First molecular detection of Leishmania (Leishmania) infantum chagasi in a domestic cat (Felis catus) from an urban area in eastern Amazon

Background: Domestic cats have been implicated as accidental hosts of Leishmania sp. However, in recent years, the recurrent description of new cases in endemic and nonendemic areas draw attention to the potential epidemiological role of cats as reservoir hosts. Although dogs are considered urban reservoirs, cats could act as a secondary natural reservoirs in these areas. Thus, feline leishmaniasis has become an emerging disease in several countries worldwide. Case presentation: This study aimed to describe the first case of feline leishmaniasis in a stray animal that presented lesions compatible with the disease in Belém, Pará, Brazil, an important urban area in eastern Amazon. Serological tests for Leishmania infantum (ELISA and IFA) were nonreactive, whereas histopathological examination indicated infectious dermatitis caused by Leishmania spp. or Toxoplasma gondii. Cytopathological study of lesion aspirate confirmed the presence of Leishmania sp. amastigotes within macrophages. Finally, molecular analyses revealed that the feline infection was caused by Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Conclusion: To the best of the authors' knowledge, this study reports the first case of natural infection by Leishmania (Leishmania) infantum chagasi in a feline from eastern Amazon. These findings suggest domestic cats as potential secondary reservoir hosts of Leishmania spp. in Belém, which reinforces the importance of further epidemiological investigation of feline leishmaniasis, especially in urban areas with human cases.(AU)

Canine ringworm caused by Trichophyton mentagrophytes - detection by SYBR-Green real-time PCR

Background: Dermatophytes, fungi of universal distribution, invade semi or fully keratinized structures, such as skin, fur/ hair and nails. The various species of dermatophytes are classified into three genera anamorphic: Microsporum, Trichophyton and Epidermophyton. The genus Epidermophyton includes only E. floccosum, that rarely affects animals. The main species responsible for the disease in dogs and cats are Microsporum canis, M. gypseum and Trichophyton mentagrophytes, which were characterized through conventional mycological methodology (microscopic examination with KOH and culture). Molecular methodologies, such as real-time PCR, can contribute to a rapid laboratory diagnosis, helping clinicians to initiate an early antifungal treatment. This case report describes a case of canine dermatophytosis due to Trichophyton mentagrophytes detected from a clinical sample by SYBR-Green real-time PCR. Case: A 8-year-old dog, rescued from the street, was referred to a private veterinary clinic in the city of Canoas, RS, Brazil, presenting generalized lymphadenomegaly, crusted lesions all over the body, generalized alopecia, signs of excoriation and epistaxis. Initially, were administered prednisone [1 mg/kg every 48 h, BID] and cephalexin [30 mg/kg, BID]. Weekly baths with benzoyl peroxide were also given. The therapy was not clinically successful. Wood's Lamp Test was negative. As a differential diagnosis, PCR for detection of Leishmania was negative. Complete blood count and serum biochemical assay were also performed. For mycological diagnosis, hair specimen was clarified and examined microscopically using 10% potassium hydroxide (KOH) for the visualization of chains of arthroconidia (ectothrix invasion of hair). The infected hair was plated onto MycoselTM Agar, incubated at 28°C for 15 days. Microscopy of hyphae/ conidia and macroscopic colony characteristics (colors and texture) were conducted for the differentiation of the species within the genus Microsporum and Trichophyton. In addition, real-time PCR was applied for direct analysis of the fungal DNA obtained from the hair sample. Microscopic examination was negative. The dermatophyte present in the hair sample was confirmed as Trichophyton mentagrophytes by culture and qPCR (melting-point analysis). The patient was treated with systemic itraconazole [10 mg/ kg SID - 90 days]. Twice-weekly application of 2.5 % miconazole and 2% chlorhexidine shampoo until complete cure. Discussion: Dermatophytosis is often listed as self-limiting infection; however, animal dermatophytosis can spread between pets, as well as a zoonotic transmission to humans. The literature on dermatophytosis indicates that Microsporum canis is the predominant etiological agent, followed by M. gypseum. Trichophyon mentagrophytes that appear in a lower percentage of isolation. The culture of hair, even with specific medium containing chloramphenicol and cyclohexamide, may present contaminating fungi, not related to dermatophytosis, which can inhibit or override the growth of dermatophytes. The use of real-time PCR provided a faster and specific diagnosis of dermatophytosis when compared to the conventional mycological methodology for detection and identification of T. mentagrophytes, which takes around 10 to 15 days for culture. It is possible to use this technique as an alternative diagnosis for dermatophytes associated to clinical hair samples of dogs.

Molecular diagnostic for a screening investigation method of tick-borne pathogens in Didelphis albiventris road-killed in north of Paraná, Brazil

The synanthropization of wild animals puts public health at risk by promoting the circulation of zoonotic agents, found naturally in the wild, in the anthropic environment. The objective of this work was to carry out screening by molecular detection of pathogens of the Anaplasmatacea family in Didelphis albiventris, a specie characterized as having a synanthropic habit. Opossums that were dead (n = 25) after being road-killed were collected in the North of Paraná state, southern Brazil during the 2016 and 2018 years, through active search. A questionnaire was filled out with information about the animal and collected place. Biological samples of spleen and liver were collected. The genetic material extracted from the spleen and liver was submitted to molecular diagnosis through PCR for amplification of dsb of Ehrlichia and 16S genes for the other agents of the Anaplasmataceae family. One animal was positive for the genus Ehrlichia in semi-nested PCR for amplification of the 349 bp fragment of the dsb gene in extracted from the liver samples. In PCR for the 16S target no animal was positive. These are preliminary results that reinforce the circulation of Ehrlichia in opossums. To improve the knowledge of these agents in opossums more studies are necessary.(AU)

A sinantropização de animais silvestres coloca em risco a saúde pública por propiciar a circulação de agentes zoonóticos, encontrados naturalmente em ambiente silvestre, no ambiente antrópico. O trabalho teve como objetivo realizar a triagem por detecção molecular de patógenos da família Anaplasmataceae em Didelphis albiventris, espécie caracterizada como de hábito sinantrópico. Gambás mortos (n=25) por atropelamento durante os anos de 2016 e 2018 foram coletados na região norte do Paraná, sul do Brasil, por meio de busca ativa. Realizou-se o preenchimento de formulário com informações sobre a espécie do animal e o local do atropelamento. Foi realizada a necrópsia e coleta de amostras biológicas, de baço e fígado. O material genético extraído de baço e fígado foi submetido a diagnóstico molecular, por meio de PCR, para amplificação dos genes dsb de Ehrlichia sp. e 16S para os demais agentes da família Anaplasmataceae. Um animal foi positivo para o gênero Ehrlichia em semi-nested PCR para a amplificação do fragmento de 349 pb do gene dsb, extraído de fígado. Na PCR para detecção do gene 16S nenhum dos animais foi positivo. Esses resultados preliminares reforçam a circulação de Ehrlichias em gambás. Para melhorar o conhecimento desses agentes em gambás mais estudos são necessários.(AU)

Molecular survey of hemotropic mycoplasmas in crab-eating raccoons (Procyon cancrivorus) in southern Brazil / Levantamento molecular de micoplasma hemotrópico em mão-pelada (Procyon cancrivorus) do sul do Brasil

Hemoplasmas are non-cultivable bacterial parasites of erythrocytes that infect domestic and wild animals, as well as humans. Their means of transmission and pathogenesis remain contentious issues and difficult to evaluate in wild animals. Procyon cancrivorus is a South American carnivore and occurs in all Brazilian biomes. In this study, we aimed to investigate occurrences of hemoplasmas infecting P. cancrivorus and to identify their 16S rRNA gene, in southern Brazil. DNA was extracted from spleen and blood samples of P. cancrivorus (n = 9) from different locations. Hemoplasma DNA was detected in six samples, based on 16S rRNA gene amplification and phylogenetic analysis. Four of the six sequences belonged to the "Mycoplasma haemofelis group", which is closely related to genotypes detected in Procyon lotor from the USA; one was within the "Mycoplasma suis group", closely related to "Candidatus Mycoplasma haemominutum"; and one was within the intermediate group between these clusters. Thus, these sequences showed that the molecular identity of hemoplasmas in the population studied was very variable. In five positive animals, Amblyomma aureolatum ticks and a flea (Ctenocephalides felis felis) were collected. The present study describes the first molecular detection of mycoplasmas in P. cancrivorus.(AU)

Os micoplasmas hemotrópicos (hemoplasmas) são parasitas bacterianos não-cultiváveis de eritrócitos que infectam tanto animais domésticos e selvagens, como seres humanos. A transmissão e a patogênese são discutíveis e difíceis de avaliar em animais selvagens. O mão pelada (Procyon cancrivorus) é um carnívoro Sul-americano, que ocorre em todos os biomas brasileiros. O objetivo do presente estudo é o de investigar a ocorrência de hemoplasmas infectando P. cancrivorus e identificar seu gene 16S rRNA no Sul do Brasil. O DNA foi extraído do baço e amostras de sangue de P. cancrivorus (n= 9). O DNA de hemoplasma foi detectado em seis amostras, com base na amplificação do gene 16S rRNA e na análise filogenética. Quatro das seis sequências pertencem ao "Grupo Mycoplasma haemofelis", que estão intimamente relacionadas aos genótipos detectados no Procyon lotor dos EUA; uma dentro do "Grupo Mycoplasma suis", que está intimamente relacionado ao "Candidatus Mycoplasma haemominutum", e uma dentro do grupo intermediário entre esses clusters, mostrando assim que há uma diversidade genética de hemoplasmas na população estudada. Em cinco animais positivos, foram coletados carrapatos Amblyomma aureolatum e uma pulga Ctenocephalides felis. O presente estudo traz a primeira detecção molecular de micoplasmas em P. cancrivorus.(AU)

Molecular Epidemiology of Plasmodium species in Conflicted Federally Administered Tribal Area (FATA) Pakistan

Abstract Military conflicts have been significant obstacles in detecting and treating infectious disease diseases due to the diminished public health infrastructure, resulting in malaria endemicity. A variety of violent and destructive incidents were experienced by FATA (Federally Administered Tribal Areas). It was a struggle to pursue an epidemiological analysis due to continuing conflict and Talibanization. Clinical isolates were collected from Bajaur, Mohmand, Khyber, Orakzai agencies from May 2017 to May 2018. For Giemsa staining, full blood EDTA blood samples have been collected from symptomatic participants. Malaria-positive microscopy isolates were spotted on filter papers for future Plasmodial molecular detection by nested polymerase chain reaction (nPCR) of small subunit ribosomal ribonucleic acid (ssrRNA) genes specific primers. Since reconfirming the nPCR, a malariometric study of 762 patients found 679 positive malaria cases. Plasmodium vivax was 523 (77%), Plasmodium falciparum 121 (18%), 35 (5%) were with mixed-species infection (P. vivax plus P. falciparum), and 83 were declared negative by PCR. Among the five agencies of FATA, Khyber agency has the highest malaria incidence (19%) with followed by P. vivax (19%) and P. falciparum (4.1%). In contrast, Kurram has about (14%), including (10.8%) P. vivax and (2.7%) P. falciparum cases, the lowest malaria epidemiology. Surprisingly, no significant differences in the distribution of mixed-species infection among all five agencies. P. falciparum and P. vivax were two prevalent FATA malaria species in Pakistans war-torn area. To overcome this rising incidence of malaria, this study recommends that initiating malaria awareness campaigns in school should be supported by public health agencies and malaria-related education locally, targeting children and parents alike.

Resumo Os conflitos militares têm sido obstáculos significativos na detecção e tratamento de doenças infecciosas devido à diminuição da infraestrutura de saúde pública, resultando na endemicidade da malária. Uma variedade de incidentes violentos e destrutivos foi vivida pelas FATA (áreas tribais administradas pelo governo federal). Foi uma luta buscar uma análise epidemiológica devido ao conflito contínuo e à talibanização. Isolados clínicos foram coletados de agências Bajaur, Mohmand, Khyber e Orakzai, de maio de 2017 a maio de 2018. Para a coloração de Giemsa, amostras de sangue completo com EDTA foram coletadas de participantes sintomáticos. Isolados de microscopia positivos para malária foram colocados em papéis de filtro para futura detecção molecular plasmódica por reação em cadeia da polimerase aninhada (nPCR) de primers específicos de genes de subunidade ribossômica de ácido ribonucleico (ssrRNA). Desde a reconfirmação do nPCR, um estudo malariométrico de 762 pacientes encontrou 679 casos positivos de malária. Plasmodium vivax foi 523 (77%), Plasmodium falciparum 121 (18%), 35 (5%) eram com infecção de espécies mistas (P. vivax mais P. falciparum) e 83 foram declarados negativos por PCR. Entre as cinco agências da FATA, a agência Khyber tem a maior incidência de malária (19%), seguida por P. vivax (19%) e P. falciparum (4,1%). Em contraste, Kurram tem cerca de 14%, incluindo 10,8% casos de P. vivax e 2,7% P. falciparum, a epidemiologia de malária mais baixa. Surpreendentemente, não há diferenças significativas na distribuição da infecção de espécies mistas entre todas as cinco agências. P. falciparum e P. vivax foram duas espécies prevalentes de malária FATA na área devastada pela guerra no Paquistão. Para superar essa incidência crescente de malária, este estudo recomenda que o início de campanhas de conscientização sobre a malária na escola deve ser apoiado por agências de saúde pública e educação relacionada com a malária localmente, visando crianças e pais.

Molecular detection of Toxoplasma gondii, Neospora caninum and Sarcocystis spp in tissues of Sus scrofa slaughtered in southern Brazil / Detecção molecular de Toxoplasma gondii, Neospora caninum e Sarcocystis spp. em tecidos de Sus scrofa abatidos no Sul do Brasil

The aim of this study was to determine the presence of deoxyribonucleic acid (DNA) from Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. and Neospora caninum, in tissues of wild boars slaughtered in southern Brazil. A total of 156 samples were collected from different organs of 25 wild boars, and DNA from at least one of the protozoa investigated was detected in 79 samples. To differentiate between infectious agents, restriction fragment length polymorphism was performed using the restriction enzymes DdeI and HpaII. For N. caninum, conventional PCR was performed with specific primers. The DNA of at least one of the studied pathogens was detected in each animal: 26.58% for T. gondii, 68.36% for Sarcocystis spp. and 5.06% for N. caninum. Coinfection between T. gondii and Sarcocystis spp. occurred in 14 animals, between T. gondii and N. caninum in only one male animal, between Sarcocystis spp. and N. caninum in a female, while co-infection with the three agents was equally observed in only one male animal. Considering the high frequency of detection and its zoonotic risk, especially T. gondii, it appears that wild boars can be potential sources of transmission of infectious agents and the adoption of monitoring measures in these populations should be prioritized.(AU)

O objetivo deste estudo foi determinar a presença de ácido desoxirribonucléico (DNA) de Toxoplasma gondii, Sarcocystis spp. e Neospora caninum, em tecidos de javalis abatidos no sul do Brasil. Foram coletadas 156 amostras de diferentes órgãos de 25 javalis, sendo detectado o DNA de pelo menos um dos protozoários pesquisados em 79 amostras. Para diferenciar entre os agentes infecciosos, o polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição, foi realizado usando-se as enzimas de restrição DdeI e HpaII. Para N. caninum, a PCR convencional foi realizada com "primers" específicos. O DNA de pelo menos um dos patógenos estudados foi detectado em cada animal: 26,58% para T. gondii, 68,36% para Sarcocystis spp. e 5,06% para N. caninum. Coinfecção entre T. gondii e Sarcocystis spp. ocorreu em 14 animais; entre T. gondii e N. caninum em apenas um animal macho; entre Sarcocystis spp. e N. caninum em uma fêmea, enquanto a coinfecção com os três agentes foi observada igualmente em apenas um animal macho. Considerando-se a alta frequência de detecção e seu risco zoonótico, especialmente T. gondii, constata-se que os javalis podem ser potenciais fontes de transmissão de agentes infecciosos, e a adoção de medidas de monitoramento nessas populações devem ser priorizadas.(AU)

Cross-genera amplification and identification of Colpodella sp. with Cryptosporidium primers in fecal samples of zoo felids from northeast China

Abstract The protozoans include many intracellular human pathogens. Accurate detection of these pathogens is necessary to treat the diseases. In clinical epidemiology, molecular identification of protozoan is considered a more reliable and rapid method for identification than microscopy. Among these protozoans, Cryptosporidium considered being one of the important water-borne zoonotic pathogens and a major cause of a diarrheal disease named cryptosporidiosis in humans, domestic animals, and wild animals. This study was aimed to identify Cryptosporidium in zoo felids (N= 56) belonging to different zoo of China, but accidentlly Colpodella was encountered in the zoo felids sample and phylogenetic data confirmed this unexpected amplification from fecal samples using two-step nested-PCR. Phylogenetic analysis revealed the fact about the specific primers used previously by many researchers and cross-genera amplification. We came to know that genetically sequenced amplicon gives more accurate identification of species. This study suggests more investigation on Colpodella which has been neglected previously but gains the attention of researchers after identified from humans and animals and has been known to correlate with neurological symptoms in patients.

Resumo Os protozoários incluem muitos patógenos humanos intracelulares. A detecção acurada desses patógenos é necessária para tratar as doenças. Na epidemiologia clínica, a identificação molecular de protozoários é considerada o método de identificação mais confiável e rápido do que a microscopia. Entre esses protozoários, o Cryptosporidium é considerado um dos importantes patógenos zoonóticos transmitidos pela água e uma das principais causas de uma doença diarreica denominada criptosporidiose em humanos, animais domésticos e selvagens. Este estudo teve como objetivo identificar Cryptosporidium em zoofelídeos (N = 56) pertencentes a diferentes zoológicos da China, mas acidentalmente Colpodella foi encontrada na amostra de zoofelídeos e os dados filogenéticos confirmaram essa amplificação inesperada de amostras fecais usando nested-PCR em duas etapas. A análise filogenética revelou o fato sobre os primers específicos usados anteriormente por muitos pesquisadores e a amplificação entre gêneros. Ficamos sabendo que o amplicon sequenciado geneticamente fornece uma identificação mais acurada das espécies. Este estudo sugere mais investigação sobre Colpodella, que foi negligenciada anteriormente, mas ganha a atenção dos pesquisadores depois de identificada em humanos e animais e é conhecida por se correlacionar com sintomas neurológicos em pacientes.

Pathology, microbiology, and molecular evaluation of tissues from equids serologically positive for Burkholderia mallei in Midwestern Brazil / Avaliação patológica, microbiológica e molecular em amostras de tecidos de equídeos sorologicamente positivos para Burkholderia mallei no Centro-Oeste do Brasil

Glanders is a disease caused by the bacterium Burkholderia mallei that primarily affects horses, mules and donkeys. The disease can cause lesions in the skin, lungs and several other organs. However, it often manifests as an asymptomatic disease. In Brazil, serological tests of high sensitivity and specificity are used to assist in the detection of antibodies against B. mallei and to contribute to the control of the disease. However, due to the mandatory euthanasia of seroreactive animals, equids with positive serology for B. mallei and asymptomatic generated great conflicts between breeders, veterinarians and diagnostic laboratories. This study clarifies the limitations of complementary diagnostic tests for detecting B. mallei. It describes the clinical, morphological and laboratory findings in 24 equines from different municipalities in the Mato Grosso State, Brazil, which reacted to the complement fixation test and were positive in the western blotting test for glanders. Data and tissue samples were collected from 24 horses for histological, microbiological and molecular analysis. In 23 horses, no clinical signs, morphological alterations, microbiological isolation, or molecular detection would characterize B. mallei infection. On the other hand, samples from an asymptomatic horse without lesional alterations showed sequence amplification compatible with B. mallei in the PCR. Considering that the infection by B. mallei is subject to the application of animal sanitary defense measures and that, by international requirement and national legislation, the serological results are tools that should support the sanitation procedures for the error of the bacteria in the Mato Grosso State, Brazil.

Mormo é uma enfermidade causada pela bactéria Burkholderia mallei que acomete primariamente cavalos, mulas e burros. A doença pode causar lesões na pele, pulmões e em diversos outros órgãos, entretanto frequentemente manifesta-se como uma enfermidade assintomática. No Brasil são utilizados testes sorológicos de elevada sensibilidade e especificidade para auxiliar na detecção de anticorpos contra B. mallei e contribuir para controle da doença. Porém, devido à obrigatoriedade da eutanásia de animais sororeagentes, os equídeos com sorologia positiva para B. mallei e assintomáticos geraram grandes embates entre criadores, médicos-veterinários e laboratórios de diagnóstico. Este trabalho esclarece as limitações dos testes diagnósticos complementares para detecção de B. mallei e descreve os achados clínicos, morfológicos e de exames laboratoriais em 24 equídeos, procedentes de diferentes municípios do estado de Mato Grosso, Brasil, que reagiram ao teste de fixação de complemento e foram positivos no teste de "western blotting" para mormo. Foram colhidos dados e amostras de tecidos de 24 equídeos para análise histológica, microbiológica e molecular. Em 23 equídeos não existiam sinais clínicos, alterações morfológicas, isolamento microbiológico ou detecção molecular que caracterizassem infecção por B. mallei. Por outro lado, amostras de um cavalo assintomático e sem alterações lesionais apresentaram amplificação de sequência compatível com B. mallei na PCR. Considerando que a infecção por B. mallei é passível da aplicação de medidas de defesa sanitária animal e que por exigência internacional e da legislação nacional, os resultados sorológicos são ferramentas que devem amparar os procedimentos de saneamento para erradicação da bactéria no estado de Mato Grosso, Brasil.

Cross-genera amplification and identification of Colpodella sp. with Cryptosporidium primers in fecal samples of zoo felids from northeast China / Amplificação cruzada de gêneros e identificação de Colpodella sp. com iniciadores de Cryptosporidium em amostras fecais de zoofilia do nordeste da China

Abstract The protozoans include many intracellular human pathogens. Accurate detection of these pathogens is necessary to treat the diseases. In clinical epidemiology, molecular identification of protozoan is considered a more reliable and rapid method for identification than microscopy. Among these protozoans, Cryptosporidium considered being one of the important water-borne zoonotic pathogens and a major cause of a diarrheal disease named cryptosporidiosis in humans, domestic animals, and wild animals. This study was aimed to identify Cryptosporidium in zoo felids (N= 56) belonging to different zoo of China, but accidentlly Colpodella was encountered in the zoo felids sample and phylogenetic data confirmed this unexpected amplification from fecal samples using two-step nested-PCR. Phylogenetic analysis revealed the fact about the specific primers used previously by many researchers and cross-genera amplification. We came to know that genetically sequenced amplicon gives more accurate identification of species. This study suggests more investigation on Colpodella which has been neglected previously but gains the attention of researchers after identified from humans and animals and has been known to correlate with neurological symptoms in patients.

Resumo Os protozoários incluem muitos patógenos humanos intracelulares. A detecção acurada desses patógenos é necessária para tratar as doenças. Na epidemiologia clínica, a identificação molecular de protozoários é considerada o método de identificação mais confiável e rápido do que a microscopia. Entre esses protozoários, o Cryptosporidium é considerado um dos importantes patógenos zoonóticos transmitidos pela água e uma das principais causas de uma doença diarreica denominada criptosporidiose em humanos, animais domésticos e selvagens. Este estudo teve como objetivo identificar Cryptosporidium em zoofelídeos (N = 56) pertencentes a diferentes zoológicos da China, mas acidentalmente Colpodella foi encontrada na amostra de zoofelídeos e os dados filogenéticos confirmaram essa amplificação inesperada de amostras fecais usando nested-PCR em duas etapas. A análise filogenética revelou o fato sobre os primers específicos usados ​​anteriormente por muitos pesquisadores e a amplificação entre gêneros. Ficamos sabendo que o amplicon sequenciado geneticamente fornece uma identificação mais acurada das espécies. Este estudo sugere mais investigação sobre Colpodella, que foi negligenciada anteriormente, mas ganha a atenção dos pesquisadores depois de identificada em humanos e animais e é conhecida por se correlacionar com sintomas neurológicos em pacientes.

Molecular detection of Sarcocystis spp. in the breast muscle of captive birds from the southern region of Brazil / Detecção molecular de Sarcocystis spp. no músculo peitoral de aves de cativeiro da região sul do Brasil

Studies on diseases of wild birds are essential in the context of public health, as these animals act as sentinels, allowing information regarding a determined geographic area. In addition, birds are food protein sources for animals, and therefore play an important role in the life cycle of the protozoan Sarcocystis spp. This study aimed to identify the Sarcocystis spp. in breast muscle samples of naturally infected captive birds. The breast muscle of 89 birds were sampled, and the DNA amplified by PCR targeting the 18S ribosomal RNA gene to detect Sarcocystis spp. PCR products were sequenced and 5.61% (5/89) samples showed 100% similarity with Sarcocystis spp. (one Cyanoliseus patagonus, one Psittacula krameri, two Pyrrhura frontalis, and one Ramphastos dicolorus). The large number of naturally infected species analyzed by molecular methods allowed the detection of Sarcocystis spp. in different bird species, corroborating the epidemiology of Sarcocystis spp.

Estudos sobre doenças de aves silvestres são essenciais no contexto da saúde pública, pois esses animais atuam como sentinelas, permitindo obter informações sobre uma determinada área geográfica. Além disso, as aves são fontes de proteína alimentar para os animais e, portanto, desempenham um papel importante no ciclo de vida do Sarcocystis. Este estudo teve como objetivo identificar Sarcocystis spp. nos músculos do peito de aves de cativeiro naturalmente infectadas. Os músculos do peito de 89 aves foram coletados, e o DNA amplificado pela PCR do gene RNA ribossômico 18S para detecção de Sarcocystis spp. Os produtos da PCR foram sequenciados e 5,61% (5/89) amostras apresentaram 100% de similaridade com o Sarcocystis spp. (um Cyanoliseus patagonus, um Psittacula krameri, dois Pyrrhura frontalis e um Ramphastos dicolorus). O grande número de espécies naturalmente infectadas analisadas por métodos moleculares permitiu a detecção de Sarcocystis spp. em diferentes espécies de aves, corroborando a epidemiologia de Sarcocystis spp.

Real-time polymerase chain reaction for detection and enumeration of Staphylococcus aureus and Streptococccus agalactiae using different milk samplings

The objective of the present study was to evaluate the qPCR for detection and enumeration of Staphylococcus aureus and Streptococcus agalactiae using different milk samplings in comparison to the conventional microbiology. Four dairy herds with a history of subclinical mastitis caused by S. aureus and S. agalactiae were selected. Sampling approach included milk samples from bulk tank (BT), cow level (composite samples, CO), and mammary quarter level (MQ) from 785 lactating cows. Three consecutive monthly milk samplings were carried out, totaling 3347 MQ milk samples, 912 CO, and 12 from BT. All collected milk samples were subjected to conventional microbiology and qPCR for detection and enumeration of S. aureus and S. agalactiae. The qPCR showed 71.5% of diagnostic sensitivity for S. aureus isolated from MQ milk samples, 71.8% for CO, and 50% for BT milk samples compared with conventional microbiology methodology. Taken together, the diagnostic sensitivity for S. agalactiae isolated from MQ milk samples was 90.2, 87.7 for CO, and 90.9% for BT milk samples. In general, the qPCR methodology enabled the detection of S. aureus and S. agalactiae, regardless of the type of milk sampling. The direct use of milk samples to estimate the counting of S. aureus by qPCR demonstrated lower sensitivity than the counting of S. agalactiae, which can be explained by the pathogen infection dynamics and differences in milk sample type.

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).

The influence of primer choice on archaeal phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene PCR / A influência da escolha de iniciadores na filogenia de Archaea em ensaios de PCR para o gene rRNA 16S

Polymerase chain reaction (PCR) assays targeting 16S rRNA genes followed by DNA sequencing are still important tools to characterize microbial communities present in environmental samples. However, despite the crescent number of deposited archaeal DNA sequences in databases, until now we do not have a clear picture of the effectiveness and specificity of the universal primers widely used to describe archaeal communities from different natural habitats. Therefore, in this study, we compared the phylogenetic profile obtained when Cerrado lake sediment DNA samples were submitted to 16S rDNA PCR employing three Archaea-specific primer sets commonly used. Our findings reveal that specificity of primers differed depending on the source of the analyzed DNA. Furthermore, archaeal communities revealed by each primer pair varied greatly, indicating that 16S rRNA gene primer choice affects the community profile obtained, with differences in both taxon detection and operational taxonomic unit (OTU) estimates.(AU)

A amplificação de genes que codificam o rRNA 16S por reação em cadeia da polimerase (PCR) e o seu sub sequentesequenciamento consistem em uma ferramenta importante na caracterização de comunidades microbianas presentes em amostras ambientais. No entanto, apesar do crescente número de sequências de DNA de Archaea depositadas em bancos de dados, a especificidade e efetividade dos iniciadores de PCR descritos como universais e amplamente utilizados na descrição desse grupo ainda não está clara. Neste estudo foram comparados os perfis filogenéticos de comunidades de arqueias obtidos a partir amostras de DNA de sedimentos lacustres do Cerrado submetidas a ensaios de PCR empregando três pares de iniciadores específicos para Archaea, comumente utilizados neste tipo de estudo. Nossos resultados indicam que as comunidades de arqueias detectadas com cada par de iniciadores apresentaram grande variação filogenética, sugerindo que a escolha de iniciadores dirigidos ao gene de rRNA 16S tem efeito significativo no perfil da comunidade descrita, com diferenças tanto em relação aos táxons detectados, como nas estimativas de unidades taxonômicas operacionais (OTU).(AU)

Molecular detection and prevalence of Rotavirus with acute gastroenteritis among the children of rural and urban areas

Abstract Rotavirus is the main infective agent of acute gastroenteritis (AGE) in children under the age of five years and causing significant morbidity as well as mortality throughout the world. The study was carried out to detect the prevalence rate, genotypes strain and risk factors of Rotavirus among the children of rural and urban areas of district Bannu Khyber Pakhtunkhwa Pakistan. A total of 180 stool samples were collected from children under the age of 5 years from two major hospitals of Bannu from January to December (2015). The samples were analyzed by Reverse-transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for the detection of Rotavirus, positive samples were further processed for genotyping (G and P type) through specific PCR. Of the total, 41 (23%) samples were positive for Rotavirus. The most prevalent G genotypes found were: G3, G8, G9 (each 29%), followed by G10 (15%), and G11 (10%). Whereas the prevalent P genotypes were: P-8 (25%), P-4 and P-10 (each 20%), P-9 (15%), followed by P-6 and P-11 (each 10%). Moreover, Rotavirus infection was more prevalent in summer (23.73%) and winter (22.7%) than spring (20%) and autumn (21.4%). Rotavirus infection exhibited high frequency in June (14%), October (8%) and November (6%). It is concluded that Rotavirus is more prevalent in children and various genotypes (G and P) of Rotavirus are present in the study area. Lack of studies, awareness and rarer testing of Rotavirus are the principal reasons of virus prevalence in district Bannu, Pakistan.

Resumo O rotavírus é o principal agente infeccioso da gastroenterite aguda (AGE) em crianças menores de 5 anos e causa de morbidade e mortalidade significativas em todo o mundo. O estudo foi realizado para detectar a taxa de prevalência, cepa de genótipos e fatores de risco de rotavírus entre as crianças de áreas rurais e urbanas do distrito de Bannu Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão. Um total de 180 amostras de fezes foi coletada de crianças menores de 5 anos de dois grandes hospitais de Bannu de janeiro a dezembro (2015). As amostras foram analisadas por reação em cadeia da polimerase transcriptase reversa (RT-PCR) para detecção de rotavírus; as amostras positivas foram posteriormente processadas para genotipagem (tipo G e P) através de PCR específica. Do total, 41 (23%) amostras foram positivas para rotavírus. Os genótipos G mais prevalentes encontrados foram: G3, G8, G9 (cada 29%), seguidos de G10 (15%) e G11 (10%). Considerando que os genótipos P prevalentes foram: P-8 (25%), P-4 e P-10 (cada 20%), P-9 (15%), seguido por P-6 e P-11 (cada 10%). Além disso, a infecção por rotavírus foi mais prevalente no verão (23,73%) e inverno (22,7%) do que na primavera (20%) e no outono (21,4%). A infecção por rotavírus apresentou alta frequência em junho (14%), outubro (8%) e novembro (6%). Conclui-se que o rotavírus é mais prevalente em crianças e vários genótipos (G e P) do rotavírus estão presentes na área de estudo. A falta de estudos, conhecimento e testes mais raros de rotavírus são as principais razões da prevalência do vírus no distrito de Bannu, Paquistão.

Neorickettsia sp. in coatis (Nasua nasua) in Brazil / Neorickettsia sp. em quatis (Nasua nasua) no Brasil

The genus Neorickettsia comprises trematode-associated bacteria that can cause diseases in animals and humans. Despite detection of Neorickettsia antigens in the intestine of coatis kept in captivity in southern Brazil through immunohistochemistry, the molecular identity of the bacteria in South American procyonids remains elusive. The aim of the present study was to investigate the occurrence of Neorickettsia sp. in blood samples from coatis in central-western Brazil. Between March 2018 and January 2019, animals were captured and recaptured in two areas of the Cerrado (Parque Estadual do Prosa, PEP; and Vila da Base Aérea, VBA) located in the city of Campo Grande, state of Mato Grosso do Sul, central-western Brazil. All captures were performed according to convenience. DNA from 97 blood samples was subjected to nested PCR (nPCR) targeting a fragment of the 16S rRNA gene of Neorickettsia sp. Six samples (3.6%; five from VBA and one from PEP) from different coatis were positive in nPCR based on the 16S rRNA. The sequences obtained (~500 bp) showed ˃ 99% similarity to N. risticii. Phylogenetic analysis clustered the sequences detected in the present study in a clade with N. risticii. This is the first molecular detection of Neorickettsia sp. in coatis in Brazil.(AU)

O gênero Neorickettsia compreende bactérias associadas a trematódeos que podem causar doenças em animais e humanos. Apesar da detecção de antígenos de Neorickettsia por imuno-histoquímica no intestino de quatis mantidos em cativeiro no sul do Brasil, a identidade molecular da bactéria em procionídeos da América do Sul permanece indefinida. O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência de Neorickettsia sp. em amostras de sangue de quatis do Centro-Oeste do Brasil. Entre março de 2018 e janeiro de 2019, os animais foram capturados em duas áreas de Cerrado (Parque Estadual do Prosa PEP e Vila da Base Aérea VBA) localizadas na cidade de Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Centro-Oeste do Brasil. Todas as capturas e recapturas foram realizadas por conveniência. O DNA de 97 amostras de sangue foi submetido a "nested" (nPCR), baseada em um fragmento do gene 16S rRNA de Neorickettsia sp. Seis (3,6% - 5 de VBA e 1 de PEP) amostras de quatis diferentes foram positivas na nPCR, baseada no rRNA 16S. As sequências obtidas (~500 pb) apresentaram ˃99% de identidade com N. risticii. A inferência filogenética agrupou as sequencias detectadas no presente estudo em um clado com N. risticii. Esta é a primeira detecção molecular de Neorickettsia sp. em quatis do Brasil.(AU)

Overview of the use of genomic data in animal breeding / Panorama do uso de dados genômicos no melhoramento genético animal

ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production.

RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla.

Pantoea ananatis in Oryza sativa in Brazil / Pantoea ananatis em Oryza sativa no Brasil

ABSTRACT: The state of Santa Catarina is the second-largest producer of rice seeds in Brazil. Research on phytopathogenicbacterias in this crop is scarce and the high frequency of panicle diseases leads to the hypothesis that seeds may be infected by bacteria. This research quantified the incidence of bacteria in the seeds, verified the bacteria viability during the storage period and characterized the associated bacteria. Seeds from the 2018/19 and 2019/20 seasons were analyzed. To check the incidence, the seeds were disinfected, plated on a nutrient agar + fungicide culture medium, and incubated for seven days at 27 °C. To assess viability, every 45 days, three cultivars stored in a processing unit were subjected to the same detection methodology. To characterize, prevalent colonies were isolated on semi-selective culture medium Pantoea genus-specific agar (PGSA), where the ones that showed growth were subjected to deoxyribonucleic acid (DNA) extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR), DNA sequencing, and sequence comparison on GenBank. The hypersensitivity reaction (HR) in tobacco was performed using a bacterial suspension of each isolate. All seed samples had an average incidence of 83%. During storage, the seeds maintained stable bacterial viability, with an average incidence of 95% at the beginning of storage and 99% at the end of it. All isolates that grew in PGSA culture medium were identified by molecular characterization with 100% identity with two specimens of Pantoeaananatis and one of them induced RH in tobacco.

RESUMO: O estado de Santa Catarina é o segundo maior produtor de sementes de arroz do Brasil. As pesquisas com bactérias fitopatogênicas nesta cultura são escassas e a alta frequência de doenças da panícula leva à hipótese de que sementes podem estar infectadas por bactérias. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a incidência de bactérias nas sementes, verificar a viabilidade das bactérias durante o período de armazenamento e caracterizar as bactérias associadas. Foram analisadas sementes das safras 2018/19 e 2019/20. Para verificar a incidência, as sementes foram desinfestadas, plaqueadas em meio de cultura ágar nutriente + fungicida e incubadas por sete dias a 27 °C. Para avaliar a viabilidade, a cada 45 dias, três cultivares armazenadas em uma unidade de beneficiamento foram submetidas à mesma metodologia de detecção. Para caracterizar, colônias prevalentes foram isoladas em meio de cultura semisseletivo Pantoea genus-specific ágar (PGSA), onde as que apresentaram crescimento foram submetidas à extração do ácido desoxirribonucléico (DNA) e Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), sequenciamento do DNA e comparação de sequências no GenBank. A reação de hipersensibilidade (HR) em tabaco foi realizada utilizando uma suspensão bacteriana de cada isolado. Todas as amostras de sementes apresentaram incidência média de 83%. Durante o armazenamento, as sementes mantiveram viabilidade bacteriana estável, com incidência média de 95% no início do armazenamento e 99% ao fim. Todos os isolados que cresceram no meio de cultura PGSA, foram identificados por caracterização molecular com 100% de identidade com dois espécimes de Pantoea ananatis e um deles induziu HR em tabaco.

Cross-genera amplification and identification of Colpodella sp. with Cryptosporidium primers in fecal samples of zoo felids from northeast China / Amplificação cruzada de gêneros e identificação de Colpodella sp. com iniciadores de Cryptosporidium em amostras fecais de zoofilia do nordeste da China

The protozoans include many intracellular human pathogens. Accurate detection of these pathogens is necessary to treat the diseases. In clinical epidemiology, molecular identification of protozoan is considered a more reliable and rapid method for identification than microscopy. Among these protozoans, Cryptosporidium considered being one of the important water-borne zoonotic pathogens and a major cause of a diarrheal disease named cryptosporidiosis in humans, domestic animals, and wild animals. This study was aimed to identify Cryptosporidium in zoo felids (N= 56) belonging to different zoo of China, but accidentlly Colpodella was encountered in the zoo felids sample and phylogenetic data confirmed this unexpected amplification from fecal samples using two-step nested-PCR. Phylogenetic analysis revealed the fact about the specific primers used previously by many researchers and cross-genera amplification. We came to know that genetically sequenced amplicon gives more accurate identification of species. This study suggests more investigation on Colpodella which has been neglected previously but gains the attention of researchers after identified from humans and animals and has been known to correlate with neurological symptoms in patients.

Os protozoários incluem muitos patógenos humanos intracelulares. A detecção acurada desses patógenos é necessária para tratar as doenças. Na epidemiologia clínica, a identificação molecular de protozoários é considerada o método de identificação mais confiável e rápido do que a microscopia. Entre esses protozoários, o Cryptosporidium é considerado um dos importantes patógenos zoonóticos transmitidos pela água e uma das principais causas de uma doença diarreica denominada criptosporidiose em humanos, animais domésticos e selvagens. Este estudo teve como objetivo identificar Cryptosporidium em zoofelídeos (N = 56) pertencentes a diferentes zoológicos da China, mas acidentalmente Colpodella foi encontrada na amostra de zoofelídeos e os dados filogenéticos confirmaram essa amplificação inesperada de amostras fecais usando nested-PCR em duas etapas. A análise filogenética revelou o fato sobre os primers específicos usados anteriormente por muitos pesquisadores e a amplificação entre gêneros. Ficamos sabendo que o amplicon sequenciado geneticamente fornece uma identificação mais acurada das espécies. Este estudo sugere mais investigação sobre Colpodella, que foi negligenciada anteriormente, mas ganha a atenção dos pesquisadores depois de identificada em humanos e animais e é conhecida por se correlacionar com sintomas neurológicos em pacientes.

Detection of microorganisms with antibacterial activities from different industrial wastes and GC-MS analysis of crude microbial extract

Abstract Many soil microorganisms i.e., bacteria and fungi produce secondary metabolites called antibiotics. These are used for the treatment of some of the bacterial, fungal and protozoal diseases of humans. There is a need for isolation of a broad spectrum of antibiotics from microorganisms due to the emergence of antibiotic resistance. In the present study two antibiotic producing bacteria Klebsiella pneumoniae and Bacillus cereus were isolated from pharmaceutical and poultry feed industry of Hattar, Haripur Pakistan. Total 10 waste samples were collected from different industries (Marble, Ghee, Soap, Mineral, Steel, Poultry Feed, Pharmaceutical, Qarshi, Cosmetic and Glass). Thirty-three bacterial strains were isolated from industrial wastes of these ten different industries. Fourteen out of thirty-three bacterial strains exhibited antimicrobial activities against at least one of the test microbes considered in this study including Escherchia coli, Staphylococcus aureus and Salmonella typhi. The bacteria were isolated by standard serial dilution spread plate technique. Morphological characterization of the isolates was done by Gram staining. Nine bacterial isolates out of fourteen were initially identified as B. cereus and five as K. pneumoniae through biochemical characterization. The antibacterial activities were tested by well diffusion method. Maximum number of antibiotic producing bacteria were isolated from pharmaceutical and poultry feed industry based on the results of primary screening, the most potential isolates S9, S19, S20, S22 and S23 were selected for secondary screening. The maximum activity against E. coli and S. aureus was recorded by bacterial isolate S19 i.e zones of inhibition of 6.5mm and 9mm while S20 showed 7.5mm and 6mm zones respectively. Molecular identification was carried out on the basis of 16S rRNA sequence analysis. Finally, the isolates were identified as B. cereus accession number LC538271and K. pneumoniae accession number MT078679. Analysis of bacterial extract S20 through GC-MS indicated the presence of 8 compounds of diverse nature and structure. Present study suggests that wastes of pharmaceutical and poultry feed industry may have antibiotic producing bacteria. These bacteria could be utilized for the production of antibiotics. B. cereus and K. pneumoniae isolated from wastes of poultry feed and pharmaceutical industries have the potential to produce antibiotics and could be used to control the microbial growth.

Resumo Muitos microrganismos do solo, ou seja, bactérias e fungos produzem metabólitos secundários chamados antibióticos. Eles são usados para tratamento de algumas doenças bacterianas, fúngicas e protozoárias em humanos. Há necessidade de isolamento de um amplo espectro de antibióticos de microrganismos devido ao surgimento de resistência aos antibióticos. No presente estudo, duas bactérias produtoras de antibióticos, Klebsiella pneumoniae e Bacillus cereus, foram isoladas da indústria farmacêutica e de ração avícola de Hattar, Haripur, Paquistão. Um total de 10 amostras de resíduos foi coletado de diferentes indústrias (mármore, ghee, sabão, mineral, aço, ração para aves, farmacêutica, Qarshi, cosmética e vidro). Trinta e três cepas bacterianas foram isoladas de resíduos industriais dessas dez diferentes indústrias. Quatorze das 33 cepas bacterianas exibiram atividades antimicrobianas contra pelo menos um dos micróbios de teste considerados neste estudo, incluindo Escherchia coli, Staphylococcus aureus e Salmonella typhi. As bactérias foram isoladas pela técnica de placa de diluição em série padrão. A caracterização morfológica dos isolados foi feita por coloração de gram. Nove isolados bacterianos de 14 foram inicialmente identificados como B. cereus e cinco como K. pneumoniae por meio de caracterização bioquímica. As atividades antibacterianas foram testadas pelo método de difusão em poço. O número máximo de bactérias produtoras de antibióticos foi isolado da indústria farmacêutica e de ração avícola com base nos resultados da triagem primária, os isolados mais potenciais S9, S19, S20, S22 e S23 foram selecionados para a triagem secundária. A atividade máxima contra E. coli e S. aureus foi registrada pelo isolado bacteriano S19, ou seja, zonas de inibição de 6,5 mm e 9 mm, enquanto S20 mostrou zonas de 7,5 mm e 6 mm, respectivamente. A identificação molecular foi realizada com base na análise da sequência 16S rRNA. Finalmente, os isolados foram identificados como B. cereus número de acesso LC538271 e K. pneumoniae número de acesso MT078679. A análise do extrato bacteriano S20 por meio de GC-MS indicou a presença de oito compostos de natureza e estrutura diversas. O presente estudo sugere que resíduos da indústria farmacêutica e de ração para aves podem conter bactérias produtoras de antibióticos. Essas bactérias podem ser utilizadas para a produção de antibióticos B. cereus e K. pneumoniae isolados de resíduos de rações de aves e indústrias farmacêuticas têm potencial para produzir antibióticos e podem ser usados para controlar o crescimento microbiano.

Occurrence of Salmonella spp. in fecal samples from foals with and without diarrhea in the state of São Paulo: microbiological diagnosis, antimicrobial susceptibility profile, and molecular detection / Ocorrência de Salmonella spp. em amostras fecais de potros com e sem diarreia no estado de São Paulo: diagnóstico microbiológico, perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos e detecção molecular

ABSTRACT: The present study investigated Salmonella spp. in the feces of 200 foals up to one year of age (100 with clinical signs of diarrhea and 100 without clinical signs of diarrhea). Bacteriological culture, serotyping, antimicrobial susceptibility, and real-time PCR (qPCR SYBR® Green or a TaqMan®) for detecting the invA gene (with and without a selective pre-enrichment step in tetrathionate broth) were performed. Bacterial culture revealed 15% (n=30) of positive animals (21 animals with diarrhea and nine without diarrhea). Among the 30 isolates, 13 different serovars were identified: S. Infantis, S. Minnesota, S. I.4,5,12:i:-; S. Anatum, S. Cerro, S. Oranienburg, S. Braenderup, S. Give, S. Newport, S. IIIb 61:c:z35, S. 109:-:1.5, S. I.4.12:d:-, S. I.6.8:-:-. Multidrug resistance was found in 43.33% (n=13) of the isolates, with one isolate obtained from animals without diarrhea and 12 isolates from animals with diarrhea. All qPCR techniques used in the study classified more samples as positive for Salmonella spp. than the bacterial culture of feces. In addition, all qPCR techniques detected more positive animals in the diarrhea group than in the diarrhea-free group. The results confirm the utility of the qPCR method without the pre-enrichment step in tetrathionate as a rapid test for Salmonella spp. in carrier animals. In animals with clinical signs of diarrhea, it can be combined with bacterial culture (antimicrobial susceptibility testing and serotyping). The isolation of Salmonella spp. in nine animals without diarrhea confirms the importance of asymptomatic carrier animals in the epidemiology of the disease. The multidrug resistance observed highlights the importance of rational antimicrobial use in horses and adopting biosecurity protocols that are efficacious in controlling the spread of infections between animals and zoonotic transmission in farms.

RESUMO: O presente estudo investigou a ocorrência de Salmonella spp. em fezes de 200 potros com até um ano de idade (100 com sinais clínicos de diarreia e 100 sem sinais clínicos de diarreia), utilizando as técnicas de cultivo bacteriológico e PCR em tempo real (qPCR) pelos métodos de corante fluorescente (SYBR® Green) e sonda específica (Taqman®) para a detecção do gene invA com e sem etapa de pré-enriquecimento seletivo em caldo de tetrationato. O cultivo bacteriológico revelou 15% (n=30) de animais positivos (21 animais com diarreia e nove animais sem diarreia). Dentre esses 30 isolados, 13 sorovares diferentes foram identificados: S. Infantis, S. Minnesota, S. I.4,5,12:i:-; S. Anatum, S. Cerro, S. Oranienburg, S. Braenderup, S. Give, S. Newport, S. IIIb 61:c:z35, S. 109:-:1.5, S. I.4.12:d:-, S. I.6.8:-:-. Multirresistência foi constatada em 43,33% (n=13) dos isolados, sendo um isolado obtido de animal sem diarreia e 12 isolados de animais com diarreia. Todas as técnicas de qPCR empregadas no estudo apresentaram maior número de amostras classificadas como positivas para Salmonella spp. comparadas ao cultivo bacteriológico de fezes. Adicionalmente, em todas as técnicas de qPCR houve maior número de animais detectados como positivos no grupo de animais com diarreia em relação aos animais sem diarreia. Os resultados confirmaram a utilidade do método qPCR sem a etapa de pré-enriquecimento em tetrationato, como um teste rápido para detecção de Salmonella spp. em animais portadores ou em animais com sinais clínicos de diarreia. O cultivo bacteriológico deve ser associado para a realização do teste de sensibilidade aos antimicrobianos e sorotipificação. O isolamento de Salmonella spp. em nove animais sem diarreia, confirma a importância dos animais portadores assintomáticos na epidemiologia da doença. A multirresistência observada evidencia a importância do uso racional de antimicrobianos em equinos e a importância da adoção de protocolos de biossegurança que sejam eficazes para controlar a disseminação de infecções entre animais e a transmissão zoonótica nas fazendas.