Global epidemiology of Equine Influenza viruses; A possible emerging zoonotic threat in future an extensive systematic review with evidence

Abstract There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.

Resumo Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.

Global epidemiology of Equine Influenza viruses: "A possible emerging zoonotic threat in future" an extensive systematic review with evidence / Epidemiologia global dos vírus da Gripe Equina: "Uma possível ameaça zoonótica emergente no futuro" uma extensa revisão sistemática com evidências

There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.(AU)

Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.(AU)

Global epidemiology of Equine Influenza viruses: "A possible emerging zoonotic threat in future" an extensive systematic review with evidence / Epidemiologia global dos vírus da Gripe Equina: "Uma possível ameaça zoonótica emergente no futuro" uma extensa revisão sistemática com evidências

There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.

Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.

Genetic diversity of Mycoplasma hyopneumoniae in finishing pigs in Minas Gerais / Diversidade de cepas de Mycoplasma hyopneumoniae em suínos em terminação brasileiros

Mycoplasma hyopneumoniae is one of the most challenging respiratory pathogens involved with swine pneumonia worldwide, responsible for a chronic infection with high morbidity, which predisposes secondary bacterial infections in growing and finishing pigs. Advances in diagnostic techniques allowed identification of genetic characteristics associated with high antigenic and proteomic variability among bacterial strains. This study aimed to evaluate the genetic diversity of M. hyopneumoniae strains in lungs with pneumonic lesions obtained from 52 pig farms located in Minas Gerais, one of the largest swine production states in Brazil. Genotyping was performed using multilocus variable number of tandem repeat (VNTR) analysis (MLVA), targeting two loci encoding P97 and P146 adhesins VNTR. The results showed that this agent is widely disseminated in pig farms and there is a high polymorphism of M. hyopneumoniae variants circulating in the state of Minas Gerais. Different M. hyopneumoniae genotypes are randomly distributed in several regions of the state, with no specific geographic population structure pattern. M. hyopneumoniae association with viral agents was sporadic (3.17% with Influenza A and 1.9% with PCV2).

Mycoplasma hyopneumoniae é um dos patógenos respiratórios mais desafiadores envolvidos com pneumonia suína em todo o mundo. É responsável por uma infecção crônica de alta morbidade, que predispõe a infecções bacterianas secundárias nas fases de crescimento e terminação. Avanços nas técnicas diagnósticas permitiram a identificação de características genéticas do agente, associadas à alta variabilidade antigênica e proteômica entre cepas. Este estudo teve como objetivo examinar a ocorrência e diversidade genética de cepas de M. hyopneumoniae em pulmões com lesões pneumônicas em 52 granjas de suínos no estado de Minas Gerais, um dos maiores estados produtores de suínos do Brasil. A genotipagem foi realizada utilizando a técnica de "multilocus variable number of tandem repeat analysis" (VTNR/MLVA), usando dois loci que codificam VNTR das adesinas P97 e P146. Os resultados mostraram que esse agente está amplamente disseminado em granjas de suínos e que existe alto polimorfismo das variantes de M. hyopneumoniae circulando no estado de Minas Gerais. Diferentes genótipos de M. hyopneumoniae estão distribuídos aleatoriamente em várias regiões do estado, sem um padrão de estrutura populacional e geográfica específico. Associação de M. hyopneumoniae e agentes virais foi esporádica (3,17% com Influenza A e 1,9% com PCV2).

The sequence analysis of M2 gene for identification of amantadine resistance in avian influenza virus (H9N2 subtype), detected from broiler chickens with respiratory syndrome during 2016-2018, in Isfahan-Iran

Amantadine and rimantadine are used for prevention and treatment of influenza A virus (IAV) infection. The rates of resistant IAVs have been increasing globally. However, amino acid substitutions in the M2 transmembrane channel lead to amantadine resistance. The residues of 26, 27, 30, 31 or 34 are marker of amantadine resistance in IAVs. In this study, 15 pooled tracheal samples collected from 15 chicken farms with severe respiratory sign and mortality in 2016-2018. After identification of influenza A and H9 subtype, the 1027 bp fragment of M gene was sequenced for molecular evaluation of amantadine resistance in AIV strains. Results showed 12 out of 15 pooled samples were positive for IAV and H9 subtype. Based on M2 gene analysis, 8 out of 12 (66.66%) were resistance to amantadine. Four out of 8 (50%) showed S31N substitution (serine to asparagine) and four out of 8 (50%) have V27A substitution (valine to alanine). There was no dual amantadine resistance mutation in any specimens. In conclusion, the emergence of amantadine resistance variants of AIV in Iran, can raise concerns about controlling of the seasonal and the future pandemic influenza. Therefore, greater caution is needed in the use of adamantanes.(AU)

Efficacy of disinfectants to inactivate H1N1 influenza A virus isolated from pigs / Eficácia de desinfetantes para inativar o vírus da influenza A H1N1 isolado de suínos

The aim of this study was to access the efficacy of four disinfectants to inactivate influenza A [H1N1] 0 hour and 72 hours after disinfectant dilution. A pandemic H1N1 influenza virus isolated from a pig with respiratory disease was used to obtain inoculums containing 6.4log10 EID50/mL; 5.4log10 EID50/mL; 4.4log10 EID50/mL and 3.4log10 EID50/mL. Suspension test was composed of 400µL of viral inoculum, 100µL of organic load and 500µL of each individually diluted disinfectant and incubated for ten minutes of contact time. After a neutralizing step, each mixture was filtered on a 0.22µm membrane and 0.2mL was inoculated in six 9-day-old embryo chicken egg through allantoic route. The allantoic fluid from eggs was harvest for RT-PCR and hemagglutination test. The experiment was repeated 72 hours after disinfectant dilution. On the first assessment with fresh disinfectant, influenza virus was inactivated by oxidizing compost disinfectant and phenolic disinfectant in all virus concentrations, the quaternary ammonium compound (QAC) and glutaraldehyde association inactivated the virus up to a concentration of 5.4log10 EID50/mL. QAC disinfectant did not eliminate virus viability. Seventy-two hours after disinfectants were diluted, oxidizing compost disinfectant and QAC and glutaraldehyde association disinfectant demonstrated the same result as the evaluation with fresh disinfectant solution. Phenolic disinfectant inactivated viral inoculum up to a concentration of 5.4log10 EID50/mL. QAC had no effect on inactivating 3.4log10 EID50/ mL of influenza virus. In conclusion, three of the four disinfectants tested were effective to inactivate pandemic H1N1 influenza virus in the presence of organic load. Test result performed 72hours after disinfectant dilution suggest a decrease in the effectiveness of one disinfectant.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia de quatro desinfetantes em inativar o vírus da influenza A [H1N1] 0-hora e 72-horas após a diluição dos produtos. Um vírus H1N1 pandêmico isolado previamente de um suíno com doença respiratória foi utilizado e foram obtidas quatro concentrações de inóculo contendo 6,4log10 EID50/mL; 5,4log10 EID50/mL; 4,4log10 EID50/mL and 3,4log10 EID50/mL. Para compor o teste em suspensão foram adicionados 400µL de inóculo viral, 100µL de matéria orgânica e 500µL de cada desinfetante diluído individualmente e a mesma foi incubada por 10 minutos. Após a etapa neutralizante, a suspensão foi filtrada em membrana 0,22µm e 0,2mL foi inoculado em seis ovos de galinha embrionados de nove dias de incubação, via rota alantóide. O fluido alantóide foi colhido após 72 horas para testes de hemaglutinação e RTPCR. O mesmo protocolo experimental foi repetido usando as soluções desinfetantes 72 horas após a diluição. O vírus da influenza foi inativado pelo composto oxidante e também pelo desinfetante fenólico em todas as concentrações virais testadas 0-hora após diluição. O desinfetante com associação de amônia quaternária e glutaraldeído inativou o vírus na concentração de até 5,4log10 EID50/mL. O desinfetante à base de amônia quaternária não inativou o vírus. Os resultados 72-horas após a diluição não diferiram quando comparado com 0-hora, exceto o desinfetante fenólico, o qual inativou o vírus da influenza somente até a concentração 5,4log10 EID50/ mL. Concluindo, três dos quatro desinfetantes testados foram efetivos ao inativar o vírus da influenza [H1N1] pandêmico na presença de matéria orgânica. Os resultados do teste com produtos diluídos após 72 horas sugerem redução da efetividade em, pelo menos, um desinfetante.

Histopathologic patterns and etiologic diagnosis of porcine respiratory disease complex in Brazil / Padrões histopatológicos e diagnóstico etiológico do complexo de doenças respiratórias dos suínos no Brasil

Porcine respiratory disease complex is a major health concern for the porcine industry, causing significant economic loss. In this study, a total of 156 samples from pigs referred to a diagnostic laboratory in Brazil for 15 months were analyzed by histopathology, bacterial isolation, PCR, and immunohistochemistry. Multiple infections were common, so 42.3% of the pigs had more than one pathogen detected in the lungs. Swine influenza virus was detected in 25.0% of the cases. Porcine circovirus type 2 was detected in 7.1% of the pigs, which was often associated with Pasteurella multocida. In addition, one case of porcine circovirus type 3 infection associated with granulomatous pneumonia was diagnosed. Bacteria were isolated in 125 cases, namely Pasteurella multocida (34.0%), Glaesserella (Haemophilus) parasuis (35.2%), Streptococcus suis (13.5%), and Actinobacillus pleuropneumoniae (7.7%). Mycoplasma hyopneumoniae was identified in 7.0% of the cases, and 18.6% of pigs carried Salmonella sp. The most common patterns of pulmonary inflammation were broncopneumonia, bronchointerstitial pneumonia, and pleuritis, in that order. This study demonstrated that histopathology is an efficient tool along with other laboratorial diagnostic tests for establishing an etiologic diagnosis in cases of porcine respiratory disease complex.

O complexo de doenças respiratórias de suínos é um dos principais problemas sanitários na suinocultura, causando perdas econômicas significativas. O presente estudo incluiu amostras de 156 suínos, que foram encaminhados a um laboratório de diagnóstico no Brasil, durante um período de 15 meses, sendo realizados histopatologia, isolamento bacteriano, PCR e imuno-histoquímica. Coinfecções por múltiplos patógenos foram comuns, correspondendo a 42,3% dos animais, que tiveram mais de um agente identificado nos pulmões. O vírus da influenza suína foi detectado em 25,0%. O circovírus suíno tipo 2 foi detectado em 7,1% dos animais, frequentemente associado à Pasteurella multocida. Além disso, foi diagnosticado um caso de circovírus suíno tipo 3 associado à pneumonia granulomatosa. Foram isoladas bactérias em 125 casos, a saber: Pasteurella multocida (34,0%), Glaesserella (Haemophilus) parasuis (35,2%), Streptococcus suis (13,5%) e Actinobacillus pleuropneumoniae (7,7%). Mycoplasma hyopneumoniae foi identificado em 7,0%, e 18,6% dos animais tiveram isolamento de Salmonella sp. Os padrões mais frequentes de inflamação pulmonar foram: broncopneumonia, pneumonia broncointersticial e pleurite, nesta ordem. Este estudo demonstrou que a histopatologia é uma ferramenta eficiente, juntamente a outras técnicas laboratoriais de diagnóstico, para o estabelecimento de diagnóstico etiológico em casos do complexo de doenças respiratórias de suínos.

Detection of respiratory viruses and expression of inflammatory cytokines in patients with acute exacerbation chronic obstructive pulmonary disease in Mongolia China

Abstract Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) was estimated to be the third cause of global mortality by 2020. Acute exacerbation COPD (AECOPD) is a sudden worsening of COPD symptoms and could be due to virus/bacterial infections and air pollution. Increased expression of inflammatory markers in patients with AECOPD is associated with viral infection. This study aimed to detect different viruses and analyze the expression of various inflammatory markers associated with AECOPD patients. Three hundred and forty-seven patients diagnosed with COPD according to GOLD criteria were included in this study. Swab samples and blood were collected for the detection of viruses by RT-PCR and expression of inflammatory markers, respectively. Of the swab samples, 113 (32.6%) of samples were positive for virus detection. Of these, HRV (39.8%) was the predominant virus detected followed by FluB (27.4%) and FluA (22.1%). The presence of HRV was significantly higher (p=0.044) among the other detected viruses. When compared to healthy controls the expression levels of TNF-, IL-6 and IL-8 were significantly higher (p 0.05) in virus-positive patients. The IL-6 and IL-8 were the next predominantly expressed in markers among the samples. The higher expression rate of IL-8 was significantly (p 0.05) associated with patients having COPD GOLD III severity level and smoking history. Although HRV was the predominant virus detected the combined prevalence of Influenza A and B surpassing the rate of HRV. The high-level expression of well known inflammatory markers of AECOPD, TNF-, IL-6 and IL-8 indicates a chronic severe illness. These markers play an important role and could be used as a marker for determining the severity of AECOPD.

Resumo Estima-se que a doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) seja a terceira causa de mortalidade global em 2020. A exacerbação aguda DPOC (AECOPD) é um agravamento súbito dos sintomas da DPOC e pode ser devido a infecções por vírus/bactérias e poluição do ar. O aumento da expressão de marcadores inflamatórios em pacientes com AECOPD está associado à infecção viral. Este estudo teve como objetivo detectar diferentes vírus e analisar a expressão de vários marcadores inflamatórios associados a pacientes com AECOPD. Trezentos e quarenta e sete pacientes com diagnóstico de DPOC de acordo com os critérios GOLD foram incluídos neste estudo. Amostras de swab e sangue foram coletadas para detecção de vírus por RT-PCR e expressão de marcadores inflamatórios, respectivamente. Das amostras de esfregaço, 113 (32,6%) amostras foram positivas para detecção de vírus. Nestas, o HRV (39,8%) foi o vírus predominante detectado, seguido do FluB (27,4%) e do FluA (22,1%). A presença de VFC foi significativamente maior (p = 0,044) entre os demais vírus detectados. Quando comparados a controles saudáveis, os níveis de expressão de TNF-, IL-6 e IL-8 foram significativamente maiores (p 0,05) em pacientes com vírus positivo. A IL-6 e a IL-8 foram as próximas predominantemente expressas em marcadores entre as amostras. A maior taxa de expressão de IL-8 foi significativamente (p 0,05) associada a pacientes com grau de gravidade GOLD III da DPOC e história de tabagismo. Embora o HRV tenha sido o vírus predominante, a prevalência combinada de Influenza A e B ultrapassou a taxa de HRV. O alto nível de expressão de marcadores inflamatórios bem conhecidos de AECOPD, TNF-, IL-6 e IL-8 indica uma doença crônica grave. Esses marcadores desempenham um papel importante e podem ser usados como um marcador para determinar a gravidade da AECOPD.

Genome-Wide Association Study on Two Immune-Related Traits in Jinghai Yellow Chicken

This study was designed to discover molecular marker associated with the interferon INF-γ and avian influenza (AI) antibody titer traits in Jinghai Yellow chicken (Gallus gallus). Serum samples were taken from 400 female chickens and the INF-γ concentrations and AI antibody titer levels were measured. A genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment (SLAF) sequencing. Bioinformatics analysis was applied to detect single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with the two traits. After sequencing and quality control, 103,680 SLAFs and 90,961 SNPs were obtained. The 400 samples were divided into 10 subgroups to reduce the effects of group stratification. The Bonferroni adjusted P-value of genome-wide significance was set at 1.87E−06 according to the number of independent SNP markers and linkage disequilibrium blocks. A SNP that was significantly associated with INF-γ concentration was detected in the myomesin 1 (MYOM1) gene on chromosome 2, and another SNPthat was significantly associated with the AI antibody titer level was detected in an RNA methyltransferase gene (Nsun7), which was found to have an important biological function. We propose that MYOM1 and Nsun7 are valuable candidate genes that influence the disease resistance characters of chicken. However, in-depth investigations are needed to determine the essential roles of these genes in poultry disease resistance and their possible application in breeding disease resistant poultry.(AU)

Detection of respiratory viruses and expression of inflammatory cytokines in patients with acute exacerbation chronic obstructive pulmonary disease in Mongolia China / Detecção de vírus respiratórios e expressão de citocinas inflamatórias em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica de exacerbação aguda na Mongólia, China

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) was estimated to be the third cause of global mortality by 2020. Acute exacerbation COPD (AECOPD) is a sudden worsening of COPD symptoms and could be due to virus/bacterial infections and air pollution. Increased expression of inflammatory markers in patients with AECOPD is associated with viral infection. This study aimed to detect different viruses and analyze the expression of various inflammatory markers associated with AECOPD patients. Three hundred and forty-seven patients diagnosed with COPD according to GOLD criteria were included in this study. Swab samples and blood were collected for the detection of viruses by RT-PCR and expression of inflammatory markers, respectively. Of the swab samples, 113 (32.6%) of samples were positive for virus detection. Of these, HRV (39.8%) was the predominant virus detected followed by FluB (27.4%) and FluA (22.1%). The presence of HRV was significantly higher (p=0.044) among the other detected viruses. When compared to healthy controls the expression levels of TNF-α, IL-6 and IL-8 were significantly higher (p<0.05) in virus-positive patients. The IL-6 and IL-8 were the next predominantly expressed in markers among the samples. The higher expression rate of IL-8 was significantly (p<0.05) associated with patients having COPD GOLD III severity level and smoking history. Although HRV was the predominant virus detected the combined prevalence of Influenza A and B surpassing the rate of HRV. The high-level expression of well known inflammatory markers of AECOPD, TNF-α, IL-6 and IL-8 indicates a chronic severe illness. These markers play an important role and could be used as a marker for determining the severity of AECOPD.

Estima-se que a doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) seja a terceira causa de mortalidade global em 2020. A exacerbação aguda DPOC (AECOPD) é um agravamento súbito dos sintomas da DPOC e pode ser devido a infecções por vírus/bactérias e poluição do ar. O aumento da expressão de marcadores inflamatórios em pacientes com AECOPD está associado à infecção viral. Este estudo teve como objetivo detectar diferentes vírus e analisar a expressão de vários marcadores inflamatórios associados a pacientes com AECOPD. Trezentos e quarenta e sete pacientes com diagnóstico de DPOC de acordo com os critérios GOLD foram incluídos neste estudo. Amostras de swab e sangue foram coletadas para detecção de vírus por RT-PCR e expressão de marcadores inflamatórios, respectivamente. Das amostras de esfregaço, 113 (32,6%) amostras foram positivas para detecção de vírus. Nestas, o HRV (39,8%) foi o vírus predominante detectado, seguido do FluB (27,4%) e do FluA (22,1%). A presença de VFC foi significativamente maior (p = 0,044) entre os demais vírus detectados. Quando comparados a controles saudáveis, os níveis de expressão de TNF-α, IL-6 e IL-8 foram significativamente maiores (p <0,05) em pacientes com vírus positivo. A IL-6 e a IL-8 foram as próximas predominantemente expressas em marcadores entre as amostras. A maior taxa de expressão de IL-8 foi significativamente (p <0,05) associada a pacientes com grau de gravidade GOLD III da DPOC e história de tabagismo. Embora o HRV tenha sido o vírus predominante, a prevalência combinada de Influenza A e B ultrapassou a taxa de HRV. O alto nível de expressão de marcadores inflamatórios bem conhecidos de AECOPD, TNF-α, IL-6 e IL-8 indica uma doença crônica grave. Esses marcadores desempenham um papel importante e podem ser usados como um marcador para determinar a gravidade da AECOPD.

Detection of respiratory viruses and expression of inflammatory cytokines in patients with acute exacerbation chronic obstructive pulmonary disease in Mongolia China / Detecção de vírus respiratórios e expressão de citocinas inflamatórias em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica de exacerbação aguda na Mongólia, China

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) was estimated to be the third cause of global mortality by 2020. Acute exacerbation COPD (AECOPD) is a sudden worsening of COPD symptoms and could be due to virus/bacterial infections and air pollution. Increased expression of inflammatory markers in patients with AECOPD is associated with viral infection. This study aimed to detect different viruses and analyze the expression of various inflammatory markers associated with AECOPD patients. Three hundred and forty-seven patients diagnosed with COPD according to GOLD criteria were included in this study. Swab samples and blood were collected for the detection of viruses by RT-PCR and expression of inflammatory markers, respectively. Of the swab samples, 113 (32.6%) of samples were positive for virus detection. Of these, HRV (39.8%) was the predominant virus detected followed by FluB (27.4%) and FluA (22.1%). The presence of HRV was significantly higher (p=0.044) among the other detected viruses. When compared to healthy controls the expression levels of TNF-α, IL-6 and IL-8 were significantly higher (p<0.05) in virus-positive patients. The IL-6 and IL-8 were the next predominantly expressed in markers among the samples. The higher expression rate of IL-8 was significantly (p<0.05) associated with patients having COPD GOLD III severity level and smoking history. Although HRV was the predominant virus detected the combined prevalence of Influenza A and B surpassing the rate of HRV. The high-level expression of well known inflammatory markers of AECOPD, TNF-α, IL-6 and IL-8 indicates a chronic severe illness. These markers play an important role and could be used as a marker for determining the severity of AECOPD.

Estima-se que a doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) seja a terceira causa de mortalidade global em 2020. A exacerbação aguda DPOC (AECOPD) é um agravamento súbito dos sintomas da DPOC e pode ser devido a infecções por vírus/bactérias e poluição do ar. O aumento da expressão de marcadores inflamatórios em pacientes com AECOPD está associado à infecção viral. Este estudo teve como objetivo detectar diferentes vírus e analisar a expressão de vários marcadores inflamatórios associados a pacientes com AECOPD. Trezentos e quarenta e sete pacientes com diagnóstico de DPOC de acordo com os critérios GOLD foram incluídos neste estudo. Amostras de swab e sangue foram coletadas para detecção de vírus por RT-PCR e expressão de marcadores inflamatórios, respectivamente. Das amostras de esfregaço, 113 (32,6%) amostras foram positivas para detecção de vírus. Nestas, o HRV (39,8%) foi o vírus predominante detectado, seguido do FluB (27,4%) e do FluA (22,1%). A presença de VFC foi significativamente maior (p = 0,044) entre os demais vírus detectados. Quando comparados a controles saudáveis, os níveis de expressão de TNF-α, IL-6 e IL-8 foram significativamente maiores (p <0,05) em pacientes com vírus positivo. A IL-6 e a IL-8 foram as próximas predominantemente expressas em marcadores entre as amostras. A maior taxa de expressão de IL-8 foi significativamente (p <0,05) associada a pacientes com grau de gravidade GOLD III da DPOC e história de tabagismo. Embora o HRV tenha sido o vírus predominante, a prevalência combinada de Influenza A e B ultrapassou a taxa de HRV. O alto nível de expressão de marcadores inflamatórios bem conhecidos de AECOPD, TNF-α, IL-6 e IL-8 indica uma doença crônica grave. Esses marcadores desempenham um papel importante e podem ser usados como um marcador para determinar a gravidade da AECOPD.

Detection of respiratory viruses and expression of inflammatory cytokines in patients with acute exacerbation chronic obstructive pulmonary disease in Mongolia China / Detecção de vírus respiratórios e expressão de citocinas inflamatórias em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica de exacerbação aguda na Mongólia, China

Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) was estimated to be the third cause of global mortality by 2020. Acute exacerbation COPD (AECOPD) is a sudden worsening of COPD symptoms and could be due to virus/bacterial infections and air pollution. Increased expression of inflammatory markers in patients with AECOPD is associated with viral infection. This study aimed to detect different viruses and analyze the expression of various inflammatory markers associated with AECOPD patients. Three hundred and forty-seven patients diagnosed with COPD according to GOLD criteria were included in this study. Swab samples and blood were collected for the detection of viruses by RT-PCR and expression of inflammatory markers, respectively. Of the swab samples, 113 (32.6%) of samples were positive for virus detection. Of these, HRV (39.8%) was the predominant virus detected followed by FluB (27.4%) and FluA (22.1%). The presence of HRV was significantly higher (p=0.044) among the other detected viruses. When compared to healthy controls the expression levels of TNF-α, IL-6 and IL-8 were significantly higher (p<0.05) in virus-positive patients. The IL-6 and IL-8 were the next predominantly expressed in markers among the samples. The higher expression rate of IL-8 was significantly (p<0.05) associated with patients having COPD GOLD III severity level and smoking history. Although HRV was the predominant virus detected the combined prevalence of Influenza A and B surpassing the rate of HRV. The high-level expression of well known inflammatory markers of AECOPD, TNF-α, IL-6 and IL-8 indicates a chronic severe illness. These markers play an important role and could be used as a marker for determining the severity of AECOPD.(AU)

Estima-se que a doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) seja a terceira causa de mortalidade global em 2020. A exacerbação aguda DPOC (AECOPD) é um agravamento súbito dos sintomas da DPOC e pode ser devido a infecções por vírus/bactérias e poluição do ar. O aumento da expressão de marcadores inflamatórios em pacientes com AECOPD está associado à infecção viral. Este estudo teve como objetivo detectar diferentes vírus e analisar a expressão de vários marcadores inflamatórios associados a pacientes com AECOPD. Trezentos e quarenta e sete pacientes com diagnóstico de DPOC de acordo com os critérios GOLD foram incluídos neste estudo. Amostras de swab e sangue foram coletadas para detecção de vírus por RT-PCR e expressão de marcadores inflamatórios, respectivamente. Das amostras de esfregaço, 113 (32,6%) amostras foram positivas para detecção de vírus. Nestas, o HRV (39,8%) foi o vírus predominante detectado, seguido do FluB (27,4%) e do FluA (22,1%). A presença de VFC foi significativamente maior (p = 0,044) entre os demais vírus detectados. Quando comparados a controles saudáveis, os níveis de expressão de TNF-α, IL-6 e IL-8 foram significativamente maiores (p <0,05) em pacientes com vírus positivo. A IL-6 e a IL-8 foram as próximas predominantemente expressas em marcadores entre as amostras. A maior taxa de expressão de IL-8 foi significativamente (p <0,05) associada a pacientes com grau de gravidade GOLD III da DPOC e história de tabagismo. Embora o HRV tenha sido o vírus predominante, a prevalência combinada de Influenza A e B ultrapassou a taxa de HRV. O alto nível de expressão de marcadores inflamatórios bem conhecidos de AECOPD, TNF-α, IL-6 e IL-8 indica uma doença crônica grave. Esses marcadores desempenham um papel importante e podem ser usados como um marcador para determinar a gravidade da AECOPD.(AU)

Active Surveillance and Risk Assessment of Avian Influenza Virus Subtype H9 from Non-Vaccinated Commercial Broilers of Pakistan

A cross-sectional study was conducted to investigate seroprevalence and virus prevalence of the H9 subtype of avian influenza virus in non-vaccinated broiler farms of dense poultry-populated districts, Lahore and Sheikhupura of Punjab-Pakistan. A convenient sampling method was adopted for collection of blood (n=500) and oropharyngeal swab (n=500) samples from 25 broiler farms of each district for hemagglutination inhibition assay and RT-PCR test, respectively. Proportional estimates were calculated using R software and overall seroprevalence of H9 was estimated at 36.3% (95% CI 33.3-39), with no significant difference (p>0.05) between Lahore (37.2 %, 95% CI=31.2-39.59) and Sheikhupura (35.4%, 95% CI= 29.64-39.76). RT-PCR identified 2% (4/200) pool level viral prevalence. None of the farms from Lahore districts were RT-PCR positive for H9. Simple logistic regression followed by multivariable analysis, identified the presence of foot bath/dipping area at the entrance (OR=0.7, 95% CI=0.52-0.93) and availability of rubber shoes for visitors (OR=0.36, 95% CI 0.26-0.48) as protective factors. History of respiratory signs (OR=1.51, 95%=CI 1.12-2.04), history of sudden death in past flocks (OR=3.26, 95% CI=2.41-4.41), and birds previously infected with avian influenza virus (OR=1.33, 95% CI=1-1.76) were significant risk factors. Negligence in preventive measures at farms level was associated with the spread of H9 infection between the farms. To control future outbreaks, biosecurity and continuous monitoring of non-vaccinated flocks are suggested.(AU)

Active Surveillance and Risk Assessment of Avian Influenza Virus Subtype H9 from Non-Vaccinated Commercial Broilers of Pakistan

A cross-sectional study was conducted to investigate seroprevalence and virus prevalence of the H9 subtype of avian influenza virus in non-vaccinated broiler farms of dense poultry-populated districts, Lahore and Sheikhupura of Punjab-Pakistan. A convenient sampling method was adopted for collection of blood (n=500) and oropharyngeal swab (n=500) samples from 25 broiler farms of each district for hemagglutination inhibition assay and RT-PCR test, respectively. Proportional estimates were calculated using R software and overall seroprevalence of H9 was estimated at 36.3% (95% CI 33.3-39), with no significant difference (p>0.05) between Lahore (37.2 %, 95% CI=31.2-39.59) and Sheikhupura (35.4%, 95% CI= 29.64-39.76). RT-PCR identified 2% (4/200) pool level viral prevalence. None of the farms from Lahore districts were RT-PCR positive for H9. Simple logistic regression followed by multivariable analysis, identified the presence of foot bath/dipping area at the entrance (OR=0.7, 95% CI=0.52-0.93) and availability of rubber shoes for visitors (OR=0.36, 95% CI 0.26-0.48) as protective factors. History of respiratory signs (OR=1.51, 95%=CI 1.12-2.04), history of sudden death in past flocks (OR=3.26, 95% CI=2.41-4.41), and birds previously infected with avian influenza virus (OR=1.33, 95% CI=1-1.76) were significant risk factors. Negligence in preventive measures at farms level was associated with the spread of H9 infection between the farms. To control future outbreaks, biosecurity and continuous monitoring of non-vaccinated flocks are suggested.

Agents of pneumonia in slaughtered pigs in southern Brazil / Agentes patogênicos de pneumonia em suínos abatidos no sul do Brasil

A high prevalence of pneumonic lesions has been reported to affect slaughtered pigs in southern Brazil. In order to identify which microorganisms have been causing those lesions, 30 pig lungs presenting pneumonic gross lesions were collected from five different slaughterhouses, totaling 150 lungs. Samples for bacterial isolation, molecular, histopathologic and immunohistochemistry (IHC) evaluation were taken from each lung. The pneumonic lesion scoring ranged from 1.53 to 2.83. The most frequent histopathological lesions found was the concomitant Influenza A virus (IAV) and Mycoplasma hyopneumoniae infection, corresponding to 55.3% (83/150), and Pasteurella multocida type A was isolated in 54.2% (45/83) of these cases. In 102 samples (68%), there was histopathologic suggestion of involvement of more than one infectious agent. M. hyopneumoniae was the most frequent agent associated with pneumonic lesions, being present in 92.1% (94/102) of the lungs with coinfections, followed by IAV in 89.2% (91/102). Besides the coinfections, IAV lesions were observed also in six samples without another pathogenic microorganism detected. A total of 46 samples with acute and subacute IAV suspected lesions in histopathological examination were assessed for IHC and real time RT-PCR for IAV. A total of 35% (16/46) of them were positive by IHC and 13% (6/46) by real time RT-PCR. Regarding M. hyopneumoniae, 79.3% (119/150) of samples were positive by qPCR and 84.9% (101/119) of them also presented M. hyopneumoniae suspected lesions in the histopathological examination. The results of this study suggest the importance of IAV in respiratory diseases in finishing pigs, even though this virus is more frequently reported in the nursery phase. In addition, our results emphasize the importance of lung coinfections in finishing pigs.(AU)

Lesões sugestivas de pneumonia são frequentemente encontradas em altas prevalências em suínos abatidos no sul do Brasil. Para identificar quais microrganismos causam essas lesões, foram coletados 30 pulmões de suínos com lesão macroscópica sugestiva de pneumonia em cinco frigoríficos diferentes, totalizando 150 pulmões. Amostras para isolamento bacteriano, avaliação molecular, histopatológica e imuno-histoquímica (IHC) foram coletadas de cada pulmão. O escore de lesão pulmonar variou entre 1,53 a 2,83. O achado histopatológico mais observado foi a lesão sugestiva de infecção concomitante pelo vírus Influenza A (IAV) e Mycoplasma (M.) hyopneumoniae, correspondendo a 55,3% (83/150), e em 54,2% (45/83) desses casos Pasteurella (P.) multocida tipo A foi isolado. Em 102 amostras (68%), houve lesão histopatológica sugestiva do envolvimento de mais de um agente infeccioso. M. hyopneumoniae foi o microrganismo mais frequente associado a lesões de pneumonia, estando presente em 92,1% (94/102) dos pulmões com coinfecções, seguido de IAV, que foi encontrado em 89,2% (91/102). Além das coinfecções, lesões de IAV foram observadas em mais seis amostras que não aparentavam envolvimento de outro agente infeccioso. Um total de 46 amostras com suspeita de lesão aguda e subaguda de IAV no exame histopatológico foram avaliadas para IHC e RT-PCR em tempo real para IAV e 35% (16/46) delas foram positivas por IHC e 13% (6/46) foram positivas por RT-PCR em tempo real. Com relação a M. hyopneumoniae, 79,3% (119/150) das amostras foram positivas por qPCR e 84,9% (101/119) delas também apresentaram lesões suspeitas de M. hyopneumoniae no exame histopatológico. Os resultados deste trabalho sugerem a importância do IAV como agente causador de pneumonias em suínos de terminação, embora esse vírus seja mais frequentemente relatado na fase de creche. Além disso, os achados deste trabalho demonstram a presença frequente de coinfecções pulmonares em suínos de terminação.(AU)

Molecular diagnosis of avian viruses in grassland passerines and captive yellow cardinals Gubernatrix cristata in Brazil / Diagnóstico molecular de vírus aviários em passeriformes campestres e cardeais-amarelos Gubernatrix cristata cativos no Brasil

Avian influenza viruses (AIVs), Newcastle disease virus (NDV), West Nile virus (WNV), adenovirus (AV) and herpesvirus (HV) play an important role in the health of human and animal populations. However, knowledge of the prevalence of these viruses in wild birds is restricted to some groups (e.g. shorebirds) or regions worldwide. Information on grassland birds of South America, which is essential for their conservation, is scarce. The objectives of the present study were to evaluate occurrences of AIV, NDV, WNV, AV and HV for the first time in a bird community of a unique protected area in southern Brazil, which is home for the critically endangered yellow cardinal (Gubernatrix cristata), and captive yellow cardinals from fauna maintainers of the Brazilian Captive Program of the Yellow Cardinal. Passerine species of wild life were caught, identified and samples (swabs) were collected from the oropharynx and cloaca of 64 passerines of 26 species (including 3 yellow cardinals) and 30 yellow cardinals of captive, for molecular diagnosis. The samples were subjected to RNA and DNA extraction and the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for AIV, NDV and WNV and nested PCR for AV and HV. One yellow cardinal of captive presented a positive result for AV, this result is important for planning, managing natural attributes and making decisions in relation to integrated conservation of threatened species. This is the first report of AV in yellow cardinal and epidemiological investigation of viruses in wild passerines of the Pampa biome, in Rio Grande do Sul, Brazil.(AU)

Os vírus da gripe aviária (VGA), vírus da doença de Newcastle (VDN), vírus do Nilo Ocidental (VNO), adenovírus (AV) e herpesvírus (HV) desempenham um papel importante na saúde das populações humana e animal. No entanto, o conhecimento da prevalência desses vírus em aves selvagens é restrito a alguns grupos (por exemplo, aves limícolas) ou regiões em todo o mundo. As informações sobre as aves campestres da América do Sul, essenciais para a sua conservação, são escassas. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a ocorrência de VGA, VDN, VNO, AV e HV pela primeira vez em uma comunidade de aves de uma área única protegida no Sul do Brasil, que abriga o cardeal-amarelo (Gubernatrix cristata) criticamente ameaçado de extinção e em cardeais-amarelos de cativeiro dos mantenedores de fauna do Programa Brasileiro de Cativeiro do Cardeal-amarelo. Espécies de passeriformes silvestres foram capturadas, identificadas e amostras (swabs) foram coletadas da orofaringe e cloaca de 64 passeriformes de 26 espécies (incluindo 3 cardeais-amarelos) e 30 cardeais-amarelos de cativeiro, para diagnóstico molecular. As amostras foram submetidas à extração de RNA e DNA e à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para VGA, VDN e VNO e nested PCR para AV e HV. Um cardeal-amarelo de cativeiro apresentou resultado positivo para AV, este resultado é importante para o planejamento, manejo dos atributos naturais e tomada de decisões em relação à conservação integrada de espécies ameaçadas. Este é o primeiro relato de AV em cardeal-amarelo e de investigação epidemiológica de vírus em passeriformes silvestres do bioma Pampa, no Rio Grande do Sul, Brasil.(AU)

Molecular diagnosis of avian viruses in grassland passerines and captive yellow cardinals Gubernatrix cristata in Brazil / Diagnóstico molecular de vírus aviários em passeriformes campestres e cardeais-amarelos Gubernatrix cristata cativos no Brasil

Avian influenza viruses (AIVs), Newcastle disease virus (NDV), West Nile virus (WNV), adenovirus (AV) and herpesvirus (HV) play an important role in the health of human and animal populations. However, knowledge of the prevalence of these viruses in wild birds is restricted to some groups (e.g. shorebirds) or regions worldwide. Information on grassland birds of South America, which is essential for their conservation, is scarce. The objectives of the present study were to evaluate occurrences of AIV, NDV, WNV, AV and HV for the first time in a bird community of a unique protected area in southern Brazil, which is home for the critically endangered yellow cardinal (Gubernatrix cristata), and captive yellow cardinals from fauna maintainers of the Brazilian Captive Program of the Yellow Cardinal. Passerine species of wild life were caught, identified and samples (swabs) were collected from the oropharynx and cloaca of 64 passerines of 26 species (including 3 yellow cardinals) and 30 yellow cardinals of captive, for molecular diagnosis. The samples were subjected to RNA and DNA extraction and the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for AIV, NDV and WNV and nested PCR for AV and HV. One yellow cardinal of captive presented a positive result for AV, this result is important for planning, managing natural attributes and making decisions in relation to integrated conservation of threatened species. This is the first report of AV in yellow cardinal and epidemiological investigation of viruses in wild passerines of the Pampa biome, in Rio Grande do Sul, Brazil.(AU)

Os vírus da gripe aviária (VGA), vírus da doença de Newcastle (VDN), vírus do Nilo Ocidental (VNO), adenovírus (AV) e herpesvírus (HV) desempenham um papel importante na saúde das populações humana e animal. No entanto, o conhecimento da prevalência desses vírus em aves selvagens é restrito a alguns grupos (por exemplo, aves limícolas) ou regiões em todo o mundo. As informações sobre as aves campestres da América do Sul, essenciais para a sua conservação, são escassas. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a ocorrência de VGA, VDN, VNO, AV e HV pela primeira vez em uma comunidade de aves de uma área única protegida no Sul do Brasil, que abriga o cardeal-amarelo (Gubernatrix cristata) criticamente ameaçado de extinção e em cardeais-amarelos de cativeiro dos mantenedores de fauna do Programa Brasileiro de Cativeiro do Cardeal-amarelo. Espécies de passeriformes silvestres foram capturadas, identificadas e amostras (swabs) foram coletadas da orofaringe e cloaca de 64 passeriformes de 26 espécies (incluindo 3 cardeais-amarelos) e 30 cardeais-amarelos de cativeiro, para diagnóstico molecular. As amostras foram submetidas à extração de RNA e DNA e à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para VGA, VDN e VNO e nested PCR para AV e HV. Um cardeal-amarelo de cativeiro apresentou resultado positivo para AV, este resultado é importante para o planejamento, manejo dos atributos naturais e tomada de decisões em relação à conservação integrada de espécies ameaçadas. Este é o primeiro relato de AV em cardeal-amarelo e de investigação epidemiológica de vírus em passeriformes silvestres do bioma Pampa, no Rio Grande do Sul, Brasil.(AU)

Agents of pneumonia in slaughtered pigs in southern Brazil / Agentes patogênicos de pneumonia em suínos abatidos no sul do Brasil

A high prevalence of pneumonic lesions has been reported to affect slaughtered pigs in southern Brazil. In order to identify which microorganisms have been causing those lesions, 30 pig lungs presenting pneumonic gross lesions were collected from five different slaughterhouses, totaling 150 lungs. Samples for bacterial isolation, molecular, histopathologic and immunohistochemistry (IHC) evaluation were taken from each lung. The pneumonic lesion scoring ranged from 1.53 to 2.83. The most frequent histopathological lesions found was the concomitant Influenza A virus (IAV) and Mycoplasma hyopneumoniae infection, corresponding to 55.3% (83/150), and Pasteurella multocida type A was isolated in 54.2% (45/83) of these cases. In 102 samples (68%), there was histopathologic suggestion of involvement of more than one infectious agent. M. hyopneumoniae was the most frequent agent associated with pneumonic lesions, being present in 92.1% (94/102) of the lungs with coinfections, followed by IAV in 89.2% (91/102). Besides the coinfections, IAV lesions were observed also in six samples without another pathogenic microorganism detected. A total of 46 samples with acute and subacute IAV suspected lesions in histopathological examination were assessed for IHC and real time RT-PCR for IAV. A total of 35% (16/46) of them were positive by IHC and 13% (6/46) by real time RT-PCR. Regarding M. hyopneumoniae, 79.3% (119/150) of samples were positive by qPCR and 84.9% (101/119) of them also presented M. hyopneumoniae suspected lesions in the histopathological examination. The results of this study suggest the importance of IAV in respiratory diseases in finishing pigs, even though this virus is more frequently reported in the nursery phase. In addition, our results emphasize the importance of lung coinfections in finishing pigs.(AU)

Lesões sugestivas de pneumonia são frequentemente encontradas em altas prevalências em suínos abatidos no sul do Brasil. Para identificar quais microrganismos causam essas lesões, foram coletados 30 pulmões de suínos com lesão macroscópica sugestiva de pneumonia em cinco frigoríficos diferentes, totalizando 150 pulmões. Amostras para isolamento bacteriano, avaliação molecular, histopatológica e imuno-histoquímica (IHC) foram coletadas de cada pulmão. O escore de lesão pulmonar variou entre 1,53 a 2,83. O achado histopatológico mais observado foi a lesão sugestiva de infecção concomitante pelo vírus Influenza A (IAV) e Mycoplasma (M.) hyopneumoniae, correspondendo a 55,3% (83/150), e em 54,2% (45/83) desses casos Pasteurella (P.) multocida tipo A foi isolado. Em 102 amostras (68%), houve lesão histopatológica sugestiva do envolvimento de mais de um agente infeccioso. M. hyopneumoniae foi o microrganismo mais frequente associado a lesões de pneumonia, estando presente em 92,1% (94/102) dos pulmões com coinfecções, seguido de IAV, que foi encontrado em 89,2% (91/102). Além das coinfecções, lesões de IAV foram observadas em mais seis amostras que não aparentavam envolvimento de outro agente infeccioso. Um total de 46 amostras com suspeita de lesão aguda e subaguda de IAV no exame histopatológico foram avaliadas para IHC e RT-PCR em tempo real para IAV e 35% (16/46) delas foram positivas por IHC e 13% (6/46) foram positivas por RT-PCR em tempo real. Com relação a M. hyopneumoniae, 79,3% (119/150) das amostras foram positivas por qPCR e 84,9% (101/119) delas também apresentaram lesões suspeitas de M. hyopneumoniae no exame histopatológico. Os resultados deste trabalho sugerem a importância do IAV como agente causador de pneumonias em suínos de terminação, embora esse vírus seja mais frequentemente relatado na fase de creche. Além disso, os achados deste trabalho demonstram a presença frequente de coinfecções pulmonares em suínos de terminação.(AU)

Agents of pneumonia in slaughtered pigs in southern Brazil

ABSTRACT: A high prevalence of pneumonic lesions has been reported to affect slaughtered pigs in southern Brazil. In order to identify which microorganisms have been causing those lesions, 30 pig lungs presenting pneumonic gross lesions were collected from five different slaughterhouses, totaling 150 lungs. Samples for bacterial isolation, molecular, histopathologic and immunohistochemistry (IHC) evaluation were taken from each lung. The pneumonic lesion scoring ranged from 1.53 to 2.83. The most frequent histopathological lesions found was the concomitant Influenza A virus (IAV) and Mycoplasma hyopneumoniae infection, corresponding to 55.3% (83/150), and Pasteurella multocida type A was isolated in 54.2% (45/83) of these cases. In 102 samples (68%), there was histopathologic suggestion of involvement of more than one infectious agent. M. hyopneumoniae was the most frequent agent associated with pneumonic lesions, being present in 92.1% (94/102) of the lungs with coinfections, followed by IAV in 89.2% (91/102). Besides the coinfections, IAV lesions were observed also in six samples without another pathogenic microorganism detected. A total of 46 samples with acute and subacute IAV suspected lesions in histopathological examination were assessed for IHC and real time RT-PCR for IAV. A total of 35% (16/46) of them were positive by IHC and 13% (6/46) by real time RT-PCR. Regarding M. hyopneumoniae, 79.3% (119/150) of samples were positive by qPCR and 84.9% (101/119) of them also presented M. hyopneumoniae suspected lesions in the histopathological examination. The results of this study suggest the importance of IAV in respiratory diseases in finishing pigs, even though this virus is more frequently reported in the nursery phase. In addition, our results emphasize the importance of lung coinfections in finishing pigs.

RESUMO: Lesões sugestivas de pneumonia são frequentemente encontradas em altas prevalências em suínos abatidos no sul do Brasil. Para identificar quais microrganismos causam essas lesões, foram coletados 30 pulmões de suínos com lesão macroscópica sugestiva de pneumonia em cinco frigoríficos diferentes, totalizando 150 pulmões. Amostras para isolamento bacteriano, avaliação molecular, histopatológica e imuno-histoquímica (IHC) foram coletadas de cada pulmão. O escore de lesão pulmonar variou entre 1,53 a 2,83. O achado histopatológico mais observado foi a lesão sugestiva de infecção concomitante pelo vírus Influenza A (IAV) e Mycoplasma (M.) hyopneumoniae, correspondendo a 55,3% (83/150), e em 54,2% (45/83) desses casos Pasteurella (P.) multocida tipo A foi isolado. Em 102 amostras (68%), houve lesão histopatológica sugestiva do envolvimento de mais de um agente infeccioso. M. hyopneumoniae foi o microrganismo mais frequente associado a lesões de pneumonia, estando presente em 92,1% (94/102) dos pulmões com coinfecções, seguido de IAV, que foi encontrado em 89,2% (91/102). Além das coinfecções, lesões de IAV foram observadas em mais seis amostras que não aparentavam envolvimento de outro agente infeccioso. Um total de 46 amostras com suspeita de lesão aguda e subaguda de IAV no exame histopatológico foram avaliadas para IHC e RT-PCR em tempo real para IAV e 35% (16/46) delas foram positivas por IHC e 13% (6/46) foram positivas por RT-PCR em tempo real. Com relação a M. hyopneumoniae, 79,3% (119/150) das amostras foram positivas por qPCR e 84,9% (101/119) delas também apresentaram lesões suspeitas de M. hyopneumoniae no exame histopatológico. Os resultados deste trabalho sugerem a importância do IAV como agente causador de pneumonias em suínos de terminação, embora esse vírus seja mais frequentemente relatado na fase de creche. Além disso, os achados deste trabalho demonstram a presença frequente de coinfecções pulmonares em suínos de terminação.

Molecular diagnosis of avian viruses in grassland passerines and captive yellow cardinals Gubernatrix cristata in Brazil

ABSTRACT: Avian influenza viruses (AIVs), Newcastle disease virus (NDV), West Nile virus (WNV), adenovirus (AV) and herpesvirus (HV) play an important role in the health of human and animal populations. However, knowledge of the prevalence of these viruses in wild birds is restricted to some groups (e.g. shorebirds) or regions worldwide. Information on grassland birds of South America, which is essential for their conservation, is scarce. The objectives of the present study were to evaluate occurrences of AIV, NDV, WNV, AV and HV for the first time in a bird community of a unique protected area in southern Brazil, which is home for the critically endangered yellow cardinal (Gubernatrix cristata), and captive yellow cardinals from fauna maintainers of the Brazilian Captive Program of the Yellow Cardinal. Passerine species of wild life were caught, identified and samples (swabs) were collected from the oropharynx and cloaca of 64 passerines of 26 species (including 3 yellow cardinals) and 30 yellow cardinals of captive, for molecular diagnosis. The samples were subjected to RNA and DNA extraction and the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for AIV, NDV and WNV and nested PCR for AV and HV. One yellow cardinal of captive presented a positive result for AV, this result is important for planning, managing natural attributes and making decisions in relation to integrated conservation of threatened species. This is the first report of AV in yellow cardinal and epidemiological investigation of viruses in wild passerines of the Pampa biome, in Rio Grande do Sul, Brazil.

RESUMO: Os vírus da gripe aviária (VGA), vírus da doença de Newcastle (VDN), vírus do Nilo Ocidental (VNO), adenovírus (AV) e herpesvírus (HV) desempenham um papel importante na saúde das populações humana e animal. No entanto, o conhecimento da prevalência desses vírus em aves selvagens é restrito a alguns grupos (por exemplo, aves limícolas) ou regiões em todo o mundo. As informações sobre as aves campestres da América do Sul, essenciais para a sua conservação, são escassas. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a ocorrência de VGA, VDN, VNO, AV e HV pela primeira vez em uma comunidade de aves de uma área única protegida no Sul do Brasil, que abriga o cardeal-amarelo (Gubernatrix cristata) criticamente ameaçado de extinção e em cardeais-amarelos de cativeiro dos mantenedores de fauna do Programa Brasileiro de Cativeiro do Cardeal-amarelo. Espécies de passeriformes silvestres foram capturadas, identificadas e amostras (swabs) foram coletadas da orofaringe e cloaca de 64 passeriformes de 26 espécies (incluindo 3 cardeais-amarelos) e 30 cardeais-amarelos de cativeiro, para diagnóstico molecular. As amostras foram submetidas à extração de RNA e DNA e à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para VGA, VDN e VNO e nested PCR para AV e HV. Um cardeal-amarelo de cativeiro apresentou resultado positivo para AV, este resultado é importante para o planejamento, manejo dos atributos naturais e tomada de decisões em relação à conservação integrada de espécies ameaçadas. Este é o primeiro relato de AV em cardeal-amarelo e de investigação epidemiológica de vírus em passeriformes silvestres do bioma Pampa, no Rio Grande do Sul, Brasil.