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1.
Pesqui. vet. bras ; 37(6)2017.
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-743640

Resumo

ABSTRACT: Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.


RESUMO: A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.

2.
Pesqui. vet. bras ; 37(6): 549-554, jun. 2017. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-895457

Resumo

Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.(AU)


A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.(AU)


Assuntos
Animais , Bovinos , Tuberculose Bovina/diagnóstico , Teste Tuberculínico/veterinária , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/veterinária , Complexo Mycobacterium avium/isolamento & purificação , Técnicas de Diagnóstico Molecular/veterinária , Mycobacterium bovis/isolamento & purificação , Mycobacterium tuberculosis/isolamento & purificação
3.
Pesqui. vet. bras ; 37(6): 549-554, jun. 2017. tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-23667

Resumo

Bovine tuberculosis (bTB) is a zoonosis causing economic losses and public health risks in many countries. The disease diagnosis in live animals is performed by intradermal tuberculin test, which is based on delayed hypersensitivity reactions. As tuberculosis has complex immune response, this test has limitations in sensitivity and specificity. This study sought to test an alternative approach for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis, based on real-time polymerase chain reaction (PCR). DNA samples, extracted from nasal swabs of live cows, were used for SYBR® Green real-time PCR, which is able to differentiate between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium complexes. Statistical analysis was performed to compare the results of tuberculin test, the in vivo gold standard bTB diagnosis method, with real-time PCR, thereby determining the specificity and sensitivity of molecular method. Cervical comparative test (CCT) was performed in 238 animals, of which 193 had suitable DNA from nasal swabs for molecular analysis, as indicated by amplification of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene, and were included in the study. In total, 25 (10.5%) of the animals were CCT reactive, of which none was positive in the molecular test. Of the 168 CCT negative animals, four were positive for M. tuberculosis complex at real time PCR from nasal swabs. The comparison of these results generated values of sensitivity and specificity of 0% and 97.6%, respectively; moreover, low coefficients of agreement and correlation (-0.029 and -0.049, respectively) between the results obtained with both tests were also observed. This study showed that real-time PCR from nasal swabs is not suitable for in vivo diagnosis of bovine tuberculosis; thus tuberculin skin test is still the best option for this purpose.(AU)


A tuberculose bovina (bTB) é uma zoonose que causa perdas econômicas e riscos à saúde pública em muitos países. O diagnóstico da doença em animais vivos é realizado pelo teste intradérmico da tuberculina, que é baseado em reações de hipersensibilidade tardia. Como a tuberculose tem resposta imunológica complexa, este teste tem limitações em termos de sensibilidade e especificidade. Este estudo procurou desenvolver uma abordagem alternativa para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina, com base na reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real. As amostras de DNA, extraídas de suabes nasais de vacas vivas, foram usadas para PCR em tempo real com SYBR® Green, capaz de diferenciar os complexos Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium avium. A análise estatística foi realizada para comparar os resultados de teste de tuberculina, padrão ouro para o diagnóstico in vivo da bTB, com PCR em tempo real, determinando-se assim a especificidade e sensibilidade do método molecular. O teste cervical comparativo (TCC) foi realizado em 238 animais, dos quais 193 tiveram DNA dos suabes nasais adequados para análise molecular, como indicado pela amplificação do gene gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), e foram incluídos no estudo. No total, 25 (10,5%) animais foram reativos no TCC, dos quais nenhum foi positivo no teste molecular. Dos 168 animais negativos no TCC, quatro foram positivos para o complexo M. tuberculosis na PCR em tempo real a partir dos suabes nasais. A comparação destes resultados gerou valores de sensibilidade e especificidade de 0% e 97,6%, respectivamente; além disso, baixos coeficientes de concordância e correlação (-0,029 e -0,049, respectivamente) entre os resultados obtidos com ambos os testes também foram observados. Este estudo mostrou que a PCR em tempo real a partir de suabes nasais não é adequada para o diagnóstico in vivo da tuberculose bovina; portanto, o teste da tuberculina ainda é a melhor opção para este fim.(AU)


Assuntos
Animais , Bovinos , Tuberculose Bovina/diagnóstico , Teste Tuberculínico/veterinária , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real/veterinária , Complexo Mycobacterium avium/isolamento & purificação , Técnicas de Diagnóstico Molecular/veterinária , Mycobacterium bovis/isolamento & purificação , Mycobacterium tuberculosis/isolamento & purificação
4.
Pesqui. vet. bras ; 33(1): 61-73, jan. 2013. ilus, tab
Artigo em Português | VETINDEX | ID: vti-8095

Resumo

Este trabalho descreve a colheita adequada de amostras, as técnicas/procedimentos disponíveis para o diagnóstico de influenza A em suínos, assim como os resultados e suas respectivas interpretações, para auxiliar médicos veterinários de campo na identificação dessa doença. Em suínos vivos, as amostras adequadas são: secreção nasal, fluido oral e sangue (soro). Para suínos mortos, colher preferencialmente amostras de pulmão com consolidação cranioventral. Secreção nasal e fragmentos de pulmão refrigerado são utilizados para detectar partícula viral viável (isolamento viral - IV) ou ácido nucleico viral (RT-PCR convencional e RT-PCR em tempo real). As amostras não devem ser congeladas, pois o vírus é inativado a -20°C. A caracterização molecular dos isolados é feita pela análise filogenética obtida pelo sequenciamento de DNA. O soro é utilizado para a detecção de anticorpos (Acs) por meio do teste da inibição da hemaglutinação e ELISA. O fluido oral pode ser utilizado para detecção de anticorpo (ELISA) ou de vírus. Fragmentos de pulmão fixados em formol a 10% são examinados microscopicamente para identificar pneumonia broncointersticial e para detecção de antígeno viral pela imuno-histoquímica (IHQ). Para o sucesso do diagnóstico, as amostras devem ser colhidas de suínos que estão preferencialmente na fase aguda da doença, para aumentar as chances de detecção viral. As melhores opções para o diagnóstico de influenza A em suínos vivos são RT-PCR e isolamento viral de amostras de swab nasal ou fluido oral. Pulmão para análise por RT-PCR, isolamento viral ou IHQ é a amostra de escolha em suínos mortos. Testes sorológicos têm valor diagnóstico limitado e são utilizados apenas para determinar o estado imune do rebanho, não indicando doença clínica, pois os Acs são detectados 7-10 dias pós-infecção (fase subaguda). O diagnóstico de influenza é importante para avaliar o envolvimento desse agente no complexo de doença respiratória suína. Além disso, o isolamento do vírus influenza é essencial para o monitoramento dos principais subtipos circulantes em uma determinada região ou país, assim como para a detecção de novos rearranjos virais, já que influenza é considerada uma zoonose.(AU)


This article is intended to describe the adequate sample collection, the laboratory procedures/techniques, the expected results and their interpretation for diagnosis of influenza infection in swine, serving as a support for field veterinarians. In live pigs, the samples to be taken are nasal secretions, oral fluids and blood. For dead pigs, preference should be given to samples of cranioventral lung consolidation. Nasal discharge and chilled lung fragments are used for detection of virus (virus isolation - VI) or viral nucleic acids (conventional RT-PCR and real-time RT-PCR). Samples should not be frozen, because the virus is inactivated at -20°C. Molecular characterization of isolates is performed by phylogenetic analysis of gene sequences obtained by DNA sequencing. Serum is used for the detection of antibodies using hemagglutination inhibition (HI) test and ELISA. Oral fluid may be used for either antibody (ELISA) or viral detection. Fragments of lung fixed in 10% formaldehyde are used for histopathological analysis to identify bronchointerstitial pneumonia, and for immunohistochemistry (IHC) for antigens. For a successful diagnosis, sampling should be preferably performed in the acute phase of the disease to improve chances of virus detection. The best options to perform the diagnosis of influenza A in a swine herd are RT-PCR and VI from nasal swabs or oral fluid in live pigs and/or lung tissue for RT-PCR, VI or IHC in dead pigs. Serological tests are of very limited diagnostic value and are useful only to determine the immune status of the herd, not indicating clinical disease, because antibodies are detected after 7-10 days post infection (subacute phase). The diagnosis of influenza is important to evaluate the involvement of this agent in the complex of respiratory diseases in pigs. Furthermore, the isolation of influenza virus is essential for monitoring the main subtypes circulating in a given region or country, as well as for the detection of potential new viral reassortants, because influenza is considered a zoonosis.(AU)


Assuntos
Animais , Alphainfluenzavirus/isolamento & purificação , Manejo de Espécimes , Suínos/virologia , Técnicas e Procedimentos Diagnósticos/veterinária , Saliva , Reação em Cadeia da Polimerase
5.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-216423

Resumo

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) está geneticamente e antigenicamente relacionado com outros membros do gênero Pestivirus, como o vírus da peste suína clássica, e pode provocar problemas reprodutivos, contudo ainda faltam pesquisas para esclarecer a patogenicidade em diferentes períodos gestacionais de porcas e os efeitos nos neonatos. Para o estudo foram utilizadas 12 porcas divididas em grupos (G) que foram inoculadas experimentalmente com a estirpe BVDV-2 (VS-253) na dose 106,85TCID50 pela via oronasal, 30 dias antes da inseminação (G0;n=2) e durante a gestação, no primeiro (G1;n=2), no segundo (G2;n=3) e no terceiro terço (G3;n=3) da gestação e grupo controle (G4;n=2). Amostras de sangue e suabes nasais das porcas foram colhidas, a cada três dias a partir do dia da inoculação até o dia do parto, para o teste de virusneutralização, real time quantitativo PCR (qRT-PCR) e hemograma. No dia do parto, 40% dos neonatos foram eutanasiados para obtenção de amostras de tecidos na necropsia para histopatologia e qRT-PCR. As porcas soroconverteram entre doze e trinta e três dias após a inoculação e o vírus foi detectado no sangue entre três e doze dias, e no suabe nasal entre seis e vinte e quatro dias nas porcas do G0, G1, G2 e G3, após a inoculação, porém não foi possível a detecção de BVDV nos tecidos dos leitões e nenhuma alteração significativa encontrada através da histopatologia. A média e desvio padrão dos valores dos ciclos médios (Cq) das amostras de sangue (Cq = 34,87 ± 0,60) e suabe nasal (Cq = 34,61 ± 0,87) das porcas, corresponderam entre aproximadamente 107 a 490 TCID50/mL, obtendo uma carga viral baixa em suínos e a infecção transplacentária não foi possível.


BVDV belongs to the genus Pestivirus, and can cause reproductive problems, however, there is still a lack of research to clarify the pathogenicity in different gestational periods of gilts and the effects in the neonates. For the study, 12 gilts divided into groups (G) were experimentally inoculated with the strain BVDV-2 (VS-253) at the dose 106,85TCID50 by the oronasal route, one group with 30 days before insemination (G0; n=2) and three groups during gestation, first (G1;n=2), second (G2;n=3), last third (G3;n=3) and the fifth control group (G4;n=2). Samples of blood and nasal swabs from the gilts were collected every three days from the day of inoculation until the day of delivery for virusneutralization test, quantitative PCR (qRT-PCR), blood count. On the day of delivery, 40% of the neonates were euthanized to obtain tissue samples at necropsy for histopathology and qRT-PCR. The sows were seroconverted between 12 and 33 days after inoculation and the virus was detected in the blood between 3 and 12 days, and in the nasal swab between 6 and 24 days in the G0, G1, G2 and G3 sows after inoculation, but it was not possible to detect BVDV in piglet tissues and no significant alterations were found through histopathology. The mean and standard deviation of the mean cycles (Cq) of the blood samples (Cq = 34.87 ± 0.60) and nasal swab (Cq = 34.61 ± 0.87) of the sows corresponded between approximately 107 to 490 TCID50/mL, obtaining a low viral load in swines, and transplacental infection was`t possible.

6.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-203110

Resumo

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantesnaquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos,patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em célulasMDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex(RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos forampurificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq(illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HAe NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HAe NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09.


Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic.Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim ofthe second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Whole-genome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M andNS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the geneticsequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

7.
Botucatu; s.n; 31/07/2006. 70 p.
Tese em Português | VETTESES | ID: vtt-4265

Resumo

Vários estudos têm demonstrado a associação entre a maior concentração viral do circovírus suíno tipo 2 (PCV2) detectado por PCR quantitativa com o desenvolvimento de lesões microscópicas típicas da Síndrome da circovirose suína (SCS). Clinicamente, a SCS é caracterizada principalmente pelo emagrecimento progressivo, acompanhado de dispnéia, aumento de tamanho dos linfonodos, palidez e/ou icterícia das mucosas. A diminuição na taxa de crescimento dos leitões acometidos com a síndrome provoca grave prejuízo econômico para o produtor, o que torna a SCS uma das doenças mais importantes para a suinocultura. Assim, com o objetivo de comparar a concentração viral relativa do circovírus suíno (PCV) com o ganho de peso de leitões provenientes de uma granja comercial com SCS, amostras de sangue total, soro e "swab" nasal foram analisadas por PCR em tempo real com SYBR® Green I e PCR para o circovírus suíno tipo 1 (PCV1), sendo posteriormente, comparadas entre si para determinação de qual amostra seria mais apropriada para a utilização na PCR em tempo real com SYBR® Green I. Foram colhidas 128 amostras de sangue total, 128 de soro e 128 de "swab" nasal, as quais foram obtidas de 32 leitões acompanhados na maternidade, creche, recria e crescimento. Através da comparação das concentrações virais relativas do PCV entre as amostras, o sangue total mostrou-se mais apropriado para a PCR em tempo real, seguido do soro. Os "swabs" nasais não foram considerados apropriados para detecção do PCV pela técnica aplicada, pois o PCV detectado pode representar o vírus sendo eliminado nas secreções nasais e/ou uma contaminação do ambiente. Todas as amostras (n = 107) positivas para PCV por PCR em tempo real foram testadas para PCV1 e resultaram negativas


Several studies have shown the association among the largest viral concentration of Porcine circovirus type 2 (PCV2) detected by quantitative PCR with the development of typical microscopic lesions of Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS). Clinically, PMWS is characterized by the progressive weigh loss, accompanied of dyspnea, enlargement of limph nodes, paleness and/or jaundice of the mucous membranes. The reduce growth rate of the pigs affected with the PMWS cause serious economical damage, making this disease as one of the most important for swine producing area. Like this, with the objective of comparing the relative viral concentration of the PCV with the weight gain of piglets of a commercial farm with PMWS, samples of total blood, serum and nasal swab were analyzed by real time PCR using SYBR® Green I and PCR for the PCV1, and were compared later amongst themselves for determination of which sample would be more appropriate for quantitative PCR. A total of 128 samples of total blood, 128 of serum and 128 of nasal swab were collected, which were obtained of 32 piglets accompanied at the nursery, grower, and finisher stage. After analyses, total blood was shown more appropriate for real time PCR, following by the serum. The nasal swabs were not considered appropriate for quantifications of PCV because detected PCV can represent the virus being eliminated in the nasal secretions and/or an environment contamination. All of the samples (n = 107) positive for PCV in real time PCR were also tested in PCR for PCV1 with negative results. The comparison between viral concentrations in blood or serum samples and the weights of the piglets, a negative correlation was observed

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