Global epidemiology of Equine Influenza viruses; A possible emerging zoonotic threat in future an extensive systematic review with evidence

Abstract There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.

Resumo Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.

First report of Psittacid Avipoxvirus in Agapornis in Mexico

A postmortem study was performed on two lovebirds (Agapornis fischeri and Agapornis personatus) that had scabs in the periocular region and on the eyelid, as well as serous blepharitis. Microscopically, the eyelids showed ulcers, necrosis and serocellular crusts, severe hyperplasia of keratinocytes with eosinophilic intracytoplasmic inclusion bodies (Bollinger's bodies), bacterial colonies of gram-positive coccoid morphology and PAS-positive septate and 45° branching hyphae. The microbiological study identified the colonies as Staphylococcus spp. and Aspergillus fumigatus, respectively. Using molecular techniques, avian pox clade C was identified on the eyelid. This is the first report in Mexico of a case of avian pox in parrots associated with clade C Avipoxvirus.(AU)

Analysis of virome by high-throughput sequencing disclosed multiple infection in a single grapevine plant / Análise do viroma por sequenciamento de alto rendimento revelou infecção múltipla em uma planta de videira

Among phytosanitary problems of the grapevine, viruses stand out for their capacity of reducing the quality and yield of grapes. However, detecting and identifying viral infections in grapevines can be challenging. This study performed a high throughput sequencing (HTS) of the viral pathogens present in a vine showing virus-like symptoms to elucidate the etiology. HTS analysis reported in a hybrid grapevine with mild curling down of leaf edges, the presence of four viruses and viroids, which were probably implicated in the observed symptoms. The determined complete genomes showed high genetic identities with previously characterized isolates of homologous pathogens.

Dentre os problemas fitossanitários da videira, os vírus se destacam pela capacidade de reduzir a qualidade e o rendimento da uva. No entanto, detectar e identificar infecções virais em videiras pode ser um desafio. O objetivo do estudo foi realizar um sequenciamento de alto rendimento (HTS) para determinar os patógenos virais presentes em uma videira com sintomas de virose e elucidar a etiologia. Com o HTS foi detectada, em uma videira híbrida com leve enrolamento dos bordos foliares, a presença de quatro vírus e viroides, os quais provavelmente estavam implicados com os sintomas observados. Os genomas completos determinados mostraram altas identidades genéticas com isolados previamente caracterizados de patógenos homólogos.

Mycoviruses infecting Colletotrichum spp: A comprehensive review / Micoviroses em Colletotrichum spp: uma revisão abrangente

Abstract Colletotrichum is one of the most economically important fungal genera, which affects a wide range of hosts, specifically tropical and subtropical crops. Thus far, there have been several records of mycovirus infection in Colletotrichum spp., primarily by viruses of the Partitiviridae family. There have also been records of infections by mycoviruses of the Chrysoviridae family. Mycoviruses are (+)ssRNA and dsRNA genome viruses, which may or may not be enveloped. To date, no mycovirus with a DNA genome has been isolated from Colletotrichum spp. Typically, mycoviruses cause latent infections, although hypo- and hypervirulence have also been reported in Colletotrichum spp. In addition to its effects on pathogenic behavior, mycovirus infection can lead to important physiological changes, such as altered morphological characteristics, reduced vegetative growth, and suppressed conidia production. Therefore, research on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi can help develop alternative methods to chemical control, which can cause irreversible damage to humans and the environment. From an agricultural perspective, mycoviruses can contribute to sustainable agriculture as biological control agents via changes in fungal physiology, ultimately resulting in the total loss of or reduction in the virulence of these pathogens.

Resumo Colletotrichum é um dos gêneros fúngicos mais importantes economicamente, afetando uma ampla gama de hospedeiros, especialmente em cultivos tropicais e subtropicais. Atualmente já existem diversos registros de infecção por micovírus em Colletotrichum spp., sendo a maioria dos já identificados classificados na família Partitiviridae. Ocorrem registros também de micovírus pertencentes à família Chrysoviridae. Compreendem vírus de genoma de (+)ssRNA e dsRNA que podem ser ou não envelopados. Ainda não foram identificados micovírus com genoma de DNA isolados de Colletotrichum. A infecção por micovírus pode ocorrer de forma latente, mas já foi observado em Colletotrichum spp. o fenômeno de hipo e hipervirulência. Além de influenciar no comportamento patogênico, a infecção pode causar mudanças fisiológicas importantes como alterações das características morfológicas, redução do crescimento vegetativo e redução na produção de conídios. O estudo com micovírus em fungos fitopatogênicos traz uma alternativa ao controle químico que é um método capaz de causar danos irreversíveis ao homem e o meio ambiente. Sob a perspectiva agrícola, os micovírus podem contribuir para agricultura sustentável como agentes de controle biológico. Isso porque obsevam-se mudanças importantes na fisiologia fúngica resultando na perda total ou redução da virulência desses patógenos.

Mycoviruses infecting Colletotrichum spp: a comprehensive review / Micoviroses em Colletotrichum spp: uma revisão abrangente

Colletotrichum is one of the most economically important fungal genera, which affects a wide range of hosts, specifically tropical and subtropical crops. Thus far, there have been several records of mycovirus infection in Colletotrichum spp., primarily by viruses of the Partitiviridae family. There have also been records of infections by mycoviruses of the Chrysoviridae family. Mycoviruses are (+)ssRNA and dsRNA genome viruses, which may or may not be enveloped. To date, no mycovirus with a DNA genome has been isolated from Colletotrichum spp. Typically, mycoviruses cause latent infections, although hypo- and hypervirulence have also been reported in Colletotrichum spp. In addition to its effects on pathogenic behavior, mycovirus infection can lead to important physiological changes, such as altered morphological characteristics, reduced vegetative growth, and suppressed conidia production. Therefore, research on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi can help develop alternative methods to chemical control, which can cause irreversible damage to humans and the environment. From an agricultural perspective, mycoviruses can contribute to sustainable agriculture as biological control agents via changes in fungal physiology, ultimately resulting in the total loss of or reduction in the virulence of these pathogens.

Colletotrichum é um dos gêneros fúngicos mais importantes economicamente, afetando uma ampla gama de hospedeiros, especialmente em cultivos tropicais e subtropicais. Atualmente já existem diversos registros de infecção por micovírus em Colletotrichum spp., sendo a maioria dos já identificados classificados na família Partitiviridae. Ocorrem registros também de micovírus pertencentes à família Chrysoviridae. Compreendem vírus de genoma de (+)ssRNA e dsRNA que podem ser ou não envelopados. Ainda não foram identificados micovírus com genoma de DNA isolados de Colletotrichum. A infecção por micovírus pode ocorrer de forma latente, mas já foi observado em Colletotrichum spp. o fenômeno de hipo e hipervirulência. Além de influenciar no comportamento patogênico, a infecção pode causar mudanças fisiológicas importantes como alterações das características morfológicas, redução do crescimento vegetativo e redução na produção de conídios. O estudo com micovírus em fungos fitopatogênicos traz uma alternativa ao controle químico que é um método capaz de causar danos irreversíveis ao homem e o meio ambiente. Sob a perspectiva agrícola, os micovírus podem contribuir para agricultura sustentável como agentes de controle biológico. Isso porque obsevam-se mudanças importantes na fisiologia fúngica resultando na perda total ou redução da virulência desses patógenos.

Mycoviruses infecting Colletotrichum spp: a comprehensive review / Micoviroses em Colletotrichum spp: uma revisão abrangente

Colletotrichum is one of the most economically important fungal genera, which affects a wide range of hosts, specifically tropical and subtropical crops. Thus far, there have been several records of mycovirus infection in Colletotrichum spp., primarily by viruses of the Partitiviridae family. There have also been records of infections by mycoviruses of the Chrysoviridae family. Mycoviruses are (+)ssRNA and dsRNA genome viruses, which may or may not be enveloped. To date, no mycovirus with a DNA genome has been isolated from Colletotrichum spp. Typically, mycoviruses cause latent infections, although hypo- and hypervirulence have also been reported in Colletotrichum spp. In addition to its effects on pathogenic behavior, mycovirus infection can lead to important physiological changes, such as altered morphological characteristics, reduced vegetative growth, and suppressed conidia production. Therefore, research on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi can help develop alternative methods to chemical control, which can cause irreversible damage to humans and the environment. From an agricultural perspective, mycoviruses can contribute to sustainable agriculture as biological control agents via changes in fungal physiology, ultimately resulting in the total loss of or reduction in the virulence of these pathogens.(AU)

Colletotrichum é um dos gêneros fúngicos mais importantes economicamente, afetando uma ampla gama de hospedeiros, especialmente em cultivos tropicais e subtropicais. Atualmente já existem diversos registros de infecção por micovírus em Colletotrichum spp., sendo a maioria dos já identificados classificados na família Partitiviridae. Ocorrem registros também de micovírus pertencentes à família Chrysoviridae. Compreendem vírus de genoma de (+)ssRNA e dsRNA que podem ser ou não envelopados. Ainda não foram identificados micovírus com genoma de DNA isolados de Colletotrichum. A infecção por micovírus pode ocorrer de forma latente, mas já foi observado em Colletotrichum spp. o fenômeno de hipo e hipervirulência. Além de influenciar no comportamento patogênico, a infecção pode causar mudanças fisiológicas importantes como alterações das características morfológicas, redução do crescimento vegetativo e redução na produção de conídios. O estudo com micovírus em fungos fitopatogênicos traz uma alternativa ao controle químico que é um método capaz de causar danos irreversíveis ao homem e o meio ambiente. Sob a perspectiva agrícola, os micovírus podem contribuir para agricultura sustentável como agentes de controle biológico. Isso porque obsevam-se mudanças importantes na fisiologia fúngica resultando na perda total ou redução da virulência desses patógenos.(AU)

Equine herpesvirus myeloencephalopathy

Clinical History: A euthanized, 14-year-old, Warmblood gelding that had participated in an equine show was presented for necropsy and diagnostic workup to the San Bernardino laboratory of the California Animal Health and Food Safety Laboratory System. The animal had a 4-day history of mildly swollen limbs and hyperthermia, and developed neurologic signs shortly before euthanasia. Necropsy Findings: The urinary bladder had multifocal to coalescing hemorrhages in the mucosa and approximately 5 ml of turbid urine with sandy sludge (Figure 1). The entire spinal cord was removed and cross-sectioned serially after fixation in 10% neutral-buffered formalin during 48h. Multifocally, in multiple sections of the cervical, thoracic, and lumbar segments, there were uni- or bilateral and asymmetrical, wedge-shaped areas of gray discoloration and hemorrhage (Figures 2-4). In addition, there were extensive hemorrhages around the nerve roots of the cauda equina. Follow-up questions: Five differential diagnoses for the gross lesions in the spinal cord (Fig. 1B-1D) Microscopic description for the lesions in the spinal cord (Fig. 2A-2D) Most likely cause based on clinical history and gross and microscopic findings.

Incidence of Begomovirus and Crinivirus in tomato and potato crops in Paraná state, Brazil / Incidência de Begomovirus e Crinivirus nas culturas do tomateiro e batateira no estado do Paraná, Brasil

In the last decades, the high incidence of viruses transmitted by whiteflies has become a problem in the tomato fields, threatening, more recently, the potato crops. The present study carried out a survey of begomoviruses and criniviruses in tomato and potato crops, from 2015 to 2018, in the municipalities of Araucária, Campo do Tenente, Campo Largo, Contenda, Lapa, Faxinal, Morretes, Reserva, Castro, Palmeira and São Mateus do Sul, in Paraná State, Brazil. Total DNA and RNA from leaves were extracted and used as templates to detect, respectively, begomoviruses by PCR and criniviruses by RT-PCR. Out of 215 tomato samples, 14 from Faxinal were infected by crinivirus. The other tomato samples and 243 potato samples showed negative results for begomovirus and crinivirus. Results indicated a low incidence (6.5%) of crinivirus infecting tomato crops in Paraná State, and the nucleotide sequence of one amplified fragment shared 99.71% identity with tomato chlorotic virus (ToCV).

Nas últimas décadas, a alta incidência de vírus transmitidos por mosca-branca tornou-se um problema nos campos de tomateiros, ameaçando, mais recentemente, a cultura da batateira. O presente trabalho teve como objetivo realizar um levantamento de begomovírus e crinivírus em lavouras de tomateiro e batateira nos municípios de Araucária, Campo do Tenente, Campo Largo, Contenda, Lapa, Faxinal, Morretes, Reserva, Castro, Palmeira e São Mateus do Sul, no Estado do Paraná, Brasil, de 2015 à 2018. DNA e RNA totais de folhas foram extraídos e utilizados como molde para detectar begomovírus por PCR e crinivírus por RT-PCR. Das 215 amostras de tomateiros coletadas, 14 provenientes de Faxinal estavam infectadas por crinivírus. As demais amostras de tomateiro e as 243 amostras de batateira analisadas apresentaram resultados negativo para begomovírus e crinivírus. Os resultados indicaram baixa incidência (6,5%) de crinivírus infectando lavouras de tomateiros no Estado do Paraná e a sequência de nucleotídeos de um amplicon apresentou 99,71% de identidade com o crinivírus tomato chlorotic virus (ToCV).

Impact of persistent bovine viral diarrhea virus infection on indicators of innate and adaptive immune function in holstein calves and cows / Impacto da infecção persistente pelo vírus da diarreia viral bovina sobre indicadores de função imunológica inata e adaptativa em bezerras e vacas holandesas

We evaluated some indicators of innate and humoral immune response in persistently infected (PI) Holstein calves and cows from 1 to 36 months of age matched with controls from the same herd. The effects were cataloged by grouping animals into the following age groups: <12 months, 13 to 24 months, and 25 to 36 months of age. Blood samples were collected once from each animal to measure total serum protein, haptoglobin, and neutralizing antibodies titers induced by respiratory virus vaccination. Total serum protein (g/dL) was lowest in PI calves younger until 24 months old, while haptoglobin concentration was higher in PI cattle. The serum neutralizing titers against BVDV and BRSV were lower in all PI calves and cattle than in controls. PI cattle have a high serum concentration of haptoglobin, and its possible dysregulated innate immune response appears to impact the efficacy of their adaptative immune responses, resulting in poor vaccine responsiveness.

O objetivo desta pesquisa foi avaliar alguns indicadores da resposta imune inata e humoral em bezerros a vacas persistentemente infectadas, entre um a 36 meses de idade, pareados com controles oriundos de um mesmo rebanho. As variáveis respostas foram avaliadas agrupando-se os animais nos seguintes grupos etários: < 12 meses, 13 a 24 meses, 25 a 36 meses de idade. Amostras sanguíneas foram coletadas para mensurar as concentrações séricas de proteína, haptoglobina e anticorpos neutralizantes induzidos pela vacinação contra as viroses respiratórias. Os teores de proteína sérica total (g/dL) foram menores nos animais persistentemente infectados (PI) jovens até 24 meses de idade, enquanto que a concentração de haptoglobina foi maior nos animais PI mais velhos (25 a 36 meses). Os títulos de anticorpos neutralizantes contra o BVDV e BRSV foi menor nos animais PIs independentemente da idade, comparado com o grupo controle. Os valores reduzidos ou nulos de anticorpos contra as viroses respiratórias, combinado com a evidência de resposta imune inata desregulada, contribui com a susceptibilidade dos animais PIs para as infecções secundárias.

Seroprevalence of arboviruses in Nasua nasua (Mammalia, Carnivora, Procyonidae) of synanthropic habitats in the Iguaçu National Park, Brazilian Atlantic Forest / Soroprevalência de arbovirus em Nasua nasua (Mammalia, Carnivora, Procyonidae) de hábitos sinantrópicos no Parque Nacional do Iguaçu, Mata Atlântica brasileira

Os arbovírus são agentes transmitidos por artrópodes que representam considerável ameaça à saúde pública em todo o mundo, causando doenças em humanos e animais. Neste trabalho foi realizada investigação sorológica para detecção de anticorpos totais contra diferentes tipos de arbovírus em quatis (Nasua nasua) de vida livre do Parque Nacional do Iguaçu (PNI) através do teste de Inibição da Hemaglutinação. Amostras de soro foram testadas utilizando-se antígenos de 33 arbovírus pertencentes aos gêneros Alphavirus, Flavivirus, Orthobunyavirus e Phlebovirus. As análises evidenciaram que 23,6% (17/72) dos quatis apresentaram soropositividade para pelo menos um dos antígenos testados, incluindo reações monotípicas e heterotípicas. Foi detectada soropositividade para Alphavirus (5,9%, 1/17; WEEV), Flavivirus (64,7%, 11/17; YFV, ILHV, SLEV, BSQV, ROCV, VNO, DEN1, DEN2, DEN3, DEN4, NJLV), Phlebovirus (88,2%, 15/17; ICOV, BUJV) e Orthobunyavirus (5,9%, 1/17; ORIV). A presença de anticorpos para esses vírus em quatis do PNI indica uma aparente transmissão silenciosa de arbovírus, incluindo N. nasua como um possível amplificador destes arbovírus na área estudada. Os dados encontrados servem de alerta quanto ao possível risco de estabelecimento de um ciclo de transmissão de arbovírus envolvendo insetos vetores e quatis, ou ainda, outros animais silvestres, consequentemente, podendo incluir o homem nessa cadeia de transmissão.

Arboviruses are agents transmitted by arthropods and represent a considerable threat to public health worldwide, causing diseases in humans and animals. A serological investigation was carried out to detect total antibodies against different types of arboviruses in free-living coatis (Nasua nasua) from the Iguaçu National Park (INP) through the Hemagglutination Inhibition test. Serum samples were tested using antigens from 33 arboviruses belonging to the genera Alphavirus, Flavivirus, Orthobunyavirus, and Phlebovirus. The data showed that 23.6% (17/72) of coatis were seropositive for at least one of the tested antigens, including monotypic and heterotypic reactions. Seropositivity was detected for Alphavirus (5.9%, 1/17; WEEV), Flavivirus (64.7%, 11/17; YFV, ILHV, SLEV, BSQV, ROCV, WNV, DENV-1, DENV-2, DENV-3, DENV-4, and NJLV), Phlebovirus (88.2%, 15/17; ICOV and BUJV) and Orthobunyavirus (5.9%, 1/17; ORIV). The presence of antibodies to these viruses in coatis from INP indicated an apparent silent circulation of arbovirus, implying N. nasua to be a possible amplifying host of these arboviruses in the studied area. The data reported also serve as a warning about the possible risk of establishing an arbovirus transmission cycle involving vector arthropods and coatis, or even other wild animals, consequently, including humans in this transmission chain.

Anti-herpes activity of the total alkaloid fraction from the branches of Fusaea longifolia (Annonaceae) / Atividade anti-herpes da fração total de alcaloides dos ramos da Fusaea longifolia (Annonaceae)

The herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and type 2 (HSV-2) occur worldwide. Infections caused by these viruses have great public health importance due to the growing resistance to the first-choice drug, acyclovir, especially in immunosuppressed patients. Alkaloids derived from species of Annonaceae have been reported as antiviral agents against HSV and others viruses. Within this context, we evaluated the antiviral activity of the total alkaloid fraction (TAF) extracted from the branches of Fusaea longifolia (Aubl.) Saff. (Annonaceae), a species native to the Amazon region, against the HSV-1 and HSV-2 viruses. The antiviral activity was evaluated through the plate reduction assay and the mode of action was investigated by a set of other assays. The TAF was active against the HSV-2 strain 333 and against the HSV-1 strains KOS and 29R (acyclovir resistant), with selectivity index values (SI = 50% cytotoxic concentration/50% effective concentration) of 5, 4 and 3, respectively. In the preliminary study of the anti-HSV-2 mode of action, TAF showed viral inhibitory effects if added up to 12 h post-infection, had virucidal activity and did not present viral inhibition in pre-treatment. Our results showed that the TAF exhibited anti-HSV activity. Regarding HSV-2, TAF acted after the viral infection and had virucidal activity. A mass spectrometry analysis revealed the presence of nine alkaloids in the TAF that had previously been reported for Annonaceae, including liriodenine, lysicamine and isoboldine, which have been described as potential anti-HSV-1 agents.(AU)

Os vírus herpes simplex tipo 1 (HSV-1) e tipo 2 (HSV-2) têm ampla ocorrência global. As infecções causadas por esses vírus têm grande importância em saúde pública devido à crescente resistência ao fármaco de primeira linha, aciclovir, principalmente em pacientes imunossuprimidos. Alcaloides derivados de espécies de Annonaceae têm sido relatados como agentes antivirais contra o HSV e outros vírus. Neste contexto, nós avaliamos a atividade antiviral da fração alcaloide total (TAF) dos ramos de Fusaea longifolia (Aubl.) Saff. (Annonaceae), uma espécie nativa da região amazônica, contra os vírus HSV-1 e HSV-2. A atividade antiviral foi avaliada através do ensaio de redução em placa e o modo de ação foi investigado por um conjunto de ensaios. O TAF foi ativo contra a cepa HSV-2 333 e contra as cepas HSV-1 KOS e 29R (resistente ao aciclovir), com valores de índice de seletividade (IS = 50% concentração citotóxica/50% concentração efetiva) de 5, 4 e 3, respectivamente. No estudo preliminar do modo de ação da atividade anti-HSV-2, o TAF inibiu a replicação viral quando adicionados até 12 h pós-infecção, apresentou atividade virucida e não apresentou inibição viral no pré-tratamento. Nossos resultados mostraram que o TAF exibiu atividade anti-HSV. Em relação ao HSV-2, o TAF atuou após a infecção viral e apresentou atividade virucida. Uma análise do TAF por espectrometria de massas identificou a presença de nove alcaloides, incluindo liriodenina, lisicamina e isoboldina, que já foram descritos como potenciais agentes anti-HSV-1.(AU)

Genetic diversity and molecular characterization of Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) subgroup II infecting Spinach (Spinacia oleracea) and Pea (Pisum sativum) in Pothwar region of Pakistan / Diversidade genética e caracterização molecular do Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) subgrupo II infectando espinafre (Spinacia oleracea) e ervilha (Pisum sativum) na região de Pothwar, Paquistão

Cucumber mosaic virus (CMV) is a tremendous threat to vegetables across the globe, including in Pakistan. The present work was conducted to investigate the genetic variability of CMV isolates infecting pea and spinach vegetables in the Pothwar region of Pakistan. Serological-based surveys during 2016-2017 revealed 31.70% overall CMV disease incidence from pea and spinach crops. Triple-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (TAS-ELISA) revealed that all the positive isolates belong to CMV subgroup II. Two selected cDNA from ELISA-positive samples representing each pea and spinach crops were PCR-amplified (ca.1100 bp) and sequenced corresponding to the CMV CP gene which shared 93.7% nucleotide identity with each other. Both the sequences of CMV pea (AAHAP) and spinach (AARS) isolates from Pakistan were submitted to GenBank as accession nos. MH119071 and MH119073, respectively. BLAST analysis revealed 93.4% sequence identity of AAHAP isolate with SpK (KC763473) from Iran while AARS isolate shared maximum identity (94.5%) with the strain 241 (AJ585519) from Australia and clustered with some reference isolates of CMV subgroup II from UK (Z12818) and USA (AF127976) in a Neighbour joining phylogenetic reconstruction. A total of 59 polymorphic (segregating) sites (S) with nucleotide diversity (π) of 0.06218 was evident while no INDEL event was observed in Pakistani isolates. The evolutionary distance of Pakistani CMV isolates was recorded as 0.0657 with each other and 0.0574-0.2964 with other CMV isolates reported elsewhere in the world. A frequent gene flow (Fst = 0.30478 <0.33) was observed between Pakistani and earlier reported CMV isolates. In genetic differentiation analysis, the value of three permutation-based statistical tests viz; Z (84.3011), Snn (0.82456), and Ks* (4.04042) were non-significant. The statistical analysis revealed the [...].

Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) é uma tremenda ameaça aos vegetais em todo o mundo, inclusive no Paquistão. O presente trabalho foi conduzido para investigar a variabilidade genética de isolados de CMV infectando vegetais de ervilha e espinafre na região de Pothwar, Paquistão. Pesquisas com base em sorologia durante 2016-2017 revelaram 31,70% da incidência geral da doença por CMV em safras de ervilha e espinafre. O ensaio de imunoabsorção enzimática em sanduíche de anticorpo triplo (TAS-ELISA) revelou que todos os isolados positivos pertencem ao subgrupo II do CMV. Dois cDNA selecionados de amostras positivas para ELISA representando cada safra de ervilha e espinafre foram amplificados por PCR (ca.1100 pb) e sequenciados correspondendo ao gene CMV CP que compartilhou 93,7% de identidade de nucleotídeo um com o outro. Ambas as sequências de isolados de ervilha CMV (AAHAP) e espinafre (AARS) do Paquistão foram submetidas ao GenBank como nos de acesso. MH119071 e MH119073, respectivamente. A análise BLAST revelou 93,4% de identidade de sequência do isolado AAHAP com SpK (KC763473) do Irã, enquanto o isolado AARS compartilhou a identidade máxima (94,5%) com a cepa 241 (AJ585519) da Austrália e agrupada com alguns isolados de referência do subgrupo II de CMV do Reino Unido (Z12818) e EUA (AF127976) em uma reconstrução filogenética vizinha. Um total de 59 sítios polimórficos (segregantes) (S) com diversidade de nucleotídeos (π) de 0,06218 foi evidente, enquanto nenhum evento INDEL foi observado em isolados do Paquistão. A distância evolutiva de isolados de CMV do Paquistão foi registrada como 0,0657 entre si e 0,0574-0,2964 com outros isolados de CMV relatados em outras partes do mundo. Um fluxo gênico frequente (Fst = 0,30478 < 0,33) foi observado entre os isolados de CMV do Paquistão e relatados anteriormente. Na análise de diferenciação genética, os valores de três testes estatísticos baseados em [...].

Genetic diversity and molecular characterization of Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) subgroup II infecting Spinach (Spinacia oleracea) and Pea (Pisum sativum) in Pothwar region of Pakistan / Diversidade genética e caracterização molecular do Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) subgrupo II infectando espinafre (Spinacia oleracea) e ervilha (Pisum sativum) na região de Pothwar, Paquistão

Cucumber mosaic virus (CMV) is a tremendous threat to vegetables across the globe, including in Pakistan. The present work was conducted to investigate the genetic variability of CMV isolates infecting pea and spinach vegetables in the Pothwar region of Pakistan. Serological-based surveys during 2016-2017 revealed 31.70% overall CMV disease incidence from pea and spinach crops. Triple-antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (TAS-ELISA) revealed that all the positive isolates belong to CMV subgroup II. Two selected cDNA from ELISA-positive samples representing each pea and spinach crops were PCR-amplified (ca.1100 bp) and sequenced corresponding to the CMV CP gene which shared 93.7% nucleotide identity with each other. Both the sequences of CMV pea (AAHAP) and spinach (AARS) isolates from Pakistan were submitted to GenBank as accession nos. MH119071 and MH119073, respectively. BLAST analysis revealed 93.4% sequence identity of AAHAP isolate with SpK (KC763473) from Iran while AARS isolate shared maximum identity (94.5%) with the strain 241 (AJ585519) from Australia and clustered with some reference isolates of CMV subgroup II from UK (Z12818) and USA (AF127976) in a Neighbour joining phylogenetic reconstruction. A total of 59 polymorphic (segregating) sites (S) with nucleotide diversity (π) of 0.06218 was evident while no INDEL event was observed in Pakistani isolates. The evolutionary distance of Pakistani CMV isolates was recorded as 0.0657 with each other and 0.0574-0.2964 with other CMV isolates reported elsewhere in the world. A frequent gene flow (Fst = 0.30478 <0.33) was observed between Pakistani and earlier reported CMV isolates. In genetic differentiation analysis, the value of three permutation-based statistical tests viz; Z (84.3011), Snn (0.82456), and Ks* (4.04042) were non-significant. The statistical analysis revealed the [...].(AU)

Cucumber mosaic cucumovirus (CMV) é uma tremenda ameaça aos vegetais em todo o mundo, inclusive no Paquistão. O presente trabalho foi conduzido para investigar a variabilidade genética de isolados de CMV infectando vegetais de ervilha e espinafre na região de Pothwar, Paquistão. Pesquisas com base em sorologia durante 2016-2017 revelaram 31,70% da incidência geral da doença por CMV em safras de ervilha e espinafre. O ensaio de imunoabsorção enzimática em sanduíche de anticorpo triplo (TAS-ELISA) revelou que todos os isolados positivos pertencem ao subgrupo II do CMV. Dois cDNA selecionados de amostras positivas para ELISA representando cada safra de ervilha e espinafre foram amplificados por PCR (ca.1100 pb) e sequenciados correspondendo ao gene CMV CP que compartilhou 93,7% de identidade de nucleotídeo um com o outro. Ambas as sequências de isolados de ervilha CMV (AAHAP) e espinafre (AARS) do Paquistão foram submetidas ao GenBank como nos de acesso. MH119071 e MH119073, respectivamente. A análise BLAST revelou 93,4% de identidade de sequência do isolado AAHAP com SpK (KC763473) do Irã, enquanto o isolado AARS compartilhou a identidade máxima (94,5%) com a cepa 241 (AJ585519) da Austrália e agrupada com alguns isolados de referência do subgrupo II de CMV do Reino Unido (Z12818) e EUA (AF127976) em uma reconstrução filogenética vizinha. Um total de 59 sítios polimórficos (segregantes) (S) com diversidade de nucleotídeos (π) de 0,06218 foi evidente, enquanto nenhum evento INDEL foi observado em isolados do Paquistão. A distância evolutiva de isolados de CMV do Paquistão foi registrada como 0,0657 entre si e 0,0574-0,2964 com outros isolados de CMV relatados em outras partes do mundo. Um fluxo gênico frequente (Fst = 0,30478 < 0,33) foi observado entre os isolados de CMV do Paquistão e relatados anteriormente. Na análise de diferenciação genética, os valores de três testes estatísticos baseados em [...].(AU)

Doença de Pacheco ­ um mal silencioso para psitacídeos / Pacheco's disease ­ the silent bad for psytacides / Enfermedad de pacheco ­ una enfermedad silenciosa para los loros

O herpesvírus da espécie Psittacid alphaherpesvirus 1 (PsHV-1), é o responsável pela doença aviária altamente infecciosa e aguda, descrita como "Doença de Pacheco" (DP). Diversas espécies de psitacídeos (papagaios da Amazônia, seguido por papagaios cinzentos africanos, papagaios comuns, araras, cacatuas e algumas espécies de periquitos), são suscetíveis à doença, principalmente àquelas oriundas de criadouros que deram entrada em centros de reabilitações em quaisquer regiões geográficas. Objetivou- se com o presente estudo avaliar e discutir as ocorrências da "Doença de Pacheco" em psitaciformes descritas no Brasil e em outros países, pretendendo-se discernir sobre as causas da infecção, discorrendo sobre as causas de contágio e disseminação, descrevendo brevemente a sintomatologia, possíveis lesões, diagnósticos, profilaxia e tratamento, a fim de evitar o contágio, minimizando a morbidade e mortalidade das aves. Trata-se de uma revisão bibliográfica, a qual foi realizada por meio de consultas à periódicos e livros mais recentes. Trata-se de uma revisão bibliográfica, em que foram utilizadas as bases de dados da SciELO, portal Capes e Google Acadêmico para realizar a revisão em artigos, monografias, teses e dissertações de vários autores e livros. Pouco se conhece, e nenhum registro ainda foi reportado para a doença no Brasil, apesar de sua ocorrência ser amplamente divulgada em diversos países. Os principais sinais clínicos são anorexia, sonolência, letargia, penas eriçadas, diarreia amarelada, regurgitação, inatividade e, às vezes, sinais nervosos, chegando, por fim, à morte súbita e rápida. Na necropsia, podem ser achados hepatomegalia, esplenomegalia e necrose. A profilaxia se concentra no controle da superpopulação e protocolo adequado de quarentena das aves. O tratamento indicado para o herpesvírus é o uso de nucleosídeo sintético, com atividade inibitória, o aciclovir, que tem apresentado bons resultados na redução das taxas de mortalidade.(AU)

The herpesvirus of the species Psittacid alphaherpesvirus 1 (PsHV-1), is responsible for the highly infectious and acute avian disease, described as "Pacheco's Disease" (PD). Several species of parrots (Amazon parrots, followed by African gray parrots, common parrots, macaws, cockatoos and some species of parakeets) are susceptible to the disease, especially those originating from breeding sites that have entered rehabilitation centers in any region. geographic. The aim of the present study was to evaluate and discuss the occurrences of "Pacheco's Disease" in parrots described in Brazil and in other countries, intending to discern the causes of the infection, discussing the causes of contagion and dissemination, briefly describing the symptomatology, possible lesions, diagnosis, prophylaxis and treatment, in order to avoid contagion, minimizing the morbidity and mortality of the birds. This is a bibliographic review, which was carried out through consultations with the most recent journals and books. This is a bibliographic review, in which the SciELO databases, Capes portal and Google Scholar were used to review articles, monographs, theses and dissertations by various authors and books. Little is known, and no record has yet been reported for the disease in Brazil, despite its occurrence being widely publicized in several countries. The main clinical signs are anorexia, drowsiness, lethargy, ruffled feathers, yellowish diarrhea, regurgitation, inactivity and, sometimes, nervous signs, finally leading to sudden and rapid death. At necropsy, hepatomegaly, splenomegaly and necrosis may be found. Prophylaxis focuses on overpopulation control and proper bird quarantine protocol. The treatment indicated for herpesvirus is the use of a synthetic nucleoside, with inhibitory activity, acyclovir, which has shown good results in reducing mortality rates.(AU)

El herpesvirus de la especie Psittacid alphaherpesvirus 1 (PsHV-1), es responsable de la enfermedad aviar aguda y altamente infecciosa, descrita como "Enfermedad de Pacheco" (EP). Varias especies de loros (loros amazónicos, seguidos de loros grises africanos, loros comunes, guacamayos, cacatúas y algunas especies de periquitos) son susceptibles a la enfermedad, en especial los que se originan en criaderos que han ingresado a centros de rehabilitación en cualquier región geográfica. El objetivo del presente estudio fue evaluar y discutir las ocurrencias de la "Enfermedad de Pacheco" en loros descritas en Brasil y en otros países, con la intención de discernir las causas de la infección, discutiendo las causas de contagio y diseminación, describiendo brevemente la sintomatología, posibles lesiones, diagnóstico, profilaxis y tratamiento, con el fin de evitar el contagio, minimizando la morbimortalidad de las aves. Se trata de una revisión bibliográfica, que se realizó mediante consultas a las revistas y libros más recientes. Se trata de una revisión bibliográfica, en la que se utilizaron las bases de datos SciELO, el portal Capes y Google Scholar para revisar artículos, monografías, tesis y disertaciones de diversos autores y libros. Se sabe poco y aún no se ha informado de ningún registro de la enfermedad en Brasil, a pesar de que su aparición es ampliamente publicitada en varios países. Los principales signos clínicos son anorexia, somnolencia, letargo, plumas erizadas, diarrea amarillenta, regurgitación, inactividad y, en ocasiones, signos nerviosos, que finalmente conducen a la muerte súbita y rápida. En la necropsia, se pueden encontrar hepatomegalia, esplenomegalia y necrosis. La profilaxis se centra en el control de la sobrepoblación y el protocolo adecuado de cuarentena de aves. El tratamiento indicado para el herpesvirus es el uso de un nucleósido sintético, con actividad inhibidora, el aciclovir, que ha mostrado buenos resultados en la reducción de la mortalidad.(AU)

Global epidemiology of Equine Influenza viruses: "A possible emerging zoonotic threat in future" an extensive systematic review with evidence / Epidemiologia global dos vírus da Gripe Equina: "Uma possível ameaça zoonótica emergente no futuro" uma extensa revisão sistemática com evidências

There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.(AU)

Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.(AU)

Neuropathology of natural canid alphaherpesvirus 1 infection in dogs

The neuropathology of canid alphaherpesvirus 1 (CaHV-1) infection in dogs has been reported, but the importance of the cerebellar lesions in the routine diagnosis remains relatively understated in the veterinary literature. Here we characterize the neuropathology of natural CaHV-1 infection in 25 dogs. The disease affected predominantly male dogs (22 cases). Clinical signs in 15 cases varied and sudden death was reported in 10 cases. All dogs had the typical areas of necrosis and hemorrhage in multiple organs with eosinophilic intranuclear viral inclusions in epithelial and/or inflammatory cells in multiple organs in 21 cases. Cerebral swelling and reddening were reported in 3 cases. Neurohistologic changes consisted of mild lymphoplasmacytic meningoencephalitis with occasional vasculitis and widespread glial nodules. Rare intranuclear viral inclusions (4 cases) were observed in endothelial cells or inflammatory cells in glial nodules. Cerebellum was examined in 11 cases and had extensive segmental necrosis of Purkinje cell layer (8 cases) and granule neurons in the internal (9 cases) or external (2 cases) granular cell layer. Intranuclear viral inclusions were observed in 8 cases and occurred in necrotic granule neurons in the inner granular cell layer (7 cases), outer granular cell layer (2 cases), Purkinje neurons (1 case), or endothelial cells (1 case). Diagnostic confirmation in 23 cases was based on routine histology and fluorescent antibody testing for CaHV-1 on fresh or frozen tissue samples. A routine diagnosis was based solely on the visualization of intranuclear viral inclusions in 2 cases.(AU)

Global epidemiology of Equine Influenza viruses: "A possible emerging zoonotic threat in future" an extensive systematic review with evidence / Epidemiologia global dos vírus da Gripe Equina: "Uma possível ameaça zoonótica emergente no futuro" uma extensa revisão sistemática com evidências

There are different opinions around the World regarding the zoonotic capability of H3N8 equine influenza viruses. In this report, we have tried to summarize the findings of different research and review articles from Chinese, English, and Mongolian Scientific Literature reporting the evidence for equine influenza virus infections in human beings. Different search engines i.e. CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med, and Web of Knowledge yielded 926 articles, of which 32 articles met the inclusion criteria for this review. Analyzing the epidemiological and Phylogenetic data from these articles, we found a considerable experimental and observational evidence of H3N8 equine influenza viruses infecting human being in different parts of the World in the past. Recently published articles from Pakistan and China have highlighted the emerging threat and capability of equine influenza viruses for an epidemic in human beings in future. In this review article we have summarized the salient scientific reports published on the epidemiology of equine influenza viruses and their zoonotic aspect. Additionally, several recent developments in the start of 21st century, including the transmission and establishment of equine influenza viruses in different animal species i.e. camels and dogs, and presumed encephalopathy associated to influenza viruses in horses, have documented the unpredictable nature of equine influenza viruses. In sum up, several reports has highlighted the unpredictable nature of H3N8 EIVs highlighting the need of continuous surveillance for H3N8 in equines and humans in contact with them for novel and threatening mutations.

Existem diferentes opiniões em todo o mundo a respeito da capacidade zoonótica dos vírus da influenza equina H3N8. Neste relatório, tentamos resumir os resultados de diferentes pesquisas e artigos de revisão da literatura científica chinesa, inglesa e mongol relatando as evidências de infecções pelo vírus da influenza equina em seres humanos. Diferentes mecanismos de busca, como CNKI, PubMed, ProQuest, Chongqing Database, Mongol Med e Web of Knowledge geraram 926 artigos, dos quais 32 atenderam aos critérios de inclusão para esta revisão. Analisando os dados epidemiológicos e filogenéticos desses artigos, encontramos uma considerável evidência experimental e observacional de vírus da influenza equina H3N8 infectando seres humanos em diferentes partes do mundo no passado. Artigos publicados recentemente no Paquistão e na China destacaram a ameaça emergente e a capacidade dos vírus da influenza equina para uma epidemia em seres humanos no futuro. Neste artigo de revisão, resumimos os relatórios científicos relevantes publicados sobre a epidemiologia dos vírus da influenza equina e seu aspecto zoonótico. Além disso, vários desenvolvimentos recentes no início do século 21, incluindo a transmissão e estabelecimento de vírus da influenza equina em diferentes espécies animais, ou seja, camelos e cães, e presumida encefalopatia associada aos vírus da influenza em cavalos, documentaram a natureza imprevisível dos vírus da influenza equina. Em suma, vários relatórios destacaram a natureza imprevisível de H3N8 EIVs destacando a necessidade de vigilância contínua para H3N8 em equinos e humanos em contato com eles para novas mutações ameaçadoras.

The use of Artificial Intelligence in predicting Respiratory Syncytial Virus-inhibiting flavonoids / O uso da Inteligência Artificial na predição de flavonoides inibidores do Vírus Sincicial Respiratório

Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) infection results in death and hospitalization of thousands of people worldwide each year. Unfortunately, there are no vaccines or specific treatments for hRSV infections. Screening hundreds or even thousands of promising molecules is a challenge for science. We integrated biological, structural, and physicochemical properties to train and to apply the concept of artificial intelligence (AI) able to predict flavonoids with potential anti-hRSV activity. During the training and simulation steps, the AI produced results with hit rates of more than 83%. The better AIs were able to predict active or inactive flavonoids against hRSV. In the future, in vitro and/or in vivo evaluations of these flavonoids may accelerate trials for new anti-RSV drugs, reduce hospitalizations, deaths, and morbidity caused by this infection worldwide, and be used as input in these networks to determine which parameter is more important for their decision.

A infecção pelo Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) resulta na morte e hospitalização de milhares de pessoas em todo o mundo a cada ano. Infelizmente, não existem vacinas ou tratamentos específicos para tais infecções. A testagem de centenas, ou mesmo milhares, de moléculas promissoras é um desafio para a ciência. Neste trabalho, nós integramos propriedades biológicas, estruturais e físico-químicas para treinar e aplicar o conceito de inteligência artificial (IA) capaz de prever flavonoides com potencial atividade anti-hRSV. Durante as etapas de treinamento e simulação, a IA produziu resultados com taxas de acerto superiores a 83%, sendo capaz de prever flavonoides ativos ou inativos contra o hRSV. No futuro, avaliações in vitro e/ou in vivo desses flavonoides poderão acelerar os testes de novas drogas anti-RSV, reduzir hospitalizações, mortes e morbidade causadas por essa infecção. Além disso, a validação futura destes dados poderá determinar qual parâmetro tem maior peso na decisão da inteligência.

Mycoviruses infecting Colletotrichum spp.: A comprehensive review

Abstract Colletotrichum is one of the most economically important fungal genera, which affects a wide range of hosts, specifically tropical and subtropical crops. Thus far, there have been several records of mycovirus infection in Colletotrichum spp., primarily by viruses of the Partitiviridae family. There have also been records of infections by mycoviruses of the Chrysoviridae family. Mycoviruses are (+)ssRNA and dsRNA genome viruses, which may or may not be enveloped. To date, no mycovirus with a DNA genome has been isolated from Colletotrichum spp. Typically, mycoviruses cause latent infections, although hypo- and hypervirulence have also been reported in Colletotrichum spp. In addition to its effects on pathogenic behavior, mycovirus infection can lead to important physiological changes, such as altered morphological characteristics, reduced vegetative growth, and suppressed conidia production. Therefore, research on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi can help develop alternative methods to chemical control, which can cause irreversible damage to humans and the environment. From an agricultural perspective, mycoviruses can contribute to sustainable agriculture as biological control agents via changes in fungal physiology, ultimately resulting in the total loss of or reduction in the virulence of these pathogens.

Resumo Colletotrichum é um dos gêneros fúngicos mais importantes economicamente, afetando uma ampla gama de hospedeiros, especialmente em cultivos tropicais e subtropicais. Atualmente já existem diversos registros de infecção por micovírus em Colletotrichum spp., sendo a maioria dos já identificados classificados na família Partitiviridae. Ocorrem registros também de micovírus pertencentes à família Chrysoviridae. Compreendem vírus de genoma de (+)ssRNA e dsRNA que podem ser ou não envelopados. Ainda não foram identificados micovírus com genoma de DNA isolados de Colletotrichum. A infecção por micovírus pode ocorrer de forma latente, mas já foi observado em Colletotrichum spp. o fenômeno de hipo e hipervirulência. Além de influenciar no comportamento patogênico, a infecção pode causar mudanças fisiológicas importantes como alterações das características morfológicas, redução do crescimento vegetativo e redução na produção de conídios. O estudo com micovírus em fungos fitopatogênicos traz uma alternativa ao controle químico que é um método capaz de causar danos irreversíveis ao homem e o meio ambiente. Sob a perspectiva agrícola, os micovírus podem contribuir para agricultura sustentável como agentes de controle biológico. Isso porque obsevam-se mudanças importantes na fisiologia fúngica resultando na perda total ou redução da virulência desses patógenos.

Phylogenetic classification of feline immunodeficiency virus

Background: The feline immunodeficiency virus (FIV) is responsible for a retroviral disease that affects domestic and wild cats worldwide, causing Feline Acquired Immunodeficiency Syndrome (FAIDS). FIV is a lentivirus from the family Retroviridae and its genome has 3 main structural genes: gag, pol and env. Phylogenetic studies have classified FIV into 7 subtypes according to the diversity among strains from the World, mainly in the env gene. Epidemiological analyses have demonstrated the high predominance of FIV-A and FIV-B. This in silico study aimed to perform a phylogenetic analysis to study FIV diversity worldwide. Materials, Methods & Results: A total of 60 whole genome sequences (WGS) and 122 FIV env gene sequences were included in 2 datasets, which were aligned using MAFFT version 7. Recombination among genomes and/or env genes was analyzed with RDP5 software. Phylogenetic analyses with both datasets were performed, after removing the recombinant sequences, by the W-IQ-TREE and constructed and edited by the FigTree. A total of 12 recombination events involving 19 WGS were detected. In addition, 27 recombination events involving 49 sequences were observed in the env gene. A high rate of recombinants was observed inter-subtypes (A/B and B/D) and intra-subtypes (A/A). All recombinants were removed from the subsequent phylogenetic analyses. Phylogenies demonstrated 6 distinct main clades, 5 from domestic cats (A, B, C, E, U) and 1 from wild cat sequences (W) in the WGS, as well as in the specific env gene analyses. Most clustered with subtype B sequences. In the WGS analysis, clade B had a prevalence of 65.9% Brazilian sequences (27/41) and 2.4% Japanese sequences (1/41). In the env gene analyses, clade B showed a prevalence of 43.8% of Brazilian sequences (32/73) and 20.5% of USA sequences (15/73). The results of both analyses also confirm the FIV-wide geographical distribution around the world. In the phylogenetic analyses carried out with WGS, sequences from China (1/41; 2.4%), Colombia (1/41; 2.4%) and the USA (1/41; 2.4%) were identified in clade A; sequence from Canada in clade C (1/41; 2.4%); sequence from Botswana belonged to clade E (1/41; 2.4%); sequences from Brazil clustered into clade U (2/41; 5% - data not yet published); and sequences belonging to the clade W were from Canada (1/41; 2.4%) and the USA (5/41; 12.3%). Specific env gene phylogenetic analyses showed sequences from Colombia (1/73; 1.4%), France (2/73; 2.7%), the Netherlands (3/73; 4.1%), Switzerland (2/73; 2.7%), USA (6/73; 8.3%), belonging to clade A; sequence from Canada belonging to clade C (1/73; 1.4%); sequences from Brazil belonging to clade U (2/73; 5% - data not yet published); and sequences belonging to clade W from the USA (6/73; 8.3%). Discussion: The results presented here demonstrate that FIV has a rapid viral evolution due to recombination and mutation events, more specifically in the env gene, which is highly variable. Currently, this retrovirus is classified into 7 subtypes (A, B, C, D, E, F and U-NZenv) according to their high genomic diversity. It also highlighted the importance of in silico sequence and phylogeny studies to demonstrate evolutionary processes. This was the first study to address the WGS FIV diversity with a phylogenetic approach.