AgroReg: main regression models in agricultural sciences implemented as an R Package

Regression analysis is highly relevant to agricultural sciences since many of the factors studied are quantitative. Researchers have generally used polynomial models to explain their experimental results, mainly because much of the existing software perform this analysis and a lack of knowledge of other models. On the other hand, many of the natural phenomena do not present such behavior; nevertheless, the use of non-linear models is costly and requires advanced knowledge of language programming such as R. Thus, this work presents several regression models found in scientific studies, implementing them in the form of an R package called AgroReg. The package comprises 44 analysis functions with 66 regression models such as polynomial, non-parametric (loess), segmented, logistic, exponential, and logarithmic, among others. The functions provide the coefficient of determination (R2), model coefficients and the respective p-values from the t-test, root mean square error (RMSE), Akaike's information criterion (AIC), Bayesian information criterion (BIC), maximum and minimum predicted values, and the regression plot. Furthermore, other measures of model quality and graphical analysis of residuals are also included. The package can be downloaded from the CRAN repository using the command: install.packages("AgroReg"). AgroReg is a promising analysis tool in agricultural research on account of its user-friendly and straightforward functions that allow for fast and efficient data processing with greater reliability and relevant information.

Subtropical high-montane forest climate refuges in Brazil

Climate change represents one of the greatest threats to global biodiversity. We investigate how climate change will affect the future potential distribution of tree species in subtropical high montane habitats in the Atlantic Forest and identify potential climate refuges for these species. The most frequent and exclusive species in this ecosystem were selected and geographic coordinates were compiled. The maximum entropy algorithm was used for climatic niche modeling. Two scenarios for 2061-2080 were considered for future predictions, one low impact (RCP 4.5) and one high impact (RCP 8.5). Isothermality, mean temperature in the driest quarter, mean temperature in the hottest quarter, rainfall in the driest month, and rainfall in the hottest quarter were the variables that best explained the climatic niche of the majority of species. The areas of potential species occurrence were reduced by 48.37 % (± 13.63 %) (RCP 4.5) and 62.49 % (± 21.87 %) (RCP 8.5) on average. The potential area of Crinodendron brasilense Reitz & L.B.Sm. decreased the most, by 82.11 % (RCP 4.5) and 90.06 % (RCP 8.5), respectively. High elevation areas in the south of Brazil were identified as priorities for conservation to ensure that climate refuges for high montane forest species are maintained in the future. Climate change events may significantly affect the species evaluated in this study.(AU)

Financial losses related to placental retention in dairy herds in Turkey / Perdas financeiras relacionadas à retenção placentária em rebanhos leiteiros na Turquia

This study aimed to calculate the financial losses related to placental retention (PR) in dairy cattle in Turkey taking into consideration the previous study results in three different geographical regions and 87 herds of Turkey. The mean prevalence of PR in dairy herds was assumed to be 5.6% (4.1-6.7%). Direct (milk losses, treatment, and involuntary culling) and indirect losses (extended calving interval and extra insemination) were calculated. In the financial analysis, direct and indirect losses were calculated according to the current prices of 2022. As a result, the financial losses per infected dairy cattle were estimated at $ 249.7 (624 Lt milk eq.). A total of 67.7% ($173) of these resulted from direct losses, and the remainder 32.3% ($82.5), were indirect losses. PR was responsible for a total of $92 million (ranged from $67-110 million) losses, which equates to 1.2% (0.8-1.14%) of the annual milk production in Turkey. In conclusion, magnitude of PR-related losses will provide evidence-based decision support to the farmers and policymakers when determining the priorities for disease mitigation and control strategies.

Este estudo teve como objetivo calcular as perdas financeiras relacionadas à placental retention (PR) em gado leiteiro na Turquia. Considerando os resultados do estudo anterior em três diferentes regiões geográficas e 87 rebanhos da Turquia. A prevalência média de SR em rebanhos leiteiros foi assumida em 5,6% (4,1-6,7%). Na análise financeira foram calculadas as perdas diretas (perdas de leite, tratamento e descarte involuntário) e indiretas (intervalo de partos prolongado e inseminação extra). Na análise financeira, as perdas diretas e indiretas foram calculadas de acordo com os preços atuais de 2022. Como resultado, as perdas financeiras por gado leiteiro infectado foram estimadas em $249,7 (624 Lt leite eq.). Um total de 67,7% ($173) destes resultou de perdas diretas, e os 32,3% restantes ($82,5), foram perdas indiretas. PR foi responsável por um total de $ 92 milhões (variou de $ 67-110 milhões) de perdas, o que equivale a 1,2% (0,8-1,14%) da produção anual de leite na Turquia. Em conclusão, a magnitude das perdas relacionadas ao PR fornecerá suporte à decisão baseado em evidências para os agricultores e formuladores de políticas ao determinar as prioridades para estratégias de mitigação e controle de doenças.

Epidemiological analyses of cattle carcasses affected by cysticercosis and hydatidosis in the State of Rio Grande do Sul from 2014 to 2018 / Análise epidemiológica de carcaças bovinas afetadas por cisticercose e hidatidose no estado do Rio Grande do Sul de 2014 a 2018

Bovine cysticercosis and hydatidosis are frequently identified by inspectors in slaughterhouses from the state of Rio Grande do Sul. Slaughterhouse records can provide valuable information for animal-related diseases and public health surveillance. Analyzing these data can aid set priorities to regions or properties that need more attention. Slaughter condemnation data is collected daily and stored in the Agricultural Defense System (SDA) database of the State Veterinary Services. However, it needs to be turned into useful information in bovine cysticercosis and hydatidosis surveillance programs. This study aimed to discuss how the analysis of condemnation data in the context of epidemiology can be useful for a surveillance system of bovine cysticercosis and hydatidosis. For this purpose, slaughter data of 5,137,870 cattle from 480,000 animal movement permits (GTA) from 97,891 farms from 2014 to 2018 were obtained from the Secretary of Agriculture, Livestock and Rural Development of the State of Rio Grande do Sul (SEAPDR-RS). Differences in the occurrence rates of bovine cysticercosis and hydatidosis among mesoregions over time were assessed through generalized linear models. Cysticercosis was identified in 65,379 (1.27%) carcasses and hydatidosis in 323,395 (6.29%). The occurrence rates of both diseases varied distinctly over time between the regions (p<0.01). Next, a process was developed to identify priority farms to target a surveillance program based on the prevalence. Period prevalence for cysticercosis and hydatidosis was obtained for each farm. The epidemiological indicator was calculated for each farm, dividing the number of affected carcasses by the number of bovines sent to slaughter during the period. The mean prevalence was obtained, and the exact binomial test was applied to identify farms presenting prevalence above the mean. It was observed that 2.48% and 6.17% of the farms had prevalence above the population mean prevalence of cysticercosis and hydatidosis, respectively. The Western mesoregion had the highest percentage of farms with prevalence above the average for cysticercosis (6.9%), followed by the Southwest mesoregion (6.0%). For hydatidosis, the percentage frequency of farms with prevalence above the average was markedly higher in the mesoregions Southeast (32.8%) and Southwest (29.5%). The results showed that analysis of slaughterhouse condemnation data of SDA is useful to identify situations in which the occurrence of the diseases is significantly higher than the average to apply additional measures or epidemiological investigations. This information may be useful in plans of epidemiological surveillance programs for controlling bovine cysticercosis and hydatidosis by the State's Official Veterinary Services.

Lesões características de cisticercose e hidatidose bovina são frequentemente identificadas por fiscais em abatedouros no Rio Grande do Sul. Dados de condenações destas propriedades são coletados diariamente e armazenados em banco de dados do Sistema de Defesa Agropecuária (SDA) da Secretaria Estadual de Agricultura, Pecuária e Desenvolvimento Rural (SEAPDR-RS), podendo fornecer informações valiosas para a vigilância de doenças de importância para a saúde animal e saúde pública, bem como, contribuir para a tomada de decisão direcionada a propriedades rurais ou regiões que realmente necessitam de intervenção sanitária. No entanto, estes dados precisam ser transformados em informação útil para programas de prevenção e controle da cisticercose e da hidatidose bovina. O presente trabalho teve como objetivo analisar os dados de condenações de carcaças bovinas abatidas em frigoríficos sob inspeção estadual no Rio Grande do Sul, no período de 2014 a 2018. Foram utilizados dados de 5.137.870 bovinos enviados para abate em 480.000 lotes (GTA emitidas) de 97.891 fazendas. Diferenças nas taxas de ocorrência de cisticercose e hidatidose bovina ao longo do tempo, entre as mesorregiões do Rio Grande do Sul, foram analisadas por meio de modelos lineares generalizados. A cisticercose foi identificada em 65.379 (1,27%) carcaças e a hidatidose em 323.395 (6,29%) carcaças. Ao longo do tempo detectou-se uma tendência de redução nas taxas de ocorrência das duas doenças que, por sua vez, se comportaram de maneira distinta entre as mesorregiões (p<0,01). Por outro lado, desenvolveu-se um processo para identificação de propriedades prioritárias para ação de vigilância com base na prevalência. A prevalência no período para cisticercose e hidatidose foi calculada para cada propriedade. O indicador foi obtido dividindo-se o número de carcaças afetadas pelo número total de animais enviados para abate, ou seja, é a proporção de ocorrência das parasitoses dentre os animais enviados para abate em cada propriedade no período de cinco anos. A prevalência média ou populacional (π), que é a média das prevalências de todas as propriedades, foi calculada e, em seguida, foi aplicado o teste exato binomial para identificar as propriedades com prevalência acima da média para ambas as doenças. Foi observado que 2,48% (2.425/97.841) e 6,17% (6.039/97.841) das propriedades apresentavam prevalências acima da média populacional para cisticercose e hidatidose, respectivamente. Observou-se que a mesorregião Centro Ocidental possui maior frequência percentual de propriedades com prevalência de cisticercose acima da média (6,9%), seguido pela mesorregião Sudoeste (6,0%). Já para hidatidose, a frequência percentual de propriedades com prevalência acima da média foi substancialmente superior nas mesorregiões Sudeste (32,8%) e Sudoeste (29,5%) quando comparada às demais. Os resultados demonstraram que com os dados de condenações de abatedouro do SDA foi possível identificar situações em que a ocorrência das doenças é significativamente alta e que necessitam de medidas ou investigações epidemiológicas adicionais. O conhecimento dessa informação pode ser útil no planejamento de programas de vigilância epidemiológica para o controle da cisticercose e hidatidose bovina pelos serviços veterinários oficiais do Estado.

Climate change impacts on agriculture sector: A case study of Pakistan

ABSTRACT: The current article looks at the effects of climate change on agriculture, especially crop production, and influence factors of agricultural development in terms of their rational use in Pakistan. Due to the dependence of economic development, and agriculture in the South Asian region on access to renewable national resources and the associated vulnerability to climate change, the limited financial and professional resources of the Islamic Republic of Pakistan require a clear definition of national priorities in this area. In the preparation of this article, general scientific cognition methods, in particular, empirical-theoretical methods were used. Grouping and classification methods have been used to process and systematize the data. The ability to change productivity, depending on the variation of the average annual air temperature and the average annual precipitation rate, was considered using a two-factor regression model. The main finding of the study is that temperature and precipitation have a negative impact on agricultural production. This study can provide a scientific justification for the specialization of agricultural production in the regions of Pakistan as well as the execution of the necessary agricultural activities.

RESUMO: O objetivo deste artigo é examinar os efeitos das mudanças climáticas na agricultura, especialmente a produção agrícola e os fatores de influência do desenvolvimento agrícola em termos de uso racional no Paquistão. Devido à dependência do desenvolvimento econômico e da agricultura na região do sul da Ásia do acesso a recursos nacionais renováveis e à vulnerabilidade associada às mudanças climáticas, os recursos financeiros e profissionais limitados da República Islâmica do Paquistão exigem uma definição clara das prioridades nacionais nessa área. Na preparação deste artigo, foram utilizados métodos gerais de cognição científica, em particular métodos teórico-empíricos. Os métodos de agrupamento e classificação foram utilizados para processar e sistematizar os dados. A capacidade de alterar a produtividade, dependendo da variação da temperatura média anual do ar e da taxa média anual de precipitação, foi considerada usando um modelo de regressão de dois fatores. A principal descoberta do estudo é que a temperatura e a precipitação têm um impacto negativo na produção agrícola. Este estudo pode fornecer uma justificativa científica para a especialização da produção agrícola nas regiões do Paquistão, bem como a execução das atividades agrícolas necessárias.

Assessing extinction risk from geographic distribution data in Neotropical freshwater fishes

The IUCN Red List (RL) provides high-quality conservation assessments for individual species, yet the rate and scale of environmental deterioration globally challenges the conservation community to develop expedited methods for risk assessment. Here we compare threat assessments for 3,001 species of Neotropical freshwater fishes (NFF) in the IUCN-RL using readily accessible data types as proxies for extinction risk: geographic range, elevation, and species publication date. Furthermore, using geographic and taxonomic data alone, we generated preliminary conservation assessments for 2,334 NFF species currently awaiting IUCN assessment, identifying an additional 671 NFF species as potentially threatened. This number of potentially threatened species represents an increase of 59% over the number of species currently assigned to threat categories by the IUCN-RL. These results substantially expand the number of threatened NFF species from 422 currently on the IUCN RL to 1,093 species as threatened or potentially threatened, representing about 18% of all NFF species. Extinction risk is greater in species with smaller geographic ranges, which inhabit upland rivers, and which were described more recently. We propose the Central and Southern Andes, and Eastern Guiana Shield as priorities in the upcoming IUCN RL assessment of NFF species conservation risk.(AU)

A Lista Vermelha (IUCN) fornece avaliações precisas sobre status de conservação das espécies, porém a taxa e escala de deterioração ambiental desafia a comunidade conservacionista a desenvolver métodos rápidos para avaliações de riscos de extinção. Aqui, comparamos as avaliações da IUCN para 3.001 espécies de peixes dulcícolas neotropicais com dados facilmente acessíveis de risco de extinção: extensão de ocorrências, altitude e data de publicação das espécies. Além disso, usando apenas dados geográficos e taxonômicos, geramos avaliações preliminares de conservação para 2.334 espécies de peixes neotropicais aguardando avaliação da IUCN, e identificamos 671 espécies adicionais como potencialmente ameaçadas. Este número de espécies potencialmente ameaçadas representa um aumento de 59% em relação aquelas classificadas nas categorias de ameaça pela IUCN. Estes resultados expandem o número de espécies ameaçadas segundo a IUCN de 422 para 1.093 espécies ameaçadas ou potencialmente ameaçadas, representando cerca de 18% das espécies de peixes neotropicais. O risco de extinção é maior para espécies com distribuições geográficas restritas, que habitam rios de terras altas e que foram descritas mais recentemente. Sugerimos a região Central e Meridional do Andes e o Escudo das Guianas Orientais como prioridades para as próximas avaliações da IUCN sobre a conservação das espécies de peixes dulcícolas neotropicais.(AU)

Assessing extinction risk from geographic distribution data in Neotropical freshwater fishes

The IUCN Red List (RL) provides high-quality conservation assessments for individual species, yet the rate and scale of environmental deterioration globally challenges the conservation community to develop expedited methods for risk assessment. Here we compare threat assessments for 3,001 species of Neotropical freshwater fishes (NFF) in the IUCN-RL using readily accessible data types as proxies for extinction risk: geographic range, elevation, and species publication date. Furthermore, using geographic and taxonomic data alone, we generated preliminary conservation assessments for 2,334 NFF species currently awaiting IUCN assessment, identifying an additional 671 NFF species as potentially threatened. This number of potentially threatened species represents an increase of 59% over the number of species currently assigned to threat categories by the IUCN-RL. These results substantially expand the number of threatened NFF species from 422 currently on the IUCN RL to 1,093 species as threatened or potentially threatened, representing about 18% of all NFF species. Extinction risk is greater in species with smaller geographic ranges, which inhabit upland rivers, and which were described more recently. We propose the Central and Southern Andes, and Eastern Guiana Shield as priorities in the upcoming IUCN RL assessment of NFF species conservation risk.(AU)

A Lista Vermelha (IUCN) fornece avaliações precisas sobre status de conservação das espécies, porém a taxa e escala de deterioração ambiental desafia a comunidade conservacionista a desenvolver métodos rápidos para avaliações de riscos de extinção. Aqui, comparamos as avaliações da IUCN para 3.001 espécies de peixes dulcícolas neotropicais com dados facilmente acessíveis de risco de extinção: extensão de ocorrências, altitude e data de publicação das espécies. Além disso, usando apenas dados geográficos e taxonômicos, geramos avaliações preliminares de conservação para 2.334 espécies de peixes neotropicais aguardando avaliação da IUCN, e identificamos 671 espécies adicionais como potencialmente ameaçadas. Este número de espécies potencialmente ameaçadas representa um aumento de 59% em relação aquelas classificadas nas categorias de ameaça pela IUCN. Estes resultados expandem o número de espécies ameaçadas segundo a IUCN de 422 para 1.093 espécies ameaçadas ou potencialmente ameaçadas, representando cerca de 18% das espécies de peixes neotropicais. O risco de extinção é maior para espécies com distribuições geográficas restritas, que habitam rios de terras altas e que foram descritas mais recentemente. Sugerimos a região Central e Meridional do Andes e o Escudo das Guianas Orientais como prioridades para as próximas avaliações da IUCN sobre a conservação das espécies de peixes dulcícolas neotropicais.(AU)

Climate change impacts on agriculture sector: a case study of Pakistan / Impactos das mudanças climáticas no setor agrícola: um estudo de caso do Paquistão

The current article looks at the effects of climate change on agriculture, especially crop production, and influence factors of agricultural development in terms of their rational use in Pakistan. Due to the dependence of economic development, and agriculture in the South Asian region on access to renewable national resources and the associated vulnerability to climate change, the limited financial and professional resources of the Islamic Republic of Pakistan require a clear definition of national priorities in this area. In the preparation of this article, general scientific cognition methods, in particular, empirical-theoretical methods were used. Grouping and classification methods have been used to process and systematize the data. The ability to change productivity, depending on the variation of the average annual air temperature and the average annual precipitation rate, was considered using a two-factor regression model. The main finding of the study is that temperature and precipitation have a negative impact on agricultural production. This study can provide a scientific justification for the specialization of agricultural production in the regions of Pakistan as well as the execution of the necessary agricultural activities.

O objetivo deste artigo é examinar os efeitos das mudanças climáticas na agricultura, especialmente a produção agrícola e os fatores de influência do desenvolvimento agrícola em termos de uso racional no Paquistão. Devido à dependência do desenvolvimento econômico e da agricultura na região do sul da Ásia do acesso a recursos nacionais renováveis e à vulnerabilidade associada às mudanças climáticas, os recursos financeiros e profissionais limitados da República Islâmica do Paquistão exigem uma definição clara das prioridades nacionais nessa área. Na preparação deste artigo, foram utilizados métodos gerais de cognição científica, em particular métodos teórico empíricos. Os métodos de agrupamento e classificação foram utilizados para processar e sistematizar os dados. A capacidade de alterar a produtividade, dependendo da variação da temperatura média anual do ar e da taxa média anual de precipitação, foi considerada usando um modelo de regressão de dois fatores. A principal descoberta do estudo é que a temperatura e a precipitação têm um impacto negativo na produção agrícola. Este estudo pode fornecer uma justificativa científica para a especialização da produção agrícola nas regiões do Paquistão, bem como a execução das atividades agrícolas necessárias.

Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity

Neotropical Ichthyology promotes the Special Issue (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" with the purpose of publishing relevant scientific articles on the current biodiversity crisis and the loss of Neotropical freshwater fishes in the Anthropocene. The SI is composed of 22 publications, being two review articles and 20 original articles. A total of 107 researchers contributed to these papers, involving 44 institutions based in Brazil and six other countries. Published articles investigated main anthropic activities and their impacts on fish diversity, with special focus on river regulation, mining, land use changes, aquaculture, and fisheries. Studies provided evidence about the loss of fish diversity in the Neotropics, including fish kill events, demographic changes, contamination, changes in assemblage structure, loss of taxonomic and functional diversity, besides the degradation of ecosystem functions and services, and the lack of effective protection and conservation. Studies were conducted in rivers, streams, lakes, and reservoirs from different Neotropical systems. The studies published in this SI represent a relevant sample of the current worrisome situation of freshwater fishes in the Neotropical region and call for urgent revision in environmental policies, management and conservation initiatives, and socioeconomic priorities.(AU)

A revista Neotropical Ichthyology lança o Volume Especial (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" com o objetivo de publicar artigos científicos relevantes sobre a atual crise da biodiversidade e a perda de diversidade de peixes de água doce Neotropicais no Antropoceno. O SI é composto por 22 publicações, sendo dois artigos de revisão e 20 artigos originais. Um total de 107 pesquisadores contribuíram com esses artigos, envolvendo 44 instituições sediadas no Brasil e em seis outros países. Os artigos publicados investigaram as principais atividades antrópicas e seus impactos sobre a diversidade de peixes, com foco especial na regulação dos rios, mineração, mudanças no uso do solo, aquicultura e pesca. Os estudos forneceram evidências sobre a perda de diversidade de peixes na região Neotropical, incluindo eventos de mortandade, alterações demográficas, contaminação, mudanças na estrutura das assembleias, perda de diversidade taxonômica e funcional, além da degradação de funções e serviços ecossistêmicos, e falta de ações efetivas de proteção e conservação. Os estudos foram conduzidos em rios, riachos, lagos e reservatórios de diferentes sistemas Neotropicais. Os estudos publicados neste SI representam uma amostra relevante da atual situação dos peixes de água doce na região Neotropical, reforçando a necessidade de revisão das políticas ambientais, ações de manejo e conservação, e prioridades socioeconômicas.(AU)

Climate change impacts on agriculture sector: a case study of Pakistan / Impactos das mudanças climáticas no setor agrícola: um estudo de caso do Paquistão

The current article looks at the effects of climate change on agriculture, especially crop production, and influence factors of agricultural development in terms of their rational use in Pakistan. Due to the dependence of economic development, and agriculture in the South Asian region on access to renewable national resources and the associated vulnerability to climate change, the limited financial and professional resources of the Islamic Republic of Pakistan require a clear definition of national priorities in this area. In the preparation of this article, general scientific cognition methods, in particular, empirical-theoretical methods were used. Grouping and classification methods have been used to process and systematize the data. The ability to change productivity, depending on the variation of the average annual air temperature and the average annual precipitation rate, was considered using a two-factor regression model. The main finding of the study is that temperature and precipitation have a negative impact on agricultural production. This study can provide a scientific justification for the specialization of agricultural production in the regions of Pakistan as well as the execution of the necessary agricultural activities.(AU)

O objetivo deste artigo é examinar os efeitos das mudanças climáticas na agricultura, especialmente a produção agrícola e os fatores de influência do desenvolvimento agrícola em termos de uso racional no Paquistão. Devido à dependência do desenvolvimento econômico e da agricultura na região do sul da Ásia do acesso a recursos nacionais renováveis e à vulnerabilidade associada às mudanças climáticas, os recursos financeiros e profissionais limitados da República Islâmica do Paquistão exigem uma definição clara das prioridades nacionais nessa área. Na preparação deste artigo, foram utilizados métodos gerais de cognição científica, em particular métodos teórico empíricos. Os métodos de agrupamento e classificação foram utilizados para processar e sistematizar os dados. A capacidade de alterar a produtividade, dependendo da variação da temperatura média anual do ar e da taxa média anual de precipitação, foi considerada usando um modelo de regressão de dois fatores. A principal descoberta do estudo é que a temperatura e a precipitação têm um impacto negativo na produção agrícola. Este estudo pode fornecer uma justificativa científica para a especialização da produção agrícola nas regiões do Paquistão, bem como a execução das atividades agrícolas necessárias.(AU)

Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity

Neotropical Ichthyology promotes the Special Issue (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" with the purpose of publishing relevant scientific articles on the current biodiversity crisis and the loss of Neotropical freshwater fishes in the Anthropocene. The SI is composed of 22 publications, being two review articles and 20 original articles. A total of 107 researchers contributed to these papers, involving 44 institutions based in Brazil and six other countries. Published articles investigated main anthropic activities and their impacts on fish diversity, with special focus on river regulation, mining, land use changes, aquaculture, and fisheries. Studies provided evidence about the loss of fish diversity in the Neotropics, including fish kill events, demographic changes, contamination, changes in assemblage structure, loss of taxonomic and functional diversity, besides the degradation of ecosystem functions and services, and the lack of effective protection and conservation. Studies were conducted in rivers, streams, lakes, and reservoirs from different Neotropical systems. The studies published in this SI represent a relevant sample of the current worrisome situation of freshwater fishes in the Neotropical region and call for urgent revision in environmental policies, management and conservation initiatives, and socioeconomic priorities.(AU)

A revista Neotropical Ichthyology lança o Volume Especial (SI) "Human impacts and the loss of Neotropical freshwater fish diversity" com o objetivo de publicar artigos científicos relevantes sobre a atual crise da biodiversidade e a perda de diversidade de peixes de água doce Neotropicais no Antropoceno. O SI é composto por 22 publicações, sendo dois artigos de revisão e 20 artigos originais. Um total de 107 pesquisadores contribuíram com esses artigos, envolvendo 44 instituições sediadas no Brasil e em seis outros países. Os artigos publicados investigaram as principais atividades antrópicas e seus impactos sobre a diversidade de peixes, com foco especial na regulação dos rios, mineração, mudanças no uso do solo, aquicultura e pesca. Os estudos forneceram evidências sobre a perda de diversidade de peixes na região Neotropical, incluindo eventos de mortandade, alterações demográficas, contaminação, mudanças na estrutura das assembleias, perda de diversidade taxonômica e funcional, além da degradação de funções e serviços ecossistêmicos, e falta de ações efetivas de proteção e conservação. Os estudos foram conduzidos em rios, riachos, lagos e reservatórios de diferentes sistemas Neotropicais. Os estudos publicados neste SI representam uma amostra relevante da atual situação dos peixes de água doce na região Neotropical, reforçando a necessidade de revisão das políticas ambientais, ações de manejo e conservação, e prioridades socioeconômicas.(AU)

Potenciais usos do modelo animal Zebrafish Danio rerio em pesquisas na Medicina Veterinária / Potential uses of the animal model Zebrafish Danio rerio in Veterinary Medicine researches

Zebrafish (Danio rerio) é um proeminente organismo utilizado como modelo para a avaliação da segurança e eficácia de novos compostos na saúde animal de maneira rápida e econômica. Considerando que, anualmente, mais de mil novas substâncias são introduzidas no mercado para o desenvolvimento de produtos como vacinas, medicamentos, aditivos alimentares e agroquímicos, o objetivo deste artigo é apresentar uma revisão do emprego do Zebrafish como modelo animal destinado a avaliação da eficácia e da biotoxidade de compostos em pesquisas em Medicina Veterinária. Diversos estudos confirmam que os perfis entre Zebrafish e mamíferos são surpreendentemente semelhantes, sendo que sua transparência, fertilização externa, pequeno porte e curto ciclo de vida permitem a avaliação direta in vivo e em tempo real dos (i) efeitos de compostos químicos no desenvolvimento animal, (ii) eficácia de novas drogas no tratamento de doenças específicas, (iii) eficácia e segurança no desenvolvimento de vacinas contra doenças infecciosas, (iv) direcionamento de tratamento do câncer animal de forma direcionada e específica. Desta forma, a praticidade e eficiência deste modelo animal nas pesquisas pode acelerar o processo de desenvolvimento de novos compostos veterinários quando comparado com pesquisas realizadas em outros modelos animais, e com maior valor preditivo e informativo que pesquisas conduzidas com ensaios in vitro.

Zebrafish (Danio rerio) is an excellent model body to evaluate the safety and efficacy of new chemicals in animal health in a fast and economical way. Considering that more than 1,000 new chemicals are marketed annually for the development of products such as vaccines, drugs, food additives and agrochemicals, the purpose of this review is to present the Zebrafish as a model for assessing the efficacy and biotoxicity of compounds in the veterinary scope. Numerous studies have confirmed that profiles between Zebrafish and mammals are surprisingly similar, and their transparency, external fertilization, small size and short life cycle allow direct in vivo and real-time evaluation of (i) effects of chemical compounds in the development of animals, (ii) efficacy of new drugs in the treatment of specific diseases, (iii) efficacy and safety in the development of vaccines against infectious diseases, (iv) directing the treatment of animal cancer in a more targeted and specific way. Therefore, thepracticality and efficiency of its use in research can accelerate the process of developing new veterinaryand agricultural compounds with less expenses when compared to tests carried out in other animalmodels and with higher predictive and informative value than in vitro tests.

Ruminal fermentation kinetics of by-products using the semi-automatic technique of in-vitro gas production / Cinética de fermentação ruminal de coprodutos utilizando a técnica semiautomática de produção de gases in vitro

The objective of this study was to develop a specific equation for the conversion of pressure values (psi) to volume (ml) for the Laboratory of Bromatology of the Federal University of Western Pará. To this end, the ruminal fermentation kinetics of regional feedstuffs were evaluated using the semi-automatic technique of in-vitro gas production. To set up the targeted equation, samples of ground corn, soybean meal, rice bran, Mombasa grass, cupuassu pie, cassava residues, and banana leaves were incubated and the pressure and volumes of the gases produced during the fermentation process were measured at predetermined times and related. These data on the volume of produced gases were used to determine, by applying the bi-compartmental logistic model, the ruminal fermentation kinetics parameters. The equation found for the laboratory was V = 0.3757P2 + 1.5972P + 0.2189. Ground corn and cassava residue showed a higher degradation rate of non-fibrous carbohydrates (0.120 and 0.163 %/h respectively) and higher final gas volume (228.91 and 273.17 ml/g of DM, respectively). As for the degradation rate of fibrous carbohydrates, ground corn (0.023 %/h), rice bran (0.023 %/h), and cassava residue (0.021 %/h) presented the highest degradation rate. Thus, a specific equation to be used at the Laboratory of Bromatology of the Federal University of Western Pará was identified, according to the method applied and the altitude of the premises. Ruminal fermentation kinetics of cassava residue and rice bran showed the same parameters as corn, which may suggest the possibility of replacing corn in the diet of ruminant animals.(AU)

O objetivo deste estudo foi desenvolver uma equação específica para a conversão de valores de pressão (psi) em volume (ml) para o Laboratório de Bromatologia da Universidade Federal do Oeste do Pará. Para tanto, avaliou-se a cinética fermentativa ruminal de rações regionais por meio da técnica semiautomática de produção de gases in vitro. Para configurar a equação alvo, amostras de milho moído, farelo de soja, farelo de arroz, capim Mombaça, torta de cupuaçu, resíduos de mandioca e folhas de bananeira foram incubadas e a pressão e os volumes dos gases produzidos durante o processo de fermentação foram medidos em tempos predeterminados e relacionado. Esses dados de volume de gases produzidos foram utilizados para determinar, por meio da aplicação do modelo logístico bicompartimental, os parâmetros cinéticos da fermentação ruminal. A equação encontrada para o laboratório foi V = 0,3757P2 + 1,5972P + 0,2189. Milho moído e resíduo de mandioca apresentaram maior taxa de degradação de carboidratos não fibrosos (0,120 e 0,163% / h respectivamente) e maior volume final de gás (228,91 e 273,17 ml / g de MS, respectivamente). Quanto à taxa de degradação dos carboidratos fibrosos, milho moído (0,023% / h), farelo de arroz (0,023% / h) e resíduo de mandioca (0,021% / h) apresentaram as maiores taxas de degradação. Assim, foi identificada uma equação específica para ser utilizada no Laboratório de Bromatologia da Universidade Federal do Oeste do Pará, de acordo com o método aplicado e a altitude das instalações.(AU)

Potenciais usos do modelo animal Zebrafish Danio rerio em pesquisas na Medicina Veterinária / Potential uses of the animal model Zebrafish Danio rerio in Veterinary Medicine researches

Zebrafish (Danio rerio) é um proeminente organismo utilizado como modelo para a avaliação da segurança e eficácia de novos compostos na saúde animal de maneira rápida e econômica. Considerando que, anualmente, mais de mil novas substâncias são introduzidas no mercado para o desenvolvimento de produtos como vacinas, medicamentos, aditivos alimentares e agroquímicos, o objetivo deste artigo é apresentar uma revisão do emprego do Zebrafish como modelo animal destinado a avaliação da eficácia e da biotoxidade de compostos em pesquisas em Medicina Veterinária. Diversos estudos confirmam que os perfis entre Zebrafish e mamíferos são surpreendentemente semelhantes, sendo que sua transparência, fertilização externa, pequeno porte e curto ciclo de vida permitem a avaliação direta in vivo e em tempo real dos (i) efeitos de compostos químicos no desenvolvimento animal, (ii) eficácia de novas drogas no tratamento de doenças específicas, (iii) eficácia e segurança no desenvolvimento de vacinas contra doenças infecciosas, (iv) direcionamento de tratamento do câncer animal de forma direcionada e específica. Desta forma, a praticidade e eficiência deste modelo animal nas pesquisas pode acelerar o processo de desenvolvimento de novos compostos veterinários quando comparado com pesquisas realizadas em outros modelos animais, e com maior valor preditivo e informativo que pesquisas conduzidas com ensaios in vitro.(AU)

Zebrafish (Danio rerio) is an excellent model body to evaluate the safety and efficacy of new chemicals in animal health in a fast and economical way. Considering that more than 1,000 new chemicals are marketed annually for the development of products such as vaccines, drugs, food additives and agrochemicals, the purpose of this review is to present the Zebrafish as a model for assessing the efficacy and biotoxicity of compounds in the veterinary scope. Numerous studies have confirmed that profiles between Zebrafish and mammals are surprisingly similar, and their transparency, external fertilization, small size and short life cycle allow direct in vivo and real-time evaluation of (i) effects of chemical compounds in the development of animals, (ii) efficacy of new drugs in the treatment of specific diseases, (iii) efficacy and safety in the development of vaccines against infectious diseases, (iv) directing the treatment of animal cancer in a more targeted and specific way. Therefore, thepracticality and efficiency of its use in research can accelerate the process of developing new veterinaryand agricultural compounds with less expenses when compared to tests carried out in other animalmodels and with higher predictive and informative value than in vitro tests.(AU)

São Paulo School of Advanced Sciences on Vaccines: an overview

Two years ago, we held an exciting event entitled the São Paulo School of Advanced Sciences on Vaccines (SPSASV). Sixty-eight Ph.D. students, postdoctoral fellows and independent researchers from 37 different countries met at the Mendes Plaza Hotel located in the city of Santos, SP - Brazil to discuss the challenges and the new frontiers of vaccinology. The SPSASV provided a critical and comprehensive view of vaccine research from basics to the current state-of-the-art techniques performed worldwide. For 10 days, we discussed all the aspects of vaccine development in 36 lectures, 53 oral presentations and 2 poster sessions. At the end of the course, participants were further encouraged to present a model of a grant proposal related to vaccine development against individual pathogens. Among the targeted pathogens were viruses (Chikungunya, HIV, RSV, and Influenza), bacteria (Mycobacterium tuberculosis and Streptococcus pyogenes), parasites (Plasmodium falciparum or Plasmodium vivax), and the worm Strongyloides stercoralis. This report highlights some of the knowledge shared at the SPSASV.(AU)

São Paulo School of Advanced Sciences on Vaccines: an overview

Two years ago, we held an exciting event entitled the São Paulo School of Advanced Sciences on Vaccines (SPSASV). Sixty-eight Ph.D. students, postdoctoral fellows and independent researchers from 37 different countries met at the Mendes Plaza Hotel located in the city of Santos, SP - Brazil to discuss the challenges and the new frontiers of vaccinology. The SPSASV provided a critical and comprehensive view of vaccine research from basics to the current state-of-the-art techniques performed worldwide. For 10 days, we discussed all the aspects of vaccine development in 36 lectures, 53 oral presentations and 2 poster sessions. At the end of the course, participants were further encouraged to present a model of a grant proposal related to vaccine development against individual pathogens. Among the targeted pathogens were viruses (Chikungunya, HIV, RSV, and Influenza), bacteria (Mycobacterium tuberculosis and Streptococcus pyogenes), parasites (Plasmodium falciparum or Plasmodium vivax), and the worm Strongyloides stercoralis. This report highlights some of the knowledge shared at the SPSASV.(AU)

Looking for consensual protection categories to reduce conservation conflicts in protected áreas / Procurando categorias de proteção consensuais para reduzir conflitos em áreas protegidas

Decision-making in protected areas is often difficult due to an unclear definition of management objectives and indicators for their monitoring. This is frequently related to the coexistence of systems of protected areas at national and regional levels for which management objectives are ambiguous or that are not directly related to protected areas classification standards. In this study, we proposed a participative model based on PROMETHEE II to find consensual protected areas categories based on IUCN framework. This model involved the stakeholder’s assessments of management objectives in a protected area and their aggregation based on distance comparisons with objectives of international protected areas standards. The model was tested in the Albufera de Valencia Natural Park, a strongly human-modified wetland located in Eastern Spain and it allowed the identification of consensual management priorities and the IUCN category V as the equivalent international protected area category for this regional protected area.

A tomada de decisão em áreas protegidas é frequentemente um processo difícil pelo facto de não se encontrarem claramente definidos os objetivos de gestão e os indicadores para o seu monitoramento. Tal está habitualmente relacionado com a coexistência de sistemas de áreas protegidas a nível nacional e regional para os quais os objetivos de conservação são ambíguos, ou não se encontram diretamente enquadrados em normas formais de classificação de áreas protegidas. Neste estudo propomos um modelo participativo baseado em “PROMETHEE II” para definir categorias de áreas protegidas consensuais baseadas na estrutura da UICN. Este modelo considera a avaliação dos objetivos de gestão por parte de atores em áreas protegidas, e a sua agregação baseada na comparação de distâncias com os objetivos de normas internacionais destas áreas. O modelo foi testado no Albufera de Valencia Natural Park, uma zona úmida fortemente antropizada localizada no Leste de Espanha, o que permitiu a identificação de prioridades consensuais de gestão e a categoria V da UICN como a categoria internacional de área protegida equivalente para esta área protegida regional.

Looking for consensual protection categories to reduce conservation conflicts in protected áreas / Procurando categorias de proteção consensuais para reduzir conflitos em áreas protegidas

Decision-making in protected areas is often difficult due to an unclear definition of management objectives and indicators for their monitoring. This is frequently related to the coexistence of systems of protected areas at national and regional levels for which management objectives are ambiguous or that are not directly related to protected areas classification standards. In this study, we proposed a participative model based on PROMETHEE II to find consensual protected areas categories based on IUCN framework. This model involved the stakeholders assessments of management objectives in a protected area and their aggregation based on distance comparisons with objectives of international protected areas standards. The model was tested in the Albufera de Valencia Natural Park, a strongly human-modified wetland located in Eastern Spain and it allowed the identification of consensual management priorities and the IUCN category V as the equivalent international protected area category for this regional protected area.(AU)

A tomada de decisão em áreas protegidas é frequentemente um processo difícil pelo facto de não se encontrarem claramente definidos os objetivos de gestão e os indicadores para o seu monitoramento. Tal está habitualmente relacionado com a coexistência de sistemas de áreas protegidas a nível nacional e regional para os quais os objetivos de conservação são ambíguos, ou não se encontram diretamente enquadrados em normas formais de classificação de áreas protegidas. Neste estudo propomos um modelo participativo baseado em “PROMETHEE II” para definir categorias de áreas protegidas consensuais baseadas na estrutura da UICN. Este modelo considera a avaliação dos objetivos de gestão por parte de atores em áreas protegidas, e a sua agregação baseada na comparação de distâncias com os objetivos de normas internacionais destas áreas. O modelo foi testado no Albufera de Valencia Natural Park, uma zona úmida fortemente antropizada localizada no Leste de Espanha, o que permitiu a identificação de prioridades consensuais de gestão e a categoria V da UICN como a categoria internacional de área protegida equivalente para esta área protegida regional.(AU)

Effects of propofol pretreatment on lung morphology and heme oxygenase-1 expression in oleic acid-induced acute lung injury in rats

Purpose: To investigate the effects of propofol pretreatment on lung morphology and heme oxygenase-1 expression in oleic acid -induced acute lung injury in rats. Methods: A total of 32 male Sprague-Dawley rats (250-300g) were randomly divided into the following four groups (n=8/group): group C, group OA, group OA+PR, and group OA+IX to compare related parameter changes. Results: PaO2, PCO2, and PaO2/FiO2 were significantly different among the four treatment groups (P<0.05 or P<0.01). Lung wet/dry weight ratio and HO-1 protein expression also significantly differed among the groups (P<0.01). Immunohistochemistry showed that the expression of HO-1 in group OA+PR was stronger than those in groups OA, OA+IX, and C. Light microscopy revealed that pathological changes in lung tissues in group OA+PR were milder than those in group OA and group OA+IX. Electron microscopy showed that alveolar type II epithelial cell ultrastructure in group OA was relatively irregular with cell degeneration and disintegration and cytoplasmic lamellar bodies were vacuolized. Changes in group OA+PR were milder than those in group OA; however, they were more severe in group OA+IX than in group OA. Conclusion: Propofol significantly increases the expression of HO-1 in the lung tissueand prevents changes in lung morphology due to ALI in rats.(AU)