstraram ausência de contaminação nas superfícies, mas foram encontrados bolores e leveduras de forma acentuada na sala de secagem dos queijos, o que pode contribuir para a deterioração do produto, diminuindo sua validade. Para minimizar as perdas por contaminação é necessário que o processo de higienização dos ambientes seja realizado de forma eficiente.

Failures in hygiene in a food establishment can result in problems causing contamination or deterioration of the product produced. This research was motivated by complaints from consumers reporting that the cheeses had mold, even though they were within their expiration date and at the request of the Municipal Inspection Service. This research was to evaluate environmental contamination in an agroindustry in the family farm producing colonial cheese in Southwest Paraná. For the microbiological assessment of environmental contamination, counting for mesophilic aerobes was carried out on equipment and surfaces that come into contact with food and, environmental microbiological analysis of molds and yeast in the cheese drying room. The collection was carried out using the sterile swab smear for mesophilic aerobes and seeded in Petri dishes with Counting Standard Agar. For environmental collection, sheets of Petri with Saboraund agar for 15 minutes. The results demonstrated absence of contamination on surfaces. But the presence of molds and yeasts in the drying room cheeses, which can contribute to the deterioration of the product and thus reduce the validity. To minimize losses due to contamination, it is It is necessary that the process of cleaning and disinfecting environments is carried out efficiently.

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A contaminação de superfícies e do ar em cozinhas domésticas representa um grave problema de saúde pública, com microrganismos prejudiciais podendo se alojar em bancadas, utensílios e equipamentos, sendo transferidos através do contato com alimentos crus, resíduos alimentares e sujeira, além de serem dispersos pelo ar, onde os aerossóis podem se espalhar ou se depositar. O objetivo deste estudo foi avaliar a presença de Escherichia coli e Salmonella spp. em superfícies de contato em cozinhas domésticas, bem como a contagem total de microrganismos no ar. Foram coletadas amostras de superfície em seis cozinhas residenciais, utilizando swabs friccionados em maçanetas de geladeira, botões/alças/portas de eletrodomésticos (Airfryer, liquidificador, micro-ondas), portas de armários de mantimentos e gavetas de talheres utilizados no preparo de alimentos. Além disso, a amostragem passiva do ar foi realizada em três períodos de exposição, com os resultados quantificados em Unidades Formadoras de Colônias (UFC). Os resultados indicaram que 72% das amostras estavam contaminadas com bactérias entéricas, sendo 8,3% especificamente contaminadas com Salmonella spp. e E. coli, principalmente na gaveta de talheres e na porta da geladeira. Ficou evidente a importância da limpeza e desinfecção adequadas dessas superfícies para prevenir a contaminação e garantir a segurança dos alimentos. Observou-se também que as superfícies menos higienizadas apresentavam maior contaminação. Ademais, a legislação local em vigor destaca a qualidade microbiológica do ar, considerada de péssima qualidade neste estudo em comparação com os padrões da literatura. Para prevenir a contaminação de superfícies de contato em cozinhas domésticas, é crucial adotar práticas simples, como lavar as mãos com frequência, manter a limpeza e desinfecção regular das superfícies, separar utensílios e equipamentos usados para alimentos crus e cozidos, e armazenar alimentos adequadamente.(AU)

Contamination of surfaces and air in household kitchens poses a significant public health concern, as harmful microorganisms can adhere to countertops, utensils, and equipment, and can be transferred through contact with raw food, food waste, and dirt, as well as dispersed through the air, where aerosols can spread or settle. The aim of this study was to assess the presence of Escherichia coli and Salmonella spp. on contact surfaces in domestic kitchens, along with the total count of microorganisms in the air. Surface samples were collected from six residential kitchens, using swabs rubbed on refrigerator handles, buttons/handles/doors of household appliances (Airfryer, blender, microwave), pantry cabinet doors, and cutlery drawers used in food preparation. Additionally, passive air sampling was conducted in three exposure periods, with results quantified in Colony Forming Units (CFU). The findings revealed that 72% of the samples were contaminated with enteric bacteria, with 8.3% specifically contaminated with Salmonella spp. and E. coli, predominantly in the cutlery drawer and on the refrigerator door. The importance of proper cleaning and disinfection of these surfaces to prevent contamination and ensure food safety became apparent. It was also noted that less sanitized surfaces exhibited greater contamination. Furthermore, current local legislation emphasizes the microbiological quality of the air, which was deemed poor in this study compared to literature standards. To mitigate contamination of touch surfaces in home kitchens, it is imperative to adopt straightforward practices such as frequent handwashing, regular cleaning and disinfection of surfaces, segregation of utensils and equipment used for raw and cooked foods, and appropriate food storage.(AU)

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Biological soil crusts (BSC) are commonly found in soils in the drylands regions, which can influence stabilization, water retention, nutrient cycling (particularly carbon (C) and nitrogen (N) dynamics), and several ecological processes. However, the composition of BSC in Brazilian soils undergoing the desertification process remains poorly understood. This study aimed to characterize the bacterial community in BSC formed in a Brazilian semiarid region under the desertification process. Thus, a highly desertified region was selected from which 34 BSC samples were collected. The total DNA of the BSC was extracted from 0.5 g samples, and the bacterial community was sequenced by a Next Generation Sequencing (NGS) platform (Miseq ­ Illumina®) using universal primers (515F and 806R). Bioinformatic analysis was carried out in QIIME (v.1.9), and the Operational Taxonomic Units (OTU) table was constructed following the Sumaclust methodology. The pH of BSC, C, N, and phosphorus contents was analyzed. Our study identified a diverse bacterial community in the BSCs. Cyanobacteria, Chloroflexi, and Proteobacteria phyla presented the greatest relative abundance (%) across the samples. Cyanobacteria were dominated by the orders Nostocales and Leptolyngbyales. The prediction of the putative functions found that mostf OTU were related to phototrophy, photosynthetic cyanobacteria, and photoautotrophy. The study found correlations between bacterial phyla and BSC properties, with Cyanobacteria positively related to C. Chloroflexi, Armatimonadetes, and WPS-2 were negatively correlated with C and N contents. These results suggest the critical roles bacteria communities play in BSCs from the Caatinga biome and highlight the potential impact of environmental factors on their diversity and functions.(AU)

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In this study,the causative pathogen was isolated from Eucommia ulmoides,verified using Koch's postulates, identified by morphology and molecular biology, and assessed the biological characteristics. The effects of agar media, pH, temperature, light, carbon sources, and nitrogen sources on hyphal growth of Pestalotiopsistrachicarpicola were under investigation, and the influences of time, liquid matrix, light, temperature on conidial germination were studied. The results showed that P. trachicarpicola was a new pathogen causing black spot disease of E. ulmoides, and the mycelial growth of P.trachicarpicola was the best in the potato dextrose agar (PDA) medium, pH 7.0, the temperature was 20~25 °C, light, and glucose and beef extract were the best for carbon and nitrogen, respectively. The germination rate of the conidia increased from the time, darkness, and a proper supply of sugar. The lethal temperatures of the hyphae and conidia were 52 °C and 72 °C, respectively.We can conclude that appropriate environmental conditions are more conducive to the growth of the pathogen and the germination of spores, which leads to the occurrence of disease. This study constituted the first report on the new causative pathogen in E. ulmoides black spot and the biological characteristics. Theis study provided a theoretical basis to prevent the occurrence of this disease.

Neste estudo, o patógeno causador foi isolado de Eucommia ulmoides, verificado pelos postulados de Koch, identificado por morfologia e biologia molecular, e avaliadas as características biológicas. Os efeitos do meio de ágar, pH, temperatura, luz, fontes de carbono e fontes de nitrogênio no crescimento de hifas de Pestalotiopsis trachicarpicola foram investigados, e as influências do tempo, matriz líquida, luz e temperatura na germinação dos conídios foram estudadas. Os resultados mostraram que P. trachicarpicola é um novo patógeno causador da doença da mancha preta de E. ulmoides, e o crescimento micelial de P. trachicarpicola foi o melhor no meio de ágar batata dextrose (PDA), pH 7.0, a temperatura é de 20~25 °C, luz e extrato de glicose e carne são os melhores para carbono e nitrogênio, respectivamente. A taxa de germinação dos conídios aumentou com o tempo, escuridão e um suprimento adequado de açúcar. As temperaturas letais das hifas e dos conídios foram 52 °C e 72 °C, respectivamente. Podemos concluir que as condições ambientais adequadas são mais propícias ao crescimento do patógeno e à germinação de esporos, o que leva à ocorrência da doença. Este estudo constitui o primeiro relato sobre o novo patógeno causador da mancha negra de E. ulmoides e as características biológicas. O objetivo deste estudo é fornecer uma base teórica para prevenir a ocorrência desta doença.

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Feathers are by-products that are generated in significant quantities by the poultry industry. Microbial bioconversion has been investigated as a promising strategy for the processing of feathers, since, along with the degradation of these keratinous materials, bioprocessing can result in value-added products. Thus, from the perspective of industrial microbiology, chicken feathers can be considered a raw material for obtaining microbial proteases. Within this context, this research investigated and characterized the production of extracellular proteases by Aspergillus sp., isolated from soil of the Amazon Rainforest. The enzymatic production was evaluated using several growth substrates (whole feathers, feather meal, human hair, casein, gelatin, peptone and chicken beaks). With highest enzyme production was obtained the feather meal (FM) and peptone. After 48 h of fermentation, FM degradation was 15.82%. The crude protease showed optimal activity at pH 5.0 and 37 °C and enzymatic activity was enhanced with the addition of 1 and 5 mM of CaCl2, MnSO4, KCl, MgSO4 and CuSO4. The detergents Tween 20 and Triton x-100, at concentrations 0.5 and 1% (v/v), tended to stimulate activity. The presence of 0.5 and 1% (v/v) of organic solvents (methanol, acetone, butanol, acetonitrile, isopropanol and DMSO), maintained the enzymatic activity. ß-mercaptoethanolstimulated proteolytic activity in the enzymatic assays. This study suggested new direction for waste management with industrial applications giving rise to green technology for sustainable development.

As penas são subprodutos que são gerados em quantidades significativas pela indústria avícola. A bioconversão microbiana tem sido investigada como uma estratégia promissora para o processamento de penas, uma vez que, juntamente com a degradação desses materiais queratinosos, o bioprocessamento pode resultar em produtos de valor agregado. Assim, do ponto de vista da microbiologia industrial, as penas de frango podem ser consideradas matéria-prima para a obtenção de proteases microbianas. Dentro deste contexto, o objetivo deste trabalho foi investigar e caracterizar a produção de proteases extracelulares por Aspergillus sp., isolados de solo da floresta Amazônica. A produção enzimática foi avaliada utilizando diversos substratos de crescimento (penas inteiras, farinha de penas, cabelo humano, caseína, gelatina, peptona e bicos de frango). Com maior produção de enzima foi obtida a farinha de penas (FP) e peptona. Após 48 h de fermentação, a degradação da FP foi de 15.82%. A protease bruta mostrou atividade ótima em pH 5.0 e 37 0C e a atividade enzimática foi aumentada com a adição de 1 e 5 mM de CaCl2, MnSO4, KCl, MgSO4 e CuSO4. Os detergentes Tween 20 e Triton x-100, nas concentrações 0.5 e 1% (v/v), tenderam a estimular a atividade. A presença de 0.5 e 1% (v/v) dos solventes orgânicos (metanol, acetona, butanol, acetonitrila, isopropanol e DMSO), mantiveram a atividade enzimática. O ß-mercaptoetanol estimulou a atividade proteolítica nos ensaios enzimáticos. Este estudo sugere uma nova direção para a gestão de resíduos com aplicações industriais dando origem à tecnologia verde para o desenvolvimento sustentável.

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This study aimed to assess the impact of various conservation methods on water uptake, nutritional, and microbiological content in intact or cut carcasses from broiler managed to Amazon environmental conditions. The experiment involved 48 carcasses, employing a randomized block design with a factorial scheme (2x3) based on carcass processing (intact or cut) and conservation methods (freezing, on ice, or chilling). Chilled storage led to significantly higher (p<0.05) water uptake, particularly in the short term, without adversely affecting nutritional content. Freezing yielded lower (p<0.05) water uptake, with greater (p<0.05) nutritional content, while on-ice storage exhibited satisfactory nutritional content but higher microbiological contamination. Cut carcasses displayed higher (p<0.05) short-term water uptake without detrimental effects (p<0.05) on nutrition and microbiology. Conversely, intact carcasses exhibited lower (p<0.05) water uptake in the short and long term, slightly diminished (p<0.05) nutritional content, and increased (p<0.05) microbiological contamination.

Este estudo teve como objetivo avaliar o impacto de vários métodos de conservação na absorção de água, no conteúdo nutricional e microbiológico em carcaças inteiras ou cortadas de frangos de corte manejados nas condições ambientais da Amazônia. O experimento avaliou 48 carcaças em delineamento em blocos ao acaso, com esquema fatorial (2x3), com os tratamentos baseados no processamento da carcaça (inteira ou cortada) e nos métodos de conservação (congelamento, gelo ou resfriamento). Nos resultados, o armazenamento refrigerado levou a uma absorção de água significativamente maior (P<0,05), particularmente em curto prazo, sem afetar negativamente o conteúdo nutricional. O congelamento proporcionou menor (P<0,05) absorção de água, com maior (P<0,05) conteúdo nutricional, enquanto o armazenamento em gelo apresentou conteúdo nutricional satisfatório, mas maior contaminação microbiológica. As carcaças cortadas apresentaram maior (P<0,05) absorção de água em curto prazo, sem efeitos prejudiciais (P<0,05) no seu conteúdo nutricional e na concentração microbiológica. Por outro lado, as carcaças inteiras exibiram menor (P<0,05) absorção de água em curto e longo prazo, conteúdo nutricional ligeiramente diminuído (P<0,05) e aumento (P<0,05) na contaminação microbiológica.

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The Caatinga biome is unique to Brazil, with unfavorable environmental characteristics for the survival of Leptospira spp. However, recent studies have shown high positivity at PCR (polymerase chain reaction) in small ruminants. There are no Leptospira spp. studies based on sample calculation in pigs in the Caatinga. The aim of this study was to assess the importance of pigs in the spread of leptospirosis in the Caatinga biome. Overall, 200 biological samples (urine, blood, vaginal fluid, and tissues of reproductive and urinary tracts) were collected from 40 slaughtered sows, and MAT (microscopic agglutination test) and PCR tests were carried out to detect anti-Leptospira spp. antibodies and the agent's DNA, respectively. The serological analysis showed a positivity rate of 5% (2/40), and the PCR identified Leptospira spp. DNA in 62.5% (25/40) of the animals. Only 2.5% (1/40) of the animals were positive for both techniques. The detected serogroups were Australis (50%) and Bataviae (50%), with antibody titers of 25 and 50. Leptospira spp. DNA was detected in 40% (16/40) of the reproductive tract samples, 32.5% (13/40) of the urinary tract, 32.5% (13/40) of the vaginal fluid and 30% (12/40) of the urine. There was no agreement (Kappa <0) between PCR samples from the genital tract vs. urinary tract or serological results. Genetic sequencing of one urine and one urinary tract tissue sample revealed 99% identity with L. borgpetersenii. The results indicate that leptospirosis is a concern in pigs in the context of Caatinga, with a high prevalence of infection detected by different diagnostic methods. The molecular analysis revealed a considerable proportion of infected animals. The findings emphasize the importance of a multifaceted approach in the diagnosis of leptospirosis in pigs, with a focus on the use of genital tract samples for the diagnosis of leptospirosis in this animal species, providing valuable insights for the control and prevention of this disease in both animals and the zoonotic context. Finally, the detection of leptospires in the genital tract indicates a possibility of male-female transmission in the venereal context.

O bioma Caatinga é único no Brasil, com características ambientais desfavoráveis à sobrevivência de Leptospira spp. Porém, estudos recentes demonstraram alta positividade na PCR (reação em cadeia da polimerase) em pequenos ruminantes. Não existem estudos para a infecção por Leptospira spp. baseados em cálculo amostral em suínos na Caatinga. O objetivo deste estudo foi avaliar a importância dos suínos na disseminação da leptospirose no bioma Caatinga. Foram coletadas 200 amostras biológicas (urina, sangue, fluido vaginal e tecidos do trato reprodutivo e urinário) de 40 porcas abatidas e realizados testes SAM (teste de soroaglutinação microscópica) e PCR para detecção de anticorpos anti-Leptospira spp. e DNA do agente, respectivamente. A análise sorológica mostrou taxa de positividade de 5% (2/40) e a PCR identificou o DNA de Leptospira spp. em 62,5% (25/40) dos animais. Apenas 2,5% (1/40) dos animais foram positivos para ambas as técnicas. Os sorogrupos detectados foram Australis (50%) e Bataviae (50%), com títulos de anticorpos de 25 e 50. O DNA de Leptospira spp. foi detectado em 40% (16/40) das amostras do trato reprodutivo, 32,5% (13/40) do trato urinário, 32,5% (13/40) do fluido vaginal e 30% (12/40) de urina. Não houve concordância (Kappa <0) entre amostras de PCR do trato genital vs. trato urinário ou resultados sorológicos. O sequenciamento genético de uma amostra de urina e de uma amostra de tecido do trato urinário revelou 99% de identidade com L. borgpetersenii. Os resultados obtidos indicam que a leptospirose representa uma preocupação em suínos no contexto da Caatinga, com alta prevalência de infecção detectada por diferentes métodos diagnósticos, bem como análises moleculares revelaram proporção considerável de animais infectados. Os resultados enfatizam a importância de uma abordagem multifacetada no diagnóstico da leptospirose em suínos, com foco no uso de amostras do trato genital para o diagnóstico da leptospirose nesta espécie animal, fornecendo informações valiosas para o controle e prevenção desta doença em animais e no contexto zoonótico. Por fim, a detecção de leptospiras no trato genital indica possibilidade de transmissão macho-fêmea no contexto venéreo.

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The aim of study is to feature the microbiological quality of two neotropical fish species from the quilombola area of Maranhão State, Brazil. In order to do so, 21 samples of Hoplerythrinus unitaeniatus and 21 samples of Cichlasoma bimaculatum were captured in flooded environment. Collected fish were euthanized in laboratory environment; muscle fragments were removed for microbiological analyses focused on enumerating molds and yeasts, viable strict and facultative mesophilic microorganisms and coagulase-positive staphylococci; on counting total and thermotolerant coliforms; and on investigating Escherichia coli and Salmonella sp. Microbiological results were compared to the Brazilian legislation, which establishes the list of microbiological standards for food products. Among the assessed fish, 9.52% were classified as non-acceptable for human consumption, based on the Salmonella parameter. Enumerated coagulase-positive staphylococci ranged from < 10 to 3.9 x 104 CFU/g; 9.52% of assessed fish were classified as having intermediate standard for human consumption, whereas 4.76% were classified as non-acceptable for such a purpose. E. coli counting ranged from 3.6 to > 1,100MPN/g; 4.76% of assessed fish were classified as having intermediate standard for human consumption, whereas 4.76% were classified as non-acceptable for such a purpose. Total and thermotolerant coliforms' counting and the enumeration of viable strict and facultative aerobic microorganisms, as well as of molds and yeasts, have evidenced high microbial population rates; this finding suggests poor hygienic conditions at capture site, contaminated raw material and risk of incidence of enteropathogens. This finding has evidenced imbalance in the investigated environment, as well as compromised aquatic biodiversity.(AU)

Objetivou-se caracterizar a qualidade microbiológica de duas espécies de peixes neotropicais oriundas de área qui-lombola maranhense, Brasil. Para isso, foram capturadas 21 amostras de Hoplerythrinus unitaeniatus e 21 amostras de Cichlasoma bimaculatum de ambiente alagável. No laboratório, os peixes foram eutanasiados, procedida a retirada dos fragmentos mus-culares e realizada as análises microbiológicas: enumeração de bolores e leveduras, micro-organismos mesófilos aeróbios estri-tos e facultativos viáveis e de estafilococos coagulase positiva, quantificação de coliformes totais e termotolerantes, pesquisa de Escherichia coli e Salmonella sp. Os resultados microbiológicos obtidos foram comparados com a legislação brasileira que estabelece a lista de padrões microbiológicos para alimentos. Dos peixes avaliados, 9,52% foram considerados inaceitáveis para consumo humano para o parâmetro Salmonella. A enumeração de estafilococos coagulase positivavariou de <10 a 3,9 x 104 UFC/g, sendo 9,52% dos peixes considerados com padrão intermediário e 4,76% inaceitáveis para consumo. A quanti-ficação de E. coli variou de 3,6 a >1.100 NMP/g, sendo 4,76% considerados com padrão intermediário e 4,76% inaceitáveis para consumo. A quantificação de coliformes totais e termotolerantes e a enumeração de micro-organismos aeróbios estritos e facultativos viáveis e bolores e leveduras revelou elevadas populações microbianas o que sugere más condições higiênicas do local de captura, matéria-prima contaminada e risco da presença de enteropatógenos, demonstrando desequilíbrio no ambiente estudado com comprometimento da biodiversidade aquática.(AU)

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The objective of this study was to evaluate the effect of bioremediation, through the application of two different strategies of effective microorganisms as treatment of effluents in the parameters of water quality and in the bacteriological profile of the soil of 'Canal da Cidade' - Maricá, Rio de Janeiro, Brazil. The metagenomic analyzes indicated that the abundance and richness of microorganisms in the substrate increased significantly after the bioremediation strategy used in this study. Because of bioremediation, 31 bacterial species disappeared from the environment when comparing the initial and final bacterial profiles of the soil, where 94% of these 31 species were anaerobic. Furthermore, 61 new aerobic or facultative aerobic species appeared in the channel substrate after bioremediation. As a consequence of bioremediation, the dissolved oxygen concentration and pH values increased significantly throughout the bioremediation process, indicating that the changes found in the microbiological profile of the soil contributed to the improvement of water quality parameters, helping the environment to move from anaerobic to aerobic characteristics. Thus, it is possible to state that the use of effective microorganisms directly affected the physical-chemical parameters of water quality and the microbial profile of the soil community of 'Canal da Cidade'.(AU)

Resumo

Coffea sp. is cultivated in many tropical countries. Brazil has always adopted intensive agricultural practices, but organic coffee farming is an alternative system based on the non-use of agrochemicals and the rational management of soils. Metabarcoding 16S analysis using next-generation sequencing has been developed to identify and compare the diversity of the Coffea arabica L. rhizospheric bacterial community in two farming areas in São Paulo, Brazil. Dourado uses conventional farming, while Ribeirão Corrente uses organic. We found broad taxonomic composition, with sequences from 24 phyla, 55 classes, 61 orders, 146 families, and 337genus. The three most abundant phyla were Proteobacteria (38.27%), Actinobacteria (15.56%), and Acidobacteria (16.10%). In organic farming, the top 3 were the family Sphingomonadaceae, order Rhizobiales, genus Nocardioides, and Gp6. The genus Gp2 and the phylum Candidatus Saccharibacteria were the most abundant OTUs exclusively present in conventional farming. In the organic farming practice, Proteobacteria, Actinobacteria, and Acidobacteria were also present among the exclusive OTUs; we also found OTUs belonging to Bacteroidetes, Firmicutes, and Verrucomicrobia. Our study indicates a positive effect of organic farming on microbial communities. Fertilization may directly affect soil microbiota, suggesting that a large and active microbial community low in functional diversity might not adapt to new climatic conditions. A diverse community could provide better resilience to environmental changes, improving the productivity of this important crop.

Coffea sp. é cultivada em muitos países tropicais. O Brasil sempre adotou práticas agrícolas intensivas, mas a cafeicultura orgânica é um sistema alternativo baseado na não utilização de agrotóxicos e no manejo racional dos solos. A análise Metabarcode 16S utilizando o sequenciamento de última geração foi desenvolvida para identificar e comparar a diversidade da comunidade bacteriana rizosférica de Coffea arabica L. em duas áreas de cultivo em São Paulo, Brasil. Dourado usa agricultura convencional, enquanto Ribeirão Corrente usa agricultura orgânica. Encontramos ampla composição taxonômica, com sequências de 24 filos, 55 classes, 61 ordens, 146 famílias e 337 gêneros. Os três filos mais abundantes foram Proteobacteria (38,27%), Actinobacteria (15,56%) e Acidobacteria (16,10%). Na agricultura orgânica, os 3 primeiros foram a família Sphingomonadaceae, ordem Rhizobiales, gênero Nocardioides e Gp6. O gênero Gp2 e o filo Candidatus Saccaribacteria foram as OTUs mais abundantes exclusivamente presentes na agricultura convencional. Na prática da agricultura orgânica, Proteobacteria, Actinobacteria e Acidobacteria também estiveram presentes entre as OTUs exclusivas; também encontramos OTUs pertencentes a Bacteroidetes, Firmicutes e Verrucomicrobia. Nosso estudo indica um efeito positivo da agricultura orgânica nas comunidades microbianas. A fertilização pode afetar diretamente a microbiota do solo, sugerindo que uma grande e ativa comunidade microbiana com baixa diversidade funcional pode não se adaptar às novas condições climáticas. Uma comunidade microbiana diversificada poderia proporcionar maior resiliência às mudanças ambientais, melhorando a produtividade desta importante cultura agrícola.

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Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) causes bacterial leaf blight that is a major threat to rice production. Crop losses in extreme situations can reach up to75%, and millions of hectares of rice are affected each year. Management of the disease required information about the spatial distribution of BLB incidence, severity, and prevalence. In this study, major rice-growing areas of Pakistan were surveyed during 2018-2019 for disease occurrence, and thematic maps were developed using geographic information system (GIS). Results showed that Narowal district had highest percentage of disease incidence (54-69%), severity (42-44%), and prevalence (72-90%) meanwhile Jhung district had the lowest incidence (21-23%), severity (18-22%), and prevalence (45-54%). To understand the environmental factors contributing to this major rice disease, the research analyze, the spatial relationships between BLB prevalence and environmental variables. Those variables include relative humidity (RH), atmospheric pressure (A.P), minimum temperature, soil organic carbon, soil pH, and elevation, which were evaluated by using GIS-based Ordinary Least Square (OLS) spatial model. The fitted model had a coefficient of determination (R2) of 65 percent explanatory power of disease development. All environmental variables showed a general trend of positive correlation between BLB prevalence and environmental variables. The results show the potential for disease management and prediction using environmental variable and assessment.

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) causa o crestamento bacteriano das folhas, que é uma grande ameaça à produção de arroz. As perdas de safra em situações extremas podem chegar a 75% e a milhões de hectares de arroz são afetados a cada ano. O manejo da doença exigia informações sobre a distribuição espacial da incidência, gravidade e prevalência de BLB. Neste estudo, as principais áreas de cultivo de arroz do Paquistão foram pesquisadas durante 2018 e 2019 para ocorrência de doenças, e mapas temáticos foram desenvolvidos usando o sistema de informações geográficas (GIS). Os resultados mostraram que o distrito de Narowal teve a maior porcentagem de incidência da doença (54-69%), gravidade (42-44%) e prevalência (72-90%), enquanto o distrito de Jhung teve a menor incidência (21-23%), gravidade (18-22%) e prevalência (45-54%). Para compreender os fatores ambientais que contribuem para esta importante doença do arroz, a pesquisa analisa as relações espaciais entre a prevalência de BLB e as variáveis ​​ambientais. Essas variáveis ​​incluem umidade relativa (UR), pressão atmosférica (PA), temperatura mínima, carbono orgânico do solo, pH do solo e altitude, que sendo avaliadas a partir do modelo espacial Ordinary Least Square (OLS) baseado em GIS. O modelo ajustado teve um coeficiente de determinação (R2) de 65 por cento de poder explicativo do desenvolvimento da doença. Todas as variáveis ​​ambientais apresentaram tendência geral de correlação positiva entre prevalência de BLB e variáveis ​​ambientais. Os resultados mostram o potencial de manejo e predição de doenças usando variáveis ​​e avaliações ambientais.

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Estuaries are important ecosystems due to the ecological services they provide, acting as nurseries for many species of fish and invertebrates, and are also used as environments for the extraction and cultivation of mollusks. Oysters are animals that filter water to obtain oxygen and nutrients. In this process, they can bioaccumulate microorganisms and chemical substances in their tissues. The growth of mollusk culture in Northeastern Brazil requires the health identification of cultivated oysters through the quantification of the potentially harmful microbiota accumulated in the animals. Therefore, the present work aims to quantify and identify bacteria and possible pathogens found in the tissues of cultivated oysters and their culture waters. The Most Probable Number of Coliforms (MPN) in oysters and water were considered suitable according to the Brazilian current legislation, Vibrio sp. obtained low colonization and Salmonella sp. was not observed. The prevalence of microorganisms potentially pathogenic to oysters was 33.7%, highlighting metazoans and Nematopsis sp., however, the intensity of the infestation of these organisms was moderate. The low contamination of oysters demonstrates that this culture environment is promising for this activity. However, continuous environmental and sanitary monitoring is fundamental to guarantee the safety of the culture waters and the sustainability of aquaculture activities.

Os estuários são ecossistemas importantes devido a serviços ecológicos que fornecem, os quais conferem a função de berçário para muitas espécies de peixes e invertebrados, e também são utilizados como ambientes de extração e cultivo de moluscos. As ostras são animais que filtram a água para obtenção de oxigênio e nutrientes. Nesse processo podem bioacumular microorganismos e substâncias químicas em seus tecidos. O crescimento da malacocultura no Nordeste do Brasil fomenta a necessidade de identificar a sanidade das ostras cultivadas através da quantificação da microbiota potencialmente nociva acumulada nos animais. Portanto o presente trabalho visa quantificar e identificar bactérias e possíveis patógenos encontrados nos tecidos dos moluscos cultivados e nas suas águas de cultivo. O Número mais Provável de Coliformes (NMP) nas ostras e na água foram considerados próprios segundo as legislações vigentes, Vibrio sp. obteve baixa colonização e Salmonella sp. não foi observada. A prevalência de microorganismos potencialmente patógenos para as ostras foi de 33,7%, destacando como mais prevalentes os metazoários e Nematopsis sp., porém a intensidade da infestação desses organismos foi moderada. A baixa contaminação das ostras demonstra que este ambiente de cultivo é promissor para esta atividade. No entanto, o contínuo monitoramento ambiental e sanitário é fundamental para garantir a inocuidade das águas de cultivo e a sustentabilidade das atividades aquícolas.

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This study aimed to describe the epidemiological indexes of mastitis, milk quality and udder hygiene in the Compost Barn system, as well as to search for associations between isolated pathogens from milk with compost characteristics. Three dairy herds participated in the study, and the samples were collected during different periods on each farm. Individual milk samples were collected in duplicate for SCC analysis and microbiological culture. Environmental pathogens caused most cases of clinical mastitis on farm 2, and contagious pathogens caused the most cases on farm 1. Bed moisture was not associated with the incidence of environmental pathogens. Most of the animals remained in good udder hygiene during the study. Poor udder hygiene contributed to the increased incidence of environmental pathogens in one of the farms. A higher number of animals with a hygiene score of ≥ 2 were observed during the warmer and rainfall periods. There was no association between hygiene scores and somatic cell counts. The results suggest that pathogens isolated from milk in animals confined in Compost Barn under tropical climate are like other confinement systems adopted elsewhere. The year period influenced the udder hygiene score, reinforcing the importance of bed management throughout the year.

O objetivo deste estudo foi descrever os índices epidemiológicos da mastite, da qualidade do leite e da higiene do úbere em animais confinados no sistema Compost Barn, bem como buscar associações entre patógenos isolados do leite e características do composto. Três rebanhos leiteiros participaram do estudo e as amostras foram coletadas em diferentes períodos em cada fazenda. Amostras individuais de leite foram coletadas em duplicata para análise de CCS e cultura microbiológica. Patógenos ambientais causaram a maioria dos casos de mastite clínica na fazenda 2, e na fazenda 1 a maioria dos casos foi em decorrência de patógenos contagiosos. Amostras de material da cama foram coletadas em duas fazendas para análise da densidade bacteriana e da umidade. A umidade da cama permaneceu dentro da faixa de controle durante o estudo e não foi associada à incidência de patógenos ambientais. A maioria dos animais permaneceu com boa higiene de úbere durante o estudo. A falta de higiene do úbere contribuiu para o aumento da incidência de patógenos ambientais em uma das fazendas. Durante o período mais quente e mais chuvoso, um número maior de animais com escore de sujidade ≥2 foi observado em todos os rebanhos. Não houve associação entre escore de sujidade e contagem de células somáticas em qualquer uma das três fazendas. Os resultados indicam que o perfil de patógenos isolados do leite em animais confinados em Compost Barn sob clima tropical é semelhante a outros sistemas de confinamento adotados em outros lugares. O período do ano influenciou o escore de higiene do úbere, o que reforça a importância do manejo da cama ao longo do ano.

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Salmonellosis is an important gastrointestinal infection in humans and cause of foodborne outbreaks in the world. In this context, molecular characterization is essential to understand how the strains circulate. The aim of this study was to evaluate the genotypic distribution of S. Heidelberg according to the source of isolation. The genetic relatedness of the S. Heidelberg isolates was determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). The most prevalent pulsotypes of cluster A were BRJF6X01.006 (27/95 = 28,42%) related between 1995 and 2011 in broilers, poultry meat and poultry farms, meat product and human, and BRJF6X01.001 (21/95 = 22,10%) related between 2011 and 2017 in wild animals, broilers, poultry meat, poultry farms, meat product, animal feed, and pork meat. The pulsotype BRJF6X01.001 shows a high distribution in the environmental and productive chain. The degree of similarity between pulsotypes BRJF6X01.006 and BRJF6X01.001 is 88%. To ensure the safety of human and animal health, holistic approaches, including surveillance of Salmonella throughout the environment and in the production chain, together with control measures, are critical. As transmission of Salmonella from food producing animals to wildlife and to the environment is considered potential public health problem, information on the survival and persistence of Salmonella in the environment and in potential reservoirs is of considerable importance.(AU)

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The African pygmy hedgehog (Atelerix albiventris) is becoming increasingly common in zoological collection and as pets, increasing the risk of disease transmission. Here, we describe a case of cryptococcosis caused by Cryptococcus gattii in a captive African pygmy hedgehog and the other anatomopathological findings. The macroscopic analysis of the lung found white-yellowish masses of gelatinous consistency. The microscopic analysis of the lung revealed severe pulmonary involvement resulting from granulomatous pneumonia caused by C. gattii yeasts, identified through polymerase chain reaction and sequencing. Other histopathological findings included hepatic steatosis, biliary hyperplasia, and renal lesions with deposition of hyaline cylinders in the lumen of tubular epithelial cells, glomerulopathy, and tubular necrosis. Our findings demonstrate the importance of anatomopathological studies in diagnosing relevant diseases in the context of one health. We emphasize that adequate environmental management is essential to avoid the emergence of certain diseases in captivity.(AU)

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Pesticide residues that contaminate the environment circulate within the hydrological cycle can accumulate within the food chain and cause problems to both environmental and human health. Microbes, however, are well known for their metabolic versatility and the ability to degrade chemically stable substances, including recalcitrant xenobiotics. The current study focused on bio-prospecting within Amazonian rainforest soils to find novel strains fungi capable of efficiently degrading the agriculturally and environmentally ubiquitous herbicide, glyphosate. Of 50 fungal strains isolated (using culture media supplemented with glyphosate as the sole carbon-substrate), the majority were Penicillium strains (60%) and the others were Aspergillus and Trichoderma strains (26 and 8%, respectively). All 50 fungal isolates could use glyphosate as a phosphorous source. Eight of these isolates grew better on glyphosate-supplemented media than on regular Czapek Dox medium. LC-MS revealed that glyphosate degradation by Penicillium 4A21 resulted in sarcosine and aminomethylphosphonic acid.

Resíduos de agrotóxicos que contaminam o meio ambiente circulam no ciclo hidrológico, podendo se acumular na cadeia alimentar e causar problemas tanto à saúde ambiental quanto humana. Por sua vez, microrganismos são bem conhecidos por sua versatilidade metabólica e capacidade de degradar substâncias quimicamente estáveis, incluindo xenobióticos recalcitrantes. O estudo atual se concentrou na bioprospecção nos solos da floresta amazônica para encontrar novas linhagens de fungos capazes de degradar com eficiência o herbicida onipresente na agricultura e no meio ambiente, o glifosato. Entre os 50 fungos isolados (usando meio de cultura suplementado com glifosato como única fonte de carbono), a maioria eram isolados do gênero Penicillium (60%) e os outros eram isolados de Aspergillus e Trichoderma (26 e 8%, respectivamente). Todos os 50 isolados de fungos foram capazes de usar glifosato como fonte de fósforo. Oito desses isolados cresceram melhor em meio suplementado com glifosato do que em meio Czapek Dox regular. LC-MS revelou que a degradação do glifosato por Penicillium 4A21 resultou nos metabólitos sarcosina e ácido aminometilfosfônico.

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Abstract Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

Resumo A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu subsequente sequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).