Hepatitis C virus genotype diversity in Ningxia Hui autonomous region, Northwestern China / Diversidade genética do vírus da hepatite C na região autônoma de Ningxia Hui

Hepatitis C virus (HCV) genotypes vary greatly in different regions. The aim of this study is to investigate the distribution of HCV genotypes in HCV infected patients, in Ningxia Hui Autonomous Region. Nucleic acid extraction and amplification were performed with test kits on 153 HCV infected patients serum samples. The HCV viral load was measured using reverse transcriptase PCR (RT-PCR) and HCV genotypes were determined. Among the 153 HCV-infected patients, 56 had genotype (GT)1b (36.60%), 45 had GT2a (29.40%), 23 had GT3a (15.00%), 14 had GT3b (9.20%),13 had GT6a (8.50%), 1 had GT1g (0.70%), 1 had GT6xa (0.70%). In GT1b, 21.40% were female and 78.60% were male; in GT2a, 42.20% were female and 57.80% were male;Males were most prevalent in genotypes 1b(39.30%), while female were most prevalent in genotype 2a(46.30%). Rare GT1g and GT6xa were also detected in males. The 41-50 year age group had the highest HCV prevalence of 32.00%. HCV GT1b is the predominant HCV genotype in Ningxia Hui Autonomous Region.

Os genótipos do vírus da hepatite C (HCV) variam muito de acordo com a região. O objetivo deste estudo é investigar a distribuição do genótipo do vírus da hepatite C em pessoas infectadas pelo vírus na região autônoma de Ningxia Hui. A extração de ácido nucleico e a expansão de amostras séricas em 153 pacientes infectados com HCV foram realizadas utilizando kits de ensaio. A capacidade do vírus HCV foi medida pela reação em cadeia da polimerase retrotranscrição (RT-PCR) e o genótipo HCV foi determinado. Os genótipos (Gt) tiveram a seguinte distribuição entre os 153 casos de infecção HCV: 56 Gt 1-B (36, 60%), 45 Gt 2-A (29, 40%), 23 Gt 3-A (15, 00%), 14 Gt 3-B (9, 20%), 13 Gt 6-A (8, 50%), 1 Gt 1-G (0, 70%) e 1 Gt 6-Xa (0, 70%). Já o sexo dos indivíduos teve a seguinte distribuição: Gt 1-B, 21, 40% mulheres e 78, 60% homens; Gt 2-A, 42, 20% mulheres e 57, 80% homens. A presença de homens é mais comum no genótipo 1-B (39, 30%), enquanto as mulheres ocorrem mais comumente no genótipo 2-A (46, 30%). Gt 1-G e Gt 6-Xa raros também foram detectados em homens. A taxa de infecção com HCV para grupos etários de 41 a 50 anos é a mais alta, com 32,00%. HCV Gt 1-B é o genótipo dominante do HCV na região autônoma de Ningxia Hui.

Genetic differentiation of five sea cucumber species from the Red Sea, Hurghada, Egypt / Diferenciação genética de cinco espécies de pepino-do-mar do Mar Vermelho, Hurghada, Egito

This study aimed to assess the genetic differentiation and relationship among five sea cucumber species from the Red Sea in Egypt, namely Holothuria atra, H. impatiens, H. leucospilota, Actinopyga crassa and A. mauritiana, using Inter Simple Sequence Repeated (ISSR) and Start Codon Targeted (SCoT) markers. A collection of 100 specimens, with 20 individuals per species, was gathered for the analysis. With ten ISSR primers, 135 amplified bands were detected, including 11 distinct species-specific bands, indicating high-level polymorphism among species. Using ten SCoT primers, 151 amplicons were generated, including 30 species-specific bands, with 52% polymorphic bands indicating high-level polymorphism among species. The degree of genetic similarity (GS) among the different genotypes of species was calculated based on ISSR bands analysis, which ranged from 93% between H. atra and H. impatiens to 86% between H. atra and A. crassa. The highest genetic similarity was observed between H. atra and H. impatiens (90%), while the lowest was identified between A. crassa and A. mauritiana (75%) using SCoT bands. Notably, the ISSR and SCoT-based DNA analysis revealed similar genetic relationships between H. atra and H. impatiens compared to other sea cucumber species studied. This study provides new insights into the genetic diversity and relationship among sea cucumber species in the Red Sea, which could have implications for their conservation and management.

Este estudo teve como objetivo avaliar a diferenciação genética e a relação entre cinco espécies de pepinos-do-mar do Mar Vermelho no Egito, quais sejam, Holothuria atra, Holothuria impatiens, Holothuria leucospilota, Actinopyga crassa e Actinopyga mauritiana, usando marcadores Inter Simple Sequence Repeated (ISSR) e Start Codon Targeted (SCoT). Uma coleção de 100 espécimes, com 20 indivíduos por espécie, foi reunida para análise. Com 10 primers ISSR, 135 bandas amplificadas foram detectadas, incluindo 11 bandas específicas de espécies distintas, indicando polimorfismo de alto nível entre as espécies. Usando 10 primers SCoT, 151 amplicons foram gerados, incluindo 30 bandas específicas da espécie, com 52% de bandas polimórficas indicando polimorfismo de alto nível entre as espécies. O grau de similaridade genética (GS) entre os diferentes genótipos das espécies foi calculado com base na análise das bandas ISSR, que variou de 93% entre H. atra e H. impatiens a 86% entre H. atra e A. crassa. A maior similaridade genética foi observada entre H. atra e H. impatiens (90%), enquanto a menor foi identificada entre A. crassa e A. mauritiana (75%) usando bandas SCoT. Notavelmente, a análise de DNA baseada em ISSR e SCoT revelou relações genéticas semelhantes entre H. atra e H. impatiens em comparação com outras espécies de pepino-do-mar estudadas. Este estudo fornece novas informações sobre a diversidade genética e a relação entre as espécies de pepino-do-mar no Mar Vermelho, o que pode ter implicações para sua conservação e manejo.

Bacterial diversity in high Andean grassland soils disturbed with Lepidium meyenii crops evaluated by metagenomics / Diversidade bacteriana em solos de prados andinos elevados perturbados por culturas de Lepidium meyenii avaliadas por metagenômica

Soil quality is usually determined by its physical-chemical characteristics without taking into account the bacterial communities that play a fundamental role in the chemical decomposition of plant nutrients. In this context, the objective of the study was to evaluate bacterial diversity in high Andean grassland soils disturbed with Lepidium meyenii cultivation under different gradients of use (first, second and third use) and crop development (pre-sowing, hypocotyl development and post-harvest). The sampling was carried out in the Bombón plateau in the central Andes of Peru, during the rainy and low water seasons, by the systematic method based on a specific pattern assigned in a geometric rectangular shape at a depth of 0 - 20 cm. The characterization of the bacterial communities was carried out through the metagenomic sequencing of the 16S rRNA. 376 families of bacteria were reported, of which it was determined that there was a significant change in bacterial composition and distribution in relation to use pressure. There were no major changes due to the development of Lepidium meyenii. The families most sensitive to use pressure and soil poverty indicators were Verrucomicrobiaceae, Acidobacteraceae and Aakkermansiaceae.

A qualidade do solo é normalmente determinada pelas suas características físico-químicas sem ter em conta as comunidades bacterianas que desempenham um papel fundamental na decomposição química dos nutrientes das plantas. Neste contexto, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade bacteriana em solos de prados andinos elevados perturbados pelo cultivo de Lepidium meyenii sob diferentes gradientes de utilização (primeira, segunda e terceira utilizações) e desenvolvimento das culturas (pré-semeadura, desenvolvimento do hipocótilo e pós colheita). A amostragem foi realizada no planalto de Bombón, nos Andes centrais do Peru, durante as estações das chuvas e das águas baixas, pelo método sistemático baseado num padrão específico atribuído em forma geométrica retangular a uma profundidade de 0 - 20 cm. A caracterização das comunidades bacterianas foi realizada através da sequenciação metagenômica do rRNA 16S. Foram relatadas 376 famílias de bactérias, das quais se verificou uma alteração significativa na composição e distribuição bacteriana em relação à pressão de utilização. Não se registaram grandes alterações devido ao desenvolvimento do Lepidium meyenii. As famílias mais sensíveis à utilização de indicadores de pressão e pobreza do solo foram as Verrucomicrobiaceae, Acidobacteraceae e Aakkermansiaceae.

Bacterial diversity in high Andean grassland soils disturbed with Lepidium meyenii crops evaluated by metagenomics / Diversidade bacteriana em solos de prados andinos elevados perturbados por culturas de Lepidium meyenii avaliadas por metagenômica

Soil quality is usually determined by its physical-chemical characteristics without taking into account the bacterial communities that play a fundamental role in the chemical decomposition of plant nutrients. In this context, the objective of the study was to evaluate bacterial diversity in high Andean grassland soils disturbed with Lepidium meyenii cultivation under different gradients of use (first, second and third use) and crop development (pre-sowing, hypocotyl development and post-harvest). The sampling was carried out in the Bombón plateau in the central Andes of Peru, during the rainy and low water seasons, by the systematic method based on a specific pattern assigned in a geometric rectangular shape at a depth of 0 - 20 cm. The characterization of the bacterial communities was carried out through the metagenomic sequencing of the 16S rRNA. 376 families of bacteria were reported, of which it was determined that there was a significant change in bacterial composition and distribution in relation to use pressure. There were no major changes due to the development of Lepidium meyenii. The families most sensitive to use pressure and soil poverty indicators were Verrucomicrobiaceae, Acidobacteraceae and Aakkermansiaceae.(AU)

A qualidade do solo é normalmente determinada pelas suas características físico-químicas sem ter em conta as comunidades bacterianas que desempenham um papel fundamental na decomposição química dos nutrientes das plantas. Neste contexto, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade bacteriana em solos de prados andinos elevados perturbados pelo cultivo de Lepidium meyenii sob diferentes gradientes de utilização (primeira, segunda e terceira utilizações) e desenvolvimento das culturas (pré-semeadura, desenvolvimento do hipocótilo e pós colheita). A amostragem foi realizada no planalto de Bombón, nos Andes centrais do Peru, durante as estações das chuvas e das águas baixas, pelo método sistemático baseado num padrão específico atribuído em forma geométrica retangular a uma profundidade de 0 - 20 cm. A caracterização das comunidades bacterianas foi realizada através da sequenciação metagenômica do rRNA 16S. Foram relatadas 376 famílias de bactérias, das quais se verificou uma alteração significativa na composição e distribuição bacteriana em relação à pressão de utilização. Não se registaram grandes alterações devido ao desenvolvimento do Lepidium meyenii. As famílias mais sensíveis à utilização de indicadores de pressão e pobreza do solo foram as Verrucomicrobiaceae, Acidobacteraceae e Aakkermansiaceae.(AU)

pedSimulate ­ An R package for simulating pedigree, genetic merit, phenotype, and genotype data

This study aimed to introduce R package pedSimulate, which was built to simulate pedigree, genetic merit, phenotype, and genotype data. These are amongst the most important data types that animal breeders and quantitative geneticists deal with. Twenty pedigrees with ten generations were simulated applying different combinations of three parameters: genetic variance (10 vs. 20), proportion of males selected (10 vs. 20%), and the pattern for selecting females (random, positively, or negatively based on own phenotype or parent average). Males were selected positively based on parent average. Consequently, assortative mating was applied to the pedigrees in which females were positively selected based on their own phenotype or parent average. Disassortative mating was applied to the pedigrees in which females were selected negatively based on phenotype or parent averages. Genetic gain and response to selection over generations were positive for all the pedigrees due to high selection intensity on males, mating each male with multiple females, and moderate to high heritability (0.25 and 0.40 for genetic variances 10 and 20, and the residual variance of 30). Genetic variance showed a slightly increasing trend over generations by assortative mating and lower selection intensity on males. Selection intensity on females was the same in all the pedigrees. This study provided examples of how R package pedSimulate can be adopted for pedigree, genetic merit, phenotype, and genotype data simulation in animal breeding studies. By using different functions and combining different parameters for their arguments, many scenarios can be simulated by R package pedSimulate.(AU)

Effect of bactofugation of raw milk on total bacterial and aerobic spore counts and on microbial diversity of sporeformers / Efeito da bactofugação do leite cru nas contagens bacteriana total, esporos aeróbios e na diversidade microbiana de formadores de esporos

This study describes the effect of bactofugation (10,000 × g in a continuous flow of 10,000 L/h) of three batches of raw milk on total bacterial count (TBC) and aerobic spore count, and it also shows the effect on the microbial diversity of spore-forming bacteria by analysing their genetic variability through molecular approaches. Given that milk must be preheated to approximately 55 °C before being bactofuged, for comparison, the three batches were evaluated at different stages as refrigerated raw, preheated, and bactofuged milk. For preheated milk, it was found that bactofugation caused a significant reduction (p < 0.05) of 99.52% (from 4.5 × 106 to 2.1 × 104 CFU/mL) in the mean TBC and of 95% (from 333 to 17 CFU/mL) in the aerobic mesophilic spore count. Due to the effect of bactofugation on preheated milk, a reduction of 82% was observed in both TBC and aerobic spore count. With respect to diversity, 107 isolates from raw milk, prior to bactofugation, and 16 isolates from bactofuged milk were recovered and grouped into 40 and 8 clusters, respectively. The predominant species detected in raw and preheated milk were Bacillus toyonensis (63% - 20 clusters) and Lysinibacillus fusiformis (15% - 8 clusters). Proportionally, B. toyonensis (69% - 6 clusters) and L. fusiformis (25% - 1 cluster) were predominant in bactofuged milk. B. pumilus, L. varians, B. flexus, B. invictae, and B. megaterium, bacteria with a known milk spoilage potential, were isolated from milk prior to bactofugation, and they reduced to undetectable levels in bactofuged milk. Bactofugation of milk, therefore, reduces the TBC and aerobic spore count, with a significant effect in reducing the microbial diversity of spore-forming bacteria, proportional to their incidence in raw milk. Therefore, bactofugation can be an alternative to increase the shelf life and technological potential of milk.(AU)

Esse estudo descreve o efeito da bactofugação (10,000 × g em fluxo contínuo de 10,000 L/h) de três lotes de leite cru nas contagens bacterianas totais (CBT) e de esporos aeróbios, verificando também o efeito sobre a diversidade microbiana dos formadores de esporos por abordagem molecular de variabilidade genética. Como o leite a ser bactofugado deve ser pré-aquecido (≈55ºC), os três lotes foram avaliados enquanto cru refrigerado, pré-aquecido e bactofugado. Em associação com o pré-aquecimento, foi verificado que a bactofugação promoveu a redução significativa (p < 0.05) de 99,52% (4,5 x 106 para 2,1 x 104 UFC/mL) na contagem bacteriana total e 95% (333 para 17 UFC/mL) dos esporos aeróbios mesófilos. Considerando o efeito isolado da bactofugação sobre o leite já pré-aquecido, foi observada a redução de 82% tanto para CBT quanto para formadores de esporos. Em relação à diversidade, foram recuperados 107 isolados do leite anterior à bactofugação e 16 isolados do leite bactofugado, agrupados em 40 e 8 clusters, respectivamente. Foi observado predomínio das espécies Bacillus toyonensis (63% - 20 clusters) e Lysinibacillus fusiformis (15% - 8 clusters) no leite cru e pré-aquecido e, proporcionalmente, B. toyonensis (69% - 6 clusters) e L. fusiformis (25% - 1 cluster) no leite bactofugado. Bacillus pumilus, Lysinibacillus varians, B. flexus, B. invictae, e B. megaterium, isolados do leite antes da bactofugação e com potencial deteriorante conhecido, foram reduzidos a níveis indetectáveis no leite bactofugado. A bactofugação do leite, portanto, reduz a CBT e as contagens de esporos aeróbios, também com efeito significativo na redução da diversidade de formadores de esporos, proporcionalmente, conforme a sua incidência no leite cru, tendo potencial para ser utilizado como alternativa para aumento da vida útil e potencial tecnológico do leite.(AU)

Recent dispersal and diversification within the clingfish genus Acyrtus (Actinopterygii: Gobiesocidae), with the description of a new western Atlantic species

The genus Acyrtus (Gobiesocidae) is represented by four valid species distributed in the western Atlantic, and a recently described fifth species from the eastern Pacific. Here, we describe a new species endemic to Trindade Island, Brazil, and provide the first phylogenetic inference for the genus including all representatives. The new species can be distinguished from all its congeners by meristic and morphometric characters, as well as genetic differences. It presents low genetic diversity and, contrarily to other Trindade Island endemic fishes, shows no evidence of recent population growth. Our phylogeny reveals cryptic species and the paraphyletic nature of Acyrtus, which included Arcos nudus (western Atlantic) in a clade that separated from Arcos erythrops (tropical eastern Pacific) around 20 Mya. The three species found in the Brazilian Province, including one that remains undescribed, form a monophyletic clade which colonized the western South Atlantic around 2.6 Mya. Our study suggests that Arcos nudus should be placed in Acyrtus, and that the relationships among the closely-related Gobiesocidae genera Acyrtus (mostly from the Atlantic Ocean) and Arcos (from the Pacific Ocean) need further investigation.(AU)

O gênero Acyrtus (Gobiesocidae) é representado por quatro espécies válidas encontradas no Atlântico ocidental e uma recentemente descrita do Pacífico oriental. Aqui descrevemos uma nova espécie endêmica da Ilha da Trindade, Brasil, e apresentamos a primeira inferência filogenética para o gênero incluindo todos os representantes. A nova espécie pode ser distinguida de suas congêneres por caracteres merísticos e morfométricos, bem como por diferenças genéticas. A espécie apresenta baixa diversidade genética, entretanto, diferentemente de outras espécies endêmicas da Ilha da Trindade, não mostra evidência de expansão populacional recente. A filogenia obtida revelou a existência de espécies crípticas e a natureza parafilética de Acyrtus, o qual inclui Arcos nudus (do Atlântico ocidental), e que é separado de Arcos erythrops (do Pacifico tropical oriental) por cerca de 20 milhões de anos. As três espécies encontradas no Brasil, incluindo uma ainda não descrita, formam um clado monofilético que colonizou o Atlântico Sul ocidental há cerca de 2,6 milhões de anos. Nosso estudo sugere que Arcos nudus deva ser alocado no gênero Acyrtus, e que as relações entre os gêneros Acyrtus (em maioria do Oceano Atlântico) e Arcos (do Oceano Pacífico) precisam ser estudadas em mais detalhes.(AU)

Evaluation of eight protocols for genomic DNA extraction of Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes) / Avaliação de oito protocolos na extração de DNA genômico de Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes)

The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.(AU)

Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.(AU)

Vegetative rescue of Cedrela fissilis Vell. by the rooting of cuttings from epicormic and canopy sprouts / Resgate vegetativo de Cedrela fissilis Vell. por enraizamento de estacas de brotos epicórmicos e de copa

Cedrela fissilis is a species of great genetic diversity, with low population density and seminal propagation, which causes difficulties in the vegetative propagation process. This research evaluated the vegetative rescue and propagation of stem cutting rooting originated from epicormic and canopy sprouts of C. fissilis. For this, the induction of epicormic sprouts was evaluated 52 days after the complete girdling and semi-girdling 20 and 40 cm from the ground, and no girdling treatment, during spring (2018), summer (2018) and autumn (2019). The variables evaluated were, survival (%), sprouting (%), number, length (cm) and diameter (mm) of sprouts. The cuttings were made from spring epicormic sprouts, divided in two categories: 10 cm cuttings placed vertically in pits and 5 cm cuttings placed horizontally in furrows. The canopy sprouts were collected in the summer, then cut in apical and intermediate cuttings (15 cm). After 60 days, the cuttings were evaluated in survival (%), rooting (%), callus (%), average number and length of roots (cm). Results showed that only the complete girdling produced sprouts (average >67%) with no difference between 20 and 40 cm heights, with a greater number of sprouts during spring. The cuttings from epicormic sprouts, planted vertically in pits presented higher percentage of rooting (44%) than cuttings planted horizontally in furrows (17%). Cuttings from the canopy had inconsiderable rooting (apical - 2%; intermediate - 0%). The girdling periods influences the number of epicormic sprouts and its use for cutting was more efficient in rooting.

Cedrela fissilis é uma espécie de grande diversidade genética, com baixa densidade populacional florestal, de propagação seminal, que apresenta dificuldade de ser propagada vegetativamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar o regate e propagação vegetativa a partir do enraizamento de estacas de origem epicórmicas e de copa de C. fissilis. Para isso, a brotação epicórmica foi avaliada 52 dias após o anelamento completo e semianelamento nas alturas de 20 e 40 cm, e tratamento sem anelamento, durante primavera (2018), verão (2018) e outono (2019). Foram avaliados: sobrevivência das árvores (%), brotação (%), número, comprimento (cm) e diâmetro (mm) de brotos. A estaquia utilizou brotos epicórmicos de primavera, divididos em duas categorias: estacas com 10 cm colocadas verticalmente em covas e estacas de 5 cm colocadas horizontalmente em sulcos. Brotos de copa foram coletados no verão, cortados em estacas apicais e intermediárias (15 cm). Após 60 dias avaliou-se das estacas: sobrevivência (%), enraizamento (%), calos (%), número médio e comprimento de raízes (cm). Os resultados apresentam que apenas o anelamento completo formou brotos (média >67%), sem diferença entre a altura 20 e 40 cm, com maior número de brotos durante a primavera. As estacas de brotos epicórmicos, plantadas verticalmente em covas, apresentaram a maior porcentagem de enraizamento (44%) que estacas plantadas horizontalmente em sulcos (17%). Estacas de copa obtiveram enraizamento desconsiderável (apicais - 2%; intermediárias - 0%). As épocas de anelamento influenciam no número de brotos epicórmicos e seu uso como estacas foi mais eficiente no enraizamento.

Vegetative rescue of Cedrela fissilis Vell. by the rooting of cuttings from epicormic and canopy sprouts / Resgate vegetativo de Cedrela fissilis Vell. por enraizamento de estacas de brotos epicórmicos e de copa

Cedrela fissilis is a species of great genetic diversity, with low population density and seminal propagation, which causes difficulties in the vegetative propagation process. This research evaluated the vegetative rescue and propagation of stem cutting rooting originated from epicormic and canopy sprouts of C. fissilis. For this, the induction of epicormic sprouts was evaluated 52 days after the complete girdling and semi-girdling 20 and 40 cm from the ground, and no girdling treatment, during spring (2018), summer (2018) and autumn (2019). The variables evaluated were, survival (%), sprouting (%), number, length (cm) and diameter (mm) of sprouts. The cuttings were made from spring epicormic sprouts, divided in two categories: 10 cm cuttings placed vertically in pits and 5 cm cuttings placed horizontally in furrows. The canopy sprouts were collected in the summer, then cut in apical and intermediate cuttings (15 cm). After 60 days, the cuttings were evaluated in survival (%), rooting (%), callus (%), average number and length of roots (cm). Results showed that only the complete girdling produced sprouts (average >67%) with no difference between 20 and 40 cm heights, with a greater number of sprouts during spring. The cuttings from epicormic sprouts, planted vertically in pits presented higher percentage of rooting (44%) than cuttings planted horizontally in furrows (17%). Cuttings from the canopy had inconsiderable rooting (apical - 2%; intermediate - 0%). The girdling periods influences the number of epicormic sprouts and its use for cutting was more efficient in rooting.(AU)

Cedrela fissilis é uma espécie de grande diversidade genética, com baixa densidade populacional florestal, de propagação seminal, que apresenta dificuldade de ser propagada vegetativamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar o regate e propagação vegetativa a partir do enraizamento de estacas de origem epicórmicas e de copa de C. fissilis. Para isso, a brotação epicórmica foi avaliada 52 dias após o anelamento completo e semianelamento nas alturas de 20 e 40 cm, e tratamento sem anelamento, durante primavera (2018), verão (2018) e outono (2019). Foram avaliados: sobrevivência das árvores (%), brotação (%), número, comprimento (cm) e diâmetro (mm) de brotos. A estaquia utilizou brotos epicórmicos de primavera, divididos em duas categorias: estacas com 10 cm colocadas verticalmente em covas e estacas de 5 cm colocadas horizontalmente em sulcos. Brotos de copa foram coletados no verão, cortados em estacas apicais e intermediárias (15 cm). Após 60 dias avaliou-se das estacas: sobrevivência (%), enraizamento (%), calos (%), número médio e comprimento de raízes (cm). Os resultados apresentam que apenas o anelamento completo formou brotos (média >67%), sem diferença entre a altura 20 e 40 cm, com maior número de brotos durante a primavera. As estacas de brotos epicórmicos, plantadas verticalmente em covas, apresentaram a maior porcentagem de enraizamento (44%) que estacas plantadas horizontalmente em sulcos (17%). Estacas de copa obtiveram enraizamento desconsiderável (apicais - 2%; intermediárias - 0%). As épocas de anelamento influenciam no número de brotos epicórmicos e seu uso como estacas foi mais eficiente no enraizamento.(AU)

Diagnostic fingerprints ISSR/SSR for tropical leguminous species Stylosanthes capitata and Stylosanthes macrocephala

Stylosanthes capitata Vogel and Stylosanthes macrocephala M.B.Ferreira & Sousa Costa are two forage leguminous species of agronomic importance for animal husbandry in tropical environments. The physical mixture of both species (80 % S. capitata and 20 % S. macrocephala) comprises the commercial cultivar Estilosantes Campo Grande. However, proximity of fields for seed production may contaminate seed lots, compromising seeds quality. The combined use of dominant and co-dominant molecular markers is an appropriate strategy to certificate genetic purity and perform diversity studies of cultivars. In this research, a set of ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat polymorphic DNA) and SSR (Simple Sequence Repeat polymorphic DNA) molecular markers were standardized to characterize S. capitata and S. macrocephala species and evaluate the genetic purity of commercial samples. Four ISSR markers (UBC 2, 864, 885, 886) and SSR marker SC18-01 G4B showed precise species-specific electrophoretic fingerprints for both species. Electrophoretic patterns of ISSR molecular markers should be displayed first to confirm the sample identification. The structure analysis showed that the less contaminated sample was S. capitata with 97 % of its genetic composition assigned to a single genetic cluster vs. 95 % for S. macrocephala. S. capitata has greater genetic diversity (ISSRHe:0.292; SSRHe:0.57) than S. macrocephala (ISSRHe:0.285; SSRHe:0.16); however, this difference was only significant with SSR molecular markers. As these genetic resources have considerable ecological, agronomic and economic importance, tools for accurate species identification and genetic studies are essential for further seed multiplication, as well as for improvement and conservation of cultivars.

Diagnostic fingerprints ISSR/SSR for tropical leguminous species Stylosanthes capitata and Stylosanthes macrocephala

Stylosanthes capitata Vogel and Stylosanthes macrocephala M.B.Ferreira & Sousa Costa are two forage leguminous species of agronomic importance for animal husbandry in tropical environments. The physical mixture of both species (80 % S. capitata and 20 % S. macrocephala) comprises the commercial cultivar Estilosantes Campo Grande. However, proximity of fields for seed production may contaminate seed lots, compromising seeds quality. The combined use of dominant and co-dominant molecular markers is an appropriate strategy to certificate genetic purity and perform diversity studies of cultivars. In this research, a set of ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat polymorphic DNA) and SSR (Simple Sequence Repeat polymorphic DNA) molecular markers were standardized to characterize S. capitata and S. macrocephala species and evaluate the genetic purity of commercial samples. Four ISSR markers (UBC 2, 864, 885, 886) and SSR marker SC18-01 G4B showed precise species-specific electrophoretic fingerprints for both species. Electrophoretic patterns of ISSR molecular markers should be displayed first to confirm the sample identification. The structure analysis showed that the less contaminated sample was S. capitata with 97 % of its genetic composition assigned to a single genetic cluster vs. 95 % for S. macrocephala. S. capitata has greater genetic diversity (ISSRHe:0.292; SSRHe:0.57) than S. macrocephala (ISSRHe:0.285; SSRHe:0.16); however, this difference was only significant with SSR molecular markers. As these genetic resources have considerable ecological, agronomic and economic importance, tools for accurate species identification and genetic studies are essential for further seed multiplication, as well as for improvement and conservation of cultivars.(AU)

Transferability of heterologous microsatellite primers in Leiarius marmoratus / Transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.

O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.

Transferability of heterologous microsatellite primers in Leiarius marmoratus / Transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.(AU)

O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.(AU)

Craniometric geographical variation in Hylaeamys megacephalus populations / Variação geográfica craniométrica em populações de Hylaeamys megacephalus

Hylaeamys megacephalus (G. Fisher, 1814) presents great genetic diversity and wide geographical distribution, and occurs in both the Amazon and Cerrado biomes. Because of its generalist aspect, this species tolerates different eating habits and habitats. It occurs in flooded and dry areas and is predominantly terrestrial, which allows greater gene flow between populations even over long distances. Studies that seek a better understanding of morphological variations resulting from differences imposed by the environment throughout this species' distribution are still lacking. This study aimed to analyze the differences between H. megacephalus populations based on craniometry, investigating whether the environment has an influence on morphology. We analyzed a total of 142 specimens from three scientific mammal collections: National Museum, "Universidade Federal do Rio de Janeiro" (MN-UFRJ); "Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Reservatórios Silvestres", "Instituto Oswaldo Cruz", "Fundação Oswaldo Cruz"(LBCE-Fiocruz); and "Laboratório de Biodiversidade", "Universidade Federal de Goiás", "Regional Jataí" (LZE-UFG), and took 20 craniometric measurements. Craniometry was explored using unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA), canonical variate analysis, and principal component analysis (PCA). The results led us to conclude that there are three craniometric groups of H. megacephalus with a tendency to differentiate as a result of geographical influences.(AU)

Com grande diversidade genética e distribuição geográfica, Hylaeamys megacephalus (G. Fisher, 1814) ocorre tanto na Amazônia quanto no Cerrado. Visto seu aspecto generalista, esta espécie tolera diversos hábitos alimentares e habitats, ocorrendo em áreas inundadas ou não, sendo predominantemente terrestre, permitindo maior fluxo de genes entre as populações, mesmo em longas distâncias. Apresenta ampla distribuição, e carece de estudos que busquem um melhor entendimento sobre as variações morfológicas resultantes das diferenças impostas pelo meio ao longo de sua distribuição. O estudo teve como objetivo, analisar as diferenças entre as populações de H. megacephalus, com base na craniometria investigando se o ambiente interfere na morfologia. Analisamos um total de 142 espécimes oriundos de coleções científicas de mamíferos, do Museu Nacional, Universidade Federal do Rio de Janeiro (MN-UFRJ), Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Reservatórios Silvestres, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz (LBCE-Fiocruz) e Laboratório de Biodiversidade, Universidade Federal de Goiás, Regional Jataí, nos quais foram tomadas 20 medidas craniométricas. A craniometria foi explorada nas análises estatísticas de agrupamento de pares não ponderados com médias aritméticas (UPGMA), variação canônica e análise dos Componentes Principais (PCA). Os resultados encontrados nos levaram a concluir a existência de três grupos craniométricos da espécie de H. megacephalus com tendência a se diferenciarem, por influências geográficas.(AU)

Craniometric geographical variation in Hylaeamys megacephalus populations / Variação geográfica craniométrica em populações de Hylaeamys megacephalus

Hylaeamys megacephalus (G. Fisher, 1814) presents great genetic diversity and wide geographical distribution, and occurs in both the Amazon and Cerrado biomes. Because of its generalist aspect, this species tolerates different eating habits and habitats. It occurs in flooded and dry areas and is predominantly terrestrial, which allows greater gene flow between populations even over long distances. Studies that seek a better understanding of morphological variations resulting from differences imposed by the environment throughout this species' distribution are still lacking. This study aimed to analyze the differences between H. megacephalus populations based on craniometry, investigating whether the environment has an influence on morphology. We analyzed a total of 142 specimens from three scientific mammal collections: National Museum, "Universidade Federal do Rio de Janeiro" (MN-UFRJ); "Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Reservatórios Silvestres", "Instituto Oswaldo Cruz", "Fundação Oswaldo Cruz"(LBCE-Fiocruz); and "Laboratório de Biodiversidade", "Universidade Federal de Goiás", "Regional Jataí" (LZE-UFG), and took 20 craniometric measurements. Craniometry was explored using unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA), canonical variate analysis, and principal component analysis (PCA). The results led us to conclude that there are three craniometric groups of H. megacephalus with a tendency to differentiate as a result of geographical influences.(AU)

Com grande diversidade genética e distribuição geográfica, Hylaeamys megacephalus (G. Fisher, 1814) ocorre tanto na Amazônia quanto no Cerrado. Visto seu aspecto generalista, esta espécie tolera diversos hábitos alimentares e habitats, ocorrendo em áreas inundadas ou não, sendo predominantemente terrestre, permitindo maior fluxo de genes entre as populações, mesmo em longas distâncias. Apresenta ampla distribuição, e carece de estudos que busquem um melhor entendimento sobre as variações morfológicas resultantes das diferenças impostas pelo meio ao longo de sua distribuição. O estudo teve como objetivo, analisar as diferenças entre as populações de H. megacephalus, com base na craniometria investigando se o ambiente interfere na morfologia. Analisamos um total de 142 espécimes oriundos de coleções científicas de mamíferos, do Museu Nacional, Universidade Federal do Rio de Janeiro (MN-UFRJ), Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Reservatórios Silvestres, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz (LBCE-Fiocruz) e Laboratório de Biodiversidade, Universidade Federal de Goiás, Regional Jataí, nos quais foram tomadas 20 medidas craniométricas. A craniometria foi explorada nas análises estatísticas de agrupamento de pares não ponderados com médias aritméticas (UPGMA), variação canônica e análise dos Componentes Principais (PCA). Os resultados encontrados nos levaram a concluir a existência de três grupos craniométricos da espécie de H. megacephalus com tendência a se diferenciarem, por influências geográficas.(AU)

Genetic diversity of Lippia rotundifolia Cham. in Minas Gerais, Brazil

Lippia rotundifolia is an aromatic species, endemic from Campos rupestres and isolated by mountains. We aimed with the research to study the genetic variability of chá-de-pedestre (Lippia rotundifolia Cham.) with natural occurrence in ten places of the State of Minas Gerais, from molecular markers of ISSR type. The places of collection were: Parque Estadual de Serra Nova; Parque Estadual Veredas do Peruaçu; Abóboras community; Gigante community; edge of Rio do Peixe; environmental preservation area of Olhos d´água; private property in Joaquim Felício; Parque Estadual do Rio Preto; São Gonçalo do Rio das Pedras and brook of Rio Tigre. After the establishment of the extraction and amplification of DNA fragments with primers ISSR, an array of genetic distance was built. From this matrix, we analyzed the genetic diversity index as the allelic frequency (Na and Ne), Shannos´s index (H´), polymorphism (PLP), heterozygosity (He) and gene flow (Nm). The result showed higher genetic variability within the population (93%). The genetic diversity index was low (He = 0.132; H´= 0.214; Na = 1.111; Ne = 1.183; PLP = 56.67%). In general the species have low genetic diversity. The greatest diversity in populations occurred with an average temperature of 20°C. The Rio Tigre showed higher genetic distance and isolation.

Genetic diversity of Lippia rotundifolia Cham. in Minas Gerais, Brazil

Lippia rotundifolia is an aromatic species, endemic from Campos rupestres and isolated by mountains. We aimed with the research to study the genetic variability of chá-de-pedestre (Lippia rotundifolia Cham.) with natural occurrence in ten places of the State of Minas Gerais, from molecular markers of ISSR type. The places of collection were: Parque Estadual de Serra Nova; Parque Estadual Veredas do Peruaçu; Abóboras community; Gigante community; edge of Rio do Peixe; environmental preservation area of Olhos d´água; private property in Joaquim Felício; Parque Estadual do Rio Preto; São Gonçalo do Rio das Pedras and brook of Rio Tigre. After the establishment of the extraction and amplification of DNA fragments with primers ISSR, an array of genetic distance was built. From this matrix, we analyzed the genetic diversity index as the allelic frequency (Na and Ne), Shannos´s index (H´), polymorphism (PLP), heterozygosity (He) and gene flow (Nm). The result showed higher genetic variability within the population (93%). The genetic diversity index was low (He = 0.132; H´= 0.214; Na = 1.111; Ne = 1.183; PLP = 56.67%). In general the species have low genetic diversity. The greatest diversity in populations occurred with an average temperature of 20°C. The Rio Tigre showed higher genetic distance and isolation.(AU)

Identification of duplicates in cassava germplasm banks based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs)

Genetic redundancy in cassava (Manihot esculenta Crantz) presents a challenge to efficient management of genetic resources. This study aimed to identify and define the genetic structure of duplicates in cassava germplasm from various Embrapa research units, using single-nucleotide polymorphism (SNP) markers. We evaluated 2,371 accessions with 20,712 SNPs. The identification of duplicates was performed based on multilocus genotypes (MLG), adopting a maximum genetic distance threshold of 0.05. The population structure was defined based on discriminant analysis of principal components (DAPC). A total of 1,757 unique and 614 duplicate accessions were identified. The redundancy of the collections ranged from 17 % (Belém, PA – Brazil) to 39 % (Petrolina, PE – Brazil), with an average of 21 %. This redundancy between different research units is probably due to the historical sharing of accessions, as well as collections carried out in the same region, or even to the intense germplasm exchange between farmers with different genotype names. In terms of genetic structure, the 250 principal components explained 88 % of the genetic variation of the SNP markers and defined the hierarchical structure of the duplicate cassava germplasm in 12 groups. Since heterotic groups have not yet been identified for cassava, crosses between accessions of the 12 DAPC groups may be promising. All MLGs were allocated within the same DAPC group, corroborating duplicate analyses yet still revealing high variability between groups that were quite distinct based on the first two discriminant functions. Our results contribute to optimizing the conservation of genetic resources, together with understanding diversity and its use in crop improvement.

Identification of duplicates in cassava germplasm banks based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs)

Genetic redundancy in cassava (Manihot esculenta Crantz) presents a challenge to efficient management of genetic resources. This study aimed to identify and define the genetic structure of duplicates in cassava germplasm from various Embrapa research units, using single-nucleotide polymorphism (SNP) markers. We evaluated 2,371 accessions with 20,712 SNPs. The identification of duplicates was performed based on multilocus genotypes (MLG), adopting a maximum genetic distance threshold of 0.05. The population structure was defined based on discriminant analysis of principal components (DAPC). A total of 1,757 unique and 614 duplicate accessions were identified. The redundancy of the collections ranged from 17 % (Belém, PA Brazil) to 39 % (Petrolina, PE Brazil), with an average of 21 %. This redundancy between different research units is probably due to the historical sharing of accessions, as well as collections carried out in the same region, or even to the intense germplasm exchange between farmers with different genotype names. In terms of genetic structure, the 250 principal components explained 88 % of the genetic variation of the SNP markers and defined the hierarchical structure of the duplicate cassava germplasm in 12 groups. Since heterotic groups have not yet been identified for cassava, crosses between accessions of the 12 DAPC groups may be promising. All MLGs were allocated within the same DAPC group, corroborating duplicate analyses yet still revealing high variability between groups that were quite distinct based on the first two discriminant functions. Our results contribute to optimizing the conservation of genetic resources, together with understanding diversity and its use in crop improvement.(AU)