Septin14, a gene specifically expressed in the testis and seminal vesicle of the Banna mini-pig inbred line (BMI)

Septin14 is an important spermatogenesis related gene involved in the pathogenesis of male infertility that has not been well studied. Here, full-length Septin14 cDNA of the Banna mini-pig inbred line (BMI) was cloned using the RACE method and expressed in pig kidney epithelial cells (PK15) and E. coli Rosetta (DE3) cells. Septin14 expression was identified in somatic tissues and testis in different developmental stages. The pig Septin14 CDS is 1,299 bp long, and encodes a peptide (or protein) of 432 amino acids (MW=50.4 kDa). Phylogenetic analysis indicated that pig Septin14 was highly evolutionarily conserved. Subcellular localization of GFP-tagged Septin14 fusion protein revealed that Septin14 was distributed throughout the testicular cells. Among 34 pig tissues, Septin14 mRNA was found specifically in testis and seminal vesicle. In six different postnatal developmental stages, the testicular level of Septin14 mRNA was barely detectable on day 2, while the highest level occurred on day 75. The spatiotemporal expression profile of Septin14, reported herein for the first time in pig, indicated that Septin14 might be involved in the division, development and apoptosis of germ cells. Furthermore, using a pET prokaryotic expression system, we expressed and isolated recombinant 67.9 kDa Septin14 protein.

Septin14, a gene specifically expressed in the testis and seminal vesicle of the Banna mini-pig inbred line (BMI)

Septin14 is an important spermatogenesis related gene involved in the pathogenesis of male infertility that has not been well studied. Here, full-length Septin14 cDNA of the Banna mini-pig inbred line (BMI) was cloned using the RACE method and expressed in pig kidney epithelial cells (PK15) and E. coli Rosetta (DE3) cells. Septin14 expression was identified in somatic tissues and testis in different developmental stages. The pig Septin14 CDS is 1,299 bp long, and encodes a peptide (or protein) of 432 amino acids (MW=50.4 kDa). Phylogenetic analysis indicated that pig Septin14 was highly evolutionarily conserved. Subcellular localization of GFP-tagged Septin14 fusion protein revealed that Septin14 was distributed throughout the testicular cells. Among 34 pig tissues, Septin14 mRNA was found specifically in testis and seminal vesicle. In six different postnatal developmental stages, the testicular level of Septin14 mRNA was barely detectable on day 2, while the highest level occurred on day 75. The spatiotemporal expression profile of Septin14, reported herein for the first time in pig, indicated that Septin14 might be involved in the division, development and apoptosis of germ cells. Furthermore, using a pET prokaryotic expression system, we expressed and isolated recombinant 67.9 kDa Septin14 protein.(AU)

Imuno-expressão de COX-2, caspase3, Ki67e survivin em tumor venéreo transmissível canino / COX-2, caspase 3, Ki67 and survivin immunoexpresion in canine transmissible venereal tumor / Imunoexpresión de COX-2, caspase 3, ki67 y survivin en tumor venéreo transmisible canino

O tumor venéreo transmissível (TVT) é uma neoplasia de células redondas de aspecto plasmocitóide ou linfocitóide. O tumor apresenta várias particularidades. Nos últimos anos, tem-se evidenciado aumento progressivo de tumores com elevados porcentuais de agressividade e variável resposta à quimioterapia, inclusive resistência; desta forma, tentar predizer este comportamento torna-se importante para auxiliar decisões quanto ao prognóstico e manejo do tumor antes e durante a terapia. Sabendo-se que a utilização da survivina, bem como da caspase-3, do Ki-67 e da COX-2 são importantes para auxiliar no prognóstico, no manejo do paciente e na monitoração da doença durante e após a terapia, este trabalho visou observar em TVTs diferenças na expressão dos imunomarcadores acima citados. Para tal, foi utilizada a técnica de imunocitoquímica em preparações citológicas de 30 tumores de cães atendidos no Hospital Veterinário da FMVZ-UNESP, Campus de Botucatu e os dados analisados pelo teste de spearman (p<0,05). A positividade da survivina variou de 96,15 a 100% em 200 células contadas por amostra, sendo sua principal localização citoplasmática. A marcação pelo anticorpo anti-caspase-3 nos 30 casos de TVT foi baixa, variando de 0 a 6,5% de positividade em 200 células contadas. Em 21 casos, foi possível observar marcação pelo Ki-67, e houve uma média de positividade de 15,57%. Finalmente, em todos os casos houve expressão de COX-2 com valores que variaram de 90,66 a 100% de positividade em 200 células contadas, exceto por um caso que apresentou 24,5% de positividade. Em conclusão, é possível que o emprego destes marcadores no TVT possa auxiliar no estabelecimento de um tratamento diferenciado, pelo que recomendamos, avaliar sua expressão comparando com o tipo de resposta à terapia.

Transmissible venereal tumor is a neoplasm of round cell plasmocitoide and linfocitoide aspect. The tumor present several particularities, for example, in the recent years has been evidenced a progressive increase of tumor with high percentages of aggressiveness and different response to chemotherapy, including resistance. Research this comportment to predict this behavior becomes important to aid decision as to the prognosis and management of the tumor before and during therapy. It is know that the use of the survivin, caspase-3, Ki67 and COX-2 are important to aid prognosis, the patient management and monitoring the tumor during and after therapy. This study aimed to identify differences in the expression of the above mentioned immunomarkers in TVT. For this purpose, the technique of immunocytochemistry on cytological preparations of 30 tumors of dogs examined at the Veterinary Hospital FMVZ-UNESP, Botucatu was used and the date analyzed by the spearman test (p<0,05). The survivin positivity ranged from 96.15 to 100% in 200 cells counted per sample, and its main cytoplasmic localization. The labeling by the anti-caspase-3 in 30 cases of TVT was low, ranging from 0 to 6.5% positivity in 200 cells counted. In 21 cases it was observed by Ki 67 labeling and there was an average of 15 57% positivity. Finally, in all cases there was expression of COX-2 with values ranging from 90.66 to 100% positivity in 200 cells counted, except for one case which showed 24.5% positivity. In conclusion, it is possible that the use of these markers in the TVT may assist in establishing a differential treatment, and we recommend, evaluate its expression compared with the type of response to therapy.

El tumor venéreo transmisible (TVT) es una neoplasia de células redondas de aspecto plasmocitóide o linfocitoide. El tumor presenta varias particularidades, por ejemplo, en los últimos años se ha evidenciado aumento progresivo de tumores con elevados porcentajes de agresividad y variable respuesta a la quimioterapia, inclusive resistencia; desta forma, intentar predecir este comportamiento se torna importante para auxiliar decisiones relacionadas con el pronóstico y manejo del tumor antes y durante de la terapia. Se sabe que la utilización de la survivina, así como la caspasa-3, del Ki-67 y de la COX-2, son importantes para auxiliar el pronóstico, manejo del paciente y elmonitoramiento de un tumor durante la terapia, así, este trabajo busco identificaren TVTs la diferencia en la expresión de losinmunomarcadores citados. Para ello, fue utilizada la técnica de inmunocitoquímica en preparaciones citológicas de 30 tumores de caninos atendidos en el Hospital Veterinario de la FMVZ-UNESP, Campus Botucatu y los datos análizados a través del test de spearman (p<0,05). La positividad de la survivina vario de 96,15 %a 100% en 200 células contadas. La marcación anti-caspasa -3 en los 30 casos de TVT fue baja variando de 0% a 6,5%. En 21 casos fue posible observar marcación por el Ki67, y hubo una media de positividad de 15,57%. Finalmente, en todos los casos hubo expresión de COX-2 con valores que variaron de 99,66 % a 100% de positividad en 200 células contadas, excepto por un caso que presento 24,5 % de positividad. En conclusión, es posible que el empleo de estos marcadores en TVT puedan auxiliar el establecimiento de un tratamiento diferenciado, por lo que recomendamos, evaluar su expresión comparada con el tipo de respuesta a la terapia.

Efeito do bloqueio meiótico na expressão, atividade e distribuição do fator promotor da meiose (MPF) e da proteína cinase ativada por mitógenos (MAPK) em oócitos bovinos / Effect of meiosis block on expression, activity and distribution of meiosis promoting factor (MPF) and mitogen-activated protein kinase (MAPK) in bovine oocytes

Apesar dos grandes avanços na produção in vitro (PIV) de embriões bovinos, a produção de blastocistos se mantém ainda aquém do observado in vivo, indicando que melhorais ainda são necessárias no processo de PIV. A competência para o desenvolvimento de oócitos tem sido relacionada, entre outros fatores, à interrupção do período de capacitação. Foi sugerido que o bloqueio meiótico poderia permitir ao oócito um tempo adicional para adquirir a competência. Embora ainda não se tenha melhorado o desenvolvimento embrionário com esse procedimento, o bloqueio meiótico com inibidores de cinases dependentes de ciclinas (CDK), como a butirolactona I (BLI), pode ser uma ferramenta útil na compreensão do desenvolvimento do oócito. O presente trabalho teve por objetivo averiguar o efeito da inibição de CDK com BLI, para bloquear temporariamente a retomada da meiose, sobre fatores que controlam o ciclo celular meiótico de oócitos bovinos. Oócitos bovinos obtidos de abatedouros foram bloqueados em vesícula germinativa (VG) in vitro com 10 µM de BLI por 24 h (BVG - bloqueado imaturo). Parte desses oócitos foi depois maturada in vitro por mais 24 h (BMII - bloqueado maturado). Como controles foram utilizados oócitos recém-aspirados dos folículos (VG - controle imaturo) ou maturados in vitro sem bloqueio meiótico prévio (MII - controle maturado). Os diferentes grupos de oócitos foram avaliados quanto a: 1) expressão de RNAm dos componentes do MPF (p34cdc2 e ciclina B1) e da MAPK; 2) expressão das proteínas do MPF (p34cdc2 e ciclina B1) e MAPK (p44 e p42); 3) atividade das proteínas MPF e MAPK durante a maturação in vitro de oócito submetidos ou não ao bloqueio da meiose pré-maturação e 4) a localização subcelular das proteínas p34cdc2, ciclina B1 e MAPK nos oócitos. Foi observado que: 1) a abundância relativa do RNAm de p34cdc2 e MAPK reduziu-se com a maturação, enquanto a ciclina B1 menteve-se estável; o bloqueio meiótico manteve o mesmo padrão de acordo com o estádio de maturação; 2) as proteínas de p34cdc2 e MAPK mantiveram-se estáveis durante a maturação, enquanto a ciclina B1 não foi detectada em oócitos imaturos e o foi nos maturados; o bloqueio meiótico também manteve a expressão das proteínas de acordo com o estádio de maturação; 3) as atividades de MPF e MAPK foram pouco afetadas pelo bloqueio meiótico; 4) as proteínas foram todas detectadas no citoplasma dos oócitos imaturos (bloqueados ou não) e maturados (bloqueados ou não), sendo apenas a p34cdc2 também localizada no núcleo de oócitos imaturos (bloqueados ou não). Diante dos resultados conclui-se que o bloqueio da meiose mantém o mesmo padrão de expressão, atividade e localização subcelular do MPF e da MAPK em oócitos imaturos e maturados, sugerindo que a tradução das mensagens, a ativação das cinases e a distribuição das proteínas foram controladas de acordo com o estádio da meiose, não sendo afetadas pelo bloqueio

Although there have been great improvements in in vitro production (IVP) of bovine embryos, blastocyst production is still beyond that observed in vivo, indicating that more improvements are necessary in the IVP system. Developmental competence of oocytes has been related to, among other factors, the interruption in oocyte capacitation. Is has been suggested that meiosis block would allow the oocyte additional time to acquire competence. Although this procedure has not been successful in increasing embryo development, meiosis block with cyclin dependent kinase (CDK) inhibitors, such as butyrolactone I (BLI) can be a useful tool to study oocyte development. The present study aimed to assess the effects CDK inhibition with BLI, to temporarily block meiosis resumption, on factors involved in meiosis cell cycle control in bovine oocytes. Oocytes, obtained form slaughterhouse ovaries, were maintained in germinal vesicle (GV) arrest in vitro with 10 µM BLI for 24 h (BVG - blocked immature). A part of these oocytes was matured in vitro for another 24 h (BMII - blocked and matured). As controls, oocytes were also assessed soon after follicle aspiration (GV -immature control) or matured in vitro for 24 h without prior meiosis block (MII - matured control). The different groups of oocytes were assessed for: 1) mRNA expression for the MPF components (p34cdc2 and cyclin B1) and MAPK; 2) expression of MPF (p34cdc2 and cyclin B1) and MAPK (p44 and p42) proteins; 3) MPF and MAPK activities during maturation of oocytes submitted or not to prematuration meiosis block and 4) p34cdc2, cyclin B1 and MAPK subcellular localization within oocytes. During the study it was observed that: 1) relative abundance of p34cdc2 and MAPK mRNA was reduced after maturation, while cyclin B1 mRNA remained stable; meiosis block maintained the same pattern according to maturation stage; 2) p34cdc2 and MAPK proteins remained stable after maturation while cyclin B1 protein was undetected in immature oocytes and detected in the matured ones; meiosis block also maintained the same protein expression according to maturation stage; 3) MPF and MAPK activities were little affected by meiosis block and 4) all proteins were detected in the cytoplasm of immature (blocked or not) and matured (blocked or not) oocytes, and only showed a specific nuclear localizations in immature oocytes (blocked or not). According to the results it may be concluded that meiosis block maintained the same pattern of MPF and MAPK expression, activity and subcellular localization in immature and matured oocytes, suggesting that mRNA translation, kinase activation and protein distribution were controlled according to the maturation stage and were not affected by meiosis block

Mutations in the bone morphogenetic protein 15 gene causing defective protein secretion in Cholistani infertile sheep

Abstract Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.

Resumo Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

Analysis of Germin-like protein genes family in Vitis vinifera (VvGLPs) using various in silico approaches

Abstract Germin-like proteins (GLPs) play an important role against various stresses. Vitis vinifera L. genome contains 7 GLPs; many of them are functionally unexplored. However, the computational analysis may provide important new insight into their function. Currently, physicochemical properties, subcellular localization, domain architectures, 3D structures, N-glycosylation & phosphorylation sites, and phylogeney of the VvGLPs were investigated using the latest computational tools. Their functions were predicted using the Search tool for the retrieval of interacting genes/proteins (STRING) and Blast2Go servers. Most of the VvGLPs were extracellular (43%) in nature but also showed periplasmic (29%), plasma membrane (14%), and mitochondrial- or chloroplast-specific (14%) expression. The functional analysis predicted unique enzymatic activities for these proteins including terpene synthase, isoprenoid synthase, lipoxygenase, phosphate permease, receptor kinase, and hydrolases generally mediated by Mn+ cation. VvGLPs showed similarity in the overall structure, shape, and position of the cupin domain. Functionally, VvGLPs control and regulate the production of secondary metabolites to cope with various stresses. Phylogenetically VvGLP1, -3, -4, -5, and VvGLP7 showed greater similarity due to duplication while VvGLP2 and VvGLP6 revealed a distant relationship. Promoter analysis revealed the presence of diverse cis-regulatory elements among which CAAT box, MYB, MYC, unnamed-4 were common to all of them. The analysis will help to utilize VvGLPs and their promoters in future food programs by developing resistant cultivars against various biotic (Erysiphe necator and in Powdery Mildew etc.) and abiotic (Salt, drought, heat, dehydration, etc.) stresses.

Resumo As proteínas do tipo germin (GLPs) desempenham um papel importante contra vários estresses. O genoma de Vitis vinifera L. contém 7 GLPs; muitos deles são funcionalmente inexplorados. No entanto, a análise computacional pode fornecer informações importantes sobre sua função. Atualmente, as propriedades físico-químicas, localização subcelular, arquitetura de domínio, estruturas 3D, sítios de N-glicosilação e fosforilação e estudos filogenéticos dos VvGLPs foram conduzidos usando as ferramentas computacionais mais recentes. Suas funções foram previstas usando a ferramenta Search para recuperação de genes/proteínas em interação (STRING) e servidores Blast2Go. A maioria dos VvGLPs são extracelulares (43%) na natureza, mas também mostraram expressão periplasmática (29%), na membrana plasmática (14%) e específica para mitocôndrias ou cloroplastos (14%). A análise funcional previu atividades enzimáticas únicas para essas proteínas, incluindo terpeno sintase, isoprenoide sintase, lipoxigenase, fosfato permease, receptor quinase e hidrolases geralmente mediadas por cátion Mn +. VvGLPs mostraram similaridade na estrutura geral, forma e posição do domínio cupin. Funcionalmente, os VvGLPs controlam e regulam a produção de metabólitos secundários para lidar com vários estresses. Filogeneticamente, VvGLP1, -3, -4, -5 e VvGLP7 mostraram maior similaridade devido à duplicação, enquanto VvGLP2 e VvGLP6 revelaram uma relação distante. A análise do promotor revelou a presença de diversos elementos cis-reguladores, entre os quais CAAT box, MYB, MYC, sem nome-4, sendo comum a todos eles. A análise ajudará a utilizar VvGLPs e seus promotores em programas alimentares futuros, desenvolvendo cultivares resistentes contra vários estresses bióticos (Erysiphe necator e no oídio, etc.) e abióticos (sal, seca, calor, estresse hídrico, etc.).

Mutations in the bone morphogenetic protein 15 gene causing defective protein secretion in Cholistani infertile sheep / Mutações no gene da proteína morfogenética óssea 15 causadoras de defeitos na secreção proteica em ovelhas inférteis Cholistani

Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.

Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

Integrated computational approaches assisted development of a novel multi-epitope vaccine against MDR Streptococcus pseudopneumoniae / Abordagens computacionais integradas que auxiliaram no desenvolvimento de uma nova vacina multiepítopo contra Streptococcus pseudopneumoniae multirresistente

The emergence of antibiotic resistance (AR) in bacteria is becoming an alarming health concern because it allows them to adapt themselves to changing environments. It is possible to prevent the spread of AR in many ways, such as reducing antibiotic misuse in human and veterinary medicine. Streptococcus pseudopneumoniae is one of these AR bacterial species that can cause pneumonia in humans and is responsible for high mortality and morbidity rates. It is oval shaped gram-positive bacterium that shows resistance to several antibiotics like penicillin, tetracycline, ciprofloxacin, erythromycin, and co-trimoxazale and no approved vaccine is available to overcome diseases of the pathogen. Thus, substantial efforts are necessary to select protective antigens from a whole genome of pathogens that are easily tested experimentally. The in silico designed vaccine was safe and potent in immunizing individuals against the aforementioned pathogens. Herein, we utilized a subtractive genomic approach to identify potential epitope-based vaccine candidates against S. pseudopneumoniae. In total, 50850 proteins were retrieved from the NCBI, representing the complete genome of S. pseudopneumoniae. Out of the total, CD-HIT analysis identified 1022 proteins as non-redundant and 49828 proteins as redundant and further subjected for subcellular localization in which bulk of proteins was located in the cytoplasm, with seven extracellular proteins (penicillin-binding protein, alpha-amylase, solute-binding protein, hypothetical protein, CHAP domain-containing protein, polysaccharide deacetylase family protein, hypothetical protein). Six immune cells epitopes (SNLQSENDRL, RNDSLQKQAR, NPTTTSEGF, KVKKKNNKK, AYSQGSQKEH, and SVVDQVSGDF) were predicted with the help of the IEDB server. To design a multi-epitopes vaccine these immune cell epitopes were together by GPGPG and adjuvant linker to enhance immune response efficacy. The 3D structure of the designed vaccine was modeled and conducted molecular docking and dynamic simulation studies were to check the binding efficacy with immune cells receptor and dynamic behavior of the docked complex. Finally, we concluded that the designed vaccine construct can provoke a proper and protective immune response against S. pseudopneumoniae.

O surgimento de resistência a antibióticos (AR) em bactérias tem se tornando uma preocupação sanitária alarmante, uma vez que permite que elas se adaptem a ambientes em constante alteração. É possível prevenir a disseminação da RA de várias maneiras, como reduzir o uso indevido de antibióticos na medicina humana e veterinária. O Streptococcus pseudopneumoniae é uma dessas espécies bacterianas de AR que podem causar pneumonia em humanos e são responsáveis por altas taxas de mortalidade e morbidade. É uma bactéria gram-positiva de forma oval que mostra resistência a diversos antibióticos como penicilina, tetraciclina, ciprofloxacina, eritromicina e cotrimoxazale, além disso, nenhuma vacina aprovada está disponível para superar as doenças do patógeno. Assim, esforços substanciais são necessários para selecionar antígenos protetores de todo um genoma de patógenos que são facilmente testados experimentalmente. A vacina projetada in silico foi considerada segura e potente na imunização de indivíduos contra os patógenos mencionados. Neste trabalho, utilizamos uma abordagem genômica subtrativa para identificar potenciais candidatos a vacinas baseadas em epítopos contra S. pseudopneumoniae. No total, 50.850 proteínas foram recuperadas do NCBI, representando o genoma completo de S. pseudopneumoniae. Do total, a análise de CD-HIT identificou 1.022 proteínas como não redundantes e 49.828 proteínas como redundantes e posteriormente submetidas à localização subcelular na qual a maior parte das proteínas estava localizada no citoplasma, com sete proteínas extracelulares (proteína de ligação à penicilina, alfa- amilase, proteína de ligação a soluto, proteína hipotética, proteína contendo domínio CHAP, proteína da família polissacarídeo desacetilase, proteína hipotética). Seis epítopos de células imunes (SNLQSENDRL, RNDSLQKQAR, NPTTTSEGF, KVKKKNNKK, AYSQGSQKEH e SVVDQVSGDF) foram previstos com a ajuda do servidor IEDB. Para projetar uma vacina de múltiplos epítopos, esses epítopos de células imunes foram reunidos por GPGPG e um ligante adjuvante para aumentar a eficácia da resposta imune. A estrutura 3D da vacina projetada foi modelada e conduzido estudos de docking molecular e simulação dinâmica para verificar a eficácia da ligação com o receptor de células imunes e o comportamento dinâmico do complexo docked. Finalmente, concluímos que a construção da vacina projetada pode provocar uma resposta imune adequada e protetora contra S. pseudopneumoniae.

Analysis of Germin-like protein genes family in Vitis vinifera (VvGLPs) using various in silico approaches / Análise da família de genes de proteínas semelhantes a germin em Vitis vinifera (VvGLPs) usando várias abordagens in silico

Germin-like proteins (GLPs) play an important role against various stresses. Vitis vinifera L. genome contains 7 GLPs; many of them are functionally unexplored. However, the computational analysis may provide important new insight into their function. Currently, physicochemical properties, subcellular localization, domain architectures, 3D structures, N-glycosylation & phosphorylation sites, and phylogeney of the VvGLPs were investigated using the latest computational tools. Their functions were predicted using the Search tool for the retrieval of interacting genes/proteins (STRING) and Blast2Go servers. Most of the VvGLPs were extracellular (43%) in nature but also showed periplasmic (29%), plasma membrane (14%), and mitochondrial- or chloroplast-specific (14%) expression. The functional analysis predicted unique enzymatic activities for these proteins including terpene synthase, isoprenoid synthase, lipoxygenase, phosphate permease, receptor kinase, and hydrolases generally mediated by Mn+ cation. VvGLPs showed similarity in the overall structure, shape, and position of the cupin domain. Functionally, VvGLPs control and regulate the production of secondary metabolites to cope with various stresses. Phylogenetically VvGLP1, -3, -4, -5, and VvGLP7 showed greater similarity due to duplication while VvGLP2 and VvGLP6 revealed a distant relationship. Promoter analysis revealed the presence of diverse cis-regulatory elements among which CAAT box, MYB, MYC, unnamed-4 were common to all of them. The analysis will help to utilize VvGLPs and their promoters in future food programs by developing resistant cultivars against various biotic (Erysiphe necator and in Powdery Mildew etc.) and abiotic (Salt, drought, heat, dehydration, etc.) stresses.

As proteínas do tipo germin (GLPs) desempenham um papel importante contra vários estresses. O genoma de Vitis vinifera L. contém 7 GLPs; muitos deles são funcionalmente inexplorados. No entanto, a análise computacional pode fornecer informações importantes sobre sua função. Atualmente, as propriedades físico-químicas, localização subcelular, arquitetura de domínio, estruturas 3D, sítios de N-glicosilação e fosforilação e estudos filogenéticos dos VvGLPs foram conduzidos usando as ferramentas computacionais mais recentes. Suas funções foram previstas usando a ferramenta Search para recuperação de genes/proteínas em interação (STRING) e servidores Blast2Go. A maioria dos VvGLPs são extracelulares (43%) na natureza, mas também mostraram expressão periplasmática (29%), na membrana plasmática (14%) e específica para mitocôndrias ou cloroplastos (14%). A análise funcional previu atividades enzimáticas únicas para essas proteínas, incluindo terpeno sintase, isoprenoide sintase, lipoxigenase, fosfato permease, receptor quinase e hidrolases geralmente mediadas por cátion Mn +. VvGLPs mostraram similaridade na estrutura geral, forma e posição do domínio cupin. Funcionalmente, os VvGLPs controlam e regulam a produção de metabólitos secundários para lidar com vários estresses. Filogeneticamente, VvGLP1, -3, -4, -5 e VvGLP7 mostraram maior similaridade devido à duplicação, enquanto VvGLP2 e VvGLP6 revelaram uma relação distante. A análise do promotor revelou a presença de diversos elementos cis-reguladores, entre os quais CAAT box, MYB, MYC, sem nome-4, sendo comum a todos eles. A análise ajudará a utilizar VvGLPs e seus promotores em programas alimentares futuros, desenvolvendo cultivares resistentes contra vários estresses bióticos (Erysiphe necator e no oídio, etc.) e abióticos (sal, seca, calor, estresse hídrico, etc.).