Creagrura Townes, 1971 and Ptilobaptus Townes, 1971 (Hymenoptera: Ichneumonidae) from Brazilian Amazon: new records and comments about morphological variation

Creagrura nigripes Townes, 1971 is recorded for the first time for the Brazilian Amazon, in the states of Acre, Amapá, Amazonas, Pará and Roraima. Ptilobaptus cinctus Townes, 1971 is registered for the first time in Brazil. Additionally, diagnosis, digital images, distribution maps, as well as comments on intraspecific morphological variations in the species are provided.(AU)

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan

Abstract The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.

Resumo O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan / Filografia de penhasco (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) de Punjab, Paquistão

The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistan’s herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.

O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.

Phylogeography of cliff racer (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) from Punjab, Pakistan / Filografia de penhasco (Platyceps rhodorachis Jan, 1865) de Punjab, Paquistão

The present study reports the existence of cliff racer, Platyceps rhodorachis from the plains of Punjab, Pakistan. A total of 10 specimens were captured during the field surveys from June to September, 2018 from different sites of Punjab. Platyceps rhodorachis was identify on the basis of morphology and confirmed through COI gene sequences. The obtained DNA sequences have shown reliable and exact species identification. Newly produced DNA sequences of Platyceps rhodorachis were submitted to GenBank and accession numbers were obtained (MK936174.1, MK941839.1 and MT790210.1). N-J tree based on COI sequences of Platyceps rhodorachis clearly separated as out-group with other members of family Colubridae based on p-distance. The intra-specific genetic variation ranges from 12% to 18%. The DNA sequences of Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis and Platyceps ventromaculatus indusai are not available at NCBI to validate their taxonomic positions. In our recommendations, a large scale molecular based identification of Pakistans herpetofauna is required to report more new or subspecies from country.(AU)

O presente estudo relata a existência de um corredor de penhasco, Platyceps rhodorachis, das planícies de Punjab, Paquistão. Um total de 10 espécimes foi capturado durante os levantamentos de campo de junho a setembro de 2018 em diferentes locais de Punjab. Platyceps rhodorachis foi identificada com base na morfologia e confirmada por meio de sequências do gene COI. As sequências de DNA obtidas mostraram identificação de espécies confiável e exata. Sequências de DNA de Platyceps rhodorachis recém-produzidas foram submetidas ao GenBank e os números de acesso foram obtidos (MK936174.1, MK941839.1 e MT790210.1). Árvore N-J baseada em sequências COI de Platyceps rhodorachis claramente separadas como out-group com outros membros da família Colubridae com base na distância-p. A variação genética intraespecífica varia de 12% a 18%. As sequências de DNA de Platyceps rhodorachis kashmirensis, Platyceps rhodorachis ladacensis, Platyceps ventromaculatus, Platyceps ventromaculatus bengalensis e Platyceps ventromaculatus indusai não estão disponíveis no NCBI para validar suas posições taxonômicas. Em nossas recomendações, uma identificação de base molecular em grande escala da herpetofauna do Paquistão é necessária para relatar mais novas ou subespécies do país.(AU)

Monogeneans from Catfishes in Lake Tanganyika. I: Two new species of Bagrobdella (Dactylogyridae) from Auchenoglanis occidentalis (Siluriformes: Claroteidae)

In the framework of the study of Siluriform fish monogeneans of Lake Tanganyika, we described two new species of Bagrobdella Paperna, 1969 from Auchenoglanis occidentalis (Valenciennes, 1840). Bagrobdella vanhovei sp. nov. is characterized by the morphology of its MCO which is unique among its congeners, presenting a non-terminal opening, whereas the other species have a terminal opening, and Bagrobdella vansteenbergei sp. nov. characterized by the size of its hooks, which are almost all of the same size, and its male copulating organ with a unique shape: a sub-terminal opening and no membrane surrounding. The Multivariate analysis done on morphometrical characters shows that the new and already described species are well individualized, except for Bagrobdella parauchenoglanii Akoumba, Pariselle, Tombi & Bilong Bilong, 2017 and Bagrobdella fraudulenta Euzet & Le Brun, 1990 (but these two species are easily distinguishable by their morphology), and that B. vanhovei sp. nov. has a great intra-specific morphometrical variation.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan

Abstract Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

Resumo A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Identification of cryptic species in allopatric populations of Hypostomus tietensis (Siluriformes: Loricariidae) through cytogenetics analyses

Hypostomus is the most specious genus of Hypostominae, composed of several species with high intraspecific morphological and color pattern variation, making their identification a complex issue. One of the species with problematic identification is Hypostomus tietensis that was described from a single specimen, resulting in uncertainties about its color pattern and correct identification. To assist in this context, cytogenetic analyzes were carried out in three putative populations of H. tietensis from the Upper Paraná River basin, one of them from the type locality. The three populations showed considerable cytogenetic differences, with 2n = 72 chromosomes for the population from the type locality and 2n = 76 chromosomes for the others. Terminal NORs were detected (Ag- and 18S rDNA-FISH), being simple for the type locality population (acrocentric pair 23, long arm) and the Pirapó River (subtelocentric pair 11, short arm), and multiple for Do Campo River (subtelocentric pairs 11 and 12, short and long arm, respectively). C-banding was efficient in differentiating the type locality population from the others. Cytogenetic data revealed that populations from Pirapó and Do Campo rivers, although treated until now as Hypostomus aff. tietensis, represent a cryptic species, and those morphological analyses are necessary to differentiate and for describing this new species.(AU)

Hypostomus é o gênero mais especioso de Hypostominae, composto por várias espécies com uma alta variação tanto morfológica, como no padrão de coloração intraespecífica, tornando sua identificação uma questão complexa. Uma das espécies com identificação complexa é Hypostomus tietensis, a qual foi descrita a partir de um único espécime, resultando em incertezas sobre o seu padrão de cor e identificação. Para auxiliar nesse contexto, análises citogenéticas foram realizadas em três populações putativas de H. tietensis da bacia do Alto rio Paraná, sendo uma delas da localidade tipo. As três populações apresentaram diferenças citogenéticas consideráveis, com 2n = 72 cromossomos para a população da localidade tipo e as demais com 2n = 76. RONs terminais foram detectadas (Ag- e FISH-DNAr 18S), sendo simples para a população da localidade tipo (par acrocêntrico 23, braço longo) e do rio Pirapó (par subtelocêntrico 11, braço curto) e múltiplas para rio Do Campo (pares subtelocêntricos 11 e 12, braço curto e longo, respectivamente), confirmado pela FISH-DNAr 18S. O bandamento C foi eficiente em diferenciar a população da localidade tipo das demais. Os dados citogenéticos revelaram que as populações dos rios Pirapó e do rio Do Campo, embora tratadas até agora como Hypostomus aff. tietensis, representam uma espécie críptica, e que análises morfológicas são necessárias para diferenciar e descrever esta nova espécie.(AU)

Técnicas biomoleculares aplicadas em hospedeiros intermediários da esquistossomose / Biomolecular techniques applied to intermediate hosts of Schistosomiasis

A esquistossomose é uma doença parasitária acometida por milhões de pessoas no mundo. Essa parasitose é transmitida por caramujos que servem de hospedeiros intermediários de helmintos digenéticos. A identificação correta das espécies transmissoras pode auxiliar no conhecimento epidemiológico da doença. Contudo, métodos convencionais de classificação podem ter resultado duvidoso, devido à variação intraespecífica entre os espécimes. Em virtude disso, esta revisão teve como objetivo descrever as principais técnicas moleculares que podem ser aplicadas, assim como o aprimoramento dos métodos ao longo do tempo. A PCR é uma técnica desenvolvida através da polimerização de DNA em cadeia realizada in vitro, onde se amplifica o DNA em múltiplas cópias, por replicação enzimática, sem necessidade de um organismo vivo. Na PCR, em tempo real, as fases de amplificação, detecção e quantificação são totalmente automatizadas, ocorrendo em simultâneo. Com a evolução da técnica convencional, foi surgindo a Proteína C Reativa ­ Polimorfismo de Comprimento de Fragmento de Restrição (PCR-RFLP), os microssatélites, e a PCR-RAPD. Através dessas variantes foi possível classificar, com precisão, as espécies transmissoras, fazer as análises da variabilidade genética intraespecífica e ampliar os estudos filogenéticos das populações. O conhecimento da aplicação de técnicas moleculares pode auxiliar em pesquisas relacionadas à epidemiologia e ao controle populacional dos vetores transmissores da esquistossomose mansônica.

Schistosomiasis is a parasitic disease that affects millions of people worldwide. This parasitosis is transmitted by snails that serve as intermediate hosts for digenetic helminths. The correct identification of the transmitting species can help in the epidemiological knowledge of the disease. However, conventional methods of classification may present questionable results due to intraspecific variation between specimens. As a result, this review aimed to describe the main molecular techniques that can be applied, as well as describe the improvement of the methods over time. PCR is a technique developed through the polymerization of DNA strands carried out in vitro, where it amplifies the DNA in multiple copies by enzymatic replication, without needing a living organism. In real-time PCR, amplification, detection and quantification phases are fully automated, occurring simultaneous. The evolution of the conventional technique resulted in the advent of Protein C Reactive - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), microsatellites, and Protein C Reactive ­ Random Amplification of Polymorphic DNA (PCR-RAPD). Through these variants it was possible to accurately classify the transmitting species, perform the analysis of intraspecific genetic variability and expand the phylogenetic studies of the populations. Knowledge of the application of molecular techniques can assist in research related to the epidemiology and population control of these vectors that transmit schistosomiasis mansoni.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

The vertebral column of Chaetophractus villosus (Desmarest, 1804) (Chlamyphoridae, Cingulata, Xenarthra): anatomy and Thoracolumbar variation. Spinal cord relation

Mammals of the Xenarthra clade show a large number of unusual characters in the skeleton, mainly in the vertebral column. In spite of the importance of the knowledge on the axial skeleton in this group, there are no detailed studies on the morphology of the entire vertebral column. Here we performed a comprehensive study of the vertebral column of Chaetophractus villosus (Desmarest, 1804), a representative of Chlamyphoridae, in order to provide a more reliable comparative framework among armadillos. Morphological description was based on 44 adult postcranial axial skeletons. As a complement to the morphological descriptions of the skeleton we studied the paths followed by blood vessels and nerves in close relationship to the axial skeleton (using 13 fresh adult specimens, six females and seven males, part of the doctoral Thesis of one of the authors). Intraspecific variability in the thoracolumbar number in C. villosus was also evaluated. We identified certain variability in the position of the first vertebral pair that bears a xenarthral facet, ranging from T4-T5 to T6-T7, being T5-T6 and T6-T7 the most frequent positions. The second pair of xenarthrales is set near the thoracolumbar limit, and ranges between T9-T10 and T11-L1 (T10-T11 in most specimens). The variability in the total number of thoracolumbars in C. villosus falls within the range of most mammals and sets controversy about an important morphological feature that groups extant Xenarthra and Afrotheria into the southern placentals (Atlantogenata). In this regard, a more comprehensive study of this character is necessary to elucidate the patterns of distribution of this trait among xenarthrans.(AU)

Intraspecific C-value variation and the outcomes in Psidium cattleyanum Sabine essential oil / Variação do valor C intraespecífico e os efeitos no óleo essencial de Psidium cattleyanum Sabine

Polyploidy, a numerical alteration of the karyotype, is one of the most important mechanisms in plant speciation and diversification, but could also be detected among populations, the cytotypes. For example, Psidium cattleyanum, a polyploid complex, has chromosome numbers ranging from 2n=3x=33 to 2n=12x=132. Polyploidization causes an increase in DNA content, and both modifications may cause alteration in plant growth, physiology, and epigenetics. Based on this possibility, here we aim to verify the influence of the polyploidization on the production of P. cattleyanum essential oil chemotypes. Differences in the DNA contents, as a proxy to different ploidies, were observed and three distinct chemotypes were identified through the chromatographic profile analysis. The Psidium cattleyanum DNA content and qualitative and quantitative characteristics of the essential oils presented a positive relationship. Plants with higher DNA contents presented higher levels of oil production, which was mostly composed of hydrogenated sesquiterpenes, while plants with lower DNA contents produced lower amount of oil, which was mostly composed of hydrogenated monoterpenes. Based on the importance of essential oils, polyploid plants, which present higher DNA content, are recommended as possible matrices for the propagation of new plants with the potential to produce major compounds of agronomic and pharmacological interest.

A poliploidia, uma alteração numérica do cariótipo, é um dos mecanismos mais importantes na especiação e diversificação das plantas, mas também pode ser detectada entre populações, os citótipos. Por exemplo, Psidium cattleyanum, um complexo poliplóide, tem números de cromossomos que variam de 2n=3x=33 a 2n=12x=132. A poliploidização causa um aumento no conteúdo de DNA, e ambas as modificações podem alterar o crescimento, a fisiologia e a epigenética da planta. Com base nessa possibilidade, objetivamos verificar a influência da poliploidização na produção de quimiotipos de óleo essencial de P. cattleyanum. Diferenças nos conteúdos de DNA, representando diferentes ploidias, foram observadas e três quimiotipos distintos foram identificados através da análise do perfil cromatográfico. O conteúdo de DNA de Psidium cattleyanum e as características qualitativas e quantitativas dos óleos essenciais apresentaram correlação positiva. Plantas com maiores conteúdos de DNA apresentaram maiores rendimentos na produção de óleo, que era majoritariamente composto por sesquiterpenos hidrogenados, enquanto plantas com menores conteúdos de DNA produziram menores quantidade de óleo, que era majoritariamente composto por monoterpenos hidrogenados. Com base na importância dos óleos essenciais, plantas poliplóides, que apresentam maiores conteúdos de DNA, são recomendadas como possíveis matrizes para a propagação de novas plantas com potencial para produzir compostos importantes de interesse agronômico e farmacológico.

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.(AU)

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.(AU)

Cytochrome c oxidase subunit 1 gene reveals species composition and phylogenetic relationships of Oesophagostomum spp. infecting pigs in northeastern Brazil / Inferências filogenéticas e caracterização de Oesophagostomum spp. parasitos de suínos no estado do Piauí, Brasil, por sequenciamento parcial de DNA mitocondrial

Helminths of the genus Oesophagostomum cause enteric diseases and affect domestic animals such as pigs. The aim of this study was to explore the species composition and genetic diversity of Oesophagostomum spp. infecting pigs in close contact with humans in the state of Piauí, Brazil. Eighty-seven fecal samples were collected for parasitological tests and molecular analysis. Through microscopy, the overall positivity rate for strongyliform eggs was 81.6% among the pigs studied. Forty-two strongyliform egg samples were subjected to PCR and six cox1 sequences (637 bp) were identified for the genus Oesophagostomum. The sequences were identified as Oesophagostomum dentatum, O. quadrispinulatum and O. columbianum. In the phylogenetic tree and haplotype network, 89 sequences were separated into seven clusters, which also included reference sequences from GenBank. Oesophagostomum dentatum and O. quadrispinulatum were seen to be closely related species and formed a monophyletic group related to O. aculeatum. Oesophagostomum columbianum showed similarity with sequences from parasites infecting small ruminants and the clade was positioned closer to O. bifurcum. High interspecific diversity was found and intraspecific diversity varied according to the species. This was the first study to characterize Oesophagostomum DNA sequences obtained from pigs in Brazil.(AU)

Parasitos do gênero Oesophagostomum causam doenças entéricas e podem afetar a criação de animais, como os suínos. O objetivo deste estudo foi identificar as espécies e explorar a diversidade genética de Oesophagostomum spp. infectando suínos em contato próximo com humanos, no estado do Piauí, Brasil. Oitenta e sete amostras fecais foram coletadas para testes parasitológicos, análise morfométrica dos ovos e análises moleculares. A taxa geral de positividade para ovos estrongiliformes foi de 81,6%. Quarenta e duas amostras de ovos estrongiliformes foram submetidas à PCR e seis sequências cox1 (637 bp) foram identificadas para o gênero Oesophagostomum. As sequências foram identificadas como Oesophagostomum dentatum, O. quadrispinulatum e O. columbianum. Na árvore filogenética e na rede haplotípica, 89 sequências foram separadas em sete clusters, incluindo sequências de referência do GenBank. Oesophagostomum dentatum e O. quadrispinulatum são espécies estreitamente relacionadas e formaram um grupo monofilético com O. aculeatum. Oesophagostomum columbianum apresentou semelhança com sequências de parasitas obtidos de pequenos ruminantes e o clado foi posicionado mais próximo de O. bifurcum. Alta diversidade interespecífica foi encontrada e a diversidade intraespecífica variou de acordo com as espécies. Esse foi o primeiro estudo a caracterizar sequências de DNA de Oesophagostomum isoladas de suínos no Brasil.(AU)

Molecular classification and comparative phylogeographic study of insectivorous bat species (Pipisitrellus coromandra) from Punjab, Pakistan / Classificação molecular e estudo filogeográfico comparativo de espécies de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) de Punjab, Paquistão

Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.

A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.

Uncertainties and risks in delimiting species of Cambeva (Siluriformes: Trichomycteridae) with single-locus methods and geographically restricted data

Cambeva contains species with complex taxonomy or poorly delimitated in terms of morphology and geopraphic distribution. We conducted an extensive review of Cambeva populations from coastal drainages of Southern to Southeastern Brazil to evaluate species geographic limits with an integrative analysis including morphological and molecular data (COI). We test if two single-locus methods, Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) and Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC), are efficient to delimit species boundaries in Cambeva by the comparison with the diagnosable morphological units. Using GMYC, we also evaluated the combination of tree and molecular clock priors to reconstruct the input phylogeny and assessed how well the implemented model fitted our empirical data. Eleven species were identified using a morphological diagnosability criterion: Cambeva balios, C. barbosae, C. botuvera, C. cubataonis, C. davisi, C. guaraquessaba, C. iheringi, C. tupinamba, and C. zonata and two treated as undescribed species. In contrast with previous knowledge, many of them have wider distribution and high intraspecific variation. Species delimitation based on single-locus demonstrated incongruences between the methods and strongly differed from the morphological delimitation. These disagreements and the violation of the GMYC model suggest that a single-locus data is insufficient to delimit Cambeva species and the failure may be attributable to events of mitochondrial introgression and incomplete lineage sorting.(AU)

Cambeva contém espécies com taxonomia complexa ou mal delimitadas em termos morfológicos e de distribuição geográfica. Realizamos uma extensa revisão de populações de Cambeva das drenagens costeiras do Sul ao Sudeste do Brasil para avaliar os limites das espécies com uma análise integrativa incluindo dados morfológicos e moleculares (COI). Testamos se dois métodos de locus único, Implementação Bayesiana dos Processos da Árvore de Poisson (bPTP) e Coalescente de Yule Misto Generalizado (GMYC), são eficientes para delimitar os limites das espécies em Cambeva pela comparação com as unidades morfológicas diagnosticáveis. Usando o GMYC, também avaliamos a combinação de árvores e relógios moleculares para reconstruir a filogenia e avaliamos o quão bem o modelo implementado se ajustava aos nossos dados empíricos. Foram identificadas 11 espécies usando o critério morfológico: Cambeva balios, C. barbosae, C. botuvera, C. cubataonis, C. davisi, C. guaraquessaba, C. iheringi, C. tupinamba e C. zonata e duas tratadas como espécies não-descritas. Em contraste com o conhecimento prévio, muitas delas têm distribuição mais ampla e alta variação intraespecífica. A delimitação das espécies baseada em locus único demonstrou incongruências entre os métodos e diferiu fortemente da delimitação morfológica. Essas discordâncias e a violação do modelo GMYC sugerem que os dados de locus único são insuficientes para delimitar as espécies de Cambeva e a falha pode ser atribuída a eventos de introgressão mitocondrial e sorteio incompleto da linhagem.(AU)

Growth of provenances of Cryptocarya alba during water stress and after rewatering in the nursery

ABSTRACT: Intensification of drought in Mediterraneantype climates has limited seedling establishment. The knowledge of the ecology of selected species and its intraspecific variation to water stress at the seedling stage should be considered in order to overcome limitations. We investigated variations in growth, survival, and leaflevel physiology in four provenances of the endemic Cryptocarya alba (Mol.) during water stress and after rewatering. Seedlings were cultured in the nursery during 23 months and then subjected to two watering treatments based on soil water content (wellwatered and water restriction, 0.38 and 0.17 cm3 cm3, respectively) for 45 days. At the end of the watering treatments, seedling growth, above and belowground biomass, survival, and leaf gas exchange were measured. Right after the watering treatments, the surviving seedlings were submitted to a recovery period of 21 days, in which all seedlings were rewatered at 0.38 cm3 cm3 of soil water content and measured for leaf gas exchange. Provenances differed in growth and biomass allocation. Unlike growth and biomass, interaction between provenance and watering treatments was found for photosynthesis, stomatal conductance, transpiration, and water use efficiency of northern provenances, exhibiting the highest performance under water restriction. However, most variations observed occurred before the rewatering period and only a few occurred after this period. The four provenances under study exhibited similar photosynthesis and stomatal conductance after rewatering. Our study demonstrated phenotypic variation of C. alba and the capability of the species to withstand and recover from water stress.

On the development of a trait-based approach for studying Neotropical bats

Abstract New World bats are involved in key ecological processes and are good indicators of environmental changes. Recently, trait-based approaches have been used in several taxa to better understand mechanisms underlying species assemblages, biotic interactions, environmental relationships and ecosystem functions. However, despite the relevance of bats on ecosystem dynamics, so far, there is no conceptual framework that relies on the measurement of bat traits to address functional studies. Here, we present a set of 50 bat biological traits, which are suitable to assess environmental stressors and can potentially affect ecological processes. Several examples were provided to show the applicability of this framework in the study of Neotropical bat ecology. We suggest some considerations regarding trait-based approach including the importance of intraspecific variation, correlations between traits, response-effect framework, global dataset, and future directions to assess the reliability of functional relations across species and Neotropical regions by using traits. This could be helpful in tackling ecological questions associated with community assembly and habitat filtering, species diversity patterns along environmental gradients, and ecological processes. We envision this paper as a first step toward an integrative bat functional trait protocol held up with solid evidence.

On the development of a trait-based approach for studying Neotropical bats

Abstract New World bats are involved in key ecological processes and are good indicators of environmental changes. Recently, trait-based approaches have been used in several taxa to better understand mechanisms underlying species assemblages, biotic interactions, environmental relationships and ecosystem functions. However, despite the relevance of bats on ecosystem dynamics, so far, there is no conceptual framework that relies on the measurement of bat traits to address functional studies. Here, we present a set of 50 bat biological traits, which are suitable to assess environmental stressors and can potentially affect ecological processes. Several examples were provided to show the applicability of this framework in the study of Neotropical bat ecology. We suggest some considerations regarding trait-based approach including the importance of intraspecific variation, correlations between traits, response-effect framework, global dataset, and future directions to assess the reliability of functional relations across species and Neotropical regions by using traits. This could be helpful in tackling ecological questions associated with community assembly and habitat filtering, species diversity patterns along environmental gradients, and ecological processes. We envision this paper as a first step toward an integrative bat functional trait protocol held up with solid evidence.

Integrative taxonomy reveals a new species of Neotropical headstanding fish in genus Schizodon (Characiformes: Anostomidae)

Abstract Schizodon encompasses approximately 15 species of Neotropical headstanding fishes. Integrative taxonomy, combining molecular and morphometric analyses with traditional taxonomic methods, was used to investigate Schizodon vittatus and its potential new sister species. Molecular differences between the two species in the barcode are greater than intra-specific variation recovered in species of Schizodon, and the two species represent distinct lineages for approximately one million years. The two species are morphologically very similar, and the meristic data showed great overlap. Morphometric analyses also showed overlap among the putative species but indicated differences in caudal-peduncle depth, orbital diameter, and length of anal-fin rays. Color pattern seems to provide a clear diagnostic feature for the two species. Schizodon vittatus usually has four dark brown transversal bars on body, and its sister species has three conspicuous bars, with the fourth, if present, inconspicuous and dorsal to the lateral line. Schizodon vittatus is redescribed based on the type and recently collected specimens, its type locality is revisited, and its known distribution restricted to the Araguaia and Tocantins drainages. The new species, sister to S. vittatus, distributed in the Xingu and Tapajós drainages, is described. A key for the identification of the Amazon clade species of Schizodon is provided.

Resumo Schizodon engloba aproximadamente 15 espécies de peixes neotropicais. A taxonomia integrativa, combinando análises moleculares e morfométricas com métodos taxonômicos tradicionais, foi utilizada para investigar Schizodon vittatus e sua potencial espécie irmã. As diferenças moleculares (DNA barcoding) entre as duas espécies são maiores do que a variação intraespecífica observada em espécies congêneres, e as duas espécies representam linhagens distintas por aproximadamente um milhão de anos. As duas espécies são morfologicamente muito similares e os dados merísticos mostram grande sobreposição. As análises morfométricas também mostraram sobreposição entre as duas espécies, mas indicaram diferenças na altura do pedúnculo caudal, no diâmetro interorbital, e no comprimento dos raios da nadadeira anal. O padrão de colorido parece fornecer uma característica diagnóstica clara para as duas espécies. Schizodon vittatus normalmente possui quatro faixas escuras transversais no corpo e sua espécie irmã tem três faixas, com a quarta, se presente, inconspícua e dorsal à linha lateral. Schizodon vittatus é redescrita com base no tipo e em espécimes coletados recentemente; sua localidade tipo é revisitada e a sua distribuição conhecida é restringida às drenagens do Araguaia e Tocantins. A nova espécie, irmã de S. vittatus e distribuída nas drenagens do Xingu e Tapajós, é descrita. Uma chave para a identificação das espécies do clado amazônico de Schizodon é apresentada.

Taxonomy and morphology of the skate genus Atlantoraja (Rajiformes: Arhynchobatidae)

Abstract The skate genus Atlantoraja is composed of three species (A. castelnaui, A. cyclophora, and A. platana) which differ from the other Riorajini species, Rioraja agassizii, in regards to their clasper features, squamation and presence of a caudal fin. Despite of being distributed along Southwestern Atlantic and commonly captured by fisheries in Brazil, Uruguay and Argentina, detailed accounts on external and internal morphology are scarce and the taxonomic status of Atlantoraja species was not revised so far. The aim of this study, therefore, is to review the taxonomy of the genus Atlantoraja, updating information on type specimens and clarifying misidentifications among species, and to describe in detail anatomical structures such as neurocranium, visceral arches, pelvic girdle, dermal denticles and teeth. Lectotypes and paralectotypes are designated for Atlantoraja castelnaui and A. cyclophora. Notes on intraspecific variation within species are also provided. Atlantoraja cyclophora and A. platana are more similar to each other than to A. castelnaui in regards to the squamation (body dorsal surface smooth vs. densely covered by prickles) and color pattern of body dorsal surface, position of orbital foramina, overall shape of neucrocranium and body measurements. Lastly, we discuss the morphological differences among species of Atlantoraja and recommend the inclusion of characters presented here in future cladistic analyses.

Resumo O gênero Atlantoraja é composto por três espécies (A. castelnaui, A. cyclophora e A. platana), as quais diferem da outra espécie da tribo Riorajini, Rioraja agassizii, em relação a características do clásper, escamas e presença de uma nadadeira caudal. Apesar de serem distribuídas ao longo do Atlântico Sul Ocidental e serem comumente capturadas em atividades pesqueiras do Brasil, Uruguai e Argentina, descrições detalhadas sobre a morfologia externa e interna são escassas e o status taxonômico das espécies de Atlantoraja não foi revisado até então. O presente estudo tem como objetivos: revisar a taxonomia do gênero Atlantoraja, atualizando as informações sobre espécimes-tipo e elucidando erros de identificação entre as espécies, e descrever estruturas anatômicas, tais como neurocrânio, arcos viscerais, cintura pélvica, dentículos dérmicos e dentes. Lectótipos e paralectótipos são designados para Atlantoraja castelnaui e A. cyclophora. Notas sobre a variação intraespecífica em cada espécie também são fornecidas. Atlantoraja cyclophora e A. platana são mais similares entre si do que A. castelnaui em relação às escamas (superfície dorsal do corpo lisa vs. densamente coberta por dentículos dérmicos), padrão de colorido da superfície dorsal do corpo, posição dos forâmens orbitais, formato geral do neurocrânio e medidas corpóreas. Por fim, comparações morfológicas entre as espécies de Atlantoraja são realizadas, recomendando-se a inclusão dos caracteres aqui apresentados em análises cladísticas futuras.